5HDZA

Bace-1 in complex with (7ar)-7a-(5-cyanothiophen-2-yl)-6-(5-fluoro-4-methyl-6-(methylthio)pyrimidin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-2h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2-iminium
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hdzA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hdzA02
4BEKA 4Y54A 1HIVA 1FKNA 1RV7A 3SO9A 5P5XA 4GJBA 3R4BA 3PI5A 4J1KA 5P63A 3LIXA 4TRWA 4FL8A 2BBBA 5P46A 4JOOA 5OYQA 1E82E 2OHLA 3DUYA 5DR8A 3S8IA 4LL3A 3NUOA 3IN3A 3S7MA 1K2CA 2QI6A 3ZOVA 2G1YA 4APRE 4ZPEA 1D4LA 4QJ6A 5P7VA 5P82A 5J25A 3DCRA 2P83A 4WY1A 5P3NA 2VNNA 5P6FA 5P33A 4DJVA 5KR8A 2Q63A 3FNTA 3UDNA 4EYRA 3PBDA 3NR6A 4RRNA 4RCFA 5OZYA 2VJ7A 1SGUA 2HB3A 4RVIA 5P54A 3QBHA 5P49A 3A2OA 1AIDA 5P7SA 5P8QA 5P0YA 1UH8A 5P3MA 5P3DA 4Y5GA 1NPWA 3DOXA 2VJ6A 3UFLA 5P8HA 3Q4BA 2J9JA 1E81E 5P6PA 5P6EA 3KMYA 5P5TA 5SXNA 3O9FA 5P5RA 2G1OA 2QAKA 3L5CA 5P8BA 4D88A 5P6DA 4Q5MA 5COKA 5P3EA 5P4YA 5HCOA 4Y4JA 3PI0A 3B7VA 5P24A 5P4DA 5P8MA 3LIZA 5P0KA 3K5FA 3EL4A 4J5JA 5JODA 3KDBA 5P74A 2AZCA 4Y4WA 5P3LA 2I4WA 5P48A 5OZPA 1YT9A 5UPJA 1ZPKA 4Y38A 5P86A 2RSPA 5OZ8A 3OOZA 3CMSA 5P8PA 5P5JA 2ER7E 4HA5A 5APRE 5P0JA 3H0BA 4K4RA 4NKKA 4RLDA 4YCYA 2AVOA 4ZEAA 4BELA 3OGQA 5P2DA 5P3IA 5DQ5A 3ECGA 5B18A 3VFBA 1BDRA 2PK5A 5P7ZA 4ZSPA 2FMBA 2Q5KA 2V13A 5SY2A 3WB4A 3PLDA 1TSQA 1LF4A 5OZJA 5OZ9A 1HSHA 2FLEA 2G94A 1FB7A 4EHCA 4Y3HA 5P0FA 5P1OA 4D83A 2AZ8A 5P55A 1D4JA 3OU4A 4I0IA 1T7IA 2VNMA 3PCZA 4GJ6A 3T7QA 5P38A 4CPXA 5P43A 4DPIA 4CPWA 3OUDA 5HE4A 5P2TA 1PSAA 4I10A 4QJ8A 1KJ4A 3Q5HA 4DV9A 4BFDA 4Y47A 4FM8A 4EXHA 4YDGA 2AOIA 5OYRA 5P39A 1HVKA 1B6KA 2QNPA 4DPFA 3KM4A 5OZ4A 3URLA 4FRIA 1EBZA 4FM7A 3PMUA 5P0PA 3TPJA 4ACUA 1MUIA 5P6SA 5P6CA 2G20A 4OBFA 4Y5CA 5P56A 1QRPE 4CMSA 5COPA 1MT8A 1EPME 3LPIA 2ZJKA 2G27A 5P30A 5I3XA 1TW7A 4Y35A 3PGIA 5P6GA 2AIDA 3UF3A 2QP8A 1HTRB 2IRZA 4DQBA 4Y3PA 3IN4A 2ZJNA 1KZKA 5P5ZA 4GJ9A 3UDHA 5P1PA 4GYEA 3ZKNA 5C9DA 2IKUA 5P0WA 1C70A 1QBSA 3M9FA 5P5QA 3S45A 5P87A 3NWXA 5P53A 6APRE 4HLAA 4NJTA 1EAGA 1HSGA 1T3RA 3S54A 5OZHA 1Z1HA 5P27A 5P3RA 4OBZA 5P8LA 4BFBA 2ZJMA 1ZPAA 2AVQA 3R2FA 3UDJA 4PEPA 2UXZA 1NPAA 4HZTA 1LF3A 1ZSRA 2JYSA 5P4IA 4QJ2A 4YHQA 2ZHUA 1IDAA 4R5NA 4RVJA 2H6TA 3FX5A 1W6HA 5P3FA 3OU1A 3OOTA 5P59A 3VYDA 1HPXA 4OBGA 1B6MA 1CPIA 1YTHA 3Q6YA 1BVGA 2I0AA 2Q11A 4EJ8A 1HEGE 2WEZA 5C9FA 2I4VA 1D4HA 4H3JA 1FMXA 2A1EA 2Q55A 3L3AA 3UQPA 2NMZA 5P0UA 4Y44A 2QI7A 2VIJA 4OD9B 2QI3A 5P08A 3AUPA 5P7LA 2QZLA 3VSXA 5OZAA 3UFNA 2V0ZC 5KOSA 4EPJA 3FNUA 3DV5A 1TZSA 5P50A 3ZPUA 4YOBA 2AODA 1TCWA 4Y36A 4Y3AA 2B8VA 5OZ1A 1HVCA 3VEUA 3TPLA 3MWSA 4A4QA 3SM2A 4Y3ZA 4DQFA 3HVGA 5P2IA 3OQAA 1GVXA 2UY0A 5P42A 3WB5A 4A6CA 3OQ7A 8HVPA 1EPRE 5ISJA 5P84A 4YA8A 5OZGA 5P1YA 5P8JA 4I0EA 3PSGA 2CENA 5P4RA 1K6TA 4B00A 3OAGB 4F74A 5P1UA 1UH7A 3UDQA 2BJUA 5P57A 1OHRA 3RTMA 5OZQA 4R8YA 2AOGA 5P75A 5P1AA 5P13A 3OTSA 3RTNA 3DV1A 5F01A 4OBKA 5P2KA 4U7VA 2R9BA 1W5YA 1NSOA 2IGXA 4CKUA 1QDMA 4YBIA 1XDHA 1AAQA 3GI4A 2IDWA 2R5QA 5I3YA 4Z22A 3OQDA 4J0TA 2HC0A 3KMXA 5ER1E 3UCBA 3LIYA 4EWOA 2FGUA 4L6BA 1ZTZA 3APRE 3EKVA 4Y3MA 3URJA 5P1FA 5P5AA 1ME6A 2FXEA 3EM6A 4D8CA 3PWRA 4U8WA 2Q54A 1DMPA 4HEGA 3B80A 5HCTA 3RSVA 3IVHA 5P6YA 2ZYEA 3AIDA 1KJFA 4OBDA 4Y41A 3D1XA 2G69A 5P44A 2O4NA 3S43A 2A4FA 5KQXA 5P3JA 3SA3A 3CKPA 5P73A 5KR0A 5P40A 3VV6A 3SABA 3ZKMA 1FMUA 5HTZA 5P7IA 1APUE 5P6KA 3PWWA 4UPJA 3O9IA 3ER5E 5P8NA 4J54A 4WY6A 3EL1A 2PWRA 1SDVA 1KJ7A 1A8GA 4OBHA 5P1IA 4J1EA 1BV7A 2HB2A 3RU1A 5OZ5A 5P52A 1GVWA 3UDRA 4L7JA 3KA2A 4NPUA 5P60A 5P23A 4NJSA 1XL2A 3K5CA 5P7KA 3RVIA 5P1QA 5P1CA 4XXSA 2PSVA 3S85A 5P0BA 2QMGA 2F80A 5P3KA 5P4MA 5OZ7A 5P7HA 3QI1A 5JG1A 3QVCA 3LIQA 3INEA 5P04A 1B6PA 5P8UA 2F8GA 5P18A 3QROA 1HVIA 5P0DA 5P6TA 3ER3E 1FQ5A 5P16A 3R0WA 4PPHA 3OXCA 5P2JA 5ENMA 5P14A 2QZXA 2R38A 1HBVA 5OYXA 1C6XA 4TRYA 5P1MA 5P77A 2ASIA 2I0DA 2ZGAA 5P0MA 4OC6A 3QRVA 1HPSA 5P3YA 3SA7A 5P4EA 1DPJA 4LBTA 4DJQA 4RVXA 1MTBA 4K4PA 1EPLE 3MSKA 1WBKA 5P6NA 5P37A 4GJ7A 2HPFA 3SA4A 3UQRA 3L5EA 5P5DA 2P3BB 1CMSA 5P35A 5P2SA 3NU4A 4H3GA 1LYWA 2I1AA 2P3CA 5P1DA 5DQCA 3TOFA 5IVQA 2OHPA 2OHSA 2IKOA 4FRKA 5HVPA 1K6CA 3TOGA 3QIHA 4I1CA 4Y3YA 3FV3A 5P6OA 4DJXA 3BRAA 5P72A 1MT9A 4B0QA 1N49A 1OEWA 2AQUA 3VYEA 3ZPSA 3O9HA 4RGHA 2JJIA 1DAZC 3VCMA 4EP3A 4YDFA 1SP5A 2QI5A 1IDBA 5P0TA 1LYAA 2B60A 2ZE1A 1IZHA 4J0ZA 1ZLFA 5P6IA 5P7BA 5HE5A 5P4JA 3K5DA 4Y57A 5P1GA 5P2QA 4ACXA 5P09A 3O9AA 3LPKA 2OHKA 2OHRA 3S2OA 3LNKA 4Y51A 4Z50A 5HDUA 5P0EA 4H3FA 3FSMA 2QCIA 2B42A 2R5PA 2Q15A 5P76A 1APWE 1MERA 1A9MA 1HPVA 3EXOA 1YM4A 4ER2E 5OZTA 5ENKA 1TQFA 1AM5A 3NDTA 3PRSA 3LZUA 5P3OA 1PSOE 5P5OA 4COEA 5P15A 5KQFA 3VF3A 5OZXA 5IVTA 3NU6A 3OHHA 4YD6A 3FKTA 4A6BA 1LYBB 3KYRA 4FAFA 3FIVA 5AHCA 1AXAA 2J9JB 2PH8A 5OYTA 5P3GA 2QU2A 3EL0A 4NJVA 4X2LA 3NXNA 3KDCA 4OBJA 5P4HA 5P5LA 1MESA 3WZ8A 4Y3RA 3WSJA 5DGUA 3NYGA 1META 3OK9A 5E5KA 5OZ2A 2QU3A 4FRSA 5P7XA 3O9DA 1SIVA 1W5WA 1G0VA 5P8KA 3UTLA 1EC0A 1ENTE 5P58A 2FS4A 4Y3JA 4FGXA 5P4CA 3IXJA 1W5VA 4PZWA 1HTGA 1MRXA 5OYVA 4WTUA 5P51A 3EKQA 3MSJA 3CYWA 4DQEA 1GVUA 5P5KA 5P3XA 5P6MA 3NWQA 5E5JA 5OZFA 3K4VC 5P25A 2O4LA 3T11A 4I0FA 2ZJIA 3PVKA 3BXRA 3T3CA 3HD8A 3LPJA 4HE9A 3OQKA 4DH6A 5P4WA 4Y37A 3CICA 5P7UA 5P3SA 4RCEA 5P17A 5P68A 5EZXA 4J1FA 5P01A 3O99A 4Y58A 2PSUA 4Y4GA 4DJUA 4RRSA 5OZKA 3JVYA 1ZJ7A 5P2EA 5P22A 5P0QA 1EPPE 4DUSA 1RPIA 4DFGA 2AZBA 3O9GA 5HDXA 1BWBA 2PWCA 3IA9A 4ZLSA 4Y50A 4GJ8A 5P3BA 4Y3EA 2VA7A 1FEJC 5P1NA 2Z4OA 4Y3QA 4QJ7A 3HDKA 5OZMA 5P7EA 5P2ZA 5JFPA 4J0VA 3KFPA 4ZSMA 3EKTA 2XFKA 4J1CA 2V16C 3OUDB 5P7DA 4LXMA 1B6LA 2EWYA 1C6ZA 2NXDA 3PHVA 5P0VA 4EQJA 2OHNA 5KAOA 4AMTA 1IIQA 1Q9PA 5HDZA 4F76A 5P0NA 4GB2A 2ANLA 2WF2A 4Y5EA 5P3TA 4E43A 5OZNA 5P3CA 2FNSA 3TTPA 3SACA 1FG8C 3GGXA 4Y3FA 2I4QA 3OHFA 3WZ7A 3INDA 5P8OA 1EPQE 5P69A 5P8SA 3BXSA 3G6ZA 4I0ZA 5OYYA 2HB4A 5P2BA 3HVPA 3SA5A 5DPZA 5P7QA 3Q70A 4XX4A 4R91A 4LAPA 4MC6A 3EKXA 3T7XA 5P4UA 1FGCC 4MC9A 1HEFE 5P6AA 9HVPA 4ER4E 1A8KA 2OHUA 5P12A 3L58A 4RYCA 1K1UA 3MXDA 3LHGA 3K4VA 3C9XA 3D91A 1T6GA 3ZMGA 2VKMA 1E80E 2J9KA 3L5FA 5DQ4A 4I12A 3UDKA 4U7QA 3R1GB 1XE6A 5P0SA 4AA9A 1XN3A 4DVFA 4Y56A 1APTE 2WEBA 5P8DA 3VSWA 4GMIA 5P26A 3BGCA 3S53A 2XFJA 3EM4A 4J17A 2OF0A 4FLGA 4Q1WA 2Q3KA 4D89A 5P1XA 3VG1A 2QZWA 2RENA 4GJCA 5T4SA 5P8GA 1BXQA 4Y43A 5I3VA 2QK5A 4J1IA 4Y4EA 1SDUA 1K6PA 5P47A 4Z4XA 5AH7A 4CPUA 1MTRA 5BRYA 3OTYA 3IGBA 4YCTA 1IZEA 3RTHA 5P2OA 4FE6A 3OU1B 4M8YA 5P5BA 1C6YA 4KE0A 5AH6A 3UDMA 4I0DA 4HDBA 3BUHA 1BIMA 3VLAA 1SMRA 5IVSA 1HRNA 5P4NA 5ISKA 3IAWA 5EZZA 5P4KA 3PMYA 5P1KA 4DQGA 2BQVA 3HBOA 3TH9A 1YG9A 5P4PA 3KFNA 2G1SA 1GNMA 5KR2A 3ZPTA 3I7EA 2HIZA 1OD1A 5P7GA 3GGVA 5P7CA 4OD9A 5FIVA 4L1AA 1M4HA 2FDEA 2JE4A 3EMYA 3UQXA 2BB9A 4F73A 5P67A 2P4JA 1J71A 4FSLA 5OZCA 4B1DA 2HS2A 1FF0C 3GI6A 3QN8A 2ZJLA 2F81A 2AOHA 3KF0A 4Y9WA 4LXAA 1YM2A 4ZSRA 3FNSA 5P2UA 5AHBA 3ZKQA 4Y3NA 1PPKE 3HW1A 2FGVA 3LINA 1BXOA 3VF5A 1GVTA 3ZL7A 3LZVA 4FSEA 5P20A 3U6AA 1AJXA 4Q1NA 2ZHSA 5P4SA 3TOHA 2IEOA 3PB5A 1QBRA 3BUGA 4I0GA 5SZ9A 1PFZA 3QVIA 3QPJA 5P8EA 2WF1A 2O4SA 5P0IA 4J55A 2QD8A 5P4LA 3OUBA 2RKFA 2JJJA 4LC7A 5P2FA 2BKTA 5P6VA 3PM4A 5KQYA 3MSLA 4Y6MA 3CIDA 5P2XA 5P3VA 1B5FA 4TVGA 3I2LA 1NPVA 1HOSA 4Q1XA 4EJLA 5P2RA 1SH9A 1UH9A 4DQHA 1HWRA 1B6JA 4B78A 5P0RA 4GIDA 2AVSA 5DQ1A 1IVPA 4I8ZA 3IXKA 5P5MA 2G1RA 5P6ZA 4Y5NA 5P64A 4TVHA 5P1RA 4TRZA 1K1TA 5P62A 5COOA 5HU1A 3T7PA 3INHA 5OZUA 5P7WA 5DR0A 1VIJA 4Y3XA 1D4IA 1LV1A 1XL5A 2QMPA 3OQFA 3O9LB 1F34A 1D4KA 2WF4A 1PROA 4QGIA 3NDXA 5P71A 5OZOA 4Z2ZA 3GI5A 2VIEA 3SA9A 5P7TA 3VV7A 3UPJA 1ODXA 3NU5A 5P7OA 5P0ZA 3SKGA 4ZPGA 1B11A 4Y5BA 1ZAPA 3OADB 5P4AA 3GGAA 2ER0E 1FQ6A 2PH6A 5P02A 3U71A 4B72A 1YTIA 1K6VA 1HIHA 2B8LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BEK A;  4Y54 A;  1HIV A;  1FKN A;  1RV7 A;  3SO9 A;  5P5X A;  4GJB A;  3R4B A;  3PI5 A;  4J1K A;  5P63 A;  3LIX A;  4TRW A;  4FL8 A;  2BBB A;  5P46 A;  4JOO A;  5OYQ A;  1E82 E;  2OHL A;  3DUY A;  5DR8 A;  3S8I A;  4LL3 A;  3NUO A;  3IN3 A;  3S7M A;  1K2C A;  2QI6 A;  3ZOV A;  2G1Y A;  4APR E;  4ZPE A;  1D4L A;  4QJ6 A;  5P7V A;  5P82 A;  5J25 A;  3DCR A;  2P83 A;  4WY1 A;  5P3N A;  2VNN A;  5P6F A;  5P33 A;  4DJV A;  5KR8 A;  2Q63 A;  3FNT A;  3UDN A;  4EYR A;  3PBD A;  3NR6 A;  4RRN A;  4RCF A;  5OZY A;  2VJ7 A;  1SGU A;  2HB3 A;  4RVI A;  5P54 A;  3QBH A;  5P49 A;  3A2O A;  1AID A;  5P7S A;  5P8Q A;  5P0Y A;  1UH8 A;  5P3M A;  5P3D A;  4Y5G A;  1NPW A;  3DOX A;  2VJ6 A;  3UFL A;  5P8H A;  3Q4B A;  2J9J A;  1E81 E;  5P6P A;  5P6E A;  3KMY A;  5P5T A;  5SXN A;  3O9F A;  5P5R A;  2G1O A;  2QAK A;  3L5C A;  5P8B A;  4D88 A;  5P6D A;  4Q5M A;  5COK A;  5P3E A;  5P4Y A;  5HCO A;  4Y4J A;  3PI0 A;  3B7V A;  5P24 A;  5P4D A;  5P8M A;  3LIZ A;  5P0K A;  3K5F A;  3EL4 A;  4J5J A;  5JOD A;  3KDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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