5HE4A

Bace-1 in complex with (4ar,7as)-7a-(2,6-difluorophenyl)-6-(5-fluoro-4-methoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-2h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2-iminium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 108
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he4A02
4AMTA 3FX5A 2BBBA 1HEGE 3ZKGA 5HE4A 5P22A 4PYVA 5P4VA 3ZKIA 3PEPA 2G1SA 1FIVA 2G24A 2QZWA 2V12C 2QK5A 5P7AA 5P7WA 3UPJA 5P06A 3AUPA 1VIJA 3VFBA 1FMXA 4EWOA 4OBHA 5P58A 2HPEA 3VCMA 3L5FA 5P48A 1QBRA 1B11A 3KT2A 1MT7A 1ODYA 5AH6A 5P0RA 4Y4XA 5P46A 2VIYA 3L59A 2ZJLA 2WEDA 2PYNA 5P29A 4I0GA 3RSVA 2WF2A 4J54A 5P7RA 4B77A 3GI6A 5P1QA 3VSWA 5P4NA 1BDQA 1HWRA 2WJOA 5P7HA 5KQYA 4Y4JA 1PFZA 3CICA 1AIDA 5KQXA 4Y58A 1MERA 5KOQA 6FIVA 2UPJA 2VNMA 4A6BA 1YG9A 4HVPA 3UF3A 3JVYA 4GJ8A 5P0BA 3ZKQA 4M8YA 1HVSA 3SLZA 5P5BA 3ZLQA 5I3VA 1AAQA 1A9MA 5P40A 4I0HA 3LPJA 4Y3HA 4IVSA 3RTNA 3LIVA 3S53A 2RENA 3PB5A 3K5GA 5OZ7A 5P0FA 4WY1A 2BB9A 1U8GA 5P3QA 1B5FA 3FNSA 3ER3E 2AZCA 4B0QA 1GVUA 4Y3ZA 5P6PA 2BJUA 5P19A 2F80A 4FE6A 4DV9A 3ECGA 3HLOA 1LZQA 5P4DA 4HDBA 4GJDA 1EBZA 3ZPSA 5HDXA 2QU2A 5HD0A 3EKQA 5P8TA 3UQRA 4CPXA 4ER2E 5IE1A 3K5FA 1KJFA 2JJJA 2XFKA 3TPLA 4Y3MA 4H3GA 1Z8CA 3PJ6A 2AOJA 5OZZA 4JP9A 5P0TA 1BWBA 2P4JA 2HS2A 5F00A 5OZTA 5ER2E 4FL8A 3SA5A 1DMPA 1XE5A 5DR3A 5P3OA 3D91A 3OXWA 2R8NA 4I12A 4FSLA 4B00A 2OHTA 1FB7A 4NKKA 3LHGA 3U7SA 4OBFA 5APRE 5P16A 1CPIA 5AH9A 5P0AA 4X7IA 3HAWA 1PROA 1HVHA 2BPWA 2NNPA 1AM5A 2HC0A 5P2WA 3S43A 3QPJA 3H0BA 2MIPA 3WB5A 4CPWA 3LITA 3EC0A 3IN4A 3D20A 1FG8C 5P5LA 3KMXA 2PWRA 4YE3A 5I3XA 5OZRA 5P8VA 2O40A 3L3AA 3QRSA 3Q70A 1NPAA 4KUPA 1UH7A 4FM7A 4Y51A 4B1CA 4Y53A 4HE9A 3UDHA 3ZKNA 5P0GA 3OHHA 4JECA 4N00A 4DVFA 4EXHA 3S7MA 3OQKA 5OYSA 5P3RA 5P1UA 5P5PA 5P5DA 2A1EA 5P1GA 4MC9A 2I0DA 5DR1A 4Y3JA 1E81E 4CKUA 2QU3A 4LC7A 2P3BA 3BC4A 5P5OA 3DV1A 1YTIA 3QIHA 4GJAA 4IVTA 3VG1A 3NWQA 2AZ9A 4L1AB 5P5SA 5P7KA 1B6JA 4OC6B 4I0EA 1SDTA 2OHNA 2WF4A 1RQ9A 2VIEA 5IVSA 3UDRA 2R5QA 3KDDA 5OZ3A 5P5RA 4Y5KA 5OZCA 2ZYEA 1AVFA 4NJTA 4DJWA 4Y57A 4ZIPA 4RRNA 3Q6YA 1E80E 2VA6A 4FM6A 1HTFA 4Z2ZA 4LL3A 4Y4GA 4E43A 1T7IA 3QRVA 1APTE 4CP7A 5P2JA 1K6TA 2HIZA 5P6EA 3GI4A 4U8WA 3HDKA 2Z54A 1RL8A 3EXOA 4J1EA 5EZZA 3UDPA 1EBWA 4FRIA 1ZSRA 3QBHA 4YOAA 3NUOA 5P6GA 6APRE 5P86A 4M8XA 3O9GA 5HCOA 3DV5A 5P1JA 2I1AA 1EPLE 3KT5A 2Q64A 2OF0A 2AZBA 3PBDA 3VV7A 1DAZC 5ISKA 4H3JA 4Y36A 2ER0E 2NMZA 4R5NA 5P3EA 1A8KA 3GI0A 4ZSPA 4BFDA 3O9AA 5P14A 3TLHA 3EM3A 5OZMA 4QJ2A 1QRPE 1T6GA 3S56A 1M4HA 3PGIA 4AUCA 4Q1YA 5P01A 4I11A 4RZ1A 4HDFA 1ODXA 2P83A 5P3XA 1OHRA 4Z22A 5IVTA 1ER8E 1ZJ7A 5P04A 1APVE 2R43A 5J25A 5C9DA 2QHZA 3OWNA 2Q5KA 4J1HA 4Z50A 1G6LA 2OHSA 2HB2A 2XYEA 5P44A 3VF3A 2ZDZA 3LIXA 5P4OA 4HA5A 2EWYA 3MSKA 5P0KA 3KFSA 3OU4A 1HRNA 2JYSA 3TH9A 5P6SA 1K6VA 2FS4A 1CZIE 5EZXA 5P8DA 2FIVA 5P8BA 4ER4E 2NXLA 5OZ4A 1EAGA 1TQFA 1FQ5A 1MRXA 4K4RA 1UH8A 4TRZA 5HCTA 4DUSA 1MVPA 1BV7A 1KJ4A 1C6YA 1HPVA 1IZHA 1EPOE 2IQGA 4FS4A 1MPPA 3O9IA 1SIVA 1HPSA 1IDBA 3FNUA 4DJUA 5COPA 5P5NA 5HDUA 1BAIA 5P8PA 4TVGA 1KJGA 1SMEA 2P8HA 2VKMA 3OAGB 5P7XA 4YD4A 2UY0A 2WECA 3IXOA 5P3AA 3N3IA 5P2AA 2HM1A 2CEMA 4OBGA 1YTGA 3R1GB 5P61A 5P13A 4XKXA 2IRZA 3CIBA 5P2SA 4DPIA 3INFA 1WKRA 5P3PA 1XS7D 5OYWA 5P2UA 5HU1A 5P8EA 4JPCA 5P3KA 5C9BA 5KOSA 5SXNA 5KR2A 4U7VA 5P8RA 4Y4BA 3ST5A 1IZEA 4GJ9A 2F3EA 1LYWB 1TCXA 4OBZA 3ZKXA 4CPTA 2Z4OA 5HVPA 1K2CA 5P6FA 1IVPA 3OQAA 4Y48A 3OGQA 5P27A 4PEPA 5P84A 5OYQA 4B78A 1KJ7A 5AH8A 3TPJA 1HPXA 1NSOA 2V13A 4GYEA 3EKTA 1D4YA 4I1CA 4NJSA 5COOA 1D4KA 4RROA 2FDDA 2FXDA 5P50A 3TKWA 5P1EA 1T7JA 1K6CA 2HAHA 4GMIA 5OYTA 3EL0A 3QRMA 4Y4UA 4J55A 5P1KA 3NUJA 1BV9A 4LAPA 2G21A 4Y39A 3UDNA 3KA2A 4RCEA 5DR0A 4YD5A 5P79A 2IL2A 5P0WA 5SY2A 1HIVA 2WL0A 1YTJA 1A30A 4XX3A 5I70A 5P5XA 5I3WA 1LF3A 4YCKA 4UPJA 2IDWA 3RVIA 3BVBA 3OOZA 2OHRA 2G1YA 1MESA 2G1NA 4EXGA 2ZJHA 3QN8A 5P49A 1GVVA 3SA8A 2JJIA 5P56A 1F34A 3PM4A 5P6NA 3S45A 3SKGA 2JXRA 3IGBA 3OQ7A 1AZ5A 1ODWA 2VJ9A 4MC6A 4Y50A 3VV6A 3C9XA 4CPQA 5P5UA 1OEXA 2QHCA 1GNNA 4YOBA 5P73A 3ZOVA 1HXWA 2G69A 2AVQA 3APPA 5P32A 4Q5MA 2QZLA 2VIJA 5P5TA 4LHHA 3T6IA 1W5VA 2IENA 3S54A 3Q5HA 3URIA 3JW2A 2AVVA 1W5YA 4Y3EA 5P5CA 5P7IA 3O9CA 4GJBA 1FFFC 3NLSA 4DQFA 5OZLA 2AVSA 5ENMA 3ZKSA 3OQFA 5AHCA 4HDPA 4ZSQA 5P8LA 1QBTA 1SGZA 2PQZA 3IVIA 5OZ1A 4J1FA 3G72A 4DJQA 3I8WA 5P02A 5P2FA 5KQZA 3PHVA 5P82A 3F9QA 3GGUA 2I0AA 5P60A 4I0JA 5P4UA 2FLEA 1HVIA 3PVKA 5P3UA 3KFNA 1GVTA 3PSYA 3NXEA 2ASIA 1UH9A 2VA7A 1YX9A 4HEGA 1HSIA 2J9JA 1APWE 5P4HA 2HB3A 1FQ8A 5P4IA 3JVWA 3BXRA 4YHQA 2F8GA 2APRA 3SACA 5P1RA 5P1SA 4Y5BA 5P6KA 2Q55A 3R0YA 4A4QA 4NJVA 3WZ8A 5JODA 4MC2A 3UDQA 3O9FA 5P45A 3LPKA 5P0HA 2ZJJA 3CIDA 4DJVA 1ZP8A 2OHQA 1LYBB 5P4ZA 2V00A 5P7PA 1IIQA 5P4XA 3NXNA 1SH9A 4OC6A 3TPPA 1C70A 3KMYA 1PSAA 4TRWA 4DQHA 4Y3RA 4EHCA 3PWWA 2PK5A 2AVMA 4QJ6A 2AVOA 3PWMA 1FF0C 3AIDA 2G26A 4Y3FA 2AOCA 4QJ8A 5B18A 1JLDA 3G70A 4LXAA 1PPME 4Y35A 3KDBA 2I4UA 5OZAA 2Q3KA 1ZSFA 3O9HA 2ZJIA 3HVPA 5OZ0A 1IZDA 5P5JA 2PK6A 1EPME 2XFIA 3QROA 5P2GA 3KFRA 1Q9PA 2I4VA 3OOTA 5P2OA 5P20A 5P35A 5I3YA 5P24A 5SY3A 4R93A 2VJ7A 3URLA 4Q1XA 5OZGA 2VIZA 3QI1A 5P7FA 3LZSA 1C6XA 5P0EA 3I7EA 1C6ZA 1BIMA 5P37A 5P7TA 5OYXA 4ACXA 3WZ6A 2F3KA 4J0YA 5IS4A 5P0LA 3HW1A 4ACUA 1W6IA 3MSLA 3LZYA 2Q15A 3LZVA 4GJCA 5P4AA 4NJUA 1AXAA 5P1WA 5P68A 4Y3NA 2OHKA 1MEUA 2BPXA 5P5KA 1HVLA 3CYWA 5P1MA 3NU6A 5HTZA 4J1IA 3EKPA 2QAKA 5DPZA 4DPFA 2IS0A 5P72A 1IDAA 2PYMA 2NXMA 1META 2ZHVA 5P5WA 3UFNA 3CKTA 5HE5A 5OZXA 3TOGA 9HVPA 3L38A 5COKA 4R95A 5HE7A 3SA3A 5P7NA 4FM8A 3ZPUA 2Q11A 5P0DA 5P3WA 5P64A 5P1FA 1MT8A 5P3JA 5IVRA 2R9BA 3EBZA 5P55A 1FQ7A 5OZDA 2OHLA 2G22A 4D88A 4I0FA 3CKPA 4FRSA 5P5EA 3QAAA 5P2LA 3EKYA 4FLGA 1EPPE 5P87A 5P8UA 5P3NA 3QBFA 5P30A 5P1NA 1HOSA 5AHAA 1EPQE 2V16C 4H3IA 4ZEAA 4B05A 1HVJA 5P00A 1KZKA 1MTRA 3N4LA 4L7JA 5P7VA 5P6YA 2G1OA 5OZUA 4RLDA 4Y37A 3HD8A 1APUE 3RU1A 1SIPA 2BPVA 4Y5MA 3K5DA 2G27A 3PCZA 5P5MA 3HZCA 2Q63A 2QI5A 5P53A 5P3VA 3SKFA 4ER1E 1B5FB 2WKZA 1GNMA 4Y43A 1E82E 4COEA 1K2BA 1XDHA 4J0TA 3SPKA 4YCYA 5P25A 5P2EA 2G20A 3PBZA 3K1WA 1PSNA 3VYEA 2RKFA 1G2KA 3OXCA 4YDFA 4TRYA 5P11A 2ER7E 4Y5NA 3S7LA 3OUAA 3BRAA 4ZPGA 1LEEA 3A2OA 5P51A 1IBQA 3SA4A 5DQ1A 2P3CA 2OAHA 5P7QA 1LYWA 4RGHA 3OXVA 3TOFA 2H6TA 1ME6A 5OZIA 5P3DA 2UXZA 2ZHRA 4GJ7A 4Y3SA 4XX4A 5P7GA 2ZHSA 5P1TA 3UDYA 5CONA 5P85A 3OADB 3OY4A 4Y3DA 5P1LA 3OK9A 5P2DA 1HBVA 3LPIA 1MSMA 1NH0A 4I0ZA 5OZ8A 1D4LA 3OXXA 2R38A 5P80A 3SO9A 2QI7A 2ZGAA 4D85A 5P0XA 5P1VA 1BXOA 2QD7A 5HDZA 1LYAB 2HS1A 4B72A 5P2YA 1YM4A 2O4SA 3GGVA 5OZPA 3UCBA 1QBSA 3LIQA 2BQVA 3LIZA 1YT9A 5OZYA 3T7XA 5P18A 5P75A 2FGUA 4RYGA 2QMDA 1ZBGA 2QMGA 3IXKA 5P7BA 1ZLFA 1MIQA 4EQ0A 3EKXA 3EL4A 4Y4DA 4DQBA 2I4QA 2ER9E 4ZPEA 3EKVA 4YD7A 5P36A 2QI3A 5P09A 2B8VA 2WF1A 3O9EA 5P4GA 2QD8A 1B6LA 1BBSA 5P71A 5P2IA 4Y47A 2BKSA 2I4WA 5HDVA 3I25A 1B6KA 5P03A 1T6EX 1GKTA 5OZJA 1FMUA 4RVXA 1HVRA 3D3TA 2AIDA 1LV1A 5P7ZA 3SA9A 3GI5A 5P7SA 4F73A 1EBKC 5DR4A 2HPFA 5P2TA 3NU4A 3EM4A 3TPRA 2P3BB 4Y3AA 5P2XA 5P1IA 2QZXA 5P69A 5P1YA 2JE4A 5P08A 5P34A 5P83A 1QBUA 5P4PA 5P5ZA 5P15A 5P3BA 2SAMA 4Y3XA 1BWAA 4EPJA 1XE6A 5ER1E 4RRSA 3KF0A 1ENTE 5KAOA 1FFIC 1LF4A 4X2LA 1W5WA 5P38A 1TW7A 4Y5GA 5BWYA 4OBKA 4Y41A 5P52A 1A94A 3PI5A 1TZSA 2AOGA 4ZE6A 5P28A 2AOEA 1XN3A 2AODA 1DP5A 2FMBA 2H6SA 2V11C 4Y45A 5P12A 5P31A 5P05A 3KN0A 5P54A 5P74A 5P2NA 5OZHA 2FNSA 4Y6MA 3ZL7A 1RPIA 5P6QA 1CMSA 3DM6A 5P3GA 5PEPA 3EL5A 1LYBA 1M0BA 4I8ZA 1XN2A 1HXBA 4L7HA 4FCOA 4Y5AA 4Y3LA 3KYRA 4YCTA 4D89A 2IKOA 3UQWA 3PMUA 3K4VA 4Y3QA 4I0DA 1BDRA 5P4QA 2VJ6A 5P7OA 1K1TA 3EM6A 3INEA 4Q1NA 2V0ZC 3IA9A 1HPOA 2PH8A 3SQFA 1SGUA 4Y5LA 4KB9A 4RCFA 7HVPA 3VV8A 1QS8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AMT A;  3FX5 A;  2BBB A;  1HEG E;  3ZKG A;  5HE4 A;  5P22 A;  4PYV A;  5P4V A;  3ZKI A;  3PEP A;  2G1S A;  1FIV A;  2G24 A;  2QZW A;  2V12 C;  2QK5 A;  5P7A A;  5P7W A;  3UPJ A;  5P06 A;  3AUP A;  1VIJ A;  3VFB A;  1FMX A;  4EWO A;  4OBH A;  5P58 A;  2HPE A;  3VCM A;  3L5F A;  5P48 A;  1QBR A;  1B11 A;  3KT2 A;  1MT7 A;  1ODY A;  5AH6 A;  5P0R A;  4Y4X A;  5P46 A;  2VIY A;  3L59 A;  2ZJL A;  2WED A;  2PYN A;  5P29 A;  4I0G A;  3RSV A;  2WF2 A;  4J54 A;  5P7R A;  4B77 A;  3GI6 A;  5P1Q A;  3VSW A;  5P4N A;  1BDQ A;  1HWR A;  2WJO A;  5P7H A;  5KQY A;  4Y4J A;  1PFZ A;  3CIC A;  1AID A;  5KQX A;  4Y58 A;  1MER A;  5KOQ A;  6FIV A;  2UPJ A;  2VNM A;  4A6B A;  1YG9 A;  4HVP A;  3UF3 A;  3JVY A;  4GJ8 A;  5P0B A;  3ZKQ A;  4M8Y A;  1HVS A;  3SLZ A;  5P5B A;  3ZLQ A;  5I3V A;  1AAQ A;  1A9M A;  5P40 A;  4I0H A;  3LPJ A;  4Y3H A;  4IVS A;  3RTN A;  3LIV A;  3S53 A;  2REN A;  3PB5 A;  3K5G A;  5OZ7 A;  5P0F A;  4WY1 A;  2BB9 A;  1U8G A;  5P3Q A;  1B5F A;  3FNS A;  3ER3 E;  2AZC A;  4B0Q A;  1GVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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