5HVPA

Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-angstroms resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-A resolution.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hvpA00
6APRE 3FNTA 3KF0A 1HIVA 5P0SA 4Y5NA 5COPA 2PWCA 1YTHA 1ENTE 2MIPA 2V13A 4Y4GA 5DGWA 1M0BA 2EWYA 5OZ1A 4K9HA 1Z1HA 3QN8A 5P7MA 3GW5A 1RV7A 5P4QA 4FCOA 4LBTA 2OHQA 4Y4EA 1BIMA 3OU4A 2VJ7A 3KT5A 2NNPA 5P3AA 3VF7A 4BEKA 4Q1YA 4Y3AA 1IZHA 3SA7A 1C6YA 3NDXA 2RKFA 3CIDA 4DVFA 1WKRA 5P0XA 1MTBA 1MIQA 1NPAA 5P0UA 2AOFA 2QHCA 3IAWA 5P5BA 5AGZA 1HHPA 5AH9A 2B8LA 3TOGA 3RVIA 2FGUA 4OBDA 3TOFA 3HW1A 5P7NA 2IL2A 4FRSA 5P3JA 4DI2A 1HVHA 1ODWA 4I8WA 4B78A 4CPQA 5P4LA 5P69A 5E5KA 1EC2A 1XL5A 2I0DA 1ZSRA 3WZ8A 5P18A 4JP9A 1C6XA 4Q1NA 5P44A 5P2LA 4Y36A 5P5VA 3UDYA 5P3VA 2PYNA 3IXOA 4OBZB 4Z22A 3RSVA 1HTFA 1SDVA 5P76A 5J25A 2H6SA 5I3XA 1ZPKA 5P5AA 4IVSA 5P3MA 1DP5A 1TW7A 5P2FA 5SXNA 3KFNA 5P8UA 5AHCA 4ZPFA 4FE6A 5I3VA 2WL0A 5P77A 5P46A 4YD5A 3R0WA 3AIDA 1C6ZA 1FQ5A 2HS2A 1EPLE 2PSUA 3RSXA 4GJCA 3S56A 4YE3A 3UDPA 3SA3A 4I11A 5IVSA 3OU1A 1GVXA 4DJWA 3LPIA 5P4XA 2HB3A 2HPEA 2HM1A 2QI0A 4HLAA 3OUDA 1MUIA 2F8GA 4J54A 1K2CA 5P1DA 3S54A 1EPPE 4RCEA 3HD8A 1SIVA 4Y4BA 4K8SA 1B6PA 3SM1A 5P6BA 1GVWA 3O9DA 3T6IA 4Y5BA 1LYBA 1MT7A 2HB4A 3OTYA 5P5FA 4CPXA 1ME6A 2BPWA 5P12A 5P83A 1BWBA 3OY4A 2NTRA 3TKGA 3TOHA 3ZKSA 2A1EA 4Y9WA 5P6KA 1FG8C 3KDDA 5P1XA 5P3XA 5P2CA 3U71A 2I4UA 3OAGA 4DH6A 1VIJA 4K4QA 3EXOA 5P6PA 2FDDA 1W6IA 3O9AA 1TCXA 1XE5A 5P71A 5P02A 4DFGA 5DQ2A 5P2SA 3I7EA 4OC6B 3UQPA 4OBJA 2WEAA 3NR6A 1EC3A 3SO9A 2V10C 2QI3A 3KT2A 4Y43A 5P5ZA 5P1OA 4B0QA 1HEGE 5P3ZA 3ZKQA 3EM4A 3INDA 2B7ZA 5P7FA 5F01A 5P2GA 3ZKNA 2IGXA 3UDKA 5P15A 2WHHA 4Y3MA 4L1AA 1BILA 1XN2A 2F81A 3L5CA 3QPJA 5P7QA 2Q11A 1UH8A 2FIVA 3GI4A 4I8ZA 4Y3QA 4XKXA 3I2LA 2Q15A 1FMUA 1HPVA 2HS1A 3FIVA 5OYVA 1HPXA 5P38A 1B6LA 1HVJA 2FNTA 5P31A 2A4FA 4Y4TA 3IN3A 4K4PA 1CPIA 5P0HA 2IGYA 3OUBA 5P2IA 1KJGA 2V0ZC 5P5UA 4A4QA 1FMXA 3S53A 2AOGA 3EBZA 5P5KA 5P34A 1ZLFA 5P1GA 3UQUA 3OU4B 1C70A 3VYEA 5P0GA 1A9MA 1MEUA 3NWQA 4Y4XA 4DQGA 1E80E 3JVWA 2FGVA 3Q6YA 3NU6A 4Y3EA 5P19A 3HVGA 4Z50A 5P42A 4J17A 5AH8A 2APRA 5OYUA 2ZJKA 5P1TA 4XX3A 2AOCA 4HDPA 5SY2A 1HVLA 5P3RA 3LINA 4N00A 5DPZA 4F75A 5P5OA 2QNQA 1E82E 4MC9A 4Y3NA 1FG6C 5P40A 4F73A 3OWNA 2IRZA 5P5PA 5P30A 2IEOA 2B8VA 2QAKA 4X2LA 3PCZA 4Y41A 5OZBA 3M9FA 3QVIA 2XFIA 3EL9A 4QJ9A 4L6BA 4L7GA 5P1FA 4EJKA 3RTMA 4Q5MA 3UDMA 5IVRA 4YCYA 5P7YA 3O9IA 1AJVA 2ZGAA 2B42A 5OZ8A 5P2TA 5P8EA 2ANLA 3PEPA 4JOOA 4Y3GA 3ZL7A 2QK5A 3D91A 4APEA 5P2EA 3G70A 2I4VA 4TRWA 3SLZA 3EKYA 4CPTA 1TQFA 3SACA 6UPJA 1LF4A 3T11A 4YOAA 3ZMGA 3NUJA 4HDFA 5P4BA 5P3TA 4CP7A 5P6UA 3EKTA 2IENA 5KQZA 3OADA 3B7VA 3URLA 3VLAA 4FM6A 1RPIA 4Y3LA 4Y48A 2NMZA 3S2OA 5P82A 4Y3TA 5P74A 3IVHA 4FAFA 4JECA 5P81A 3IVIA 2R43A 1FQ6A 5P48A 5P2AA 2ZJJA 5E5JA 3OUDB 2R9BA 4D89A 2BBBA 3QS1A 1B5FA 4A6BA 3KN0A 4R91A 3TKWA 4Y5PA 2ER6E 5P1MA 1B6MA 1M43A 5P1WA 8HVPA 1LYBB 5OYQA 3QAAA 5P6SA 5PEPA 1K6PA 2ER9E 4GJ5A 5P1YA 5P0ZA 1D4JA 3FKTA 2JE4A 3EC0A 5OZ5A 4RYGA 4Y4WA 1HWRA 3PMUA 5P2VA 5OZLA 5P7PA 3OAGB 4EQ0A 4OBHA 4I10A 1FQ4A 3K5GA 5P6XA 5KAOA 5OZHA 5P06A 5OZRA 1FEJC 5CLMA 4RZ1A 1LZQA 5JFUA 3DV1A 5P60A 5P5HA 5KR0A 1IVQA 3PLLA 5P4YA 5DQ5A 1OEXA 3UFNA 1W6HA 1AM5A 2BPXA 4EXHA 5P50A 2CEJA 1DMPA 1BXQA 1TCWA 2FXEA 5P7LA 3A2OA 3UDJA 1LV1A 1SH9A 4J0TA 1B6KA 3VFAA 4L1AB 5OZWA 5P0WA 4LAPA 3SPKA 3GGVA 5ER2E 5P7AA 3K5DA 1LYAA 2I4WA 4I0FA 1HIHA 3INFA 5P26A 1G35A 3VYFA 3TTPA 4FL8A 4FM7A 3EKVA 1FB7A 5OZAA 3S45A 1SGUA 4F76A 5P11A 1BWAA 1BDLA 3DCRA 3HDKA 5P7KA 3DV5A 5DR4A 5P6IA 3VF3A 1FQ8A 2Q64A 1ZSFA 3S8IA 5P80A 1FIVA 2VJ6A 2QCIA 4ZIPA 4F74A 2R8NA 2IKOA 3NDTA 4RROA 4Q1WA 1BV7A 5P6CA 2I1AA 2VNMA 3TPPA 3O9BA 3K4VC 5P7EA 2QMGA 2OHRA 2G27A 3PSUA 3UDNA 5P5JA 1LF3A 1HXWA 5P1ZA 1HIIA 3Q3TA 4YBIA 2G1RA 3CYXA 3ZPSA 5DQ1A 5P4CA 3LZVA 3ER5E 4HE9A 2QZKA 5P55A 5P7SA 5P1PA 4J0ZA 5P8OA 2I4XA 5P2WA 2G1YA 5P09A 5I3WA 2CENA 3ZPTA 1WBKA 5I70A 4KE0A 5P6WA 7UPJA 5P08A 2NXMA 2QZWA 5JFPA 4I0ZA 1SMRA 2P4JA 1ZAPA 3QP0A 4DJOA 2G1OA 3NU3A 1SP5A 5P3YA 4Y44A 5SZ9A 4HA5A 3MXDA 4Y53A 5P87A 2PQZA 3PCWA 1DW6C 3K5CA 5OYWA 2HIZA 3FSMA 4YD6A 4Y51A 1AXAA 5P3KA 3ZOVA 2ER0E 4J0PA 4Y5AA 5KOQA 5F00A 5DR3A 5P5GA 3UQWA 3T7QA 3OQDA 4Y3PA 5P25A 1U8GA 4FIVA 3SA5A 5P86A 2FXDA 2QI4A 1KZKA 4Y56A 2WEBA 5P5DA 1QS8A 5OZSA 4PHVA 4I0DA 3OADB 5P2KA 3D1YA 3OXWA 5P3OA 3WSJA 4ER2E 4ZSQA 4XXSA 3SA8A 5P62A 1NSOA 4AA9A 4DV9A 2PC0A 5P3UA 5P8TA 1YTJA 2JJIA 3L5EA 2XFJA 4I1CA 2RSPA 1B5FB 1ZJ7A 2QNNA 5DR7A 2R3TA 3KFRA 3WZ6A 2VIJA 3L58A 5P8CA 1RNEA 4YD3A 5HE7A 1AVFA 3ECGA 4B72A 4DJUA 3BHEA 5HU1A 1FMBA 4MC2A 4DQCA 4E43A 2VA5A 3OQKA 3UQRA 5P7UA 3URJA 1Q9PA 3EKXA 5OZKA 4R95A 2FS4A 4Y57A 5P8VA 3FV3A 2WF4A 4OBKA 2I4QA 4MC6A 1B11A 4GZFA 5P2HA 4Y3ZA 5P0QA 4DJRA 1OEWA 3FNSA 2NPHA 5P6TA 4QJ8A 5P7RA 5P39A 3S7LA 1EPQE 3R0YA 1HRNA 5P1NA 4Y5KA 3O9GA 3LIVA 3I25A 1GVUA 3VUCA 5P1KA 5P7CA 5P1UA 2BKSA 1A8KA 3EKWA 2QD7A 1MSMA 2UPJA 4L7JA 4LHHA 1YM4A 1AIDA 1IDBA 1QBUA 4ER1E 4Y3SA 5IVQA 5P8DA 3Q5HA 5P4IA 4YOBA 1SGZA 1HPSA 5P6EA 4X7IA 5BRYA 4GJ9A 3NXNA 5APRE 4DJXA 5P4PA 1LYAB 1GVTA 3PI5A 3WZ7A 2IQGA 3AUPA 4J1EA 3EL4A 4Y4ZA 5KR1A 5P4EA 3PHVA 1TZSA 4K4RA 5JG1A 4GJ8A 5P0FA 2ZHUA 5P5TA 4FAEA 2WF2A 5P58A 2IS0A 5OZ7A 3PJ6A 3INEA 3EL0A 4YHQA 5P0OA 4NJSA 5HE4A 1UH7A 1XE6A 5P3LA 2AVMA 4OD9A 4Y58A 3VV8A 3S43A 1PSNA 5P5RA 1HBVA 3KFSA 5P0YA 5COKA 1BXOA 2V11C 1HPOA 3ZPUA 5P33A 2RKGA 5OZZA 1MRWA 4EHCA 1BDRA 2RENA 4FRJA 1W5XA 5P28A 5P2ZA 4FRIA 2FLEA 2VKMA 3GGXA 4RVXA 5P4FA 3TPRA 4ZSMA 3SQFA 2F3FA 4RGHA 4RVIA 3L5DA 5DQCA 2AODA 4R5NA 2P3BA 3D3TA 1QDMA 5P0BA 3O9LA 1K6CA 2OHLA 5P1EA 4BFBA 1K6TA 5P6AA 4Y4AA 1MPPA 5HCTA 3EL1A 4NJUA 5P3GA 5P5CA 1BVGA 5P6RA 4FLGA 3ST5A 4NPTA 4Y5LA 4GB2A 1T7JA 1BV9A 3VLBA 1NPWA 5P7JA 4EJLA 1HSHA 2OHPA 1QRPE 5OZUA 5P2RA 4J5JA 5P73A 1HVRA 1EAGA 3UPJA 4RLDA 4ZLSA 5P4DA 5P4JA 1W5YA 3O99A 4FM8A 4YA8A 1IIQA 5P0TA 5P6DA 4GJAA 3NWXA 3GGUA 1HOSA 4Z4XA 1MVPA 1EBYA 3KA2A 3PWMA 3T3CA 5HU0A 3SAAA 2QMDA 4Y5EA 1EBKC 3T7PA 5P8MA 1A8GA 4RRNA 5P5WA 1NPVA 3OGPA 2QU3A 1ODXA 4PYVA 4Y3YA 3SABA 5P0AA 4CKUA 5P70A 4JPCA 4U7QA 4ZSPA 7HVPA 2WEZA 2WECA 5P7TA 4RYCA 2ZJIA 5P3WA 2B60A 3OHFA 1D4KA 1OD1A 4DQBA 5P61A 3BUGA 5C9DA 4Y6MA 2BKTA 5P8KA 2Q5KA 3CMSA 4AZYA 1ER8E 3OHHA 5HVPA 2VIEA 3JW2A 4EYRA 4DJYA 2O4SA 4Y38A 3UHLA 1GVVA 1MTRA 5P3BA 2Z54A 1F34A 1W50A 1K1UA 3PVKA 3L3AA 3OU3A 5P6JA 3GI6A 1SDTA 5P5LA 4ER4E 4NKKA 1HTEA 5UPJA 4I12A 5P1BA 3VF5A 2NMYA 5P7HA 1Z8CA 3PWRA 1D4SA 5TOLA 4Y4DA 2AZ9A 4Y3JA 2OHMA 5P2OA 3BGBA 5P1JA 5P4SA 3GGAA 1G0VA 4WY1A 3OQAA 2IDWA 3PLDA 1LYWA 2O4NA 4Y50A 1PROA 3OU1B 1XL2A 5DGUA 2Q55A 5OZ6A 3I8WA 5P0JA 2P83A 2PWRA 1T6EX 3MWSA 5HCOA 5P6MA 3NU4A 1ODYA 5P1QA 2AOIA 2VIYA 4Y5CA 2BQVA 4YD7A 1XS7D 4ZSRA 1YG9A 5OZCA 5P5XA 2FMBA 4CPWA 2O40A 5OZDA 1SMEA 5HDZA 1FKNA 3T7XA 3UDRA 2IKUA 3L38A 1D4LA 5P53A 1E81E 5P3QA 4PZXA 4DJVA 4R93A 5P36A 1IZIA 2QMPA 4OD9B 4AUCA 1PSOE 5P13A 3KMYA 3S43B 3TPLA 5P17A 1JLDA 1ZPAA 4S1GA 3CKPA 4LC7A 5ENKA 3OXXA 4OBZA 2O4LA 5P7VA 1W51A 2P3AA 5P20A 2P8HA 3MSKA 3SA4A 4AMTA 5C9FA 2V16C 3UTLA 1HVKA 2BB9A 3IN4A 5P32A 3LNKA 3LITA 4COEA 5CONA 3PI0A 5OYYA 5OZPA 3NLSA 5P8JA 3TL9A 2SAMA 1XDHA 1KJFA 4U7VA 2VIZA 5P65A 4EJDA 1MT8A 1EPNE 4I0HA 2UXZA 5P0EA 2Q63A 2G69A 5P0VA 3O9LB 3LZUA 3EKQA 5P59A 3U6AA 3EM3A 4GJBA 2ZJNA 3UCBA 4J55A 2PMAA 5P6OA 1IVPA 3APPA 5P2QA 5P5NA 4EXGA 4LXAA 3TH9A 3QIHA 5P0IA 3OXVA 3GI0A 3HLOA 5P10A 3APRE 4APRE 4B1EA 5P1IA 4HEGA 1GNNA 3MSLA 2QU2A 3RTHA 4OBFA 5P4VA 3ZLQA 2O4PA 5P4NA 1T7KA 3KYRA 4JPEA 1MRXA 2PK6A 5P4AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 6APR E;  3FNT A;  3KF0 A;  1HIV A;  5P0S A;  4Y5N A;  5COP A;  2PWC A;  1YTH A;  1ENT E;  2MIP A;  2V13 A;  4Y4G A;  5DGW A;  1M0B A;  2EWY A;  5OZ1 A;  4K9H A;  1Z1H A;  3QN8 A;  5P7M A;  3GW5 A;  1RV7 A;  5P4Q A;  4FCO A;  4LBT A;  2OHQ A;  4Y4E A;  1BIM A;  3OU4 A;  2VJ7 A;  3KT5 A;  2NNP A;  5P3A A;  3VF7 A;  4BEK A;  4Q1Y A;  4Y3A A;  1IZH A;  3SA7 A;  1C6Y A;  3NDX A;  2RKF A;  3CID A;  4DVF A;  1WKR A;  5P0X A;  1MTB A;  1MIQ A;  1NPA A;  5P0U A;  2AOF A;  2QHC A;  3IAW A;  5P5B A;  5AGZ A;  1HHP A;  5AH9 A;  2B8L A;  3TOG A;  3RVI A;  2FGU A;  4OBD A;  3TOF A;  3HW1 A;  5P7N A;  2IL2 A;  4FRS A;  5P3J A;  4DI2 A;  1HVH A;  1ODW A;  4I8W A;  4B78 A;  4CPQ A;  5P4L A;  5P69 A;  5E5K A;  1EC2 A;  1XL5 A;  2I0D A;  1ZSR A;  3WZ8 A;  5P18 A;  4JP9 A;  1C6X A;  4Q1N A;  5P44 A;  5P2L A;  4Y36 A;  5P5V A;  3UDY A;  5P3V A;  2PYN A;  3IXO A;  4OBZ B;  4Z22 A;  3RSV A;  1HTF A;  1SDV A;  5P76 A;  5J25 A;  2H6S A;  5I3X A;  1ZPK A;  5P5A A;  4IVS A;  5P3M A;  1DP5 A;  1TW7 A;  5P2F A;  5SXN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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