5IS4 | Genus

Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__100456299717105__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__100456299717105__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5IS4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__100456299717105__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"100456299717105","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5IS4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__100456299717105__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d113e5fed5586400526d597/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d113e5fed5586400526d597/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d113e5fed5586400526d597/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d113e5fed5586400526d597/pdb.gz): 1567 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library rcsb
molecule keywords	Endothiapepsin
total genus	87
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-03-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5is4A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5is4A01

2O4SA 1AAQA 4CPRA 5P6IA 4LAPA 2P3DA 4CPQA 2O4PA 4B05A 5P01A 5P8HA 4FM8A 2QD7A 5P29A 4NPTA 5HDVA 5P13A 5P5AA 5P4PA 1J71A 3UQPA 5HE4A 4FCOA 4J0PA 2V13A 1DAZC 2IQGA 4FAFA 1MEUA 1K6TA 1DMPA 1APUE 4Y3SA 4OBZB 3K5FA 3UTLA 4RROA 3AIDA 2F8GA 3S54A 5KAOA 5B18A 6APRE 4OBGA 4OC6A 5DR4A 3EBZA 5C9DA 1W5WA 5P5JA 5P6DA 5KR1A 4J1KA 3S53A 3LIYA 1UH8A 3KM4A 3R0WA 3UHLA 1VIJA 4ZIPA 1GNOA 5P2XA 4L7JA 5P62A 3OADA 5P6UA 3JVWA 2AOGA 5OZMA 3O9CA 2VA6A 1GVXA 1IZHA 2QU3A 2Q54A 2QZXA 4I0FA 4ACXA 2XYEA 1EPRE 4HLAA 9HVPA 4TRYA 2ZGAA 4Y5KA 1RL8A 2VIZA 5AH9A 1BWBA 1TCWA 1XL2A 5P86A 1T6EX 4DJWA 5P30A 3OUAA 2NNKA 5OZGA 3CYWA 3L5CA 1HRNA 1PROA 3IXJA 5OZJA 3ST5A 1LYBB 4U7VA 1BWAA 3NXNA 3C9XA 5P4CA 5P49A 2ER6E 2B60A 2WEDA 5P7LA 1LYWB 3ZKSA 2OHSA 4Y39A 5P08A 2AZBA 2UPJA 5TOLA 4WY1A 2FDEA 3S7MA 5OYTA 2AQUA 4Y5GA 4R8YA 4BFDA 2FXDA 2IS0A 3KN0A 4Y3AA 4QJ2A 2AVOA 3T11A 1FQ6A 1BDRA 1IVQA 1EC2A 4I8ZA 5P3QA 3G70A 1FG8C 2F3FA 4B70A 1M4HA 2QI3A 4KE0A 3NDWA 3UF3A 2ZJMA 4RYCA 1BXQA 5P1QA 2IDWA 2OHTA 4YOAA 4CPWA 2PMAA 3L5BA 5DQCA 3INDA 4GJDA 5P6FA 2CENA 5P4BA 1BIMA 1MUIA 1EC1A 4F73A 5P5RA 4DJRA 4FRKA 3NSHA 1PPLE 5P1XA 3KF0A 3NXEA 2VNNA 2ZJNA 3SKGA 4DH6A 4ER4E 5OZ9A 5HDUA 5P50A 3LPIA 4K4RA 4Y48A 1BXOA 4DQBA 1T6GA 4Y6MA 3LIZA 3BC4A 4OC6B 3L3AA 4Y3GA 5HE5A 3GGXA 5BWYA 2HPFA 2G1NA 4ZPEA 4APRE 1XN2A 3K1WA 4RZ1A 5P69A 3KMXA 4Y50A 5P8QA 4KE1A 2FDDA 5OZ0A 5P7RA 4NJTA 3M9FA 2V11C 3QI1A 5P61A 1ER8E 3OUBA 1FKNA 5APRE 3WSJA 1HPVA 2WF4A 5P1OA 5P15A 3OADB 4GJCA 4EYRA 4Y5NA 3F9QA 2AVMA 2OHQA 5DR0A 2QNNA 4H3IA 1QDMA 3OOZA 3NU6A 5P2IA 4U7QA 3GGUA 3IVIA 3H0BA 4LXAA 4FS4A 4Y51A 3K5DA 5DR8A 2NMZA 5P6VA 3INFA 4AUCA 3EL4A 2Q11A 3B7VA 1D4LA 4Y3QA 5P4TA 4OBDA 1FQXA 3OY4A 5IS4A 5P3FA 3S43A 2G69A 3BVBA 4GB2A 5P3AA 4Y56A 3DJKA 4Y5LA 5AHCA 5I3YA 2R9BA 4LC7A 4NPUA 3HAWA 1B6KA 2AVQA 4NJSA 5P0CA 5P1AA 5ER1E 1W50A 5P48A 1K1TA 4Y9WA 4Y45A 2PSGA 1C70A 5P37A 2BPZA 4Y3YA 3WB4A 5P14A 1IDBA 1IZEA 1ODWA 5P8CA 1ZTZA 2A1EA 3BVAA 3SA6A 2OHMA 2V10C 1E5OE 3ZPSA 3KMYA 5OZRA 5P3UA 4YD7A 5P22A 1XL5A 5P3GA 1ZJ7A 5P1WA 1Q9PA 1HVJA 4YCYA 1MTRA 2PH8A 5OZXA 4Y3EA 5P6WA 4ZE6A 1IZIA 4EJKA 5KOQA 3EKTA 2V00A 4DQHA 5CONA 5P8IA 4Y54A 4Y5AA 5JFUA 3O9LA 2ZHRA 5P4LA 2PWRA 3MSKA 4R5NA 5P4GA 5IVRA 3FIVA 4Y3NA 4I10A 3VF3A 1D4SA 3SQFA 5I3XA 5KR2A 4Y47A 2PYNA 4AA8A 2Q55A 5P7GA 4R93A 5P4DA 4Y3HA 1LZQA 3PI0A 1HEFE 5J25A 3MXEA 2AOHA 3N4LA 3VYDA 5E5KA 4ER2E 2VJ9A 5P87A 4K4QA 3TNEA 5P73A 1KJ4A 3AUPA 2QI5A 5P35A 2G24A 4Y4ZA 2AZ9A 2FDPA 1HXBA 5C9FA 3S43B 5OZBA 4ZEAA 2FXEA 3INEA 1A94A 2HB3A 1EBYA 3R1GB 3OQ7A 5P67A 5P3SA 3S45A 2ASIA 4S1GA 5P02A 1KJHA 5P5ZA 1HTGA 4J0YA 2IGYA 4J1FA 4Q5MA 5P0PA 2O4NA 2P3CA 3B80A 5P12A 2FMBA 4YA8A 2QZWA 1EEDP 3FX5A 2I1AA 1XE5A 3IAWA 3LPJA 4Y41A 2R8NA 2XFJA 2AOJA 3OXXA 5P0EA 5AHAA 4B72A 4L7GA 3N3IA 4D89A 1EBKC 5P34A 4QJ9A 5P5LA 2I4DA 4DPIA 4I0JA 4L6BA 2B42A 1GNMA 5P63A 2AOEA 5OYZA 1FQ5A 1QBRA 5P1FA 3S56A 1K2BA 3K4VA 3TPLA 2BPYA 3LIQA 5P4NA 5P66A 4Y53A 3LIVA 4L7HA 1U8GA 4B78A 1PFZA 3VCMA 5P6EA 2VIYA 4RLDA 4DUSA 5EZZA 5P31A 3SABA 4Y36A 5KQXA 4DVFA 2F81A 3TH9A 3TOGA 5P7OA 4QJAA 3VFBA 5P64A 2G1RA 3NLSA 5OYYA 4MC9A 2G26A 2BPXA 5COPA 3LZUA 3DCRA 4FRIA 2BKTA 5P7BA 1A9MA 4LP9A 5P8NA 3LZSA 5OZNA 2JJJA 1FGCC 4Q1NA 1NSOA 2HPEA 2RMPA 3VF5A 3GI6A 5P11A 5P7SA 5AGZA 2OHLA 2ER9E 2BKSA 3WZ6A 4EXHA 2B8VA 2QK5A 3PSGA 5DQ5A 5IE1A 5OZ7A 4Y5CA 5OZEA 5OYQA 4BELA 3EC0A 2JE4A 4ZPGA 3O9DA 1W6HA 1FQ4A 1ZAPA 3I6OA 2VKMA 3KFSA 4Y4BA 5OYRA 3MSJA 5OZHA 2V16C 3LZVA 5P2UA 5P52A 3KDDA 3PLLA 2QD6A 3INHA 3BXRA 4RVIA 4OBJA 1FB7A 3L5EA 2G1OA 1LF2A 3HBOA 3BGCA 1FQ7A 5P5SA 4I8WA 5OZOA 2QI4A 3WB5A 5KQZA 5P8TA 4K8SA 3TTPA 4R91A 5P5DA 5P5CA 5P3RA 3ZKXA 1HVLA 2VA7A 4K4PA 5P4VA 5P1BA 1QBUA 5P2AA 2QZLA 4YCTA 5P19A 4QLHA 2EWYA 1RNEA 2IGXA 5P45A 1AIDA 2V0ZC 3LINA 2FGVA 5AHBA 1IDAA 1WBMA 4LBTA 3TKGA 3NWXA 1HSGA 1EAGA 4J55A 3SACA 3QRVA 5P0OA 2PK6A 5P27A 4EP3A 4ACUA 1APVE 5IVQA 5P3TA 5P2YA 5P4QA 3OXCA 5P3LA 1GVUA 4RVXA 5P28A 5P09A 4FLGA 5HCOA 1KJFA 3NUJA 3MXDA 2HB4A 3PRSA 2QHCA 2NXMA 1HIHA 4Q1YA 3EM4A 1HVIA 3L5FA 4EHCA 3PCWA 4Y4UA 3ER5E 4CPXA 5T4SA 3TOFA 2RSPA 5P65A 2ZJJA 3OU4A 5BRYA 1T7KA 3O9HA 1BILA 1LV1A 5P3JA 5P3PA 5P53A 1ZPKA 3QVCA 4MC6A 2P83A 5P1SA 2QI1A 3KDBA 4Y38A 4N00A 3S7LA 1W6IA 5ENKA 5HDZA 3RU1A 3VSWA 1HTEA 3EL0A 4Y58A 2I4UA 2I4VA 1ZBGA 6FIVA 1DIFA 1JLDA 1EC3A 2QZKA 4AA9A 5P83A 5P6PA 4Y43A 1EPQE 4Q1WA 4Y35A 4FM6A 5P2SA 4Y4TA 3I7EA 4Y57A 4A4QA 4L1AA 8HVPA 1B6JA 3UQUA 3FKTA 3NWQA 2WF3A 5HTZA 4ZSQA 4XXSA 4FIVA 5OZ4A 2RKFA 4FSLA 5EZXA 1HVRA 5P7MA 2ZHSA 2AVVA 3TOHA 5P6KA 4A6CA 3QRMA 5P00A 4PZXA 5P2MA 2FGUA 1W51A 4Y5BA 5P4IA 4MC2A 4EP2A 5P1KA 4Y3PA 4Y44A 4D83A 3PWWA 5P0UA 5P36A 1HOSA 5ENMA 3NU3A 1TQFA 1W5XA 3CYXA 3ZKGA 4K9HA 1SBGA 4JOOA 3Q70A 1HBVA 1B5FA 5P84A 1TSQA 2NTRA 5P54A 2FS4A 2ZE1A 2PSUA 2VJ7A 2AVSA 5P7ZA 4B0QA 2NPHA 4Y3DA 3TPPA 5P0SA 1D4KA 5KOSA 4H3JA 4GIDA 4DJXA 5PEPA 2ZJIA 3MSLA 1YT9A 1Z8CA 5JFPA 5P23A 3K5GA 2OHPA 3U7SA 2WF0A 5P4AA 5P4EA 5P59A 2VS2A 4JPCA 3I2LA 1FMXA 3KYRA 5P2QA 5P6QA 1GVWA 3SM1A 1FMUA 3OU4B 2JJIA 5P8OA 2FLEA 2QD8A 2QAKA 1N49A 4RRSA 3PEPA 5P0KA 3R4BA 1YTHA 5DQ4A 5DPZA 1RQ9A 3EM6A 4QGIA 4HDPA 5KQYA 4XX4A 2Q3KA 5P4FA 2VNMA 4CPSA 2I0DA 3TKWA 4LHHA 3ZKNA 4RRNA 4J5JA 5P6OA 4HZTA 3KA2A 1ENTE 1MRXA 3RSXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5P5N A;  4ZLS A;  5P46 A;  4DJV A;  1NPW A;  5P60 A;  2G1S A;  3UQX A;  2WEA A;  5P7Q A;  5OZ1 A;  4IVT A;  5P5Y A;  1T3R A;  3SKF A;  5P6T A;  5P80 A;  3Q4B A;  4Y4J A;  5P8L A;  5P7F A;  3UDY A;  2IL2 A;  5OZ8 A;  4Y5E A;  2WEB A;  3EKY A;  2ZHT A;  3OU1 B;  5P82 A;  3HW1 A;  1GNN A;  5P74 A;  5OZ6 A;  4DV9 A;  2HS2 A;  2ANL A;  2QHY A;  3KFR A;  2H6S A;  4OBK A;  3VEU A;  1A30 A;  3IN4 A;  5P5V A;  5DR1 A;  4COE A;  5P4J A;  1HVH A;  4E43 A;  3KDC A;  2P3B B;  5P44 A;  2APR A;  3EL9 A;  1D4H A;  3SA9 A;  3EKW A;  3GGA A;  5P7N A;  4JPE A;  3KT2 A;  5P5T A;  1ZSF A;  2HM1 A;  5P4M A;  4OBZ A;  3OTY A;  4QJ6 A;  2QP8 A;  2VJ6 A;  3QS1 A;  4RVJ A;  3NDX A;  3WZ8 A;  4I0H A;  5P2O A;  2ZHU A;  5P7H A;  5P1Y A;  2VIJ A;  5OZT A;  5P17 A;  3UDK A;  1ODX A;  3G72 A;  3OAG B;  5COK A;  4DFG A;  3UCB A;  5OZU A;  5P8P A;  5DGU A;  4U8W A;  5KR0 A;  3S8I A;  5OZV A;  2ZHV A;  5P10 A;  3NDT A;  5OZQ A;  3OTS A;  4TRW A;  5P0Z A;  5P20 A;  3BUH A;  5P8V A;  3O9A A;  2NNP A;  3URJ A;  2WEZ A;  3KFP A;  1LEE A;  3CIB A;  3EKP A;  3OQA A;  5P6J A;  3URL A;  1HVS A;  2I4W A;  1D4I A;  5P85 A;  3I8W A;  4BEK A;  2WEC A;  2FNT A;  5P5F A;  2G94 A;  2J9J B;  2WHH A;  4YOB A;  5P2H A;  3PCZ A;  4GJ7 A;  4B1E A;  5P0J A;  5DGW A;  4CKU A;  1UPJ A;  3VUC A;  2OHN A;  5OZF A;  3OUD B;  5P7C A;  4FL8 A;  1UH7 A;  5P5H A;  4HDF A;  3ZMG A;  5P70 A;  3OXV A;  2F80 A;  4HDB A;  3VYE A;  2R3T A;  1XS7 D;  1D4J A;  2B7Z A;  3QIH A;  4Y4E A;  5P5Q A;  2PH6 A;  3ZKI A;  3UPJ A;  5DQ1 A;  4Y3F A;  2JYS A;  5P4Y A;  4B1D A;  1SGZ A;  1HIV A;  5P3M A;  4B1C A;  5P7T A;  3LZY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IS4A

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