5ISJA

Endothiapepsin in complex with chiral chlorinated primary amine fragment
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5isjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5isjA01
1UH7A 5P4RA 5P3IA 3NUOA 5P1KA 4DQFA 3WZ6A 5I3YA 3VLBA 5P6BA 2UXZA 3INHA 5P6FA 4B1EA 3I25A 5P42A 1FQ5A 4Y3SA 3LIZA 3KDBA 2ZHUA 1C6ZA 3DOXA 3H0BA 4Y5LA 1MERA 1AJVA 5P2ZA 5P3HA 5P4XA 4RGHA 5P3EA 3ST5A 2HPFA 3UDPA 2FDDA 3D20A 3SM2A 3OY4A 3NWQA 5P7DA 3OUCA 5OZQA 4MC6A 3O9FA 1Z8CA 2AZCA 5P4SA 1OEWA 5OZTA 1BAIA 3VF7A 5P07A 5P2TA 5OZMA 2G1OA 1HHPA 1BVEA 5P2QA 3KM4A 4I0EA 3R0YA 1HWRA 5P2SA 2B60A 3S7LA 4B70A 5UPJA 3SQFA 4RLDA 3TOGA 4D8CA 5P8IA 4K9HA 5P4HA 2ER0E 3UDMA 5OZZA 2AZ9A 2WF4A 3QS1A 5P35A 4EPJA 5P0WA 5P38A 4HLAA 2A1EA 3APRE 3TTPA 2HS2A 4GJCA 5P5OA 4DQCA 4YD6A 3OUBA 4J5JA 5P2AA 3O9HA 5P4MA 4UPJA 4QGIA 3U7SA 1SIVA 3UTLA 5JG1A 5OYRA 3ZKSA 3OU3A 5P13A 3EXOA 4CPUA 4DQGA 4AA8A 3L5CA 5P7ZA 3PMYA 3OXWA 4OC6B 5P8SA 5KOQA 3CIBA 2QNQA 5P3WA 3PRSA 2F3EA 2J9JB 4EJLA 3K5FA 1ER8E 1YTGA 2AVVA 5P0GA 1D4KA 5P7UA 5P09A 5P7AA 2Q54A 4DJYA 5P64A 2F3KA 3OUDB 5JFUA 1YM2A 5P4GA 4Y4BA 5COOA 4Y48A 4CPSA 4HEGA 4YBIA 2VIJA 1QBTA 5P7RA 3WB5A 5P2NA 4Y5MA 4LC7A 1RL8A 3PJ6A 5P0XA 4Q1YA 5P12A 4X2LA 3TPPA 2AZ8A 1ENTE 3HZCA 5P3VA 4R95A 1KJ7A 5OYXA 5P80A 2OHKA 3SA4A 1HBVA 5I3WA 4J0ZA 4DJPA 1YTJA 2BPVA 2I4UA 4H3JA 1B5FA 3F9QA 4CPQA 4Y4GA 2QNPA 4J0VA 3PSGA 1MPPA 4OBFA 5P0PA 4RYGA 2WEDA 3NWXA 2OHSA 1MEUA 3NR6A 3NU9A 5C9FA 3MSJA 3NDXA 3ZKIA 5P6RA 5P8DA 4ZSMA 5P6XA 3O9BA 3KDCA 2QHYA 4Y3RA 4FRJA 4B72A 5P1QA 5P20A 4N00A 3PCZA 5P7XA 5KOSA 3KFRA 1IBQA 5P50A 1EBKC 3KT2A 3UQPA 5P3OA 2RSPA 5EZZA 5P6UA 3KFPA 4YCKA 1D4YA 5P40A 3GGVA 2VA5A 4ZPFA 4Y5EA 5DR1A 2BPYA 2IRZA 4QJ6A 5P7TA 3URIA 3PI5A 5OZ4A 4Y4UA 1ODXA 2QI1A 4JPCA 5P0QA 4X7IA 5P3NA 2WEAA 4KB9A 5IVQA 5P6NA 2APRA 1GVTA 3VFBA 5P01A 3SKGA 1FQ4A 2CENA 2OHUA 5P1HA 1BXOA 1EC0A 1HRNA 3QP0A 1CZIE 5P5PA 4FS4A 2UY0A 1D4JA 5P79A 2VS2A 1EPPE 2ZJLA 2NTRA 4Y5BA 1PSOE 2QMGA 2PYNA 5P5DA 4GJBA 4H3FA 4NPTA 1OHRA 5P4PA 5P6KA 4U7VA 2I4DA 5P77A 1TSUA 4Y3GA 3ZMGA 5P6VA 3LZSA 2WHHA 3NDTA 3URJA 5P3JA 5P60A 5OZGA 2QNNA 1TZSA 2I1AA 3UCBA 2P4JA 3UFLA 4K8SA 3K4VA 2ZE1A 1HSGA 3LPKA 3AIDA 5P3KA 1HPOA 4YDGA 5I3VA 1XS7D 3BC4A 5P6TA 2B8LA 3IXJA 4PPHA 3L3AA 4OC6A 3S2OA 2MIPA 4FSLA 4Y5CA 4ZPGA 8HVPA 5OZFA 3O9IA 4ZSQA 3PMUA 4NPUA 3PWRA 1ZSFA 2O4NA 2G1NA 2I4QA 3OGPA 5P55A 4YD4A 5P5HA 5P7BA 5P52A 2HB4A 4ZIPA 3NSHA 4TRZA 1T6GA 3IN3A 7HVPA 1MRXA 5OYUA 1BDQA 5P34A 3SABA 1FG6C 1XDHA 1LYBA 2Q64A 4AUCA 5OZSA 4Y4AA 3FNTA 2PMAA 5P2VA 5OZPA 5P4AA 4Y43A 3HAUA 1M0BA 1PPKE 3TPLA 4Y3EA 3K1WA 3VYDA 4FIVA 1LEEA 3NLSA 4GJ7A 5OZ0A 1HVJA 5P6YA 5OZ8A 5P3PA 4I8WA 5P3DA 1WKRA 4L6BA 3PI0A 5P89A 5P2HA 3B7VA 3OXVA 5P7EA 4I0DA 5P2YA 4I12A 1FEJC 5P1IA 1YTHA 3LNKA 4EJDA 2Q5KA 1IZHA 1SP5A 2VIYA 5P3SA 4K4PA 5P85A 5P08A 4Y6MA 4DJWA 5JFPA 2F8GA 4J1HA 2HM1A 1HVLA 4H3GA 4COEA 3KF0A 5P0VA 3KDDA 5HTZA 5ER1E 4J1CA 3B80A 3OQDA 1EAGA 3LITA 1G6LA 3T7XA 1G0VA 4NKKA 4FL8A 3VSXA 3LZYA 2PQZA 2PC0A 2QI4A 5P6QA 3NXEA 3QRVA 4LXKA 4XX3A 5P4LA 1MT9A 5P00A 4AA9A 4Q1XA 1G35A 3MXEA 5P5GA 5P5NA 5JODA 5HE4A 1FFIC 2BBBA 2IENA 3G6ZA 2G27A 4Q1WA 2JJJA 2ZGAA 2QU3A 3MSKA 2VA7A 4YE3A 5P6GA 3NU6A 3QI1A 3Q5HA 3NYGA 4FM8A 1HVSA 3KN0A 4MC2A 1W5YA 5P5JA 5J25A 2R38A 2HIZA 5ISKA 5P0EA 3UQXA 2B7ZA 2Q11A 2QI3A 5OZKA 3PLDA 4Z2ZA 1HXBA 2XFKA 5P15A 4Y37A 2FNSA 5P25A 5P88A 1EPQE 5P6JA 1BDLA 4DPFA 2IGXA 2B7FA 5P51A 3WB4A 1FQ8A 1WBMA 5P0IA 1MT7A 5P53A 4KE1A 5P1DA 1YM4A 4B1DA 2I0DA 2ZYEA 5DR3A 4Y4WA 4Y56A 5P8KA 3TL9A 1NPAA 5OZXA 4FCOA 4BFBA 1DMPA 4CMSA 4Y58A 3L5BA 4Y35A 4EQ0A 1MESA 4Y4TA 1VIKA 2J9KA 5P2OA 3JW2A 4BELA 5P2LA 3EKVA 1AIDA 3LINA 1FGCC 3VV8A 4RZ1A 3BHEA 3KT5A 2R9BA 4RRSA 1AJXA 2Q55A 2Z54A 2ZJJA 2G1RA 3PSYA 2G26A 5P4OA 3ZPUA 5P0DA 1MTBA 5P3GA 1NSOA 2WEZA 5P26A 2ER6E 1A30A 3LPJA 4PZWA 2FNTA 4DVFA 3T6IA 5HDVA 4RVJA 1EPLE 5P3RA 5P5MA 4I10A 1MSNA 3S45A 5DR7A 2SAMA 2FGVA 5P7FA 1B6LA 3VV7A 2WKZA 1D4LA 3T3CA 3O9AA 2OF0A 2Q3KA 1HPXA 3D1YA 1PSAA 5P1RA 3RSXA 1B5FB 5KQYA 3SA3A 5P8MA 3PEPA 4J1IA 2ZJKA 5P5BA 2AOCA 5P8CA 5TOLA 3VF5A 1APWE 3S85A 3OADA 4J0TA 5P4YA 4YD5A 1Z1HA 2WECA 1HXWA 2HPEA 3KFSA 1EBWA 4EP2A 2WJOA 3IVIA 4Q1NA 4EXHA 4DQEA 1IZDA 2QMPA 1KZKA 1GNOA 5OZBA 3EKQA 3G70A 3DCRA 2OHMA 5P2FA 3DK1A 5P24A 3OGQA 2QZLA 1MVPA 3O9LB 4ZEAA 4EHCA 1T7JA 2BKSA 1SGUA 3OAGA 3GGXA 5P82A 1YG9A 4Y41A 2AVSA 3VYEA 4QJ2A 1C6XA 5T4SA 3I8WA 4Y3DA 4M8YA 2V00A 5C9BA 5HVPA 2WF1A 3T7QA 4E43A 5P65A 3VSWA 2UPJA 2VIEA 4CPXA 5P17A 1D4IA 4XXSA 1K6PA 5P44A 2AOEA 3IXKA 1HTGA 5P39A 4OBDA 1FF0C 2V16C 1GKTA 3JVWA 5P4DA 4D85A 4GJDA 4A4QA 3RTHA 3GI0A 2FLEA 2I0AA 4XKXA 3RVIA 1AZ5A 1ZTZA 4DPIA 3L5EA 4TRWA 1TCWA 1HVHA 3UQRA 3L5FA 5P31A 1B6KA 4GJ6A 4Y5PA 1PFZA 4F73A 5P57A 5P76A 1VIJA 1SH9A 4U8WA 1ZPKA 3S8IA 1GVVA 1QRPE 5P06A 3TPRA 4L7HA 4NJVA 3IA9A 4EQJA 3A2OA 1KJFA 2NR6A 5P3ZA 5KQZA 4Y47A 4J54A 5P41A 4LP9A 4JP9A 5P6SA 2PWCA 2XFIA 3ER5E 4YD7A 3I6OA 4Y4DA 2FMBA 3URLA 2VNNA 4I8ZA 3K5GA 5P1AA 5P30A 5P5EA 5P0BA 4YA8A 1LYBB 2WL0A 5P8JA 3FKTA 3HAWA 3ZKMA 3SA6A 5OZ2A 3SO9A 3U71A 3L59A 5P4ZA 3EMYA 3O9DA 1MIQA 3PBZA 4R92A 2AOJA 5P58A 3OWNA 1UH8A 9HVPA 3BUHA 5P1YA 2BQVA 3ZKXA 1B6PA 2R3WA 5EZXA 1NPWA 4YCTA 5P8PA 2B42A 3DUYA 1M43A 1B11A 2I4VA 2O4KA 5P3MA 3EL1A 3DCKA 2BJUA 3UDRA 1FFFC 4IVTA 4ZSPA 1XE6A 4FSEA 5P0SA 4B77A 1E5OE 4Y3YA 1BILA 2FS4A 1HVKA 3CYWA 1ZAPA 3MXDA 5DGWA 5P4FA 4LXMA 4DJQA 4F74A 2PSUA 2I4WA 4Z50A 4L1AB 5OZHA 2P3BB 4WY1A 4LXAA 1BWBA 5P7MA 5P8RA 4Y4EA 5P5KA 1EBZA 4FAFA 2AQUA 3R4BA 2QCIA 2OHTA 5P0CA 5P3CA 5P1SA 2G69A 3NU5A 5P8TA 2P3CA 4KUPA 1F34A 5P0HA 1EEDP 1A9MA 1HTFA 5P7PA 1FG8C 3O9LA 5P1OA 3OTSA 1BXQA 3K5DA 3U6AA 5P0UA 2PYMA 3UQWA 3EKPA 5P5AA 2G94A 3R1GB 5P8EA 3TKGA 1FLHA 3C9XA 4DJXA 5P46A 2FDPA 3FNUA 3HVPA 2R8NA 5OZIA 1HEGE 3TPJA 4LL3A 2AODA 4DQBA 2QP8A 3VEUA 3BGCA 3NDUA 1KJGA 4OBHA 4R5NA 3SFCA 4J0YA 5P2DA 4Y5AA 5P83A 4RCDA 5OZLA 2QD8A 1C70A 1K6VA 1T7KA 5KR1A 5IVRA 4HDFA 4OBZA 5P54A 1QS8A 2PWRA 4YBFA 5P4IA 3DV1A 1IDBA 5P45A 3VYFA 5IVTA 3IN4A 1W6HA 2QI0A 5P2WA 3BVBA 3ZOVA 2FXEA 3LHGA 5KR8A 4FRIA 1MTRA 3FNSA 5DPZA 1SDTA 3GI5A 4NJTA 3PLLA 1BVGA 5P1JA 5P1FA 5COKA 3OQFA 1FQXA 1K6TA 3HLOA 4A6CA 5P2BA 5DR0A 3O9CA 2V11C 4GJ5A 3SA8A 2RENA 1AM5A 2P83A 4LAPA 2G24A 5P1WA 2RMPA 5P66A 1QBUA 1LYWA 1IZEA 3HW1A 5P3BA 4GJ9A 3FV3A 2NXMA 3UFNA 2B8VA 3UDKA 1BWAA 5AH9A 5P2MA 4Y3QA 3OK9A 4OBKA 2G22A 5P18A 5OZ3A 3D1ZA 3OXXA 3O9EA 1PPLE 5P6HA 3CKTA 1GVXA 2IQGA 5KR2A 1M4HA 3TOHA 3FSMA 4GB2A 5P49A 3O99A 4JECA 7UPJA 4ZE6A 3OADB 4Y3ZA 4F76A 4TRYA 3RTMA 2HS1A 1TSQA 2I4XA 3K5CA 5P37A 4Y45A 1SMRA 2WF3A 2OHQA 1RNEA 5F01A 2R5PA 5OZ1A 4ACXA 3QN8A 5P6PA 5P1ZA 4QJ7A 4U7QA 4DJOA 1CMSA 4YDFA 1U8GA 4HDBA 5P8QA 3OHHA 3OAGB 4L1AA 4WY6A 1LF2A 5P3UA 3LZVA 2P3BA 1K1TA 4YOBA 5FIVA 2BPXA 5P2JA 2ZJNA 3DV5A 3KMYA 3WZ8A 3APPA 4Y3PA 5P7IA 2ANLA 1FMBA 5ENKA 3OUAA 4YHQA 1XN3A 2QMDA 5P68A 3HBOA 4GIDA 5P0JA 4PYVA 4GZFA 2XYFA 2QU2A 3GI4A 2PK6A 1FMUA 5P0AA 5P43A 4Y57A 2R43A 1T3RA 5P4QA 4MC9A 2HAHA 5AHCA 5P8HA 2V0ZC 2QK5A 5P0MA 2ZHRA 1W5XA 3IGBA 2AOFA 4CPWA 3EC0A 1DP5A 1APUE 5P6EA 4B78A 5P27A 4B00A 1IVQA 2A4FA 2AIDA 5E5KA 3VLAA 4FGXA 2OHRA 3EBZA 5P7QA 5P29A 1UH9A 5OYQA 6APRE 3BUFA 5P04A 5B18A 1GVWA 3BGBA 1LYAA 4J55A 1RPIA 2PH8A 1GNNA 5APRE 4D88A 4BFDA 3PSUA 2F3FA 3Q4BA 4OBGA 4Y3LA 5P22A 1JLDA 2PSVA 2QI5A 5I70A 3UDJA 3VFAA 5KQXA 2NMYA 3UDHA 5DQCA 1EC2A 4QLHA 4GJAA 3CMSA 2O40A 5P63A 5HU1A 1K2BA 2IGYA 2ZHTA 1OEXA 1ODWA 3GGAA 4A6BA 5P1MA 5OZ5A 4Y5NA 3KA2A 3INFA 5P5FA 5IE1A 3KYRA 2AVMA 3LIQA 2ER7E 5ENMA 5P1BA 2F81A 4H1EA 1MRWA 5P4BA 4EXGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH7 A;  5P4R A;  5P3I A;  3NUO A;  5P1K A;  4DQF A;  3WZ6 A;  5I3Y A;  3VLB A;  5P6B A;  2UXZ A;  3INH A;  5P6F A;  4B1E A;  3I25 A;  5P42 A;  1FQ5 A;  4Y3S A;  3LIZ A;  3KDB A;  2ZHU A;  1C6Z A;  3DOX A;  3H0B A;  4Y5L A;  1MER A;  1AJV A;  5P2Z A;  5P3H A;  5P4X A;  4RGH A;  5P3E A;  3ST5 A;  2HPF A;  3UDP A;  2FDD A;  3D20 A;  3SM2 A;  3OY4 A;  3NWQ A;  5P7D A;  3OUC A;  5OZQ A;  4MC6 A;  3O9F A;  1Z8C A;  2AZC A;  5P4S A;  1OEW A;  5OZT A;  1BAI A;  3VF7 A;  5P07 A;  5P2T A;  5OZM A;  2G1O A;  1HHP A;  1BVE A;  5P2Q A;  3KM4 A;  4I0E A;  3R0Y A;  1HWR A;  5P2S A;  2B60 A;  3S7L A;  4B70 A;  5UPJ A;  3SQF A;  4RLD A;  3TOG A;  4D8C A;  5P8I A;  4K9H A;  5P4H A;  2ER0 E;  3UDM A;  5OZZ A;  2AZ9 A;  2WF4 A;  3QS1 A;  5P35 A;  4EPJ A;  5P0W A;  5P38 A;  4HLA A;  2A1E A;  3APR E;  3TTP A;  2HS2 A;  4GJC A;  5P5O A;  4DQC A;  4YD6 A;  3OUB A;  4J5J A;  5P2A A;  3O9H A;  5P4M A;  4UPJ A;  4QGI A;  3U7S A;  1SIV A;  3UTL A;  5JG1 A;  5OYR A;  3ZKS A;  3OU3 A;  5P13 A;  3EXO A;  4CPU A;  4DQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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