5ISKA

Endothiapepsin in complex with fluorinated primary amine fragment
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA01
2AQUA 5P5NA 5HCOA 2ZDZA 1LYAB 4XX3A 5P19A 4Y3GA 5HU0A 1GNNA 5P2WA 4RROA 1FFIC 3L59A 2P4JA 5DGUA 2ZE1A 1BAIA 2RSPA 5P6TA 2Q15A 4FAFA 2NXLA 4J1FA 2BKTA 1G2KA 5ER1E 5IVRA 3QVCA 2O4NA 5P4IA 4I0FA 5P4OA 2NNKA 5P8HA 5P0CA 3B7VA 2FNTA 5P63A 3SA6A 2XFIA 5P4XA 1MSMA 5P4NA 3SA9A 4Y4UA 2FNSA 3QIHA 5P1ZA 5OZ5A 3S7MA 5P0OA 3KMYA 3OU1A 4Y5BA 4L1AB 4Y41A 2R3WA 3URLA 1LYWA 5P4RA 2I1AA 1MPPA 3QPJA 3LINA 2NPHA 5JFUA 5HDZA 3ZMGA 1FB7A 4YE3A 5P77A 3I7EA 1HVLA 4I0IA 4LXMA 2QI3A 3BGCA 1ZTZA 3EL9A 2H6TA 4I0GA 3UFNA 5OZLA 3FNSA 4ER1E 4MC6A 4HA5A 4DJUA 5OYXA 3N4LA 4YD7A 5P6WA 1ZP8A 2OHNA 4BELA 4JECA 1MT9A 1SDTA 5P2EA 3GGXA 4LHHA 5P6MA 4K9HA 4ZPFA 4Y39A 3SLZA 4ZE6A 4YBFA 1D4YA 5P38A 5PEPA 3D91A 4R91A 5P7TA 2Q54A 1TSQA 5P5XA 1T7KA 5P6DA 5P2TA 1SDVA 1XN2A 2WF2A 2V00A 1EPNE 3OU3A 5P64A 1XN3A 3Q6YA 4YCKA 3L38A 1HSIA 2G1SA 4U7VA 4ZSRA 3LIVA 5P1AA 1EPRE 5P3RA 5P02A 3IAWA 5I3YA 2IEOA 1B6KA 1Q9PA 3PM4A 4H3FA 2CEMA 4FRJA 5P0YA 5P54A 5P0VA 2P83A 3DCRA 3L5CA 5P7IA 4Z2ZA 2XYEA 4J1CA 4OBJA 4M8XA 5P3NA 1FQ8A 5OZZA 5P8EA 1WKRA 5P7VA 5AHBA 3OU4B 1XL2A 2HC0A 5P0PA 1UH9A 5P5FA 5P7OA 1D4JA 2QHCA 5P1RA 3PCZA 2R3TA 5P6JA 3H5BA 4GJ6A 1QBTA 4FSLA 4LC7A 1HIVA 1W51A 5P6SA 1HPVA 5OZFA 5P13A 4QJ8A 3UDQA 4Y3PA 5P12A 4CMSA 8HVPA 5P4HA 5P3VA 2FMBA 1BIMA 2ANLA 3OADA 4K4QA 3BHEA 1EBZA 3UF3A 1D4HA 3NUJA 1ODXA 4DUSA 3UQPA 2QNPA 1GKTA 4EPJA 3DV5A 1E5OE 3PWRA 2HS2A 3VLAA 4B05A 5DQ5A 2HB4A 3NR6A 1A8KA 5KAOA 4EXHA 3OK9A 2IKUA 4K4PA 1A8GA 5P76A 5P3PA 5P86A 5P0AA 4FM8A 4YA8A 3OXCA 1AZ5A 2NNPA 4OBFA 2WECA 5P3HA 4I0ZA 4CKUA 4B1EA 1M43A 1DP5A 5DR0A 2ER9E 1EC0A 2F80A 4Y43A 3NLSA 5P5KA 2EWYA 2JJIA 4S1GA 2ZJLA 4BEKA 5AGZA 4CP7A 1DAZC 3OQAA 1XE6A 3U7SA 5P30A 4DQGA 4EJDA 4OBDA 5P2LA 2WHHA 1YG9A 5KQYA 1UPJA 1MT8A 3PLLA 5KR0A 4F76A 1LYBB 3PMYA 5FIVA 5P72A 5P5VA 4YD5A 1DIFA 2NTRA 1B6JA 2R38A 4MC9A 1HVRA 1EPLE 2PYMA 3NXNA 5P1QA 5OYVA 4GJ5A 3VYEA 1VIKA 4JOOA 4HDFA 2NMYA 2QD6A 3N3IA 3OUAA 4NJSA 3EL4A 3OUDB 4B0QA 5P87A 1KJ7A 3TPPA 2WL0A 5P40A 1FKNA 7HVPA 2J9KA 3GGVA 4LL3A 5P0KA 5P2UA 5P2ZA 2F3EA 2AVVA 5HE4A 4EQJA 1HSGA 1VIJA 1BDQA 5IVTA 5P4UA 1HXBA 1N49A 5HDUA 3UDRA 2F3FA 5COKA 5P84A 3QROA 3R0YA 3DCKA 1KJFA 1LV1A 2PSUA 3PLDA 5P2NA 5P6AA 2V11C 3SA3A 3UQRA 3LITA 4R8YA 3HVPA 3KDDA 2OHKA 4EJKA 2H6SA 5P7CA 4L6BA 2P3CA 2G27A 3I6OA 5ENKA 5P50A 5OZNA 1OEXA 5HE7A 4B1CA 5P17A 5P04A 4RYGA 3VEUA 1NSOA 1Z8CA 4GJ7A 4QGIA 3PVKA 4DQFA 2ZHUA 4Y50A 4H3JA 6UPJA 1E80E 1G35A 5P7WA 5HU1A 5OYWA 2ZHVA 3HBOA 4I0EA 4DQBA 3GI6A 2P3BA 5P8AA 5P7QA 3L5DA 4KUPA 3HD8A 1SGZA 4FRIA 3DK1A 1E82E 2VIYA 4K8SA 3SKFA 4DV9A 3L5BA 2VJ9A 4OBGA 2NR6A 3IVHA 5P3CA 1YTGA 3DOXA 3ZPUA 2I4XA 3TL9A 3PEPA 3S53A 1T6GA 2PQZA 2IENA 5P47A 4IVTA 5P3BA 2G1NA 5P3GA 1AM5A 4OBKA 5P0ZA 4NJVA 4OC6B 3QN8A 2ZJJA 5P3WA 1DPJA 1DW6C 5P56A 2J9JA 2FXEA 3VFAA 3OGQA 5OYZA 1NPVA 3T3CA 5P0NA 5OYYA 4HDBA 5SY3A 5OZHA 5P4TA 4ACUA 5P2QA 5P31A 1XS7D 1APUE 3OTYA 3KT5A 3EKYA 3PWWA 2QI7A 1B5FA 5P5MA 4I0JA 3LZSA 5DR4A 3AUPA 5P6HA 4L7HA 5P23A 4Y47A 5EZXA 2AOFA 5P42A 4GJAA 2P8HA 3ZOVA 2OHTA 5P3XA 4L7GA 3NDTA 4CPUA 3TTPA 1IZIA 5I70A 5P4DA 3OOTA 5OZWA 4K4RA 2R5QA 2ZGAA 4OBHA 1SIPA 5P8RA 3KFRA 4YOAA 2IL2A 1IVPA 1HTEA 5P0TA 5P1MA 1B6MA 4NJTA 3OXXA 3SAAA 5P2CA 3EKWA 3D1ZA 1RL8A 3Q5HA 2AIDA 5P1KA 1UH7A 5P3KA 4GMIA 5P36A 3PI0A 4Q1NA 3A2OA 4Q1XA 1EC1A 5P4AA 5IE1A 3S85A 5P83A 3HZCA 4J0VA 2Q63A 5P1WA 3VV6A 2FDEA 4Y3HA 5P2DA 5P5RA 4Y5EA 3SA8A 5P5BA 3NSHA 5TOLA 3BXSA 4NJUA 1HOSA 5P81A 5P3UA 4QLHA 3MSKA 4PZXA 4RLDA 1GVTA 3RU1A 3LPKA 2Q64A 3ZL7A 1NPAA 4APEA 4Y6MA 5P79A 1AJVA 1RPIA 3I2LA 1YTJA 1A94A 2AOJA 5P5SA 5AH7A 3KF0A 5P51A 2BJUA 1HTRB 3VSWA 5P8SA 1ZSFA 3IN3A 4EQ0A 3GI5A 3QS1A 3ZKNA 3O9HA 5P80A 4AA8A 1YT9A 1IBQA 3NXEA 4GIDA 1NH0A 5P4GA 5F00A 5OYRA 2WF3A 1QBRA 4KB9A 5KOQA 3UPJA 5P09A 4J0TA 3JVYA 3EL5A 3VF7A 4Y5LA 3UCBA 4NPUA 5P4FA 2AVOA 5P4VA 3TPLA 4EP3A 5P2KA 5P4SA 2ZYEA 3PSUA 3SA7A 3GI0A 1PPME 2AOIA 3BXRA 4PZWA 5OYSA 3S8IA 5P2MA 2APRA 2G22A 5P75A 3TOFA 2FDDA 3HAUA 5P5CA 3OQKA 5ISKA 3EM3A 1C6ZA 1K2BA 4XKXA 3R1GB 2IRZA 2Z4OA 3QAAA 3FKTA 2AZBA 5P25A 2WEBA 4Y4WA 3WB5A 2IKOA 1MRXA 5P0QA 1HPSA 4PEPA 5OZSA 4ZPGA 5P7EA 2HM1A 2AZ9A 3NDWA 1MVPA 5P4YA 3OXWA 3ZPTA 4Y35A 3QRVA 5P6GA 3ST5A 3ER5E 5OZXA 2F8GA 3BUFA 1AIDA 5P0LA 4DVFA 1BILA 5P2OA 5P85A 4FM6A 5P4EA 1TZSA 2I4QA 5P3YA 5P7SA 4EWOA 1KJGA 1TCWA 2PMAA 5EZZA 4GJBA 4Y5PA 2OHLA 5P20A 4DPFA 4QJ2A 2Q5KA 4RYCA 5P3QA 3IGBA 4U8WA 9HVPA 3LIXA 4B00A 3K4VC 3TOGA 5I3VA 5P6YA 3OU1B 3R2FA 1K1TA 1IZDA 1LYWB 5DQ1A 2ZHTA 3LIQA 5OYQA 4F74A 3KDBA 4Q5MA 4Y5CA 1EPME 3CYWA 5P1JA 5P8PA 1UH8A 3ZLQA 1IZHA 2F81A 5OZ1A 1MESA 1FGCC 5P6XA 2B8LA 4D85A 2G1RA 1YM4A 4FRKA 3OQDA 4X7IA 2O40A 4GZFA 3PHVA 1FIVA 3GGAA 3QP0A 3FX5A 3L5EA 1RNEA 2V13A 2IS0A 1T3RA 3AIDA 3S56A 1PPKE 2A1EA 5P05A 4E43A 5P1GA 3NWXA 4DJQA 3CKTA 4RRSA 3UDYA 2BBBA 1W5VA 3OXVA 5P0BA 4Y4XA 1LZQA 5P3TA 4R92A 4YCYA 2WEZA 3O9LA 2BPXA 1HRNA 3ZKSA 5C9DA 4MC2A 4HE9A 5DQ4A 4CPWA 3ZKMA 2I4UA 2OAHA 4Z4XA 1ZBGA 3CIBA 2JE4A 5OZOA 1CPIA 5P5YA 4A6BA 4EP2A 2P3DA 2O4LA 3Q4BA 2QI4A 5P8NA 4LXKA 2HS1A 5HDVA 4QJ7A 5P1PA 5P5DA 5P74A 2WEAA 3IVIA 3OQ7A 4FRSA 5P58A 5P2RA 3UHLA 2OHQA 3JW2A 1D4SA 2OHUA 4A4QA 2AZ8A 5P7KA 3LPIA 2ZJKA 2ER6E 1PFZA 5HCTA 5P5HA 5C9BA 4J54A 3VF5A 3S54A 5P7PA 3SFCA 2VA6A 2PK5A 3WZ7A 2BPYA 5P0EA 2QD8A 1E81E 1MTRA 2HPFA 3KT2A 4OD9A 3SA5A 5P10A 3SPKA 1MT7A 3EBZA 1W5YA 5OZ0A 2MIPA 3T7XA 1G6LA 5HD0A 5P8GA 4AA9A 3OADB 2BQVA 3OHFA 4YD3A 2QU3A 1ZLFA 1ZJ7A 5P00A 2QMGA 1YTIA 5OZPA 1MEUA 2CEJA 2OHRA 4QJAA 4J0PA 5OZ9A 4HZTA 2VNMA 5P7UA 3D1YA 4J1IA 2QK5A 5OYUA 2UPJA 2RKFA 5P0DA 3GI4A 5AH9A 3LZVA 4JPCA 2QI6A 3EM6A 3U6AA 5E5JA 1SIVA 2QHYA 2B8VA 5P0GA 3PMUA 4DQEA 4Q1WA 4DJWA 3TKGA 5P1LA 5P03A 3BVAA 4Z50A 4D8CA 1D4KA 4AMTA 4B72A 1ZAPA 3IXOA 4D83A 4Y3JA 5P8CA 1IDAA 2XFJA 2QI1A 1WBKA 3O9CA 1LF3A 5P5PA 1T7JA 3G70A 3HAWA 3L3AA 3DM6A 3O9GA 3F9QA 3FV3A 4YD6A 1BWAA 5IS4A 5DR1A 3KN0A 5P18A 4Y5GA 3KFNA 3L5FA 5P1IA 1XL5A 4KE0A 5BWYA 4Y3NA 5OZAA 1FMUA 5P5GA 2A4FA 4RCDA 5P0MA 3PSYA 3KFPA 5P16A 2HB2A 1YX9A 5IVSA 5P8OA 1SBGA 1DMPA 2B60A 5P2SA 1MUIA 1QBSA 4Y3RA 5HE5A 2IGYA 4ACXA 5P67A 5OZQA 5SXNA 2XYFA 1WBMA 1D4LA 1TQFA 5P34A 5JFPA 3Q70A 3PRSA 2QZXA 3O9EA 1EPQE 5OZIA 4TRZA 5KQZA 5P1EA 3ZKGA 3NWQA 2FGVA 3K5GA 5P0SA 1HEFE 4H3GA 5P7DA 1GVWA 2OF0A 4I11A 5P0HA 5P4QA 2WF1A 2PH8A 1SMEA 2Q55A 4FM7A 3S7LA 3K1WA 4TRYA 1FQ7A 2QP8A 5P1CA 1APTE 1QS8A 3BVBA 4DQCA 4Q1YA 2NMZA 5KQFA 5P29A 4Y5NA 4B78A 4Z22A 5P4JA 3MXEA 4ZSMA 1ZPKA 2B7FA 5P3OA 4DQHA 3WZ8A 5P3ZA 1XE5A 3SO9A 5P1XA 1K6TA 3OY4A 5P5IA 3QI1A 3UDPA 5P48A 4TVGA 4Y4TA 5P0FA 2AOGA 3DV1A 2Q3KA 4GJCA 2G26A 3FSMA 5P7MA 2R43A 3K5DA 5P6BA 4FAEA 2ZJIA 1SGUA 5OZDA 4QJ6A 3CIDA 2FS4A 2QNNA 3KYRA 5P6NA 5P8IA 3UTLA 2PSGA 5P60A 4APRE 1F7AA 1XDHA 5P55A 3BUGA 5P62A 2QMDA 4UPJA 3SM2A 2P3BB 5P7RA 4GJ9A 1OD1A 5ER2E 3T6IA 2QHZA 4LXAA 1MERA 3T7QA 2V10C 1FMBA 3OAGA 2PWCA 4Y4BA 2G20A 2OHMA 5P1BA 4DI2A 2CENA 1GVXA 2G94A 4DJPA 2VJ7A 3ZKIA 3CKRA 5OYTA 4HDPA 4GJ8A 2WF0A 1W5WA 1Z1RA 3VF3A 3TNEA 3G6ZA 1YTHA 1GNMA 4RCEA 4Y4EA 5P33A 5P8QA 1HPXA 3BUHA 1B6PA 2ZJHA 4ER2E 3ZKQA 5T4SA 2J9JB 2G1YA 3INEA 5P2JA 3HVGA 4OBZB 4Y3MA 5DQ2A 3IN4A 4PPHA 2G1OA 2QCIA 1EC3A 1FQ6A 4I1CA 5P5EA 3VYFA 1U8GA 5KR2A 5P4WA 3BRAA 1SH9A 1B5FB 1LEEA 3KFSA 5F01A 4Y3DA 2NXMA 3ZKXA 1CMSA 4RVIA 2G69A 2OHSA 2G21A 5JG1A 3O99A 3CICA 2UY0A 2HB3A 4WY6A 4ER4E 4Y5MA 4YOBA 4NKKA 5OZ7A 1HIIA 3O9BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AQU A;  5P5N A;  5HCO A;  2ZDZ A;  1LYA B;  4XX3 A;  5P19 A;  4Y3G A;  5HU0 A;  1GNN A;  5P2W A;  4RRO A;  1FFI C;  3L59 A;  2P4J A;  5DGU A;  2ZE1 A;  1BAI A;  2RSP A;  5P6T A;  2Q15 A;  4FAF A;  2NXL A;  4J1F A;  2BKT A;  1G2K A;  5ER1 E;  5IVR A;  3QVC A;  2O4N A;  5P4I A;  4I0F A;  5P4O A;  2NNK A;  5P8H A;  5P0C A;  3B7V A;  2FNT A;  5P63 A;  3SA6 A;  2XFI A;  5P4X A;  1MSM A;  5P4N A;  3SA9 A;  4Y4U A;  2FNS A;  3QIH A;  5P1Z A;  5OZ5 A;  3S7M A;  5P0O A;  3KMY A;  3OU1 A;  4Y5B A;  4L1A B;  4Y41 A;  2R3W A;  3URL A;  1LYW A;  5P4R A;  2I1A A;  1MPP A;  3QPJ A;  3LIN A;  2NPH A;  5JFU A;  5HDZ A;  3ZMG A;  1FB7 A;  4YE3 A;  5P77 A;  3I7E A;  1HVL A;  4I0I A;  4LXM A;  2QI3 A;  3BGC A;  1ZTZ A;  3EL9 A;  2H6T A;  4I0G A;  3UFN A;  5OZL A;  3FNS A;  4ER1 E;  4MC6 A;  4HA5 A;  4DJU A;  5OYX A;  3N4L A;  4YD7 A;  5P6W A;  1ZP8 A;  2OHN A;  4BEL A;  4JEC A;  1MT9 A;  1SDT A;  5P2E A;  3GGX A;  4LHH A;  5P6M A;  4K9H A;  4ZPF A;  4Y39 A;  3SLZ A;  4ZE6 A;  4YBF A;  1D4Y A;  5P38 A;  5PEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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