5IVRA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-[[2-[(3s)-3-[(4-aminophenyl)methylamino]-4-hydroxy-butyl]phenyl]carbamoyl]-2,2-diphenyl-ethyl]carbamate
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTIV1 (5-8)S1 (10-15)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)S3 (31-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)S6 (69-77)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivrA00
3Q70A 5P5ZA 2V12C 1W50A 3JVWA 2B7ZA 1K1UA 1HVKA 5P5RA 5OZCA 1MSNA 5OYVA 2APRA 3BUFA 4YDGA 5OZJA 3OOZA 2FDPA 2P4JA 2G94A 4J55A 3TPLA 4DQHA 1Z1HA 1EBYA 1EBKC 1GVWA 2QI6A 1B6MA 5P78A 3DM6A 4CPTA 1C6XA 4YCYA 1A9MA 4DVFA 3ZLQA 3KMYA 3R4BA 1IVPA 2FMBA 4FL8A 3KDDA 5P6PA 4Q5MA 1HIHA 5COKA 4XX3A 1HTGA 5P0RA 5P63A 4ZIPA 4Y57A 3T7QA 3WZ7A 3GI5A 4M8XA 2AZCA 5IVQA 1T6EX 1UH8A 4IVSA 3SABA 1EBZA 4ZEAA 3KDBA 5IE1A 3TL9A 5P5XA 2RENA 5P8PA 3VYFA 3FNUA 4HVPA 2O4LA 3GGVA 2QZWA 5P8UA 5OZ5A 5P0IA 5P2NA 2IGYA 5P06A 1WBKA 1YM4A 3EKQA 5OZSA 2P8HA 1HEGE 2QD6A 1DIFA 3QPJA 3BC4A 5P1OA 5I70A 5PEPA 3PLLA 5P6IA 1PPLE 4GZFA 1W6IA 5P6WA 3EL4A 5P84A 4I0HA 3PM4A 2G21A 1G0VA 3BGBA 1LYWB 1OEXA 5OZPA 2R8NA 2IDWA 2WKZA 5P14A 4DJRA 5P7VA 5P04A 1D4KA 3B7VA 2H6SA 4RCEA 1MUIA 2F3KA 2HM1A 3U7SA 3EM4A 5P6FA 3PWRA 5P7WA 5P3NA 5P5GA 2WECA 2Z4OA 5P11A 3NXEA 1SDUA 2Z54A 5P1DA 4L1AB 5P85A 2R3WA 5P4XA 2O4NA 5HD0A 4D8CA 5P8EA 3VUCA 5P5WA 2AVOA 3CYXA 2OHNA 3S43B 1ODWA 3I8WA 5COOA 4QLHA 2IEOA 2QCIA 1ZLFA 5IVTA 5P42A 3KFRA 1JLDA 5ENMA 4J0VA 5HCTA 5P6XA 4GJBA 2ZJIA 4HEGA 3ZKXA 5P6SA 1YT9A 5UPJA 3PGIA 9HVPA 4FLGA 5DR1A 2HAHA 5P1LA 2QI1A 1FKNA 5P8OA 3VLBA 1LS5A 4GJCA 1MPPA 4EQ0A 2G24A 5P4FA 4NKKA 4YDFA 5P5AA 2AZ8A 3TPRA 3UDYA 3EXOA 5P4ZA 3K4VC 4DFGA 2WEBA 2WEDA 5P3QA 4Y3QA 1HVRA 1SP5A 4QJAA 1W6HA 4CMSA 4OBFA 5HU0A 5P7SA 4Y39A 5P3LA 4CPRA 2G27A 5P09A 3PWWA 3Q3TA 4L1AA 4LXAA 1MVPA 2ER6E 5P0WA 2OHRA 5P8SA 2ZYEA 5KR1A 4AA9A 1TCXA 1D4SA 5P5QA 1NH0A 5P0VA 4CPQA 1QS8A 1K6PA 3QRMA 4DJPA 3O9GA 3DCKA 5P2ZA 5P0KA 1MSMA 3FNSA 1BV7A 3VYDA 1RNEA 3L58A 5I3XA 5P37A 4Y3TA 2PH6A 3L59A 3Q5HA 3TOFA 5HDXA 2XFJA 3OUDB 2QMFA 2QNNA 3NUJA 4S1GA 1TSUA 5P3SA 2WF2A 2H6TA 5P23A 3VF3A 3R1GB 5AGZA 2QU2A 5CONA 4OBHA 5P6KA 1U8GA 3KFPA 5OZOA 1OD1A 2CENA 4R5NA 5JODA 4HA5A 3FNTA 3MSKA 3OADA 5P8HA 3BUHA 4EXHA 1MRWA 3OAGB 5P48A 4D85A 2V0ZC 4DQCA 1KJ7A 3OUAA 4Y5GA 1EPNE 1LF2A 5EZZA 3VCMA 3QIHA 2WHHA 5P82A 2FGVA 2OHPA 2VIYA 4OBKA 4Y3HA 2IRZA 3PHVA 5KR0A 4RVJA 3TOHA 3D3TA 3EKPA 5P56A 3K5GA 5P0JA 5OYQA 4JPEA 2NTRA 5P07A 5P0QA 5P5BA 4Y3AA 2MIPA 5OZNA 1HPVA 1HVHA 5HTZA 2FXEA 7HVPA 2FLEA 2G1SA 5P8VA 5P0MA 1SDVA 4I0ZA 1BDRA 2OHSA 4FCOA 3TNEA 4EQJA 2FS4A 3DCRA 3DV1A 4K9HA 4R92A 5JG1A 1DPJA 1D4IA 3PCWA 5P2JA 2B60A 1HTEA 5DR0A 5OZTA 2Q3KA 4FSEA 1SMRA 4CP7A 1C6ZA 4Y3DA 4J0TA 3PMYA 4Y4GA 5P5FA 4BFDA 4I0FA 2ZJLA 5P31A 5DR8A 4ER1E 1TSQA 2A1EA 1G6LA 1SGZA 5P5VA 3RU1A 2FDDA 5P86A 5P50A 1AXAA 2P3AA 1MT7A 2F3FA 2VJ6A 4NPTA 2PSUA 4NJVA 3O9IA 3LPJA 1W5XA 5P67A 2HB3A 1T7JA 4J1KA 2QI5A 3TPJA 3OU4A 5P0CA 4J1EA 5P4MA 3OTSA 5P4IA 5P5YA 2F80A 2RKFA 4FRJA 4MC9A 5P1KA 5HE5A 5B18A 1LF3A 5DR4A 4K4QA 2QMPA 1QBSA 4ZPFA 2QHCA 5P0UA 2PC0A 3SM2A 5P7KA 2FGUA 3WSJA 3UPJA 5P5SA 4Y38A 1HEFE 2ZJKA 4EJ8A 1E5OE 3Q4BA 3BGCA 4CKUA 1UH9A 4DJWA 1LYBA 1K6CA 5P2DA 5P0HA 3UQWA 5P1ZA 3S45A 2PYNA 3OQDA 3SQFA 3HLOA 5P45A 3OUCA 4QJ2A 5OZUA 2AVMA 3O9DA 1KJFA 2UXZA 4R91A 2IGXA 5P1UA 3EL5A 4GJ9A 2JXRA 1W5WA 2I0DA 5OYXA 1A8KA 2OHUA 5P27A 4ZLSA 1XL5A 5P2OA 3EC0A 2CEJA 3UFNA 2F8GA 4H1EA 1N49A 4EJDA 1ZP8A 5P8RA 3WZ6A 4TRYA 5OYWA 3INDA 4OC6B 5P2GA 1PPME 5AH6A 4RYCA 1LF4A 5P03A 4XXSA 3RVIA 5P29A 6FIVA 5P5PA 4Y50A 3QVIA 5P01A 2WEAA 4YD6A 1EPLE 1UH7A 3UDHA 3T3CA 3K4VA 3T11A 5P2KA 2BKTA 1T3RA 4FE6A 4Y41A 4F74A 4OBZA 5P5HA 5J25A 1QDMA 5P3KA 1VIKA 4JP9A 5E5KA 4Y3GA 5P3CA 2IQGA 1GKTA 4X2LA 4LL3A 2Q11A 5F00A 2BPVA 4EP3A 5P2QA 4YD4A 1PSOE 5P7ZA 3TLHA 5P75A 4PEPA 4B78A 5P7RA 5P53A 3H5BA 5OZLA 4RZ1A 2P3DA 3NR6A 3C9XA 5P13A 1XN2A 5HE4A 5P7NA 5P65A 5P52A 3ST5A 1HVJA 3IXOA 5OYSA 5P51A 3SA9A 1QBRA 5P15A 3AUPA 3IAWA 1RL8A 3NDUA 1SDTA 4Y4ZA 3OU1A 1DP5A 5P70A 5P8BA 5KR2A 5P4WA 5HU1A 5HE7A 4OC6A 5OZKA 4U8WA 4Y5MA 1EBWA 5P26A 1K6TA 3UQUA 3IN4A 4EJLA 5P2HA 2ZHVA 3EKYA 3QVCA 3S53A 4GMIA 1XN3A 3QS1A 1EC1A 5DQ5A 5OZ6A 1FQ8A 1GNOA 4YE3A 3ZKSA 5IS4A 4QJ6A 3S7LA 5P25A 2XYFA 3KA2A 4LXKA 5P4TA 1FLHA 4ZPGA 2BPWA 5P2LA 4ACXA 4J17A 1B6KA 2PMAA 5P41A 5P4JA 3NWXA 1YTIA 3KFSA 5P71A 3WB4A 1BXQA 3PJ6A 1UPJA 1NPAA 2AVVA 3KMXA 4L7HA 3T7PA 5P7HA 4COEA 3NUOA 5P1CA 1SGUA 2QP8A 4I0JA 5P6BA 1HIVA 1E81E 3SA8A 2QD8A 2PK6A 5EZXA 4CPUA 1WBMA 4Y3FA 3NSHA 1GNNA 4I0IA 5P0YA 1SIPA 1RPIA 4H3FA 4B72A 1FG8C 3L5FA 1FMUA 2AOJA 2HS2A 5P7MA 5P6UA 2UPJA 3O99A 4I1CA 5DR7A 2QD7A 5P32A 1EC0A 1GVTA 4WY6A 1A94A 3TTPA 5P4YA 5OZ8A 5P81A 2QHYA 4OD9A 4YOAA 4DQEA 2QI3A 5OYUA 4WY1A 4Y3EA 1MTBA 3SA3A 3S85A 4Q1XA 2O4SA 5OYZA 5P73A 4NJSA 5ISKA 5P3BA 5P59A 5P8MA 3ZKIA 4Y5PA 1IDBA 1ZTZA 3NYGA 4Z50A 5P30A 3SFCA 2ER9E 2NR6A 4DQFA 3OWNA 5IVRA 4YCTA 5P1JA 3HW1A 2NNPA 3AIDA 5P3RA 3OOTA 5P0EA 5T4SA 4B05A 1DW6C 3EMYA 5OZHA 5P5KA 4L6BA 4GJ5A 3SA7A 2VIEA 4F73A 1META 5P5TA 4OBJA 3QBFA 2QNQA 1G2KA 2AOCA 3ER3E 1M43A 1ODYA 4EPJA 2AZ9A 2QMGA 4D83A 2G20A 5P7CA 4ER2E 5P33A 4QJ8A 1BV9A 1B6LA 3I2LA 5P5MA 3UF3A 4DUSA 4J5JA 5I3VA 1SIVA 2NXLA 1D4YA 5JFPA 4J0ZA 4FGXA 3D1XA 3EM3A 2PSVA 4FIVA 5P7BA 3IN3A 3S2OA 5DR3A 2ZJHA 3VF7A 4I8ZA 2R5PA 4N00A 5P1QA 4FRIA 5P7AA 3S56A 4Y3XA 3MWSA 2AZBA 1EPPE 4PYVA 5P43A 5P28A 4LXMA 5P34A 4Y5NA 2O4PA 5P0ZA 2HB2A 3QI1A 5P7FA 5P18A 3KDCA 1HHPA 2RMPA 4Y3YA 5P7DA 3TKGA 3ER5E 5OZ3A 5P36A 5P4BA 3L5BA 5P1IA 1FIVA 5P69A 3SA5A 4ZSPA 1LYAA 3ZKQA 5HVPA 1C6YA 4LC7A 3KF0A 5P12A 1PSNA 3G70A 5P5LA 1EPQE 4APEA 3OADB 3QAAA 5SXNA 2IL2A 2G1RA 3OK9A 2BPYA 2AOIA 4I10A 1HVIA 3GGAA 1HVCA 2HPEA 6UPJA 5P38A 2IKUA 1YM2A 5OZVA 3ZKMA 5E5JA 5P2BA 2R43A 3PBZA 3PI0A 2ZJJA 4Q1WA 5P6MA 3VV8A 4K8SA 5P1EA 3UQPA 4FM8A 4NJTA 2VA6A 3K5CA 5DQ4A 4J0PA 5P6GA 4Y36A 2G1YA 3I25A 5F01A 3SKFA 1T6GA 5OZ7A 3ZL7A 5P6AA 5P6OA 3PSGA 1GVUA 5P1RA 1FMBA 1SMEA 1XDHA 5OYTA 4U7QA 3WZ8A 3UDRA 5P0SA 4DQGA 5P08A 5P4EA 3VF5A 2G69A 1XL2A 5P2SA 3OHHA 3DK1A 5OZIA 5P8IA 5P3VA 3Q6YA 4ZSMA 3R0YA 5P5JA 5P4GA 1RV7A 5P74A 2HIZA 3LIQA 4FRKA 3OU4B 1IZHA 3IA9A 4Y3MA 5OZMA 4HDBA 2F3EA 5P1PA 2AVQA 4DQBA 2HS1A 3K1WA 4Y4BA 3EL0A 5KR8A 3N4LA 4JPCA 5P80A 1EC2A 1EAGA 2AODA 3NWQA 1HPSA 3UDKA 5DGUA 2QMDA 1K2BA 5OZZA 5P6LA 1FB7A 5P1XA 4ZSQA 1LYBB 5P7TA 1K2CA 2PWRA 5P3DA 4Y3RA 4YD3A 4I11A 2PQZA 2ZHTA 4RRNA 3SA6A 5P3WA 3D91A 2B7FA 4ACUA 5BWYA 2G1NA 2P3CA 1APUE 3O9LB 2NXDA 5P6DA 4AZYA 2G22A 1DMPA 4PZWA 2JJIA 1MESA 1HPOA 5P8GA 2WEZA 5P4LA 2ER0E 4Y5KA 5OZYA 5P7GA 4KB9A 2OF0A 2ZHUA 3OGQA 3SO9A 3S7MA 1XS7D 4RYGA 3DOXA 1BDLA 2J9JA 3ECGA 5P2YA 1TW7A 2VJ9A 2VS2A 1T7KA 3UCBA 5P2IA 5P35A 5P3HA 1MIQA 5P7OA 1C70A 3IGBA 5P4OA 5P6ZA 5P8NA 5P1YA 4OBZB 5P8QA 3ZKGA 4RLDA 5P61A 6APRE 1MERA 2I0AA 2PSGA 4XX4A 1MEUA 4Y53A 4Y4TA 4DJXA 3BRAA 5P2RA 4HDFA 1FFIC 1Q9PA 4AA8A 4QJ7A 2ZHSA 4U7VA 4Y3JA 5AH9A 5AHCA 5KOSA 1BWAA 4GB2A 4Y5CA 3QP0A 5P83A 5BRYA 2VIZA 5P2UA 4EHCA 3VG1A 5P4PA 4ZPEA 3I7EA 4HLAA 3O9LA 4Y44A 3L5CA 5TOLA 2BBBA 1HPXA 1Z1RA 3NU4A 3BXSA 5AHBA 3DV5A 4WTUA 4Y3NA 4HZTA 5P4UA 3OU1B 5OZRA 1AJXA 4Q1YA 4Y9WA 4YOBA 5P7PA 4R93A 1VIJA 3LZVA 5ER2E 5P8KA 2VJ7A 5P1NA 4YCKA 3APPA 4Y4DA 5OYYA 1ODXA 3HZCA 2WF4A 5P7XA 4RRSA 3NLSA 4DH6A 2QI4A 3URIA 1OHRA 3GGUA 5P44A 1B5FA 5P20A 3INEA 1Z8CA 4B1CA 5P6EA 1G35A 4MC2A 3N3IA 2G1OA 3O9CA 4HDPA 5P00A 1BILA 3R2FA 4B0QA 4YBFA 1HRNA 3TOGA 2NMYA 3JVYA 2HB4A 3ZPUA 1HTFA 2V00A 2OHTA 3HAUA 4E43A 1EPRE 3LIVA 5P79A 2VA7A 3MSJA 5P89A 1TZSA 4J0YA 5P3GA 3NDXA 2I4VA 1AM5A 4RGHA 2BPXA 1FMXA 1BWBA 4TRWA 4Y48A 3TKWA 3O9BA 4J54A 1MTRA 3NU3A 4EWOA 2AOEA 5P1TA 5AH8A 1XE6A 2FNSA 2O40A 5P3EA 1PSAA 5P2MA 5P5DA 4Y3ZA 1NSOA 2PK5A 3QRSA 5P58A 1GVXA 2V16C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q70 A;  5P5Z A;  2V12 C;  1W50 A;  3JVW A;  2B7Z A;  1K1U A;  1HVK A;  5P5R A;  5OZC A;  1MSN A;  5OYV A;  2APR A;  3BUF A;  4YDG A;  5OZJ A;  3OOZ A;  2FDP A;  2P4J A;  2G94 A;  4J55 A;  3TPL A;  4DQH A;  1Z1H A;  1EBY A;  1EBK C;  1GVW A;  2QI6 A;  1B6M A;  5P78 A;  3DM6 A;  4CPT A;  1C6X A;  4YCY A;  1A9M A;  4DVF A;  3ZLQ A;  3KMY A;  3R4B A;  1IVP A;  2FMB A;  4FL8 A;  3KDD A;  5P6P A;  4Q5M A;  1HIH A;  5COK A;  4XX3 A;  1HTG A;  5P0R A;  5P63 A;  4ZIP A;  4Y57 A;  3T7Q A;  3WZ7 A;  3GI5 A;  4M8X A;  2AZC A;  5IVQ A;  1T6E X;  1UH8 A;  4IVS A;  3SAB A;  1EBZ A;  4ZEA A;  3KDB A;  5IE1 A;  3TL9 A;  5P5X A;  2REN A;  5P8P A;  3VYF A;  3FNU A;  4HVP A;  2O4L A;  3GGV A;  2QZW A;  5P8U A;  5OZ5 A;  5P0I A;  5P2N A;  2IGY A;  5P06 A;  1WBK A;  1YM4 A;  3EKQ A;  5OZS A;  2P8H A;  1HEG E;  2QD6 A;  1DIF A;  3QPJ A;  3BC4 A;  5P1O A;  5I70 A;  5PEP A;  3PLL A;  5P6I A;  1PPL E;  4GZF A;  1W6I A;  5P6W A;  3EL4 A;  5P84 A;  4I0H A;  3PM4 A;  2G21 A;  1G0V A;  3BGB A;  1LYW B;  1OEX A;  5OZP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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