5IVSA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-benzhydryl-2-[2-[2-[(2r,5s)-5-(benzylcarbamoyloxymethyl)morpholin-2-yl]ethyl]anilino]-2-oxo-ethyl]carbamate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivsA00
2G21A 4I12A 3R0YA 5P1RA 3SFCA 1SIPA 2IEOA 5P04A 4GMIA 3GI5A 4Y3WA 1XDHA 1M43A 4APEA 5P1IA 5CONA 5P6AA 2IGYA 1EPLE 2QI0A 4RVJA 5HVPA 2ZJIA 4HE9A 1YTGA 2AZ9A 2QMPA 4D89A 1N49A 2FS4A 1QBRA 3QN8A 1K2BA 3SM2A 2ZYEA 5P7TA 2FIVA 2OHNA 2P3BA 1EPOE 4OBJA 1MERA 3URJA 3D3TA 2AOEA 1FEJC 3NWQA 5P5GA 2WEZA 5P3AA 4ACXA 4DJYA 5P07A 3T7QA 5KOSA 5ISJA 4KE1A 3DJKA 4XXSA 5DGWA 5P00A 2UXZA 5P89A 3QVIA 2FGUA 5KAOA 1C6ZA 2V10C 1GVWA 5P71A 1CZIE 2AVOA 3EM6A 4U8WA 2QI5A 1G6LA 3S7LA 1QS8A 1W51A 3LZUA 1IZDA 4EP2A 3PMUA 5P48A 4NJTA 1EBKC 1K6VA 2QP8A 1HPVA 5P7XA 1K6PA 3N3IA 4FLGA 4DFGA 4HLAA 1PFZA 3HBOA 3OK9A 1EC2A 4L6BA 5P7UA 5P3LA 4APRE 2QI4A 3OOZA 5OZ2A 3U71A 1YX9A 3LPJA 3OQAA 2ZJJA 5DR0A 1EAGA 1LYBA 4GJAA 3DM6A 4LP9A 5IVSA 3VV8A 5P45A 1ZTZA 4GB2A 5P5IA 1D4SA 5P66A 1FQ8A 3VLBA 2NXDA 5P1ZA 2G1NA 5HE5A 2Q15A 4RCEA 3QBHA 3VYEA 5B18A 5HCTA 3RTMA 4KB9A 3NXEA 2AZCA 5UPJA 3PVKA 3T7PA 4D8CA 2H6SA 4K9HA 5DR3A 1FIVA 1SDTA 4L7JA 4J1KA 1ME6A 5TOLA 1XN3A 4Y4DA 5P8BA 1LV1A 5P3RA 2PWRA 5P52A 2XFJA 4I0EA 5P1PA 3NUJA 5P6RA 3UDJA 4LC7A 3N4LA 4F76A 3CYWA 3PM4A 3D20A 2NPHA 2JJIA 3QROA 5P28A 2G20A 4JOOA 2CEJA 5P7FA 5P2IA 3Q70A 5P55A 3UQXA 4I0JA 3T6IA 4J1HA 5OZQA 4H3FA 4Y5MA 3OU3A 5DQ5A 1W6HA 4EXGA 1NPAA 5P0AA 5P14A 4CPQA 5J25A 5C9FA 3LNKA 5P5MA 1LYWB 1A30A 2QI1A 5DR8A 5P8NA 2FNSA 4L7HA 5P5NA 3PWWA 3QI1A 5P6UA 5P36A 3CIBA 3PI5A 3GI6A 3PGIA 4DI2A 3FNSA 1G2KA 2NR6A 1EC1A 4OBDA 4YOAA 3S2OA 3SA7A 1FLHA 3UQRA 1ODXA 4GJ5A 5OYXA 1MIQA 3VCMA 5P1TA 4E43A 4Y47A 3BC4A 5P0ZA 3SA6A 2F80A 4EPJA 5P7ZA 2B42A 2V16C 3URIA 1T6GA 4YDFA 5COPA 3SM1A 5P53A 3B7VA 3BVAA 3S56A 4FCOA 1HXWA 1MVPA 2FXEA 4B0QA 1ZSRA 2AVMA 2VKMA 4B00A 5OZBA 5P6OA 5P6WA 2XYFA 4QJ9A 3WZ8A 4U7VA 4D85A 1HVCA 3HZCA 5OZNA 2R38A 2QHYA 3OXCA 1ZAPA 3KDBA 4Y58A 5CLMA 5KR0A 5I3VA 4YD5A 5KQFA 2QNNA 1MEUA 5P41A 5P5SA 3DV1A 5OZJA 4R91A 4Y5KA 4DQCA 1IVPA 5P51A 4YBFA 1IZIA 1T7IA 5P7IA 4FM8A 3S45A 2FNTA 2I4UA 4DH6A 5P88A 1GVUA 3TLHA 3OUDB 4EQJA 2IL2A 1EPME 2VS2A 1RV7A 5P3KA 5OZ0A 2WF1A 3PWMA 4QLHA 3APPA 5P4EA 3I25A 2HM1A 2NNKA 3UF3A 3M9FA 5P8TA 5P4PA 1AM5A 4OD9B 3OUAA 2VJ9A 2VJ7A 5P01A 4YD3A 4LXKA 2G1OA 1DPJA 2BJUA 1LYAB 3OU1A 4I10A 5P4DA 4J54A 4OBZA 1EPNE 4NJUA 2G27A 4YCYA 4FS4A 2G94A 3UHLA 5P35A 3ZLQA 4CPUA 1BXOA 4Y3GA 2PK6A 5P8AA 5P2WA 3R1GB 3QP0A 1SP5A 5OYUA 2JXRA 5P44A 3IA9A 4QJ8A 5P57A 4MC9A 4YDGA 1NPWA 2EWYA 5P3TA 5P0OA 2AVSA 3DCKA 3OWNA 3SABA 3UDHA 3Q3TA 1GVXA 5P6EA 4CPTA 1A8GA 5P4FA 5P46A 5P1YA 3I6OA 4BFDA 3OQFA 4EHCA 2SAMA 3NU9A 3K4VA 1TZSA 5DGUA 5P6DA 1FFFC 2BPWA 1ZPKA 4OBHA 1FQ6A 5P0PA 3CKRA 1SMEA 4TRYA 3UDKA 3PSYA 2H6TA 5P5UA 4FM6A 3NUOA 5P10A 1ODYA 3LZSA 5P4BA 5P0JA 1EPQE 1WKRA 4FRIA 5P0TA 3UQWA 5DQ4A 1PPKE 4YD4A 5P56A 3LZYA 3CMSA 3PLLA 4DQHA 1Z1RA 4Y53A 3IXOA 2FLEA 1BV7A 3WB5A 3TPJA 1T3RA 5AH9A 4YBIA 2J9JA 5OZVA 4ER2E 4FL8A 3R4BA 5P81A 5DR1A 4I0HA 3TKGA 3K5DA 5P5EA 1VIKA 2QMFA 1SDVA 4L7GA 3O9HA 2VA5A 4LL3A 1YM4A 3FNUA 5P5XA 5P4YA 1EC3A 1BILA 5P4HA 3L5DA 3QS1A 4Y41A 2IENA 4AMTA 4DJRA 5P1SA 2R9BA 3BRAA 2F3FA 5OZHA 5P8DA 2VNMA 3INEA 5P83A 1KJGA 4RZ1A 3NDWA 5P8SA 2BB9A 2ZJKA 3CIDA 2WEAA 5OZZA 1W5VA 4J1CA 5P43A 4Y56A 2FGVA 3OTYA 3GGAA 4FAEA 4B72A 1LZQA 2QHCA 1PPLE 3FV3A 2Z54A 4J17A 5OZ6A 5P85A 4DQGA 4EP3A 1SBGA 2RENA 5BWYA 3LHGA 1UH9A 2HS2A 1EBWA 5P2TA 1KJ4A 4EYRA 2A4FA 5OZSA 5P8EA 4R95A 1HTGA 1EBZA 5OZ7A 1QBUA 1DP5A 1T7JA 5IVTA 2XFKA 5P6NA 1QDMA 1HVRA 1XN2A 4RVXA 1XE6A 1MPPA 3PRSA 3K5FA 3KFNA 3D91A 3S8IA 4HDFA 4Y3TA 2ER6E 2G22A 3LIZA 2R43A 4EJLA 3VLAA 1E81E 3DOXA 5P61A 9HVPA 3OAGA 4I0DA 2F3KA 1BWBA 5P1HA 5P86A 3O9CA 4M8YA 5P5YA 2OHQA 1DIFA 4DPFA 5P6IA 2WF3A 5OYYA 5P4OA 2VA7A 4LBTA 4Y3FA 2P3BB 3BUGA 1B5FA 2VIZA 3CKPA 4CP7A 2WKZA 3OU4B 4CMSA 5P0UA 1HOSA 2ZE1A 4QJAA 3INHA 1BDQA 5P67A 3BVBA 4Y37A 2G1SA 4DJUA 3NLSA 3HDKA 3KF0A 4KUPA 5P7YA 1MTRA 3FX5A 3HAUA 3F9QA 2AOCA 3T3CA 4HA5A 4HDBA 5T4SA 3SACA 5HE7A 3FSMA 4Y5LA 3DUYA 4Y50A 5P6YA 3LITA 5SY2A 3D1YA 2FXDA 4Q1YA 4LXAA 5P3EA 4J0PA 3PCWA 4ZE6A 2HB2A 5DQCA 3UFLA 4Y4XA 5P1DA 5OZGA 2JYSA 2FDEA 1FQ5A 2A1EA 4K4QA 2WL0A 4YHQA 2RMPA 4PHVA 1HVIA 4DJWA 4PPHA 3SKFA 3FNTA 5JG1A 5ENKA 5P5OA 2BKSA 4K4RA 2ASIA 3WZ7A 1WBMA 3IN3A 5P0SA 1SMRA 1HTEA 5OZKA 6FIVA 4B78A 4Y3PA 3O9LA 5KOQA 3SKGA 4Y3NA 1NSOA 3ZKIA 1A8KA 2AIDA 2I4VA 3OXWA 3OADA 5P8FA 4TRWA 4I8WA 4U7QA 5P49A 3SA3A 1ODWA 1ZBGA 5OZDA 2PK5A 2PSVA 4YOBA 5P6MA 5P7DA 1FFIC 1PSAA 5P6KA 1HEFE 5P65A 5P06A 5P0YA 5P3NA 1KJFA 4S1GA 1MESA 1K1TA 1HSHA 5P4AA 4ZLSA 5P80A 5P1NA 5KQZA 1W5YA 3T7XA 5P6LA 3RTNA 2F3EA 4LAPA 5P6CA 1HEGE 3A2OA 5P5FA 2Q11A 3UQUA 5HE4A 3IXJA 4JPEA 4Y3JA 3UDYA 2I0AA 3NU5A 4R8YA 1SGUA 4JPCA 3G70A 5JFPA 1KJ7A 4Y5AA 5P6BA 4Y4UA 5KR1A 2QZWA 3ZKQA 5P33A 5P50A 1MTBA 3PBZA 1E80E 4RROA 1D4KA 4Y5CA 5P7HA 5P5BA 3BUFA 2O40A 4TVHA 4DJPA 3OUCA 4ZPFA 3PI0A 3RSVA 3O9IA 5P3SA 3RSXA 5IVRA 5P7WA 5OYVA 3H5BA 5P78A 3L58A 3PB5A 1FKNA 4ER4E 5P20A 3TPLA 4J1EA 5OZYA 3VF7A 2OHKA 4Y4WA 1DW6C 5P3DA 1LS5A 5OZ8A 4H3JA 5P7CA 4YD7A 4ZIPA 2ER7E 4FGXA 5P40A 3SAAA 2NMZA 2V0ZC 2OF0A 4Y5BA 4NJSA 1BWAA 4DVFA 5P2GA 1IDAA 3SQFA 2F8GA 2ZHRA 5P8UA 1HPXA 5P5RA 3HW1A 5HDVA 3K1WA 4ER1E 4J1IA 4DV9A 2AQUA 5P7JA 3TPRA 1HIVA 4JECA 2RSPA 5OZFA 5P1JA 2O4PA 5P3PA 4Y4ZA 1F34A 4J1FA 5P6FA 2VJ6A 2QD7A 4ZSPA 2WECA 1HXBA 5P6XA 5P0FA 5P0HA 2IRZA 4L1AB 1T7KA 4Y5PA 5P1CA 1APTE 5P64A 3S7MA 4JP9A 5P8QA 3TOFA 3OY4A 5IE1A 5P7LA 2P4JA 1HRNA 2QD6A 1LYWA 5OYWA 3NDUA 1QBTA 3ER3E 2QU3A 2MIPA 2FDDA 3OQKA 2P83A 5P0LA 3PBDA 3QRMA 3O9DA 1XS7D 5OZTA 3RTHA 1U8GA 5P72A 3INFA 4DUSA 5P2ZA 5P23A 2F81A 4COEA 3R2FA 5DPZA 5P2BA 5P02A 5P4JA 4Y3YA 2I1AA 2B7FA 1HPOA 3LIVA 3GGVA 1WBKA 3U7SA 1W5XA 3BGBA 1GNMA 1BAIA 5P5TA 4XKXA 3D1XA 5P1XA 1HHPA 2HS1A 5P4LA 3L5CA 1RQ9A 5P6ZA 4Y6MA 4YD6A 5AGZA 5P60A 5P2KA 2QK5A 4B77A 1CPIA 2XFIA 1ZJ7A 3KN0A 4XX3A 5EZZA 5P7KA 5P7RA 1RPIA 2ANLA 5P79A 1QBSA 4Y3DA 5P62A 3G6ZA 4Y4JA 4IVSA 3TOGA 4Q1WA 5ISKA 2QI7A 3GI0A 5P8VA 5OYSA 4J5JA 4Y4EA 5P3FA 5OZLA 5P8CA 5P27A 5DQ1A 5P38A 2O4NA 5P4QA 4CPXA 5FIVA 1J71A 4ZEAA 2OHUA 5P6TA 2AZBA 3VYDA 2R3TA 5P30A 1HBVA 5OZWA 3OUDA 3I2LA 2ER0E 2I0DA 5PEPA 5OZ1A 5OZRA 3IVHA 4NPTA 5P2OA 5P31A 4OBKA 2V13A 1UH8A 4Y38A 1IZHA 4I1CA 1AIDA 4Y57A 5P4RA 3MWSA 4OD9A 3TH9A 1FMXA 2IS0A 2VA6A 4Z22A 3O9GA 4B05A 4DPIA 5AHAA 1AJXA 1IBQA 3KT5A 4A6BA 1C70A 4CKUA 2AODA 4Y36A 5HCOA 5HDUA 1YT9A 5KQYA 5P34A 5IS4A 4H1EA 3ECGA 5OZ4A 5P09A 3FKTA 2V12C 1BBSA 3Q6YA 5P0KA 5P0CA 4B1CA 2PYMA 4X7IA 3FIVA 4A4QA 3S43A 3PSGA 1HVHA 2PSUA 1OEWA 3C9XA 5COKA 1APUE 2WEDA 3LPKA 4DJXA 5OZUA 3NU6A 2NTRA 1LF3A 5P2MA 3OQ7A 3EL5A 2Q54A 1BIMA 2AZ8A 1FG6C 3EKTA 5P4KA 5P11A 5P5LA 1E5OE 1RL8A 5P0MA 2PH8A 5P2EA 5P3QA 3BGCA 3PEPA 1GVVA 3IAWA 1HVLA 5P63A 3ER5E 2IGXA 3KA2A 2G24A 3AUPA 1PPME 3CICA 4J55A 2VIEA 3PHVA 5E5KA 5SXNA 3KFSA 1RNEA 2OHTA 3QPJA 1Z1HA 3EKYA 2BQVA 3OHHA 5I3XA 2AOFA 3OXVA 4GJ6A 2FMBA 2O4SA 4DQFA 3RVIA 5OZOA 5P6HA 4D88A 1MT8A 2PQZA 5F01A 5P0RA 3ZMGA 3VG1A 4TVGA 4Y4TA 5ENMA 4ACUA 1FGCC 2OHMA 3ST5A 4FRSA 4I8ZA 3DV5A 5AHBA 3R0WA 4Z50A 2QZLA 5P74A 5P8KA 5C9DA 1BDRA 4EXHA 3ZPSA 5P0GA 3U6AA 5P82A 5P1VA 2QNPA 1A9MA 2G69A 5E5JA 5P3UA 5P5VA 4Q1XA 5P8RA 7HVPA 5APRE 3TNEA 3QBFA 5P4MA 1PSNA 3ZPTA 5P19A 3LIYA 3SPKA 2QMGA 1D4JA 4H3GA 1C6YA 5AH7A 4YCTA 4RCFA 3VUCA 5OZIA 4OC6B 5P6GA 1XL2A 1OHRA 1KJHA 1SH9A 5OYQA 4GYEA 2UY0A 1HVKA 4AA9A 2NXLA 5OZ9A 4FRJA 3VEUA 3IGBA 1BV9A 3O9FA 3NXNA 3NYGA 5P17A 2R3WA 1OD1A 3JVWA 3NR6A 1FMUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G21 A;  4I12 A;  3R0Y A;  5P1R A;  3SFC A;  1SIP A;  2IEO A;  5P04 A;  4GMI A;  3GI5 A;  4Y3W A;  1XDH A;  1M43 A;  4APE A;  5P1I A;  5CON A;  5P6A A;  2IGY A;  1EPL E;  2QI0 A;  4RVJ A;  5HVP A;  2ZJI A;  4HE9 A;  1YTG A;  2AZ9 A;  2QMP A;  4D89 A;  1N49 A;  2FS4 A;  1QBR A;  3QN8 A;  1K2B A;  3SM2 A;  2ZYE A;  5P7T A;  2FIV A;  2OHN A;  2P3B A;  1EPO E;  4OBJ A;  1MER A;  3URJ A;  3D3T A;  2AOE A;  1FEJ C;  3NWQ A;  5P5G A;  2WEZ A;  5P3A A;  4ACX A;  4DJY A;  5P07 A;  3T7Q A;  5KOS A;  5ISJ A;  4KE1 A;  3DJK A;  4XXS A;  5DGW A;  5P00 A;  2UXZ A;  5P89 A;  3QVI A;  2FGU A;  5KAO A;  1C6Z A;  2V10 C;  1GVW A;  5P71 A;  1CZI E;  2AVO A;  3EM6 A;  4U8W A;  2QI5 A;  1G6L A;  3S7L A;  1QS8 A;  1W51 A;  3LZU A;  1IZD A;  4EP2 A;  3PMU A;  5P48 A;  4NJT A;  1EBK C;  1K6V A;  2QP8 A;  1HPV A;  5P7X A;  1K6P A;  3N3I A;  4FLG A;  4DFG A;  4HLA A;  1PFZ A;  3HBO A;  3OK9 A;  1EC2 A;  4L6B A;  5P7U A;  5P3L A;  4APR E;  2QI4 A;  3OOZ A;  5OZ2 A;  3U71 A;  1YX9 A;  3LPJ A;  3OQA A;  2ZJJ A;  5DR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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