5IVSA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-benzhydryl-2-[2-[2-[(2r,5s)-5-(benzylcarbamoyloxymethyl)morpholin-2-yl]ethyl]anilino]-2-oxo-ethyl]carbamate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivsA00
2VNNA 3ZPTA 3GW5A 3SKFA 4X7IA 1A8KA 2HIZA 2P3BB 4Y3XA 5HE7A 4WTUA 5P19A 1XN2A 2HS2A 2G27A 2AQUA 5P58A 4CPTA 1HPOA 4Y3AA 1HTGA 3ZKIA 5P69A 5P8EA 3ZKGA 5OYQA 4OD9B 3HBOA 5P8NA 1FG6C 4A6BA 4Y51A 1BDRA 4Y4WA 5P4PA 1DPJA 5HE5A 1SGUA 2AOEA 4TRYA 1FGCC 2FGVA 2FNTA 1AXAA 5P18A 3EL4A 3NU6A 4Y5PA 3IVIA 5OZKA 2UPJA 5P09A 4DJOA 4KUPA 1WBKA 4Y3EA 3IXOA 2ZHSA 5UPJA 5P5UA 5OZYA 5P51A 5P5OA 5OYXA 3VFBA 5P36A 2J9KA 4Y56A 4Y9WA 2OF0A 3PSUA 3S54A 1FB7A 2IS0A 3PWRA 4OC6B 5P11A 1GNNA 4YCYA 4GJDA 5P85A 1YTJA 5SXNA 4Y3SA 5P6KA 3NDXA 1HSIA 2Z54A 4DJUA 4A6CA 3PSGA 2VIZA 3VYDA 4B0QA 1EPQE 3APPA 1A94A 4WY6A 1ZLFA 1BWAA 5CLMA 5P06A 5P5NA 5P7TA 5P8LA 1HVLA 5P86A 5JFPA 2RKGA 4JPCA 5P39A 1LZQA 2O4LA 1RQ9A 5HDUA 1SMRA 3NU5A 1WBMA 5DR0A 1A30A 2QI6A 1Z1RA 3KFRA 5P7JA 5P0LA 2QI5A 3O9AA 3O9LB 4K9HA 3VLAA 5P8GA 4Y3JA 4FCOA 3OQFA 1LS5A 4QJ6A 1ZPKA 5P1CA 1MESA 1MRXA 3UDQA 3KM4A 2FNSA 2G26A 3BGCA 3PBDA 1D4YA 3TKWA 3SFCA 4L6BA 5P46A 2FLEA 5P4LA 4XKXA 3FIVA 2QNNA 5P6XA 4J1KA 5HDVA 4FGXA 3NXEA 2OHSA 4KE1A 5P01A 3S8IA 1KZKA 4IVSA 4R92A 4B78A 3NDTA 4YOAA 5P5KA 5DQ4A 1QBRA 2MIPA 4FRSA 1ER8E 1XE5A 1XDHA 2WF4A 5P7CA 5P5FA 1E81E 3OU4B 1OD1A 1LEEA 4MC6A 5P38A 1TSQA 2PSGA 1D4SA 1B6MA 2Q54A 5P64A 5P1LA 6UPJA 5COOA 5P7UA 3PCZA 4NJTA 1EPRE 1T6EX 3UDNA 1W5VA 1C6YA 3QRMA 2QHZA 4A4QA 5KQYA 3NWXA 2WF3A 2QI0A 1C6XA 4DJRA 3FV3A 2QHYA 3Q6YA 3DK1A 4YCKA 5P6WA 5OZZA 3VFAA 1AIDA 5P42A 4Y5BA 5P2UA 3NU3A 5P1NA 2AVSA 1G6LA 3D3TA 4FRIA 1LV1A 4Y5KA 5P20A 2NMZA 5DR3A 1YG9A 4FIVA 3AIDA 2APRA 2AOJA 5OYWA 5HU1A 5P05A 5P07A 5P2TA 4I0GA 3BGBA 2G1YA 1CMSA 4PEPA 2WEDA 3IN4A 4BFBA 1F34A 4FRKA 3KDBA 5P8CA 3RTMA 3QIHA 4TVHA 4EJ8A 5KQZA 3CKTA 4Q1YA 1FQ5A 2XYFA 1FMBA 5P3SA 2QP8A 3EKYA 1FKNA 5P2BA 4HE9A 5P4HA 2HPEA 5P76A 4YD6A 3CYXA 3O9FA 4GJ5A 4K8SA 4H1EA 2QI4A 4TRZA 5P1GA 3TKGA 3EL5A 5P4ZA 1META 5FIVA 1U8GA 5DQ2A 3QI1A 2AIDA 3BC4A 5P22A 2WECA 2RMPA 2WEAA 4LXAA 1LYBB 3IXKA 2G94A 3OXCA 1TZSA 5P4EA 3HLOA 2V13A 4Y5AA 5ER2E 1Z1HA 3DV5A 4Q1NA 4QJAA 1BXOA 2G24A 3NDUA 4YD5A 3EKWA 1W6HA 2P3AA 2XFIA 4L7HA 4H3JA 5P4AA 3OXVA 1MT9A 3OTYA 5P5AA 5OZMA 4I0DA 4YD4A 5P8JA 2I1AA 4EJLA 1AAQA 5BRYA 5P32A 5P7FA 3AUPA 3K5DA 5P0GA 2B8VA 5P65A 4QJ2A 3BVAA 2VIYA 1EEDP 5AHAA 4B05A 4DPIA 4I1CA 2OHQA 4H3IA 1AVFA 2G21A 4GJAA 5P1ZA 5P0FA 1SGZA 5P2FA 2F80A 1QDMA 1LYWA 5P4UA 3BHEA 3JW2A 1QBTA 3ER3E 4TRWA 5DGUA 3I25A 4I8ZA 3ZKNA 5JG1A 5SY2A 3U6AA 1XE6A 5T4SA 1LF3A 5OZTA 3VLBA 4EQ0A 1E5OE 5P6VA 5P8RA 5HD0A 5P1DA 5P6LA 3ZPUA 5P7HA 5P77A 2HB4A 2B7ZA 2ER0E 1HWRA 1B6JA 2F8GA 5HDZA 3LPKA 2R3WA 5P8DA 3RTNA 1HTEA 4Q1XA 1G35A 1XL5A 1T3RA 2R5PA 4BELA 4LXKA 1SBGA 3T3CA 3ZL7A 4CPWA 2FDPA 4ZPGA 4EYRA 5EZZA 1AJVA 1T7KA 2QD8A 4L7JA 1B6LA 5OZNA 2WHHA 5F00A 4GJBA 5P13A 3NUOA 3BUHA 3NU4A 5P87A 1EBKC 4X2LA 5P3YA 4ACXA 5P43A 4YBFA 5KOQA 2QI1A 3LIXA 1PROA 4I0FA 4Y5GA 4D83A 5P4TA 2AOIA 4OBZB 1D4IA 1Q9PA 5P1IA 3DM6A 4Y3HA 3O9IA 3SA3A 1EPPE 5P4VA 3OADA 1IVQA 2HM1A 2R38A 5P1PA 4Y4EA 5AH6A 3OQAA 5IVQA 1LYAB 2OHLA 5P2ZA 1PSNA 2J9JB 2RKFA 4U8WA 5CONA 1HVIA 5OZHA 4CMSA 3OQKA 4QJ7A 1ME6A 4Y53A 2VA7A 2B7FA 4Y4ZA 3OOZA 5P80A 5P14A 4YA8A 4Y45A 5P71A 4Y38A 2Q11A 5P4IA 5P8VA 3Q5HA 4ZLSA 5P28A 3D1ZA 5OZ3A 4J5JA 3K5GA 5P7NA 2AVMA 4D89A 4YBIA 2NR6A 5P17A 2HC0A 3SPKA 4GMIA 3H5BA 4Y5NA 4I10A 4Y3FA 5P41A 1ODWA 2NPHA 4YOBA 5KQFA 5P0OA 4Y58A 2HS1A 1GVWA 5P4XA 5P75A 3VSWA 4B1CA 1SMEA 4Y3NA 3INEA 4Y36A 2HB3A 3D91A 3D1YA 3PI0A 5P2QA 3LIQA 4J1IA 3BXRA 5P7PA 4GJ6A 3EC0A 2AVVA 5P2KA 3FSMA 4FRJA 4PZXA 1T6GA 4EWOA 2UXZA 4FLGA 5P4QA 2FS4A 5OZFA 4HDFA 2BKTA 1A9MA 5P84A 2A1EA 5P48A 4B72A 3CYWA 4ZSMA 4OBGA 1HEGE 1W5WA 5APRE 4GJ8A 3S7MA 5P00A 4K4PA 2G1OA 4JP9A 4DQFA 1IZHA 1KJ4A 5P57A 3UDHA 5P6BA 1IIQA 3MSKA 2V12C 5P3DA 2IGXA 5OZGA 4ZSRA 4RGHA 3LNKA 5P7IA 3SM2A 1B11A 5P6QA 4GJ9A 5P6RA 1LYAA 2ZJKA 4Y3YA 2JE4A 1D4LA 4ACUA 3PSYA 5AHCA 3PMYA 4Y5MA 5P7YA 4Y3MA 2AZ9A 1AM5A 5AH7A 1ZJ7A 2Q55A 3KYRA 5P0JA 3OUCA 1HVHA 4R5NA 4Y4UA 2ZGAA 3OXXA 1YTIA 1ZPAA 5P6UA 3UCBA 2PWRA 5P5PA 5P6IA 3DOXA 2JYSA 4EHCA 3OU3A 1DMPA 3LZUA 5P1VA 2PH6A 2NTRA 4RVXA 5P5DA 3UDYA 5P5WA 5P35A 1HTFA 4ER1E 3HVGA 5P0TA 2ZJLA 1PPLE 4J55A 4Y37A 1E80E 4AUCA 4B00A 3APRE 5P04A 3UDMA 5P50A 5P5VA 5P0CA 1BV7A 4YD7A 5P5HA 1NPWA 3IXJA 5P7EA 3EKXA 4DQEA 2H6TA 4FSLA 4Y6MA 4Y3GA 3O99A 3VSXA 5OZ8A 1ENTE 2ZHRA 1HIIA 2AOFA 5OZUA 4Y43A 5I3YA 4AMTA 3TPPA 3UTLA 4Y3ZA 3QN8A 1EPLE 2G22A 5P1XA 5OZBA 3PI5A 5P30A 3VUCA 3R2FA 2F3KA 3PB5A 3S45A 1FIVA 5P5EA 1TCWA 2HPFA 1YT9A 3I6OA 1E82E 4YE3A 4DQCA 2G20A 3L3AA 1FMXA 1UH7A 5P2DA 3QVIA 2AVQA 3GI6A 2SAMA 1EPME 4Q5MA 2P3BA 5P5SA 4Y4JA 2I4WA 3UQRA 2Q63A 5OZ9A 1KJHA 5HCTA 3KT5A 5P56A 4J0TA 4H3FA 5P5LA 2Z4OA 4PZWA 3QAAA 5P8SA 4Y4DA 1HTRB 4LAPA 4OD9A 5P0RA 2I0DA 1FQ6A 4FSEA 2QD7A 3WZ7A 5P73A 5P6HA 3ZKSA 3IGBA 3CIBA 3NU9A 2PH8A 5OZVA 9HVPA 4EPJA 1W51A 3PLLA 1KJFA 4EP2A 5IE1A 1PSOE 4HA5A 3HW1A 1QS8A 1HPXA 1CPIA 4QGIA 2NXMA 4DJVA 5P89A 4COEA 1B5FB 4LHHA 5P1AA 3R0WA 3S56A 4Y54A 4ZPEA 4OC6A 1UH9A 4FAEA 1W5YA 3K5CA 1HVSA 3QBHA 4NKKA 3TNEA 1XS7D 5P44A 3M9FA 5P3PA 4EP3A 2WF2A 5OYYA 3CIDA 1C70A 5SZ9A 3PEPA 5P5TA 5C9BA 5OZJA 1NSOA 1IBQA 4RROA 4UPJA 2O4NA 3OGPA 4Y35A 1EC0A 4Y4TA 3S7LA 2ER6E 2JJIA 3VF3A 1OEWA 5P6PA 3Q4BA 2PMAA 3GI0A 5OZCA 1TCXA 5P25A 4K4QA 2VKMA 1EPNE 4AA8A 2PYMA 5P53A 2WF1A 5P5IA 4RLDA 3EM6A 5P12A 4ZPFA 5OZXA 1AJXA 2WJOA 1EBYA 3SKGA 5P2AA 3CKPA 4ER4E 2P8HA 4JOOA 5P1QA 3O9LA 3S53A 1HSHA 5P2CA 3UQXA 4AA9A 3SA9A 2I0AA 1FQ7A 3PRSA 5B18A 5P74A 3MSLA 2B60A 4GB2A 5P0PA 3ZKXA 2A4FA 4F74A 4Y3LA 6APRE 4U7VA 3RU1A 3OUDB 5P3AA 3LINA 4YCTA 5P27A 4J1FA 4DI2A 5AHBA 5P67A 3VYFA 2AZ8A 1ZSRA 1AZ5A 3LITA 1FQ4A 3DV1A 1BAIA 3L5CA 3B80A 3SA7A 2H6SA 3QRSA 4CPRA 3SABA 4AZYA 5P0BA 4ER2E 1DP5A 3TPLA 5P3GA 5P4WA 2AODA 1EPOE 1QBSA 3UQPA 1N49A 5P4FA 4J0YA 1TW7A 3Q3TA 4J0PA 1SDTA 5P6DA 1K1UA 3MSJA 3OHFA 2QZXA 3SLZA 3EKPA 5P3BA 3HAWA 3PMUA 4J1CA 2PQZA 4LP9A 4H3GA 3KDDA 3OU4A 2JXRA 3HVPA 5P40A 2AOGA 5P4MA 5P79A 4DJQA 2ZHUA 3R1GB 1D4JA 3NYGA 3EBZA 1W6IA 2AZCA 1XL2A 3VF5A 3PGIA 1HEFE 4RRSA 3OY4A 3KFSA 5OYRA 5P0UA 1FFIC 3GI4A 4ZSQA 1NPAA 5P2SA 2CEJA 4QJ8A 3BUGA 5HE4A 3N3IA 1RL8A 3OWNA 5P2JA 4DV9A 2FMBA 3LIVA 4Y44A 1G2KA 5P8TA 4FS4A 5P7VA 3BVBA 2ZJMA 2BPZA 4APRE 4EXGA 5P4CA 3PM4A 5P3UA 4YHQA 2CEMA 4E43A 2XFKA 1IDAA 3ER5E 5KR0A 5ISKA 3G6ZA 4CP7A 3DCRA 1JLDA 1KJGA 2P83A 2O4SA 4YDGA 5P72A 5OZOA 1F7AA 5JFUA 4EJKA 2RSPA 3PBZA 5P3ZA 5P23A 2B42A 3OQ7A 3NXNA 1RNEA 2I4DA 1KJ7A 1MERA 2WKZA 4CPQA 1BDLA 4DH6A 5P6TA 1HVCA 5P0HA 5DQCA 1SIVA 5BWYA 2QU3A 2G1SA 4MC2A 3NWQA 3OAGB 5KR8A 5P5BA 5HDXA 3TTPA 4NPTA 4Y47A 1WKRA 5F01A 2FDDA 4YD3A 5OZIA 2I4QA 3B7VA 5OZ0A 1LYBA 4J54A 4DPFA 1OHRA 3LIZA 3JVWA 3EKQA 5P3WA 5OZDA 3PCWA 3VF7A 5P7XA 2PSVA 5P8MA 5HTZA 3NLSA 4RCFA 1ODXA 5COKA 2PWCA 3TPRA 1SDVA 3K1WA 3T7QA 2Q3KA 1SIPA 3O9GA 5P5QA 3VV8A 5KOSA 4FM6A 5P2NA 4B70A 3PWMA 4F75A 5P3QA 1PFZA 3CMSA 2ZJJA 3TOFA 4Z50A 3LPJA 1HXWA 1LF4A 4R8YA 1MVPA 3FNTA 1C6ZA 5P1EA 3WZ8A 3PHVA 5P4BA 5P6AA 2OHNA 5P4DA 4K4RA 5P8QA 4PHVA 2QNQA 2R3TA 1IZIA 4MC9A 2R43A 3I7EA 3QP0A 1FF0C 5OZQA 5P2LA 4GJ7A 3JVYA 3EM3A 3VV7A 2EWYA 4Z2ZA 1K6PA 5P1UA 2IGYA 5P29A 4HDPA 2ZJHA 5P4KA 5P31A 1ODYA 3WB5A 1GKTA 4D85A 3UQUA 5C9DA 5P15A 2IENA 5P6NA 4Y48A 3UFLA 5P10A 4Y5CA 3KFNA 3L5FA 4GIDA 3SQFA 3MXEA 3FNUA 4YDFA 5KQXA 1DIFA 4ZSPA 3S2OA 3VEUA 1HBVA 3S43B 2QZLA 2ZHTA 5P2EA 5P0VA 1G0VA 4L1AB 4APEA 3D20A 3VYEA 1BVEA 3R0YA 1MTBA 5P2WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VNN A;  3ZPT A;  3GW5 A;  3SKF A;  4X7I A;  1A8K A;  2HIZ A;  2P3B B;  4Y3X A;  5HE7 A;  4WTU A;  5P19 A;  1XN2 A;  2HS2 A;  2G27 A;  2AQU A;  5P58 A;  4CPT A;  1HPO A;  4Y3A A;  1HTG A;  3ZKI A;  5P69 A;  5P8E A;  3ZKG A;  5OYQ A;  4OD9 B;  3HBO A;  5P8N A;  1FG6 C;  4A6B A;  4Y51 A;  1BDR A;  4Y4W A;  5P4P A;  1DPJ A;  5HE5 A;  1SGU A;  2AOE A;  4TRY A;  1FGC C;  2FGV A;  2FNT A;  1AXA A;  5P18 A;  3EL4 A;  3NU6 A;  4Y5P A;  3IVI A;  5OZK A;  2UPJ A;  5P09 A;  4DJO A;  4KUP A;  1WBK A;  4Y3E A;  3IXO A;  2ZHS A;  5UPJ A;  5P5U A;  5OZY A;  5P51 A;  5P5O A;  5OYX A;  3VFB A;  5P36 A;  2J9K A;  4Y56 A;  4Y9W A;  2OF0 A;  3PSU A;  3S54 A;  1FB7 A;  2IS0 A;  3PWR A;  4OC6 B;  5P11 A;  1GNN A;  4YCY A;  4GJD A;  5P85 A;  1YTJ A;  5SXN A;  4Y3S A;  5P6K A;  3NDX A;  1HSI A;  2Z54 A;  4DJU A;  4A6C A;  3PSG A;  2VIZ A;  3VYD A;  4B0Q A;  1EPQ E;  3APP A;  1A94 A;  4WY6 A;  1ZLF A;  1BWA A;  5CLM A;  5P06 A;  5P5N A;  5P7T A;  5P8L A;  1HVL A;  5P86 A;  5JFP A;  2RKG A;  4JPC A;  5P39 A;  1LZQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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