5JFUA

Hiv-1 wild type protease with grl-007-14a (a adamantane p1-ligand with bis-thf in p2 and benzylamine in p1')
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Probing Lipophilic Adamantyl Group as the P1-Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors: Design, Synthesis, Protein X-ray Structural Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jfuA00
4OD9A 5OZDA 5P3EA 5P5EA 2VIJA 4I8WA 3OUBA 2FXEA 4H1EA 5P50A 4TRWA 2ZJIA 4CPUA 3AIDA 1B6KA 4J54A 3D20A 1HVLA 2FGUA 1D4YA 5COKA 4GMIA 4KUPA 3ER5E 3D1YA 2QI5A 2V11C 3LZUA 3OXWA 5P7QA 5P0WA 1LEEA 5P1TA 4COEA 5P55A 5OYXA 5P68A 1QDMA 4D83A 2QI6A 4GJ5A 2AVQA 4J1CA 5P82A 5P2VA 4L1AB 3HVGA 5E5JA 2B8LA 4B78A 3K5CA 2ZHVA 1ZLFA 4K4QA 3BXRA 3B80A 5P2MA 4LXMA 2F8GA 5OZ8A 1HVHA 4RYGA 3RSXA 1QBSA 3L3AA 4L1AA 5P53A 3OWNA 5P0NA 2VIEA 2VIYA 2PC0A 1HPXA 2ZGAA 5P3DA 1GVTA 1SP5A 3PM4A 4HE9A 4J0PA 4H3FA 5DR8A 1CZIE 4FRJA 3U6AA 3OHHA 4GJBA 3IN3A 4RRSA 1QRPE 3KN0A 3QRSA 4BEKA 2Q63A 4Y4WA 1EBKC 1ZTZA 1DMPA 3NU4A 5E5KA 5P47A 4Y36A 4Y3JA 5P6HA 2QD7A 1XL2A 1GNNA 3NU3A 1GNMA 5P75A 1WKRA 1HVIA 2BKTA 5P6GA 5P2FA 1T7JA 2HM1A 2VA7A 2Q15A 3ZKMA 1FMUA 5P0EA 4MC6A 5P7PA 3LZVA 5P23A 1GVVA 4L7HA 1BDRA 4RLDA 2WF0A 5P2WA 3O99A 1XDHA 4MC1A 1SGZA 1HPSA 4DJRA 3CYWA 1LF2A 2QU3A 3QPJA 5P0LA 4I0ZA 3KM4A 4ZPEA 5P3WA 4JPEA 4EYRA 4LHHA 2Q3KA 1N49A 3OUCA 3ZKQA 4AZYA 2CEJA 3NXNA 4Y3AA 2ZJMA 2WHHA 1ER8E 3OQ7A 5P28A 2I4WA 3LPIA 4YBFA 4Y5NA 1M43A 5P7NA 4ZE6A 2ZJJA 5DQ2A 5SZ9A 5P3UA 1FGCC 2PH6A 5P1FA 4FL8A 1YTHA 3FNUA 2P3AA 2HC0A 1MTBA 3O9EA 3BGBA 3S7LA 3OADB 3PLDA 4EJLA 3NU6A 4YD3A 2QMPA 3OGPA 3NDTA 4I12A 2V00A 5P2YA 4ACUA 5P4FA 3OADA 4Y3DA 4NJUA 5P7JA 2PK5A 3GGAA 1G35A 1K6VA 5AH9A 5P4BA 2AZ8A 2ZJLA 2F3KA 2V0ZC 1D4IA 3ZL7A 3FNTA 4I0EA 5P89A 4Y5PA 3L58A 3ER3E 5P1UA 5P1XA 8HVPA 4M8XA 4TVHA 5P7GA 2HPFA 3S2OA 4FSLA 3FKTA 1QS8A 2XFJA 2B8VA 1C6ZA 5P1NA 3R0WA 5P7AA 5P60A 3LNKA 4RVIA 5P04A 1U8GA 1IBQA 4YDFA 1TQFA 2NTRA 1E80E 4Y48A 2PK6A 2AOFA 5P8UA 5P4LA 4L7GA 1W50A 1K2CA 5OYUA 1HTEA 3EM4A 1Q9PA 3EKPA 3VF7A 5IS4A 5P5AA 2B7FA 1HVKA 3KMYA 1MT8A 1HSIA 1KJ7A 4ZSQA 4I0IA 4M8YA 1FLHA 5P7FA 5OZBA 1JLDA 1BXQA 3CMSA 2ZJKA 5P6YA 5P37A 3SPKA 3TPRA 5P3NA 1EPQE 4PHVA 4Y3GA 1MPPA 4LC7A 4FE6A 5OZKA 3VFAA 3BUFA 1GNOA 3PI0A 2QP8A 5ER2E 5HD0A 4WY1A 5P0DA 4R92A 2VA6A 4RRNA 2P3DA 5P5XA 3MSLA 1AVFA 1BXOA 1VIJA 1XN2A 3K5DA 5OZ5A 3INHA 2RKGA 1W5YA 2CEMA 1ZPKA 4FM8A 2I4QA 4QJ8A 4R5NA 4S1GA 4RCEA 2BB9A 4RCFA 5P5KA 3ZKGA 4Y4BA 5P1WA 2QD6A 5P6WA 4WY6A 3OOZA 1Z8CA 5P8FA 5P8PA 1APUE 2VA5A 5HVPA 5P0CA 4EP2A 2FS4A 3TPJA 1OD1A 4Y3YA 5P7YA 2O4PA 5P39A 2Z4OA 4OBFA 3TOGA 4UPJA 5P59A 5P09A 1MVPA 3KDBA 1IZIA 2ER0E 5P5PA 5P5YA 3QI1A 5AHCA 2JJIA 3MSKA 3T3CA 3VCMA 2FMBA 2G27A 4ER2E 3KT2A 1QBTA 1XS7D 3S53A 4Y3ZA 4DFGA 4BELA 4IVSA 4Y5GA 3IXJA 1NPAA 1A8KA 4OBZB 1ZJ7A 4GIDA 5P6FA 4ZPFA 3TTPA 5I3VA 2OHMA 3NSHA 2R9BA 1BIMA 5OYSA 1FB7A 5P3BA 4EJKA 4IVTA 4OBZA 4HVPA 4QGIA 5OZ0A 2ASIA 3S43B 5P8JA 3UDHA 3SA9A 2AVMA 2H6TA 5P5BA 5P40A 4E43A 1EC0A 1ODXA 5OYVA 5P1ZA 5DR4A 5P33A 3EL5A 3PWMA 4Q1XA 2J9JA 4Y4JA 1EPRE 5I3XA 2PH8A 2O40A 2WF1A 3OUDB 3HBOA 5KQFA 3VEUA 4AMTA 1HPVA 3NDXA 4FM7A 5P3SA 4HDFA 3O9DA 1PSAA 5P3JA 5P3VA 3OUDA 1FEJC 3CIBA 5P74A 2VJ6A 3IVHA 3UDMA 4OBGA 5P8SA 5ISKA 5I70A 3TNEA 5P0XA 2QI4A 3LPJA 4Y5AA 2ER9E 2R5PA 3TKWA 2ZJHA 1AJXA 1B5FB 4Z2ZA 5P64A 4DJQA 4QJ9A 5P8IA 3O9GA 5P6CA 3PMUA 3KDDA 3GW5A 3VV8A 2VJ7A 1B5FA 3SLZA 5P4QA 3S54A 1XN3A 2IGXA 1HTRB 5AGZA 1YX9A 4Q5MA 5P2LA 1OHRA 1E5OE 1IVPA 1SIPA 4Z4XA 2QNPA 4MC2A 5P3ZA 3QVCA 4Y57A 4Y3XA 3L5FA 4F75A 3ZPTA 4Y43A 4B1CA 3PMYA 2IDWA 5P0QA 4FM6A 5P5QA 4QJ6A 2WEDA 2O4SA 2QZLA 4XXSA 1PPME 1HXWA 1BAIA 1TSUA 5DR0A 1PPKE 2OHTA 1PPLE 3EKVA 5P0PA 5P2JA 5P3FA 5P63A 5OZ4A 4DQHA 4FRIA 2VJ9A 2QHZA 4Y3WA 3OAGB 5OZ2A 3UQRA 4J17A 3UQPA 2QZKA 3QAAA 5OZIA 2H6SA 1ZSRA 3OAGA 4J0ZA 5P8RA 5OZUA 2OHNA 1MUIA 4YCKA 5P1KA 5P86A 2JXRA 5P5OA 5P8CA 5P52A 3ZLQA 2WECA 4MC9A 4DH6A 5P4ZA 2FNTA 5P8AA 2WEAA 5OZPA 3JVYA 3LIQA 5P3AA 4Y4AA 4PYVA 5IVQA 4Y3EA 3T11A 5P5ZA 5CONA 5P57A 4I0HA 5OZSA 5HDVA 1FQXA 5P41A 3L59A 4ER1E 3SFCA 2P8HA 1XL5A 3L5EA 2QI0A 3KMXA 1WBMA 3L5DA 4Y5EA 3FNSA 3OXXA 4Y3MA 5HE7A 3HLOA 4QJAA 4KE0A 1IZDA 1W51A 5P77A 3GGUA 5P0VA 1MRWA 2ZDZA 4Y41A 4TRYA 1IIQA 5P6TA 4Y3QA 5DR7A 2F3EA 2FGVA 5P6ZA 4Y47A 5OYZA 3GGXA 1E81E 3OXCA 1G0VA 1MERA 2BPYA 6FIVA 1YM4A 3QN8A 4DQCA 1HHPA 1HVJA 5P0ZA 5ENKA 3Q5HA 3VSWA 4QLHA 2SAMA 3EKXA 4B05A 3ZKSA 3PHVA 4Y3RA 5P4UA 3IN4A 5OZHA 5P7EA 5P00A 5P4NA 1HVCA 2G1OA 5OZMA 3UDYA 2RENA 1LF4A 2ER7E 4NJVA 5P10A 2WJOA 3EL9A 5P2BA 4N00A 4PPHA 1CMSA 1B6MA 5P0FA 3WZ7A 1APTE 3DJKA 5P7RA 4B70A 3NYGA 3LIVA 5P2DA 4GJCA 3LIYA 1AXAA 4L7JA 3PSYA 3R2FA 1MSMA 1IDBA 3PWWA 2AODA 1HVSA 5P8BA 4J1HA 4A6CA 2QU2A 2XYEA 4I0JA 2IKOA 4HDPA 5P5VA 3D3TA 5KQYA 1BDQA 5OZWA 5DQ1A 2AOEA 3SO9A 3KDCA 1FG6C 1F34A 1UH7A 1SH9A 2P3BB 3RTNA 2NXDA 4B1EA 5P8OA 2QMGA 2V10C 3LZYA 2UXZA 5P6LA 4FRKA 5P3HA 3R0YA 1MT7A 2R38A 2P3BA 4Y3NA 3OXVA 4I8ZA 1Z1HA 1ZP8A 3CKTA 2V13A 5P76A 3UHLA 3I2LA 5P1EA 3VV7A 3VF5A 2WEBA 1K6TA 1EBZA 1HVRA 3KF0A 5P8EA 4GJ6A 3FX5A 1FKNA 5HDXA 5OYQA 5P2AA 5P1AA 3ZKIA 5P54A 4HDBA 5EZXA 1EPME 1T6EX 5P06A 2PSGA 5P4HA 2QI1A 5P61A 5P7XA 4DJYA 1D4LA 3UQUA 3JW2A 2OHUA 1HTGA 3OTSA 3NUJA 3OTYA 2AZBA 4I11A 5P6JA 5P56A 4Y3FA 2OHLA 1F7AA 3QVIA 3HVPA 5P8VA 3HW1A 4F73A 4RYCA 3SAAA 2FXDA 4CPXA 2R5QA 2QMDA 4XX3A 4Q1YA 4OBKA 3VYDA 3NWXA 3M9FA 5P08A 5IVTA 2RKFA 1G6LA 4YD6A 3PRSA 5P7CA 5DQCA 4CPSA 5P11A 5P6EA 2G1RA 2G21A 1EBWA 1HIHA 3QP0A 1ENTE 5P2EA 5P62A 5P7WA 5P79A 5P25A 4Z22A 3DK1A 4RVJA 4B77A 5OZYA 4KE1A 2HB4A 4R8YA 1FQ4A 2IEOA 3OGQA 2BQVA 3I8WA 5HTZA 3S56A 5P29A 5P4AA 3NLSA 4L6BA 3Q3TA 5KQZA 5P4XA 2JE4A 5P8LA 4YCYA 3OHFA 1EC2A 4A4QA 5IVRA 2OHQA 1LYBB 3EL1A 5P3QA 1YTGA 2Q11A 2QI7A 6APRE 3PGIA 2G94A 4I10A 5HE5A 5P2SA 1FMXA 3BC4A 1LYBA 4JOOA 3K5GA 3RSVA 2BPZA 4NPUA 4Y4TA 3URLA 3S85A 3KFPA 3OU3A 3KT5A 1HXBA 3F9QA 3A2OA 2UPJA 4RCDA 1RQ9A 1OEWA 5OZ7A 2OHPA 5P5DA 3INDA 1HIIA 5P4RA 1B6LA 2AVOA 5OZXA 5P5FA 2G26A 5P6SA 5P72A 1ZPAA 3S45A 3QBFA 5OZFA 2OHKA 3PI5A 4CMSA 4Y5BA 5P1RA 4Y37A 4FAFA 1BV7A 3EKQA 5P69A 5OZQA 3PVKA 3U71A 4A6BA 1M4HA 1BBSA 4EQ0A 2IKUA 4BFBA 1MSNA 1YM2A 1ME6A 2R3WA 1T6GA 4WTUA 3SACA 1FG8C 4K4RA 4J5JA 5T4SA 3Q6YA 5P6VA 5P02A 4B00A 2G24A 5P85A 3UFLA 4DJXA 1W5XA 5P7ZA 4Y4UA 4YBIA 4GJDA 3NXEA 5P2UA 5P1SA 1SIVA 2QNNA 3PJ6A 5BS4A 4YD4A 3ZPSA 2BBBA 2OHSA 3ZPUA 1OEXA 1LYAB 1FIVA 5OZ6A 4ZSPA 2B42A 3DCKA 1CPIA 5P19A 5C9BA 2OAHA 1LZQA 2CENA 3O9AA 5DQ4A 2IRZA 4DJPA 1Z1RA 1EEDP 5P88A 5P0SA 3SA4A 3U7SA 3N3IA 1IZEA 5P7SA 2WL0A 2O4KA 4DQFA 3EL4A 2JYSA 5P51A 2BJUA 3UDQA 3PSGA 5JFUA 3HAWA 2ZHTA 3DM6A 4Y6MA 2ZE1A 2OHRA 1ZSFA 3I7EA 4I1CA 4Y54A 3QROA 1W6HA 5P8MA 5P43A 3SABA 4H3IA 2P4JA 5B18A 3VF3A 5P1OA 4TRZA 5P1IA 5P7MA 4ZSMA 3FSMA 3CIDA 4DPFA 3EKYA 1ODWA 2P3CA 3SA6A 3PLLA 4J0VA 5P66A 4Y9WA 3BGCA 2IS0A 4OBHA 4U8WA 3S8IA 2NXLA 3QIHA 5ER1E 3LPKA 4Y3SA 5HCTA 5OZLA 2WEZA 4J0YA 5AHAA 1EC3A 5P1HA 3S43A 3VLBA 3PBZA 2QZWA 5P1GA 1FFIC 4R91A 2FDPA 4BFDA 2NMYA 4ACXA 3VUCA 5P49A 4U7VA 2NXMA 5P0TA 5P13A 4Y38A 5DR1A 2PWCA 2FDEA 5P6RA 5P26A 3DCRA 3ECGA 3UDRA 5P73A 5HU0A 1K6PA 3TH9A 2QK5A 1RV7A 3GGVA 3HZCA 1PROA 5P48A 5P4MA 4OBJA 2PSUA 2A4FA 5P2CA 1C70A 1T7IA 1TCXA 5P34A 5KR2A 5P5CA 2BPXA 5P5GA 4HA5A 5P24A 3O9IA 4RGHA 4EHCA 4OBDA 3MSJA 4GJ7A 5P3MA 5P0KA 1QBRA 4DJOA 5P32A 5P7DA 3LITA 5OZ9A 4LXAA 3UF3A 2ZHSA 1DP5A 5P1BA 1G2KA 2QMFA 3S7MA 3GI6A 5C9DA 2IGYA 3UPJA 3OQFA 2NR6A 3O9HA 4QJ7A 4XX4A 4U7QA 2FLEA 3IXKA 5ENMA 3BVAA 5I3YA 5P0MA 5COOA 5P42A 4Q1WA 3TKGA 3KFSA 3VSXA 2QAKA 4Y39A 3PEPA 3OU1B 3B7VA 1FMBA 3N4LA 5P3PA 5P1JA 4Y45A 2R43A 5P3TA 3EKTA 3OU1A 4OC6B 2HB3A 5P8DA 2I4XA 1GVWA 5P4VA 1META 2B7ZA 5SY3A 3SA3A 3MWSA 3OQAA 4OC6A 3RTHA 3ST5A 5UPJA 1HTFA 2BPVA 5KOSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OD9 A;  5OZD A;  5P3E A;  5P5E A;  2VIJ A;  4I8W A;  3OUB A;  2FXE A;  4H1E A;  5P50 A;  4TRW A;  2ZJI A;  4CPU A;  3AID A;  1B6K A;  4J54 A;  3D20 A;  1HVL A;  2FGU A;  1D4Y A;  5COK A;  4GMI A;  4KUP A;  3ER5 E;  3D1Y A;  2QI5 A;  2V11 C;  3LZU A;  3OXW A;  5P7Q A;  5P0W A;  1LEE A;  5P1T A;  4COE A;  5P55 A;  5OYX A;  5P68 A;  1QDM A;  4D83 A;  2QI6 A;  4GJ5 A;  2AVQ A;  4J1C A;  5P82 A;  5P2V A;  4L1A B;  3HVG A;  5E5J A;  2B8L A;  4B78 A;  3K5C A;  2ZHV A;  1ZLF A;  4K4Q A;  3BXR A;  3B80 A;  5P2M A;  4LXM A;  2F8G A;  5OZ8 A;  1HVH A;  4RYG A;  3RSX A;  1QBS A;  3L3A A;  4L1A A;  5P53 A;  3OWN A;  5P0N A;  2VIE A;  2VIY A;  2PC0 A;  1HPX A;  2ZGA A;  5P3D A;  1GVT A;  1SP5 A;  3PM4 A;  4HE9 A;  4J0P A;  4H3F A;  5DR8 A;  1CZI E;  4FRJ A;  3U6A A;  3OHH A;  4GJB A;  3IN3 A;  4RRS A;  1QRP E;  3KN0 A;  3QRS A;  4BEK A;  2Q63 A;  4Y4W A;  1EBK C;  1ZTZ A;  1DMP A;  3NU4 A;  5E5K A;  5P47 A;  4Y36 A;  4Y3J A;  5P6H A;  2QD7 A;  1XL2 A;  1GNN A;  3NU3 A;  1GNM A;  5P75 A;  1WKR A;  1HVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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