5KR8A

(4~{s},6~{s})-4-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-6-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-4-methyl-5,6-dihydro-1,3-thiazin-2-amine (compound 5) bound to bace1
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
359
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of S3-Truncated, C-6 Heteroaryl Substituted Aminothiazine beta-Site APP Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 359
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr8A02
4Y5CA 5SY2A 1SH9A 3SQFA 2QI7A 4Y3NA 1LYAA 3EKXA 1BWBA 1XN3A 3HVGA 3IVHA 3SPKA 3VFBA 5P37A 3QVIA 2O4LA 2ZHSA 3PSGA 3IXJA 3BHEA 4CPQA 1MT7A 2CEJA 2ER0E 5P16A 2WEBA 3LHGA 3KMXA 5P0AA 3DV1A 4X2LA 4DJOA 3NU5A 1IZHA 2HPEA 5P5XA 2WF0A 3M9FA 4N00A 6UPJA 5P1HA 3G72A 4PZXA 1GVWA 5P1XA 4CPXA 4U7QA 1UH8A 2JE4A 5P7OA 5SXNA 3NDUA 3GW5A 3O9IA 4YD6A 5P39A 5P50A 5P6PA 5P5QA 5P0LA 2VIYA 5P4CA 5P5TA 1KJGA 5IVTA 4Y56A 2I4XA 1YG9A 3ZL7A 2BPVA 4PYVA 4CPWA 1K6PA 3FNUA 5IVSA 4RVJA 4F75A 5P2KA 3F9QA 4FGXA 2NNPA 2CENA 1YTJA 1BXOA 3EKTA 2O40A 1B5FB 2WEAA 4RCDA 3L5DA 1B6PA 4GYEA 2QZLA 2G26A 5P6JA 3UFLA 2WEZA 3QRSA 1HTRB 2VJ7A 5P6ZA 4D83A 1T3RA 2JJJA 1HPSA 1KZKA 1EPNE 3S85A 3OU4B 3OXWA 5P56A 1HVHA 1HVKA 3Q3TA 1BDLA 5OZMA 1ZSFA 5P8BA 4CPTA 1HEFE 4WY1A 5P8KA 2O4PA 2PSGA 3UQXA 1EAGA 3IAWA 3PBDA 4QJ6A 3BC4A 1HTEA 1K1UA 2PK5A 1PROA 1EC2A 3NXNA 5P1NA 2FDEA 1U8GA 4Y3AA 3SM1A 3TPRA 3O9CA 1SBGA 3RVIA 5P5OA 1HPXA 2BQVA 5OZ2A 4JPEA 4Y38A 5P3JA 3PMYA 3MXEA 1HSIA 1SIVA 3MSJA 4Y3TA 5JG1A 5P1PA 5P7AA 3L5EA 3S56A 3I2LA 4B77A 5P3EA 3EL4A 3QRVA 4PHVA 1CPIA 3WZ8A 2V16C 3GI5A 5P7UA 4DQCA 5IE1A 2WF3A 3VV7A 1MT8A 3PHVA 1DAZC 5OZXA 5AHBA 1YTHA 2G1OA 4K4QA 4I0DA 1C6YA 2WHHA 2QK5A 3OUAA 5P0UA 5P8QA 2OHTA 5P36A 3QS1A 4Y36A 4WTUA 5P3TA 5P6QA 3VF3A 3TOHA 5P81A 5P68A 3CMSA 2P83A 2QAKA 2VS2A 5KAOA 5ER1E 5T4SA 4TRYA 5AHCA 4Y47A 5P7PA 3K4VA 1NPVA 5P1EA 4OBDA 2PH8A 1A30A 3CICA 5P5BA 3IN3A 1FKNA 1APTE 1MPPA 2Q15A 1ER8E 4GIDA 5P6HA 4OC6B 5P6FA 2IKOA 2H6SA 2G1NA 5P01A 3URLA 4HVPA 4FS4A 5P4IA 1DW6C 3OWNA 3BXRA 5P0NA 5P7XA 1OD1A 1VIJA 4LHHA 4Y4XA 5P25A 3PSUA 5P1FA 2A1EA 5HE4A 2IENA 5P32A 5P1VA 5P18A 3WB5A 4RVIA 4Y5PA 2BJUA 2ZJNA 3NDWA 5P6UA 5P2BA 3INDA 4FAEA 1GNNA 2OHKA 3CYWA 5P78A 4J1IA 1C6XA 4L1AB 2BPZA 3DK1A 5HTZA 1E81E 5P57A 5P8AA 5OZYA 2AVOA 1FQ4A 1MSNA 5P14A 5P4EA 5P6KA 2J9JB 1G0VA 5P1KA 5P3ZA 5P72A 3SA4A 4YCKA 4B70A 3UQUA 4L6BA 5P2JA 5P3LA 4DFGA 5P6DA 4F73A 4HLAA 5P4FA 4I0GA 4U7VA 5P1YA 3VV8A 5P7LA 1HVLA 3KFPA 5DQ2A 2V10C 4B05A 1EPOE 4Y6MA 4FLGA 5OYUA 4ACUA 5I70A 4XX3A 3D3TA 5P33A 5P46A 5OZBA 5P22A 3HAUA 4MC1A 3OHFA 3IXOA 5HE7A 5I3VA 6APRE 4FRIA 3KDBA 3PBZA 4FIVA 5P7KA 5P8UA 3ZPSA 5BS4A 3KN0A 5P45A 3PLLA 5P7NA 3LNKA 2BPWA 3EM6A 5P65A 1QBTA 3K5GA 4AZYA 4Y37A 2PYMA 3OUBA 2IGYA 3OGPA 4YBFA 4DJUA 5C9FA 5P8PA 4PEPA 2QMDA 1SIPA 2ZDZA 3RTMA 5P2AA 2VIZA 3LPKA 5P3KA 5P71A 4D85A 5P74A 3ER5E 1FFIC 4LXKA 4HZTA 5P2XA 1MIQA 5OZVA 5P3AA 2OHMA 2FS4A 5P7GA 3DCKA 3ZKMA 4Y5KA 4I10A 5P59A 1IVQA 2XFJA 1ODXA 4RRNA 1FGCC 5P8NA 3T7PA 2FGVA 2PMAA 1W5XA 5P7JA 4D88A 3Q4BA 3LZVA 4QJ8A 3L59A 2AZ9A 3KT2A 5P2YA 4Y3PA 1A9MA 3L3AA 4KE1A 4OBHA 6FIVA 3OUDA 3NR6A 3FX5A 3OTYA 2ZE1A 5AHAA 4ER1E 4J1KA 5C9BA 5P7BA 3LPJA 1D4YA 1IZIA 5P6XA 1AZ5A 2ANLA 2I4UA 5P4VA 2PSVA 3OGQA 3UDYA 3S7MA 3ST5A 4YD5A 4Y4JA 4XXSA 5P8HA 1SGUA 5P1DA 5P34A 2B7ZA 5P8MA 3WZ7A 2RKFA 5OZGA 1T6GA 2APRA 2VA5A 4KUPA 5P31A 5P5LA 1FFFC 2G94A 4ZPEA 3D20A 4Y5AA 4EWOA 4TVHA 5P20A 4TVGA 3IVIA 2AQUA 3RSVA 5P30A 4M8YA 5P8TA 5P6AA 4B1DA 5P8DA 5KR8A 1WBKA 1IDBA 5KOSA 5P2ZA 1B6JA 4B1EA 5P6WA 1ODYA 4CPUA 3UDNA 4YD4A 3UPJA 2QU3A 5P73A 5P7WA 3PRSA 3OADA 3R0WA 3S45A 4U8WA 3KFRA 3UQWA 3LIVA 1D4LA 1B6MA 5P0KA 5P82A 5P0JA 5HDXA 1BV9A 3HZCA 1PPLE 3PI0A 3VLBA 5OYTA 3GGAA 3QI1A 2P3CA 3OTSA 4X7IA 1AXAA 3SA5A 1FIVA 2O4NA 2UPJA 3KM4A 1K6VA 5DR7A 4KE0A 2PC0A 5OZTA 3PCZA 5P10A 1TZSA 1AM5A 1IZDA 3LZYA 3VF5A 2NPHA 4YHQA 5AH6A 4Y58A 4DH6A 5P8EA 4CPRA 2AOJA 1HVCA 4Y54A 2F3FA 1HVIA 2H6TA 3PWRA 5P00A 3OXVA 4DUSA 1FG8C 2JYSA 5P7TA 4ZPFA 2IKUA 2UY0A 2P3DA 2B7FA 5P3IA 2HC0A 5P5WA 2IS0A 4NJSA 1SP5A 1SDTA 1EPPE 4PPHA 4Y4ZA 5P0RA 2AODA 3UHLA 5P6BA 2P3AA 1G2KA 2I4DA 5COPA 5P1MA 1PSNA 4DQFA 1DP5A 2QI3A 2VJ9A 1TQFA 4FM7A 5P6LA 1D4HA 5B18A 1XDHA 1HTFA 2WKZA 5P58A 3HD8A 2ZHUA 4I1CA 3PSYA 4GMIA 4YDFA 1ZAPA 3T7XA 5ISJA 4FM8A 3EXOA 5P47A 5P63A 2RSPA 5P44A 4Y3EA 5P2SA 5P76A 4QJAA 4BELA 4NJUA 3N4LA 1K2BA 2ZJHA 4GJAA 2VNMA 5P2OA 4Y3MA 1GNMA 1T7KA 1EPME 5HU0A 3LIZA 4HA5A 2VJ6A 5I3WA 2HB3A 5P7RA 5SZ9A 5P69A 1KJ4A 5I3XA 1XL5A 4GJ7A 1K2CA 3QN8A 3QIHA 5P4HA 3K5DA 5P2MA 5P1AA 5P3BA 2OF0A 5OZ1A 5P4DA 2VIEA 4Y4BA 3SLZA 3NUOA 3UDRA 1ZTZA 5P19A 3VSWA 1HOSA 3DOXA 1Z8CA 2NNKA 3UTLA 5P38A 1XE5A 4HDBA 5P2TA 3EL1A 4DJXA 5COOA 5P1ZA 4Q1YA 4H3FA 1WKRA 1HPVA 5AGZA 1ZP8A 4J0PA 4ZSRA 1YM4A 3SA9A 3OU1A 1BAIA 3OK9A 3IN4A 5OYZA 3VLAA 5P1LA 2OHRA 5P7DA 5OZKA 5P87A 1HIIA 1LV1A 1APWE 4Y4UA 5P5FA 1RL8A 1Z1RA 3DJKA 4YD7A 3KFSA 5P5VA 3EKPA 5TOLA 3MXDA 2VA7A 4J54A 2G69A 5P4GA 3G6ZA 2QMFA 5P67A 2Z4OA 3VV6A 2Q63A 1W5VA 3S7LA 5OZSA 4XX4A 5P2FA 3OQDA 3DUYA 4Y43A 4ZSPA 2QI0A 4F76A 4NJTA 4RZ1A 4R93A 4Y9WA 4YD3A 5DQ5A 5P0PA 1ODWA 2G27A 3RTNA 5P0GA 4Y48A 2OAHA 4GJ6A 2FDDA 3N3IA 5P8JA 3QRMA 1RPIA 3O9GA 4Y35A 5P4KA 1HXBA 5OZQA 4H3JA 3I7EA 1QS8A 2ZJKA 4XKXA 2ZJIA 3DM6A 2AVVA 4EP2A 2PK6A 5HE5A 3I8WA 4DJPA 3Q70A 3SKGA 3CKTA 3RU1A 5P2EA 1ME6A 5P4LA 4GJ9A 5P4BA 2I0DA 4DJQA 5P3GA 4J0VA 3PGIA 5P4NA 4Y5LA 5P26A 2AOFA 2CEMA 2V00A 2IL2A 3OQKA 5P5SA 5P7EA 4B1CA 3O9LA 5OZ9A 5P0CA 3K5FA 3B80A 5F00A 5DQ4A 3OHHA 3SFCA 4K4PA 4EJKA 5JODA 2BBBA 4L7GA 3HAWA 7HVPA 1C6ZA 5P1JA 1D4JA 4Y5GA 3L5CA 5P66A 3U7SA 2PWRA 4QJ9A 5P09A 4I8ZA 5DQCA 5P0IA 1Q9PA 1W51A 1PSAA 5P0TA 4Y3XA 5OZUA 2AOHA 5P5IA 5P04A 2G22A 1ZJ7A 5P2CA 4Y41A 3O9FA 3NSHA 1HXWA 1ZPAA 2ZHTA 3R2FA 5P5NA 4DJYA 1F34A 3NU6A 5P35A 4CKUA 1DMPA 3LITA 3H0BA 4FL8A 2J9KA 4CP7A 1LF4A 1APUE 4ACXA 5P0YA 3UQPA 2VIJA 5P3NA 3FIVA 4Q5MA 2PH6A 3SA3A 4LXMA 3SA8A 5P0XA 1G35A 5P2QA 5P3HA 4DJWA 2QMGA 2FDPA 4H1EA 4QLHA 5P3RA 1AVFA 3OXXA 2OHSA 2FMBA 1XN2A 9HVPA 4GJBA 2F8GA 3TOFA 1FQ5A 3QPJA 2FNSA 4MC9A 1AJXA 5P0DA 2QHCA 1T7IA 3VFAA 2I4QA 3S54A 4J0ZA 4PZWA 5DGWA 2BKTA 5P03A 1KJHA 1N49A 5P2WA 1UH9A 5P0ZA 5C9DA 4J5JA 1FQ8A 5P7FA 1VIKA 1FMUA 2AVMA 4K9HA 4DQGA 4Y3JA 5P8OA 4TRZA 1BXQA 3PLDA 2V13A 5P7IA 3PI5A 2VNNA 5P85A 4ZE6A 4ZIPA 2QD7A 4J55A 1EBWA 5OYVA 1MVPA 7UPJA 3UDMA 3OOTA 4COEA 4Y3FA 2AIDA 2ZGAA 1FB7A 5HD0A 5P4JA 5OZIA 3NDTA 1HIHA 1MRXA 5P8VA 3D91A 5P1QA 4EXGA 4I0HA 3PVKA 2RMPA 4DVFA 3OXCA 5P02A 5P3PA 3ZKXA 1MTBA 3FNSA 3SAAA 5P64A 4NJVA 1YTIA 2B8VA 4EP3A 2OHQA 1HBVA 5DR1A 3TPPA 3OUDB 3UQRA 3NXEA 3GI6A 1A94A 1QRPE 1GVUA 2VA6A 4S1GA 5P1TA 3TTPA 4EQ0A 1OHRA 2Q5KA 5P5RA 5P6MA 2IGXA 5P2VA 3PCWA 3CKRA 5P2HA 1BWAA 3KT5A 1TCWA 1FLHA 3K5CA 5P08A 5P3QA 1SMEA 2ER9E 2I4WA 3JW2A 3EKQA 4LC7A 4QJ7A 3TPJA 3UDJA 3EC0A 4RYGA 5BWYA 3DV5A 4NKKA 5KR0A 3SM2A 2QI4A 5P17A 5P8RA 1MT9A 2NXMA 1M4HA 1EC3A 4YOAA 5P0SA 4OBKA 5P70A 2FIVA 3GGXA 3OAGA 5P5PA 1EPRE 2Q11A 2HB2A 5P5YA 5CONA 3AIDA 1LEEA 3CIDA 3ZLQA 2SAMA 3LIXA 5HCTA 2ZJLA 5APRE 3UF3A 3LIQA 1IDAA 2JXRA 3UDKA 5P6SA 1MRWA 4Y3GA 1TCXA 5ER2E 1LYBA 3VF7A 3Q6YA 5P11A 3VYDA 3UFNA 3U6AA 4L7JA 2PYNA 1PFZA 3L38A 3UDHA 2HS1A 4FSEA 3OADB 3UDQA 3EKYA 3HDKA 3T7QA 1UH7A 2RENA 5DR4A 2G1YA 3S43A 5P4AA 5P4QA 1LF3A 5P5GA 3VCMA 2R43A 5EZXA 5P80A 4LP9A 3URIA 1W5YA 3PWMA 5EZZA 4RVXA 3VUCA 2QI6A 2PQZA 2I4VA 1T7JA 3ECGA 3ZKNA 5DGUA 2NXDA 5OZ4A 1RNEA 3K4VC 3MWSA 3LZSA 2R8NA 2XFKA 4B00A 3BUGA 3QBFA 5P1CA 5J25A 5P54A 1HVRA 2P3BA 5P1GA 1OEWA 2BKSA 3O9EA 4A6CA 2IDWA 5DQ1A 2FGUA 3RTHA 4AUCA 5P8FA 5P0HA 5P3VA 4Z22A 5P3YA 3D1ZA 2Z54A 2IEOA 5AH7A 5HU1A 5P7YA 2ZJMA 5DR0A 1HTGA 1K6CA 4FRJA 4Y3LA 3TOGA 1LS5A 3PEPA 5P79A 3APPA 4I0JA 5OYSA 5P0MA 4LBTA 5P4XA 3JVYA 5HVPA 2PSUA 1AJVA 1RV7A 1ZSRA 3TKGA 1HIVA 2OHPA 1EBKC 4OBFA 3LZUA 4MC2A 5AH8A 4JECA 2NMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5C A;  5SY2 A;  1SH9 A;  3SQF A;  2QI7 A;  4Y3N A;  1LYA A;  3EKX A;  1BWB A;  1XN3 A;  3HVG A;  3IVH A;  3SPK A;  3VFB A;  5P37 A;  3QVI A;  2O4L A;  2ZHS A;  3PSG A;  3IXJ A;  3BHE A;  4CPQ A;  1MT7 A;  2CEJ A;  2ER0 E;  5P16 A;  2WEB A;  3LHG A;  3KMX A;  5P0A A;  3DV1 A;  4X2L A;  4DJO A;  3NU5 A;  1IZH A;  2HPE A;  5P5X A;  2WF0 A;  3M9F A;  4N00 A;  6UPJ A;  5P1H A;  3G72 A;  4PZX A;  1GVW A;  5P1X A;  4CPX A;  4U7Q A;  1UH8 A;  2JE4 A;  5P7O A;  5SXN A;  3NDU A;  3GW5 A;  3O9I A;  4YD6 A;  5P39 A;  5P50 A;  5P6P A;  5P5Q A;  5P0L A;  2VIY A;  5P4C A;  5P5T A;  1KJG A;  5IVT A;  4Y56 A;  2I4X A;  1YG9 A;  3ZL7 A;  2BPV A;  4PYV A;  4CPW A;  1K6P A;  3FNU A;  5IVS A;  4RVJ A;  4F75 A;  5P2K A;  3F9Q A;  4FGX A;  2NNP A;  2CEN A;  1YTJ A;  1BXO A;  3EKT A;  2O40 A;  1B5F B;  2WEA A;  4RCD A;  3L5D A;  1B6P A;  4GYE A;  2QZL A;  2G26 A;  5P6J A;  3UFL A;  2WEZ A;  3QRS A;  1HTR B;  2VJ7 A;  5P6Z A;  4D83 A;  1T3R A;  2JJJ A;  1HPS A;  1KZK A;  1EPN E;  3S85 A;  3OU4 B;  3OXW A;  5P56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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