5OYSA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 3
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oysA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oysA01
3VF3A 3OGQA 3QS1A 5P3JA 4B70A 3RTNA 1AJXA 1FG6C 1QS8A 4QJ7A 5IE1A 1KJHA 5OZ0A 4J1KA 3UQPA 5P5EA 1SMEA 2IGYA 5P5CA 4I8WA 3EM3A 2ZJHA 5P4WA 3MWSA 5P16A 3NDXA 5IVSA 2Q3KA 3DM6A 5P0ZA 2SAMA 5P6SA 5P88A 2ZE1A 5T4SA 4GJ8A 5AH9A 1BWAA 5P0GA 3R2FA 5P3IA 1D4JA 4APRE 4Y3AA 1BXOA 3D3TA 1K2CA 1IVQA 1HRNA 1KJFA 5P43A 5P2AA 1B5FB 3RTHA 1LYAA 3R0WA 3EC0A 5APRE 2R38A 3ZL7A 1MIQA 2O4PA 2ZHVA 2NXLA 4APEA 1BVGA 3QP0A 5P1KA 4RVXA 3O9HA 5P1SA 3VV6A 1GKTA 4R93A 5DR8A 3PJ6A 2P3BA 4F73A 2B42A 5P4KA 2HC0A 4KE1A 5KOQA 4K4RA 2R9BA 1UH8A 1MT9A 4FRKA 5EZXA 5P4ZA 4GJ7A 5P3KA 3BVBA 5OZ9A 2IENA 4A6BA 3K5GA 4Y3ZA 1HVSA 4B1DA 4NKKA 4F75A 3EMYA 4RLDA 3QBHA 4Y43A 3IGBA 2ZJKA 3VEUA 4COEA 3Q70A 4YBFA 4J55A 1SGZA 2QD7A 2WF1A 4Y39A 1KZKA 3WZ6A 2OHPA 3INEA 4CPXA 1NPAA 3O9BA 3VFAA 2R3WA 4GIDA 5P5QA 3NU4A 1BXQA 3OU3A 1FG8C 3UQUA 3OU1A 1IBQA 3MSJA 1ZPKA 4BELA 1HPSA 4L7JA 1ZP8A 3Q4BA 1EBZA 2OF0A 4DJXA 4DJYA 5AH8A 4EQJA 1K1UA 4LHHA 4HDFA 5P79A 5P7LA 5OZ5A 5P7FA 5P69A 2AZ8A 3ZPSA 2I4DA 3I6OA 3OTYA 4L1AB 3OUCA 2QD6A 1M43A 1MSMA 5P8FA 3CKTA 1U8GA 1E5OE 3K4VC 4NJTA 1ER8E 1NSOA 4ACXA 3U71A 1K6VA 4J1CA 5P4NA 4KUPA 4RCDA 4DJWA 2V12C 4ZSRA 6FIVA 3UDPA 5P2DA 3AUPA 5P75A 3KA2A 4I10A 4B1CA 4Z50A 4HDBA 5P6DA 1HXBA 4ZPEA 4OD9B 5P1LA 2QI5A 2AOJA 4H3JA 5OZ4A 5P1VA 1APTE 3NWXA 3L5FA 1FMXA 4Y3MA 1MUIA 5P4RA 2QI6A 3SA8A 4OBFA 5I3WA 3OHFA 2P3DA 1G6LA 3H5BA 3T3CA 1ODXA 2OAHA 5P0CA 4GJ9A 3I25A 4TRZA 4ZSPA 1C70A 1SMRA 2ZJNA 3VFBA 5P6FA 3PEPA 5AHBA 2VJ6A 2JE4A 3FNUA 4GZFA 5KQYA 1Z1HA 4X2LA 2G24A 3IAWA 3BGCA 4CPSA 3ZKMA 1GVXA 1AM5A 2A4FA 4Y3DA 2VIJA 1MT7A 7HVPA 5P7RA 1HVHA 4Y4TA 4Y4DA 5ISJA 1HPVA 3OHHA 3EKTA 3KFNA 1DMPA 5CONA 5P5UA 5IVRA 4JECA 3VYEA 1RQ9A 5P5BA 4DJPA 3SABA 3SM2A 3LIVA 3UDJA 3CKRA 1FFFC 5P2OA 3PI0A 1ZLFA 4Y3EA 1IDAA 3PBZA 1MSNA 3QN8A 1WKRA 5P46A 2G1RA 1KJ4A 5P05A 1ENTE 4ZSQA 4FCOA 3PSUA 5OZ1A 1XE5A 4J54A 4N00A 3OXVA 1IZDA 1B6MA 4ZLSA 1FQXA 1BDLA 4Y3LA 5P1XA 4S1GA 3RTMA 5HVPA 2NTRA 5P2NA 4BFBA 1Z8CA 4U8WA 3L58A 2BB9A 2FIVA 1HIHA 4M8XA 1CPIA 5OZFA 3PB5A 3OK9A 5P77A 5P7EA 1T6EX 1FQ7A 5OZHA 5P5TA 3MXEA 5P0HA 4KE0A 4EQ0A 1QDMA 3O9DA 5P8PA 4R95A 4DFGA 1RL8A 3VUCA 4ZPGA 4NPTA 3D20A 3K5DA 4BEKA 5P86A 3I2LA 3OQAA 1EBWA 5P3TA 1SIVA 1FKNA 3D1XA 5P57A 1PSAA 2QMFA 5P4GA 5P7QA 5SY3A 4PEPA 4Q5MA 5OYSA 3Q5HA 4HZTA 1APUE 5P2BA 1HXWA 5P3WA 2RMPA 2J9JA 2IRZA 4FM8A 3NU3A 2G26A 5E5JA 3PSYA 5P6WA 3FSMA 5P3NA 5BRYA 1DPJA 1FQ8A 2QHYA 1OHRA 3GGVA 5P89A 3IA9A 5P37A 2G27A 5P2WA 1C6XA 3UQRA 5P1MA 1B11A 3LIYA 2P3CA 1MPPA 5P5IA 5AHAA 5DPZA 3S54A 2ZGAA 5HCTA 5P2MA 3EKVA 4AZYA 3EKYA 1PPME 4Y5CA 4J1EA 1MTRA 4XXSA 4Y50A 1MT8A 5P2LA 5P63A 1D4IA 4Y4EA 1FMBA 3URJA 2F8GA 1C6YA 4GJCA 3PCWA 4L7HA 5P07A 5P1UA 1EPQE 2B8VA 2FDPA 4Y41A 4EP3A 2WECA 5P5VA 2OHUA 4RYCA 1HTGA 4I8ZA 4Y5KA 1MRWA 5P48A 5P2KA 2QNNA 5P8LA 5P2YA 1OEWA 3DV5A 1T3RA 2HB2A 5OYTA 3K5CA 5P8DA 4Y54A 4J5JA 3WB5A 3UQXA 3WSJA 2FNTA 3SA7A 2MIPA 2QHZA 3R1GB 5OYRA 5OZOA 5P0EA 3C9XA 3OXXA 5OZAA 3OWNA 5P4FA 2V10C 3EL4A 5P0IA 1VIKA 5P35A 5OZGA 1YM4A 2V13A 4LAPA 1LEEA 5P3RA 4EWOA 1B5FA 3CIBA 2PSUA 3T11A 5P4AA 9HVPA 2I0AA 5P3AA 4ER4E 5P8VA 5P8AA 3NUOA 3INDA 3TPLA 3NWQA 3UFNA 5P2JA 4I0ZA 4YOAA 5I70A 1EPOE 2WF2A 1IZIA 5P0LA 5P19A 2AODA 4MC9A 3QRMA 3KT2A 2CEJA 2FDEA 2VIYA 4R8YA 3PBDA 1LF3A 3SA4A 3SA3A 5P39A 5P76A 4DJUA 3S8IA 3BVAA 5P8BA 3JW2A 5P3EA 3S43B 4DH6A 3TOFA 3HD8A 5P62A 2VJ7A 2Q11A 5AHCA 3NSHA 5P40A 3DJKA 4GJ6A 4U7VA 5DGUA 1EC1A 3VCMA 3LZUA 4EYRA 2ANLA 2ZDZA 2NNPA 3BGBA 3EL0A 1IIQA 5P6GA 4Y35A 2UXZA 1ZAPA 4Y4GA 5P8TA 4ER1E 5P0AA 4D8CA 3NDTA 5IVTA 4D85A 2ZHSA 3KDBA 1F7AA 3OUAA 5P7UA 5P7AA 3NU6A 3URLA 5P1JA 5OZVA 3KN0A 3HLOA 2XFJA 2IDWA 3KFPA 5P7TA 4Y3HA 5P1DA 4B00A 2BPXA 3QAAA 5P0RA 3PM4A 2VS2A 4DJVA 1ME6A 4LL3A 4J0ZA 4WTUA 3TPJA 3OQFA 2F81A 2HM1A 5P0TA 5P7IA 4EJ8A 4DV9A 3GI4A 4L1AA 3LZVA 3N3IA 2AOHA 2I4QA 4I0JA 5P0YA 5E5KA 3ER3E 4H1EA 5HD0A 4RRSA 5P3GA 2QHCA 1RPIA 1HOSA 3OGPA 1A8KA 1GVUA 4R91A 4Y38A 5AGZA 5FIVA 1K6TA 5KQFA 6APRE 1LYWB 4OBHA 1YM2A 4ACUA 4YDFA 4DI2A 3GI5A 3PI5A 3DCRA 3CYXA 4OD9A 5P6OA 3OY4A 5P81A 5COOA 5KQXA 4Y5BA 1TSUA 3IVIA 5P6MA 4AA8A 3HAUA 5P20A 2QZLA 5P61A 1EPLE 1GNMA 4I0EA 2PWRA 1BDQA 1LF4A 5P66A 3CICA 4DJRA 3VYFA 2R5PA 5P24A 1FQ6A 2I0DA 5P8QA 1XN2A 5P6HA 2WHHA 3I8WA 4IVTA 3S7MA 3S2OA 1CZIE 3HAWA 5P12A 5P1YA 2QI3A 2FGVA 3L59A 2FXEA 4TRWA 4Y6MA 5P59A 2ER0E 5OYZA 2WEZA 3KYRA 5P14A 3IVHA 4YCTA 1VIJA 2NR6A 4I0FA 1EEDP 4YA8A 5C9FA 5P5HA 5P7JA 1EC3A 3BRAA 4Y47A 2FGUA 4OBZB 2VKMA 4HA5A 5OZLA 3EKQA 2NMZA 5P6RA 5P01A 1BILA 5P3LA 1K6CA 2CENA 2AZCA 1A30A 4XKXA 1HEFE 2O4KA 3RU1A 3SKFA 4EJDA 2FLEA 1GVTA 3PLLA 3O9IA 5P04A 8HVPA 2AOEA 3SFCA 2BPWA 5P3CA 4LP9A 4DJQA 5P3OA 4XX3A 2I4VA 3QRSA 5P6CA 1HSGA 5P0DA 3OXCA 3QVIA 2QI4A 2QI7A 3TL9A 1F34A 3K4VA 1UH7A 4Y48A 2RSPA 3QPJA 4YD7A 1YTGA 2G1OA 5OZKA 4Y5AA 2AOIA 5P7PA 4QJ8A 5DQCA 4Y3PA 3EBZA 1YTHA 4FRIA 5P22A 1FGCC 4LXMA 3EL5A 4Y36A 3UFLA 1FQ4A 2ZHRA 4EJKA 3SAAA 3HBOA 2IKOA 1AZ5A 4ZE6A 5UPJA 3HVPA 4I0HA 4OC6B 2WEDA 3PWWA 5I3XA 2V11C 1SP5A 1YTJA 4Y4JA 1MESA 1GNNA 2G1SA 4ZSMA 4D89A 3H0BA 5P11A 4HVPA 5P70A 5P5PA 3O9LB 2NMYA 5P80A 4Y4XA 5P3ZA 2BBBA 4B77A 3FNSA 5P0QA 5P6BA 5KR0A 5KR1A 3CKPA 3KMXA 1HIVA 5P2ZA 4CMSA 1YX9A 4YD6A 4FSLA 2PK6A 3G70A 4YDGA 1DIFA 2PYMA 3Q3TA 2I4XA 4NPUA 1FB7A 5P6XA 4J0VA 4DQBA 3UCBA 2HPEA 3ZKNA 1K1TA 2G69A 5P4YA 4J1IA 1PPKE 3O9FA 1APVE 4Y4BA 5P1IA 1T6GA 5DQ4A 1OEXA 2QZWA 3T6IA 3TPRA 1EC0A 5P82A 4YE3A 5P8JA 2Z54A 5P7HA 4JPEA 2AOCA 5P1FA 3FIVA 5P3SA 2G20A 1BAIA 4A6CA 4FRSA 5P3QA 4PYVA 4DPIA 3BUFA 5P7CA 2G22A 4DQHA 5P4LA 2B7FA 5P5MA 2NPHA 2QAKA 4RVIA 5OZTA 3GW5A 5OZEA 5P0UA 3WZ8A 4GMIA 5P1BA 4WY6A 5P1HA 5F00A 1BDRA 5P45A 5P71A 5P8IA 5P02A 5P34A 2VIEA 4FS4A 4GJAA 2QZKA 5P8NA 5P3BA 4YHQA 1HBVA 3WZ7A 5I3YA 3HW1A 3PCZA 3ZKIA 1SDUA 4QGIA 4B05A 3SA5A 1ODWA 2HS1A 2RKGA 3BUGA 4ER2E 2QU2A 2WEBA 3GI0A 5BS4A 4H3FA 1BIMA 3VF7A 2NXMA 3LPKA 3OAGB 3CIDA 4J1HA 5P6YA 5HE5A 5DR3A 2RENA 3RVIA 1RV7A 5OZ7A 5P2RA 2QI1A 4I1CA 1HHPA 3JVYA 1HVIA 5P74A 4DUSA 5HDZA 1SDVA 2AQUA 5P4MA 2AIDA 1NPWA 5P23A 1A94A 5HE4A 2Q55A 4CPWA 4WY1A 3RSXA 2OHTA 3APPA 3BUHA 5P7GA 3S53A 3RSVA 2QMPA 3NLSA 4YD4A 5P1PA 2G21A 5P0KA 5COPA 5P2FA 2WL0A 3PGIA 3S43A 1E80E 5P67A 2QP8A 5P2QA 3KT5A 2JJJA 2P8HA 1PSNA 3UTLA 1LZQA 4QJ6A 3SO9A 3DK1A 2WEAA 3SACA 5OZ8A 2OHSA 4OBJA 5P7WA 3Q6YA 2IKUA 3UDKA 3G72A 5BWYA 3TPPA 2ZJJA 5P6TA 1RNEA 5OZBA 1TQFA 3FNTA 4DPFA 3UF3A 3VV7A 5P1OA 3OADB 4DQEA 2NNKA 2HPFA 5P2VA 5P8MA 2FS4A 1W50A 3L38A 5P31A 4Q1XA 3VF5A 3KFSA 4QLHA 4GJBA 5OZDA 5P6AA 5SY2A 1LV1A 5AH7A 1FMUA 4NJUA 4Y3QA 2PSVA 3LHGA 1GVWA 5P1QA 4Q1NA 3SA6A 3I7EA 2IGXA 1M0BA 1N49A 1HTFA 5P44A 4RVJA 4BFDA 4D83A 2J9KA 4LBTA 1YTIA 1Z1RA 3T7XA 2FDDA 3LPJA 5OYXA 5P1GA 3NYGA 1MRXA 5P6LA 2OHRA 3ZLQA 5P4EA 3G6ZA 1W6HA 4I0IA 5DQ2A 5OZWA 1AVFA 5DR7A 3MSKA 5P1AA 1HPXA 5P60A 3NUJA 4Y3NA 3O9CA 4Q1YA 5P5AA 3B7VA 2UPJA 5P7XA 1LYWA 3IXKA 5P8CA 5P7DA 4RYGA 5P8RA 1A8GA 2R8NA 5P7OA 1BVEA 5P3VA 5P3UA 5KR8A 1LYBB 2I4WA 3VLAA 5P27A 4EP2A 4L6BA 4TVGA 1D4HA 3KMYA 5P4BA 3O9AA 4CP7A 5P06A 3SLZA 1EPME 5OZMA 3HVGA 1HTEA 1XN3A 3F9QA 2QCIA 5B18A 3ER5E 1FQ5A 2PSGA 1QBSA 4B72A 5P5SA 2QNQA 1ZSFA 3LIZA 3K5FA 4FIVA 2AZ9A 5OZIA 5C9BA 3FV3A 3QBFA 3INFA 4H3GA 5DQ1A 5P5FA 3IN3A 1HVKA 3QROA 3ECGA 2QMDA 5P7ZA 3UHLA 1BWBA 2V00A 1UH9A 5P7MA 3KDCA 2AVMA 2WF3A 1MEUA 3MXDA 4J0YA 5P85A 4FAEA 3SKGA 2FXDA 5P33A 3KFRA 3NR6A 3OQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF3 A;  3OGQ A;  3QS1 A;  5P3J A;  4B70 A;  3RTN A;  1AJX A;  1FG6 C;  1QS8 A;  4QJ7 A;  5IE1 A;  1KJH A;  5OZ0 A;  4J1K A;  3UQP A;  5P5E A;  1SME A;  2IGY A;  5P5C A;  4I8W A;  3EM3 A;  2ZJH A;  5P4W A;  3MWS A;  5P16 A;  3NDX A;  5IVS A;  2Q3K A;  3DM6 A;  5P0Z A;  2SAM A;  5P6S A;  5P88 A;  2ZE1 A;  5T4S A;  4GJ8 A;  5AH9 A;  1BWA A;  5P0G A;  3R2F A;  5P3I A;  1D4J A;  4APR E;  4Y3A A;  1BXO A;  3D3T A;  1K2C A;  1IVQ A;  1HRN A;  1KJF A;  5P43 A;  5P2A A;  1B5F B;  3RTH A;  1LYA A;  3R0W A;  3EC0 A;  5APR E;  2R38 A;  3ZL7 A;  1MIQ A;  2O4P A;  2ZHV A;  2NXL A;  4APE A;  1BVG A;  3QP0 A;  5P1K A;  4RVX A;  3O9H A;  5P1S A;  3VV6 A;  1GKT A;  4R93 A;  5DR8 A;  3PJ6 A;  2P3B A;  4F73 A;  2B42 A;  5P4K A;  2HC0 A;  4KE1 A;  5KOQ A;  4K4R A;  2R9B A;  1UH8 A;  1MT9 A;  4FRK A;  5EZX A;  5P4Z A;  4GJ7 A;  5P3K A;  3BVB A;  5OZ9 A;  2IEN A;  4A6B A;  3K5G A;  4Y3Z A;  1HVS A;  4B1D A;  4NKK A;  4F75 A;  3EMY A;  4RLD A;  3QBH A;  4Y43 A;  3IGB A;  2ZJK A;  3VEU A;  4COE A;  3Q70 A;  4YBF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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