5OYUA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 5
Total Genus 83
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyuA01
5P4SA 3NU6A 3WB5A 1HXBA 3PSUA 3FKTA 4Y3YA 1N49A 3OQFA 3KT5A 3PWRA 3BXRA 4FSLA 1ZPAA 3OUDA 5AH6A 4R95A 1E82E 4F73A 4YD5A 2I4QA 2JE4A 5P3KA 1Z1RA 3GGAA 5P0DA 5P2SA 5P60A 2WKZA 3GGXA 3O9CA 4Y3FA 3KFSA 1SMRA 5P2XA 4Y6MA 1HIHA 1GVUA 1ZAPA 5P2YA 4XX4A 5HE4A 1T7KA 5P2VA 2Q5KA 3UDHA 4OD9B 5P30A 4I1CA 5DR7A 1HTRB 5IVSA 4DJXA 4K9HA 2QI1A 4B1EA 4EPJA 5P3FA 4RGHA 4Y57A 5P6UA 1APVE 4Y3QA 3EL0A 3OADA 1BWBA 5BWYA 3SABA 2PMAA 3RSXA 3QROA 3OUDB 1A8KA 2OHKA 5P3RA 4GZFA 4RCFA 4PEPA 5P2WA 1SGZA 4FGXA 3IVHA 5P1LA 4OBKA 2JJIA 4ER2E 3K5GA 3O9BA 1FQ4A 1EBWA 1HHPA 4J1KA 5P67A 1HTGA 5P8IA 4L6BA 2Q3KA 3UDQA 5P55A 5KQZA 2ZJMA 1SDTA 3S2OA 4OBGA 5P0CA 3PBDA 3QRSA 3ZLQA 4FM7A 2PSVA 2AZ9A 3TTPA 1XL2A 3QS1A 5HU0A 5OZXA 1FG6C 5P0QA 3INFA 3UQXA 3OXWA 2VJ7A 4J1HA 3OOZA 1RQ9A 3QRMA 2WEAA 4I0FA 2WL0A 3LIQA 2UY0A 5P83A 5PEPA 4DQFA 4K4PA 1EC2A 2VKMA 5P7HA 2B7FA 5P8QA 3VLBA 5P0LA 1K2CA 3SKGA 5P23A 1G2KA 2UPJA 4J1EA 2JXRA 3Q70A 3UDKA 3UPJA 1ZSRA 5P1FA 5OZZA 4R92A 4PHVA 5P32A 3S45A 3OUBA 5P7NA 5P6LA 1MSMA 4OBJA 2QI7A 2QD6A 3KMYA 5P54A 1IDAA 5P7PA 4XX3A 4DVFA 5BRYA 1MESA 2QHYA 5P08A 3T7QA 1OD1A 1D4HA 4GB2A 3QN8A 2HIZA 5P4TA 5P75A 1D4JA 3UTLA 1AM5A 1NPVA 3SACA 4RCDA 5P4VA 5P6NA 5KOSA 2WF1A 4Q1WA 5P8TA 5P7XA 3DV1A 4M8YA 3ZPUA 4QJ6A 3IA9A 3TL9A 5T4SA 1QDMA 3C9XA 2PYMA 4ZPGA 5P1UA 5P04A 4DUSA 4R8YA 5P5NA 5P6PA 5F00A 3M9FA 4M8XA 2HM1A 2FXDA 3OQ7A 5AHBA 3OHHA 3I8WA 5ENKA 1FGCC 5HCOA 5P1WA 2G1YA 5DQ2A 1D4IA 3U71A 1LYAA 4LXKA 5P6AA 1RL8A 3PEPA 5P33A 2H6SA 3PI0A 5OZPA 5P6MA 1PROA 5P3MA 4Y3EA 2APRA 3I6OA 1Z8CA 1XDHA 2PC0A 1ZP8A 4EJ8A 5P2BA 3UQUA 3EM6A 5P38A 4U8WA 3MSLA 4BFBA 2OF0A 5P3IA 1WKRA 5EZZA 2IENA 1M0BA 4ZIPA 2F80A 3T6IA 5OYUA 5OZTA 2ZJNA 1G6LA 3A2OA 3R2FA 4FM8A 2ER6E 5HDUA 3OU3A 4Z4XA 3PI5A 5P3YA 5P1CA 3RVIA 2IL2A 5P6BA 3GW5A 1K6TA 1EBYA 1HBVA 2I4WA 4CPRA 5OZBA 4HE9A 5P2JA 2AOHA 4EP2A 5P3OA 5DR0A 5P2EA 2ZGAA 2ZJKA 4Y43A 5P0MA 3VV6A 4DI2A 4WTUA 1ME6A 2R9BA 2OHNA 4J0PA 2Z4OA 5I3XA 5P47A 1AZ5A 2FLEA 1FKNA 4B70A 3NR6A 3G6ZA 1APUE 4H3IA 1D4SA 3NDXA 2QNNA 1A30A 1FIVA 5OYQA 1YTGA 3LZSA 3FIVA 4HVPA 1A94A 3KYRA 2QU2A 4HA5A 4RRNA 1HPOA 4Y4EA 4DH6A 5P06A 2G26A 5P1HA 3MXDA 1MEUA 3IXKA 4Y50A 5P17A 1GVVA 2QHZA 5P61A 1RPIA 3K4VA 3VUCA 3OUCA 2OHRA 5P2UA 3CKPA 2QNPA 5I3YA 2G69A 3NUOA 5JFUA 3VEUA 1TW7A 1SIPA 3OTSA 3LPIA 4FRIA 3UQWA 1RNEA 5P18A 4B00A 2OHQA 3K5FA 1FG8C 5DR8A 4ZPFA 4GJ8A 1QBRA 5P71A 5KAOA 3HVPA 3WSJA 3CICA 5P4RA 3I7EA 1IDBA 5P6EA 2IRZA 3PCWA 4X7IA 5P2QA 5P8VA 3UQPA 2PH6A 2EWYA 1SGUA 2O4KA 4ER1E 2QZXA 3VYFA 2R5PA 2PYNA 1ZSFA 3NXNA 3UHLA 2QNQA 2O4PA 2WF0A 4EJKA 4KE0A 5P3DA 3UFLA 3ZPSA 4Q1YA 2AIDA 1T6EX 5P5ZA 3OTYA 4QJ8A 5P8FA 3RTNA 4DJRA 2WF3A 5P6TA 5P0GA 3Q4BA 1QRPE 7HVPA 1TSUA 4NJUA 3S7LA 3NU4A 1C6XA 5P6RA 1HVHA 5DR1A 5P5KA 2BBBA 5HTZA 5DR4A 5IVRA 5APRE 2AQUA 1MIQA 5C9FA 5JFPA 4CPTA 4K4RA 5P05A 5P5PA 1MTBA 3TPJA 3N3IA 4RVJA 2R3TA 3IN4A 3NU9A 5P7GA 3UDMA 1DW6C 1YM4A 1F34A 3EKQA 2G24A 5P82A 1KZKA 1EPQE 5P1OA 5P2FA 2QI4A 4Y36A 5P6QA 5ISKA 4GJ9A 4QJ7A 1EAGA 1ODWA 5P4UA 3NWXA 4EJLA 2VNMA 2FS4A 2XFJA 2HS2A 5P41A 3VV8A 1QS8A 1T7JA 5P2KA 3CYWA 5OZAA 3IAWA 2QHCA 3VSWA 1B6JA 4HEGA 5OZ8A 3S43A 5P2RA 1ODXA 4A4QA 5P7ZA 1FEJC 3QIHA 5SZ9A 2V00A 3VFAA 4Z2ZA 1AJVA 2WEDA 2CEMA 4D89A 4Y3HA 5P0TA 4Y47A 5P5OA 3PB5A 1XE5A 4DPFA 3FNUA 1LF4A 3BGCA 1NH0A 5P8UA 1SDVA 5P13A 5P5FA 4ACUA 3CKTA 1FQ7A 5P46A 1XS7D 3IXOA 3SA6A 1RV7A 1EBKC 2JYSA 2OHPA 1EPNE 4Y56A 2BPWA 3OGPA 5P4WA 5P00A 3MWSA 5P7QA 5P4FA 1K6VA 4OBZA 5P5EA 1EPPE 1K6PA 3URJA 2ZDZA 3OHFA 5OZUA 5OYRA 1IZIA 4YDGA 5P0JA 5IVTA 3DCKA 5P3ZA 3S43B 5P8JA 3PLLA 3TKWA 4Y5BA 4Y4TA 6FIVA 4L1AA 5P7MA 3PM4A 3CIBA 5P74A 3GGVA 2QMGA 4GJ5A 3TOGA 4Y5EA 4B1CA 3B80A 5P6YA 5OYVA 5P7OA 5P1NA 1ZJ7A 2P8HA 3EBZA 5P7AA 4DJYA 3NYGA 3LIVA 1ZPKA 3HDKA 3RSVA 5KR8A 3R0YA 2HS1A 1FQ6A 3T7XA 4D85A 2ZJIA 2RENA 3OQKA 5BS4A 5P4OA 1MRWA 4OBZB 3O9IA 1EC0A 4I12A 4DQCA 4Y4ZA 3OY4A 4NPUA 5SXNA 1BIMA 2R8NA 5P1AA 5P8RA 3KFNA 2HAHA 4U7VA 1B6LA 1KJHA 5KR0A 1FQ5A 3NUJA 2PQZA 2Q63A 1YTJA 5HU1A 4L1AB 1MUIA 2HPFA 3CYXA 4APEA 4YCYA 4J5JA 4QLHA 1HRNA 4H1EA 4YOBA 3URIA 3SA7A 4Y51A 1LV1A 4H3GA 2AOGA 5P2LA 3TKGA 3HW1A 4UPJA 5COOA 2WEZA 5P2NA 3UDNA 3MSKA 5OZOA 4MC6A 3AIDA 2PSGA 3GI5A 4I10A 3TPLA 3K1WA 4ZE6A 3ER3E 5OZVA 3OQAA 4A6CA 3S53A 5P58A 3WZ6A 1C6ZA 4Y3GA 5JG1A 2FGUA 5OZ1A 5P7EA 5P5SA 3PMYA 1AXAA 5P86A 4AA9A 3N4LA 5OZ6A 2V0ZC 2HB2A 1LYWA 3S8IA 5E5KA 2P3CA 4OBFA 3G72A 3UFNA 5OZGA 1EPOE 2QP8A 4I8ZA 1Z1HA 1SH9A 5HD0A 3O9HA 4MC1A 5P0NA 1B11A 4Q5MA 3SA8A 1HVJA 1FMXA 2G94A 2I0DA 1PPME 2QMPA 4LXMA 3SA9A 3TOFA 1XN3A 2B60A 2RKGA 5OZFA 1BDRA 5P5UA 4Q1XA 5OZWA 1ZBGA 5P7BA 1HVCA 3MSJA 4IVSA 3BHEA 5P52A 4B05A 2I4DA 5P88A 5P37A 1MRXA 3GI0A 3BRAA 4J1CA 5OYXA 5P11A 2V13A 5P7IA 4FM6A 8HVPA 4EQJA 3EL9A 4RYGA 4HDPA 5OZLA 5P53A 1LYWB 3JVWA 3OADB 5OYYA 4Y5LA 5P0KA 1XN2A 1GNMA 1HVIA 5P1EA 1B5FA 1EBZA 4GJDA 1DMPA 3SO9A 1A8GA 5P56A 4OBDA 5AH8A 4F75A 3PWWA 4Y44A 3EM3A 4J55A 3PSGA 1FMBA 2I0AA 5P3EA 5P3LA 1PPKE 3VF3A 5ISJA 5OZNA 4Y3MA 1G0VA 2IKOA 1EPRE 4RVIA 5KR2A 5P66A 2NR6A 5P5LA 5EZXA 1BVGA 4ZEAA 5P73A 1OEWA 3RU1A 3HVGA 5ER1E 4ZSPA 5P59A 3KN0A 3SA3A 1SMEA 4APRE 3ZKGA 1E80E 3NWQA 1BV9A 2CENA 1YM2A 3ECGA 4Y41A 5CLMA 5OZ9A 5P4YA 5P8KA 3ZPTA 4Y3TA 1QBSA 3O9DA 3NDTA 5P3AA 5KQXA 2FMBA 4BFDA 1IZEA 3APRE 4J54A 3K5CA 5P1VA 4F76A 1AIDA 4Y54A 2VJ6A 2QI6A 3U7SA 4YD3A 2R43A 1LS5A 1KJFA 3NU3A 2I4UA 4AMTA 5P26A 4XXSA 5P5IA 3L5DA 3BGBA 5OZ3A 5OYZA 2HB3A 4DQBA 4D88A 5P14A 3OK9A 6UPJA 5P7SA 1A9MA 3EKYA 3D1ZA 3FNSA 3OGQA 4I0ZA 5P5YA 2BKTA 5OZYA 4Y5MA 2BPXA 5P0RA 4FAFA 5P0PA 5DQ1A 4LL3A 4RROA 2R38A 5I3VA 3HBOA 3LNKA 5P3SA 3IXJA 1GKTA 3LZYA 5OZEA 2AODA 3DK1A 3EKWA 1ENTE 1HWRA 5P1DA 2QD8A 2AZCA 1XE6A 4Y4GA 5P1RA 3RTHA 5P1IA 5P0OA 5P01A 1PSOE 1IZHA 4LC7A 3AUPA 4Z22A 3EM4A 4Y3RA 5P8EA 3QAAA 3CMSA 3BC4A 2F3FA 5P7DA 4TVGA 5P6WA 2IQGA 4J0TA 5HE7A 1KJ7A 5C9DA 1HIVA 1U8GA 2R5QA 4LXAA 1BWAA 4DJVA 1IIQA 2VIEA 2AVQA 2ZHUA 5AGZA 5P7JA 3O9EA 1VIKA 2G27A 2VIYA 5OZDA 5AH7A 5AH9A 2B8VA 4ZSQA 5UPJA 2ZHSA 2B8LA 1LYAB 2H6TA 3BXSA 1YTHA 1G35A 4K8SA 2O40A 4RRSA 1FFIC 5P1TA 5P2GA 4NJSA 5KQYA 3SA4A 5P6OA 5DPZA 3FX5A 4YD4A 4EXGA 3L58A 1SIVA 3VF5A 3KA2A 2ZJHA 4WY6A 4RZ1A 5P7RA 3Q3TA 3L5EA 4EQ0A 4YE3A 9HVPA 1KJ4A 2NXDA 5P3PA 1PFZA 4Y39A 2G21A 5P6JA 5P4BA 3S56A 1YX9A 4AA8A 4Y3WA 3KFRA 5I3WA 5P81A 4JOOA 5P1XA 4B0QA 5P4EA 3R0WA 2V11C 2ZHTA 1T7IA 4CPSA 4ACXA 3H5BA 3KDCA 4X2LA 2G1SA 3VCMA 4TRWA 2BPYA 5P40A 3LINA 3LPJA 1BAIA 2PWCA 3QRVA 5P6HA 3OU4A 4Y4WA 1BXOA 2PK5A 5P7LA 2OAHA 2XYEA 5AHCA 5J25A 5P0ZA 5P69A 5P78A 2P3BA 1YG9A 3DM6A 4Q1NA 1E5OE 2QCIA 4DQGA 3D3TA 1TCXA 4RYCA 2FDEA 3UCBA 5P5QA 1CZIE 1MPPA 4GIDA 5CONA 4Y4XA 3UF3A 3O99A 4Y3JA 5P3VA 1BILA 1BXQA 3D1XA 4I0IA 4CPXA 7UPJA 4DQEA 5I70A 2G1OA 3PCZA 4HDBA 2Q54A 4I8WA 5P6GA 5P8BA 3IGBA 4JP9A 4LBTA 6APRE 1HSIA 5P57A 5P5CA 2F81A 2AOIA 5P6CA 2Q15A 1B6PA 1W6IA 2P3BB 1SBGA 5P5BA 5P4NA 2OHMA 3DJKA 2A4FA 2AVMA 5P1JA 5P3CA 5P6FA 1IVQA 1VIJA 5P1ZA 4J1FA 3SKFA 4FIVA 5HDZA 4Y35A 3PRSA 4Y5PA 3PWMA 4ZLSA 5SY2A 3FSMA 3ZKNA 2RKFA 3BUFA 3LPKA 4FSEA 5P28A 4I0GA 3PSYA 3L59A 1KJGA 5P5XA 5P27A 5P2AA 3ER5E 5P36A 3HLOA 3DV5A 2IGXA 2FGVA 4A6BA 3ST5A 5P1BA 3ZMGA 5DQ4A 4I0DA 5P3WA 3H0BA 3KMXA 4Y3XA 4I0HA 4KE1A 4Y4UA 5P0UA 1BDLA 5P51A 3I2LA 2F3EA 2Z54A 5P77A 2J9KA 2ANLA 4MC9A 5P0AA 1FF0C 4Y5CA 5OZ4A 2NXLA 3U6AA 1MT7A 5P19A 3ZOVA 5P3BA 4E43A 5P03A 3ZKMA 1BDQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4S A;  3NU6 A;  3WB5 A;  1HXB A;  3PSU A;  3FKT A;  4Y3Y A;  1N49 A;  3OQF A;  3KT5 A;  3PWR A;  3BXR A;  4FSL A;  1ZPA A;  3OUD A;  5AH6 A;  4R95 A;  1E82 E;  4F73 A;  4YD5 A;  2I4Q A;  2JE4 A;  5P3K A;  1Z1R A;  3GGA A;  5P0D A;  5P2S A;  5P60 A;  2WKZ A;  3GGX A;  3O9C A;  4Y3F A;  3KFS A;  1SMR A;  5P2X A;  4Y6M A;  1HIH A;  1GVU A;  1ZAP A;  5P2Y A;  4XX4 A;  5HE4 A;  1T7K A;  5P2V A;  2Q5K A;  3UDH A;  4OD9 B;  5P30 A;  4I1C A;  5DR7 A;  1HTR B;  5IVS A;  4DJX A;  4K9H A;  2QI1 A;  4B1E A;  4EPJ A;  5P3F A;  4RGH A;  4Y57 A;  5P6U A;  1APV E;  4Y3Q A;  3EL0 A;  3OAD A;  1BWB A;  5BWY A;  3SAB A;  2PMA A;  3RSX A;  3QRO A;  3OUD B;  1A8K A;  2OHK A;  5P3R A;  4GZF A;  4RCF A;  4PEP A;  5P2W A;  1SGZ A;  4FGX A;  3IVH A;  5P1L A;  4OBK A;  2JJI A;  4ER2 E;  3K5G A;  3O9B A;  1FQ4 A;  1EBW A;  1HHP A;  4J1K A;  5P67 A;  1HTG A;  5P8I A;  4L6B A;  2Q3K A;  3UDQ A;  5P55 A;  5KQZ A;  2ZJM A;  1SDT A;  3S2O A;  4OBG A;  5P0C A;  3PBD A;  3QRS A;  3ZLQ A;  4FM7 A;  2PSV A;  2AZ9 A;  3TTP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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