5OYW | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__578333015228205__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__578333015228205__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5OYW/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__578333015228205__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"578333015228205","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5OYW/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__578333015228205__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5oywA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5oywA01

2ASIA 4EJLA 5OZ3A 1FQ6A 1HPXA 5OYUA 4MC2A 2VA5A 4FE6A 2MIPA 3U7SA 2B8LA 4JPEA 5P3QA 4D89A 2F3EA 2B60A 3L3AA 5P1DA 4DJQA 4EJDA 4YCTA 5P61A 4Z2ZA 1KJ4A 2F3FA 2ZYEA 1FMUA 4TRWA 1LF2A 4NJUA 3TOHA 5P1EA 1M0BA 5P0HA 5OZ8A 3B80A 5P6KA 2IRZA 3BXRA 4FAFA 2AZCA 3AIDA 3A2OA 4HDFA 3GW5A 4FSEA 5P8SA 3URJA 2BKTA 4OBZA 1NPAA 4PEPA 5P7AA 4Y41A 3KF0A 3O9CA 3UDPA 5P4UA 4D85A 4DFGA 4Y47A 1D4KA 3KFSA 4J5JA 5P3DA 5BRYA 2NPHA 4L6BA 3S7LA 3UPJA 1MTBA 2I1AA 5OZFA 4APRE 5ER1E 2QZWA 1RL8A 5P4XA 5P3WA 2I4QA 3APRE 2XFKA 2VIYA 5P7XA 3TPLA 2Q15A 5P3YA 2QHYA 1DIFA 5P8FA 4ZEAA 2FIVA 3CIBA 4Y6MA 5P8JA 1HIIA 4AMTA 5P35A 1VIJA 2IENA 3QRVA 3LNKA 2UY0A 3PEPA 1UH7A 3R0YA 3SM1A 4Q5MA 3S53A 1EPNE 5P06A 1EBZA 3KMYA 5OZVA 5P5BA 3DV1A 3QPJA 4KUPA 1SIPA 3I25A 5P31A 5P6AA 4Y5PA 4RGHA 4Y3WA 4NPUA 2B7ZA 3FIVA 4JOOA 4R91A 3NYGA 5P52A 2PMAA 5P1IA 3TOGA 2I4XA 4Y3ZA 1GVTA 3OXCA 2OHPA 4Y3YA 5P0BA 2XYEA 2AZ9A 3UDKA 5P73A 3SO9A 4NKKA 4GJ5A 5P8KA 1K6CA 5HCOA 1EPLE 5P3XA 3S85A 4Y5AA 3CKPA 1HVSA 3EM4A 2PWRA 3UDMA 2WF0A 2HS2A 3HBOA 2VIEA 2BPWA 5P4DA 1IZEA 1TSUA 1EPOE 2RMPA 5OZ0A 5P0IA 4Q1NA 1D4IA 4Y3PA 4Y3FA 3SFCA 2FNSA 5P78A 4RCEA 5P01A 5P8DA 5P5KA 5UPJA 1NPWA 5P8LA 5P8GA 1CMSA 3LHGA 4FS4A 4OBKA 2J9JB 4QJ8A 5P7TA 4Y5LA 5P2YA 5P54A 3NXEA 3PWRA 4RVIA 5P03A 5P60A 3OXVA 3BGBA 3FKTA 5P65A 3O99A 5AHBA 3JVWA 5P0YA 2G94A 3DJKA 3LIQA 1XN3A 5BWYA 2RSPA 5OZJA 5P70A 5OZZA 3EKWA 3U6AA 5P3ZA 1G2KA 3HAWA 5P56A 3TTPA 1D4LA 2VJ6A 2PK6A 4QGIA 5B18A 5P5MA 4QLHA 4RRSA 2ER6E 4FL8A 1IDAA 3WZ8A 4FRJA 5P4QA 3T3CA 5OZIA 4OBHA 3TNEA 5P1SA 5IVSA 3ST5A 4BFDA 2NXMA 1C6YA 2BB9A 1MTRA 2G20A 2QHCA 5P4LA 5P1ZA 3LZYA 1APTE 2VNNA 4F76A 3PHVA 5P1NA 3L5DA 5DQCA 4FAEA 3JW2A 2OHTA 2EWYA 3PBZA 1SIVA 2OHSA 4KB9A 1M4HA 1TSQA 3NWXA 4I10A 5KR8A 3ZKSA 4ZIPA 3VF3A 1NPVA 5P30A 4OBFA 5P6RA 4X2LA 3NU4A 1B6KA 4EJKA 2ZE1A 2ZJJA 3H5BA 4Y4GA 5P3LA 3QN8A 1UPJA 2J9JA 2R5PA 2G1OA 5P82A 3LIVA 3ZLQA 4CMSA 3CIDA 4NJVA 5P8NA 4QJAA 3SA6A 1W6HA 1RV7A 5KQYA 4Y35A 5P5NA 5P13A 1T6EX 5KQZA 3UFLA 4PZWA 3PJ6A 3IVIA 5P1YA 5C9DA 1MRXA 2VJ7A 5OYRA 3N4LA 4ZSMA 3APPA 4PPHA 4X7IA 5OZOA 1OHRA 2QI5A 3SACA 4HLAA 3CYWA 3EKQA 4ZPFA 4J1IA 2FDDA 2JE4A 5P1KA 2WF1A 5P4BA 4I0EA 5DPZA 5P39A 2AOCA 2F3KA 3RTHA 3NU5A 2IKOA 2P4JA 1EC0A 1AXAA 2FXEA 4ZSRA 3IA9A 3INDA 4J55A 1ZPAA 3KDCA 2NNPA 1J71A 5HDUA 5OZKA 4Z50A 3OUAA 1K1UA 3KDBA 2O4PA 5JG1A 5P5HA 5P3GA 1FKNA 2QNNA 5P19A 4RVXA 3HVPA 1PSNA 1W5VA 2QAKA 4Q1YA 5P2LA 2Z4OA 2V11C 3O9DA 3S43B 1YG9A 4FRSA 5P36A 4DI2A 3B7VA 5P6BA 3VEUA 4I12A 3K5CA 1C6ZA 1QBRA 4OBGA 4FRKA 2V00A 2R3TA 4XX4A 2QMDA 1DMPA 5JFUA 4Y57A 2QI7A 5HU0A 4XX3A 5DGUA 1MVPA 3KYRA 4JP9A 3UQRA 2O4SA 1HVKA 5OZ6A 2IGXA 4Y4BA 3PGIA 4Y44A 5P09A 1KJFA 3PRSA 5P1UA 1ZSFA 3VYFA 4RVJA 2FDEA 1HRNA 3BGCA 1E80E 4EQ0A 5P8PA 1SDVA 4Y3DA 5P8CA 5OZHA 5AGZA 3TLHA 4I8ZA 1FEJC 5P0GA 1HSIA 3LPJA 2HM1A 5P7RA 4D8CA 3URLA 3HW1A 2XYFA 5P7QA 3ZL7A 2PYNA 5OZ4A 1F7AA 5HE4A 1EBWA 2H6TA 1SMRA 5P7BA 3PM4A 5P5RA 2VS2A 1G35A 3O9HA 5P6HA 1B11A 3T7XA 3BUFA 4AA9A 2FMBA 4CPWA 2PSVA 5P74A 5P81A 5SZ9A 2OAHA 3L5BA 2QI6A 1SMEA 4CPXA 4ER1E 2WF2A 3IN3A 5P43A 3IXKA 3MWSA 4J1HA 4Z22A 2QZXA 1G0VA 2FGVA 5P0NA 2V13A 5P76A 5P12A 5P2FA 2I0AA 2APRA 3HZCA 4DJRA 5OZ1A 2ER0E 3UDHA 4YE3A 3VLBA 2XFJA 4L7JA 1SDUA 2ZJIA 1YX9A 3S43A 1FG8C 4Y4DA 5P6EA 5P07A 5P86A 2G1RA 5P5PA 5IS4A 2IDWA 2R8NA 1YM4A 5P0AA 4B00A 5DQ5A 4F75A 1HVJA 2R38A 2V12C 3EL9A 2AVSA 1C70A 4H3JA 4BEKA 4H3FA 5P6NA 2ER7E 1HTEA 4LXKA 2QMPA 3VSXA 1EEDP 1HVIA 4RCFA 4Y5EA 2PH6A 2IQGA 1XS7D 3NDUA 5I3XA 4Y43A 5P8IA 5AH9A 5P1LA 4Y36A 3H0BA 2OHQA 5P24A 4M8YA 5P2OA 1IZIA 1PPKE 4RCDA 1W50A 4Y50A 3EMYA 1F34A 5P2BA 1QDMA 2Q3KA 4B78A 5P55A 4TRYA 3OY4A 6UPJA 5P3KA 2Q54A 5P8RA 2AIDA 5P1TA 3SKFA 2VIJA 5P3PA 4Y5CA 5P11A 5P14A 4A4QA 3EC0A 1ZSRA 5CONA 4Y4UA 3IAWA 3QVIA 3NDTA 5P2JA 2OHMA 4EHCA 5HTZA 4ER4E 1AAQA 4Y39A 1ODYA 4R92A 3ZPUA 1VIKA 2AZ8A 3HLOA 3FSMA 3RU1A 3NSHA 4A6CA 4RLDA 3L58A 5OZCA 1ER8E 1XE5A 5P3JA 5P5CA 2OF0A 2NXDA 2O40A 3MSKA 5P2SA 1TQFA 3GGVA 3K4VA 3UDNA 1BILA 4MC6A 5IVQA 4XKXA 3S7MA 4RYCA 5P1MA 5P5EA 3K5DA 5P3OA 3VV7A 3LPKA 3PCZA 1EC1A 4I0IA 3OAGB 3RVIA 4DQGA 4YD4A 1ZTZA 1C6XA 1HBVA 5OZDA 4B0QA 2O4LA 3PSYA 1MUIA 1HSGA 4LL3A 4Y3MA 3SA5A 3R4BA 4U8WA 2BBBA 3NWQA 5P5IA 1D4SA 2WEAA 2PSGA 2VA6A 3INEA 3PI5A 4LBTA 4NJSA 1BVEA 2IEOA 2AVMA 2B42A 4FIVA 3PI0A 3NU6A 5ER2E 3ZMGA 3TPPA 1BBSA 1FF0C 4N00A 5P5JA 3JVYA 4LXMA 4J0VA 5P7ZA 2XFIA 2IGYA 2V10C 2ZDZA 5P4NA 2G1SA 3QIHA 4U7VA 4EJ8A 4CKUA 3IN4A 3OQDA 1SDTA 5P4EA 1MPPA 1MERA 1A8KA 5P5UA 5P38A 3EKYA 1EPPE 5P2HA 5P3AA 5P66A 2QI4A 5DR3A 3SA9A 5P3BA 4ZSPA 3SM2A 4YBFA 3VUCA 3NR6A 4KE0A 3SA8A 5P6YA 5P4FA 1LF4A 5P58A 3SLZA 5OZSA 5OZ9A 3EKXA 4CP7A 3OXXA 3HDKA 3ZKNA 5OZ2A 5P8AA 4FM6A 1SP5A 1SGZA 1HWRA 5COPA 5HU1A 2VIZA 1QRPE 1PROA 2QMFA 5P3EA 5OZGA 3OAGA 2QD7A 1XE6A 3IXJA 1W5WA 2WEBA 2Q63A 2ER9E 3MXEA 1EC3A 4AZYA 3FV3A 2P8HA 3QRMA 1D4HA 4RZ1A 1NH0A 3SPKA 4Y5MA 3N3IA 4LP9A 1W51A 5OZMA 4B1CA 3ZKXA 2BPVA 5P0WA 3K1WA 1RQ9A 1E81E 1LYWB 3S8IA 1FQ5A 1XL2A 1HVRA 2Q64A 4J1FA 4DQCA 6FIVA 1IIQA 1JLDA 1KJ7A 3T6IA 2B8VA 6APRE 1BWBA 2NMYA 3FX5A 1FB7A 2CENA 1FLHA 3NUOA 5P5FA 5P62A 3SKGA 4MC1A 4FM7A 1BDQA 3MXDA 2PQZA 3BVAA 3VG1A 5ENMA 2JJJA 3O9FA 1XL5A 3QP0A 4S1GA 1BV7A 3I2LA 4HZTA 5P15A 4NJTA 4TVGA 4Y4EA 5P3VA 3UQPA 5P1FA 1HTRB 3EXOA 5P08A 5P68A 1DW6C 3KMXA 3SAAA 5P7GA 5P7NA 5OZYA 5P4CA 5P67A 2WL0A 7HVPA 3EKPA 5FIVA 5P6JA 5P4AA 5P7JA 1T3RA 5P46A 3CKRA 2I4DA 3ZOVA 3UDYA 2ZGAA 3L59A 2FXDA 2JYSA 3QS1A 2P3CA 3PWMA 1EC2A 5OZ7A 4BFBA 2CEMA 1KJHA 4B72A 4B1EA 4B70A 2G1YA 5P57A 1LF3A 5P3RA 5P7HA 1APWE 3IVHA 1FMXA 1DPJA 5E5JA 1W6IA 1ZP8A 1MSNA 5P0SA 4GJDA 2HB3A 1LYWA 5P23A 4Y4JA 5J25A 4PYVA 1KJGA 2UPJA 5P3CA 3VLAA 3Q5HA 1Q9PA 4DQHA 5OZLA 4GZFA 2PWCA 4EXHA 3ZKMA 3Q4BA 1UH8A 5I3VA 5P7LA 4YDGA 3L5FA 3OWNA 5TOLA 5OZWA 5P00A 4I0HA 3SA3A 3SA4A 1EBKC 5P4YA 5OZUA 5P2GA 3TOFA 5OZAA 3OQKA 5IVRA 4Y3XA 3O9IA 5DR1A 3VV6A 5P6ZA 4I1CA 5OZRA 1GNOA 1IZHA 1WKRA 5P5QA 2QZLA 3GGXA 4H3GA 3OUDB 3GI0A 3RTMA 3S54A 4DJYA 3O9GA 5OZTA 3OOZA 1HPVA 2WECA 4DQEA 2CEJA 3ECGA 2WEZA 5OYTA 2FGUA 3VF5A 1ZJ7A 3ZKGA 1KZKA 5P5DA 3S56A 1ZBGA 1EPRE 5AH6A 4FGXA 3KT2A 4Y5BA 3OQ7A 3EM3A 5P2KA 5P6FA 3OQFA 3OADB 2OHKA 4YCKA 5DR0A 5P50A 5P7VA 5COKA 3OOTA 1AJVA 3QVCA 2ZHUA 3PB5A 5P0UA 5P0VA 1FQ8A 4LC7A 5P4MA 3HVGA 3INHA 5DQ2A 5P20A 3GGUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5OYWA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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