5OZ0A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 11
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz0A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz0A01
4J1IA 1SGUA 5P5KA 2AOEA 2AOCA 5P67A 5P06A 4FM6A 5P3CA 4K9HA 3O9FA 4CPXA 2RKGA 5P0CA 5P3EA 3H5BA 2I4VA 2J9JA 3BHEA 4YA8A 4YBIA 4Y36A 3HBOA 4Y58A 1LYBA 5P59A 5P3JA 3FNUA 4Y3ZA 2ANLA 3O9LB 5P0MA 5C9BA 4N00A 4GMIA 5I3WA 3TL9A 5KAOA 3O9AA 3VV7A 5COKA 1N49A 1UPJA 1APUE 2F81A 4ZSQA 2QD6A 4MC9A 5OYYA 1ME6A 3ZKNA 5P4TA 4FRIA 2AOIA 5P4HA 1A8KA 5OYSA 3OXWA 3VSXA 3IVHA 3SA7A 1M4HA 4R92A 1UH8A 5P54A 4RZ1A 1XN2A 3OOTA 2HM1A 5COPA 4B70A 5P6RA 5P77A 5P6KA 1T7KA 3H0BA 3NYGA 5P0KA 3S8IA 2OHMA 2ER7E 3MXEA 1ZPAA 2F3EA 3KDBA 2HB4A 5OZ0A 4OBGA 5P2LA 2AVVA 5DR7A 3TOHA 5P58A 4J1FA 4DQBA 3QIHA 5OZOA 1HPXA 5P46A 3O9IA 4J17A 5JODA 4F75A 5P4YA 1EC3A 5KR8A 2QI6A 4J1EA 5P1EA 4FRSA 3D91A 5P0XA 3NUJA 4DV9A 1QBTA 5P32A 5P8RA 1HTFA 4J54A 3PLLA 5P2IA 1IIQA 5P5WA 3Q5HA 1CZIE 4Y54A 1HWRA 4Y3YA 5P8LA 3OHHA 3S7LA 2Q5KA 5SXNA 5P63A 3S43B 3UQUA 3ZL7A 5HU1A 3R0WA 2QU2A 5HTZA 2ER9E 3MSKA 3B7VA 2O40A 4HZTA 4FAEA 1BWBA 5P5TA 2BPXA 5P14A 1E5OE 1ZLFA 2XYEA 4FRJA 5HDXA 3KMYA 3U7SA 4DJQA 4HDFA 2QNNA 5P3TA 4YOBA 5P6OA 5P3SA 4OC6A 2UXZA 5P5BA 4FIVA 2WEAA 5P7EA 4F74A 4Y5LA 1HEGE 4RCFA 5P08A 5P7QA 1BV9A 3CKPA 2NMYA 1GKTA 4NJVA 5P0SA 4PZXA 1NSOA 4Y4TA 5P7HA 3D3TA 3LZSA 5P27A 4CPTA 5I3YA 1EBZA 2JXRA 3NDWA 2QZWA 5EZZA 2IL2A 3LIYA 1EAGA 5P5UA 2ZHSA 1K6CA 2I4UA 2BPZA 2R9BA 4Y3TA 1D4YA 2WF3A 4ZSRA 5P2SA 2QHCA 4GZFA 5OZUA 5P78A 2F80A 2O4NA 5P40A 1RQ9A 3GGAA 5P4IA 5P8CA 1B5FA 2QI0A 2F8GA 3IAWA 2B8LA 2JYSA 4Y5MA 3HDKA 3ZOVA 4AUCA 5P81A 1IDAA 5OZYA 4NJSA 5P3MA 7UPJA 5P1MA 3T11A 3Q70A 4ZPFA 4FE6A 2AODA 2O4LA 4NPTA 5P6VA 3O9DA 2WEDA 4EXGA 2FDDA 5OYWA 2V12C 4Y5CA 1E81E 1T6EX 3A2OA 4GIDA 5P1IA 1NPVA 3EKWA 5P7IA 3L59A 1ODWA 4DQCA 1AIDA 2P3CA 4Y3PA 3QI1A 1LS5A 4L7GA 3FNTA 2MIPA 1JLDA 3ZKXA 4DH6A 3I25A 3ZKIA 5P19A 2G24A 1DW6C 5OZGA 4B1DA 2B42A 5P5IA 1AJVA 2ER0E 4NKKA 3ER5E 4ER1E 4EQJA 5P5GA 4K8SA 5P8KA 3LZVA 1CMSA 3PJ6A 3VF3A 5P0EA 4LXKA 3T3CA 3I2LA 3OU4A 3GI0A 3EMYA 4HA5A 5P53A 5P05A 3S43A 5AGZA 4Y47A 3DCRA 1SDUA 4Y38A 5KQYA 2VNNA 5OZ4A 2AOHA 1Z1RA 1C6YA 3PI5A 2HPEA 4B0QA 3BUFA 5P31A 2B8VA 5HDZA 4H3IA 2G1RA 1FQ7A 4J0TA 1ZP8A 4R91A 4FSEA 2QHYA 4LHHA 5P8PA 3NDUA 2WF4A 4Y37A 4LC7A 4XX3A 2V0ZC 3OXXA 4QJ6A 3K1WA 4R5NA 3OXVA 2AZ9A 5P2WA 1HSIA 2QMPA 1GVWA 5OYUA 3LIZA 4D85A 3EXOA 2QZKA 4BFDA 5P3OA 5E5KA 3GI5A 3OQKA 5P5PA 3EBZA 1BILA 1HVSA 2ZGAA 5DR0A 4LBTA 3LPKA 5P1JA 4QJ7A 5I3XA 3ZMGA 1BXOA 5P10A 2PH8A 4COEA 2ZHVA 4Y4GA 2QMFA 3SA4A 2NXDA 2PYNA 1YG9A 5P69A 5P5RA 3KT2A 4Y3RA 5P1TA 5P4AA 4FM7A 3OUAA 4B78A 5P0PA 3OOZA 3AUPA 3CMSA 4Y3WA 4A6CA 2NR6A 3JVWA 1MUIA 2QNPA 4BELA 1HIHA 3WZ6A 5P42A 1LF3A 1PSAA 1EC0A 1XE6A 1MTBA 5KQZA 3APRE 2G1NA 1ZAPA 1XDHA 1LF2A 2FMBA 5P02A 5AH6A 4KE0A 5P6YA 5P1YA 3OUBA 5IVSA 3QN8A 2V11C 1AJXA 1LV1A 3QRSA 5OYXA 4YD7A 1HVLA 3NLSA 1HHPA 3NU6A 5PEPA 2VJ6A 1BAIA 3PWRA 1AZ5A 5T4SA 5P5MA 1QBSA 2ZHUA 3EKQA 3TPJA 5P8EA 4EJ8A 4EQ0A 1RV7A 3SA3A 5P3PA 2J9JB 5P5HA 4I0ZA 5AH9A 4Q1NA 3RSXA 5AH8A 4Q1YA 3LZUA 3FIVA 3OGQA 1IZDA 3Q4BA 1LYBB 3BUGA 2QD7A 4Y3FA 3WB4A 5APRE 2QI5A 4RCDA 4GJBA 5HE7A 3FV3A 1FG6C 5OZSA 5OZWA 4I8ZA 4Y39A 1T6GA 3PI0A 5P3QA 3L5CA 2OHSA 1LEEA 1ZSFA 1F7AA 3UDQA 4M8YA 4FSLA 5P6AA 1B6JA 3GGUA 5DGUA 5OZJA 4FAFA 2NNKA 3SKGA 2ASIA 3DM6A 5OZRA 5HE5A 1ZBGA 2P3AA 5SY2A 5P4OA 5P1UA 4DJUA 5P2GA 5P62A 2RKFA 5DR4A 2F3FA 3HLOA 3LHGA 4B77A 1QBRA 5P5CA 3EC0A 5ER2E 1GNNA 5P82A 5P8AA 3EKYA 4CMSA 4ZIPA 1T7JA 3VLAA 5P0YA 3NXEA 3OUDB 5P7RA 4L7HA 3UFNA 4CP7A 5HCTA 2FXDA 2FXEA 3FKTA 5OZXA 4I11A 5P0VA 4DJPA 4FCOA 4Y53A 4HVPA 2HS1A 4Y5EA 2H6TA 2RSPA 5P20A 5P56A 5P4UA 3HAWA 1AXAA 4H3GA 3T7QA 5HU0A 1TW7A 4Y6MA 4DJVA 5P6IA 1T7IA 3UDHA 4H3FA 3U71A 3M9FA 4K4QA 4PEPA 1QBUA 5P2VA 3KF0A 5P74A 5P0JA 5P8VA 1MTRA 3S53A 1RL8A 3EM4A 2I4XA 1OHRA 3EM6A 4YD3A 4Y5NA 1FMXA 5P72A 3UQPA 4MC1A 3UQWA 1W5YA 3ZKGA 2F3KA 3SKFA 4DQHA 3D20A 4OC6B 1A9MA 5P1ZA 5SY3A 4JP9A 4Q1XA 5P3NA 4YD5A 1ZJ7A 4FRKA 4QJ8A 2G20A 5P7WA 3PMYA 3EL0A 4JPCA 1EBKC 1NH0A 5P7JA 1K6PA 1SBGA 3GGVA 1B6MA 2PC0A 5P17A 3UQRA 3WSJA 3OUCA 1IZIA 2WKZA 2ZJIA 2AZCA 1W6HA 3K5GA 2HC0A 3OQFA 2I4QA 3QRVA 3N4LA 4B1EA 4TVGA 1BDQA 5P0OA 5IVRA 4Y50A 4Y9WA 5P4ZA 3O9HA 5P8GA 4OBFA 1VIJA 3TLHA 1B5FB 2BKTA 2JE4A 4RCEA 2FNTA 1HVHA 1Z8CA 4APRE 3OHFA 4JECA 4DJXA 2Q15A 4GJAA 5P1LA 1EPNE 4Y3AA 4Y3DA 2IRZA 5C9DA 1K2CA 3NWQA 3VSWA 5P38A 4L6BA 5P51A 2ZJNA 3Q6YA 4NPUA 1K6TA 4I0GA 4PZWA 3EKVA 3INFA 1FQ4A 4Y5GA 3VV8A 5P2UA 1EEDP 4TRZA 2OHTA 4HDPA 1J71A 2QNQA 3KFRA 3GI4A 3QROA 1FQXA 2ER6E 5P4PA 4J0VA 5AHAA 3OUDA 3IGBA 5P1AA 5P6PA 3ZPUA 5P4WA 2ZDZA 2OHLA 1SP5A 4CPRA 4Y57A 2VIJA 1MVPA 4Y4BA 2FGUA 2OAHA 5P2KA 3B80A 5P15A 2BQVA 5P7XA 2ZJJA 1RPIA 2Q63A 3I6OA 1FMBA 2R5QA 3QBHA 5P1OA 3RTHA 3UDPA 5P73A 1D4SA 1QDMA 3TPPA 3OU4B 4I0EA 3KYRA 3PCZA 2WECA 5ENMA 5P5DA 5HD0A 3CYWA 1TQFA 4X2LA 2VA5A 3IVIA 5P1VA 5F01A 4IVSA 1PPME 1W5WA 1MT7A 4ZPGA 3KA2A 1AVFA 3PB5A 3TNEA 3L58A 4A4QA 2Q55A 3HD8A 1OEWA 7HVPA 5C9FA 4Y4AA 5P2HA 4YOAA 3JW2A 5B18A 1K1UA 2BJUA 1APTE 1YTGA 1MPPA 4TVHA 2G94A 1UH7A 1CPIA 3I8WA 5P1HA 1AM5A 1MSNA 5P6FA 5F00A 3UDMA 1XN3A 5DR3A 1HVJA 2QP8A 5P01A 3URLA 4CPUA 5P3AA 3EL1A 2PSGA 5P5YA 5P7VA 5P2ZA 4J55A 5J25A 5P6DA 5P8SA 4EP2A 2IGYA 2ZJKA 4NJUA 5P2RA 1W50A 4Y5BA 4RYCA 5P87A 3DUYA 3FX5A 2QAKA 5DR8A 5P49A 5KQFA 1PROA 1YTHA 5P6QA 2QMDA 3OGPA 5DQ4A 1LYWB 4U7VA 4HLAA 2OF0A 5P2DA 6APRE 5P26A 4GJ7A 3JVYA 2QI7A 4YCTA 3IXKA 5HDUA 5P4CA 3ST5A 4DQGA 2Q11A 5P80A 2ZHTA 4Z22A 3SA5A 3LPIA 2VNMA 3UTLA 1EBYA 3KDDA 1HXBA 1NPAA 4YCKA 1E82E 3MXDA 5KR1A 3TPLA 1EC2A 4XX4A 1SGZA 3S7MA 3GW5A 3OU1A 4RVXA 2CEJA 3KFPA 3QBFA 5P4EA 4ZPEA 1FB7A 2WF0A 1HIIA 5P3WA 4D88A 3SFCA 1NPWA 5P7GA 3TKGA 3K4VC 2V00A 4YCYA 5DQCA 4J1HA 1YTIA 4I0DA 3S45A 5P7DA 3VCMA 2G27A 4D8CA 2HAHA 2NXMA 2AQUA 3SM2A 3L5DA 5P7MA 3MWSA 3QPJA 5P2NA 1HVKA 4YBFA 3UDJA 5P3FA 2VIZA 1GVTA 1SH9A 5P0RA 5P1SA 3T6IA 4Z50A 5CLMA 5SZ9A 2RENA 1EPPE 3S56A 3ZKMA 1FEJC 5ISJA 4EP3A 5P83A 1APWE 1MSMA 3NDXA 5P04A 4J0YA 1G35A 3MSLA 5P8MA 2PK5A 1YTJA 4YHQA 1W5XA 3K5FA 2HB2A 2WEZA 3IN3A 5P6MA 5P5VA 3ZPSA 3D1XA 1BBSA 3OADB 4GJDA 5P6UA 1ODXA 4I12A 1KJGA 5P3XA 4Y5KA 1FMUA 5P4SA 1B6KA 3PLDA 2PSVA 2PQZA 3VF7A 3O9EA 2WEBA 4R93A 4J0PA 3VF5A 2QD8A 4PPHA 5P88A 1ZPKA 2B60A 1GNMA 5P7BA 1BWAA 1HVIA 4Y3NA 4Y3SA 1PFZA 4DPFA 2WL0A 3UPJA 3EKXA 1LYWA 2QHZA 5UPJA 4E43A 2NNPA 3OWNA 5OZCA 5FIVA 1EPME 4EJKA 5BRYA 4DPIA 3SACA 5P52A 5KR0A 4OBHA 4RGHA 2I0AA 3NU4A 5AH7A 5P4LA 2BBBA 1LYAA 2AVSA 5P28A 4Y4WA 4FS4A 5TOLA 1BIMA 1MT9A 5HVPA 3WZ8A 5OZMA 4MC2A 5KQXA 1D4KA 5P09A 3TTPA 4LP9A 3L5EA 4WY1A 1TCXA 5P29A 5P1KA 4D89A 4TRYA 4GJCA 1SDVA 3EKPA 5P65A 1VIKA 1APVE 3R0YA 5P2BA 3NR6A 5P8FA 3SO9A 5P6EA 4YE3A 2Q64A 1EPRE 2AVOA 1C6XA 3ZLQA 3F9QA 5OYTA 5OZIA 5P6SA 1G2KA 5I70A 3SA9A 3VFAA 4DJWA 2R38A 4CPWA 4I1CA 5P3LA 1MEUA 5OYVA 3BGBA 4OD9A 3SA6A 2B7FA 2VKMA 1IVPA 1FFFC 1KJHA 2ZJHA 1DAZC 4J1CA 5P5JA 4L7JA 3VYDA 4B05A 4B1CA 4OBKA 4Y4JA 4J1KA 2BKSA 4RRSA 5JFUA 2G26A 4CPQA 5P7PA 5P5AA 1M0BA 4DI2A 3SPKA 4Y3LA 5OZDA 1A8GA 2V16C 5P0BA 5P07A 3NU9A 3G70A 5P00A 2P8HA 5P70A 5P03A 2Q3KA 1QS8A 5P2FA 3CIBA 2OHUA 5OYRA 5P8OA 1BDLA 5P41A 4X7IA 2IGXA 1B6PA 3OQDA 3OADA 3LIQA 2O4KA 1EBWA 3DJKA 5EZXA 2XFKA 2EWYA 1WKRA 3SQFA 2QCIA 1FGCC 4ACXA 1K2BA 5P3DA 1FQ6A 2R8NA 2BPVA 3HAUA 3VG1A 2QZXA 4NJTA 3OTYA 4JPEA 5P3UA 1MESA 3URIA 2AOFA 1FFIC 5P35A 2I4DA 4ER2E 3KMXA 3BUHA 1TSQA 4Y4EA 2JJIA 5P2JA 5AHBA 5P6ZA 5P2MA 3QVCA 1HEFE 2IENA 3INEA 5P37A 1YM2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1I A;  1SGU A;  5P5K A;  2AOE A;  2AOC A;  5P67 A;  5P06 A;  4FM6 A;  5P3C A;  4K9H A;  3O9F A;  4CPX A;  2RKG A;  5P0C A;  5P3E A;  3H5B A;  2I4V A;  2J9J A;  3BHE A;  4YA8 A;  4YBI A;  4Y36 A;  3HBO A;  4Y58 A;  1LYB A;  5P59 A;  5P3J A;  3FNU A;  4Y3Z A;  2ANL A;  3O9L B;  5P0M A;  5C9B A;  4N00 A;  4GMI A;  5I3W A;  3TL9 A;  5KAO A;  3O9A A;  3VV7 A;  5COK A;  1N49 A;  1UPJ A;  1APU E;  2F81 A;  4ZSQ A;  2QD6 A;  4MC9 A;  5OYY A;  1ME6 A;  3ZKN A;  5P4T A;  4FRI A;  2AOI A;  5P4H A;  1A8K A;  5OYS A;  3OXW A;  3VSX A;  3IVH A;  3SA7 A;  1M4H A;  4R92 A;  1UH8 A;  5P54 A;  4RZ1 A;  1XN2 A;  3OOT A;  2HM1 A;  5COP A;  4B70 A;  5P6R A;  5P77 A;  5P6K A;  1T7K A;  3H0B A;  3NYG A;  5P0K A;  3S8I A;  2OHM A;  2ER7 E;  3MXE A;  1ZPA A;  2F3E A;  3KDB A;  2HB4 A;  5OZ0 A;  4OBG A;  5P2L A;  2AVV A;  5DR7 A;  3TOH A;  5P58 A;  4J1F A;  4DQB A;  3QIH A;  5OZO A;  1HPX A;  5P46 A;  3O9I A;  4J17 A;  5JOD A;  4F75 A;  5P4Y A;  1EC3 A;  5KR8 A;  2QI6 A;  4J1E A;  5P1E A;  4FRS A;  3D91 A;  5P0X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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