5OZ0A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 11
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz0A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz0A01
5P5BA 3IAWA 5P48A 3EKPA 7HVPA 1IVQA 3RTMA 4OC6B 5I3XA 1W50A 1HEFE 6APRE 1BV9A 3L3AA 3PSGA 5P0PA 1ZSRA 4CPRA 4Y3PA 3NXEA 3OUDA 2ER7E 3ZLQA 4DPFA 4RYCA 5P7PA 4GB2A 5OYXA 5P1CA 5OZCA 4Y9WA 2G22A 1ZPAA 3K5FA 2BPWA 2QI4A 5P14A 3TLHA 5P55A 1AIDA 5P1GA 5P0GA 1LYAB 1C6YA 4BEKA 1RV7A 4Y37A 2ASIA 5DR3A 2OHRA 2QMPA 2OHTA 1VIKA 3DV1A 4J0PA 2B8VA 5P61A 1AM5A 5OZXA 5P4GA 5P29A 3ECGA 4ZPFA 4YBFA 3ZKQA 2ER0E 2PMAA 4J1FA 1KJ4A 5P53A 5P5NA 5P1DA 4Y3GA 3OY4A 3EM4A 3DJKA 5P8DA 2J9JA 4MC2A 4JOOA 4YHQA 4NJUA 2BPYA 3NU9A 2I4UA 3VEUA 2AZBA 3PLDA 1IIQA 3CKTA 3O9IA 5OZVA 3UTLA 5P2MA 1D4SA 5P7IA 5P5XA 5P4VA 5P3IA 5IE1A 4Y3XA 3Q3TA 2F3FA 2F81A 4FGXA 4Y5CA 1W5XA 4J1CA 2WF0A 1MT7A 5OZ5A 2R38A 1MT9A 2P4JA 5HD0A 2ZJKA 1UH7A 5OZ7A 5P5TA 3QBFA 3HDKA 2AQUA 2OHUA 3OAGA 4L1AB 2IKUA 4XX4A 5P8UA 3FNUA 5OZ1A 5ENKA 1SH9A 4D85A 4DJUA 2G24A 5I3VA 2A1EA 3EL4A 5KOQA 1T7KA 1T6EX 2WKZA 1YX9A 1PFZA 5P60A 4GIDA 3TPLA 3MXEA 5F00A 3C9XA 3PWMA 2FXEA 1XN2A 4Y50A 3EXOA 2OF0A 1BDQA 2XFIA 5P1WA 5DGWA 5CONA 5P12A 1T3RA 2Q11A 5P0RA 3KMYA 4Y3AA 1BDLA 3WSJA 5P1NA 3PGIA 2O4PA 1MSMA 5P4RA 5P4DA 3NSHA 4ER2E 3DCKA 2UY0A 2QZXA 4DQBA 4Y3ZA 4LHHA 2VNNA 4AMTA 1HTFA 1TSUA 3VFAA 1APVE 3NU3A 4Y3RA 3I6OA 5P4ZA 5UPJA 1LYWA 4TVGA 4Y4AA 3DUYA 4I0EA 5P7ZA 3NWQA 4RCEA 3NDTA 5P6ZA 3BGCA 3NUJA 4Y3EA 5P3AA 4GJAA 2G20A 2QZKA 5P6MA 2B8LA 4B1EA 3PMYA 2VJ6A 2ZDZA 1A30A 5JFPA 5SXNA 2I4DA 1MT8A 5P19A 4B05A 3RTHA 5P1JA 1K6VA 2BKTA 1SDTA 3EL1A 2ZE1A 4HLAA 2HS2A 3EKWA 1OEWA 3G6ZA 3L59A 1DMPA 4DJXA 2PH6A 4EQJA 2XFJA 5P5GA 1CPIA 3JVYA 2FGVA 5E5KA 1GNMA 5P77A 2F80A 2OHQA 5P81A 4ZSMA 4F74A 5P24A 6FIVA 4FSEA 4TRWA 1OD1A 2QMGA 5P4AA 2AOFA 2WECA 4JPEA 5P6EA 3Q4BA 1UH9A 1ZAPA 1D4IA 3L5FA 1E82E 1LEEA 5P1XA 5DR7A 4Y3MA 1DAZC 5SZ9A 4BELA 3WZ7A 3T7XA 3EKTA 2PK5A 1KJFA 5P86A 1DIFA 3OQAA 4RVIA 5P5IA 5P0KA 1IZHA 3VUCA 1B6LA 3OGQA 5P6DA 2QI6A 5P7VA 5P25A 3ER5E 5P7EA 5P6AA 1G35A 3AIDA 4J54A 2AOCA 2ZJJA 5OZ6A 1TQFA 1SDVA 5P5FA 1FQ6A 2OHNA 2PYNA 4LXMA 5P3SA 5P69A 2BKSA 4MC1A 1PSAA 3RSXA 1NPVA 3OK9A 3UPJA 1BV7A 2P3CA 2FNSA 2QNPA 4J0YA 3IVHA 3QS1A 3GI6A 2H6TA 4Y3JA 4Y5LA 5OZGA 4Y5PA 4B77A 2QI1A 5P7XA 5P5CA 3KT5A 2JYSA 3BRAA 3HBOA 4K4QA 3S54A 3OU1B 3PHVA 1YM4A 4GJ8A 3H0BA 1A8GA 1A8KA 2I1AA 1PROA 5P2KA 5P75A 3GW5A 4GJ9A 3AUPA 2ZGAA 2VNMA 4J0TA 2PYMA 4YDGA 3ZKGA 4FAEA 5P3OA 3PEPA 3L5DA 5I3WA 4Y41A 5P2DA 4K4PA 5P7SA 1BIMA 4ACUA 1FG6C 4HDBA 5P41A 4Y4DA 1E5OE 3ZKIA 2B7FA 1NH0A 5P11A 4X2LA 5P2IA 5P2QA 2NPHA 3B80A 3EM6A 1LYBB 5P7BA 1HIIA 5P5UA 3D3TA 2AVOA 5P52A 5P0NA 3I2LA 4H3FA 4GJDA 5OZOA 2O4NA 5OZ3A 2VIJA 4CKUA 4Y4GA 2BPZA 2OAHA 1QDMA 5OZEA 1GNNA 4R95A 4TVHA 1IZEA 5P2FA 3MSKA 5OYRA 4YD4A 3VFBA 1HVJA 5P4TA 5P7WA 2HC0A 5DPZA 1NSOA 5COOA 4Y3QA 2FDPA 3LIZA 1FQ5A 4FCOA 5P5SA 1TCXA 2RKFA 1ZP8A 4Y35A 3OADB 3LPJA 5P10A 4CMSA 1FQ4A 4DJQA 4J55A 5P46A 5P59A 4CPSA 4R5NA 2PK6A 4Y51A 3SM1A 5P49A 5P4OA 4RRNA 7UPJA 5P8SA 5P6FA 4APEA 1HBVA 1ZJ7A 3L58A 2G27A 3IXOA 3UDPA 3IA9A 1ZBGA 5P2ZA 3KFPA 5P7NA 5P1UA 3GI5A 1XE5A 1Q9PA 3FIVA 5P58A 4Z50A 2UXZA 5P1PA 2PQZA 2ZJMA 4Y5KA 3BXSA 4CPQA 2AZ9A 2JJIA 4ZSQA 4LAPA 4Q1YA 4YCTA 3S85A 3INEA 1XN3A 5P33A 3VSWA 1EPQE 5HU0A 5P7RA 3N4LA 2V12C 3LHGA 5KOSA 1ZTZA 3H5BA 1FQ8A 5P72A 3UDKA 5P6JA 4YOAA 5P3RA 1TW7A 4EWOA 3PI0A 3CMSA 3S43B 3TKWA 3HZCA 1FIVA 3VYFA 5BS4A 1EBKC 1ME6A 4Y5GA 2ZJHA 3LPKA 3WZ8A 1K6TA 3PWRA 3NDWA 1B6JA 5P6BA 1TSQA 3R0YA 5OZUA 3RVIA 3VV6A 1MTRA 4OBKA 1MESA 3VYEA 1QS8A 3ER3E 2IDWA 2VJ9A 3L38A 1W51A 5P4QA 3INHA 3PBZA 1PSOE 2VIYA 3LZSA 3NYGA 1HHPA 3SPKA 3O9AA 5P8QA 5OZJA 1T6GA 5P16A 5P43A 4J1EA 1KJHA 4MC9A 4DPIA 1FFIC 4FE6A 1FQ7A 4GJ5A 4RCDA 4TRZA 4EXGA 3ZPTA 2IS0A 1ZLFA 3ZKMA 1EBWA 4EP3A 1XL2A 3UFLA 3QIHA 4ZLSA 3WB5A 3SQFA 2RKGA 4X7IA 5P83A 2Q5KA 1ODYA 3MXDA 5P79A 4DUSA 5P22A 2F3EA 5P2EA 2RENA 2Q64A 3OTYA 1TZSA 4DJOA 1HIHA 2IQGA 2P3BA 4L7JA 2I4VA 2FDDA 4H3GA 2QAKA 2OHMA 2G1OA 1D4LA 5KR0A 2VA5A 5OYWA 2I4XA 2AZCA 5P31A 2G1SA 3S2OA 1EBZA 5OZIA 2V00A 5P6KA 1B6PA 2IKOA 5HDZA 2APRA 3NR6A 5HDUA 5P30A 3D20A 1IZIA 5AH7A 1XDHA 1BAIA 5DQCA 4QLHA 4DH6A 2AVSA 1LS5A 5P7YA 5P47A 1NPAA 1K1TA 1E80E 5OZBA 1AJVA 2JE4A 1B5FB 4Y4EA 1B11A 3VV8A 5P0CA 2XFKA 5P2UA 2ZJNA 3NDXA 5P5MA 5P6LA 3OQFA 2QK5A 1UPJA 5P40A 5P3FA 4EPJA 4M8XA 5P3KA 1Z8CA 3IN4A 3PCZA 3SA6A 2NMZA 3OU4B 2PSVA 4OBZB 1HTRB 2VA7A 3FNTA 4CPUA 1QBSA 4HVPA 1SP5A 3OXCA 4EJDA 1HVLA 5P85A 4NKKA 3R4BA 5DQ5A 5OZNA 5E5JA 1FMXA 3NU4A 5P1VA 3OXWA 4Y3LA 3S56A 1EC2A 4FL8A 3OUDB 4EQ0A 5P8NA 3QVIA 3LZVA 2FXDA 1G6LA 1C6ZA 2B7ZA 5P20A 2QMFA 5PEPA 2QZWA 3KF0A 4M8YA 5P8OA 1SMEA 4RVXA 2QI7A 1SBGA 5P0MA 5P0TA 4Y54A 4Y3WA 5OZ0A 2QP8A 3CYWA 1C6XA 4FRSA 2QCIA 5P51A 3S7LA 1ODWA 4FIVA 4TRYA 1T7IA 1XL5A 4OBJA 3D1XA 5P3MA 4EXHA 4E43A 4AA9A 5OZDA 3BUFA 3DCRA 5ISJA 4IVTA 1SIVA 1W5WA 1AXAA 4FAFA 3ZPSA 3OGPA 3UQPA 4Y43A 2B42A 2QI0A 4FRIA 3I7EA 4A4QA 1LV1A 5P01A 5P3EA 5OZRA 4Y3TA 1IBQA 5OZPA 2QD6A 3RU1A 5P6XA 4I0DA 5P1RA 3ZKXA 1WKRA 5P0DA 5P4JA 3EKVA 1IZDA 4Y5AA 5P0LA 4Y4ZA 4BFBA 3TNEA 3QROA 4NJVA 5P3JA 1BDRA 5P6CA 3NXNA 1HTGA 5P4SA 3HW1A 1F34A 4APRE 1RNEA 3U6AA 5P89A 3GGXA 3CKRA 4Y36A 2G1RA 4Y3YA 4AUCA 5B18A 5P6TA 5P78A 2ZHSA 3OAGB 3LIQA 4YBIA 4Y56A 1EAGA 5P1YA 1N49A 4Y4JA 5P4EA 4R92A 4DJWA 3EM3A 5IVTA 3OHHA 3DM6A 3D91A 3O9FA 3R1GB 5P4UA 5P8LA 5ER1E 1FG8C 2PSGA 2R5PA 3Q6YA 4NJSA 3PMUA 4FM8A 4Y3FA 1UH8A 2WF2A 3S8IA 4YDFA 3ZPUA 2CEJA 4GJCA 3ST5A 5EZZA 1AJXA 4RZ1A 3PLLA 5P6UA 3BVBA 2PWRA 3DOXA 5P2OA 4PZXA 4DJRA 2R9BA 5P1MA 3QP0A 2G69A 1MVPA 4DQFA 3VF5A 2AVVA 3BGBA 4ZSRA 4AZYA 1K1UA 2QNNA 2HM1A 5OZ4A 2P8HA 3OHFA 5P88A 1EC0A 5P5LA 3RTNA 5P42A 5SY3A 2P83A 5P06A 1LYWB 1MSNA 5P7QA 4PHVA 4HDFA 1QRPE 5JFUA 4K8SA 5P7GA 5IVSA 3KFRA 5P68A 3KFNA 2R5QA 4GZFA 4R8YA 5P7HA 3WZ6A 2HB3A 2FMBA 4DVFA 4PEPA 4YD5A 3FX5A 1HXBA 3VG1A 1K6CA 4GJBA 4DV9A 2XYEA 4YD7A 4DI2A 3SA7A 3OUAA 5KAOA 5P80A 3T7QA 2V16C 5DR4A 3NU6A 5P84A 4LXKA 4Z4XA 5OYTA 5P8VA 5P7UA 3KDBA 5P8FA 5KQZA 1D4JA 4Y47A 3QN8A 3SFCA 3O9LA 5P8AA 5DQ4A 3URIA 4Z2ZA 2AOIA 5P1ZA 5KQFA 2WEDA 1K2BA 5P6NA 3IXKA 1T7JA 5P7OA 2G21A 5P4NA 1EBYA 2AZ8A 4I0FA 1DP5A 4A6BA 1GNOA 2IL2A 3QRVA 2NNKA 4Q1XA 5P0SA 1FF0C 3Q5HA 4WY6A 3B7VA 1BILA 3MSLA 5P4LA 4H3IA 3VSXA 4Y3NA 1WBMA 4GJ7A 4OD9A 5EZXA 5P5OA 4Y3SA 3Q70A 5I70A 5P0HA 2ANLA 5P70A 4D8CA 4RYGA 2QHZA 3QAAA 1C70A 1ENTE 2QI5A 3HAWA 1EC1A 1HWRA 3EBZA 5P0VA 3KN0A 1A9MA 4I0GA 2R8NA 1BXOA 3OADA 5OYYA 2OHPA 3APPA 3INDA 2BJUA 3K4VA 5KR8A 1FB7A 1B6KA 1XE6A 4DJPA 1FGCC 3LITA 4CPTA 1W6HA 1J71A 4DJVA 3SA9A 3OQDA 5P2YA 5P7TA 2A4FA 4F73A 1D4YA 5P09A 4Y4BA 1SIPA 4YOBA 2VIEA 5COPA 2AIDA 3LZUA 4CPWA 5OZ8A 1NPWA 3LIXA 2O40A 3IGBA 2IRZA 3TPJA 3I25A 3CYXA 3F9QA 1MERA 4Y4TA 4JECA 2IEOA 3UF3A 1HPSA 1FLHA 2OHLA 4S1GA 5SY2A 4RLDA 4LBTA 1HIVA 1A94A 5P6WA 4RCFA 5DR1A 5P2NA 2FGUA 5P8HA 5P1SA 2NMYA 5P8EA 5P3PA 5P8RA 5P65A 3SABA 1GVVA 1KJ7A 5DQ2A 3EKYA 1HEGE 2CEMA 5P1BA 3G70A 5P3DA 3D1ZA 5P8MA 1WBKA 3T11A 4YA8A 2VIZA 2QD7A 3VF7A 1TCWA 3BUGA 5P2JA 3BXRA 4OBDA 4Y45A 1PPKE 5P3CA 5P2AA 4I8WA 5P36A 5P0QA 5P87A 3TOHA 5P5JA 3S7MA 3PCWA 1FKNA 5P1AA 2QHCA 4DFGA 1IVPA 5P2BA 5P4BA 3O9BA 6UPJA 1PPME 5C9DA 2RSPA 2VA6A 5P1EA 5HE7A 1BXQA 2FDEA 4Y57A 4PZWA 5P2WA 3K5CA 5J25A 4ZPGA 4I10A 2WJOA 5P6VA 5P4MA 4Y44A 2OHKA 3WB4A 5OZKA 3SA4A 4GMIA 5DGUA 4K9HA 3KM4A 3OU3A 4B0QA 1OHRA 4Y4XA 5OZLA 1HVSA 3URJA 3TOFA 2NTRA 5P13A 3O99A 2OHSA 2Q63A 4I0JA 5P5YA 2WF1A 1MTBA 2AODA 4OC6A 3IXJA 5AH9A 2Q15A 5P08A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5B A;  3IAW A;  5P48 A;  3EKP A;  7HVP A;  1IVQ A;  3RTM A;  4OC6 B;  5I3X A;  1W50 A;  1HEF E;  6APR E;  1BV9 A;  3L3A A;  3PSG A;  5P0P A;  1ZSR A;  4CPR A;  4Y3P A;  3NXE A;  3OUD A;  2ER7 E;  3ZLQ A;  4DPF A;  4RYC A;  5P7P A;  4GB2 A;  5OYX A;  5P1C A;  5OZC A;  4Y9W A;  2G22 A;  1ZPA A;  3K5F A;  2BPW A;  2QI4 A;  5P14 A;  3TLH A;  5P55 A;  1AID A;  5P1G A;  5P0G A;  1LYA B;  1C6Y A;  4BEK A;  1RV7 A;  4Y37 A;  2ASI A;  5DR3 A;  2OHR A;  2QMP A;  2OHT A;  1VIK A;  3DV1 A;  4J0P A;  2B8V A;  5P61 A;  1AM5 A;  5OZX A;  5P4G A;  5P29 A;  3ECG A;  4ZPF A;  4YBF A;  3ZKQ A;  2ER0 E;  2PMA A;  4J1F A;  1KJ4 A;  5P53 A;  5P5N A;  5P1D A;  4Y3G A;  3OY4 A;  3EM4 A;  3DJK A;  5P8D A;  2J9J A;  4MC2 A;  4JOO A;  4YHQ A;  4NJU A;  2BPY A;  3NU9 A;  2I4U A;  3VEU A;  2AZB A;  3PLD A;  1IIQ A;  3CKT A;  3O9I A;  5OZV A;  3UTL A;  5P2M A;  1D4S A;  5P7I A;  5P5X A;  5P4V A;  5P3I A;  5IE1 A;  4Y3X A;  3Q3T A;  2F3F A;  2F81 A;  4FGX A;  4Y5C A;  1W5X A;  4J1C A;  2WF0 A;  1MT7 A;  5OZ5 A;  2R38 A;  1MT9 A;  2P4J A;  5HD0 A;  2ZJK A;  1UH7 A;  5OZ7 A;  5P5T A;  3QBF A;  3HDK A;  2AQU A;  2OHU A;  3OAG A;  4L1A B;  2IKU A;  4XX4 A;  5P8U A;  3FNU A;  5OZ1 A;  5ENK A;  1SH9 A;  4D85 A;  4DJU A;  2G24 A;  5I3V A;  2A1E A;  3EL4 A;  5KOQ A;  1T7K A;  1T6E X;  2WKZ A;  1YX9 A;  1PFZ A;  5P60 A;  4GID A;  3TPL A;  3MXE A;  5F00 A;  3C9X A;  3PWM A;  2FXE A;  1XN2 A;  4Y50 A;  3EXO A;  2OF0 A;  1BDQ A;  2XFI A;  5P1W A;  5DGW A;  5CON A;  5P12 A;  1T3R A;  2Q11 A;  5P0R A;  3KMY A;  4Y3A A;  1BDL A;  3WSJ A;  5P1N A;  3PGI A;  2O4P A;  1MSM A;  5P4R A;  5P4D A;  3NSH A;  4ER2 E;  3DCK A;  2UY0 A;  2QZX A;  4DQB A;  4Y3Z A;  4LHH A;  2VNN A;  4AMT A;  1HTF A;  1TSU A;  3VFA A;  1APV E;  3NU3 A;  4Y3R A;  3I6O A;  5P4Z A;  5UPJ A;  1LYW A;  4TVG A;  4Y4A A;  3DUY A;  4I0E A;  5P7Z A;  3NWQ A;  4RCE A;  3NDT A;  5P6Z A;  3BGC A;  3NUJ A;  4Y3E A;  5P3A A;  4GJA A;  2G20 A;  2QZK A;  5P6M A;  2B8L A;  4B1E A;  3PMY A;  2VJ6 A;  2ZDZ A;  1A30 A;  5JFP A;  5SXN A;  2I4D A;  1MT8 A;  5P19 A;  4B05 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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