5OZ1A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 12
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz1A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz1A01
5JODA 1MRXA 1G35A 5P0WA 5P7KA 2XFJA 5OYXA 1APWE 5P2OA 2HS1A 5P4FA 2BPYA 3OOZA 1KJGA 5P29A 4I0GA 4HDBA 2UY0A 3HD8A 3TTPA 1U8GA 3ECGA 1MPPA 3OUBA 2AZBA 3JVWA 3R0WA 3SAAA 1YTJA 5P7SA 3S85A 1MEUA 3L5DA 3BXRA 2JJJA 1M43A 4YA8A 1QDMA 2O4NA 2VJ9A 1CPIA 1FG6C 5P2QA 5KQXA 3KMXA 5P4AA 3NYGA 3Q6YA 5P3KA 5P6XA 4IVTA 4COEA 3OU4A 5C9FA 5P2WA 5P0IA 2PQZA 4B77A 2G1NA 4TRZA 3PWRA 4B78A 1HTGA 2V12C 1SP5A 3TOFA 5P13A 2ZHSA 3I25A 3OQDA 3FIVA 2CENA 5P6TA 2WF3A 3RU1A 1T7JA 5KR0A 5P8QA 2AVQA 1ENTE 3L38A 4Y47A 4FM8A 9HVPA 5P0TA 1HPVA 3UQWA 3PI0A 3ZKMA 5OZCA 4GZFA 5P2FA 2QI3A 3G6ZA 5P25A 2Z4OA 5P55A 5P0NA 5P7XA 4QJAA 5P1IA 4EJ8A 5P5OA 5P7VA 1WBKA 1E5OE 2VNMA 2Q63A 3QROA 2J9KA 1SMEA 3ER3E 4NPUA 2V11C 3GGVA 3IAWA 4GB2A 2MIPA 3BXSA 5IVQA 4TVHA 2VA7A 3HZCA 1RQ9A 5P2JA 5P31A 1NSOA 3IN3A 4Y3LA 1LZQA 3VSWA 2B8VA 3DCRA 2NMYA 4OBFA 5P1WA 4CPWA 4Y4BA 3O9HA 1E80E 5P34A 5OZ2A 1BILA 3KT5A 4Y5MA 1NPAA 5P2HA 1AJXA 4J0PA 5EZZA 1BDQA 3M9FA 3UDMA 3S54A 5P2ZA 4CPQA 3UDKA 1SDUA 4GIDA 5P7DA 1HSHA 1K6PA 2V0ZC 2QHYA 5OZVA 4QJ9A 5P00A 3IXKA 1QS8A 3UFLA 1BDLA 5KAOA 2OHQA 3EKYA 4I8WA 5P0JA 1LS5A 5SZ9A 5IS4A 4ZE6A 5OZ7A 4X2LA 2HIZA 5P5KA 1LF3A 1OEWA 3KA2A 3GGAA 2IQGA 4DJUA 4DQCA 1ODYA 5P1DA 3GW5A 5OZHA 5OZZA 3OADA 3I7EA 4DJVA 4OC6A 5AH8A 3EM6A 1AVFA 3APRE 2AODA 3UDYA 3VEUA 5P36A 1RL8A 2FIVA 5P8DA 3Q3TA 4EJDA 4Y58A 3LIQA 4H3JA 4Y3RA 2Q55A 4ZSRA 4RYGA 3EM3A 3GGXA 1MTBA 3ZKNA 1GNOA 5BS4A 4QJ7A 2NPHA 2ZJKA 1HBVA 2IDWA 3WB4A 1C6ZA 1LYAB 5P42A 5I3XA 2FS4A 2AOCA 4Y5CA 5P3IA 3PLLA 5P6KA 4OBZA 3MXDA 1DIFA 2VIZA 5P7MA 2WEBA 4APEA 2QD8A 5P5UA 2QNQA 5P4LA 3EKTA 7HVPA 5AHAA 3B7VA 4Y5LA 4Y4AA 2WEDA 4YD6A 1EC1A 5P2EA 4XX3A 5P7WA 1HTFA 4B72A 1PSOE 2P83A 5AGZA 1LYWB 2I4WA 4RVJA 3DJKA 4MC6A 5CLMA 3CYWA 3NWQA 1XL2A 5P0OA 2ZJNA 5DQCA 3TNEA 1HTEA 4I0ZA 4Y4DA 1GNMA 4Y38A 5OZGA 3VYDA 5P8EA 2QZXA 1C70A 3ZOVA 3NSHA 2VKMA 4ZPFA 5KOSA 1BVEA 3EL1A 5OZ5A 2NXLA 4Y4TA 5P07A 1DMPA 1EPME 5P8GA 1K2CA 5P82A 4FS4A 4D89A 4QJ8A 2ASIA 2HC0A 1LYBA 1NPVA 2ZHRA 5P18A 3UDNA 5P2YA 4J5JA 4DJYA 3K1WA 5DQ5A 5P15A 5P59A 4A6BA 5P7AA 5EZXA 3CIDA 1GVWA 5HD0A 3NU3A 5P0PA 5AHCA 5OZUA 1K6CA 5OZ4A 3UDJA 4I10A 4EJLA 3TKWA 5P6UA 2FMBA 5P8IA 2UPJA 3LZYA 5P8RA 1E82E 5P89A 5P5JA 3OU4B 5P4NA 5HE7A 1TQFA 5P1PA 1DW6C 3D1YA 5P0QA 5P3PA 5P61A 3TPRA 1GKTA 2FDDA 4Y48A 4Y6MA 4Y53A 1HXBA 5COOA 2PK6A 5OYTA 2PYNA 2R9BA 3VCMA 3LITA 3URIA 4CKUA 2G1SA 2ZE1A 2G27A 1FQ6A 2ZJMA 4D88A 4J17A 4FAFA 2H6SA 5P0YA 5P4QA 3VLBA 5P5YA 2F3EA 4Y5GA 2G26A 5P26A 3ZPUA 2QMDA 5P3OA 5P6AA 1F34A 5P3ZA 4JECA 4DH6A 5P76A 4DJQA 5P8OA 3PCZA 3VYEA 2I4UA 1AM5A 1XN2A 5P6DA 2Q11A 3UDHA 5J25A 3JW2A 5P85A 4Y3MA 4DQHA 2JJIA 4OD9A 5P74A 3PB5A 2FDPA 4FM6A 1LV1A 5P69A 4Q1YA 5P5VA 1MIQA 1FMBA 4I0EA 1W6IA 2BPZA 2IL2A 5P3CA 5DR8A 5KQZA 3TKGA 2AVOA 6APRE 2QI0A 2PWCA 3OXWA 5P2VA 5P1UA 5P0SA 1YTGA 3NDXA 4NJVA 3N3IA 4Y3HA 3A2OA 3D91A 5OZQA 4CMSA 3SA7A 4DQEA 4Y50A 4ZPEA 5P1SA 5P78A 2VA6A 4A6CA 3KYRA 2EWYA 2OHKA 2P3AA 1NPWA 5JFUA 4Q1WA 5JFPA 2QD6A 2G24A 4Y3FA 1J71A 5P3SA 4R8YA 5P3VA 3BGBA 3CKPA 4WTUA 2QMGA 2NTRA 3VSXA 4I0JA 4I11A 3DK1A 5P7YA 4PHVA 4Y3AA 1C6YA 1MT7A 3HLOA 5P80A 5P1GA 2AOJA 1SIVA 2B7FA 1B6PA 4CPTA 3OU3A 5P7PA 5P60A 4XXSA 3S7MA 3EL4A 4GJCA 5IVTA 4RRNA 4FRSA 5P1TA 4NPTA 2ZYEA 1HWRA 4GJBA 2NMZA 1DP5A 4Y4XA 3PVKA 6UPJA 2BQVA 2ER9E 2F80A 3U6AA 5P6MA 1BXQA 5P84A 5T4SA 5P5BA 4HZTA 3SPKA 3UQPA 5P1OA 1IZEA 1TSUA 2QK5A 4BFBA 1ZPKA 1HSGA 4HE9A 4GJDA 3VV8A 1B6MA 2BB9A 1SMRA 2HB4A 1PSNA 4AUCA 4RLDA 5OZBA 5P49A 5OZOA 4F74A 3Q5HA 2PMAA 5P44A 3KFPA 3OWNA 4I1CA 2BJUA 4FGXA 4QJ2A 5P4ZA 4HDPA 2I1AA 5P6WA 5P1NA 3K5FA 1IDAA 2WHHA 3PSYA 4OBZB 5C9DA 5P53A 3ST5A 3UQRA 4X7IA 5I70A 3SA3A 2ZHVA 3OXXA 4K4RA 5P63A 1YTHA 4A4QA 4ACUA 4ZEAA 4R91A 2P3BA 2ZJLA 3H0BA 4DJXA 2NNPA 3IVIA 5DPZA 5P7RA 5P8KA 2FGVA 3OXVA 1PPLE 4K8SA 3GI4A 1SDTA 2VIJA 3WZ8A 3ZKGA 1HXWA 3N4LA 4Q1XA 2P3DA 3ER5E 5P0DA 2G1YA 3UPJA 1HIHA 3K4VA 1QBTA 4WY6A 4EXGA 5P0VA 5DR0A 4LXMA 5P6QA 5P4UA 3T6IA 5CONA 1IVQA 2PSUA 2OHLA 5DR4A 1GVVA 2R38A 3PSUA 4DQBA 3TH9A 5P75A 2Q5KA 5APRE 1TZSA 4Y3DA 3O9LB 3RTMA 5P17A 5P37A 3OGPA 3CKRA 5P4EA 4OBHA 2FLEA 3EXOA 3KMYA 3HVPA 5I3YA 1WBMA 5P41A 5P5WA 3HBOA 8HVPA 3UQXA 3OQKA 4YD5A 1SIPA 4IVSA 5OZWA 1LYBB 2HM1A 3K4VC 5P2KA 1BWAA 5P6BA 4RCEA 1D4KA 5P7NA 3QN8A 1VIJA 1BIMA 1VIKA 5HCTA 3EKQA 1D4SA 2BBBA 3UQUA 1K1UA 4Z50A 1KJFA 5P5IA 5P7TA 3FSMA 3EKPA 2HAHA 1FQXA 2J9JA 5AH6A 3QVIA 1LF4A 3IXJA 4FRJA 5P06A 5P6FA 2QU3A 4FCOA 5P87A 2AOEA 1A9MA 3GI5A 3TLHA 4Y56A 5P5GA 3OTSA 1FGCC 1KJ4A 3BRAA 2IENA 2VIEA 5P14A 2ZDZA 5P3JA 5P2LA 1CMSA 3BUHA 1MSNA 5P6GA 5P4OA 5P22A 4PZWA 1A8GA 3SO9A 4L6BA 2AVSA 4YCKA 2CEJA 3LNKA 4S1GA 5P5NA 2NNKA 3FNTA 1T6EX 1G6LA 1IZIA 1N49A 5P2NA 4B70A 4FL8A 5P5EA 5P6OA 4CPRA 5P6HA 3WZ7A 3PGIA 2AIDA 5P3TA 3PRSA 5P4IA 5P7BA 3IGBA 4CPXA 5P40A 2BPWA 2RKGA 4FE6A 4Y3GA 5OZMA 5P4YA 3NU9A 4DFGA 3QIHA 3Q4BA 2NR6A 3BVBA 3ZL7A 4Y54A 5P8AA 2VIYA 2RMPA 5OYVA 2I4VA 4B1CA 5P7CA 5HE5A 5P7UA 3EM4A 2ZJJA 3KDDA 4OD9B 1XE6A 5E5JA 3VV6A 5KR2A 4KB9A 4MC1A 2AZ9A 1ZBGA 5P10A 3LPJA 3KFSA 2B7ZA 2ANLA 1AXAA 4TRYA 2QZWA 5P6ZA 1UH7A 2WECA 5P6SA 5P6YA 3KF0A 5P6EA 3ZMGA 5P8SA 4R92A 4YCTA 4Y51A 4EQ0A 3OOTA 5P1BA 5P2SA 4EHCA 4Z2ZA 3SA6A 3AUPA 1META 5P6RA 3IXOA 3ZLQA 3FKTA 3O9IA 1B6JA 1QBRA 1ZPAA 1EBKC 5OZXA 4EPJA 3B80A 5OZ6A 4ZLSA 2QI4A 5P8LA 4PEPA 5DGUA 3FNSA 3PCWA 1BVGA 5P0LA 3T7XA 3VF3A 3OU1A 5P1VA 2P4JA 4YOAA 5P45A 4GYEA 2G69A 3L58A 5OZPA 3NXNA 2WL0A 3ZPSA 2HPFA 1UH9A 4ER1E 5P4VA 5P81A 5P1JA 5P51A 1MRWA 5P3NA 3ZKSA 1SH9A 5ER2E 3ZKQA 3HDKA 4HVPA 5P7OA 1XDHA 5P5AA 4JPCA 3S2OA 1RPIA 4YOBA 5DR3A 5KQYA 4F75A 3PMUA 3QI1A 4Y5EA 2O4PA 5P62A 5ISJA 1YM4A 2UXZA 5P0BA 2OHRA 1B6KA 5P4DA 3S43A 4YCYA 5IVSA 3QVCA 2QP8A 3ZKXA 5P6IA 3DM6A 4RCDA 2Q15A 2IGYA 4LXAA 2OHNA 4L7GA 5P2DA 5KR1A 3PLDA 3HW1A 2R8NA 2P8HA 1FFFC 3IA9A 5P56A 4YD3A 2QI1A 4B1EA 3UDQA 1D4YA 2PK5A 5P4XA 3WSJA 5B18A 6FIVA 1D4HA 1Z8CA 4TVGA 4Y3TA 4J1KA 4KE0A 3RTNA 4MC2A 4Y5KA 5P7QA 1FF0C 1Z1RA 5P3BA 3SA5A 2P3BB 4J55A 4L1AA 4XX4A 5P2MA 3O9EA 4GJ6A 1FQ4A 1A94A 1BDRA 5P3HA 3D20A 5P0UA 2WF0A 3SA9A 1T3RA 4DPFA 5P3RA 2FNTA 5P7JA 5P03A 3LIZA 2Q64A 5P04A 4LP9A 5P01A 1B5FA 4B0QA 5P1ZA 3LIXA 4YDFA 3ZKIA 1PROA 4Y3JA 5P20A 1FFIC 2PH6A 2PSGA 3VF7A 2QZKA 2Q3KA 2XFKA 5P33A 3NDTA 4EP3A 3L5EA 5P39A 5P2RA 5OYQA 3MSKA 2I0AA 4FIVA 4J0VA 4RVXA 3NUOA 2VS2A 1YM2A 2Z54A 1Z1HA 4QLHA 2A4FA 5P1AA 2H6TA 2QMFA 1GVUA 2ER0E 3CICA 4BFDA 4BEKA 5P8VA 3SA4A 4J0YA 1W51A 5P08A 4AA8A 3OGQA 4I0IA 1EPNE 4Y3QA 5P70A 2JXRA 1EPPE 4Y4JA 4GJ9A 1B11A 4Y4WA 4RYCA 2AOFA 3OXCA 3QRVA 3PBZA 3PHVA 3UDPA 2ZHUA 3INFA 1HVSA 5P27A 4J0TA 4DJOA 2IKUA 4K4PA 3OY4A 3QBFA 2F8GA 3APPA 5P8TA 2J9JB 3L3AA 5P50A 1G0VA 5P3YA 1HSIA 4F73A 4CP7A 4YD4A 5P7LA 1AJVA 5P1CA 3KDBA 5P67A 2NXMA 5P8CA 2QI5A 2R43A 2OAHA 2F3FA 5P24A 4CPUA 2FXDA 4LBTA 1IZDA 2BPXA 3INDA 5P8UA 3MSLA 5OZSA 5P5ZA 4PYVA 3O9CA 3QS1A 3SM1A 1ZP8A 4DUSA 1HEGE 1OHRA 2O4SA 2WEAA 5P83A 3HVGA 1DAZC 2AOGA 5I3VA 1W5YA 3LPKA 5P30A 3BGCA 4LC7A 5P5LA 4FSLA 3S53A 4YHQA 4RVIA 4H3FA 1M0BA 2FDEA 5P46A 3TPPA 2QHCA 5P8FA 5P3EA 4YBFA 4RCFA 2QD7A 5F00A 5P72A 5SY3A 1IZHA 5P52A 1EPOE 4QGIA 3EC0A 1ZAPA 5COPA 4TRWA 5P32A 1KJ7A 3C9XA 3TPLA 3SABA 2F3KA 1W5XA 3G72A 4Y39A 4D85A 3LIYA 3URJA 3K5GA 2R3TA 2ZJHA 5AHBA 3MWSA 5P79A 3EKVA 3EBZA 2APRA 3U71A 4Y3NA 1IVPA 1W6HA 1Q9PA 1ME6A 3UDRA 3KN0A 1SBGA 5P1LA 3R1GB 3HAUA 4QJ6A 5P3GA 5OZJA 3PWWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JOD A;  1MRX A;  1G35 A;  5P0W A;  5P7K A;  2XFJ A;  5OYX A;  1APW E;  5P2O A;  2HS1 A;  5P4F A;  2BPY A;  3OOZ A;  1KJG A;  5P29 A;  4I0G A;  4HDB A;  2UY0 A;  3HD8 A;  3TTP A;  1U8G A;  3ECG A;  1MPP A;  3OUB A;  2AZB A;  3JVW A;  3R0W A;  3SAA A;  1YTJ A;  5P7S A;  3S85 A;  1MEU A;  3L5D A;  3BXR A;  2JJJ A;  1M43 A;  4YA8 A;  1QDM A;  2O4N A;  2VJ9 A;  1CPI A;  1FG6 C;  5P2Q A;  5KQX A;  3KMX A;  5P4A A;  3NYG A;  3Q6Y A;  5P3K A;  5P6X A;  4IVT A;  4COE A;  3OU4 A;  5C9F A;  5P2W A;  5P0I A;  2PQZ A;  4B77 A;  2G1N A;  4TRZ A;  3PWR A;  4B78 A;  1HTG A;  2V12 C;  1SP5 A;  3TOF A;  5P13 A;  2ZHS A;  3I25 A;  3OQD A;  3FIV A;  2CEN A;  5P6T A;  2WF3 A;  3RU1 A;  1T7J A;  5KR0 A;  5P8Q A;  2AVQ A;  1ENT E;  3L38 A;  4Y47 A;  4FM8 A;  9HVP A;  5P0T A;  1HPV A;  3UQW A;  3PI0 A;  3ZKM A;  5OZC A;  4GZF A;  5P2F A;  2QI3 A;  3G6Z A;  5P25 A;  2Z4O A;  5P55 A;  5P0N A;  5P7X A;  4QJA A;  5P1I A;  4EJ8 A;  5P5O A;  5P7V A;  1WBK A;  1E5O E;  2VNM A;  2Q63 A;  3QRO A;  2J9K A;  1SME A;  3ER3 E;  4NPU A;  2V11 C;  3GGV A;  3IAW A;  4GB2 A;  2MIP A;  3BXS A;  5IVQ A;  4TVH A;  2VA7 A;  3HZC A;  1RQ9 A;  5P2J A;  5P31 A;  1NSO A;  3IN3 A;  4Y3L A;  1LZQ A;  3VSW A;  2B8V A;  3DCR A;  2NMY A;  4OBF A;  5P1W A;  4CPW A;  4Y4B A;  3O9H A;  1E80 E;  5P34 A;  5OZ2 A;  1BIL A;  3KT5 A;  4Y5M A;  1NPA A;  5P2H A;  1AJX A;  4J0P A;  5EZZ A;  1BDQ A;  3M9F A;  3UDM A;  3S54 A;  5P2Z A;  4CPQ A;  3UDK A;  1SDU A;  4GID A;  5P7D A;  1HSH A;  1K6P A;  2V0Z C;  2QHY A;  5OZV A;  4QJ9 A;  5P00 A;  3IXK A;  1QS8 A;  3UFL A;  1BDL A;  5KAO A;  2OHQ A;  3EKY A;  4I8W A;  5P0J A;  1LS5 A;  5SZ9 A;  5IS4 A;  4ZE6 A;  5OZ7 A;  4X2L A;  2HIZ A;  5P5K A;  1LF3 A;  1OEW A;  3KA2 A;  3GGA A;  2IQG A;  4DJU A;  4DQC A;  1ODY A;  5P1D A;  3GW5 A;  5OZH A;  5OZZ A;  3OAD A;  3I7E A;  4DJV A;  4OC6 A;  5AH8 A;  3EM6 A;  1AVF A;  3APR E;  2AOD A;  3UDY A;  3VEU A;  5P36 A;  1RL8 A;  2FIV A;  5P8D A;  3Q3T A;  4EJD A;  4Y58 A;  3LIQ A;  4H3J A;  4Y3R A;  2Q55 A;  4ZSR A;  4RYG A;  3EM3 A;  3GGX A;  1MTB A;  3ZKN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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