5OZ4A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 15
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz4A01
2ZJMA 2BJUA 1HSHA 5P72A 5P3CA 2RKFA 5P32A 1C70A 5ENKA 2AIDA 1DIFA 1MT7A 2P3DA 3MWSA 4GYEA 3MSJA 2OHPA 4J0YA 1HWRA 2QHYA 2AVSA 5HCOA 4CPQA 3PI5A 3HZCA 3NLSA 3G70A 1MT9A 4Z2ZA 2QNNA 4EJDA 1XL2A 1E80E 5OZWA 5P53A 1N49A 3PI0A 3SM1A 3T7QA 5P5LA 1K2BA 5P4SA 4QJ6A 2H6SA 5P68A 3TLHA 5P6MA 3HAUA 2AODA 2I4UA 4TRYA 2VIJA 5P2UA 4KE0A 4N00A 3OOZA 5P1HA 5P4JA 3U7SA 3ZPSA 4FE6A 4FAEA 5P2SA 5OZUA 4Y3EA 3RTMA 4Q5MA 5AHCA 5C9BA 4I11A 1HXWA 2I4XA 1MSMA 3WB4A 1VIKA 5P1CA 1EC0A 2P3BA 2QMFA 5OZGA 4WY6A 2FXEA 3T11A 5P1FA 1CPIA 3L58A 3QPJA 5P2CA 5P78A 4ER1E 4XKXA 2JXRA 5P25A 4X2LA 4EPJA 2WEAA 1AVFA 4BEKA 4EJLA 4DJVA 5HDZA 3WZ6A 3LIXA 5P7ZA 1KZKA 1NPVA 1RQ9A 3OTSA 5P7MA 5BRYA 5P5DA 3KM4A 2MIPA 4Y5LA 3CKRA 1Z1HA 5P2ZA 1HVLA 1A8GA 3TPPA 5P5XA 4EQ0A 1EPNE 4EJ8A 3EL1A 5P2XA 1SIVA 3EL5A 5P5HA 5P1BA 5P1KA 5P11A 3K5CA 5P0KA 2IGXA 2FNSA 4K8SA 5E5KA 5P86A 3L5CA 5P3VA 3NDXA 4GJ5A 1K2CA 4AMTA 4CKUA 4I1CA 5APRE 5SXNA 1BIMA 4Y3TA 2WL0A 5P49A 2Q15A 3APRE 1BWBA 2A1EA 1RNEA 3L5BA 2RENA 4I0EA 1ZPAA 3UQPA 4Y5AA 3EM3A 5P0IA 4DJXA 5UPJA 3NSHA 5P8UA 1MSNA 3SA8A 1FQ5A 1EPRE 2QZLA 4YDGA 4RRNA 5P5BA 3DCRA 3RTHA 5P6UA 5P6SA 3HAWA 5P5AA 3LPIA 1W51A 2AOJA 4DUSA 3A2OA 3BVAA 5P5KA 3SKFA 5P6NA 4DQGA 2HB2A 4PEPA 3PJ6A 2IENA 1TCWA 3LZYA 3CKTA 2XYEA 5OZOA 1W6IA 5P43A 3KMXA 3VUCA 1EBZA 4BELA 4Y5PA 2ZHUA 2VJ7A 5P8DA 3NUJA 1LYWB 1APUE 3IXKA 3D20A 4B00A 4EHCA 5P5CA 4YHQA 3U71A 5P3BA 5AH7A 2AZCA 4GJ6A 4EXGA 3TOFA 5P77A 2EWYA 3SM2A 5P3NA 3IXJA 1ZTZA 2PWCA 2WEDA 1W5VA 2IS0A 1K6CA 3OK9A 5OZVA 5P4TA 5P1OA 2O4PA 2R5QA 4ZPFA 1ME6A 4AUCA 5P02A 4R95A 3D1ZA 3VEUA 1META 4WTUA 5P0UA 5IE1A 2G1YA 3NDUA 5AH6A 3VFAA 5DQ4A 5HDUA 5P24A 2VS2A 3S45A 1G2KA 1TZSA 3QBHA 1YM4A 3WZ7A 1LZQA 4F76A 4YE3A 3BUHA 5P7LA 4X7IA 4DQCA 2V16C 4AZYA 1FLHA 3CMSA 3GI5A 1HSIA 5P2BA 4Y3XA 4ZE6A 3PLLA 4RCDA 5P18A 5P71A 4J1IA 2I4QA 1B11A 5P7EA 5P14A 3EKPA 5CONA 5OZCA 3SACA 4B72A 3GGAA 3K5FA 5P15A 2IDWA 2ZHRA 1QDMA 4PZWA 2R43A 2V10C 1WBKA 4L1AA 4Y47A 1MUIA 3VV6A 1ZAPA 4HDFA 1FG6C 1MT8A 5P2YA 4Y41A 1KJ4A 3CIDA 4NPTA 1XE6A 3EM6A 5DPZA 2F80A 3ZPTA 3QRVA 4Y3RA 2Q63A 5I70A 1XDHA 2VA5A 3G6ZA 3UHLA 5IVRA 2QNPA 5P1QA 5OZ4A 5OYYA 4EWOA 5P4XA 5HTZA 1AM5A 1BWAA 2VJ6A 1B6KA 1MVPA 3DUYA 3UDQA 5P5MA 2XFJA 2F3KA 2JYSA 3BVBA 4I0FA 1KJHA 2P83A 3PMYA 2F81A 3WB5A 2G1RA 3NWXA 1W6HA 5OYVA 3GI4A 4JPCA 3UDNA 5P3PA 3PRSA 3S7LA 1G6LA 3UDYA 1A9MA 5P7GA 6APRE 2PSGA 5P2RA 3UCBA 1RV7A 4Y4EA 1Z8CA 3QBFA 5P6WA 5SZ9A 5P28A 2IRZA 4Q1WA 4ACUA 2AVQA 1MTRA 3RU1A 4Y4ZA 3T7PA 3S2OA 2HPFA 5P7JA 4PZXA 1EAGA 5P7XA 5P7WA 4YOAA 5P6KA 5P4HA 3OTYA 3IN3A 5P0VA 3RSVA 5IVQA 1APWE 1AJXA 5P3ZA 4Y5CA 5OYXA 3OXCA 5DQ2A 5EZZA 4R92A 4OBKA 4PYVA 5P44A 5P8GA 2QK5A 5OZPA 1ODXA 4GJDA 2P3AA 1DMPA 2AQUA 5ER2E 4GJCA 1VIJA 1GVXA 1E81E 4Z50A 1UPJA 4KB9A 2Z4OA 4RVJA 3UQUA 5FIVA 5P8VA 4EP2A 1G0VA 4CPSA 3NU3A 4LXKA 2ER0E 1AJVA 4GJ8A 3UPJA 3SA9A 3UDKA 4F73A 1HVRA 3MSLA 1CMSA 3I8WA 3O9LA 1IIQA 5P38A 4Y57A 4HVPA 3OU4B 3SA3A 5OZDA 2OAHA 4GJ7A 2Q11A 3URLA 3OGQA 1MEUA 1W5YA 5P65A 3QVIA 3I25A 1SBGA 2OHLA 5P88A 5P5IA 2AOIA 5P35A 3UF3A 3HD8A 2R3WA 1F34A 3M9FA 5P4BA 3ZKMA 3QVCA 4L7HA 2NTRA 1RL8A 5OYUA 1XN3A 2WF3A 5P01A 4EXHA 3UQWA 5SY2A 5HD0A 3LZUA 3KF0A 1IZHA 1HBVA 1WBMA 5HE7A 1ZBGA 4Y3GA 2O4SA 5P74A 1QBRA 4I0IA 5P6YA 3FNSA 5P67A 3OHFA 4DQHA 5P07A 5P0BA 2Q3KA 2QI5A 2I4VA 3OXVA 5P8LA 3VSXA 5BWYA 3QRMA 1B6JA 1HTGA 3OAGB 4I10A 1UH9A 4CPWA 3LINA 5P4WA 3SA7A 5OZXA 3EL9A 3Q5HA 4Y54A 4DJYA 5P8FA 5P4KA 4Y4GA 1FQ8A 1PPME 2ZJIA 3D1XA 6FIVA 2BPWA 5P4CA 4HDPA 3TPLA 2BB9A 3O9AA 2PYMA 4K4QA 5P4LA 4FSEA 4H3JA 5KR0A 4D89A 2JJIA 2G94A 5KR2A 4DQEA 5KR8A 3U6AA 3FIVA 3NU6A 2WF2A 5HE5A 4RLDA 3EKQA 5DR1A 3UFLA 3FX5A 4DI2A 4Y4XA 1HVSA 3OUAA 5P76A 5P3GA 4FIVA 4FRSA 3CICA 5JG1A 4KE1A 1HVKA 4CPXA 4OBZA 2BPXA 3QAAA 1HIHA 5AH9A 3VV7A 3OUDB 2OHKA 3VF7A 2PH6A 1FFFC 2QCIA 4J0PA 4TVHA 2ZJLA 5P8CA 2B8VA 1OD1A 5P1WA 3B80A 1HOSA 5KQXA 4Y36A 4D83A 5P0AA 2F8GA 4Y50A 5P63A 4Q1XA 1EC1A 3EKYA 3BC4A 5DR7A 2NNPA 5I3VA 4D88A 2V0ZC 5P80A 1SDUA 5P7IA 5P5FA 4MC1A 2V00A 2I4DA 4ZSMA 4J1FA 5P3WA 4HA5A 2NXDA 4TRWA 4H3IA 5P41A 5DQ5A 5P8IA 3GI0A 4OC6B 2NMZA 4U7VA 5JFUA 1K6VA 3SLZA 2OHQA 3O9HA 5OZTA 5AH8A 3UQRA 1GVWA 5P2QA 2NR6A 3LZSA 4NJVA 5COKA 5OZ1A 1C6XA 5P0DA 3SABA 1OEXA 3PBDA 5P2IA 1FQ4A 3OQDA 1BDLA 4A6CA 4U8WA 3K1WA 1EPLE 4JOOA 1QRPE 2B7FA 3I6OA 5HDXA 2IQGA 3CKPA 3UDMA 2FDDA 1XS7D 2QI0A 5P6ZA 3L3AA 2V12C 5P0FA 2XFIA 1MRWA 2O4LA 1WKRA 4Y3YA 4FS4A 4XX4A 4J54A 3QROA 5P8BA 5P4FA 5TOLA 4Y4UA 3TL9A 5P3UA 4R5NA 5ER1E 1E82E 3SA4A 3PSUA 5P45A 2VNMA 5P5QA 3KT5A 4I8WA 4Y43A 2R38A 5P8HA 1FGCC 3Q4BA 2I1AA 4R8YA 3B7VA 3QN8A 3VF5A 3ZKNA 5KQFA 5P2HA 1BV9A 5OZFA 2VIEA 3OADB 4NJUA 5P81A 5OZYA 4FAFA 1LS5A 3EM4A 5KQYA 1AIDA 4Y3AA 4Y4BA 5P2AA 1QBSA 2B7ZA 5F00A 3VF3A 3KFPA 3BXSA 3OQKA 5P3TA 3JW2A 5IVSA 5P6RA 5CLMA 1IVQA 2V11C 5P54A 3IVHA 2PYNA 3S54A 4LHHA 5P57A 4CPRA 5P69A 1F7AA 5P3JA 1EPPE 5HVPA 1HEGE 2G21A 3TKGA 2FGUA 3O9IA 1B5FB 1M4HA 1A94A 5P6EA 4GMIA 5P5JA 5P7YA 1A8KA 4DH6A 2BKSA 2QU3A 1YTHA 2G1SA 5T4SA 3PHVA 1ZP8A 5P8KA 3FSMA 2J9JB 5P5EA 3EBZA 4B0QA 5EZXA 4Q1NA 4FRJA 3EKWA 5BS4A 3VCMA 5P33A 3GW5A 1FF0C 4OBDA 4OD9B 3T6IA 1ODWA 2AVMA 3I7EA 5P1PA 2Q5KA 5P4AA 2CEJA 1GNNA 1E5OE 2PSUA 3H5BA 3EMYA 3ZMGA 3O9DA 1YT9A 3AIDA 2HPEA 2QNQA 1K6PA 5P3KA 5P84A 5P0GA 5P3LA 4S1GA 2QHCA 4QJAA 4JECA 5P1GA 1LYBB 3PWWA 4ZEAA 3HVPA 1DP5A 2QMDA 5P6BA 5P2NA 4ZLSA 3DOXA 1QS8A 2CENA 5P6LA 4XX3A 3SQFA 1HSGA 5P10A 3K4VC 3TPRA 4Y9WA 3BUFA 3JVYA 5P2FA 1Z1RA 3HLOA 3SA5A 2QZWA 1YX9A 1SMEA 5P85A 5P6TA 5KAOA 3DM6A 5OZ9A 4NJTA 3KFRA 3VLBA 2AOCA 4EJKA 3ZKIA 5P50A 5DQ1A 2Z54A 4DFGA 6UPJA 1HTEA 4EYRA 2A4FA 2G26A 3S85A 5P6IA 1OHRA 5P56A 3NR6A 3ZKXA 1FQ6A 4Y3LA 5P7CA 4Y53A 4FM8A 4B78A 1HEFE 3NU5A 5P20A 2BPYA 3OU1B 2AOFA 1SMRA 3BGBA 3S8IA 1EBKC 1IDBA 2QD6A 4HZTA 4JP9A 4R91A 4F75A 4Y5MA 4PHVA 5OZ6A 3PVKA 4Y38A 3O9GA 4DJPA 4D85A 4Y3NA 3CIBA 2HAHA 4Y5GA 1W5WA 5OZ3A 2OHMA 2QI4A 5P06A 2ZHSA 4I0HA 4DJOA 1D4LA 2R9BA 4FL8A 2R3TA 5P4GA 3LZVA 4TRZA 1MPPA 4YD4A 7UPJA 5P3HA 1LEEA 4M8XA 2AZ8A 1SDTA 3RTNA 5P6VA 5P6FA 5JODA 3APPA 3NU9A 5P4PA 3OHHA 4B05A 5P6DA 4YBIA 1BAIA 3HDKA 2G20A 3BUGA 5OZLA 5DR8A 4Y45A 5P1XA 4L7GA 4U7QA 5COOA 5P3SA 4CP7A 3L5FA 4J1HA 1IDAA 4J17A 3TOGA 1PSNA 5IVTA 3OU4A 3PSGA 4DQFA 1KJ7A 5P2KA 1QBTA 1HPSA 5P7NA 3NYGA 3PLDA 4I0GA 5P40A 4J5JA 5P22A 3R2FA 2HS1A 3UDPA 2IL2A 5P08A 3OXXA 5P55A 2PK5A 3L5DA 5P23A 2AOGA 2OHTA 3VV8A 1MTBA 2ANLA 2PH8A 1ZPKA 1NPWA 4RGHA 4ZSRA 4QLHA 2SAMA 4Y56A 5OZAA 2FXDA 5OYZA 5P70A 5P26A 4QJ8A 2R5PA 1GNOA 1BV7A 5P6QA 3L5EA 1K1UA 2WHHA 5HU0A 2PMAA 5P0TA 5P58A 3URIA 5P5WA 4YD5A 5P52A 1PROA 5P5ZA 1HPXA 3DV5A 3LHGA 4D8CA 4LXAA 5P1IA 1IZEA 5OZ0A 4J55A 5P2MA 2BPZA 3TKWA 4DPFA 5P61A 4Y4JA 2QAKA 3HVGA 5P5VA 5P12A 3O99A 3UDRA 2G22A 3IAWA 2FGVA 2G1OA 3IA9A 1TW7A 2AZBA 5OZZA 3SA6A 1BILA 5P3YA 4J0ZA 5I3WA 5P04A 3LIQA 3BRAA 5P4DA 4Y37A 5OYSA 3O9EA 4B1CA 1XN2A 5P7BA 4ZSQA 1SP5A 3SO9A 2APRA 2I0AA 1BXOA 5P62A 5P0SA 5P0XA 5P4IA 1IZIA 4Y3JA 1FMXA 1Q9PA 1YTJA 3INHA 3KN0A 4HLAA 3OUDA 3OUBA 5P5SA 1TSUA 5KOQA 5P4OA 1UH8A 1EBWA 5OYTA 1U8GA 5HDVA 3OGPA 4Y3SA 4H3FA 3OU3A 5P7FA 3KDBA 1T7JA 5P5YA 3D3TA 1FIVA 4I12A 2QMGA 5P2DA 5P0EA 5P1DA 2WECA 5P0CA 4RVIA 4COEA 1AXAA 5P29A 1BDQA 4APRE 3AUPA 2O40A 2OHRA 1A30A 5C9DA 2QI3A 4OC6A 2R8NA 1LF2A 5OYRA 3OUCA 3EC0A 3K5GA 5P1SA 3WSJA 5P5OA 2QD7A 5P3EA 2OHNA 5P13A 4ZSPA 4DQBA 3KT2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJM A;  2BJU A;  1HSH A;  5P72 A;  5P3C A;  2RKF A;  5P32 A;  1C70 A;  5ENK A;  2AID A;  1DIF A;  1MT7 A;  2P3D A;  3MWS A;  4GYE A;  3MSJ A;  2OHP A;  4J0Y A;  1HWR A;  2QHY A;  2AVS A;  5HCO A;  4CPQ A;  3PI5 A;  3HZC A;  3NLS A;  3G70 A;  1MT9 A;  4Z2Z A;  2QNN A;  4EJD A;  1XL2 A;  1E80 E;  5OZW A;  5P53 A;  1N49 A;  3PI0 A;  3SM1 A;  3T7Q A;  5P5L A;  1K2B A;  5P4S A;  4QJ6 A;  2H6S A;  5P68 A;  3TLH A;  5P6M A;  3HAU A;  2AOD A;  2I4U A;  4TRY A;  2VIJ A;  5P2U A;  4KE0 A;  4N00 A;  3OOZ A;  5P1H A;  5P4J A;  3U7S A;  3ZPS A;  4FE6 A;  4FAE A;  5P2S A;  5OZU A;  4Y3E A;  3RTM A;  4Q5M A;  5AHC A;  5C9B A;  4I11 A;  1HXW A;  2I4X A;  1MSM A;  3WB4 A;  1VIK A;  5P1C A;  1EC0 A;  2P3B A;  2QMF A;  5OZG A;  4WY6 A;  2FXE A;  3T11 A;  5P1F A;  1CPI A;  3L58 A;  3QPJ A;  5P2C A;  5P78 A;  4ER1 E;  4XKX A;  2JXR A;  5P25 A;  4X2L A;  4EPJ A;  2WEA A;  1AVF A;  4BEK A;  4EJL A;  4DJV A;  5HDZ A;  3WZ6 A;  3LIX A;  5P7Z A;  1KZK A;  1NPV A;  1RQ9 A;  3OTS A;  5P7M A;  5BRY A;  5P5D A;  3KM4 A;  2MIP A;  4Y5L A;  3CKR A;  1Z1H A;  5P2Z A;  1HVL A;  1A8G A;  3TPP A;  5P5X A;  4EQ0 A;  1EPN E;  4EJ8 A;  3EL1 A;  5P2X A;  1SIV A;  3EL5 A;  5P5H A;  5P1B A;  5P1K A;  5P11 A;  3K5C A;  5P0K A;  2IGX A;  2FNS A;  4K8S A;  5E5K A;  5P86 A;  3L5C A;  5P3V A;  3NDX A;  4GJ5 A;  1K2C A;  4AMT A;  4CKU A;  4I1C A;  5APR E;  5SXN A;  1BIM A;  4Y3T A;  2WL0 A;  5P49 A;  2Q15 A;  3APR E;  1BWB A;  2A1E A;  1RNE A;  3L5B A;  2REN A;  4I0E A;  1ZPA A;  3UQP A;  4Y5A A;  3EM3 A;  5P0I A;  4DJX A;  5UPJ A;  3NSH A;  5P8U A;  1MSN A;  3SA8 A;  1FQ5 A;  1EPR E;  2QZL A;  4YDG A;  4RRN A;  5P5B A;  3DCR A;  3RTH A;  5P6U A;  5P6S A;  3HAW A;  5P5A A;  3LPI A;  1W51 A;  2AOJ A;  4DUS A;  3A2O A;  3BVA A;  5P5K A;  3SKF A;  5P6N A;  4DQG A;  2HB2 A;  4PEP A;  3PJ6 A;  2IEN A;  1TCW A;  3LZY A;  3CKT A;  2XYE A;  5OZO A;  1W6I A;  5P43 A;  3KMX A;  3VUC A;  1EBZ A;  4BEL A;  4Y5P A;  2ZHU A;  2VJ7 A;  5P8D A;  3NUJ A;  1LYW B;  1APU E;  3IXK A;  3D20 A;  4B00 A;  4EHC A;  5P5C A;  4YHQ A;  3U71 A;  5P3B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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