5OZ4A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 15
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz4A01
2Q15A 4GJ5A 5P2RA 5P7MA 4Y3NA 5UPJA 1T6EX 4Y3FA 4CPXA 4HVPA 1EC2A 5HTZA 5P5CA 3NUOA 5P7KA 5I70A 5P56A 3OADA 4FM6A 4CPSA 1B6LA 4RVXA 5OZEA 2A4FA 3KF0A 2CENA 4J1HA 3EKQA 5HDZA 4CPWA 3EL5A 5P1ZA 5OZUA 5P6BA 1RL8A 1F34A 1HPOA 4Y3WA 5DQCA 4X2LA 4QLHA 4XX3A 1SP5A 1KZKA 3GGUA 1DMPA 4YD4A 1GVVA 3SAAA 2F81A 3PWRA 4NJSA 5P0TA 4Z2ZA 5P6PA 5P81A 3RU1A 1APWE 5P4CA 1K6PA 2R5PA 4YBIA 1D4JA 5BWYA 4HDPA 2Q3KA 5P3VA 7HVPA 2R3TA 1BBSA 5P8AA 4TRWA 2O4LA 1EBWA 5HU1A 4Y43A 5P27A 3ER3E 1CPIA 3IXKA 4H3FA 4Y5CA 4Y47A 4Y5PA 3U71A 5P0QA 5E5JA 4Y5GA 5P65A 4HA5A 1XN3A 3D1ZA 3NDUA 1EBZA 4J1EA 3RTMA 4Y35A 1B5FA 3O9GA 5P88A 2I0AA 2JYSA 4Y51A 2QAKA 3UQXA 5HDUA 5BRYA 5P5MA 4Y5AA 3DJKA 3EMYA 4Y57A 1HIHA 1HVSA 4QJ9A 3TOGA 3RSVA 3NU5A 1IZDA 4KE1A 5P45A 5OZCA 1EPNE 4J17A 4Y39A 1MPPA 2R43A 3VLBA 3IXJA 5P3IA 1HPSA 1FFFC 4DUSA 2ZGAA 1HVHA 5P2DA 3SA3A 3PLLA 2BPYA 1IDBA 2JJJA 3PI5A 5P5XA 4NJUA 3G6ZA 2APRA 4FSLA 4Y3QA 4FM7A 1EPOE 5CLMA 3IA9A 5P8QA 1W5XA 3EM6A 3FV3A 2QI4A 2RKGA 4Y3PA 1ME6A 3HD8A 1IZIA 3MSKA 3R0YA 4Y5MA 4HLAA 1HXBA 5P2FA 2AVSA 5SXNA 4EP3A 5P50A 5I3XA 3Q3TA 4Y5NA 3LIYA 2ZDZA 5P3CA 5P09A 3NWQA 1JLDA 5P3XA 4KB9A 4YDGA 3IVHA 4D88A 1MTRA 3OXXA 3PSUA 4I0FA 5P2ZA 1EAGA 2P3BA 2RMPA 1NPAA 2P8HA 5P3SA 3DCKA 5OYWA 2BKTA 4GJDA 2IS0A 3MSJA 2QMDA 3OUAA 3T7QA 1HTRB 3GI4A 5P8HA 3OHHA 5P6HA 4EXGA 5P24A 2QI7A 5P8RA 5IVRA 5P74A 1HOSA 3OU4B 5KQXA 2UY0A 4J55A 3CYWA 4QGIA 3O9LA 3PB5A 1T7IA 3OU1B 2WJOA 4M8XA 5P0IA 5P14A 5P7FA 3OXCA 4Y3ZA 2R5QA 2QNNA 3ZKNA 1DW6C 4Q1NA 1XN2A 1MUIA 3WZ8A 1HIVA 1K6VA 5P1GA 4LXAA 1G35A 3ER5E 1K6CA 2XYFA 4NJTA 3OY4A 4Y3YA 2QD7A 1FQ7A 5JG1A 5P4NA 1MRWA 5P07A 4AMTA 5P2MA 2QK5A 3SPKA 3NDWA 2FXDA 5P05A 3OUBA 5P7LA 5SY3A 1SGUA 1TSQA 3LPJA 5OZXA 3SABA 3SM1A 3PJ6A 4YA8A 5P61A 2OF0A 3ZPSA 5P2XA 5P0CA 5P68A 1U8GA 4K4QA 4J54A 1BWAA 1D4IA 1SDTA 5P4JA 5COPA 5P12A 1FG6C 1NPVA 1SDUA 3O9CA 5P26A 4DJVA 2QMGA 5P5UA 5P76A 1GVXA 4R5NA 1FQ6A 1M43A 3C9XA 5P8TA 4ZE6A 4Y37A 1F7AA 4CP7A 5P8UA 5OZSA 4RLDA 4Y3GA 1LF4A 1M0BA 5KR0A 4OBKA 1LF2A 2FMBA 4OBJA 4WY1A 3VEUA 5P3QA 4U7VA 1Z1RA 4B0QA 4YD3A 5P7EA 1AIDA 5P78A 3EL9A 3QRMA 5P5IA 3BUFA 2ZJNA 4Y48A 4RVIA 5KQZA 2VKMA 3ZKXA 4JOOA 5OZPA 5P8FA 2IRZA 5P8PA 1GVUA 3PM4A 1ZBGA 2ER6E 3UDRA 5P0UA 4EQ0A 1Z1HA 1BV9A 4FRJA 2V0ZC 1BXQA 3TH9A 5I3WA 1MRXA 2IENA 4NPTA 1TSUA 4ZEAA 5P6NA 4Y4WA 4ACXA 5P89A 3O9IA 4GJ6A 1LYAA 2VNNA 4H3JA 4A6CA 1CZIE 5APRE 4DI2A 1UH8A 5P41A 1SGZA 2WKZA 2WF1A 4Y3DA 3OQFA 5P7GA 1HSGA 1TZSA 2XFKA 5P0HA 4Y3LA 5OYUA 1HBVA 2FDEA 4LL3A 5P4VA 1DIFA 3MWSA 1GKTA 4GMIA 5P2NA 1BWBA 2H6SA 3DM6A 2O4SA 3L5DA 5DPZA 5AH9A 3TOHA 2ZHSA 1G2KA 5P7VA 1BIMA 5P2AA 2QD6A 5P2CA 1A8GA 3OAGA 5F01A 1HVKA 4Y3JA 5P4OA 1IZHA 3MXEA 3ZKMA 3BXSA 1LYBB 1MT7A 4RRNA 5P3LA 5P5LA 3VYFA 3PGIA 3OXVA 5DR0A 3KDBA 5P4BA 5P6LA 2ZE1A 4Y53A 4L7HA 4FAEA 4Y4BA 3NUJA 3OGPA 4Y38A 4GIDA 2HS2A 1ZAPA 3O9BA 4Z22A 2ER9E 5P5NA 2AOHA 1KJGA 4R95A 4DJXA 2OHLA 1G6LA 2OHRA 3VFAA 2AODA 5P3DA 1A94A 4CPUA 1HIIA 2WL0A 3S2OA 4E43A 5P7IA 4YCYA 5C9FA 3EL4A 3QBFA 1KJFA 5DR4A 1C6ZA 2ZHVA 3S7MA 5OZ2A 5OZZA 1M4HA 4Y6MA 5AHCA 1UPJA 2UPJA 4EP2A 5P0NA 3O9EA 3OOTA 5P7ZA 3KFNA 2O4NA 1NH0A 3HAWA 2QHYA 5P18A 4DQGA 5P73A 5P04A 1E81E 4YOAA 5OZ9A 5P8NA 5P0JA 1FQ4A 4PEPA 5P29A 3L5CA 1OEXA 1YTGA 4J1IA 1EPLE 1SMEA 5P17A 5OZYA 4ZIPA 1D4HA 3EXOA 4BEKA 5P8DA 4B1EA 4QJAA 1PSNA 3SA7A 4NJVA 2P3CA 4J0TA 3SQFA 4I12A 2B8VA 2R8NA 4I0GA 1E80E 5P36A 1MEUA 4ER2E 1EBYA 5P8BA 1LV1A 3QVCA 9HVPA 4CPTA 1FB7A 5P1TA 1QS8A 1ZTZA 4FM8A 5EZZA 3ZKGA 4DJUA 1KJ7A 2AVVA 5P5OA 2AVQA 2B42A 3I8WA 4Y3MA 1DP5A 3D91A 2I4XA 4Y50A 3PCZA 4XKXA 5I3YA 2Z54A 4LXKA 4I0DA 5P2OA 2OAHA 5P2YA 3SO9A 1NPWA 3VSXA 5OZ8A 2WEDA 4RCDA 1BILA 4DQBA 5P2VA 5P7NA 3L38A 4Y3TA 1BDLA 3GI0A 5P0AA 5OZ7A 2WF2A 2JJIA 5OZIA 1N49A 5P6MA 5P84A 5P5HA 2IL2A 2QNQA 4B77A 2PK5A 2G1NA 5P1FA 5P0FA 3EKWA 5P8EA 4L1AB 4Y58A 3VV7A 3NR6A 4OD9A 5P01A 5P1PA 5P4FA 1PSAA 2BPZA 1PPKE 3INDA 1PPME 4OBZB 5P0GA 1W51A 3QS1A 2G94A 5OZMA 4Z50A 4F74A 5P4LA 4JP9A 4ZPEA 2Q5KA 3IVIA 1SBGA 4Y4XA 2FS4A 5P6SA 2PSVA 4JPCA 1FIVA 3UDHA 5JFUA 4OC6B 2AOEA 2QI0A 2RENA 3PEPA 4Y3AA 4APEA 4B00A 5P3BA 3OUCA 2QU3A 3BVAA 3EKYA 1MSMA 1K2BA 1MIQA 2ER7E 5P43A 1W50A 3BVBA 4J1CA 4DJQA 5HCOA 4Y36A 4YD7A 1SDVA 5P2KA 5P6GA 5P4MA 3L5EA 2G1OA 5P42A 5P6EA 4UPJA 5HCTA 2I1AA 3WZ6A 2P83A 4RYGA 3PLDA 2OHUA 1FFIC 3BHEA 5P60A 2UXZA 4B78A 2OHTA 5P6TA 3PCWA 5P23A 2ZHUA 3L59A 2FGUA 3LZUA 5P5RA 3NYGA 3TOFA 3URJA 2ZYEA 4Y54A 5P3KA 1HEFE 1XDHA 4PHVA 4B1DA 2QZLA 4PZWA 5P13A 3OU4A 3KT2A 4EYRA 3R1GB 3TPPA 1HHPA 2ZJKA 2I4WA 1APTE 2PQZA 1ZSFA 5P71A 1IBQA 5P06A 2JXRA 2WHHA 2IGXA 5P5FA 4EJLA 1SIVA 1J71A 2B7ZA 3PBDA 5OZVA 1Q9PA 1W5YA 1APUE 3UCBA 2F80A 3JVWA 5P37A 5P0MA 3DCRA 2EWYA 2PH6A 2B60A 4L7JA 3R2FA 3I7EA 1META 5E5KA 3TPRA 3GGXA 4DFGA 5OZOA 3ZL7A 1ZPAA 1QRPE 3IN4A 4Y4AA 4FLGA 3ZMGA 1BDRA 4RYCA 5P0WA 5P0ZA 2HIZA 5P25A 6APRE 5P7RA 3UQRA 4I0IA 1EEDP 2QZWA 1ODYA 5F00A 5P0PA 1LYWB 5P5ZA 5P4KA 2FDPA 5P7SA 5P03A 3D3TA 5P6DA 4DH6A 5P40A 4GJ7A 5KR8A 5OZWA 5P1CA 5JFPA 4RGHA 3DV5A 2VIYA 4PPHA 5P6CA 3QPJA 3PMYA 3CICA 5IS4A 4DJYA 1EC1A 3NXEA 2HB4A 1B6MA 4Y4TA 5P5SA 3RTNA 3ST5A 2G24A 1HVRA 3SA9A 4N00A 1C70A 2VA6A 5T4SA 3N3IA 3BUHA 1NSOA 3IN3A 2V00A 3WB5A 5P15A 2I4UA 1UH9A 3A2OA 5P4GA 1ODWA 1IDAA 5P7QA 3VLAA 1FQ5A 4JPEA 3EKTA 3UTLA 1OEWA 1PSOE 2BQVA 2CEJA 5DQ1A 3SA4A 1XL5A 3CMSA 2IKUA 4FGXA 3HLOA 2IGYA 5JODA 4FCOA 2BPXA 5OYXA 5P5VA 4LC7A 3AIDA 1RQ9A 4HE9A 5P6FA 4EJKA 1HTGA 1HTEA 2BKSA 4FRSA 2QCIA 4Q1WA 4Y41A 4Y5BA 3QP0A 5OZ0A 1IVPA 5P8GA 5P3YA 1HSHA 3KT5A 1BDQA 4J0PA 3EKPA 5HE5A 2J9KA 4LBTA 1K1TA 5OZJA 2XFIA 2J9JA 3INFA 3ZPTA 5P1EA 4XX4A 5P8CA 4RROA 1D4LA 1RNEA 5P1QA 2WEAA 3LZYA 3LZSA 5P48A 3U6AA 1HRNA 1EBKC 4ZLSA 1AJXA 1XL2A 3FNSA 4QJ2A 2FIVA 4QJ7A 2WF4A 2JE4A 5OZQA 4APRE 5AHBA 1TCWA 5FIVA 2FGVA 5P8IA 5P70A 2OHNA 4XXSA 3L5FA 5OZFA 4IVTA 3FNUA 5ER1E 3INEA 5J25A 3LIXA 2FNTA 5P1RA 4Y3SA 1ZLFA 4EJDA 5P28A 1T7JA 5P2BA 2V13A 5P0LA 2MIPA 5P0KA 5P1DA 3PWMA 4ZSRA 5EZXA 3OUDB 2HM1A 1MESA 3IGBA 4RZ1A 2VA7A 1XE5A 5COKA 2QI3A 1B6KA 1ZP8A 3NWXA 4Y4EA 3MXDA 4I0JA 5OZ1A 1W6IA 3Q4BA 1YTJA 5DR8A 2WEBA 5P64A 3OK9A 5IVSA 3BGCA 4K4PA 5P80A 5P35A 5OZAA 1QDMA 3PBZA 2NTRA 4DQEA 5BS4A 3R0WA 3HDKA 5P1SA 3LNKA 1YT9A 4J1FA 3TL9A 5P5DA 5P6QA 3SKFA 5OZLA 2V10C 5IE1A 4YE3A 4HEGA 3TPJA 1WBKA 5P3RA 4GJ9A 1AZ5A 1EPRE 5P2LA 5OZBA 4LHHA 4Y5LA 2HB2A 4BFBA 4AUCA 2BPVA 3LHGA 2O4KA 5P0BA 4D83A 4I0ZA 4X7IA 5P3EA 3SACA 1Z8CA 5KQFA 1BV7A 1T7KA 3FX5A 1MSNA 3OOZA 4BELA 5IVQA 3OTSA 4M8YA 2G1YA 5OYVA 1FQXA 2R9BA 5P0YA 2IQGA 4KUPA 3M9FA 3KA2A 4GJAA 4TVGA 3FIVA 3RVIA 4AA8A 3B80A 4FAFA 5P7YA 1TQFA 2AZBA 1PPLE 3LIQA 1XE6A 1G0VA 3TLHA 1KJ4A 2WF0A 3TTPA 1HVCA 3DUYA 4NKKA 1WBMA 3Q6YA 3O9FA 2BJUA 2G20A 1FEJC 2F3KA 5P6RA 3QVIA 3RTHA 2AOFA 3TPLA 4Y9WA 5P1KA 4J5JA 1EPPE 4ZPGA 2VJ9A 2VJ7A 1T3RA 4COEA 3FSMA 5OZGA 1QBUA 3L58A 3OGQA 3CIBA 4LXMA 4Y4JA 5P1NA 4OBFA 1LZQA 3T3CA 3UDYA 2IEOA 1EC3A 2CEMA 3GW5A 2QI6A 7UPJA 5P5BA 5OZ6A 2OHMA 3D1YA 5P75A 2V16C 1MT9A 5P4HA 2OHPA 5P5TA 2NXDA 5P54A 2AOCA 4EJ8A 4YOBA 2O40A 4ZSQA 3QN8A 5P83A 2HPEA 5OYQA 2ZJIA 2B8LA 3VYEA 5P6AA 5P1WA 3K1WA 4QJ6A 1HXWA 3KFPA 3LPIA 1W6HA 5P4PA 1AJVA 2QI1A 4F75A 2BB9A 4K9HA 5AHAA 5P5JA 1LYAB 4TRZA 2FNSA 2P3DA 5HU0A 4ZPFA 2OHQA 4GJBA 1TW7A 1W5WA 5DGWA 5P19A 2NMYA 2WECA 5P6YA 1BVGA 2VIZA 3K5DA 2G26A 3QI1A 3PVKA 5KOSA 1LF3A 2RKFA 5P4ZA 5P6VA 1GVTA 4DV9A 1RPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q15 A;  4GJ5 A;  5P2R A;  5P7M A;  4Y3N A;  5UPJ A;  1T6E X;  4Y3F A;  4CPX A;  4HVP A;  1EC2 A;  5HTZ A;  5P5C A;  3NUO A;  5P7K A;  5I70 A;  5P56 A;  3OAD A;  4FM6 A;  4CPS A;  1B6L A;  4RVX A;  5OZE A;  2A4F A;  3KF0 A;  2CEN A;  4J1H A;  3EKQ A;  5HDZ A;  4CPW A;  3EL5 A;  5P1Z A;  5OZU A;  5P6B A;  1RL8 A;  1F34 A;  1HPO A;  4Y3W A;  5DQC A;  4X2L A;  4QLH A;  4XX3 A;  1SP5 A;  1KZK A;  3GGU A;  1DMP A;  4YD4 A;  1GVV A;  3SAA A;  2F81 A;  3PWR A;  4NJS A;  5P0T A;  4Z2Z A;  5P6P A;  5P81 A;  3RU1 A;  1APW E;  5P4C A;  1K6P A;  2R5P A;  4YBI A;  1D4J A;  5BWY A;  4HDP A;  2Q3K A;  5P3V A;  7HVP A;  2R3T A;  1BBS A;  5P8A A;  4TRW A;  2O4L A;  1EBW A;  5HU1 A;  4Y43 A;  5P27 A;  3ER3 E;  1CPI A;  3IXK A;  4H3F A;  4Y5C A;  4Y47 A;  4Y5P A;  3U71 A;  5P0Q A;  5E5J A;  4Y5G A;  5P65 A;  4HA5 A;  1XN3 A;  3D1Z A;  3NDU A;  1EBZ A;  4J1E A;  3RTM A;  4Y35 A;  1B5F A;  3O9G A;  5P88 A;  2I0A A;  2JYS A;  4Y51 A;  2QAK A;  3UQX A;  5HDU A;  5BRY A;  5P5M A;  4Y5A A;  3DJK A;  3EMY A;  4Y57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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