5OZ5A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 16
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz5A01
5P3KA 3WSJA 3UDHA 3F9QA 5F01A 5P57A 1WBKA 3G70A 4Y3PA 2QCIA 2PC0A 5P44A 5P24A 3ZPSA 4L6BA 2RENA 3KFSA 5OZVA 1PSOE 5SY3A 3S54A 3QAAA 2OHKA 4OBFA 5P6HA 4GJ6A 5P77A 3GW5A 4CPWA 1C6XA 2PQZA 5CONA 2QI4A 3S7MA 2PH6A 2AOCA 4GJDA 5P7RA 5P0MA 3S85A 5ER2E 3D1XA 5P2WA 2QMPA 5P6OA 5P14A 1GNOA 4RCFA 2QZKA 4PZXA 5SZ9A 2ER6E 2AOGA 2I4XA 1OEXA 5P7TA 1PSAA 5B18A 5OYSA 4ZE6A 1TZSA 4RYCA 3WB5A 3TKWA 5OZMA 5P8QA 4B05A 4DJWA 4OBGA 4H3FA 3S43A 1T6GA 3LIYA 5P6PA 5ENKA 2IL2A 4RVIA 5P6QA 3RTHA 4B77A 5P52A 1MRWA 1BVEA 2Z4OA 5P5KA 2G94A 2FS4A 4DQBA 1G6LA 3BXSA 3UDKA 3OWNA 5P8FA 4YOBA 3KDBA 3PWWA 2WHHA 5P3EA 1ODXA 3O9FA 5P1WA 1BBSA 2AZCA 4U7QA 3OOZA 3KFPA 3GI5A 5ER1E 1TSUA 3QBHA 2WF2A 4HA5A 1CZIE 4CPRA 3HVPA 3NWXA 5OZGA 5P34A 3LIZA 5P3BA 3DUYA 4FE6A 4B0QA 5DR1A 5P88A 3C9XA 5OZZA 5P5NA 1APUE 2V11C 5HU1A 3VV7A 2F8GA 1HPOA 3JW2A 2F3FA 1AJVA 5I70A 1EC1A 5P01A 4TVHA 5IS4A 1LYBB 2V10C 4L7JA 5P2RA 3SACA 2P8HA 5P3WA 2FDEA 3PB5A 3JVYA 1GKTA 3AUPA 4K4PA 5P7PA 3PMUA 5P0EA 1RL8A 5P55A 1BXOA 4YBFA 3DV1A 4ZPFA 2NMZA 4J55A 3EKTA 5AH6A 5P4FA 3R0WA 4Y4DA 5P67A 3EL0A 3OAGA 3IN3A 2BJUA 2WKZA 2QMDA 2OHMA 5P8AA 3OU4A 3TTPA 3PWRA 3M9FA 1HRNA 1G0VA 4YD4A 2I1AA 3CICA 1E82E 1YTJA 3DM6A 5P5TA 4H3GA 4FRJA 2PWRA 4H3JA 5P5VA 1C6YA 1K6PA 1AM5A 3SAAA 1LYWB 5OZ9A 1YG9A 3R0YA 4GYEA 3HAWA 2PSUA 3VLBA 5P20A 5P8BA 4J1CA 2F80A 1T3RA 3VYEA 5OZ1A 5P8CA 1TW7A 5OZOA 5I3VA 1LYAA 5OZWA 4BELA 5P76A 3VSWA 5P6CA 5DR4A 4YA8A 3T3CA 4Y3AA 5P10A 5DQ4A 2OHLA 4Q1NA 3OADA 3EM3A 4HZTA 1FKNA 3K5DA 1QBTA 5OZTA 5OZDA 1QRPE 2ZJJA 2V0ZC 4XX3A 1YX9A 1IDBA 4DJYA 3DOXA 1PSNA 5P33A 2BBBA 2HB4A 4HLAA 2P4JA 1T7JA 1GNNA 5P36A 4EJDA 3KT2A 1HVJA 3SM1A 1XDHA 5OZ0A 2ZHUA 1HVIA 3UDRA 5P8DA 4F75A 3L3AA 5OYXA 4CPQA 1EC0A 1IZIA 5P7BA 5P23A 4E43A 5P71A 5OZJA 2HPEA 3ST5A 4CPTA 1D4HA 2WEZA 2F3EA 1GNMA 5OZEA 2WEDA 5P2GA 2VA6A 5OYUA 5AGZA 3LZYA 3RU1A 5P0XA 1UH9A 2OHPA 5HTZA 2VJ7A 1B6JA 2A4FA 4D8CA 3TL9A 3LZVA 3UDPA 1XE5A 5P0UA 5P6BA 3I7EA 5P3LA 5P7ZA 4NPTA 4OBHA 4ZSQA 5P5LA 6FIVA 5OZQA 5P0GA 5P63A 3TKGA 3BVAA 2VIYA 4QJ2A 2NNPA 3IAWA 1HWRA 5HU0A 4JECA 3KDDA 5P4OA 2FGVA 3TOHA 3UDJA 5P1UA 5P79A 3VF5A 4GJ8A 5P80A 2FDPA 4RLDA 1CPIA 1A8KA 1M0BA 5P7QA 4XXSA 2F3KA 1B11A 5P3CA 5P8TA 1UH7A 4EYRA 1SDUA 4LXKA 3O9HA 3IGBA 3CKPA 2QHYA 1E80E 5I3XA 5P84A 1FQXA 1EEDP 4R8YA 4JPEA 1ODWA 5KQYA 3PBZA 2V12C 1PFZA 4YD3A 3T7XA 5P1OA 4Y3NA 1EPRE 1HSIA 2VA5A 5P8RA 3I2LA 3O9IA 3LINA 1HOSA 3FX5A 5P5XA 4OD9B 4EQ0A 5OZ4A 5P8MA 5P4IA 1NPVA 5OZ6A 5J25A 2JYSA 5C9FA 5P3NA 3VSXA 3OGPA 3N3IA 3RVIA 5P3QA 3INEA 2Z54A 2O4KA 4D83A 5P00A 1B6KA 5P8EA 4Z2ZA 5OZCA 5P3TA 2AZBA 3BUFA 2G1RA 4Y4BA 2IEOA 1EPOE 4TVGA 5OZRA 5DR0A 1T6EX 4JOOA 5P53A 4DQCA 5P07A 5P29A 1DW6C 4MC1A 4DQFA 3NUJA 1Z1RA 5P7FA 3K5CA 5P4VA 4YE3A 4APEA 1ME6A 4I0ZA 4GJ7A 5P8NA 4OBDA 5P4SA 5P2HA 5P85A 3R2FA 4J1FA 5P32A 3S7LA 2AOEA 1W6IA 3DV5A 4GZFA 3UDMA 1SDTA 4IVSA 5P70A 2J9JB 3INDA 5BS4A 1FG8C 4DPFA 3HBOA 5P4DA 5P4EA 3WZ8A 2OHRA 5SXNA 2HM1A 1HTRB 2G1YA 5OZ7A 1FGCC 1PPME 6APRE 2HS1A 2VKMA 4Y4XA 5AH9A 4YD6A 5P7GA 4QJ6A 1MVPA 3APRE 2XYFA 4B70A 4EQJA 5P7OA 5P4MA 4I0HA 1FG6C 3VLAA 5P56A 2G20A 4DQEA 1W6HA 2NXDA 5P5OA 4KE1A 2QD8A 3L38A 5P03A 1W5XA 1B6MA 3URJA 2AZ9A 3EKWA 2R9BA 2VJ9A 4Z4XA 1SIVA 1GVXA 3GGUA 1IVQA 4EPJA 1TCXA 1GVWA 5P12A 3ER3E 5P3DA 5P3OA 5HE4A 3OQKA 1ZPKA 2QNQA 5P11A 5P4GA 4EWOA 5I3WA 2PSVA 5P37A 5JG1A 2G69A 3L5DA 3BVBA 3WZ6A 5P1SA 5OZHA 3IN4A 5P49A 5P1FA 3QS1A 2WF1A 3KMYA 1E5OE 2Q15A 5P4QA 3Q4BA 4I12A 2R38A 5P5ZA 1W50A 5P4CA 3I25A 3UCBA 2WF0A 3IXKA 4FAFA 4R5NA 4HDBA 5HE7A 1IBQA 3HVGA 5P7IA 3CKRA 4ZSRA 5P4AA 5P7SA 2QAKA 4LC7A 5P8IA 1LS5A 4CP7A 5P6KA 3OTSA 4PHVA 2A1EA 5COKA 2XFJA 2ZHTA 4Y3WA 2BPYA 1C70A 3L59A 2F81A 5KR0A 3ECGA 1ODYA 4I8WA 1LYBA 3EL9A 2I4WA 5P0TA 2B7FA 5P0CA 5P2BA 3URLA 2QMFA 5IE1A 5P8SA 1YM4A 4Y3FA 2AVOA 3H0BA 3KFNA 3LPKA 2VNNA 4I11A 5P16A 5P0KA 1OD1A 4DJUA 5P4PA 1K1UA 3GGAA 4I1CA 4Y3DA 3R4BA 4NJSA 4DVFA 2P83A 3O99A 3KN0A 4Y5CA 5HDUA 5P3ZA 1IZDA 4Y4UA 5P6MA 5OZ8A 1NSOA 5P1DA 4GB2A 4DJXA 3DK1A 1FQ6A 4D89A 4Y5EA 1A94A 4EXGA 2CEMA 5P59A 3SA6A 2I4VA 5P72A 1LYWA 5P1IA 1WBMA 2QZXA 4LHHA 5OZFA 1XE6A 4FGXA 4Y4ZA 3QRSA 4ZIPA 5OZ3A 1YTHA 3IA9A 5KAOA 3VCMA 4RVJA 3I6OA 4OBKA 4B00A 1ZP8A 3PCWA 2OHNA 1B5FA 1NH0A 4Y3XA 5OZXA 1QBSA 4Z22A 5P2NA 3TPRA 1C6ZA 3ZMGA 3QRVA 1AZ5A 4J5JA 1MEUA 4XKXA 4DJPA 2QNNA 2AQUA 5DGUA 2OAHA 1KJ7A 1W5VA 3S56A 4YD5A 3OUDA 2P3BB 4Q1WA 1FMXA 4Y56A 5P4WA 4J0PA 4Y44A 4B78A 3FSMA 5P28A 1SH9A 5P43A 2G1NA 3CKTA 3WB4A 5OZUA 4Y5NA 2G1SA 4DH6A 2ANLA 5P08A 2PH8A 2NNKA 3EMYA 1IZHA 5P47A 4U7VA 3O9LB 2I0AA 5P2QA 4Y3ZA 5KR1A 2ER0E 5P5MA 2AIDA 4Y6MA 1EBWA 1YM2A 4YCTA 4FAEA 3K4VC 5P4TA 3MSJA 4Y35A 5P0PA 1Z1HA 1B6LA 4TRZA 1META 2B8LA 5DQ1A 1ZTZA 3O9BA 2Q11A 3UQRA 3QBFA 5AH8A 4A6CA 3BXRA 2ZJMA 3TPJA 2IS0A 3I8WA 7UPJA 5OZ5A 3D20A 2FMBA 3NDXA 3LIVA 5P87A 2NTRA 4Y4WA 1RNEA 2IQGA 3FNTA 5OYZA 1FMBA 1K2CA 5C9BA 1ZBGA 3SA4A 2AOHA 5P4XA 4Q1YA 4AUCA 4Y3EA 3OXCA 4WY1A 3SM2A 4F76A 4FRSA 1K6CA 4R91A 5OYWA 5P68A 5P5HA 5P4JA 5P51A 3O9CA 4ACXA 5P5QA 4FRIA 5HD0A 5P1KA 3PI5A 4WTUA 5HCOA 1ENTE 5P09A 1BILA 5P75A 5P6WA 5P1BA 1MPPA 3LZSA 1SDVA 5P4ZA 3UDNA 5P17A 3RTMA 5SY2A 4R93A 4FM8A 4YCKA 1LV1A 5P0DA 2QI3A 2ZHVA 2QNPA 5KR2A 4OD9A 3S8IA 3TOGA 2HC0A 1PPKE 1HPSA 3NDUA 4Y38A 5P7CA 4RVXA 4Y3LA 5P1MA 2UXZA 2OHUA 1SMEA 3IVHA 1APTE 4A6BA 1M43A 1UPJA 5P74A 5P5WA 2XYEA 2AVVA 1B5FB 3INFA 5OZNA 1EPQE 3IXOA 3KFRA 5P04A 1HEGE 2IKOA 4COEA 1KJGA 1G35A 5I3YA 5OYTA 5P0AA 1KJHA 2AVMA 1WKRA 5HDVA 3OOTA 3OUDB 1D4YA 1APVE 4RGHA 3ZPTA 3LHGA 3NU6A 1U8GA 3U7SA 2R43A 1TSQA 3KT5A 1FQ5A 2QI6A 2JJJA 2NXLA 5P69A 3NWQA 4K8SA 1HVSA 4MC2A 3VFAA 5P4NA 5P2CA 3UFLA 2BQVA 2R5QA 4J1IA 2J9JA 2B7ZA 2FNSA 3PSGA 5P81A 3PBDA 4OBZB 5IVTA 1EPNE 4RRSA 4Y57A 4YCYA 2AZ8A 5UPJA 3RSXA 1BDRA 1Q9PA 1EBYA 5P3UA 3TNEA 5P7MA 2HB2A 1HSHA 5P6TA 2FLEA 3OK9A 1ZAPA 5OYRA 5IVRA 2QHZA 5P39A 1FIVA 2IRZA 2O4NA 1HVRA 4QJ7A 5P50A 3IVIA 1TQFA 4DPIA 2ZJLA 3SA7A 2ZJNA 1IVPA 3KYRA 1XL2A 4ACUA 5OYYA 3LITA 5P0RA 4Y3SA 2XFKA 5P2DA 5P2MA 4B1CA 5KQXA 4EJKA 2QHCA 5P40A 4ER2E 2QZLA 3ZOVA 3ZKIA 5OZKA 3FV3A 4CKUA 1D4KA 4IVTA 3PVKA 5P0HA 2G21A 5P30A 5P3IA 3T6IA 2P3AA 5P3GA 3EL1A 1FLHA 5P78A 1VIJA 1MIQA 1A8GA 5TOLA 2B42A 1OHRA 4GJ5A 2IENA 3BGBA 3NYGA 3EL5A 4GIDA 6UPJA 4EJLA 4RRNA 3TH9A 5AHAA 3CIDA 2B8VA 3UTLA 4Y5AA 5P48A 1LF3A 3SABA 3OUCA 1EPPE 1AIDA 4Y5MA 4I0JA 3HD8A 4J1HA 1HEFE 3VV6A 5OZAA 5P4HA 5P7NA 5COOA 3K4VA 5IVQA 2FNTA 5BRYA 3PJ6A 1BWBA 1PROA 4Q5MA 3MWSA 1KJFA 5P60A 1HXBA 4DJQA 4ER1E 2V00A 3S2OA 1HVKA 5P3VA 5OZPA 2AOFA 5P0JA 5P31A 5P1AA 5P6IA 1GVTA 2AOIA 4GJBA 4BFDA 5P4UA 3EC0A 3L5BA 1AAQA 1HVHA 1HPVA 3UQUA 4FM6A 5P15A 5P7DA 3O9GA 2WECA 3OQDA 5P6XA 3L5CA 3UQWA 4M8YA 4APRE 1SGUA 4LXAA 4EXHA 2QI0A 5DPZA 3SLZA 4GJ9A 2NMYA 4DQHA 2RSPA 5P6EA 1D4IA 5KQZA 4YDFA 2BPWA 3OHFA 3FNSA 3UDQA 5P13A 5P7EA 1XN3A 2Q63A 3B80A 5P4RA 3BC4A 5P1VA 5P0SA 3U6AA 1BV7A 2AVQA 2VNMA 3K5GA 3LNKA 3GI6A 3OXWA 3NLSA 3VEUA 3CIBA 3SO9A 3UQPA 1HBVA 4Y51A 3SA8A 4YOAA 3QPJA 5P5IA 2P3BA 4H3IA 3L58A 5P0NA 5AHBA 4U8WA 5DQ2A 4FS4A 2I0DA 4FL8A 2P3CA 5P5GA 3Q6YA 4Y5PA 4CPXA 3AIDA 4NJUA 5P5RA 4FLGA 1DP5A 3ER5E 2EWYA 1GVUA 5ISJA 4Y54A 1ZSRA 1XL5A 3O9LA 4ZPEA 4DJVA 5P3RA 4Y43A 4Y5LA 4PPHA 4Y5GA 1VIKA 3RSVA 3NR6A 8HVPA 2HAHA 4Y3MA 1DMPA 4RROA 4R95A 3Q70A 4DQGA 5P83A 2VIZA 2OHSA 1MT9A 1W5WA 3SKFA 3FKTA 5P6VA 4ZLSA 1BWAA 4QGIA 3VV8A 1D4JA 1HXWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3K A;  3WSJ A;  3UDH A;  3F9Q A;  5F01 A;  5P57 A;  1WBK A;  3G70 A;  4Y3P A;  2QCI A;  2PC0 A;  5P44 A;  5P24 A;  3ZPS A;  4L6B A;  2REN A;  3KFS A;  5OZV A;  1PSO E;  5SY3 A;  3S54 A;  3QAA A;  2OHK A;  4OBF A;  5P6H A;  4GJ6 A;  5P77 A;  3GW5 A;  4CPW A;  1C6X A;  2PQZ A;  5CON A;  2QI4 A;  3S7M A;  2PH6 A;  2AOC A;  4GJD A;  5P7R A;  5P0M A;  3S85 A;  5ER2 E;  3D1X A;  5P2W A;  2QMP A;  5P6O A;  5P14 A;  1GNO A;  4RCF A;  2QZK A;  4PZX A;  5SZ9 A;  2ER6 E;  2AOG A;  2I4X A;  1OEX A;  5P7T A;  1PSA A;  5B18 A;  5OYS A;  4ZE6 A;  1TZS A;  4RYC A;  3WB5 A;  3TKW A;  5OZM A;  5P8Q A;  4B05 A;  4DJW A;  4OBG A;  4H3F A;  3S43 A;  1T6G A;  3LIY A;  5P6P A;  5ENK A;  2IL2 A;  4RVI A;  5P6Q A;  3RTH A;  4B77 A;  5P52 A;  1MRW A;  1BVE A;  2Z4O A;  5P5K A;  2G94 A;  2FS4 A;  4DQB A;  1G6L A;  3BXS A;  3UDK A;  3OWN A;  5P8F A;  4YOB A;  3KDB A;  3PWW A;  2WHH A;  5P3E A;  1ODX A;  3O9F A;  5P1W A;  1BBS A;  2AZC A;  4U7Q A;  3OOZ A;  3KFP A;  3GI5 A;  5ER1 E;  1TSU A;  3QBH A;  2WF2 A;  4HA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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