5OZ5A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 16
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz5A01
5P0UA 3KYRA 5P8QA 3QBHA 1SP5A 5P6IA 3GI0A 1OHRA 4Y3MA 5SZ9A 2Z4OA 2Z54A 5P29A 5P39A 1GKTA 5JFPA 1JLDA 5P44A 1BV7A 1ENTE 5P0BA 5P61A 4DPFA 2Q5KA 3UDHA 4EWOA 4EP2A 3ZPUA 2I4WA 5P5QA 5P6LA 1XS7D 5P6XA 2QU3A 3K5GA 2VIYA 5DR1A 3UDRA 7HVPA 2ER0E 4I1CA 1ODWA 2O40A 4I0FA 3OUDB 4Y5EA 3KM4A 5P2RA 3D3TA 5OZOA 3D1XA 5P0RA 5P5RA 1QDMA 3OTSA 2PK6A 3Q70A 4EJKA 5P3OA 1DAZC 3NWQA 5KOQA 1GVUA 2FDEA 5P16A 5JG1A 5P1AA 2NNKA 1XE6A 2QI4A 4BFDA 1HWRA 1RL8A 3O9BA 5AHBA 3TNEA 2FGVA 1BILA 4YD3A 4Y3EA 1A30A 4TVGA 5P3JA 5KAOA 2OHQA 3GGAA 1FFIC 1W5WA 5OZCA 4OBFA 2CENA 3QRMA 4B70A 1IVPA 5P6OA 1T7KA 5P5FA 1M0BA 2AZ8A 2G1RA 4RLDA 3PSGA 2IGXA 3KDDA 4GJ8A 5OZEA 5P15A 4AMTA 4Y4EA 1RNEA 3LINA 1W5VA 1G2KA 2QP8A 5P50A 4L1AA 5IVTA 3INDA 5P1JA 4HLAA 1D4SA 3NU5A 5P3LA 2Q3KA 4Y3RA 4DQCA 3PMUA 2ZYEA 3FV3A 3CICA 4BFBA 4GYEA 5P37A 4QJAA 3KF0A 2J9KA 5P6KA 1SIPA 4GJ6A 5P6UA 1W50A 3NXEA 5P83A 5P3ZA 4RRNA 5OZ0A 4YBFA 4GJ7A 5P36A 5P2GA 1APTE 3F9QA 3I6OA 4FRKA 3QRSA 5P7PA 5P30A 4DJUA 2VNNA 4J1CA 4OD9B 2QK5A 3O9CA 5P4KA 2AOEA 2IENA 3UQPA 3EC0A 4CPRA 1HSHA 5P2MA 5BWYA 5DQ5A 1YX9A 4YDGA 5AGZA 5P6PA 1HPXA 5P33A 4LAPA 2BQVA 3RTMA 4HE9A 3VEUA 5P7KA 5P7NA 2WEZA 5P75A 4Y3GA 2HB2A 4ER2E 5P7LA 4Y3WA 2ER9E 4Y57A 4EJ8A 2Q15A 4TRYA 4CPQA 5P8SA 3BGBA 4CPXA 1MT9A 1T3RA 5OYYA 3QI1A 2J9JA 5OZ6A 3OOTA 5P89A 1MIQA 3WZ8A 5OYSA 1FMBA 4AA9A 6FIVA 1A9MA 4I11A 5P49A 5P05A 5P8RA 2P4JA 3K5DA 4S1GA 4DJRA 3PLLA 1B6MA 2A1EA 3L58A 1HSIA 5P4YA 2RKFA 5IE1A 4R93A 4F73A 4YD5A 5P3HA 1F7AA 5EZXA 3D91A 1VIJA 2QMDA 5P3DA 3GGVA 3CIDA 3OY4A 3PLDA 3L5DA 1DW6C 4F74A 5BRYA 1A8GA 2FNTA 4YOBA 3NU3A 4FL8A 2PSVA 5P5WA 5J25A 3SAAA 4I12A 2OHNA 4NJUA 5DPZA 4J55A 2AODA 5P5BA 5OZBA 3FNSA 3QP0A 3OOZA 4PZWA 1HPOA 3PHVA 1BDRA 5P86A 1BV9A 1FMXA 1EPOE 4LXAA 4FM7A 1MESA 4CPUA 5P2YA 3MSKA 4I0GA 5P20A 5P1EA 5P2SA 5P2IA 4DPIA 1PSOE 2HB4A 5P5LA 3VV6A 1M4HA 4Y44A 4YD7A 2I4QA 4UPJA 3DCKA 4J1FA 1YM4A 5P4SA 3S85A 2F81A 5P4AA 4NPUA 2RSPA 5P8EA 4FAEA 5P3RA 3HAWA 5P3XA 5P8GA 2I0AA 2WF4A 2V13A 2IGYA 3VFBA 4MC2A 2G22A 5P25A 5P6WA 5P3QA 5HU1A 1E82E 4RYCA 4DQBA 5HDXA 3N3IA 3LPKA 2NPHA 3KA2A 1W6IA 3SM1A 2G1SA 3VYEA 5P23A 3VF3A 1KJ4A 4LL3A 5P0AA 4R5NA 2G21A 2PH8A 5OZVA 3LNKA 5P0MA 4WY6A 2FIVA 1M43A 5P7EA 4M8XA 5P8KA 3I7EA 1D4LA 5P56A 1Q9PA 2PWRA 4Y43A 4APEA 4QJ8A 5P7UA 5ISJA 5HU0A 1SGUA 3UDNA 5P1PA 1QBUA 5P7JA 1HTRB 5PEPA 5P11A 2I4VA 4L7JA 1HVJA 4OBJA 4Y3QA 3UDQA 3OADB 4FS4A 5OZ7A 5P53A 1AXAA 3LPJA 4Y5AA 3OQFA 3PWWA 4FM6A 4DJYA 2BPZA 5FIVA 5OYVA 4CMSA 2QHCA 1LZQA 1D4IA 3WB4A 5F01A 1PSNA 4B78A 3R2FA 5P0EA 4BELA 4DJOA 1UH9A 3S45A 2OHSA 2QI5A 5HVPA 4B05A 1MRXA 1HVIA 2ZDZA 1LYWB 5P82A 2QMGA 4K4QA 4YCYA 5P5HA 4Y4GA 1APWE 5DQ1A 3EL0A 4Y3ZA 3UQWA 2JJJA 3UDJA 5P03A 5OZNA 4Y35A 7UPJA 1G6LA 3INHA 4ZSRA 4Z50A 3INEA 3NU4A 3ZKIA 3IA9A 2BPXA 5P8HA 2Q54A 5DQ2A 2PMAA 5P2TA 5P85A 3PGIA 1K2CA 1LS5A 3L5CA 5P3KA 2QZXA 1CMSA 2IL2A 2AOHA 2H6SA 4J5JA 5OYQA 2BKSA 1FQ4A 2ZJJA 5P4LA 2WF1A 5P87A 2V00A 1T7JA 5P1HA 3GI5A 3TPJA 5OZ9A 1DMPA 4U8WA 2APRA 3TTPA 5KQYA 1QBSA 3PVKA 4IVTA 3OU4A 5IVRA 3EKPA 2ZJKA 4Y5CA 4LHHA 2I4DA 5P2JA 1EC0A 5DQ4A 4Y5BA 4JECA 5OZWA 3OUBA 1AAQA 2OHTA 2F8GA 1F34A 1W5XA 1KJFA 1CPIA 5P5IA 2FGUA 3KT5A 5P02A 3I8WA 1EAGA 5P76A 4OC6B 2O4KA 5P43A 3VYFA 3URJA 4Y5KA 2OHMA 5P6SA 5P0WA 1B6PA 3RVIA 5P80A 2B7FA 5P4JA 5P1FA 5P1GA 1IZDA 4B77A 5P7SA 3IGBA 3VSWA 4Y3LA 1NPVA 4H3IA 5P40A 1OD1A 1ZP8A 4KE1A 5P7HA 3T7XA 4GJBA 4EQ0A 5OZSA 1HBVA 2QI1A 5IS4A 3TLHA 1GNMA 5P12A 3PSUA 3SM2A 4Y5PA 4FRJA 5DR4A 5P1NA 4GJ5A 3PRSA 1RQ9A 5P5MA 3UQUA 4R8YA 4AUCA 2FDPA 2VIEA 2V0ZC 5P31A 3L3AA 5EZZA 3OU1B 2ER6E 3EKXA 1GVVA 2ZJNA 3FKTA 4J0ZA 3OU3A 1XN3A 5P01A 2IKUA 4QJ7A 5P7TA 4TRZA 2WJOA 4K8SA 2O4NA 5P8AA 3JVWA 1TQFA 1MRWA 3FX5A 5OZMA 3DK1A 6APRE 1HEFE 1YTJA 3UQXA 4FRIA 3QRVA 1PPLE 5P07A 1W6HA 2VA7A 3SA5A 1ZLFA 4L7GA 3O9HA 5OZFA 5P2XA 3OAGB 3LIQA 2QCIA 1BBSA 3CKRA 5P6TA 5P7IA 3HVGA 2AZ9A 2OAHA 5P7XA 3QVIA 5P2CA 1MT7A 3K1WA 2P8HA 3VV7A 1B5FB 1AJXA 4Y4AA 1BIMA 5P3GA 5P78A 5P2NA 5OZYA 1PPME 5P6CA 5IVQA 4PHVA 2QMFA 3ZOVA 2ZJMA 1AVFA 2P3BB 4OBZB 5F00A 5CONA 2OHUA 4DI2A 5OZLA 2OF0A 2R3TA 4WTUA 2AOFA 4X2LA 4YBIA 5P1TA 2QI7A 1K6CA 4RROA 1EPPE 5B18A 1ME6A 2WF0A 3BVBA 1TZSA 4HDBA 3ER5E 3VLBA 4EHCA 5P4EA 4FSEA 3PI0A 5P63A 2F3KA 3O9LB 4DJVA 2ZGAA 2IRZA 1EBKC 1MUIA 5P2OA 1SMRA 3DV1A 3O9FA 3OQKA 5KQZA 3TKGA 3O9AA 1YTIA 1BXQA 1KJ7A 1SBGA 2A4FA 1Z1HA 4DJWA 3ZPTA 4Z22A 1LV1A 4GZFA 4Y58A 1TSUA 1FB7A 1LYAB 1FEJC 5P77A 4OBDA 1GNNA 1FMUA 2PC0A 1ZPKA 3FIVA 3Q3TA 5COKA 4Q5MA 5P6ZA 5OZ2A 2HB3A 3DV5A 5P6AA 4GMIA 3URLA 5P2UA 3TPRA 1D4JA 3K5FA 3ZMGA 3NR6A 4I10A 4LXMA 5P7ZA 5P1OA 4BEKA 3OQAA 1FGCC 4Y3TA 5DR0A 1HVHA 5OZPA 4TVHA 3QVCA 3C9XA 4U7QA 5SXNA 3HZCA 3OGQA 3SA8A 2PH6A 4Y53A 4NJSA 4I0DA 1HHPA 5P57A 4LP9A 3DM6A 2G20A 5P3IA 5P4NA 5P4HA 1BVGA 5HE5A 3NYGA 4ZPGA 3QPJA 1NPWA 4FLGA 5ENKA 4J0VA 4Y4XA 2XFJA 3TL9A 2ASIA 2AVQA 4X7IA 1T6EX 2AVOA 5P8OA 3UTLA 3MSLA 1MSMA 3QN8A 4L6BA 1K1UA 4H3FA 3SLZA 3CMSA 2RENA 4H1EA 3DUYA 4ZEAA 5P6YA 1ZBGA 4FE6A 5P2ZA 2G24A 4AA8A 2G1NA 2VA5A 2OHKA 4Y5LA 3O9EA 5P1XA 2IS0A 5P0PA 1B6JA 3OK9A 1EC1A 2I1AA 4Q1NA 5P4OA 5ER1E 5P04A 1J71A 5P2QA 5OZAA 3UPJA 5P6BA 2O4LA 4KUPA 5P7OA 4Y4WA 5P88A 3IXOA 4YHQA 4FCOA 5P55A 5P0QA 3PI5A 1AIDA 5HD0A 4L1AB 2AVSA 4HVPA 3OHHA 5P5SA 3T11A 3SKFA 5BS4A 3VYDA 5P3SA 3ZPSA 2NMYA 3ZKMA 2BPYA 1FQXA 3PEPA 3EKVA 3OTYA 1HTFA 4Y4TA 3HW1A 5P5PA 4I0IA 1SH9A 2QI6A 3H0BA 1YTGA 2AZCA 5C9FA 2VJ7A 5P0NA 3TPPA 5HDZA 3D1YA 1C6ZA 5ENMA 5P2EA 1MVPA 1ODXA 5P8VA 4CPWA 4H3GA 2MIPA 5OZRA 5P5EA 1IVQA 4DJPA 4RVJA 5P1IA 3KMYA 4Y9WA 1Z8CA 1K2BA 2NXLA 3EM3A 5DR7A 3IXJA 3T6IA 6UPJA 1QBTA 4Y56A 4QLHA 5COPA 1IZHA 5P09A 3PSYA 3KFNA 3OXWA 4DV9A 5HTZA 4QJ6A 4KB9A 2B8LA 4RZ1A 2QHZA 3AIDA 2HS1A 2AOJA 3RTNA 3FSMA 5P3YA 2VA6A 1MERA 1QS8A 2Q11A 3FNTA 2QZKA 5P1KA 2Q63A 2V16C 5E5KA 3RSVA 2J9JB 4RVXA 3L5BA 1LEEA 2G69A 5P10A 1BVEA 5UPJA 3NDTA 2PK5A 5P5OA 5SY2A 5P58A 3UHLA 1IIQA 1SDTA 3VG1A 5P1LA 2BB9A 3MXEA 4HEGA 2V12C 3OXXA 3T7QA 3PJ6A 4Y4BA 1HIVA 1LF4A 4K4RA 3ZLQA 2HC0A 2PYNA 1XL2A 1BXOA 2FXDA 4QJ9A 5P4RA 3RSXA 5DGUA 5T4SA 2WL0A 5P8LA 5P1BA 5P2LA 5P2HA 4CPSA 5HE7A 5KR1A 3IAWA 4I8ZA 3ZKXA 3EKYA 5P4VA 1EPME 3CKTA 4Y39A 2XYFA 3LIVA 5P6NA 3EBZA 2AVMA 3JW2A 1KJGA 3BUGA 3SACA 3EMYA 2AOCA 3APPA 3PWRA 3VCMA 5P1DA 1XN2A 5P13A 1IZEA 5P45A 3WZ7A 3HD8A 4COEA 2RKGA 5P7GA 1META 3OUAA 1HPSA 1TW7A 1C70A 5P4PA 5IVSA 5C9DA 1BWAA 2QHYA 4OBHA 5P1WA 4Y36A 2B60A 2ZJLA 4NPTA 3UQRA 2G27A 4MC6A 5P38A 3VSXA 1LYBA 5OZ4A 5P8CA 4Y4UA 1GVTA 9HVPA 2WF3A 3VLAA 1HXWA 5P0TA 1FG6C 4RVIA 2WEBA 4OC6A 1FF0C 5P42A 5P5AA 3KFPA 5P19A 1IDAA 2R3WA 1HIHA 5P2AA 4K9HA 5OZGA 2VJ6A 2G26A 5P51A 3GGUA 3D20A 8HVPA 3LZVA 4Y51A 3KDCA 5P08A 1G35A 5P6QA 3S56A 3EL5A 3AUPA 5P4QA 5OZ8A 1IDBA 1HTGA 4QGIA 4I0ZA 4Q1XA 4Y37A 4GJ9A 4LC7A 4RRSA 5HE4A 4F75A 4JPEA 3OXVA 2B8VA 3NSHA 2CEMA 1ZPAA 3APRE 3OWNA 4HZTA 2BPWA 2VS2A 1SIVA 3A2OA 5OZXA 3SA3A 2PSUA 5P6FA 3OU1A 4DUSA 2WHHA 1FIVA 3I2LA 2HPEA 2QMPA 5KR8A 2P3CA 1DPJA 5OZJA 5P79A 2FXEA 3O9IA 4CP7A 5I3XA 4PYVA 2HPFA 3IVIA 4ZSQA 3L59A 3KT2A 2PSGA 1WBMA 3BUHA 3IN4A 4ZPFA 5E5JA 5I3VA 1ZSRA 3Q5HA 3URIA 2PQZA 1AJVA 1GVXA 2UXZA 1K6VA 2ZJIA 4ZSMA 5P47A 3BVAA 4FAFA 4B0QA 3LIYA 2VJ9A 3GI4A 1E81E 5P4MA 5P74A 1FLHA 1HVSA 5P3WA 1XE5A 3PBDA 4WY1A 3ZKSA 3WSJA 4FM8A 1WKRA 5P24A 4DQHA 5AHAA 2FNSA 3EKWA 2XFIA 4J1IA 2P3BA 2G1YA 3OUCA 1NSOA 4Y50A 5P6VA 2PYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0U A;  3KYR A;  5P8Q A;  3QBH A;  1SP5 A;  5P6I A;  3GI0 A;  1OHR A;  4Y3M A;  5SZ9 A;  2Z4O A;  2Z54 A;  5P29 A;  5P39 A;  1GKT A;  5JFP A;  1JLD A;  5P44 A;  1BV7 A;  1ENT E;  5P0B A;  5P61 A;  4DPF A;  2Q5K A;  3UDH A;  4EWO A;  4EP2 A;  3ZPU A;  2I4W A;  5P5Q A;  5P6L A;  1XS7 D;  5P6X A;  2QU3 A;  3K5G A;  2VIY A;  5DR1 A;  3UDR A;  7HVP A;  2ER0 E;  4I1C A;  1ODW A;  2O40 A;  4I0F A;  3OUD B;  4Y5E A;  3KM4 A;  5P2R A;  3D3T A;  5OZO A;  3D1X A;  5P0R A;  5P5R A;  1QDM A;  3OTS A;  2PK6 A;  3Q70 A;  4EJK A;  5P3O A;  1DAZ C;  3NWQ A;  5KOQ A;  1GVU A;  2FDE A;  5P16 A;  5JG1 A;  5P1A A;  2NNK A;  1XE6 A;  2QI4 A;  4BFD A;  1HWR A;  1RL8 A;  3O9B A;  5AHB A;  3TNE A;  2FGV A;  1BIL A;  4YD3 A;  4Y3E A;  1A30 A;  4TVG A;  5P3J A;  5KAO A;  2OHQ A;  3GGA A;  1FFI C;  1W5W A;  5OZC A;  4OBF A;  2CEN A;  3QRM A;  4B70 A;  1IVP A;  5P6O A;  1T7K A;  5P5F A;  1M0B A;  2AZ8 A;  2G1R A;  4RLD A;  3PSG A;  2IGX A;  3KDD A;  4GJ8 A;  5OZE A;  5P15 A;  4AMT A;  4Y4E A;  1RNE A;  3LIN A;  1W5V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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