5OZ6 | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__085740805815351__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__085740805815351__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5OZ6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__085740805815351__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"085740805815351","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5OZ6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__085740805815351__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d018ef46716f48d8f02fbff/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d018ef46716f48d8f02fbff/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d018ef46716f48d8f02fbff/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d018ef46716f48d8f02fbff/pdb.gz): 2396 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 33 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	82
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5oz6A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5oz6A01

2PMAA 4Y3MA 1HPOA 4ZPGA 2IQGA 1NPVA 1AZ5A 2WF0A 5P2JA 2H6SA 1OHRA 5P1CA 1CMSA 1K2BA 5OYZA 2QNQA 3GI4A 1W6IA 3IN4A 2XFJA 1UH8A 4FRIA 2P3AA 4RVXA 5P23A 2BJUA 4I12A 2AOIA 5P4RA 4Z22A 3OGPA 3PLDA 3DV1A 3OU4A 4J5JA 5P4QA 5P5DA 1HVCA 5OZCA 5P78A 1SP5A 2P8HA 5P1QA 3OUDB 1IVQA 2V13A 3EL1A 4OC6A 1BWBA 4RCDA 5P3YA 3QRVA 5P65A 3URLA 2NNKA 2IGYA 5P1JA 3UQWA 1LS5A 4Y3FA 3N3IA 5P4FA 5P3VA 5P7XA 2NXLA 5P5EA 3NU5A 5P4XA 3T7PA 2I4UA 1QS8A 2HS1A 5P0SA 2O4LA 2OHRA 3G6ZA 5SY3A 1FKNA 4CPSA 4J0PA 3OY4A 1PSOE 5F01A 5HDVA 3TLHA 4FRJA 1ODYA 5CONA 1EBZA 1FQ8A 5OZPA 3UQPA 2WF3A 4Q1WA 3FNTA 5P0LA 5OYTA 3SA4A 5P24A 4J1CA 5P8TA 2Q15A 5P4HA 5P0IA 4ER1E 5P2XA 4GJ6A 3UDMA 5P85A 3ZPTA 5P22A 5P0PA 3NUJA 4LAPA 5P71A 1G35A 4DV9A 1BXOA 5P5FA 3VG1A 2UPJA 2IGXA 1B6JA 1GVUA 3O9HA 1K6VA 5P07A 4Y38A 4LXKA 5HTZA 5P4AA 5P70A 5P7LA 4WTUA 1HIVA 3NU4A 1LYAB 4DJVA 4IVSA 5P0NA 1BWAA 2G20A 4DFGA 2PYMA 1C6YA 1W5WA 2QHZA 2BBBA 2ZJMA 2AZCA 4DJYA 5P44A 3HLOA 3Q6YA 5P26A 5P5ZA 3EM6A 4YBIA 5KQZA 3ER5E 5KR1A 4R8YA 3TPPA 1EPLE 2AOEA 3OUDA 2IENA 4Y5BA 3SO9A 3GGVA 2I0DA 4JECA 1G2KA 2QMDA 4PZXA 5EZXA 3S7MA 5P41A 5P8DA 3D91A 1PPKE 4Y35A 3ZKSA 5P0JA 3KDDA 5P68A 3EC0A 3OUCA 4FS4A 3H5BA 1A8GA 2XFKA 4F73A 3A2OA 4EYRA 5JFPA 5OZ4A 1T7KA 3KFPA 1A30A 2RKFA 5P5AA 1MVPA 3EKVA 4XX3A 3VCMA 5OYQA 3SLZA 4DJUA 3ZKMA 4YDGA 5KQFA 1FFIC 4RROA 4AA9A 1EAGA 3LZSA 1K2CA 3S7LA 5P8PA 3BUFA 3KFRA 5P1ZA 3TKGA 4Y4WA 4Y3SA 4FAEA 1EBKC 1BV9A 5P82A 5DR3A 4QLHA 2UXZA 4KE1A 2OHPA 4D83A 1FMXA 3LINA 1YM2A 2FS4A 4Y45A 3S56A 5DR4A 5I70A 5KR2A 2QAKA 2OHLA 3QRMA 4RVIA 4Z4XA 1ZP8A 3OUBA 1NPAA 1W5VA 2FGVA 2Q3KA 1HEFE 4GJ8A 2APRA 4QJ9A 4X7IA 4I0JA 1B6PA 5P6JA 3OU3A 5OZUA 5P2WA 4DPIA 4XX4A 5P06A 2B8VA 3NU9A 3SA5A 5P0RA 5OYUA 2VA7A 4RYCA 5P3XA 5P7MA 4FE6A 5UPJA 1LYAA 5P1LA 1LEEA 2FDEA 4Q1XA 1XDHA 1IZIA 2BKTA 5P2LA 5P2OA 2WEDA 2V11C 2QK5A 3R0YA 2XYEA 8HVPA 2ZDZA 5P0TA 4WY6A 2G69A 4J55A 5DQ2A 3HAUA 3FX5A 1HXWA 4MC1A 4B1CA 3SA7A 1FEJC 5P4WA 4B78A 1QBRA 5P1VA 4B70A 2WHHA 5DR0A 3JVWA 4DJOA 3BXRA 3K4VC 4YA8A 4GJBA 5HD0A 5OZJA 4Y3QA 1EPPE 2WKZA 5E5KA 4OBHA 1MUIA 1ZPAA 3GI6A 2AZ8A 3PBZA 5DR1A 5ER2E 5P40A 5P0WA 2WJOA 3NXNA 2SAMA 3URJA 2ZHRA 3EM3A 3OAGB 3SKGA 1XE5A 5COKA 3O9DA 5KOQA 5P8AA 5P61A 1FG6C 3PWMA 3WZ7A 4ACXA 1LF2A 3VFBA 4ZPFA 3OQ7A 1XL5A 4H3IA 3EM4A 5P4OA 2QD6A 2CENA 3L38A 2HPFA 3WSJA 4PHVA 4Y4DA 4Y3ZA 4NJUA 1XL2A 3UDJA 4Y47A 5P7PA 1GVXA 3ZLQA 5APRE 5P2YA 5P7RA 2FXDA 3LITA 3INEA 4J0VA 3TOHA 5IE1A 2Q5KA 6APRE 4GJ5A 5C9FA 5P8BA 3UHLA 5P2UA 4N00A 1G0VA 5P4IA 4LL3A 1FQ6A 3PEPA 3DCKA 1D4KA 1SH9A 1TSQA 4M8XA 2NMZA 1SGUA 5P35A 1DIFA 2I0AA 5P0XA 4L1AB 4YCYA 3U6AA 4R91A 4WY1A 1GNNA 4A6BA 3PB5A 3GGAA 5P6PA 4J1FA 4Y54A 1OEWA 4GJCA 3EKTA 3R4BA 5B18A 1MSNA 3PSUA 3INHA 5P20A 2IRZA 3L5CA 2QI6A 3H0BA 5P3BA 3NSHA 1N49A 5P45A 5P12A 4DQFA 3O9CA 3KF0A 3UQUA 5P2MA 5P4BA 1NH0A 1ENTE 3CICA 2F81A 3HW1A 1KJ7A 4J0ZA 3OAGA 1U8GA 2I1AA 3KM4A 5OZAA 5P7QA 1K6PA 5P75A 3LZYA 4ZIPA 5P3HA 2A1EA 3PHVA 5P6GA 5P28A 1B11A 3VSWA 2NMYA 2F3EA 1HVSA 3IN3A 2G26A 1F7AA 3VLBA 2PSUA 4JPEA 4Y48A 3L5FA 4E43A 1BXQA 5P38A 5P2NA 5P7IA 1HRNA 4RCFA 1C6ZA 3LIQA 3PWRA 4K9HA 3RTMA 1RL8A 3HDKA 4ER2E 1SBGA 5P3PA 3ST5A 1E81E 2VNMA 4Y56A 4ER4E 5OZZA 3ZOVA 3BVAA 4A4QA 3EKPA 1OEXA 3EL4A 3KT5A 3VYEA 2QMFA 4DQGA 1GNOA 2Q11A 2BB9A 3VUCA 5ENKA 1KZKA 3NR6A 2G1YA 1GNMA 1QRPE 1QDMA 2G1NA 4ZSRA 1MSMA 2XFIA 1LV1A 2G21A 5OZDA 4CPWA 5KR0A 4RVJA 4OC6B 3TL9A 2OHQA 5P08A 4HDBA 1D4IA 4QJ8A 4L1AA 5P3UA 3SA9A 3WB4A 1M0BA 4J17A 5P4DA 3NU6A 5IVRA 1AJXA 4Y4XA 4PPHA 3SFCA 3SKFA 4GJAA 5P5VA 3TOFA 4GB2A 3QROA 3LIZA 3PLLA 5P6EA 2Q63A 2G27A 2IS0A 3PMUA 5P58A 2PYNA 3MSLA 1APWE 5P6SA 1FB7A 5P1FA 5P37A 4Y3AA 1ZJ7A 1AIDA 3OQAA 3RTHA 5OZ5A 3R2FA 2BPZA 1XN3A 3IVHA 1BIMA 5P33A 5P5HA 5P7FA 3PSYA 5C9BA 1EC3A 2HPEA 3UF3A 5DGWA 3SM1A 1E82E 5P1OA 5SZ9A 1SDTA 4Y5MA 5P27A 2QMPA 1T7IA 5P74A 2ZJJA 3RTNA 2FDDA 5P3SA 1BILA 3TPRA 2R38A 2WF4A 4Y53A 1HIHA 1T3RA 4Y36A 3BUHA 1IBQA 5P6NA 4DJQA 1ZPKA 3SACA 5P69A 5P7JA 4YCKA 4Y5NA 4LXMA 5P4LA 5P89A 2JXRA 4YOAA 1MT8A 4Y5LA 1HEGE 2AOCA 5KAOA 1MRXA 3U7SA 3T3CA 5P32A 4K4QA 4Y3LA 4Y5GA 4R5NA 1IIQA 4Y5KA 5P3JA 3NU3A 4CP7A 3QIHA 1UH9A 2XYFA 3MXEA 3KFNA 5P6BA 5DQCA 2IKUA 4I10A 5AH9A 3O99A 5P3IA 4Y4AA 4CPQA 4J1KA 5HDZA 2VS2A 2J9JB 3PJ6A 4NPUA 4DPFA 1AVFA 2QP8A 1FMBA 5P5MA 5P7UA 3VSXA 5P56A 4F74A 5EZZA 3DV5A 5P2EA 1B6LA 5P63A 1T6EX 4J0YA 1VIJA 5P04A 2OHSA 3SPKA 4QJ7A 1DP5A 2ZJKA 3S45A 1SMRA 5P4EA 5OZ0A 3UDNA 2FNTA 2QI7A 3EKYA 2G1RA 1FG8C 3NWXA 5P3LA 3GGXA 5P86A 1CZIE 1DAZC 5P5JA 5P3DA 3T7XA 2WL0A 2IEOA 2WEBA 4NJSA 4LXAA 5P0AA 1FF0C 4I0GA 2JJIA 3GW5A 5P83A 5P6LA 4EQ0A 5P1HA 4GIDA 1BBSA 3QAAA 3PI0A 1QBUA 4Y4UA 1HTEA 4Z50A 3R0WA 4TRZA 2I4WA 4F76A 3O9AA 4EHCA 5P0CA 1QBSA 1YT9A 5P6XA 3BC4A 3LZVA 4L7GA 5P6YA 2VA6A 4Y57A 3QS1A 5ER1E 5P80A 5P5CA 5P67A 2H6TA 9HVPA 2WEZA 2HS2A 3C9XA 5P2AA 1NPWA 5P4SA 5P1PA 5P03A 3ZKGA 3EL0A 4FRSA 3D1ZA 3G70A 4R92A 3FKTA 3PM4A 5P7HA 5P54A 5BS4A 2P3DA 2PWRA 1FQ5A 5P6ZA 4DJWA 4OBJA 4OBZB 6UPJA 2R5QA 2ZHSA 4YDFA 5P77A 2QD8A 4I0EA 1M4HA 3I6OA 5P01A 5P6VA 2J9JA 4NPTA 3OTSA 5OYRA 5OZWA 4F75A 4X2LA 4CPTA 5P05A 4DI2A 2OAHA 3LNKA 4Y4BA 1FIVA 4L7HA 4Y4TA 5P8LA 1W50A 3S43B 1HPSA 5OYSA 5KQXA 3WB5A 2FLEA 4APRE 3HD8A 3IAWA 4J1EA 4RYGA 5P5NA 5P10A 5HE7A 1BDRA 3HBOA 4AZYA 5P8OA 5P6TA 3O9BA 3NWQA 1GVWA 2ANLA 5P1EA 1A9MA 3NXEA 5OZHA 1BDQA 4J1HA 1YTGA 1PSAA 2Q64A 3KMYA 2AOJA 2G24A 3UPJA 2QZWA 5P1NA 1FFFC 3IXOA 1W51A 3UTLA 5P2IA 3OWNA 1E80E 3O9IA 2AOFA 4EP2A 4MC9A 2FXEA 4ZLSA 2WF1A 1Z1HA 3S53A 1SIVA 3FV3A 3CYXA 5P5KA 5HCTA 1YTHA 5P3RA 1HVJA 4H3FA 4D88A 3OQKA 3PWWA 5P34A 5P8FA 4Y3JA 5AHCA 4FM8A 5P47A 5OZQA 2G94A 1PPME 3VV7A 5P16A 2Q54A 3OQFA 3GI5A 5P4PA 5P1DA 2B8LA 3INDA 3SAAA 2QHYA 3DOXA 5P13A 3BXSA 1DPJA 5KR8A 1PSNA 2VIYA 2F8GA 1APUE 1KJFA 4OBZA 2QHCA 5P8SA 4GYEA 4Y50A 5P18A 4EP3A 4H3JA 5AGZA 3KMXA 3K5CA 3R1GB 3NDUA 5P7TA 2ER0E 4B77A 3B80A 1D4LA 2V10C 4U8WA 5P25A 2F3FA 1BVGA 6FIVA 2FNSA 1KJGA 3S43A 1HSGA 1AJVA 2B60A 2ER6E 4RRSA 3TH9A 2VIZA 3CKRA 2FDPA 4YHQA 1YTIA 2MIPA 4ACUA 5I3WA 2NPHA 4TRWA 3BGCA 1BVEA 4Y43A 4Y37A 1PFZA 4JOOA 4KUPA 5P3MA 5P1UA 5KOSA 5P5QA 5P84A 3OHFA 2PSGA 5OZ7A 4XXSA 1BAIA 3CYWA 3GI0A 3O9EA 3M9FA 4DJPA 5IVQA 4FCOA 1B6MA 3AUPA 5P7SA 2F3KA 2G22A 5P4MA 2RENA 1HVHA 4OBKA 1T6GA 5P2VA 4FL8A 1FQXA 1XE6A 5P1MA 5P15A 4DQCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1HSH A;  2NNP A;  3TOG A;  4YBF A;  2AVO A;  3BRA A;  2O4K A;  5P4C A;  2NR6 A;  3OXW A;  2QNP A;  5P57 A;  3QBH A;  1HII A;  5P43 A;  4EQJ A;  3Q3T A;  3UDP A;  3MSK A;  3BVB A;  3L3A A;  2VJ7 A;  4XKX A;  3OOZ A;  4EJL A;  4FM7 A;  1IVP A;  5P50 A;  3NUO A;  1OD1 A;  2AID A;  5P2B A;  2ER7 E;  1HBV A;  1NSO A;  1LYB A;  5HE5 A;  4U7V A;  5P55 A;  1YX9 A;  4Y3H A;  5OZ9 A;  1K1U A;  1LF3 A;  5OZY A;  5OZ1 A;  2BPX A;  2AZB A;  5P3Q A;  5P1I A;  1M43 A;  3OQD A;  5HDU A;  1APV E;  2QI3 A;  3F9Q A;  1MET A;  5P6U A;  5P7C A;  4DJR A;  4ZE6 A;  5OZF A;  1RNE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2PMA A;  4Y3M A;  1HPO A;  4ZPG A;  2IQG A;  1NPV A;  1AZ5 A;  2WF0 A;  5P2J A;  2H6S A;  1OHR A;  5P1C A;  1CMS A;  1K2B A;  5OYZ A;  2QNQ A;  3GI4 A;  1W6I A;  3IN4 A;  2XFJ A;  1UH8 A;  4FRI A;  2P3A A;  4RVX A;  5P23 A;  2BJU A;  4I12 A;  2AOI A;  5P4R A;  4Z22 A;  3OGP A;  3PLD A;  3DV1 A;  3OU4 A;  4J5J A;  5P4Q A;  5P5D A;  1HVC A;  5OZC A;  5P78 A;  1SP5 A;  2P8H A;  5P1Q A;  3OUD B;  1IVQ A;  2V13 A;  3EL1 A;  4OC6 A;  1BWB A;  4RCD A;  5P3Y A;  3QRV A;  5P65 A;  3URL A;  2NNK A;  2IGY A;  5P1J A;  3UQW A;  1LS5 A;  4Y3F A;  3N3I A;  5P4F A;  5P3V A;  5P7X A;  2NXL A;  5P5E A;  3NU5 A;  5P4X A;  3T7P A;  2I4U A;  1QS8 A;  2HS1 A;  5P0S A;  2O4L A;  2OHR A;  3G6Z A;  5SY3 A;  1FKN A;  4CPS A;  4J0P A;  3OY4 A;  1PSO E;  5F01 A;  5HDV A;  3TLH A;  4FRJ A;  1ODY A;  5CON A;  1EBZ A;  1FQ8 A;  5OZP A;  3UQP A;  2WF3 A;  4Q1W A;  3FNT A;  5P0L A;  5OYT A;  3SA4 A;  5P24 A;  4J1C A;  5P8T A;  2Q15 A;  5P4H A;  5P0I A;  4ER1 E;  5P2X A;  4GJ6 A;  3UDM A;  5P85 A;  3ZPT A;  5P22 A;  5P0P A; 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5OZ6A

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