5OZAA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 21
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozaA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozaA01
1UH9A 3WSJA 3NU3A 3NUJA 3TOGA 5OZPA 1MRWA 5AGZA 5P2HA 4DQEA 3SA5A 5P0OA 1TSUA 2QHZA 1HEGE 4Y56A 1KJGA 4I8ZA 5JODA 4NPUA 5OYQA 2WEAA 3SM2A 2RKGA 3UTLA 3PJ6A 5P8RA 3S45A 3ER3E 1RNEA 1YG9A 1E5OE 1HPXA 1IZDA 2QU2A 3QRMA 5P0FA 2VIJA 2R38A 5P7VA 3MSKA 3RSXA 5P07A 3VF3A 3UDHA 1MT8A 5ENMA 4QJAA 4H3FA 2PSGA 4J0TA 1XL5A 5JG1A 2OHNA 5DR1A 3UDQA 3UCBA 3HD8A 2WEDA 5P3IA 2R43A 4Y38A 4A4QA 4KE0A 4Y5EA 3CKRA 3GI5A 4U7QA 4ER1E 1GNMA 5OZ5A 5P11A 4ZSMA 3HVPA 5IVTA 4FS4A 5P7SA 4Y5PA 3PMYA 2XYEA 5P24A 5P6FA 3FSMA 4RROA 3QPJA 1KJFA 2Q5KA 5P2WA 4MC6A 4QLHA 5COKA 1ZSRA 2ZGAA 5HD0A 3VYFA 5P0HA 3S43B 4I0ZA 1HVLA 4YD5A 1DW6C 5P1PA 4TVHA 1W50A 3NSHA 4B00A 4ZE6A 5KQFA 5KQZA 3LPKA 4Y3RA 5ISKA 2VA5A 5P17A 7HVPA 2BQVA 1FMUA 1BXOA 1MUIA 2PK6A 4ZIPA 2AOJA 2I1AA 5HE5A 3CKTA 3FX5A 3SAAA 4R95A 4Y3TA 4Y53A 1NPVA 1SIVA 5KR1A 3VFBA 5P3GA 2BPVA 3PEPA 1AAQA 3ZPTA 4D88A 2NNKA 1CPIA 1NPWA 5HDXA 5P54A 3O9AA 2G1OA 5P2GA 1SDVA 5P8LA 3RTMA 2G24A 4WTUA 3SABA 2NNPA 2NTRA 2VJ7A 2G21A 4L6BA 3IN4A 2QI5A 2ZHVA 5P4WA 1TSQA 4QGIA 5P75A 3QBFA 1ZPKA 5P86A 5P4BA 1LYAB 2QNPA 2P3BA 4J1HA 3LZVA 2J9KA 4AZYA 1BXQA 5P3NA 5P50A 1EPLE 2AOIA 5P6JA 1A9MA 1SBGA 5P1BA 4EYRA 3OADA 3CICA 4GZFA 1ODWA 3EBZA 1C70A 1EPQE 4GB2A 4GJ7A 3OU3A 5P1HA 3ECGA 2AQUA 5OZYA 4JP9A 5P70A 4HZTA 3ZKMA 4OC6B 4YCTA 3FNUA 2QI4A 2ZJMA 1J71A 1U8GA 1D4IA 3SA3A 1EBKC 1HTGA 2WKZA 3CIDA 5P51A 4J1FA 4NJVA 4XXSA 3OXCA 3OUAA 4J1EA 4DPFA 4YCKA 2QZWA 3UHLA 1M0BA 5HE7A 2HPFA 5P1NA 5KOSA 2JJJA 3ZKQA 3L58A 1B5FA 2OHUA 4PHVA 3ST5A 3PB5A 3L5DA 2AVQA 4Y4GA 5P3YA 3RSVA 3LZSA 2F8GA 1YM2A 1XN3A 4GJAA 5OYSA 2AZ8A 1C6ZA 3KA2A 4AA9A 1K6CA 2ZHSA 3VCMA 1FB7A 4FL8A 1B6JA 1E81E 3O9LB 3O9CA 2QU3A 1DIFA 1PSOE 2VKMA 1D4KA 4QJ9A 2HC0A 2QD7A 3SACA 5P8DA 3EKYA 4EJ8A 4Y47A 4F73A 4Z22A 4XX4A 5HU0A 3S53A 1D4HA 3UDJA 5P6MA 5P3FA 2R5QA 5JFPA 4R93A 4QJ7A 5HVPA 4YDFA 3SKFA 3D3TA 3TOFA 2R3WA 5P1WA 5OYUA 3DK1A 4Y4TA 1HOSA 1A30A 2AVVA 5BS4A 4RZ1A 1MPPA 5I3VA 2CEMA 5P1DA 5P31A 1GVTA 5P2XA 5OZMA 1LZQA 5P0RA 4J0PA 5OZSA 1SGZA 2P3BB 1XDHA 4A6CA 2O4KA 5DR0A 4F75A 5P78A 5P7UA 4CPUA 5P57A 4Y4ZA 2AOHA 2QAKA 3ZKNA 4Q1WA 5OZ0A 4KUPA 1ZP8A 1FG8C 3R4BA 4B70A 5P0ZA 3BUGA 1BWAA 5OYYA 1HTEA 5P4SA 3OADB 2PWRA 3OHHA 3OTYA 5P2QA 5P87A 4YOAA 3D1XA 3URLA 2WF4A 1FFIC 4Q1YA 2AZCA 5P4JA 4OBHA 3G70A 1APWE 5P01A 5P02A 4CMSA 1ODYA 3PCZA 5P0VA 5P52A 3I7EA 4DVFA 3H0BA 5F01A 5OZ4A 2OHQA 3R0YA 1B6KA 5BRYA 3SPKA 5HCOA 1NPAA 5P6EA 4L7GA 2V10C 3PRSA 3I6OA 5P2ZA 4FLGA 7UPJA 2QI0A 3UQRA 5P74A 3DUYA 1YTJA 1ZSFA 3FNSA 4EP3A 3WZ8A 5SZ9A 5P3DA 3SA6A 2O4NA 5P0BA 5TOLA 5I70A 2BB9A 4LAPA 5APRE 5P0GA 2Z54A 5P28A 1YTHA 5P7JA 4I0IA 3INEA 5P19A 2I4VA 3TH9A 5FIVA 3HDKA 4Y39A 4ZPFA 3D1YA 4ZEAA 2ASIA 1VIKA 5P1MA 3GGXA 3TKGA 3UDPA 1GKTA 5SY3A 1XS7D 5P1KA 5PEPA 5P80A 3VG1A 5P6VA 4X7IA 4IVTA 5P0DA 4Y5MA 1QBUA 2AOCA 5P2LA 2OHPA 4DQCA 3VLBA 3KT5A 2FMBA 5DQCA 4NPTA 5DQ1A 5I3YA 4N00A 5P2UA 3NU9A 3KF0A 4R92A 5KR0A 4EJDA 2HB3A 3PSYA 5DR7A 5P47A 4RRNA 5P0KA 2O4PA 3BGBA 5P7OA 4Y37A 4Z2ZA 1BBSA 4HDPA 5HE4A 3BXSA 4FAFA 5P0WA 1BVGA 5P6DA 3R0WA 3I25A 5P1EA 1LF4A 1DMPA 5P6CA 5P5YA 4E43A 3SFCA 1FQ8A 1MTBA 1BDLA 2AOFA 1G6LA 1QRPE 5P2EA 5P7PA 3TPRA 2UXZA 5P15A 5P4PA 5IVQA 3DJKA 5P7EA 5OZTA 2BPZA 4YBIA 4GJ8A 2G1RA 1HVHA 1OHRA 3D1ZA 5JFUA 3U71A 5P5TA 3RVIA 5P44A 4K4QA 1YX9A 4FRKA 2VIEA 3KDCA 5ENKA 1K6VA 5OYVA 2G20A 3OU4B 2G27A 2QMPA 3NLSA 5P14A 1HEFE 5P7KA 3NDUA 5P88A 1WBKA 5P1LA 2F3KA 6UPJA 1YTIA 2F3EA 2QZKA 3BUFA 3FV3A 5P38A 5P4UA 3KN0A 2H6TA 1PFZA 2I4UA 5P2RA 2V0ZC 2ZYEA 5P29A 2RKFA 1ZTZA 1T6GA 4YD6A 1EBWA 1BWBA 4K4RA 1MVPA 4OD9B 5P5VA 3ER5E 1PSAA 3URIA 3JVYA 5P6IA 5P0NA 1E82E 4MC2A 1MSNA 5P3VA 5OZIA 5P2NA 1FF0C 2XYFA 3OAGB 4LXMA 5P63A 4K4PA 2HPEA 4ZPEA 1W6HA 4FGXA 2V00A 2Q64A 1OEXA 4LXKA 2AZ9A 5P69A 4Y35A 4OBZA 5OYZA 5P62A 5P0PA 2FNTA 5P45A 3OOTA 4RCDA 5P5ZA 1APUE 5AHBA 5P1SA 5P0QA 3EXOA 3GGVA 2G1NA 2B8LA 4Y58A 4Y4JA 1FQ4A 5P3HA 1WBMA 3OQDA 5SY2A 4ZPGA 5P8AA 2FS4A 2IRZA 4HDBA 3OUCA 2A4FA 4GJ5A 4EXHA 3CYWA 1C6YA 1FIVA 3PI5A 2QNNA 3PGIA 1PROA 3T7XA 5P8JA 3PWRA 5P2JA 2HIZA 2J9JB 4CP7A 5P4VA 5OZ2A 5P23A 2IGXA 3I2LA 5P6WA 1HVJA 3VF7A 5IVSA 5P34A 5OZKA 4Y44A 1IBQA 5P2BA 1APTE 2ZJIA 2FLEA 5P20A 5P3WA 3PM4A 3L59A 3GI6A 3DV5A 5P4MA 4Y54A 3KMXA 3LNKA 5AHCA 1HPOA 3K5DA 2QD6A 2PYNA 4QJ6A 5P6SA 1MIQA 2QHYA 2F80A 4DJXA 5P3SA 5P1JA 2QZLA 5P10A 3TNEA 4Z50A 1YT9A 4RVJA 2NXMA 3TPJA 5COOA 1A8GA 5DQ4A 3RTNA 4FM6A 2WEZA 2I4WA 1K2BA 5AH8A 3SA8A 5P1IA 2QP8A 1W5VA 2I4QA 2WF2A 5P60A 2WF0A 1FQ6A 5P4NA 2QMGA 5P7FA 3QN8A 1LYWA 5P1ZA 4UPJA 5P64A 3PLLA 5DR4A 4EQ0A 3EL9A 5HDZA 5P7AA 1IVQA 1HIIA 5P4QA 3NU5A 5P33A 4JPCA 4Y5CA 2IENA 1E80E 1M43A 3K4VC 3SA9A 5DR8A 1KJ7A 5OZVA 1SMRA 1T7JA 5P7CA 5P16A 1HVSA 1HIVA 2VIYA 3T7QA 3PWMA 1QDMA 1BILA 5P7XA 4Y4AA 5P1OA 1W5WA 4Y4XA 4APRE 4Y9WA 5P7NA 2Z4OA 5P85A 3PCWA 5P4CA 5P2DA 2HM1A 4YD7A 1IZIA 4FRIA 3LIZA 5P5DA 2JYSA 2HS1A 4DJOA 2V16C 2G1SA 3VV6A 3QBHA 5P0MA 5P7TA 1N49A 1DPJA 5SXNA 5HU1A 2FDDA 3TPLA 1TCXA 4FM8A 2VNMA 3DOXA 2HS2A 1EPPE 5P8OA 5P8MA 2ZDZA 3JVWA 4Y5KA 1MT7A 5P0JA 5P76A 3VF5A 3PI0A 3QVIA 5P26A 5P40A 4Y3NA 4Q1NA 3S54A 5P2YA 3EKVA 2RSPA 4OBFA 3VSXA 3OOZA 4I0GA 1TQFA 1D4JA 1XE6A 5P0CA 5P3KA 4DFGA 5IE1A 1HXWA 2PK5A 4FAEA 5ISJA 4BFBA 4FSLA 4HVPA 5CLMA 4I0EA 2IS0A 3BHEA 4FRJA 5OZLA 5OYWA 5P2IA 1W51A 2ZJNA 2OHMA 5P35A 5BWYA 4B1DA 1AXAA 3R1GB 3CIBA 5P0AA 5P2SA 1KZKA 3EL5A 1K6PA 1A8KA 3FIVA 5P46A 1HSHA 5P2AA 1W5YA 4DQGA 4OBGA 1EBYA 2O4LA 5P6QA 5P2KA 4EQJA 4YE3A 5P7ZA 1GVUA 2PMAA 5P5IA 4B1CA 1D4LA 3DV1A 5P3QA 5P8GA 5P7QA 1AJVA 4MC9A 4Y45A 4BEKA 5EZZA 2VJ6A 5ER2E 2XFIA 3OUDA 5P8KA 1PSNA 4RVXA 3QI1A 5DQ5A 1LYBA 2Q55A 4LP9A 5OZ7A 3EKQA 5P1VA 5P4HA 3K5GA 5P4YA 3C9XA 5P4TA 4DH6A 3QRSA 3MXEA 4DJYA 5KOQA 5AH7A 2FDEA 3LIVA 3D91A 5P84A 4Y5AA 1LS5A 1HHPA 4OBDA 4R91A 1CMSA 5OYTA 1HPSA 4F76A 1ER8E 3O9FA 5P3PA 3Q6YA 4Y3SA 1SDUA 5P5OA 4EHCA 4ZSRA 2ZHRA 4B0QA 3EKPA 3OXXA 4YDGA 1SP5A 4CPSA 4J1IA 4Y3WA 3UDRA 4Y3GA 5P4AA 2AVMA 3PLDA 2O4SA 2HB4A 2VA7A 1MTRA 4QJ2A 1HTFA 1META 5P3AA 5P7MA 4GJ6A 5P7RA 1IVPA 4TRYA 3IXOA 3UF3A 3OK9A 5I3WA 5P08A 4X2LA 1B5FB 4FIVA 4XX3A 5KR8A 4RCEA 1HVCA 3AIDA 3EL0A 5P71A 2B7FA 2IQGA 2QMDA 5P4XA 3EKWA 1IZHA 5P77A 3SO9A 3BGCA 4L1AA 3OHFA 5P7YA 3TPPA 4DUSA 4YHQA 3R2FA 4A6BA 5P3TA 3OU1A 4Y5NA 5P5RA 3UDKA 5P1CA 5P49A 3LHGA 5P5GA 4RVIA 3OUDB 5P5BA 1IDAA 4D83A 4D85A 1HVRA 3TOHA 5IS4A 4AUCA 1ZPAA 5KQXA 5P4DA 4Y57A 4M8YA 2QI3A 5P58A 1HVKA 5P5PA 2FGUA 3WZ7A 3O99A 3Q5HA 1HBVA 5OZ6A 4ACXA 4MC1A 2P3CA 2VS2A 3HBOA 3OQKA 4GYEA 3O9GA 2IDWA 2H6SA 5HDUA 3NYGA 1T3RA 3EMYA 1WKRA 3GGAA 4TVGA 4LHHA 5AH9A 1FQXA 3RU1A 5OZXA 3QS1A 5P3EA 4CKUA 1UH7A 5P5MA 4Y4EA 4EXGA 3LIQA 4TRWA 1EPOE 4EWOA 4DJRA 4D8CA 5OYXA 1LF2A 5OZFA 1UPJA 2ER0E 3GI0A 4GIDA 2P3DA 4Y5BA 2NMYA 5P5XA 1HVIA 5OZUA 3G72A 4WY6A 5P56A 4I10A 5IVRA 1F7AA 3HW1A 1BDRA 2PSVA 3INFA 1KJ4A 1AJXA 1GVVA 4CPRA 2UY0A 2G69A 3B7VA 3BVBA 5ER1E 3LITA 5KQYA 1GNNA 5OZ8A 5P4IA 2OAHA 5P8TA 5P0UA 5P0IA 3SA7A 3T7PA 3CMSA 5P61A 5P2OA 3A2OA 4I0FA 1B6MA 2B8VA 5P6YA 1EPNE 1MEUA 1G2KA 1BIMA 4YD3A 3PHVA 1QBSA 2AVOA 4Y4BA 1FQ7A 3OUBA 4NJSA 5P7GA 3T11A 4CPTA 3GI4A 4J55A 2QK5A 5P42A 3OU1B 4RRSA 1K1TA 1YM4A 3KM4A 2UPJA 5P6ZA 5P2VA 3HLOA 4Y6MA 3UFNA 1HRNA 5P79A 5DGWA 2FGVA 3OWNA 4K8SA 5P3BA 2P4JA 2AOEA 4NJUA 5P09A 1EC0A 1FMXA 2RMPA 3Q3TA 4B77A 3BC4A 2ZJHA 2QI7A 2ANLA 4Y5LA 3UDNA 4L7HA 3BXRA 3SA4A 3SM1A 4LBTA 3DCRA 1TZSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH9 A;  3WSJ A;  3NU3 A;  3NUJ A;  3TOG A;  5OZP A;  1MRW A;  5AGZ A;  5P2H A;  4DQE A;  3SA5 A;  5P0O A;  1TSU A;  2QHZ A;  1HEG E;  4Y56 A;  1KJG A;  4I8Z A;  5JOD A;  4NPU A;  5OYQ A;  2WEA A;  3SM2 A;  2RKG A;  3UTL A;  3PJ6 A;  5P8R A;  3S45 A;  3ER3 E;  1RNE A;  1YG9 A;  1E5O E;  1HPX A;  1IZD A;  2QU2 A;  3QRM A;  5P0F A;  2VIJ A;  2R38 A;  5P7V A;  3MSK A;  3RSX A;  5P07 A;  3VF3 A;  3UDH A;  1MT8 A;  5ENM A;  4QJA A;  4H3F A;  2PSG A;  4J0T A;  1XL5 A;  5JG1 A;  2OHN A;  5DR1 A;  3UDQ A;  3UCB A;  3HD8 A;  2WED A;  5P3I A;  2R43 A;  4Y38 A;  4A4Q A;  4KE0 A;  4Y5E A;  3CKR A;  3GI5 A;  4U7Q A;  4ER1 E;  1GNM A;  5OZ5 A;  5P11 A;  4ZSM A;  3HVP A;  5IVT A;  4FS4 A;  5P7S A;  4Y5P A;  3PMY A;  2XYE A;  5P24 A;  5P6F A;  3FSM A;  4RRO A;  3QPJ A;  1KJF A;  2Q5K A;  5P2W A;  4MC6 A;  4QLH A;  5COK A;  1ZSR A;  2ZGA A;  5HD0 A;  3VYF A;  5P0H A;  3S43 B;  4I0Z A;  1HVL A;  4YD5 A;  1DW6 C;  5P1P A;  4TVH A;  1W50 A;  3NSH A;  4B00 A;  4ZE6 A;  5KQF A;  5KQZ A;  3LPK A;  4Y3R A;  5ISK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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