5OZDA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 24
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozdA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozdA01
5P1KA 1YTJA 4J1FA 2F81A 1D4IA 4LC7A 1TCXA 3B7VA 5P8GA 5DGUA 1HVCA 5OZLA 1ODXA 5AH6A 3LHGA 1LYWA 5CLMA 5HU1A 3CIBA 3ZKNA 1FB7A 1MTRA 3WB4A 5KR1A 4FL8A 5P2BA 4APRE 4EJ8A 1LYAB 3CICA 4DQBA 2HC0A 2G26A 1D4HA 3KM4A 5P3XA 4F75A 2FXDA 3A2OA 3RTNA 2PYMA 5P40A 2APRA 5P46A 5AH9A 1DPJA 4Y3PA 1AIDA 4YA8A 5P5FA 2PH8A 5P6TA 3KDBA 3L5DA 3OQFA 1BVEA 2ZHRA 4FM8A 1MTBA 2XYFA 3EL9A 1MT8A 4Y57A 1A8KA 1UH8A 5P80A 3TTPA 3QI1A 5OZZA 5I3YA 2JYSA 4XKXA 4EJKA 2B8LA 2AQUA 1W5YA 2WL0A 1EAGA 1EBZA 3FX5A 5P4QA 4FRIA 1FMUA 5KR2A 2VJ7A 3PSGA 3TPJA 2VIEA 1HTGA 3HAUA 2QI1A 5AHCA 5P68A 2BPVA 5P7RA 3PJ6A 1F34A 1E5OE 3LZVA 5SY3A 1CMSA 2PK6A 5P5YA 5BRYA 5P4ZA 5P73A 2CENA 4WY6A 2RKGA 5P5SA 5P8PA 3RSXA 3JVYA 3KA2A 5P01A 5OZGA 4FIVA 2QMPA 4JPCA 4ZE6A 1LYBA 2NXMA 5P57A 1ZBGA 1DW6C 1QRPE 2ER6E 2IKUA 4B05A 4L1AA 3PEPA 1YTHA 2OHNA 5P3MA 3D20A 5ENKA 4EXGA 3OADA 1UH9A 5P1JA 5KQYA 5OZYA 2FGUA 2B60A 3L59A 1A9MA 2VJ9A 1D4JA 1AM5A 3CMSA 3DK1A 1ZPKA 2R43A 3G6ZA 4YOAA 2QCIA 3VF7A 3K5GA 3GGAA 3O9AA 5DQCA 5P0MA 4MC2A 3SQFA 5P49A 5P5EA 3OQ7A 5P0KA 5HVPA 5P5IA 4Y5MA 4I0HA 7UPJA 4HLAA 5P3AA 4GJ8A 3UDNA 4D88A 2AOGA 4Y4ZA 2ZJKA 3NLSA 8HVPA 4RCEA 5P6NA 1HVIA 5P63A 4DPIA 5P33A 3KF0A 5P4CA 3UDRA 5P3UA 5P87A 4U7QA 5P5QA 3SKGA 4I0IA 1Z1RA 3UQUA 3QP0A 3ZKXA 3INDA 5P0GA 1W6HA 1M43A 4FSEA 4GJ7A 1BIMA 5P2QA 5P4WA 1HBVA 2A1EA 1BV7A 1YTIA 3OUDA 5P77A 4Y3EA 2AZCA 3PWRA 5P4EA 3DOXA 2QI7A 3NDWA 5P1NA 4OBHA 5OZ7A 5P36A 5P51A 5JG1A 4F76A 2R38A 1SIVA 5OYQA 3MWSA 1HRNA 2FDDA 2UPJA 1Z1HA 5P5JA 5P13A 1M0BA 4Y3QA 4AA8A 4FM6A 3GW5A 2NPHA 1YTGA 5IVTA 3K5FA 4Y36A 4AZYA 1SMEA 2P3BB 2R3WA 1J71A 5F01A 1ZSFA 4ZSPA 4TVHA 1EC1A 4LHHA 5DR1A 2I4WA 3ZKSA 1SP5A 4Q1WA 1LF3A 5COKA 4ZPGA 5P3DA 5P7FA 2V13A 2G1RA 4TRYA 3HVPA 4R93A 5P29A 5P6VA 4EPJA 2F3EA 4Y3HA 5P31A 5OZ5A 4RVXA 1ODWA 5P7QA 5P02A 5P3YA 1XE5A 4NJSA 4GB2A 3MSKA 4Z2ZA 1C70A 3SA9A 5OZBA 1RQ9A 2FXEA 5P0TA 1KZKA 3OU1A 1EPME 3SM1A 1APUE 3LIQA 3I6OA 5P5PA 2A4FA 2IENA 2ZJMA 4QJ9A 1BWAA 5P0SA 2QI4A 1HIIA 4OBZA 2NMZA 5P4GA 3OOZA 1K6TA 3PCWA 3KDCA 5P6UA 3EMYA 3PI0A 4JP9A 2F3FA 3EKWA 5P7XA 5P84A 3SACA 3TOGA 3EM6A 5P8BA 1HSGA 4M8XA 4BFDA 4COEA 2I4UA 1IDAA 4YOBA 3I25A 5P5AA 2Q54A 2I4VA 3K5CA 3FNTA 1WKRA 4Z4XA 2H6TA 5P4IA 3INFA 4GJ6A 5P6GA 1A30A 5OZHA 3KT2A 5P1TA 2BKSA 4LXAA 2P4JA 4TRZA 4GJCA 5P2AA 1OEWA 1TSQA 1A94A 1LYWB 1XN2A 2IQGA 5TOLA 3BGCA 1SIPA 3UQRA 5OZTA 5ER1E 5I3XA 3BUHA 1K6VA 5P6LA 1PFZA 2ASIA 5P6EA 5P5ZA 2QP8A 3EKYA 2J9JA 4BELA 4XX3A 4ER4E 4JOOA 2XFIA 1KJFA 2HB4A 5HDZA 1HVHA 1Q9PA 4Y3YA 5P59A 4DJXA 3PBDA 2FLEA 5P6FA 5BS4A 3QIHA 4B1DA 1E82E 5P1ZA 3QRSA 2FS4A 2VJ6A 1KJGA 1XS7D 3LITA 4Y44A 3UPJA 1LS5A 2I0AA 2NNKA 3KDDA 5OZVA 5P1DA 4Y5CA 2V11C 1T7IA 2G24A 5COOA 3OUCA 2NXDA 3UTLA 3R0WA 2IRZA 5P0YA 3NR6A 2AVQA 5P0AA 1YT9A 1XL2A 2H6SA 2WECA 5P0XA 3DCRA 4ZSMA 4CPSA 4YCKA 3QBHA 3L38A 5P8FA 2G1NA 4GYEA 2VIZA 3OQAA 1OD1A 1NSOA 4RRSA 4B00A 2BBBA 2G1SA 1EC0A 4J1EA 3OQDA 2IGXA 3INEA 3LNKA 3GI5A 1LYBB 2QHZA 3UFLA 4LAPA 4APEA 2OHPA 3O99A 1D4YA 5P4JA 4S1GA 4GJ9A 5P4OA 1IVPA 2UY0A 3WZ6A 2HAHA 1SBGA 5P0RA 5ER2E 1UPJA 2OHMA 4Y38A 3PMUA 4QLHA 3MSLA 3R4BA 3OADB 4HA5A 4X7IA 1GKTA 4Y3JA 4AA9A 4I1CA 1HPVA 5P3HA 5P32A 4DJWA 5HE4A 1FQ7A 3LPJA 1ZAPA 3CYXA 4ZPEA 1APTE 3TL9A 5B18A 5OZKA 5P07A 2Q15A 3HD8A 3OTSA 5PEPA 4I11A 1GNOA 2XFJA 5JFUA 3NWXA 2OHLA 1B11A 5BWYA 1T7JA 5P5TA 3BUFA 5P71A 5P3WA 5SY2A 3S53A 1BWBA 4GJAA 3GI4A 3L5EA 1T6GA 4LXMA 4K4RA 5P1UA 9HVPA 3HW1A 5P3OA 1WBKA 5P6SA 4RVJA 3NUOA 4PPHA 4Y48A 5P4RA 2QZKA 1HVJA 5OZDA 4BEKA 4OBKA 4AUCA 4WY1A 4K4PA 3OUBA 3OUDB 3I8WA 3GGUA 3H0BA 5P0HA 3K4VC 2G69A 4YBIA 1FIVA 3PSUA 5F00A 3CKPA 3VV6A 1SDVA 3HVGA 5P4LA 4Y4JA 1SMRA 3AUPA 3UHLA 4Y47A 2BJUA 5P37A 3KFNA 3ZKQA 5P54A 5P6JA 3NU4A 2AOHA 4NJVA 3OY4A 3VYFA 5P86A 2PWRA 5OYVA 5P7DA 2R8NA 2AOIA 2ZJJA 4ACUA 2R5PA 4YCTA 2UXZA 4QJ2A 3G72A 3VSWA 3QVCA 4DJPA 3DCKA 3EBZA 3DUYA 3Q5HA 5P0BA 4RCDA 2ZHVA 3BXRA 4I12A 4FCOA 3UQWA 1HHPA 3KMXA 2MIPA 1HIHA 1RV7A 3QRMA 5P20A 5P43A 1PSAA 1ZSRA 5OZUA 1K1TA 5P4HA 3EL0A 3KFSA 5P8RA 1W5WA 4J54A 2B7ZA 2RSPA 2PC0A 1PPKE 4YDGA 2HPEA 4RZ1A 3KFPA 1HEFE 3OAGA 3GGVA 4R8YA 3EL4A 5P2LA 5HE7A 2FNTA 5OZRA 2AODA 3OOTA 2BPWA 1EC3A 3UDKA 5P60A 5P4NA 3S7LA 4DH6A 3QPJA 3OU1B 2WJOA 3TOHA 2WEDA 1K6PA 3SAAA 2R3TA 4ZPFA 4Y56A 4Y37A 1VIKA 4H3FA 4Q5MA 4J0PA 5DPZA 1IZEA 1K2CA 5P1BA 4RGHA 4OBZB 5HTZA 1C6XA 3N4LA 5DR3A 2WF1A 3EC0A 1MIQA 1HWRA 3UQXA 5P2EA 2FIVA 5P3SA 2G1YA 2P8HA 1FQ8A 5P6XA 1FG8C 4I0FA 3VLBA 5P08A 5P8OA 5P28A 5KR8A 1XDHA 5P8AA 5P5GA 4B0QA 1NH0A 2IDWA 4MC9A 1APVE 1HPOA 3Q3TA 5P3ZA 4DUSA 5OZCA 1G2KA 3T3CA 2V12C 3WB5A 2AVSA 5P5MA 3EKTA 5P8SA 5P26A 3EM4A 5P82A 3NSHA 4L7JA 4A6BA 4DV9A 3FNSA 2J9JB 2OHKA 2OHRA 1SDTA 5P85A 2VS2A 4I0GA 3IGBA 4YHQA 5P6DA 2CEMA 2QI5A 1FQXA 1GVWA 3QBFA 5OZ0A 2QZXA 1EPNE 2FDEA 2AVOA 5OZXA 3IN3A 1B6LA 3L5FA 5P5NA 5OZPA 4QJ6A 5P24A 2J9KA 4Y5NA 5P1XA 2QNPA 5OZ4A 1FGCC 6APRE 2Q55A 1B5FA 4Y3GA 1IIQA 5P7HA 1IZIA 1HOSA 5P8LA 5P4KA 4JPEA 2B7FA 5T4SA 4RCFA 5P3GA 3TLHA 5P4VA 5P0PA 5DQ1A 2V00A 1HTFA 5P8HA 4OC6A 4RYGA 2WF4A 2PQZA 5P64A 5P7YA 2AZ9A 1BXQA 4DQEA 5P3BA 2I0DA 2AIDA 2ER0E 3VFAA 4Y3FA 4ZEAA 4Y4UA 3PRSA 3UDJA 3TKGA 4J17A 5P2IA 3JVWA 5P0QA 2V0ZC 5P48A 5DR7A 4Y5BA 4OBGA 5P5XA 1BBSA 3OU3A 3JW2A 3FKTA 2WF3A 3DM6A 3EKQA 4Y9WA 3SA6A 5IVSA 5P88A 4HDBA 1W51A 3SA7A 3PM4A 4GJ5A 3R0YA 4R95A 3EXOA 2OF0A 5P7CA 3FIVA 1YM4A 1FEJC 3GGXA 1APWE 1E81E 4B78A 5AH7A 5P58A 2QAKA 4PZXA 5OYRA 5P7UA 4DVFA 4Y3LA 4OD9B 3UDPA 3I2LA 3H5BA 4JECA 2HS2A 3TKWA 3URJA 4Y4WA 5P6MA 4YD3A 3O9CA 5P89A 2I4DA 3EL1A 5P5KA 3BXSA 5P4DA 5P7EA 5P7KA 2XFKA 5P38A 5I3VA 4ZIPA 5P7GA 1MSMA 5P03A 5P67A 4EP3A 1B6PA 5J25A 2WHHA 1KJHA 1HVKA 5OYUA 1IVQA 4CPWA 3O9DA 4DJRA 1B6MA 5AGZA 5OZ1A 1LEEA 5P1LA 5P75A 2CEJA 2B8VA 2BPZA 4LP9A 3PWMA 5APRE 5P39A 1N49A 1D4LA 4R91A 1TQFA 4YD6A 3O9IA 4KE1A 5OYXA 1K2BA 5P3IA 3PI5A 4EQ0A 2G1OA 3S43A 3UDMA 4DJYA 5P5BA 5P3NA 4QGIA 5IS4A 3LIZA 3APPA 6FIVA 5P6AA 4Y5EA 3OU4B 4FRJA 2PSGA 4QJ8A 3D3TA 3PBZA 1FG6C 1BILA 1YX9A 3RVIA 2QI0A 4Q1NA 1KJ7A 5P23A 5CONA 5JODA 5P19A 3LINA 4XX4A 3D91A 3SA4A 2EWYA 3FNUA 3SA8A 4KB9A 5P8TA 2QHCA 1W6IA 5P0VA 5P1OA 5P7PA 4CKUA 4WTUA 1MSNA 5OZ9A 3NDXA 1BDLA 2O4SA 5KR0A 3SFCA 5OZ8A 3T6IA 2WF2A 5JFPA 5P0IA 1NPWA 3HAWA 3L58A 3ECGA 5P3LA 4EWOA 3OAGB 3K4VA 2V16C 3NU3A 4Y6MA 2G94A 2QU3A 3KT5A 3ZKGA 4EHCA 5P00A 2P3DA 3L3AA 3URLA 4X2LA 1F7AA 3VYDA 4IVTA 1QDMA 2IS0A 4EP2A 4L7GA 4GJDA 5P16A 3RU1A 1HSIA 1DMPA 5KQXA 1XN3A 3RSVA 2G27A 3CKTA 3UCBA 4GZFA 4Y4GA 7HVPA 1BDQA 2ZJNA 5OZWA 3MXDA 5P2VA 3S45A 5OZQA 1IZHA 3VV7A 5P14A 2BQVA 3OTYA 2QZLA 1W5XA 5EZXA 3SA3A 3IXKA 3VF3A 4Y4TA 5P8KA 4FE6A 1K6CA 2QNNA 3AIDA 1EPPE 4Y5PA 4EJDA 4NPTA 1K1UA 5P6YA 1TW7A 4D8CA 1A8GA 1EPLE 2ZYEA 4PYVA 5OYWA 5DGWA 3T11A 3BRAA 1QBSA 2FNSA 3DV5A 4DJVA 3FV3A 5P47A 1M4HA 2G20A 4Y3RA 2ER7E 4KE0A 3WSJA 4D89A 5P22A 5P1CA 3ZMGA 4M8YA 2WEBA 4L1AB 5HDUA 5I70A 5ENMA 5P1YA 5P83A 4YE3A 3EKXA 5P0WA 2WEAA 4E43A 1D4KA 3PLLA 4CPQA 5P8NA 3OXVA 5P27A 1EBYA 1FMBA 2QD7A 2ZHUA 5P56A 3UDHA 3R1GB 3LPKA 2R5QA 3O9EA 1GVUA 5P79A 2QNQA 2HB2A 3F9QA 4Y54A 2VNMA 2JJIA 4J1CA 1AVFA 2P3BA 5P61A 3OQKA 2PWCA 4A4QA 5P2MA 4HEGA 2G22A 1EEDP 3U7SA 1ZP8A 3KN0A 5C9DA 3OGPA 3ZOVA 3QN8A 3VF5A 1LF4A 4Y4EA 4NPUA 1B5FB 3BVBA 4Y4BA 3TNEA 1MEUA 5P3JA 3T7XA 4YBFA 4Y35A 2Q5KA 4Y3TA 2AOEA 5P2WA 5ISJA 4HZTA 2NTRA 1HVSA 1EPQE 3ST5A 4PHVA 5P8VA 4RYCA 1EPOE 5P3VA 2VNNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1K A;  1YTJ A;  4J1F A;  2F81 A;  1D4I A;  4LC7 A;  1TCX A;  3B7V A;  5P8G A;  5DGU A;  1HVC A;  5OZL A;  1ODX A;  5AH6 A;  3LHG A;  1LYW A;  5CLM A;  5HU1 A;  3CIB A;  3ZKN A;  1FB7 A;  1MTR A;  3WB4 A;  5KR1 A;  4FL8 A;  5P2B A;  4APR E;  4EJ8 A;  1LYA B;  3CIC A;  4DQB A;  2HC0 A;  2G26 A;  1D4H A;  3KM4 A;  5P3X A;  4F75 A;  2FXD A;  3A2O A;  3RTN A;  2PYM A;  5P40 A;  2APR A;  5P46 A;  5AH9 A;  1DPJ A;  4Y3P A;  1AID A;  4YA8 A;  5P5F A;  2PH8 A;  5P6T A;  3KDB A;  3L5D A;  3OQF A;  1BVE A;  2ZHR A;  4FM8 A;  1MTB A;  2XYF A;  3EL9 A;  1MT8 A;  4Y57 A;  1A8K A;  1UH8 A;  5P80 A;  3TTP A;  3QI1 A;  5OZZ A;  5I3Y A;  2JYS A;  4XKX A;  4EJK A;  2B8L A;  2AQU A;  1W5Y A;  2WL0 A;  1EAG A;  1EBZ A;  3FX5 A;  5P4Q A;  4FRI A;  1FMU A;  5KR2 A;  2VJ7 A;  3PSG A;  3TPJ A;  2VIE A;  1HTG A;  3HAU A;  2QI1 A;  5AHC A;  5P68 A;  2BPV A;  5P7R A;  3PJ6 A;  1F34 A;  1E5O E;  3LZV A;  5SY3 A;  1CMS A;  2PK6 A;  5P5Y A;  5BRY A;  5P4Z A;  5P73 A;  2CEN A;  4WY6 A;  2RKG A;  5P5S A;  5P8P A;  3RSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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