5OZFA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 26
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozfA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozfA01
3D1ZA 5P6XA 3PCZA 2Q55A 4HZTA 4LHHA 4Y47A 3KN0A 5OZPA 5KOQA 1HVSA 2JJIA 4Q5MA 5P18A 5P7OA 1RQ9A 4Q1WA 4AUCA 3UDKA 3EKVA 3EKXA 4WY1A 5DR3A 4QLHA 3PWWA 1HVJA 3SM2A 1C70A 5ENMA 3SACA 3BUFA 3BGBA 3QRMA 4J0ZA 4Y4BA 5P40A 5HU1A 2IL2A 4Q1XA 5OZ0A 3VSWA 5P8TA 1BDQA 2OAHA 1HVCA 4J1IA 1UH9A 1HIIA 9HVPA 5P54A 2IS0A 1A30A 3PWRA 3RSXA 4RYCA 1DW6C 4I0GA 1SMEA 5P56A 4TRZA 1B6LA 5P01A 3DK1A 3OAGB 7UPJA 5P8DA 2JXRA 3ZPUA 1AAQA 5P0OA 4OBKA 1UH8A 4EXHA 2V16C 1EBZA 3L59A 5P5IA 1MSNA 3OXVA 1SGUA 3SA4A 3FX5A 3S54A 2O40A 3EMYA 3BXRA 1RPIA 5P12A 3QN8A 1PSAA 4GJAA 5P48A 1FGCC 1FQ8A 5OZ9A 1MT8A 1K2CA 4DFGA 5DGWA 5P44A 5IVQA 3WB5A 3EL0A 5P4ZA 2OHMA 2QD6A 5P0TA 1EEDP 2G1OA 3DJKA 3VLBA 5ENKA 3TPLA 3OQKA 3NDUA 2QMGA 1GKTA 5P62A 4OBFA 3K5FA 5P0KA 5P5BA 4UPJA 5P0LA 3GI4A 5P6OA 4GIDA 2HPFA 3UDRA 4WTUA 2QNPA 1MTBA 1G2KA 3S53A 5CLMA 4YCKA 3DV5A 2QI7A 1FG8C 3ZPSA 2ZHTA 2V12C 5P1PA 3O9HA 3NU6A 3IVIA 4H3GA 4I0DA 5HU0A 4PYVA 5P6SA 3NSHA 2VA7A 5P2IA 3CKPA 5P8SA 3SPKA 3TKWA 2G27A 3VV7A 2B7FA 2ZJHA 5KQYA 2BPXA 3NU5A 2PQZA 5AHBA 2I4UA 3JW2A 3FNSA 1LYBA 3OUCA 3L38A 4DJRA 2FNSA 1MRXA 2WEZA 1APVE 2OHTA 4Y5KA 2AVSA 3OXCA 4B1CA 4COEA 5C9DA 4AA9A 2HC0A 1MT7A 4DI2A 4JP9A 1GVVA 4RLDA 2QZWA 2ASIA 4RYGA 5P11A 3TLHA 5P0QA 3F9QA 5P7KA 4BFBA 4Y3JA 2J9JA 5P5GA 5P75A 5P0UA 1A9MA 4Y3AA 5OZ3A 3GGUA 5P0CA 2P3BA 2PMAA 1MPPA 3O9LA 2AOEA 5P0FA 4I0HA 1BVEA 3D20A 2BPWA 2HB3A 4HA5A 4K4PA 3OWNA 4XXSA 5P65A 4Y3MA 4RVIA 3ER5E 2OHLA 4H3JA 3L5FA 5FIVA 3ZKGA 1FMUA 4J1KA 2B8LA 3CKRA 3KF0A 3KDDA 5HCOA 3EKWA 3TOHA 3VV8A 3U71A 5KR0A 5AGZA 5P5NA 3BRAA 3S56A 1MTRA 4R5NA 5E5KA 5P7JA 4ACXA 4Y3DA 3GI0A 3UQWA 4J54A 8HVPA 3OHHA 4QGIA 5P13A 5P7CA 4Y3YA 2WEDA 3UDJA 3EM3A 5P1MA 1HTEA 5P1RA 3VF3A 3SO9A 5DR1A 1HBVA 3R0WA 4GB2A 5P76A 3BVAA 4L6BA 2QHYA 4Y3GA 4LBTA 5P3GA 2Q63A 3OGPA 4ER1E 4L1AA 5P32A 3APPA 1MT9A 3IN3A 3PSYA 3OUDA 1META 5P52A 1BIMA 4I11A 5OZYA 5P4CA 1W5WA 2P4JA 3OU1B 5KR1A 4GJ7A 1KJHA 5JFUA 5ISJA 3NUJA 4DJWA 2VIEA 1LF3A 5P8KA 4MC9A 3ZPTA 5P8EA 5P4QA 5P2ZA 2HS2A 1ZPKA 1NSOA 2Q54A 1BVGA 3UDHA 4QJ8A 5P79A 2ZHUA 3INDA 4LXKA 5P1NA 3A2OA 3EL4A 4JECA 1TQFA 1FF0C 2FLEA 3VYDA 3GW5A 5DGUA 2WF0A 2QU2A 4EJLA 2HB4A 2RKGA 3TOGA 2QMFA 3QVCA 4XX3A 1TSQA 2ZHRA 3IXOA 3BC4A 3VSXA 3I25A 3OU4A 5P6QA 4YOBA 4Y48A 5OZXA 4CPQA 1VIKA 4Y4TA 5HCTA 1SGZA 3LZUA 4IVSA 4RRNA 3T7PA 4Y35A 4FIVA 2ZYEA 4CMSA 1NPAA 3EM6A 4Y4UA 5P2UA 5T4SA 1HSHA 5AH7A 3PI5A 5P2WA 2G69A 3MXEA 5P4DA 3NXNA 5P4FA 3KFSA 5P3OA 4TRWA 5P7UA 5SY3A 2B60A 1LYBB 5ER2E 5P4VA 2WF4A 3NDTA 3EL9A 5OZ4A 3VF7A 3BHEA 2RMPA 3BXSA 4ZSRA 4CPTA 5OZAA 4PZWA 5OZBA 5P3CA 5P5MA 1EPPE 1Q9PA 5OZLA 5P66A 4LXMA 4YE3A 2R9BA 5P3QA 1HPSA 4OD9A 4TVHA 2J9JB 3UHLA 1ZBGA 1A8GA 2QZLA 2XFIA 1GNNA 1RV7A 3JVYA 4MC6A 1APWE 2R43A 2FNTA 3D1XA 4FRSA 1D4YA 3KFNA 2G1SA 5P73A 4CPSA 3ZLQA 3L5CA 5APRE 3RTMA 1PPLE 4TRYA 3L3AA 5P4BA 5OZ6A 5OZTA 4RZ1A 5P1SA 4I0JA 4FSLA 3EKTA 4FL8A 1A94A 2V0ZC 2ER7E 5P06A 5P5RA 1QS8A 4DQHA 3OAGA 5P23A 1G0VA 1C6YA 5EZXA 1XE6A 3OTYA 1AIDA 3IAWA 1IZDA 3AUPA 1UH7A 3PBDA 3U6AA 5OYWA 5P1QA 1W51A 5P7FA 1ZLFA 4FSEA 5P8NA 2ZJKA 2PSGA 3GGVA 1HOSA 1WKRA 5P07A 5P88A 3VYEA 5DQ1A 1EBWA 2ZJLA 1BV9A 5P1BA 5P0VA 5AH6A 4B70A 5P8OA 1HVHA 2QCIA 6UPJA 2F3FA 5P4AA 2Q64A 2QMPA 5P0XA 2BKSA 5P0IA 5P2DA 3TL9A 4Y41A 5DQ5A 3IA9A 5P1GA 2I0AA 1FQ4A 5P19A 1EBKC 3EKQA 1BDLA 2OHPA 5P53A 5P5SA 1B6PA 1BBSA 1FQ5A 2WHHA 3S7MA 5HDVA 3NU4A 3S8IA 2AOFA 3OTSA 2I4WA 2QI0A 5P84A 2I0DA 4YCYA 1HSGA 4J5JA 1FG6C 1MESA 2V10C 3OQDA 5KQZA 3ECGA 5P0MA 4Q1YA 3SA5A 5P1ZA 5P5UA 1T7IA 1BWBA 3Q3TA 2CEMA 1ZTZA 4R93A 1PFZA 2G20A 1DIFA 3VLAA 5I3YA 2G1YA 3QIHA 5P67A 1QBSA 3ZL7A 2NXMA 2FXDA 4JOOA 3LITA 5P7QA 2A4FA 5OYYA 1ODWA 1Z1RA 2BKTA 5P3VA 5P7NA 4DQCA 2IEOA 4OC6A 2WF1A 4I0ZA 5B18A 4ZE6A 3QS1A 4EJ8A 1FKNA 5P7MA 1LYWA 5P10A 3OOZA 1E5OE 1ZSFA 2P3AA 5P2AA 5OZSA 2WKZA 4D88A 4QJ2A 5IVRA 5P82A 5IVSA 1E82E 5OZ8A 5E5JA 5P46A 3ER3E 1K6CA 5P1FA 3UF3A 3UFNA 4M8XA 5DR7A 1W5YA 2WEAA 5P7SA 4NJUA 3LIXA 5P0YA 4YCTA 3WSJA 3N3IA 2G24A 2QI1A 5I3XA 3HVGA 5P1YA 3KT2A 2ZDZA 3SA3A 4GJ6A 4EXGA 2VJ6A 1IBQA 4Y3WA 4OD9B 5OZGA 5I70A 5P50A 5P70A 4RVJA 4B77A 4Y3HA 3SM1A 3T7QA 4F74A 1N49A 3LPKA 5P1TA 5P5YA 5P64A 3KDCA 5OZ1A 4DH6A 1MEUA 2AZ8A 5P8HA 4U7VA 5P68A 3ZKSA 4DVFA 1FLHA 1GVTA 5P4RA 2RENA 5BWYA 4B00A 4QJ7A 4Y57A 4QJ9A 3EL5A 5KQXA 1MUIA 4Y44A 4Y9WA 5OZ2A 3S43B 2NR6A 3PM4A 4J55A 5P4MA 3N4LA 5P5VA 4YD3A 5P6TA 5P5QA 4BEKA 4ZPEA 3I6OA 5P1CA 5P42A 4LP9A 1BXOA 3NWQA 3QBHA 4B1EA 2J9KA 4XKXA 3AIDA 3TNEA 4FLGA 1ODXA 1T3RA 2WJOA 4CPWA 2NPHA 7HVPA 5P5LA 1YX9A 1G35A 1YM2A 5P22A 3OU1A 3ZOVA 3PLLA 3KDBA 4Y54A 1QRPE 2IKUA 3O9AA 3INHA 1T6EX 1TZSA 2PK5A 1LS5A 1Z8CA 3U7SA 1DPJA 3CYXA 1FFFC 3K5CA 5P5AA 5SZ9A 3FV3A 5P55A 1A8KA 5P7DA 5P7GA 2Z4OA 4A6BA 3CIDA 5P2OA 3LZYA 2G21A 5P2HA 4Y36A 5I3WA 1YT9A 2O4LA 4B78A 4Y5NA 1IIQA 1KJFA 1Z1HA 5P4LA 3K5GA 3PI0A 1M0BA 1SIVA 1EC2A 1B11A 4BELA 5COOA 4PPHA 2IGXA 5P1KA 3OGQA 1HTGA 3SA8A 2PYMA 2VKMA 4WY6A 3DUYA 2AZBA 5P8IA 2APRA 1APUE 4Y50A 1FIVA 2PK6A 2OHNA 1RNEA 5KQFA 1D4HA 5P6WA 4HDFA 1BWAA 3DOXA 5OZWA 5KOSA 1SDVA 4A6CA 4Y5AA 1IZEA 2RKFA 1CZIE 5P08A 4OC6B 2FDPA 1YTHA 1ZPAA 3R4BA 3IXKA 4LC7A 2PSVA 1LF2A 1PROA 4Y3XA 5P2EA 5P8UA 5P6DA 1LYWB 2Q5KA 2Q3KA 5DQ4A 5P17A 3SLZA 4F75A 2QI6A 3OQ7A 5HDUA 3PEPA 1HPVA 5P83A 4DQEA 4GJ9A 5P5EA 2BB9A 2AODA 4R95A 3R1GB 1K6VA 2ER9E 1IZIA 4Z22A 3L58A 1VIJA 3O9GA 2OHQA 3O9EA 3D91A 1ZP8A 2VIJA 4DJVA 2ZHSA 5P60A 3PMUA 5P5HA 2IDWA 2VJ9A 5P3DA 4YDGA 5P6KA 5EZZA 5P04A 3IGBA 5P2TA 3SA9A 5OYTA 3UDYA 5P37A 5ISKA 4EP2A 2QK5A 3KFRA 3APRE 4B72A 3K4VA 2PH6A 1E81E 3CIBA 4LL3A 2R5PA 2I1AA 1EAGA 4OBZB 4N00A 5P5KA 5HD0A 4YD4A 4Y4EA 2ZJMA 5P02A 3SFCA 2QD8A 2P3DA 2FIVA 4OBGA 1HIVA 4FM7A 5P5ZA 5P8AA 4Y3ZA 3EXOA 3DV1A 2B7ZA 2NMZA 5DR8A 2R5QA 4PEPA 1HTFA 3NYGA 4RVXA 4EJDA 2HAHA 2HB2A 2B8VA 3KA2A 4FE6A 4EYRA 3TPJA 4CPXA 5P4NA 5P58A 4CPUA 1HVIA 5P8VA 3UDQA 4X7IA 2VNNA 1W6HA 1IVQA 5P4KA 3D1YA 3TPPA 5P81A 1BILA 5P5FA 3O9IA 3QRSA 1TCWA 4Y3PA 1HXBA 1MIQA 1T7KA 4ZSMA 5C9FA 2IGYA 4GJ5A 3FKTA 3PGIA 5P2JA 1FQ6A 4H3IA 4J17A 2AVOA 4I0EA 5P80A 4J0PA 4FRJA 1DMPA 5OZRA 1EC3A 3LIQA 1F7AA 5P30A 4K9HA 1FMXA 4YOAA 2V13A 5DR4A 1C6XA 1PSOE 5P4UA 1K2BA 4GYEA 1DP5A 2VIZA 3URIA 2P83A 5P7WA 4PHVA 5P3TA 3SAAA 2WF3A 5P0ZA 5IE1A 3VFAA 5P33A 3QPJA 2BQVA 5P2MA 1HIHA 3QP0A 4FAFA 5OZKA 5P3WA 5P6FA 2AZ9A 3QRVA 5P51A 5P2RA 5P28A 5P1XA 5P0WA 5P1DA 3UPJA 3LINA 2HIZA 2QP8A 3PLDA 5P3IA 1QBUA 5SXNA 1XN3A 3R0YA 5P57A 2IRZA 5OYQA 5OYSA 1HWRA 3OQFA 5P3EA 5P6UA 3Q6YA 1FQXA 1SIPA 2OHUA 3LZVA 2VIYA 1K1TA 1T7JA 5P0HA 4EQJA 1TW7A 4H1EA 4Y5LA 3NLSA 4L7HA 1APTE 4R8YA 2V00A 3NWXA 1FFIC 5P7TA 1HEGE 1EPNE 4LAPA 1SDUA 5P41A 4Y3SA 3O9FA 5AHAA 3G70A 3OK9A 1GVWA 1EBYA 1W5VA 2BJUA 2FDDA 3OY4A 5DQCA 5OZDA 4OBHA 3HAUA 4RCEA 4KE1A 1SBGA 3G72A 2BPVA 5KR8A 3ZKNA 1KJ4A 2AQUA 1G6LA 4Y38A 1EPRE 1XN2A 4S1GA 5JODA 2O4KA 2PWRA 2XFJA 5P7VA 3RTNA 2P3CA 3S43A 3B7VA 4YD6A 4I0FA 1GVUA 2O4NA 5P4GA 4F73A 3Q4BA 5P3JA 4HE9A 3UQPA 5OZCA 3M9FA 4HDPA 2Z54A 4RCFA 3KYRA 2WECA 2QI5A 4EJKA 2XFKA 3URLA 2F80A 3ZKMA 5P7YA 5P25A 5P3FA 5COKA 5P03A 4FCOA 3OU3A 5P0DA 2VNMA 2QHZA 5P8QA 4AMTA 5P6LA 3JVWA 3L5BA 3H5BA 5P4IA 3O9CA 4DJPA 3GGAA 5P77A 5OZNA 3VCMA 4QJ6A 3LPIA 2QHCA 4Y56A 1SMRA 3FIVA 5P7PA 3UFLA 5OZIA 5P7BA 3RU1A 5KAOA 3RTHA 3SA7A 2PSUA 2ZGAA 1HVLA 5HDZA 3HVPA 1W50A 1D4JA 4BFDA 5ER1E 4EPJA 1EPOE 4Z2ZA 4ER2E 5P6HA 3S85A 4E43A 1OD1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D1Z A;  5P6X A;  3PCZ A;  2Q55 A;  4HZT A;  4LHH A;  4Y47 A;  3KN0 A;  5OZP A;  5KOQ A;  1HVS A;  2JJI A;  4Q5M A;  5P18 A;  5P7O A;  1RQ9 A;  4Q1W A;  4AUC A;  3UDK A;  3EKV A;  3EKX A;  4WY1 A;  5DR3 A;  4QLH A;  3PWW A;  1HVJ A;  3SM2 A;  1C70 A;  5ENM A;  3SAC A;  3BUF A;  3BGB A;  3QRM A;  4J0Z A;  4Y4B A;  5P40 A;  5HU1 A;  2IL2 A;  4Q1X A;  5OZ0 A;  3VSW A;  5P8T A;  1BDQ A;  2OAH A;  1HVC A;  4J1I A;  1UH9 A;  1HII A;  9HVP A;  5P54 A;  2IS0 A;  1A30 A;  3PWR A;  3RSX A;  4RYC A;  1DW6 C;  4I0G A;  1SME A;  5P56 A;  4TRZ A;  1B6L A;  5P01 A;  3DK1 A;  3OAG B;  7UPJ A;  5P8D A;  2JXR A;  3ZPU A;  1AAQ A;  5P0O A;  4OBK A;  1UH8 A;  4EXH A;  2V16 C;  1EBZ A;  3L59 A;  5P5I A;  1MSN A;  3OXV A;  1SGU A;  3SA4 A;  3FX5 A;  3S54 A;  2O40 A;  3EMY A;  3BXR A;  1RPI A;  5P12 A;  3QN8 A;  1PSA A;  4GJA A;  5P48 A;  1FGC C;  1FQ8 A;  5OZ9 A;  1MT8 A;  1K2C A;  4DFG A;  5DGW A;  5P44 A;  5IVQ A;  3WB5 A;  3EL0 A;  5P4Z A;  2OHM A;  2QD6 A;  5P0T A;  1EED P;  2G1O A;  3DJK A;  3VLB A;  5ENK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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