5OZFA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 26
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozfA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozfA01
5AGZA 3PWWA 5P52A 1TW7A 1M43A 1PPLE 5P5MA 3ZKSA 3MSJA 2FIVA 2Q54A 1OD1A 3FIVA 5JG1A 5P4OA 5SXNA 1EPOE 1W5YA 5E5KA 2XFIA 3LZYA 4XX3A 5P88A 5P24A 4DQBA 4Y4XA 5P1YA 4ER1E 5P3LA 1YT9A 2F3FA 3OHFA 5P5GA 3RTNA 5JFPA 1CZIE 2QAKA 3VEUA 3PCZA 2Q3KA 2QI5A 4TRYA 4DJPA 5P33A 4H3GA 5P8IA 5P1OA 2PWRA 4Y4BA 5P8JA 3OQDA 2PH8A 4DPIA 2RENA 5P8TA 1N49A 1HVIA 2V10C 1LYBA 5P0FA 4K4QA 4QJ2A 4FGXA 4CKUA 2G1SA 5OZXA 2P83A 4DPFA 2G22A 1FF0C 2RSPA 4YE3A 5P4XA 3OU3A 5P60A 4CPQA 3CIBA 5OZMA 3N4LA 2P3BB 5OZ3A 3UDMA 1BVGA 2PMAA 1XE6A 4ZE6A 3BC4A 3KDCA 3MXDA 3GI5A 3NWXA 3OY4A 3D1ZA 4XXSA 5P5JA 5P6LA 2PSVA 4PZWA 3PSGA 3OQ7A 4J1KA 1U8GA 4Y9WA 5P4KA 3JW2A 2ZHTA 3IXJA 4HA5A 1VIKA 5P3WA 2V16C 3PEPA 2HB2A 2PSGA 5P6PA 1BWBA 4XX4A 3EKYA 2VIZA 4CPSA 5P4JA 5P0ZA 3KDBA 1MT9A 2VA6A 3PMUA 3GW5A 2ZDZA 3EL9A 1KJ7A 5HE7A 1AJXA 3MXEA 3G70A 3DV1A 1LYAB 3O9GA 1KJHA 1OEXA 5P8OA 2CEJA 5P5WA 3U71A 4EXGA 5P73A 4DVFA 1ME6A 1PSAA 1EPNE 4B1DA 1KZKA 5KQZA 2IKUA 2SAMA 4RYCA 1LZQA 2ZJIA 1MUIA 2NNPA 3RSXA 3QVCA 3ZLQA 1SIVA 3HAUA 3UDHA 5PEPA 4Y3NA 1SMRA 1GKTA 4OC6B 3D3TA 3OUDA 5OZ1A 5OZUA 3VF3A 1SDTA 3OTYA 1IDBA 4I10A 4Z50A 1APTE 1B5FA 4A4QA 4Y4AA 4APRE 3S43B 3MWSA 2CENA 4ACXA 5P65A 2B60A 1IZHA 2WF1A 5P2SA 2AOFA 3OU1B 4FSEA 2O4SA 4CMSA 1UH7A 5EZZA 3S53A 4GB2A 4Y3YA 2BPXA 1HBVA 3SAAA 5P5XA 2R3TA 3MSLA 5OYTA 2R5PA 5P79A 4J0YA 1AM5A 3FX5A 3FKTA 5DGUA 2VJ9A 3SQFA 4DUSA 5P4PA 5P2AA 5OZ6A 4FL8A 2HM1A 1BDQA 3PGIA 2BPZA 4FE6A 2PWCA 2V00A 3NDXA 4JECA 3EKWA 3ECGA 5P1JA 3VYEA 2ZGAA 3ST5A 1A9MA 4XKXA 5P3EA 1META 4KB9A 3Q70A 3OGPA 1EBKC 4J54A 2AOCA 3QRVA 5OZ2A 3VLBA 5DPZA 1MESA 5KOQA 4I0FA 2P3CA 5P2XA 4OBJA 5OZZA 5P1GA 5P03A 2NMZA 1WBMA 1BV9A 4HDFA 2O40A 4ZSMA 2QU3A 1F34A 4Y41A 5ER2E 5P80A 5P3CA 4EQ0A 3BXSA 1DAZC 5P05A 1YG9A 5I70A 3TL9A 3LIYA 5P6EA 5DR0A 4L7JA 5P2MA 4Y4WA 4EJKA 1T7IA 4UPJA 1XL2A 5P7OA 5OZ5A 2BPYA 5P1RA 1LV1A 5AH6A 1C6XA 1G6LA 4J1HA 4Y3TA 4Q1XA 3IAWA 2ER6E 5OZQA 5ER1E 2G27A 3KT5A 1DMPA 4J0VA 4RCFA 1FMBA 5P27A 2OHNA 5P6DA 4J1IA 1UH8A 2AOGA 2QP8A 5P0KA 2G1RA 5P13A 3WSJA 5IVTA 3EKVA 3OADA 1SP5A 3BGCA 5P6BA 3TPRA 4Y4DA 1XL5A 3UCBA 5COPA 5OZWA 5P1HA 5P0RA 1HTGA 4RRNA 2I1AA 2R3WA 1NSOA 3S2OA 1W6IA 2Z4OA 2QMFA 5HVPA 3TH9A 4Y3WA 1EPQE 4LBTA 4R8YA 3QRMA 5P2FA 3K5CA 1FMUA 3EM3A 1HIIA 2BPVA 3L59A 5OYXA 4BFBA 3PM4A 4RROA 1TSQA 4QLHA 2NR6A 5KOSA 2HC0A 2ER7E 3LZSA 4J5JA 5P8RA 2RKGA 3OAGA 3OXXA 1DW6C 5P8NA 5SZ9A 1YX9A 2QMGA 5P5RA 2FS4A 5P4UA 4FAEA 3L5CA 4BFDA 1TSUA 5P5VA 5P7JA 4OBFA 1B6PA 2F80A 4R5NA 5P2CA 4GJ7A 3TLHA 2UY0A 1AVFA 5P50A 5P7UA 2UXZA 3VG1A 3LPIA 4Y3RA 3TKWA 3UQWA 2FNSA 1MSNA 2V12C 5P6SA 2WJOA 3S7LA 3DOXA 3NDTA 5P00A 5P6CA 4R92A 2AVQA 5P3XA 9HVPA 3PBDA 5P7RA 3SA8A 6APRE 3LNKA 2FDPA 3KYRA 4B0QA 5P26A 1W51A 1T7KA 5OZDA 1LEEA 2ZYEA 1XN3A 1EPME 2B8LA 2AZ8A 5P6JA 3IXOA 1YTGA 5P5TA 1HOSA 5P4AA 1Z1RA 3NR6A 2WF2A 4BEKA 5P3BA 3KFPA 3DCKA 3EKQA 4D8CA 5P49A 2F3EA 1IVQA 4J0ZA 5P4YA 4JP9A 5P7FA 2FGVA 4QJ6A 5DQ2A 1BXQA 3RTHA 4YD7A 3UDYA 4JPCA 5P0MA 1BILA 3VFBA 1LYBB 4X7IA 5P67A 4FIVA 2OHQA 5OZJA 1HVRA 2ER0E 5P22A 5OYSA 1GVXA 2P3DA 3PLLA 2QZWA 4PZXA 3VSXA 1B6KA 4OBZA 5P2JA 2RKFA 1GNMA 1MERA 4RRSA 3ZKIA 3VV7A 1HTEA 1HPOA 4QJ9A 5P3YA 1EPLE 1YM2A 5AH9A 4HEGA 1EBWA 2OHSA 1KJ4A 1MTRA 5P63A 2J9JA 2R43A 5IVQA 5P0IA 3SABA 5P82A 3QIHA 5P54A 1GNNA 4Y39A 5P0TA 4MC9A 2V13A 1TZSA 5P45A 7HVPA 2PK6A 5P3GA 1FFFC 5P7PA 4MC6A 2VJ6A 4Z22A 2F8GA 1QBRA 2FDEA 2O4LA 5P58A 2QZKA 2Z54A 4B72A 2PYNA 5P40A 5DR3A 4I0DA 5P0VA 2OF0A 5P3VA 2NTRA 4FRSA 3R1GB 2AZCA 2BB9A 5P4IA 1HRNA 3L38A 4Y50A 4AUCA 5P2NA 4OD9A 3RTMA 1SBGA 3OUDB 4D88A 2QK5A 1CMSA 3UDQA 4I8ZA 5J25A 1B5FB 3EL1A 3I2LA 4NPUA 5P7VA 3PWRA 1RQ9A 3KN0A 4YA8A 1E82E 5OZCA 1D4SA 4DJVA 1HTRB 5OZ7A 4DV9A 4ZPFA 2QI6A 3CMSA 2IL2A 3SM1A 1LYWB 3S8IA 5OZLA 5OZTA 3LIVA 4ZSQA 5F00A 5P68A 4U8WA 5P1AA 5P0EA 4YBIA 5P4HA 5P84A 2ZJJA 2IGYA 3O99A 4CPUA 4Y4GA 5OZPA 3SA4A 1K2CA 2ZJNA 3LZVA 2VKMA 5P6ZA 2I4DA 3UDRA 4YD6A 2ZHRA 4I12A 5P70A 3B80A 2NNKA 1FIVA 4Y5GA 1YTHA 3OXCA 3TOGA 3UQUA 5P2UA 3L5EA 1FLHA 3QBHA 3URJA 2WL0A 3PBZA 4JOOA 5P0CA 3TPLA 1K2BA 5P15A 5TOLA 3PLDA 5P6AA 2JJJA 3VLAA 5KQFA 4WY1A 3OHHA 1AXAA 5P7EA 1M0BA 4GJ9A 2QNPA 1AZ5A 5DR1A 3RSVA 2PSUA 2H6SA 5P72A 2B42A 2QD8A 4GZFA 1UH9A 4B00A 1FB7A 3T7PA 2A4FA 2WEDA 5P08A 4Y36A 5KR8A 5CONA 5P1EA 1MSMA 4QGIA 5FIVA 5P2EA 2P3AA 3OUCA 3EL4A 5P4GA 2BPWA 3RU1A 4FRIA 4Y4TA 3U6AA 1TQFA 2QU2A 5P4LA 3IA9A 3TKGA 1VIJA 5C9DA 2FNTA 2RMPA 4RZ1A 2VA5A 3D1XA 5P2OA 2G94A 5HDZA 3OADB 5P5ZA 4OBHA 1SDVA 5P61A 3L58A 5P7WA 3O9BA 3CYXA 4AMTA 3PMYA 3K4VC 3NXEA 1Z1HA 2QHCA 4GJBA 1EPPE 4Z2ZA 5IVSA 5P14A 5COKA 1HVCA 3GGAA 3VFAA 5P34A 1D4IA 3L5FA 5P6NA 5P09A 1MT8A 4TRZA 3PI5A 3UDKA 3DCRA 5P17A 5P8KA 4B77A 5P6GA 4RLDA 3B7VA 4EPJA 4YHQA 5OYQA 1FQ7A 3I6OA 5P87A 3PSUA 4I0ZA 5P76A 5CLMA 4Y5AA 1UPJA 3BXRA 5P2YA 3OUAA 2AZ9A 3TNEA 2QNNA 3OAGB 1ENTE 5F01A 5OYZA 3S56A 2QZLA 5P4TA 3N3IA 5P5SA 1ZPAA 3KA2A 5P1CA 5P62A 3BUGA 4ZEAA 4DJRA 3LIXA 5P51A 2NMYA 1BBSA 5P4SA 3O9FA 2BQVA 2QMPA 3LPKA 3IGBA 5EZXA 3SKFA 5P1KA 5JFUA 4Y5PA 2R9BA 4LXMA 4Y3LA 4RCDA 3ZKNA 3UFLA 1WBKA 2VIYA 4FSLA 4R91A 5IS4A 1FG6C 4Y57A 4Y3DA 1HVJA 1A8GA 3JVYA 2WF4A 4CP7A 5P6KA 4DJYA 5P1QA 5P6HA 2QHYA 2WEAA 4H3JA 4Y45A 2OHRA 1ZSFA 5P25A 3INEA 2APRA 3APPA 3Q3TA 1EPRE 3SKGA 5C9FA 1HVSA 1K6TA 4MC1A 1B6JA 1HIHA 4RVXA 1DPJA 5P8DA 5P4DA 5P47A 3DK1A 3OWNA 1IZIA 1FG8C 5AHAA 5P7ZA 3UDJA 1HVLA 1FQXA 1K6VA 3QVIA 4J0TA 4EHCA 1HXBA 3K5DA 5KR0A 3LIZA 4DJXA 5P0HA 1T7JA 2Q5KA 4R93A 4Y5LA 4DJUA 3NUJA 2I0DA 2V11C 4Y5NA 3H0BA 4Y37A 5P66A 3S54A 1APWE 5P8FA 4MC2A 5BWYA 4YD3A 3D1YA 2AQUA 3NWQA 4I11A 4Y38A 5P5CA 2F81A 1KJGA 3KMYA 5OZ9A 1K6CA 2XYEA 2I0AA 2VNMA 2XYFA 5P6YA 2ZHSA 4PHVA 2IRZA 5P0LA 5P23A 1MEUA 3OU4A 4GIDA 3F9QA 5P0PA 4U7VA 5E5JA 3CYWA 1HPVA 2J9JB 5P7QA 5P6MA 1OEWA 1IIQA 5P4BA 3TOHA 4N00A 2AOIA 1C6ZA 3BUHA 5P5YA 5P0BA 4I0HA 1PPKE 2WECA 3EMYA 4GJ5A 5P6TA 4ER2E 1EBYA 3GGVA 5P86A 3URIA 5HCTA 5P2GA 1HPXA 5OZRA 3WB5A 4QJAA 3KDDA 4K4RA 3ZL7A 2AVVA 5P5BA 2QZXA 4Y5CA 2WHHA 1XE5A 4OD9B 5P7XA 5OZ4A 3ZKQA 5P48A 3I7EA 3VYDA 3KFRA 5P16A 4LL3A 5P2WA 1G35A 2ZJMA 5P8HA 2P3BA 2I4WA 2QI1A 1NPVA 2IGXA 1HPSA 1EC2A 1HWRA 5P1MA 5P5UA 1APUE 5P56A 5HE4A 1B6MA 3GI0A 5P1SA 4Q1WA 4Y53A 5KAOA 2VJ7A 5OZEA 3UQPA 2QNQA 3EKXA 3HVGA 5P7SA 4CPXA 4ACUA 5P3ZA 5P44A 3AUPA 5P78A 5P57A 5P0DA 2VS2A 1RV7A 2NXLA 2A1EA 1SGUA 4Y3GA 2UPJA 5P36A 5P8EA 5T4SA 4NJUA 4Y5BA 1HEFE 4Y3AA 4DQHA 3KFNA 3C9XA 5P1DA 1MPPA 5P3OA 4L1AA 4YD5A 5P59A 4S1GA 1GVUA 3Q4BA 1PROA 5P1TA 4QJ8A 5DR7A 4Y35A 2HS1A 1HVKA 5P29A 5P32A 2V0ZC 1SGZA 3HVPA 3SM2A 1GVVA 5IVRA 4Q5MA 2ZJLA 2NXDA 3G6ZA 3Q5HA 2IENA 1FGCC 2HS2A 2WF3A 1HSIA 3O9DA 5P3HA 5P0SA 5P55A 5P2HA 5P7TA 5P5QA 2FLEA 2VA7A 4D89A 1SDUA 1BVEA 5OYVA 3MSKA 5AH8A 4FAFA 3HW1A 4YCKA 5P5NA 3VCMA 5P07A 3S43A 5ISKA 4I0IA 5P11A 1MT7A 5OZYA 3S85A 2HAHA 2VIJA 1PPME 2R38A 3EC0A 3K5GA 4FM8A 4Y43A 4NJTA 4Y3MA 5P4ZA 1Z8CA 4FLGA 3OU1A 1BXOA 5I3YA 5P8SA 5P5KA 1D4HA 5OZVA 5P5PA 2AOEA 1EEDP 2HB4A 5OZNA 5OZAA 3OXWA 4Y4EA 4OBGA 4M8XA 3LHGA 1PFZA 2QD7A 4Q1NA 1HEGE 3UFNA 3WZ6A 3EBZA 4Y44A 5HU0A 1BWAA 3VV6A 1ZSRA 1IZDA 2AVOA 4LC7A 4FM6A 3PCWA 4HVPA 4NJVA 5P1UA 4DJQA 1ZPKA 5P4MA 3SA7A 1QRPE 3TPPA 4BELA 3NU3A 1FEJC 4JPEA 3QROA 3OUBA 4EJLA 5P0JA 5P0YA 1CPIA 4Y3XA 5P20A 3SPKA 2BJUA 4LHHA 4L7HA 5AH7A 5P8AA 2JXRA 4H3FA 3NDWA 2ANLA 3SO9A 4TVHA 1YM4A 4PEPA 3EM6A 4NPTA 1D4JA 1D4YA 3ZPUA 3UDPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AGZ A;  3PWW A;  5P52 A;  1TW7 A;  1M43 A;  1PPL E;  5P5M A;  3ZKS A;  3MSJ A;  2FIV A;  2Q54 A;  1OD1 A;  3FIV A;  5JG1 A;  5P4O A;  5SXN A;  1EPO E;  1W5Y A;  5E5K A;  2XFI A;  3LZY A;  4XX3 A;  5P88 A;  5P24 A;  4DQB A;  4Y4X A;  5P1Y A;  4ER1 E;  5P3L A;  1YT9 A;  2F3F A;  3OHF A;  5P5G A;  3RTN A;  5JFP A;  1CZI E;  2QAK A;  3VEU A;  3PCZ A;  2Q3K A;  2QI5 A;  4TRY A;  4DJP A;  5P33 A;  4H3G A;  5P8I A;  5P1O A;  2PWR A;  4Y4B A;  5P8J A;  3OQD A;  2PH8 A;  4DPI A;  2REN A;  5P8T A;  1N49 A;  1HVI A;  2V10 C;  1LYB A;  5P0F A;  4K4Q A;  4QJ2 A;  4FGX A;  4CKU A;  2G1S A;  5OZX A;  2P83 A;  4DPF A;  2G22 A;  1FF0 C;  2RSP A;  4YE3 A;  5P4X A;  3OU3 A;  5P60 A;  4CPQ A;  3CIB A;  5OZM A;  3N4L A;  2P3B B;  5OZ3 A;  3UDM A;  1BVG A;  2PMA A;  1XE6 A;  4ZE6 A;  3BC4 A;  3KDC A;  3MXD A;  3GI5 A;  3NWX A;  3OY4 A;  3D1Z A;  4XXS A;  5P5J A;  5P6L A;  2PSV A;  4PZW A;  3PSG A;  3OQ7 A;  4J1K A;  1U8G A;  4Y9W A;  5P4K A;  3JW2 A;  2ZHT A;  3IXJ A;  4HA5 A;  1VIK A;  5P3W A;  2V16 C;  3PEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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