5OZLA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 32
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozlA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozlA01
3N4LA 2P83A 4NJVA 5P41A 5P0WA 2VS2A 3WSJA 1EPQE 3Q70A 3A2OA 1TZSA 4YCYA 1SGZA 5P8NA 3I2LA 2G1YA 4Y54A 4F75A 2PK5A 2AOGA 5P3MA 4RLDA 1HBVA 4I1CA 1FQ8A 4NPUA 2QZXA 2B8VA 5P1RA 5P84A 2ZGAA 1AIDA 1LF3A 2NPHA 5OZSA 1FIVA 5P2WA 3KF0A 1AZ5A 3K1WA 5P78A 2WF4A 5AH9A 4M8XA 5P7MA 5ER2E 1B6PA 1HPXA 4Q1YA 3AIDA 3PLLA 3T7PA 1IDBA 5P68A 5P12A 5JG1A 5HDZA 2PYNA 1RQ9A 2AOFA 4Z22A 3SM2A 2J9JB 1ENTE 5OZGA 4X2LA 4CPXA 1A94A 1DAZC 4Y3HA 3FX5A 5P7XA 5P76A 3B7VA 5HU0A 5P56A 2QZWA 4FLGA 5P26A 3VG1A 1OD1A 1EPNE 1PROA 4FGXA 1QBUA 2FDDA 3KMYA 2FIVA 4Y5BA 2ZJLA 4XX4A 5P2IA 5DGWA 1IDAA 4YDFA 4LXMA 5OYUA 2ZJKA 3O9CA 4JP9A 3CICA 2O4LA 5B18A 4TRZA 3OXCA 3EM4A 3QS1A 5F01A 3PB5A 3LZUA 1ZP8A 3QIHA 2ER0E 3APRE 3ZKSA 3EL9A 3NWQA 1G0VA 2ZHTA 1HIIA 2HPFA 2OHRA 2WF0A 5OYVA 2G27A 5P02A 5P6NA 4ACXA 4H3FA 3D3TA 4DQEA 4Y3PA 4PPHA 4A4QA 3FKTA 4GB2A 5P3GA 1MT9A 4B72A 5P3LA 5P50A 1W50A 1NPWA 2WEBA 5SZ9A 4EXGA 5I3WA 4Y3QA 4Q1XA 3SA9A 3ZL7A 5P73A 1DMPA 1K2CA 1HPOA 2PYMA 4CP7A 2WF3A 3UDYA 2OHPA 2JJIA 3DM6A 2NNPA 4Y4EA 5P5EA 1B6MA 1QBSA 3HVGA 3T11A 2QI4A 5P88A 5OZTA 5P23A 5P0HA 4KE0A 1EC2A 5P3UA 1META 2FDPA 5P08A 4RROA 1B5FA 1B6LA 2Z54A 3INFA 3N3IA 4HZTA 5P5CA 4F76A 3O9LB 2NXMA 4J1HA 2PSVA 5P2ZA 1DIFA 5P74A 1VIKA 1HEFE 3BGCA 3QVCA 4EP3A 4EJ8A 1ZLFA 1C70A 2WJOA 1EC1A 1C6ZA 5EZZA 5P4OA 1BXOA 4MC9A 2FMBA 2V11C 3PWMA 2QNNA 2QK5A 3KFRA 3K5FA 2QZLA 4F74A 2QP8A 5OZ3A 2ZJNA 4Y4GA 1ZSRA 4K4QA 5HE7A 3LINA 5P6XA 1MIQA 2BPVA 3MXEA 2JE4A 3VEUA 5P1JA 4DJWA 5IE1A 3PSYA 7HVPA 3UDNA 2OHKA 1EAGA 1TSQA 2FGVA 2VKMA 5KQZA 2AOHA 2XFKA 5P4HA 1E82E 2B8LA 3T7XA 5OYXA 3NYGA 4YHQA 4Y5GA 5HDXA 3LITA 5P0OA 3KYRA 3QBHA 3RU1A 1HXWA 4PHVA 4B77A 3ZMGA 5P7VA 1KJ7A 2VJ9A 4CPQA 4OC6B 2Q3KA 4LBTA 5P6HA 2QZKA 1LF2A 5P7TA 5P7RA 4EP2A 3I6OA 3LIVA 5KOSA 4R91A 2NXLA 4Y6MA 5DR8A 4JECA 3BRAA 5P51A 1HVSA 4Y3WA 5P2HA 5P4FA 5OZKA 3OUDA 5C9DA 4JOOA 5P1FA 1PPKE 1W5VA 3S85A 5P3PA 5P0XA 4EPJA 3UTLA 5P8KA 5P0SA 5P32A 4L7HA 1B5FB 3ZPUA 3OY4A 4XXSA 3UDMA 4DQHA 4ER1E 4HEGA 2ZYEA 2B7FA 4FSLA 5P5ZA 3LPJA 4IVSA 1E5OE 3SA5A 2ER9E 2FDEA 1FQ6A 4A6BA 1APWE 1ME6A 4Y5CA 3G6ZA 4NKKA 4R8YA 1ZAPA 3SA4A 3NDTA 1XL2A 2NMZA 4FSEA 3RVIA 4J1IA 4Y3XA 5P3FA 3OU1A 3VYEA 5OZIA 2OAHA 2ASIA 5P4GA 1A8GA 2B60A 1WBKA 4DJPA 1GKTA 1BWAA 3QBFA 5P62A 5P35A 1BV7A 3LIXA 5P57A 1LYAA 5P59A 3S2OA 5HCOA 4Y4JA 4YA8A 1K6VA 3URLA 2HPEA 1SIVA 3LZSA 2H6TA 3O9IA 5P3JA 4Y47A 3RTHA 2NMYA 1XN3A 5P6LA 5OZ6A 1AAQA 5P3QA 1LYBB 2ZE1A 1BBSA 5P1KA 2PWCA 1YM2A 2VIJA 3EM3A 5P5QA 2O4NA 2QHYA 5DR0A 3TKWA 5BWYA 3OUAA 3OTYA 5OZ8A 5P6QA 2G69A 4AA8A 1GVXA 5P1MA 3EMYA 4OBJA 4B05A 2QI7A 3B80A 2AOJA 5P4DA 5OZEA 5P75A 4GJCA 3OUDB 4RCEA 5P8TA 4U8WA 2CEMA 5APRE 3R4BA 1SGUA 4Y56A 4A6CA 2IGYA 2RKGA 5P6KA 2ZHUA 5P2JA 3VSWA 4LL3A 5P0DA 3DJKA 4ZPFA 3MSJA 2SAMA 4DQCA 3SQFA 3TTPA 1BV9A 5PEPA 2PSGA 4Z2ZA 4ZIPA 3L5EA 5E5JA 5P45A 3NDUA 5P5LA 5P0KA 2VNMA 1FQ4A 5C9BA 5P05A 5DQ1A 3WZ6A 5P47A 5COOA 5EZXA 3OU1B 3JVWA 3SAAA 4MC2A 4B1CA 1MEUA 1SDVA 3U71A 3BGBA 5P6JA 3ZOVA 3G72A 3UPJA 4I8ZA 5P8PA 3PM4A 2IL2A 1HVIA 1BDQA 3VF3A 4YOAA 3O9FA 1C6YA 3NXEA 2J9JA 4OBFA 3PMYA 5OZ1A 2IKOA 4RRNA 4Y3AA 2QCIA 3DUYA 5P4NA 5P17A 5HDUA 5P7IA 5P8HA 5P0LA 5P1NA 3PHVA 5P3BA 4ZSMA 3S45A 3EKYA 1TCWA 3D20A 3I8WA 3OAGB 4Y45A 4PEPA 1LEEA 2HS1A 1T6EX 3MWSA 3KDCA 3ZPSA 5IS4A 1FEJC 1HRNA 4Y3RA 5KR2A 5P10A 4Y51A 5AGZA 4YOBA 5P89A 2ZJHA 5ISJA 2NR6A 1AVFA 4JPCA 5F00A 5P03A 4RCFA 3UF3A 5J25A 1M0BA 5P2SA 5P70A 5P0ZA 5OZPA 5JODA 1HSIA 5P6AA 1D4SA 5AHBA 1U8GA 4B78A 3D1XA 4J0YA 4PYVA 1F34A 3OOZA 5P3XA 2F8GA 3TOHA 1A8KA 3PLDA 2BPZA 3S54A 3SABA 4CPTA 5P6PA 2B7ZA 4GJ5A 5P7SA 5P4KA 4LC7A 3FNSA 1HIHA 1OHRA 2XFJA 2P3DA 4CPUA 3KFPA 2BPYA 4RVXA 2BPXA 1APVE 4EXHA 2QMPA 3VV6A 2JXRA 3HBOA 3TL9A 3OUBA 3BC4A 5P5SA 3VYFA 3PWRA 1MRWA 3NUJA 2V0ZC 3K5DA 5P07A 3IXOA 5UPJA 2Z4OA 4YD6A 5P5HA 1RNEA 2FNTA 5P67A 2UXZA 5P7PA 1EBWA 4IVTA 1QS8A 9HVPA 5P2FA 2QI6A 5P5TA 5P2AA 3QAAA 4I0IA 1FMBA 3O9LA 2VIEA 3NU5A 5P0NA 4Y3ZA 2I4VA 5P1VA 4OBGA 1HVLA 1TW7A 3OOTA 2I1AA 2JJJA 1ODWA 2P3CA 2ER7E 3NR6A 2FXDA 5P2NA 3SO9A 5TOLA 2FGUA 3EL1A 4ER4E 4J1FA 2O40A 1YTGA 5P4TA 3UDPA 5E5KA 4MC1A 3PCWA 3L58A 3WZ8A 2AOCA 5P2VA 1XE6A 1SMRA 5ISKA 4HLAA 4Y4BA 1K6CA 2QI5A 5P2XA 1FGCC 2Q11A 4APRE 7UPJA 1D4JA 1KJHA 1J71A 3APPA 4Y44A 1FMXA 1FMUA 4YBFA 2Q64A 4ZLSA 1HSGA 3PRSA 2AVOA 5OZ0A 4AMTA 5KR1A 3LIQA 1PFZA 3CYXA 4D8CA 2NXDA 2P3BA 3K4VA 2QMDA 5P2TA 5P0AA 5OZDA 5OZMA 5P18A 4TVHA 3INEA 5P0BA 5SY3A 2R5QA 1PPME 5P27A 5COPA 1HVHA 4J55A 5P4VA 5P2CA 2AOEA 2QI1A 5OZVA 5DQ5A 2CENA 4OC6A 1SBGA 1IVQA 3CKRA 3OADB 3QN8A 2ER6E 4PZXA 5P1SA 4MC6A 5P14A 5P38A 3BVBA 1GVTA 1MVPA 5OZ9A 2FLEA 3VLAA 4GMIA 3KT5A 2P3AA 3OK9A 5DR1A 3EKWA 2VA7A 4B00A 5P2OA 1IZHA 1HPVA 3UHLA 5DPZA 5P7BA 1FQ5A 1FQXA 3TOFA 4Y3MA 5I3VA 1APTE 1BILA 1MSNA 1D4LA 3GGXA 1MSMA 5P6CA 4ZSQA 5P06A 4EJKA 5KR8A 4CPRA 3PJ6A 4WY6A 4K4RA 5P82A 3VYDA 4FM7A 5P8FA 3H5BA 4GIDA 2WECA 2QI3A 5P8UA 4DJOA 4Y3YA 3LHGA 5P5XA 2Q54A 6FIVA 2QD6A 1KJGA 3NU6A 4FL8A 2G1OA 3BUHA 3L5FA 4J54A 2G1NA 1SDUA 4DPFA 3IGBA 3IVHA 2G1RA 1LF4A 4H3IA 2AIDA 2MIPA 3Q3TA 5P37A 1W5WA 4YD3A 5BS4A 4Y4AA 3IXJA 5ENKA 3T7QA 5OZWA 1HVCA 3R0WA 4Y39A 3KDDA 2WHHA 3NWXA 5P6FA 5P7GA 3EL0A 5P22A 4Y3FA 5P6DA 5OZ7A 4LXKA 2F3FA 4DQGA 5P6IA 1JLDA 5P5OA 3NDXA 1FFIC 5FIVA 2P3BB 5P0IA 1YM4A 2B42A 1LYBA 3SACA 5P6YA 1TSUA 3TOGA 3S7LA 3EM6A 3PSUA 4OD9A 5P77A 2R3WA 2PWRA 4Y3DA 4Z50A 4AZYA 3PGIA 1E81E 1Z8CA 2XFIA 4Y3EA 4Y5KA 4H1EA 3NUOA 2HC0A 5DQ2A 1D4YA 3UDKA 5BRYA 2HB2A 4Y5AA 4QLHA 3OQFA 2FS4A 5P34A 1MTBA 5P3ZA 5P0TA 2BKSA 5HTZA 4GJDA 1ZSFA 2PQZA 5OYWA 4R92A 5P4XA 3GW5A 4GZFA 2OHQA 2HB3A 1FB7A 2I0AA 3DK1A 5OYSA 5P0EA 4FCOA 3GI6A 2BPWA 3OTSA 2NNKA 4GJ6A 2G21A 2HIZA 2ZHVA 5P7ZA 4L1AB 5P6SA 5P7YA 2G24A 5HE5A 4KB9A 1G6LA 4QJ7A 2F3EA 1Q9PA 3HAWA 1EPPE 4J1KA 4Y4ZA 4DFGA 2QMGA 4OBZB 2AODA 1ODYA 3L5CA 1T6GA 3TPPA 5P4EA 1FG8C 2ZDZA 3OXWA 4LXAA 1HOSA 1PSOE 4XKXA 4K4PA 4YDGA 3FNTA 5P25A 1MT8A 2BBBA 2V00A 2O4SA 1K6TA 5P16A 3BXSA 2WEZA 3QRVA 5P69A 5P1HA 1QBTA 5P2BA 2R9BA 5P2DA 5P3AA 4N00A 1QDMA 3R1GB 4B1DA 4Y5MA 2OHSA 4I11A 5P1BA 3WB4A 3ZKGA 4ZE6A 4AA9A 3L5BA 2ZJMA 1HTGA 2IGXA 4FM8A 5DGUA 5OZ2A 5HDVA 5KAOA 3RTNA 3GI4A 4D88A 3GI0A 3T3CA 1SMEA 4YD4A 2R43A 4ZSPA 1KJ4A 1DPJA 3OU4B 5P42A 3PSGA 1FLHA 5P4UA 1NSOA 5COKA 1HSHA 5OYRA 5DQ4A 5P1QA 2I0DA 4DH6A 1TCXA 3EBZA 3PCZA 1MPPA 1M43A 1ZPKA 4OD9B 3DCKA 4YCTA 2EWYA 5P8VA 1GNNA 4L7JA 5P43A 4L6BA 1BXQA 4Y3JA 5P36A 2V10C 1AM5A 3OAGA 2QMFA 1IZDA 3OQDA 4TRYA 4OBDA 1DP5A 4YD5A 5P8IA 2WKZA 5HD0A 4OBHA 5OZLA 5P28A 5P61A 2RENA 5P5AA 1D4IA 3ZKNA 4K9HA 3UDHA 4D83A 1D4KA 3O9HA 6UPJA 4K8SA 1CPIA 1UPJA 5P1WA 5P6UA 5P0CA 1K2BA 4QJAA 1CZIE 3SM1A 5P8BA 1D4HA 1EBZA 4FAEA 4BFDA 4OBKA 1EBYA 1HHPA 2QD7A 4GYEA 3OXVA 8HVPA 5P01A 3EXOA 2AVVA 1EPRE 3GGAA 2AZCA 1IIQA 5P6GA 5P1YA 3ER3E 5P5KA 5P7EA 4Y37A 4KUPA 5P3SA 1BAIA 4Y3LA 5P5WA 3FNUA 5P5IA 3OQAA 1GVWA 5P0MA 4Y3NA 4I12A 2Q63A 1PSAA 3SA7A 5P3WA 4Y43A 1XS7D 2HM1A 4JPEA 3HLOA 5P1OA 6APRE 3DV5A 4FE6A 5SXNA 2QAKA 3TKGA 5P3DA 2R8NA 3K5CA 5P6TA 4Y4TA 1HTRB 1T3RA 5P4AA 3NU4A 5HU1A 2G26A 3EC0A 1W5XA 1W6HA 5P48A 4QGIA 1MUIA 5P52A 5P8MA 2ZHRA 2Q15A 1B6KA 5P53A 3Q5HA 1G2KA 5P1CA 5P1XA 1YT9A 5P0VA 5I3XA 5P2RA 3Q4BA 2IS0A 1EBKC 4RVJA 5HCTA 1Z1RA 4ER2E 4HDPA 4GJAA 5I70A 5P7UA 4EJDA 1HVJA 2F81A 5P8SA 4Y4DA 3GGUA 2IEOA 4QJ2A 5P09A 3UQRA 1IBQA 3OU3A 3OQKA 1TQFA 4Y5NA 1T7KA 4DQFA 3UQWA 3UFLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N4L A;  2P83 A;  4NJV A;  5P41 A;  5P0W A;  2VS2 A;  3WSJ A;  1EPQ E;  3Q70 A;  3A2O A;  1TZS A;  4YCY A;  1SGZ A;  5P8N A;  3I2L A;  2G1Y A;  4Y54 A;  4F75 A;  2PK5 A;  2AOG A;  5P3M A;  4RLD A;  1HBV A;  4I1C A;  1FQ8 A;  4NPU A;  2QZX A;  2B8V A;  5P1R A;  5P84 A;  2ZGA A;  1AID A;  1LF3 A;  2NPH A;  5OZS A;  1FIV A;  5P2W A;  3KF0 A;  1AZ5 A;  3K1W A;  5P78 A;  2WF4 A;  5AH9 A;  4M8X A;  5P7M A;  5ER2 E;  1B6P A;  1HPX A;  4Q1Y A;  3AID A;  3PLL A;  3T7P A;  1IDB A;  5P68 A;  5P12 A;  5JG1 A;  5HDZ A;  2PYN A;  1RQ9 A;  2AOF A;  4Z22 A;  3SM2 A;  2J9J B;  1ENT E;  5OZG A;  4X2L A;  4CPX A;  1A94 A;  1DAZ C;  4Y3H A;  3FX5 A;  5P7X A;  5P76 A;  3B7V A;  5HU0 A;  5P56 A;  2QZW A;  4FLG A;  5P26 A;  3VG1 A;  1OD1 A;  1EPN E;  1PRO A;  4FGX A;  1QBU A;  2FDD A;  3KMY A;  2FIV A;  4Y5B A;  2ZJL A;  4XX4 A;  5P2I A;  5DGW A;  1IDA A;  4YDF A;  4LXM A;  5OYU A;  2ZJK A;  3O9C A;  4JP9 A;  3CIC A;  2O4L A;  5B18 A;  4TRZ A;  3OXC A;  3EM4 A;  3QS1 A;  5F01 A;  3PB5 A;  3LZU A;  1ZP8 A;  3QIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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