5OZL | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__279267624531172__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__279267624531172__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5OZL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__279267624531172__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"279267624531172","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5OZL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__279267624531172__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d018f5752ffca6fd0dc583b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d018f5752ffca6fd0dc583b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d018f5752ffca6fd0dc583b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d018f5752ffca6fd0dc583b/pdb.gz): 107 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5ozlA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5ozlA01

3O9BA 5P58A 3O9FA 5C9DA 1EPME 1XE5A 5P22A 5P8UA 5P7GA 5P4AA 4GZFA 5C9FA 3NYGA 5P07A 5P7YA 3MSJA 1APVE 3PMYA 1OEXA 3MXEA 4K4QA 5P1PA 5P62A 2SAMA 1QBTA 4TVGA 5TOLA 2I4DA 1MERA 1G2KA 2QP8A 2G1NA 2QI6A 5P8RA 5OZZA 2OHQA 5P6UA 3QRVA 1HEFE 5P3AA 2QI7A 3QBHA 4YD4A 3VF5A 4OBKA 5HU1A 4OC6B 3PSYA 4Y3ZA 3K4VA 1A9MA 2J9JB 4D89A 1EBWA 1HSIA 4Y4AA 3RSVA 5P2QA 5P02A 5P8TA 3BUFA 5P5RA 3KN0A 1PPKE 3GGVA 1ZJ7A 1E80E 3IXOA 3QI1A 4UPJA 1HTFA 5P0JA 4YBFA 1DP5A 1TZSA 3GI6A 1MIQA 5P5BA 2IGXA 3IXJA 5P1OA 3EM6A 1Z1HA 5P7CA 2Q54A 5P8KA 5P5YA 5P8BA 2ASIA 5P2RA 4Y50A 5ER1E 5BRYA 4YHQA 5P1DA 2FIVA 5P6MA 1EC2A 4QJ7A 5P5NA 3NLSA 3QRMA 4ZPEA 3VLBA 4I0DA 3EL4A 3TKWA 4Y5EA 4OBDA 1Q9PA 5OZ4A 3EKQA 4I1CA 5DR4A 1FF0C 5OYXA 5P17A 3GGXA 2O4KA 5AH6A 4EJ8A 2PH6A 1AZ5A 1HHPA 3TL9A 4HDFA 5P7OA 1GNOA 5SY2A 1AIDA 2Q63A 2VIJA 2F8GA 1AJVA 3OGPA 1E82E 1HIVA 3IN3A 4K4RA 1LYBB 4Y3YA 4FM7A 3KFSA 1ME6A 3UQWA 4Y4TA 4I0HA 5P2FA 4L7JA 4XX3A 4FAFA 4ZPFA 3ZMGA 1J71A 4J0TA 3OADA 4DQCA 1XL2A 3LZSA 3APPA 2VS2A 1ZLFA 4LBTA 4CPUA 2B8LA 4LHHA 2QHZA 5P81A 5APRE 1AAQA 3PB5A 2WF1A 1U8GA 5JODA 4XKXA 5P8SA 1D4YA 3QVIA 2I4UA 1A30A 4RGHA 3NU4A 2V00A 2PSUA 5SY3A 3IXKA 3QS1A 5OZMA 3OK9A 2Z4OA 5P7EA 5HE7A 5P4NA 5P4YA 4YD6A 1T7IA 1IBQA 3UTLA 1BWBA 3NDTA 4DFGA 3R0YA 5P37A 1HIHA 3UQUA 3SM2A 3SA9A 4AUCA 4Y45A 1YTJA 5P1TA 5P4LA 5P74A 5DR0A 2QMFA 5HD0A 1D4KA 5OZQA 4NJTA 5P43A 4FSEA 2O4PA 1LYWA 2A1EA 5P7BA 5P6XA 1NSOA 3OGQA 5OZAA 5P6CA 1HXBA 4FE6A 2HIZA 5P3WA 3TPLA 1EC0A 4I8ZA 5P1GA 5P2DA 5C9BA 5P1CA 3HAUA 3PMUA 1FMUA 1SMEA 3LINA 4Y5AA 5P4QA 4HEGA 1C70A 2FDDA 4CPWA 3VG1A 1PSOE 5AHAA 4GYEA 1VIKA 5P7MA 4IVTA 2NMYA 1B6KA 3O9DA 3L5FA 4BEKA 3EKYA 2QHYA 5P0OA 2FXDA 5P1JA 2AVSA 4Y4GA 4YBIA 3KFPA 2HM1A 4E43A 3TH9A 5P6LA 5P80A 4XXSA 5P23A 3MSLA 2NMZA 2V13A 3IGBA 3G70A 1TSQA 5P2BA 5HDVA 1DPJA 4GJDA 2G24A 1W5VA 8HVPA 2QU3A 3KDBA 1DIFA 1T6GA 1M0BA 3U71A 2VNMA 6APRE 5OZ1A 2F3KA 1BVEA 1AVFA 5I3VA 5P1MA 2A4FA 2HB2A 4D88A 2QHCA 2OHMA 5P3TA 1D4LA 5CONA 1HVLA 1UH7A 4Y3DA 3VEUA 2Q15A 2PWCA 5P86A 4Z4XA 3BXSA 4RYGA 5P0MA 2H6SA 5P5IA 5P42A 1B5FA 3VYFA 5P2ZA 3JVYA 3S8IA 1BDLA 2AVOA 5P2GA 3OADB 3PHVA 4WY1A 2V12C 3TOHA 5P0XA 5KQXA 3CIBA 5IE1A 1K6VA 3NU5A 1HVKA 5P56A 1ZTZA 3OUAA 4M8YA 4DJWA 3T7PA 5P0GA 4HDBA 3GI5A 2ZJIA 5P34A 1EPLE 5AH8A 3BGBA 3ZPSA 3VFBA 3BUHA 5P4WA 3QAAA 2WF0A 4NJUA 1HVIA 3FNTA 5P6EA 1FFFC 2OHNA 1HPSA 5OZSA 3D1XA 5KQFA 2PK5A 3TPPA 5P6ZA 3EL9A 3VSWA 3VF3A 5DGUA 5P06A 5P6DA 3UDYA 3CKRA 5COOA 3ZKXA 5COKA 5OYUA 5P6HA 1APTE 4ZSPA 1D4IA 2IKOA 4LXKA 3T7QA 5P15A 5KOSA 4Q5MA 5UPJA 5P79A 4K9HA 2QZLA 5P5HA 3NXEA 1BXQA 4M8XA 4YOAA 1M4HA 1LYWB 3NSHA 2IDWA 1QRPE 4FLGA 3VV7A 1TW7A 3KM4A 1MPPA 1YTHA 5P1AA 4HLAA 4OC6A 4I8WA 3Q70A 3LIXA 2WEBA 1MSMA 3WZ6A 5P0QA 5P1EA 5P6WA 4EPJA 4NJSA 4WY6A 5SZ9A 1SIVA 2AOHA 4NJVA 3S85A 5OZ0A 2P8HA 5P0VA 3Q3TA 4Y48A 3VCMA 3H0BA 1HPXA 2HAHA 3Q6YA 4ZSRA 3VYEA 5P5WA 5P5SA 4I0JA 5JG1A 4DQBA 3PGIA 3FNSA 2RENA 1ZSRA 5P73A 3OXXA 5P5AA 2G26A 3ZKNA 3TNEA 1NPWA 2B8VA 3UPJA 1MSNA 4KE0A 5P7UA 4AZYA 1APUE 1KJ7A 2AOCA 5P04A 4TRZA 4FL8A 5SXNA 5JFUA 4QJ2A 5P75A 3SFCA 5P59A 4EJDA 2FNTA 4H3FA 5P10A 5HDZA 3INDA 3OQDA 2ZHUA 5P30A 1LS5A 4A6BA 2IRZA 5OZOA 4RYCA 4L6BA 2VA6A 2AOJA 2UXZA 3SA8A 4YA8A 3KT2A 1LYBA 4EXGA 5I70A 1HTEA 1FLHA 4LXAA 3CYXA 4EXHA 1B5FB 4QGIA 5BS4A 1HXWA 2I0DA 2VJ9A 4GJ8A 5P4SA 4LC7A 5P2YA 4RLDA 5P3GA 1HSHA 1B6LA 5P5GA 3GW5A 5P4EA 3QROA 3OOTA 2ZJJA 5P2WA 3T6IA 3OU1A 3OXWA 5P60A 1HWRA 1GVVA 1HPVA 5P8QA 5P4BA 5P20A 5P8PA 2ZJLA 5OZPA 5P4GA 5KR8A 1BBSA 1EPNE 4RRSA 2G20A 5P68A 4K8SA 4D8CA 5P0CA 4LL3A 5ENKA 3ZLQA 1FGCC 5P4UA 4H1EA 2VJ7A 3LHGA 1GVTA 4PZXA 3KYRA 2P3CA 5P63A 1MTBA 4L7GA 3TOGA 1Z1RA 1K1TA 3AIDA 3HVGA 5P78A 5P1HA 4PHVA 1AJXA 4YD7A 5P33A 1N49A 2ZHTA 2Z54A 1BAIA 5P39A 3ZPTA 4BFBA 3DOXA 5OYTA 2G1OA 2AIDA 5P4JA 5P7IA 3NR6A 4GIDA 5DR1A 5HTZA 5OZ5A 4Y5LA 5P25A 6UPJA 4ZLSA 2FDPA 4GJCA 3PLLA 4Y3PA 5P18A 3QBFA 1KJ4A 2XFKA 3WSJA 3BXRA 4DVFA 5P48A 3VF7A 4WTUA 5P1BA 5P0TA 1EPOE 2BJUA 2O4NA 4CPTA 3SABA 3EKTA 3OQ7A 5OYZA 5KQZA 3GGAA 4FM8A 2AOIA 3PWWA 3D20A 4B0QA 2HB3A 4X7IA 4DJXA 3SA4A 5P6JA 3NWXA 2QNNA 3I7EA 1GNMA 4AA8A 1GNNA 5P0UA 4Y44A 4GJ7A 3UCBA 1ZBGA 2QZKA 3CMSA 2NXLA 4GJBA 4Y4WA 4YE3A 3OXVA 1EPPE 4YCTA 2NNPA 3OTYA 1W50A 1EBYA 1SBGA 1BV7A 3DCKA 4J0PA 3FKTA 5P55A 2Q64A 4DJYA 1MRXA 5AH7A 5P49A 3D1YA 3Q5HA 2V11C 1FQ8A 3APRE 5P4FA 3SPKA 5P3NA 1EC3A 3VYDA 5P1ZA 5P82A 4EQ0A 5I3XA 2G94A 4GJAA 4U7QA 5P5MA 5P1IA 1TCWA 5P65A 3B7VA 2QAKA 1RQ9A 5P89A 3QIHA 4J1FA 4Y4EA 3N3IA 3WB5A 3WZ7A 5P4ZA 3NU3A 4Y5NA 2JJJA 3SO9A 1YTGA 1A94A 1ENTE 1MT8A 3NU6A 4Y39A 4MC1A 2VA5A 4OBJA 4B77A 1HIIA 1SH9A 5P5UA 2AOGA 3PEPA 7UPJA 2ER9E 4YCKA 1ZPAA 5P0BA 4Q1YA 1D4SA 3EXOA 2G27A 1CZIE 5P28A 5P3FA 1A8KA 1W5XA 4Y3MA 4FRSA 3INHA 5P2KA 3OU1B 2HS1A 3DJKA 2G1SA 4CPQA 5P5FA 5BWYA 1BILA 3T7XA 1C6XA 5P16A 5P2XA 4Y4UA 5OZRA 3NWQA 1M43A 3OHHA 3VFAA 3OUDA 4A4QA 3A2OA 3NDWA 4I0ZA 5P8GA 3IVIA 1IVQA 2PYMA 3IA9A 5KR2A 5P5JA 4N00A 3I25A 1KJGA 5P6RA 1HVCA 1BWAA 3KFNA 2ZJNA 5P1KA 2ER7E 3L59A 1CMSA 5P3ZA 3PSUA 1CPIA 2ZE1A 5COPA 5DPZA 5P1NA 3OOZA 2O4LA 4GJ6A 2R8NA 5P2VA 5HDXA 5AHBA 3BRAA 1OEWA 1FQ6A 4EWOA 3QP0A 2EWYA 5P31A 4R92A 5OZYA 5ENMA 5ISKA 4JP9A 5P2NA 5P0PA 5P3PA 3UDHA 4Y5CA 2XFJA 3TTPA 5P7FA 3PLDA 3CIDA 3DM6A 3DK1A 1BIMA 4DJQA 5P6BA 4OD9A 5OZWA 5P29A 2P4JA 3GI0A 5IVTA 3G6ZA 2PYNA 1QS8A 3MXDA 1APWE 4Q1WA 5P3IA 5P8FA 3O9EA 5P7HA 2QZWA 1MT7A 3OUCA 5P3DA 5OZNA 1AXAA 4DH6A 4B70A 1YT9A 5P0DA 5P6PA 2QI3A 2BPZA 5P8JA 1WBKA 1KZKA 4YDFA 2OHTA 5OZ7A 1RPIA 5E5JA 4DJRA 3PJ6A 4NPUA 1TSUA 3ZKMA 3SQFA 1FKNA 5P1XA 2ZHVA 5KOQA 4ZSQA 3ZOVA 2WEDA 5P03A 2XYEA 5P76A 5OZUA 3VUCA 3EKWA 5P7JA 3S53A 3ZL7A 3PM4A 3VLAA 5P5KA 2F3EA 5P2IA 1FQ5A 5P54A 3ZKGA 2F80A 5OYVA 1LV1A 3BC4A 5OZ9A 3JVWA 3AUPA 5P1SA 3PRSA 4Y38A 2I4XA 3HVPA 4HVPA 3LIQA 3L58A 5DQ1A 1PSNA 5P7RA 4ZIPA 3JW2A 2P3AA 5P4HA 5P77A 3VV6A 1C6ZA 4Y5PA 4OBGA 3FX5A 3HD8A 1PPME 2BB9A 5DGWA 1T6EX 3D91A 3KDDA 1PPLE 5P1RA 4L7HA 5P6TA 4GJ9A 5P38A 4IVSA 5P7XA 1IDBA 4EJLA 5P08A 2AZ9A 2Q11A 5F01A 5P84A 2RMPA 5DQ4A 3WZ8A 4OBZB 3NXNA 4HDPA 4APRE 2IS0A 4H3IA 4Z22A 5P4RA 1META 3OUDB 5P0EA 2CENA 2CEMA 4GMIA 4Y4XA 4YD5A 1ZPKA 4Z2ZA 3SM1A 4J0YA 4FAEA 3KDCA 5P5QA 2R9BA 3OY4A 4KB9A 5P45A 3SKGA 2UPJA 3LZYA 1HVHA 2QMDA 3T11A 1IIQA 3SA6A 1G35A 5P2TA 3GGUA 3HAWA 2APRA 5OZDA 4I12A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5OZLA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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