5OZMA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 33
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozmA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozmA01
2QNPA 1HPVA 3LHGA 5B18A 5P1EA 3HVPA 1DPJA 4Y4EA 3NUOA 3RSVA 5P6HA 5OYWA 3ZKSA 5P0AA 5P3VA 1GKTA 5P6VA 2XYEA 3LNKA 1A30A 5OZVA 5IVTA 5OZDA 5P0VA 2AZ8A 3I6OA 5P8RA 1ODWA 4ZPEA 1MPPA 2ZHVA 4TVGA 2R9BA 2BBBA 1B11A 4LC7A 4I0IA 2ZJLA 3O9LB 4GJ5A 4N00A 4QGIA 5P7MA 1ZPKA 5OZUA 5DR3A 5P7IA 2ANLA 5BRYA 3N3IA 5P65A 4PZWA 4HDBA 3MSKA 4CPTA 1XDHA 4B70A 4GJDA 3R1GB 5P74A 5P0MA 3SKFA 3KT5A 5P4TA 1ZTZA 2I1AA 4HEGA 5P8MA 4ZSPA 5HDZA 5P4WA 2I4QA 3NU4A 3OOZA 2O4LA 4CMSA 5P29A 1GVWA 3VV6A 5P70A 3OY4A 1HEGE 3DJKA 4K4QA 5P7DA 4OD9A 5P62A 1GVTA 4Y3DA 4EP3A 3UDKA 2IKOA 3ER3E 3L5BA 3HD8A 2I0DA 1E81E 3DK1A 2ASIA 5I3VA 5P6QA 5P72A 5P1MA 5UPJA 5OZ5A 1ZSFA 1DIFA 2G69A 4Q5MA 1FMXA 4OC6A 5P77A 4EJLA 4J1IA 5I3WA 2I4WA 3QRSA 4YHQA 3NYGA 2WJOA 4L7GA 5KOSA 1SDTA 2I0AA 3OGPA 5P50A 3OTSA 1K1TA 4CP7A 4WY1A 5P2IA 5P34A 3O9LA 2FGUA 3D1YA 4WY6A 5P7HA 5OYZA 4BFBA 4RVJA 5KQZA 4I0JA 2EWYA 5HE7A 4DH6A 4EWOA 4Y5AA 3OU4B 1EBKC 3VF7A 5P2GA 3O9BA 5P71A 3FNTA 3U6AA 2QHCA 3PBZA 5P2NA 5P7WA 3GW5A 2VKMA 4F73A 3D1XA 1WKRA 1PSAA 3OXVA 5P2VA 2Q15A 3O9AA 5P6WA 3RTHA 4MC9A 5OZBA 5P7RA 2QP8A 2G24A 1HVLA 4KE0A 5P8NA 1QDMA 3ZLQA 4Y3GA 5P7OA 1BWAA 2CEJA 2ZHUA 4Z22A 3T7PA 1MTRA 2QD6A 1A9MA 1APVE 2FNSA 5P5OA 2PSGA 5P5CA 2IGYA 3UDYA 1FQ7A 5DQ2A 4DJPA 4FM7A 3VYEA 2R43A 4COEA 1ZP8A 1T3RA 3PI5A 5P00A 3OU1B 5P0TA 1UH9A 2J9KA 5P5AA 5P3JA 2NNPA 5P1AA 4X7IA 4Y48A 4LP9A 4Y5GA 5P3CA 4QJAA 2I4XA 5KAOA 2QI7A 3KDDA 3VCMA 1XS7D 5P6XA 1SIVA 3K4VA 4K4RA 2BJUA 5P79A 3QN8A 3PCZA 3ZL7A 2ZJNA 1SP5A 5P7UA 5BS4A 2FS4A 1MRXA 5P4VA 2O4KA 1FQXA 3B7VA 3TOHA 3OUAA 1MTBA 4Y43A 5P1QA 3UDMA 4YOBA 3ZKQA 1FQ8A 5P23A 1XE5A 4IVSA 4KB9A 3EC0A 4QJ8A 5OYUA 2PYNA 5BWYA 5P13A 1A8GA 5P1RA 1D4YA 4CKUA 4EP2A 5P2YA 5P6MA 4D83A 5P4OA 3JVWA 3CKRA 5P1PA 5OZ0A 2RENA 4QJ2A 3BXSA 3KFSA 5P2FA 5P1VA 5P6BA 3TTPA 3NU6A 4TRWA 5P6OA 3S53A 5P12A 3CKTA 4J1FA 3GI4A 3HLOA 3UQPA 3URLA 3WB4A 2G1RA 5OZ3A 4JOOA 2P3CA 2F3KA 3OU1A 1K6CA 1E5OE 3NUJA 3Q3TA 5P6SA 3INFA 5F01A 4ZEAA 5COOA 1PSNA 5P3PA 5P3NA 1BV7A 4DQBA 3URJA 2APRA 5P0YA 4Y37A 4Y6MA 5P5GA 5DQCA 3R0YA 4Y4DA 4ZSRA 3G70A 1M4HA 2J9JA 5TOLA 2OHUA 3OUDB 5P6PA 1EBZA 4F75A 3PWWA 3OXXA 2OHNA 5OZRA 4YBFA 5P8CA 1APUE 5P4UA 3KMXA 5OYXA 1K1UA 5P2XA 4BELA 3LIZA 5P5PA 5P5EA 3OQKA 4PEPA 2I4UA 3O9GA 5P3MA 3S45A 1SGZA 5HDUA 3UHLA 3Q70A 3EKVA 5P4CA 1HOSA 2G22A 2QHYA 2VA6A 1AZ5A 1HTGA 4PPHA 4Y3HA 1MIQA 3DUYA 2PQZA 5P0BA 2P3AA 1Z8CA 5P7JA 5P5HA 4B1CA 5P44A 2O40A 2QNQA 3PRSA 5KR2A 3UDJA 4YD4A 4YD6A 5P2ZA 2JYSA 4MC1A 3VFAA 2G27A 3S2OA 4HVPA 4K9HA 2B7FA 5P87A 5P10A 3UDPA 1TCXA 3O9HA 1MERA 5P7FA 5P82A 1RNEA 2R5PA 3EKPA 3TH9A 4Z4XA 1LV1A 3H0BA 2HAHA 3INHA 3SA9A 1HTRB 4S1GA 5P33A 3OUDA 4Y3NA 2QHZA 2FGVA 4XX4A 2OHMA 2JE4A 1IVQA 3GGXA 5DQ4A 5AH9A 2F3EA 3VLAA 3VV8A 1BXQA 2PSUA 5OZXA 2ZJIA 2OHPA 4TRYA 4YD7A 5P6NA 4J1CA 3SPKA 4GZFA 2UXZA 3K5DA 5P7AA 1D4KA 4Z50A 5P45A 4ZSMA 1IDBA 1HIHA 5DR8A 4EJDA 5P5SA 3D20A 4FL8A 4XKXA 4YCKA 4TVHA 4MC2A 3EKTA 1RPIA 2O4NA 3BC4A 3ZOVA 1IBQA 7UPJA 1F7AA 2VA5A 3SACA 4FM6A 4Q1XA 5P2BA 5P24A 1LYWB 3I25A 1XE6A 3NU5A 2OAHA 5OZQA 2Z4OA 3SQFA 2QAKA 2IENA 3PHVA 3OQDA 3O9IA 2HM1A 3VLBA 3D1ZA 5P5FA 3VV7A 3QBHA 4WTUA 5OZCA 1ENTE 3EBZA 3KMYA 4FGXA 5P88A 9HVPA 1GVUA 2VNMA 3S56A 2ZJMA 5OZEA 4QJ7A 5EZZA 4YD5A 4GJ7A 5P4IA 3NDUA 3FNSA 3GGVA 3KFRA 1XN2A 5C9BA 1LEEA 2QMDA 1EC3A 2UPJA 4Q1YA 5P22A 4RYGA 5P5MA 1QBRA 3ER5E 1AJVA 2PH8A 2FXEA 2QMFA 5P1CA 4ZE6A 4RYCA 2V00A 2AVSA 3UDQA 1TSUA 2QU3A 3KYRA 4Y36A 1AVFA 4Y56A 1W50A 5P5LA 3EM6A 4RRNA 4CPXA 2CEMA 2WEDA 1LYBA 5ER1E 2H6TA 5P02A 5OZMA 2QD8A 1MSMA 3QBFA 5P56A 3ST5A 5HDVA 1HVIA 1ODXA 5P7KA 1FGCC 3IN3A 5P6KA 2Q5KA 4NJTA 2QMPA 5AHAA 3OK9A 2G26A 5P7CA 5P3UA 5P4LA 2AOGA 4NJSA 5P0QA 3VYDA 1MT8A 5P4GA 4I0FA 3O9FA 3SA8A 5OZJA 3L5EA 5P1DA 4HLAA 1KJ7A 5P4PA 4Y4GA 2AOHA 5SZ9A 3AIDA 2ER0E 4DVFA 3DCRA 3QAAA 3OGQA 5P25A 4Y5EA 5OZOA 1XL5A 1E80E 5P04A 5P32A 5P85A 3OU3A 5P41A 3VF5A 4L7HA 4DUSA 1A8KA 5OZPA 1MESA 2ZE1A 5P0CA 5ISJA 4GYEA 2AVMA 3VFBA 5P4QA 4YBIA 1D4LA 2PYMA 5JFUA 5P2DA 3NDXA 4Y5PA 4JPCA 5P4FA 4HE9A 4ZIPA 3UCBA 1N49A 5P3RA 3LPIA 1DW6C 5P5XA 1ZSRA 5P42A 4Y4XA 3BVAA 3LIQA 4DPIA 2V11C 5P17A 4ZSQA 2WHHA 1BDQA 2FDDA 2G1NA 2B7ZA 3QRMA 3GI0A 1TZSA 1C70A 5P2QA 1BDRA 4U8WA 1W6HA 3KFPA 4GMIA 5AHBA 4FE6A 1K6VA 4R92A 4DFGA 1W5WA 1FQ5A 4OBGA 2IL2A 2ZJKA 5DQ5A 3LZSA 5P8OA 5P47A 2JXRA 1GNOA 1K6PA 1HWRA 4EJKA 3S43B 3BUHA 3VEUA 3OUCA 1BBSA 1D4SA 1B5FB 2VIZA 1ME6A 1FMBA 3BRAA 5P68A 3NWQA 5P3XA 2R3TA 1HSHA 4LBTA 4YA8A 3GI5A 2FDPA 3TLHA 3WZ7A 5P1BA 5P7VA 4LL3A 5P7GA 3PLDA 5P0SA 5OZIA 1FEJC 4Y3ZA 3EM4A 5P6GA 3RSXA 3CIDA 4LAPA 4LXMA 4B72A 3K5CA 3F9QA 1XN3A 1LF4A 1LYAB 1HXWA 5P0GA 5P11A 3KM4A 2V0ZC 5SY3A 4A4QA 1HIVA 1YTJA 2ZDZA 5P2MA 2AVQA 4HDPA 5P0JA 2A4FA 3CYWA 4BEKA 3EKWA 2F8GA 1LF3A 4DJYA 3OHFA 5P14A 4E43A 2BPXA 2HPEA 2PK6A 1EPNE 4Y3YA 3EL0A 5P58A 4H3JA 2FXDA 4Y41A 5P6LA 3S7LA 3IN4A 5P03A 5P8IA 3ZPSA 3U71A 3PCWA 5P46A 5P4XA 2WEBA 3S8IA 1AAQA 5P69A 5P83A 4OBJA 5ENKA 3A2OA 1HVKA 3WSJA 2V10C 1HSGA 2PK5A 4RLDA 1TW7A 3QIHA 1SBGA 3TPJA 3PMUA 5IVSA 2PMAA 1MUIA 3C9XA 2RKGA 1SH9A 4CPQA 1HPSA 2QI4A 3O99A 2G20A 2Q11A 3PSUA 4APRE 5OZNA 5OZTA 2ZHTA 4Y4BA 5P5JA 5DPZA 5P7PA 3LPJA 1GNMA 5COPA 4Y4WA 5P5DA 5I3YA 2IDWA 5P55A 1APWE 3O9DA 4AA8A 3NU9A 5P1JA 4DQFA 3SO9A 3NXEA 5P6FA 2AIDA 5P0OA 4J54A 1BDLA 5P35A 1GVVA 3SA7A 5P2UA 3SAAA 5AHCA 3BHEA 3LZVA 3OU4A 1K2CA 4I12A 6APRE 4FCOA 2Z54A 5J25A 4B05A 4Y5CA 4OBZB 1APTE 3R0WA 1HPXA 1HEFE 5P3WA 5ER2E 4YOAA 2IEOA 4ACUA 5P76A 1EPME 5P84A 3IVHA 4I8WA 2P83A 2HIZA 3FV3A 1HSIA 2O4PA 3I7EA 4D88A 1BVEA 5P5UA 5P4HA 5P3EA 2R38A 5DR7A 5P2EA 5F00A 5P4BA 2BPZA 3H5BA 1FQ4A 4U7QA 1HIIA 5IVRA 5P73A 5HCTA 5HD0A 3B80A 2QI6A 4I10A 1EPQE 4GIDA 4I0EA 1DMPA 1SGUA 3PWMA 2Q63A 4FIVA 2OHSA 3DV5A 5SY2A 3OWNA 1RV7A 1JLDA 3PMYA 1BIMA 5P6YA 1HVRA 5P5RA 2BKTA 3SABA 1IZIA 5P4YA 2QCIA 5P31A 1T6EX 3NDTA 1ODYA 1T6GA 2FDEA 3NLSA 5P5YA 4LXAA 3FIVA 4ACXA 5P6TA 3UQXA 2G1SA 1SDVA 4ER2E 2QI5A 4EQ0A 3LIVA 4OBZA 1MT7A 4I1CA 4F76A 1Z1RA 4Y3TA 2V16C 5P6ZA 4FLGA 4EJ8A 2WKZA 5P66A 2AVOA 4FAEA 5P1OA 5P4SA 2Q3KA 4Y9WA 1FG6C 2JJIA 4JECA 2B42A 3SA5A 4Y5LA 3OQFA 3IXOA 4NPUA 4EXHA 5OZLA 2AZ9A 4B77A 2WF0A 4Y54A 2P8HA 1ER8E 2FMBA 5JG1A 4ZPGA 4R93A 4DJQA 4QLHA 4RGHA 3OUBA 4Y3WA 2F81A 5P0RA 3GI6A 2RKFA 5P3ZA 5P4EA 2I4VA 4RVIA 3WZ6A 2UY0A 5P48A 3L38A 5EZXA 5P8AA 5P2LA 5OZ6A 4DJWA 1J71A 2HC0A 1FKNA 5JFPA 4JP9A 5OZZA 3OHHA 4EHCA 3UDHA 1U8GA 1WBKA 3INEA 2ZHRA 4GJAA 4I0ZA 5PEPA 3ZKXA 4XXSA 3OAGB 4DQCA 8HVPA 3INDA 1C6ZA 1YTGA 5P7ZA 4B1EA 5P5NA 5OYYA 3QS1A 3TNEA 3OQ7A 2Q54A 1PFZA 1CPIA 5P8UA 3SA4A 3BXRA 1NPWA 3BGBA 4J0VA 2NMYA 2V12C 4OBDA 3HAUA 2VIJA 3EKXA 3EL9A 5P6EA 1KJ4A 6UPJA 5P0WA 2ER6E 1MT9A 3DCKA 2QNNA 1AXAA 5HVPA 3PGIA 1C6XA 4J5JA 4Y3RA 3BGCA 1HXBA 3DM6A 3EL5A 4Y3MA 3KF0A 5DR0A 3HZCA 7HVPA 4Y39A 5OZ4A 2R5QA 3MSLA 3SA3A 4D85A 1YTHA 5P64A 5P4ZA 3QPJA 1K6TA 2G1OA 2QK5A 3QRVA 2IGXA 4Y3EA 4Y4TA 4GJ8A 1TCWA 3OTYA 5P3YA 2OHQA 5P4JA 3QROA 3NWXA 5P52A 5P3TA 5P4DA 5P7BA 5P61A 5OYTA 1BXOA 5P4KA 1B6MA 1LZQA 3LIXA 4HA5A 4R91A 3U7SA 1NH0A 4LHHA 5P1SA 3SLZA 1B6KA 5P2OA 1PSOE 1RL8A 4KUPA 4FM8A 5P3AA 1FFFC 4M8XA 4B78A 1UH7A 4Y38A 3BUFA 2OHRA 5OZ9A 5SXNA 3EL1A 2MIPA 5P8VA 1LF2A 1OEWA 2F80A 1LS5A 1FMUA 3I8WA 1G6LA 4Y45A 5OZ8A 2PWRA 5P49A 3UDNA 1T7KA 1OD1A 4FRJA 3FX5A 1LYWA 5P37A 5P4NA 3LPKA 2RSPA 5P59A 3HBOA 1QBUA 3LIYA 1G0VA 1FFIC 4D8CA 1PPLE 5P38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QNP A;  1HPV A;  3LHG A;  5B18 A;  5P1E A;  3HVP A;  1DPJ A;  4Y4E A;  3NUO A;  3RSV A;  5P6H A;  5OYW A;  3ZKS A;  5P0A A;  5P3V A;  1GKT A;  5P6V A;  2XYE A;  3LNK A;  1A30 A;  5OZV A;  5IVT A;  5OZD A;  5P0V A;  2AZ8 A;  3I6O A;  5P8R A;  1ODW A;  4ZPE A;  1MPP A;  2ZHV A;  4TVG A;  2R9B A;  2BBB A;  1B11 A;  4LC7 A;  4I0I A;  2ZJL A;  3O9L B;  4GJ5 A;  4N00 A;  4QGI A;  5P7M A;  1ZPK A;  5OZU A;  5DR3 A;  5P7I A;  2ANL A;  5BRY A;  3N3I A;  5P65 A;  4PZW A;  4HDB A;  3MSK A;  4CPT A;  1XDH A;  4B70 A;  4GJD A;  3R1G B;  5P74 A;  5P0M A;  3SKF A;  3KT5 A;  5P4T A;  1ZTZ A;  2I1A A;  4HEG A;  5P8M A;  4ZSP A;  5HDZ A;  5P4W A;  2I4Q A;  3NU4 A;  3OOZ A;  2O4L A;  4CMS A;  5P29 A;  1GVW A;  3VV6 A;  5P70 A;  3OY4 A;  1HEG E;  3DJK A;  4K4Q A;  5P7D A;  4OD9 A;  5P62 A;  1GVT A;  4Y3D A;  4EP3 A;  3UDK A;  2IKO A;  3ER3 E;  3L5B A;  3HD8 A;  2I0D A;  1E81 E;  3DK1 A;  2ASI A;  5I3V A;  5P6Q A;  5P72 A;  5P1M A;  5UPJ A;  5OZ5 A;  1ZSF A;  1DIF A;  2G69 A;  4Q5M A;  1FMX A;  4OC6 A;  5P77 A;  4EJL A;  4J1I A;  5I3W A;  2I4W A;  3QRS A;  4YHQ A;  3NYG A;  2WJO A;  4L7G A;  5KOS A;  1SDT A;  2I0A A;  3OGP A;  5P50 A;  3OTS A;  1K1T A;  4CP7 A;  4WY1 A;  5P2I A;  5P34 A;  3O9L A;  2FGU A;  3D1Y A;  4WY6 A;  5P7H A;  5OYZ A;  4BFB A;  4RVJ A;  5KQZ A;  4I0J A;  2EWY A;  5HE7 A;  4DH6 A;  4EWO A;  4Y5A A;  3OU4 B;  1EBK C;  3VF7 A;  5P2G A;  3O9B A;  5P71 A;  3FNT A;  3U6A A;  2QHC A;  3PBZ A;  5P2N A;  5P7W A;  3GW5 A;  2VKM A;  4F73 A;  3D1X A;  1WKR A;  1PSA A;  3OXV A;  5P2V A;  2Q15 A;  3O9A A;  5P6W A;  3RTH A;  4MC9 A;  5OZB A;  5P7R A;  2QP8 A;  2G24 A;  1HVL A;  4KE0 A;  5P8N A;  1QDM A;  3ZLQ A;  4Y3G A;  5P7O A;  1BWA A;  2CEJ A;  2ZHU A;  4Z22 A;  3T7P A;  1MTR A;  2QD6 A;  1A9M A;  1APV E;  2FNS A;  5P5O A;  2PSG A;  5P5C A;  2IGY A;  3UDY A;  1FQ7 A;  5DQ2 A;  4DJP A;  4FM7 A;  3VYE A;  2R43 A;  4COE A;  1ZP8 A;  1T3R A;  3PI5 A;  5P00 A;  3OU1 B;  5P0T A;  1UH9 A;  2J9K A;  5P5A A;  5P3J A;  2NNP A;  5P1A A;  4X7I A;  4Y48 A;  4LP9 A;  4Y5G A;  5P3C A;  4QJA A;  2I4X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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