5OZNA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 34
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oznA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oznA01
2A4FA 4YCTA 4D83A 3VSWA 1WBKA 3O9CA 4LBTA 5HDVA 5P8AA 2JJJA 2JYSA 3OOTA 3EM4A 5P4CA 5P2OA 1FGCC 2QHZA 1HPOA 3NYGA 1BVEA 5OZ0A 3DUYA 5HDZA 2V0ZC 4WTUA 3ZPSA 1EBWA 3QS1A 3L38A 3DCRA 2AVQA 3VFBA 2J9JA 3HBOA 6FIVA 1LEEA 5P5MA 3L5DA 5P2LA 1HVRA 5P5DA 5P4AA 4FRKA 3KT2A 1UH8A 3CYWA 2RSPA 4FCOA 3L3AA 5P16A 3H0BA 2G94A 1T7JA 3LZYA 1OEXA 4B70A 4Y41A 5P6JA 2BKSA 3PBZA 2F3KA 4EJ8A 5P3BA 6UPJA 1HTGA 4I0JA 2I4XA 4ZSRA 3RTHA 3OHHA 4Y3LA 4TVGA 3KYRA 3MSLA 3T11A 3QPJA 5P47A 5P5PA 3UDPA 3A2OA 5E5JA 4Y3DA 1BXQA 4DJPA 1MVPA 2WJOA 4Y5EA 2ZJHA 5OZLA 1T6EX 4EXHA 2QHYA 1F34A 4CPUA 5DR3A 1SIPA 1XDHA 1FIVA 4Y3HA 2VNMA 3K5FA 1G0VA 3LNKA 3O99A 3L59A 5OZXA 3ER5E 5F00A 2CEJA 2WF0A 5OYVA 4B1DA 3DK1A 3FIVA 3NUOA 1SGUA 5P2QA 4LL3A 5P57A 1FFFC 3TLHA 1XE5A 4Y5NA 2OHRA 2RENA 2QI6A 5P1OA 2QNPA 5P1WA 5P45A 5P0TA 4ZSMA 2VJ6A 1BAIA 3GI5A 1LF4A 5P01A 5P6BA 2AIDA 5P27A 4LXAA 2R43A 1HTEA 5OZCA 3BRAA 5P6CA 2QZLA 3IXKA 5P2ZA 4RYCA 5P7NA 4LXMA 2FMBA 3SA7A 4RVJA 5P84A 5P05A 2CEMA 2F81A 2ZJLA 5P38A 3QRMA 5P8IA 5P1TA 5KR0A 3NDUA 5P43A 3MSJA 3ZPTA 4PYVA 5P7LA 3D1YA 2AZ8A 4KE0A 4DUSA 2BPXA 2WEBA 2F80A 4L6BA 4DJRA 5P3WA 4KE1A 1G2KA 4Y3RA 2IDWA 5P0EA 3K5GA 4H3GA 5OZ9A 1EPME 4EJLA 4OBJA 5P8JA 4YD7A 3CKTA 5P3YA 5P75A 1B6PA 3LITA 4DQFA 4EXGA 5P8KA 4DQBA 4MC6A 5P25A 5P0VA 1T7KA 4APRE 3GGXA 5P6VA 1U8GA 5P2SA 3K4VC 3QI1A 3MSKA 5P4RA 1K2CA 3UDKA 3TOHA 4Y3AA 4Y48A 2HS1A 2QMFA 5P1GA 1IZHA 3PMUA 4JP9A 4S1GA 4DJVA 3NXEA 2V16C 4Y3ZA 1HTFA 5P5YA 5P0RA 4GJDA 1E80E 5OYUA 4Z50A 4K4PA 5OZHA 1EBYA 3OADB 1PSAA 4B05A 1K6CA 4NKKA 1FQ5A 2UY0A 2AZ9A 5P2KA 2AOEA 4Y3PA 2VIZA 1NSOA 2NNPA 4QJ6A 1AZ5A 4Y4GA 2WEAA 4ACUA 5P55A 4FSLA 4L7GA 4M8YA 1KJGA 5P7EA 3PRSA 5P4FA 1Z1RA 3NWQA 1LS5A 3UDQA 3LIVA 2PH6A 5I3XA 1BXOA 2PSUA 3T7PA 4Y36A 5OZAA 1T6GA 5P71A 2BPZA 5OZPA 3K4VA 5P5CA 3O9AA 3PWRA 2QAKA 3EL9A 5P8NA 5P7FA 2ZE1A 1IDBA 3ZKNA 1APTE 3WB5A 2Z4OA 3O9LA 1YTIA 3IVIA 3TL9A 1RNEA 4Y51A 4UPJA 4FGXA 5P1YA 2G1YA 1MT8A 4B1EA 4QJ8A 1BVGA 4Y5PA 1GKTA 1F7AA 4U8WA 1MT9A 5P4HA 3ZPUA 3VV7A 5OZ4A 4A6BA 5ER1E 5P82A 5P0AA 5P8GA 5AH6A 2OHKA 4Y4AA 3U71A 2ZJJA 4F73A 3UQWA 5P3ZA 5P5QA 4Y4XA 2I4DA 3LHGA 2AQUA 5HE7A 4L7JA 3I7EA 5HCTA 5P6RA 3OHFA 5P2GA 2QHCA 5P2YA 1EPRE 3ZKIA 4I12A 5SY3A 3VYDA 2ZHTA 3DV1A 1RL8A 4GJ5A 5P8TA 4DH6A 4F76A 5P0MA 5P2IA 2B60A 3OTYA 4I0EA 5OZ6A 2O4KA 2QMPA 4QJ2A 5OZWA 4H3IA 3PEPA 3APRE 5P4IA 5P88A 1A94A 2OHUA 2R5PA 4L7HA 2ZJMA 5COOA 5TOLA 4I8WA 3OU1A 2QI7A 2R3WA 1HVIA 2R8NA 4FAFA 4TRYA 5P2RA 1QRPE 2H6SA 3PLLA 2VJ9A 3UF3A 1W51A 1BBSA 3NU4A 4ER2E 2HM1A 3UDHA 4Y3YA 2BJUA 5P7GA 2QMGA 4Y4BA 5P6DA 2ER6E 3NWXA 4GJ6A 4HDBA 4Y3NA 5P36A 5P02A 5P6TA 5P5NA 4Y57A 2A1EA 4J0VA 1HSGA 1T7IA 3IA9A 2ZHRA 5P1NA 4YBFA 5P5HA 4JPCA 3BUHA 4Y4TA 1HVLA 4Y5KA 5P7AA 2P3CA 2WEZA 4FL8A 1QBUA 2PYMA 4M8XA 4Y44A 5P7MA 4OBDA 1E81E 4RLDA 3ZLQA 4GJAA 1W5VA 4YE3A 3NUJA 3ZOVA 5OZ5A 1LZQA 5HD0A 3R4BA 1B6LA 3NU9A 1VIJA 3SA4A 1RV7A 1ER8E 4FE6A 3UQPA 5P7WA 1D4KA 3S53A 5P8UA 5JG1A 1FQ6A 1K1UA 5P6EA 4YCKA 4I0HA 2V13A 4JOOA 5P0IA 1EPNE 1B6JA 4U7VA 3VV6A 4D89A 3BUFA 5P5JA 1MTBA 1KJ7A 3OU4B 5I3VA 5OZKA 1YTJA 5AHCA 2WF2A 1QBTA 2FXDA 3PGIA 5P19A 5DGWA 3K5CA 5P8HA 4DV9A 4DQEA 1A30A 4Y35A 3FX5A 4XX3A 1HIHA 5OZJA 3UDNA 1NH0A 4Y45A 5P2JA 4JECA 4Y3GA 1FQ7A 1EPOE 4NJSA 4WY1A 3TPJA 1SH9A 3HAWA 1K1TA 5P85A 1PSOE 1M43A 1EPPE 3PCZA 4Y3XA 3VLAA 3CKRA 2NMZA 4D85A 5P8CA 3R2FA 3EKXA 3OXCA 3ZKQA 2QNQA 1UPJA 3KN0A 3UQUA 3OU4A 3QN8A 2XFJA 2O40A 5P12A 1YX9A 5P0JA 1HHPA 3BXSA 3OQ7A 4Y3TA 3O9EA 1YM2A 4Y6MA 3D1ZA 3RSVA 5P7IA 2VIJA 4GJ8A 1DPJA 4DFGA 5P7HA 3UDMA 4AA8A 4E43A 1NPAA 1HPSA 3L5FA 5AHAA 2RKGA 5OZVA 2I0DA 4Y5LA 5ISKA 1HPVA 4PHVA 2IS0A 4BFBA 1LV1A 5DPZA 1DIFA 1TQFA 2QU2A 5P56A 1M4HA 4Z4XA 1PFZA 3HVPA 5P48A 3PWWA 1ODXA 1FLHA 3PVKA 4Y3MA 2FS4A 3UFNA 5BRYA 2Q15A 4FM7A 2F3EA 5P4TA 2QMDA 1QDMA 3VG1A 5P4BA 2NMYA 4J55A 5P7XA 1EEDP 3EKYA 2V11C 3CIDA 4R95A 1WKRA 4TRZA 1B6KA 5P68A 4K8SA 1XE6A 2QZXA 1Z8CA 3QAAA 5P20A 3NU5A 3L5BA 2V12C 1ZPAA 5P5ZA 4HVPA 4K9HA 2IQGA 4OBZA 5P5UA 2IKOA 1OD1A 4EQ0A 3GI0A 2WEDA 4R92A 5P26A 2OHSA 5AGZA 2QCIA 4OBHA 5J25A 4J1CA 5P3IA 1HIIA 3TKWA 5P89A 4HE9A 3VF5A 3OXVA 3NDXA 4Y53A 5OZYA 5P1MA 5UPJA 2AOCA 5P65A 5P4WA 3I2LA 3EM3A 3EXOA 1XN3A 2WL0A 3T3CA 2G1NA 3APPA 5KR1A 5OYYA 3KFPA 5P10A 3EL5A 5P7BA 2G22A 5OYSA 5OZ7A 4RCDA 4YOAA 5P7ZA 4FIVA 2G1SA 3EKQA 5P41A 5P3XA 5P1FA 5HTZA 4AMTA 2SAMA 4I8ZA 1BDLA 1A8GA 2IRZA 2JE4A 4GZFA 4LXKA 2FXEA 4BFDA 4RZ1A 1B11A 2QI0A 5P3DA 5P7SA 5P4NA 5HDUA 1FG6C 2Q11A 3DM6A 5ISJA 5SZ9A 2Q5KA 4Y9WA 1CPIA 3SKGA 3F9QA 5P5RA 2RKFA 5P2WA 4ZPEA 4J54A 5P0CA 3OUBA 5P50A 3D1XA 2OHLA 5P6MA 2XFKA 3K1WA 3GGAA 5P03A 2J9KA 3IVHA 2I0AA 3NDWA 1XL2A 1SP5A 2PQZA 4ZIPA 5P08A 1A8KA 1HTRB 2P3DA 1AAQA 3RTMA 1J71A 5P4SA 3O9DA 3EL0A 5DQ5A 3EKWA 3VV8A 5P6PA 3BVAA 1MSNA 1BILA 2G21A 4YD4A 5P6IA 2FDDA 4Y4DA 3CIBA 5P3MA 5P76A 3HD8A 4ER1E 5P6QA 1VIKA 5P28A 3OGQA 5AHBA 5P8QA 2AVMA 4GYEA 1D4SA 4OC6B 5P0XA 1W5WA 5P6OA 1HPXA 1PPME 1A9MA 3FNUA 3VLBA 1D4IA 5I70A 2AZBA 2V00A 1IIQA 4Y47A 1MTRA 2NPHA 4RVIA 3EKVA 4U7QA 3EBZA 5OZ3A 4TRWA 5P1EA 2P3AA 1QBRA 4EJKA 1D4YA 2QZWA 3IAWA 2NXDA 1RPIA 3VF7A 1CZIE 1SMEA 3OU3A 5DR1A 5P63A 3UQRA 1ODWA 1OHRA 2IGYA 3D3TA 2BPVA 5P39A 5DR7A 4OC6A 4H3FA 1AVFA 2G69A 2VIYA 2QD7A 3S2OA 4Y39A 4BELA 5P23A 1FQ8A 4NJTA 1N49A 1LYWA 2ER9E 5P8EA 4HLAA 3JW2A 2WKZA 3SA9A 9HVPA 5P8OA 5P8RA 2AOIA 4PEPA 3UDYA 1APWE 3TKGA 4FSEA 5P14A 3QP0A 2WHHA 4BEKA 5P6AA 4DJQA 1LF2A 1YM4A 1W5XA 2APRA 4Y5BA 5P4QA 1HVCA 1HBVA 1HIVA 3O9LB 5P2DA 5P24A 5P7CA 1IZDA 1ZSFA 3R0YA 5IVTA 2VA5A 2PMAA 4KB9A 5KOQA 4YDGA 2ZHSA 5DR4A 1HVHA 3CICA 2NTRA 3PHVA 4MC2A 4OD9B 2QI4A 2XFIA 5DQ1A 2F8GA 3B7VA 1K6VA 5P7DA 2VJ7A 4ZPFA 1HSHA 3OQAA 3MXEA 3FNSA 3OQFA 3OQDA 5P4JA 4J1KA 1MSMA 5P5OA 4EQJA 1E5OE 4EWOA 5P87A 2O4SA 4FRSA 4R93A 1QS8A 4Q1XA 4RROA 4AUCA 5P34A 2FDPA 4GIDA 5P6UA 5P2UA 2HIZA 1ME6A 3FKTA 2VA6A 3INFA 2PK5A 1ZPKA 1EC3A 3MXDA 1HXWA 3SQFA 3S43A 1ZAPA 4B78A 4IVTA 4DJUA 4NJUA 4OD9A 3ZMGA 4FRJA 1B5FB 2HPEA 3OU1B 2AODA 1IVQA 3Q5HA 5P0UA 1MRWA 3DJKA 1GVUA 2PWRA 5CLMA 4Q1WA 1UH9A 1AM5A 3SKFA 3LZSA 2WF4A 5P7VA 3OXWA 5P3HA 5P62A 3JVWA 4ZLSA 3ECGA 1G35A 4Y56A 5P59A 4Y43A 4DI2A 3NDTA 1EBKC 3L5EA 5OYWA 2AOGA 4LC7A 5P3AA 2Z54A 1EC0A 4X7IA 5DR8A 2P3BA 2I4VA 2ER7E 4Y54A 2HB2A 1C6ZA 3EC0A 1Q9PA 2PSVA 4Y5AA 5AH8A 3OUCA 1BV9A 3LPJA 1B5FA 1Z1HA 2BBBA 3HW1A 5P8PA 1W6HA 3D91A 4MC1A 2CENA 5OZUA 1APUE 5P58A 1YG9A 2IEOA 4RRSA 5P2CA 4AA9A 5P0KA 3S85A 5P42A 2PC0A 2V10C 5P4DA 4DJXA 3R0WA 3UHLA 5P80A 2FNSA 5P51A 2Q64A 4APEA 4FM8A 4HZTA 4B0QA 5P0QA 5P4VA 4GJ7A 4D88A 5P74A 2AOFA 5KQZA 1RQ9A 3O9FA 5KOSA 2P4JA 5P29A 3LIYA 4FRIA 5P0NA 4B77A 1ZP8A 3O9GA 5P0LA 5P52A 1SBGA 2G24A 3PSUA 5P2MA 3LIQA 1D4LA 3VEUA 3BGBA 1MIQA 5E5KA 4N00A 5P15A 4Y4JA 1HVSA 2AZCA 5OYRA 4OBGA 1PROA 5P66A 4Q1NA 1TSQA 3L5CA 3JVYA 5P53A 2FIVA 4I0ZA 5OZQA 3SA8A 5AH7A 5P8LA 1GNMA 5OZOA 3MWSA 3UFLA 1FQXA 3S7LA 3FNTA 1XL5A 5P4EA 5P5AA 2HC0A 5OZBA 2AOJA 5P06A 3LPIA 3OOZA 3PI5A 4DQCA 2XYEA 5P2XA 3PB5A 2G1RA 2IGXA 4I0GA 5P2FA 4ZE6A 2FNTA 3SAAA 2O4LA 1AJVA 5AH9A 5P4XA 1AXAA 1SIVA 4Y4UA 1IZIA 5ENKA 1ENTE 2IKUA 4J0TA 2JXRA 5P7YA 5C9DA 3FSMA 3Q4BA 3SM2A 5P61A 1YTHA 2F3FA 4I11A 5P4YA 3VYFA 1ZSRA 5P0PA 2PYNA 5P1XA 5SXNA 2OHMA 3UQXA 5EZZA 3KDBA 4WY6A 3IXOA 1PPLE 7HVPA 2O4PA 5T4SA 3GW5A 4NPTA 5P11A 1BDRA 5HCOA 4XKXA 4A4QA 4Y5GA 4CPTA 1ODYA 3HDKA 4DJYA 5P7PA 2WECA 4HEGA 3HVGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2A4F A;  4YCT A;  4D83 A;  3VSW A;  1WBK A;  3O9C A;  4LBT A;  5HDV A;  5P8A A;  2JJJ A;  2JYS A;  3OOT A;  3EM4 A;  5P4C A;  5P2O A;  1FGC C;  2QHZ A;  1HPO A;  3NYG A;  1BVE A;  5OZ0 A;  3DUY A;  5HDZ A;  2V0Z C;  4WTU A;  3ZPS A;  1EBW A;  3QS1 A;  3L38 A;  3DCR A;  2AVQ A;  3VFB A;  2J9J A;  3HBO A;  6FIV A;  1LEE A;  5P5M A;  3L5D A;  5P2L A;  1HVR A;  5P5D A;  5P4A A;  4FRK A;  3KT2 A;  1UH8 A;  3CYW A;  2RSP A;  4FCO A;  3L3A A;  5P16 A;  3H0B A;  2G94 A;  1T7J A;  3LZY A;  1OEX A;  4B70 A;  4Y41 A;  5P6J A;  2BKS A;  3PBZ A;  2F3K A;  4EJ8 A;  5P3B A;  6UPJ A;  1HTG A;  4I0J A;  2I4X A;  4ZSR A;  3RTH A;  3OHH A;  4Y3L A;  4TVG A;  3KYR A;  3MSL A;  3T11 A;  3QPJ A;  5P47 A;  5P5P A;  3UDP A;  3A2O A;  5E5J A;  4Y3D A;  1BXQ A;  4DJP A;  1MVP A;  2WJO A;  4Y5E A;  2ZJH A;  5OZL A;  1T6E X;  4EXH A;  2QHY A;  1F34 A;  4CPU A;  5DR3 A;  1SIP A;  1XDH A;  1FIV A;  4Y3H A;  2VNM A;  3K5F A;  1G0V A;  3LNK A;  3O99 A;  3L59 A;  5OZX A;  3ER5 E;  5F00 A;  2CEJ A;  2WF0 A;  5OYV A;  4B1D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AVO A;  5SY2 A;  1KJ4 A;  4DJW A;  5P0B A;  4Y4Z A;  3URL A;  1KJH A;  4Z22 A;  1TCW A;  1D4J A;  1LYB B;  1HEG E;  3DOX A;  5P4O A;  5P1K A;  4I0F A;  2UPJ A;  3R1G B;  1PPK E;  5P7J A;  5DQ4 A;  4GMI A;  4Y5C A;  2QI1 A;  5P7T A;  5P3R A;  5OZI A;  5P3N A;  5P2V A;  3O9B A;  2QNN A;  3Q3T A;  3ER3 E;  2ZDZ A;  1EC1 A;  3UPJ A;  5P5I A;  1SMR A;  4ER4 E;  2H6T A;  3PCW A;  3IND A;  5DQ2 A;  1AJX A;  3IN4 A;  4K4Q A;  2HB4 A;  1MET A;  4LP9 A;  4XXS A;  2B42 A;  3TTP A;  2ZGA A;  3FV3 A;  2OHN A;  3OGP A;  5HDX A;  1ZLF A;  3NU6 A;  2VA7 A;  1LYB A;  4RCF A;  4DJO A;  2ZYE A;  3Q70 A;  5P46 A;  2QP8 A;  3VUC A;  5KR8 A;  2ZJI A;  1DW6 C;  3IN3 A;  5P5B A;  2NNK A;  5P1D A;  5HU0 A;  5P5S A;  1BWB A;  5DQC A;  4YHQ A;  3QIH A;  4B00 A;  3BC4 A;  3OWN A;  3QVI A;  5P0W A;  3GGU A;  3I6O A;  4EPJ A;  4I0I A;  5KQY A;  4J0P A;  5OYZ A;  1YTG A;  1MES A;  5P00 A;  3PWM A;  4J0Z A;  5P54 A;  7UPJ A;  2O4N A;  5P8S A;  5P0Y A;  5P5K A;  4COE A;  5OZS A;  3ST5 A;  2QD6 A;  3OQK A;  2R3T A;  8HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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