5OZOA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 35
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozoA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozoA01
4FM7A 3RTNA 4Y48A 3VYFA 1PSOE 3VYDA 4Y3LA 5OYWA 1YT9A 4DJQA 1UPJA 4RCEA 5P43A 5P1TA 2WF3A 1HSHA 2BJUA 2AZ8A 3CKRA 3OHHA 4Y3TA 4AA8A 1W5VA 5P7EA 5P3LA 5P44A 4DQCA 3T3CA 3FNSA 5P3NA 5P1FA 5P7DA 4J55A 1M0BA 4LXKA 1TZSA 1FFIC 5P2OA 1LF2A 2FDDA 3RVIA 2BKTA 4LBTA 1K6TA 3S43A 3GI4A 5P11A 2QNQA 3K4VC 4FRKA 4OBDA 2NTRA 4F74A 5P3IA 1NPAA 3LZVA 5SY3A 3UF3A 3R1GB 3OGQA 4H1EA 3ER5E 1BV7A 5ENMA 3SKGA 5P7KA 3SLZA 4Q5MA 3URLA 4K4PA 1HPVA 2O4SA 3LZSA 6APRE 5P5GA 5P63A 3LZUA 5P46A 5P6SA 4J0VA 3U71A 4Y3YA 4L7JA 4Q1NA 5P83A 3OHFA 3QBHA 3S43B 4GIDA 4L7HA 3S85A 2QCIA 2V0ZC 4PZWA 4QJAA 3LPKA 4OBKA 3APRE 3LIQA 4DJVA 5P45A 1IIQA 4R95A 3G6ZA 1KJ4A 3S54A 5ENKA 2R5PA 2G94A 5P78A 4CPSA 1ZSFA 5P4AA 3S2OA 2VJ9A 1K1UA 1FQ7A 3APPA 3K1WA 5P8QA 1APUE 1AZ5A 3TTPA 5P4PA 5P4VA 5P7RA 2R38A 1DIFA 2NNPA 5P6LA 1W5XA 2B7ZA 3U7SA 5P6GA 3SM1A 1D4HA 2F3KA 4EWOA 2CENA 3O9BA 3QP0A 2P3BA 2QD7A 1BWAA 4Q1XA 2Q11A 1BDQA 2V16C 3BUFA 5AH9A 5KR8A 1AJVA 1QDMA 5P6NA 3S53A 4Y3EA 5P2CA 4HVPA 4B00A 1BWBA 1BIMA 4Y4TA 3T6IA 5P8OA 9HVPA 5P5QA 3OU1A 5P6VA 5OZ7A 1GVTA 4YD7A 5KQZA 5DR0A 3NR6A 4DUSA 2WHHA 3UHLA 5P75A 3OAGB 5P8BA 3PI0A 2B8LA 3OK9A 2WEBA 2VNNA 5P29A 4DH6A 1EPRE 5OZYA 4ZLSA 1KJFA 3AUPA 2HC0A 4R91A 2P3BB 1ODXA 5P3KA 4Y5PA 5OZDA 4Y50A 5P17A 4Y37A 2CEJA 3ER3E 1EC1A 3L38A 3VEUA 3SQFA 3O9LA 1KJGA 4Y36A 4GB2A 5P5YA 1NPWA 2G1NA 1XN2A 1RNEA 2VIJA 1Z1HA 1EBKC 4DI2A 3FNTA 3PVKA 3OU1B 4OBJA 3SACA 1SH9A 4Y38A 3WZ8A 3UQPA 2AODA 5P64A 1ZSRA 3K4VA 1QBTA 2ZHVA 4FLGA 3SPKA 5P7GA 4J17A 2XYFA 4E43A 2WEAA 5P6DA 2IQGA 2FMBA 2Z4OA 1MERA 5I3VA 5P2XA 4TRWA 5TOLA 4ACXA 5OYUA 4Y5AA 3O9LB 3EL0A 5P16A 5JFUA 5P40A 1LS5A 2V10C 3PGIA 3G72A 1XL5A 1K6CA 1PPKE 1EPOE 4D88A 2PH6A 4Y9WA 4I0IA 2P3CA 1BVEA 5P6RA 5E5KA 3PB5A 2RENA 4Y3MA 1OD1A 1EEDP 3EL5A 5P1VA 4APEA 2G69A 5P0DA 4QJ7A 5P5OA 5P6CA 2HB4A 4JPEA 3GI6A 3BC4A 5P18A 5P3ZA 5OZEA 4Y3SA 4LAPA 4DQFA 2ZGAA 1IZDA 5P7BA 4FRSA 4Y3ZA 5BRYA 2QD6A 4Y5KA 3F9QA 3KN0A 4HDBA 4TRYA 2QMPA 3LZYA 3D91A 5P0KA 3EL1A 3OQDA 5P4YA 5OZQA 1B6KA 1PSNA 5P6YA 2BPWA 2R5QA 5FIVA 3KFRA 5P34A 4HZTA 2ZJKA 4DQHA 5OYZA 3NU9A 5P2SA 5P7QA 5OZLA 1MVPA 3VG1A 3KF0A 1ZP8A 4BFDA 1HPSA 5I3WA 2VJ6A 1KZKA 5DQ1A 4XKXA 2G21A 4U8WA 5P19A 2VS2A 5SY2A 5P6PA 2QMGA 3LIVA 3O99A 1ER8E 3IGBA 5P3SA 4FIVA 5KR0A 2O4NA 5P4WA 5P4OA 2R3WA 3QBFA 2R9BA 3URJA 1XL2A 4KUPA 2G1RA 1T7JA 5OZPA 1XE6A 1E82E 4GJCA 1D4JA 1CMSA 2FGUA 2IGXA 3LPIA 5P5LA 5P06A 2XFIA 2B7FA 5P2BA 2AQUA 5P84A 2VA5A 3O9CA 5P4HA 1MUIA 3UDPA 3VV6A 5KQXA 5P0YA 5P0HA 1APWE 3DV1A 3I7EA 5P74A 1HPXA 5P4EA 1TSQA 3S8IA 2NXLA 3INHA 3O9EA 1QBSA 1YX9A 2P4JA 5P4BA 4Y35A 3ZL7A 4WY1A 5AHAA 5DPZA 1D4LA 3S7LA 2QI4A 3FIVA 5P37A 4DPIA 5DR8A 4AUCA 5P5NA 1GVWA 1MRWA 5P53A 1KJ7A 1HVCA 3UTLA 4J1EA 3UDJA 3UDNA 1MSNA 3I25A 4Y3JA 2FDPA 3DK1A 5KAOA 3VFBA 2AVQA 3NXNA 4RYCA 4RCDA 3INEA 4Y53A 1NPVA 3BHEA 3S56A 1IDBA 1KJHA 2RKGA 1HBVA 2VA6A 2AZ9A 3PCWA 3D1ZA 5P62A 5P38A 4PHVA 4K8SA 5P8PA 3MSKA 3ECGA 1FLHA 4F76A 5BS4A 1YTJA 3BUHA 4OBZA 2JJIA 2EWYA 4EXHA 1E5OE 3NU6A 4DJYA 5P0OA 5APRE 3MWSA 2HS2A 5P2WA 2IRZA 2WF1A 2P3DA 4NPTA 5P6TA 3VYEA 1HVRA 1W6HA 2OAHA 4RVIA 1SGUA 5P7AA 5OZ4A 5P2FA 5P56A 1D4YA 6FIVA 5P4JA 5AHCA 2HPEA 4Z2ZA 5P12A 2VIEA 1HEGE 3IVIA 5OZ2A 3VCMA 5P0CA 3HAUA 5OZ8A 5F01A 1HPOA 4RGHA 2NXMA 5EZXA 3H5BA 4Q1WA 5P4UA 3B80A 5HCOA 5E5JA 4XX4A 1M4HA 5P3OA 5P1UA 5P6KA 3OY4A 5P02A 3L5FA 3LHGA 5I70A 5OZOA 4DVFA 3VFAA 5P8IA 2F3EA 5P4NA 3RSXA 3EKWA 5P1ZA 2OHMA 3NDWA 3NDUA 4PPHA 5B18A 5DGUA 4KB9A 4Y3XA 3INFA 5OZGA 1BDRA 3DCKA 2I0DA 4RLDA 5P1NA 3EKQA 5PEPA 2RMPA 1YG9A 5P10A 3O9GA 4YBFA 3A2OA 5P0LA 4LHHA 4EPJA 5P2GA 3SFCA 1FFFC 5P5CA 5DR1A 5OYTA 4DJPA 5OZ9A 4EJLA 5P4GA 1B11A 2QZXA 4Y5GA 5AHBA 2QHYA 4ZSMA 1C70A 4Y56A 5P8LA 2FS4A 5P23A 3K5FA 2I4XA 3OU4A 3PJ6A 4CPQA 4ZSRA 4I8WA 4Y54A 5P2KA 3RTMA 5P3AA 3DUYA 3EBZA 3NDTA 4Y39A 2IL2A 5P1PA 1HRNA 5P20A 5P3GA 3PWWA 4H3FA 4B78A 4J0YA 4DFGA 4YOAA 1FMXA 3NDXA 3TKWA 2NNKA 5OZIA 2Q5KA 3GI5A 3R2FA 3OTSA 5OYSA 2ZJNA 3KT2A 3PLDA 3Q6YA 4U7VA 1BXQA 2OHTA 2Q64A 3TKGA 1PROA 1SMEA 4B1DA 4HEGA 4U7QA 4COEA 5P60A 3HD8A 3OU4B 4TVGA 5P41A 4ER4E 2VKMA 5P6IA 3VUCA 2FXEA 1BILA 3IN3A 1ZAPA 2BB9A 1W6IA 5P3JA 1G6LA 1K6PA 2XFKA 5P0VA 1F7AA 5P4CA 4YDFA 4B77A 4EJKA 2WEDA 5CLMA 1EC2A 3FSMA 4RVXA 3EC0A 5P07A 5P52A 7UPJA 1IBQA 1OEXA 4Y4JA 5P1WA 3OQ7A 1A30A 5AH8A 5P1XA 1UH9A 3PRSA 3WB5A 3BVBA 3HBOA 5P3TA 3EL9A 3G70A 5P4IA 1SMRA 1C6XA 2QZKA 5P0EA 5P5MA 4DV9A 1SDTA 2BBBA 3O9IA 4CKUA 2WL0A 4A4QA 1T3RA 1HVSA 1W5WA 5P0JA 3FNUA 4ER2E 2G22A 3OXCA 3MXEA 1MESA 3KDCA 5P1RA 1IZIA 5DGWA 2P8HA 5P6JA 4YD4A 2AZCA 4DJXA 2FIVA 2BPZA 5P4DA 3OADA 3OUBA 4XX3A 5DQ2A 3SA5A 3PSGA 4AZYA 1MRXA 1HSGA 2G1SA 2BKSA 3PLLA 3NXEA 4MC2A 1FQ4A 3OWNA 1A94A 5OZAA 5P7LA 5P7FA 1IZEA 1VIKA 1HTRB 4Y3NA 5SXNA 4J0ZA 5IVSA 3HVPA 1K2BA 2FDEA 5HD0A 1B6JA 3EXOA 1T7KA 2ZJMA 4I0GA 3H0BA 5OZNA 5P5SA 3OADB 4EQ0A 1IVPA 2O4KA 5P1QA 2QK5A 3OAGA 4RZ1A 5P0SA 3T7PA 3DJKA 1SIVA 4LXAA 1BAIA 2APRA 5P1BA 1VIJA 3DCRA 4GJAA 3AIDA 4B0QA 4YHQA 5P1JA 4Y4BA 3OGPA 4D8CA 5P0IA 5OYXA 4EJ8A 5P3YA 2ER7E 3DOXA 4I0HA 3SABA 3D3TA 3ZPUA 3QRMA 3L5DA 3M9FA 3KA2A 5DQ5A 5P26A 4KE1A 2B42A 2PK5A 5OZ5A 3S45A 3SA4A 2I1AA 3I2LA 4J0TA 1SBGA 1D4IA 1DP5A 5P2DA 1AVFA 4X2LA 1K1TA 3ZLQA 5OZCA 4Y4XA 3R0WA 1IZHA 5P0RA 2ZHSA 4FE6A 4GJ9A 2B60A 3SM2A 4B72A 5EZZA 3EKVA 2SAMA 2OHNA 5P85A 5P0TA 4ZSQA 1FQXA 5P0PA 1HVKA 4FAFA 2ER6E 3BVAA 3CICA 3VLAA 3VF5A 3HDKA 1HHPA 5OZHA 4NJTA 3NYGA 4HDPA 4I12A 4Z4XA 4CPXA 1RQ9A 2ZDZA 4J1CA 5P8JA 2A4FA 3IXKA 3RU1A 4DJOA 3EKXA 2BPYA 3PSUA 1K6VA 4OBFA 4M8YA 4NPUA 3OQFA 1T7IA 3PMYA 1ZTZA 4QGIA 1EC3A 4FM6A 4Y45A 2AVSA 2VIZA 4WTUA 1XN3A 3T7XA 5OZZA 3QRVA 5P4XA 2IKUA 2WJOA 1QBUA 5P1GA 5P0FA 1EPNE 3TPLA 2PSVA 1D4KA 3IXJA 5I3XA 4Y3PA 5P8EA 2G1YA 2AOIA 1MT7A 1EBYA 4A6BA 5P47A 5P13A 3UDYA 5P8NA 4S1GA 5P72A 1DPJA 5P7OA 1EAGA 3WB4A 4I0ZA 4D83A 4UPJA 1FQ6A 5OYVA 1QS8A 2JXRA 3NUOA 3QI1A 3PM4A 4QJ2A 3I8WA 5P05A 5P80A 3LNKA 3CYWA 4EXGA 5HTZA 2AOFA 5P00A 1FEJC 5P3CA 1SDVA 5P1IA 4LP9A 4L1AB 1BVGA 4Y3RA 4Y5CA 3BGCA 5DR4A 5P30A 3PBDA 4Y3AA 2QHCA 2UPJA 1WBKA 4L6BA 1MPPA 5P5PA 4TRZA 6UPJA 5P65A 3QN8A 1MIQA 4JECA 5P1SA 1HWRA 5OZKA 3B7VA 4Y3QA 3ZKQA 4NJUA 1ENTE 4FS4A 4J1IA 3CKTA 5P5IA 3LINA 3OQAA 5P8CA 2PYMA 4GJ5A 2PWRA 2AZBA 3RSVA 4FM8A 5P35A 3EKYA 2AOCA 2R3TA 4I0JA 1FGCC 1FF0C 1B6MA 5HDUA 5P89A 3L5CA 2Q3KA 4CPTA 3TOFA 5ISKA 2PC0A 2FGVA 2QMDA 2G26A 5P1YA 2I4DA 5P28A 1GVXA 1AAQA 2IS0A 1PPLE 3VSWA 5P2AA 3GGUA 4B05A 3ZMGA 4Y5BA 2I4UA 4Y5MA 5P1DA 2A1EA 5P5RA 2RSPA 3SA9A 4YOBA 4GJ8A 5P6ZA 1Z8CA 4R92A 5P32A 2HIZA 5P79A 3BRAA 4MC9A 1Q9PA 2G20A 2B8VA 5HU1A 4EJDA 3QAAA 2WF4A 3D1XA 5P49A 5KOSA 4RRNA 5OZBA 1LZQA 5P3HA 3PHVA 5P5JA 3BXSA 1HVJA 5P3XA 3TL9A 5P73A 1HIHA 4ER1E 2FLEA 2Q54A 1SGZA 5P7ZA 3KMXA 5P68A 5P8HA 4Y47A 3EKPA 5P6HA 3C9XA 4WY6A 4JP9A 4ZIPA 3PCZA 4Y3GA 5OZUA 2G24A 2QI6A 5JG1A 4GJ7A 5T4SA 5OZJA 1ZPAA 2QI1A 3UFLA 3OXXA 1T6GA 1PSAA 1G35A 4DQEA 3MXDA 5P4FA 2ZJHA 4YCKA 5P1KA 2NR6A 5P5KA 5P7VA 4F73A 4OBHA 5P5FA 1QRPE 3KFNA 4FSLA 3UQWA 3HZCA 4APRE 4DQGA 2QAKA 2QU3A 3OOTA 4ZEAA 4YA8A 4Y3WA 4ZPGA 1D4SA 5P0ZA 5P55A 4NJSA 3KFSA 2UXZA 3WSJA 5P7WA 3O9AA 1GVVA 5IVQA 4GJDA 3VLBA 1TSUA 4B1CA 1W50A 5P8VA 1A9MA 2BQVA 2OHLA 1IDAA 3GGXA 4DJWA 3CKPA 5P8TA 5AGZA 3D20A 2HPFA 3UQUA 3NWXA 3TPJA 5P8AA 1YM4A 2F81A 1N49A 4B1EA 5P8DA 5OZWA 3ZKSA 5P76A 2OF0A 1HVIA 4HA5A 5P3FA 3SKFA 5P58A 3IAWA 2ER0E 3QROA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FM7 A;  3RTN A;  4Y48 A;  3VYF A;  1PSO E;  3VYD A;  4Y3L A;  5OYW A;  1YT9 A;  4DJQ A;  1UPJ A;  4RCE A;  5P43 A;  5P1T A;  2WF3 A;  1HSH A;  2BJU A;  2AZ8 A;  3CKR A;  3OHH A;  4Y3T A;  4AA8 A;  1W5V A;  5P7E A;  5P3L A;  5P44 A;  4DQC A;  3T3C A;  3FNS A;  5P3N A;  5P1F A;  5P7D A;  4J55 A;  1M0B A;  4LXK A;  1TZS A;  1FFI C;  5P2O A;  1LF2 A;  2FDD A;  3RVI A;  2BKT A;  4LBT A;  1K6T A;  3S43 A;  3GI4 A;  5P11 A;  2QNQ A;  3K4V C;  4FRK A;  4OBD A;  2NTR A;  4F74 A;  5P3I A;  1NPA A;  3LZV A;  5SY3 A;  3UF3 A;  3R1G B;  3OGQ A;  4H1E A;  3ER5 E;  1BV7 A;  5ENM A;  3SKG A;  5P7K A;  3SLZ A;  4Q5M A;  3URL A;  4K4P A;  1HPV A;  2O4S A;  3LZS A;  6APR E;  5P5G A;  5P63 A;  3LZU A;  5P46 A;  5P6S A;  4J0V A;  3U71 A;  4Y3Y A;  4L7J A;  4Q1N A;  5P83 A;  3OHF A;  3QBH A;  3S43 B;  4GID A;  4L7H A;  3S85 A;  2QCI A;  2V0Z C;  4PZW A;  4QJA A;  3LPK A;  4OBK A;  3APR E;  3LIQ A;  4DJV A;  5P45 A;  1IIQ A;  4R95 A;  3G6Z A;  1KJ4 A;  3S54 A;  5ENK A;  2R5P A;  2G94 A;  5P78 A;  4CPS A;  1ZSF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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