5OZSA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 39
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozsA01
2ZJKA 4Y39A 3U71A 2I4XA 3R4BA 4COEA 5P42A 5HTZA 3I6OA 5P3CA 3ZL7A 2G21A 2I0AA 4RVXA 3OUCA 4FS4A 1GVUA 4BEKA 4RRNA 2JJIA 3EKWA 4LAPA 1APTE 1FB7A 5IS4A 2QMPA 5OZKA 5HU1A 3K5DA 3OU4B 3S53A 2NR6A 1EPPE 4EHCA 7UPJA 2F3EA 5P0YA 1FQ5A 3IXOA 5AH7A 5P6QA 5OZ9A 4DPIA 1DMPA 3LIXA 1HPSA 2G1YA 5P49A 5P6FA 2WEAA 4WTUA 5F01A 5P1DA 5P43A 1HSIA 3TKWA 2P3BB 4B78A 2VJ9A 3FV3A 5P36A 3UQPA 5SY2A 3QVIA 1XN2A 4D85A 3DCKA 3APRE 1APUE 2G1RA 3VFAA 1BDRA 4YCTA 4GJ9A 2MIPA 4FSLA 4DQHA 1OD1A 4Y48A 5P8GA 1EC2A 5P4NA 3PSYA 2WECA 3PEPA 5P84A 1IVPA 3CMSA 3R1GB 1TZSA 2FXEA 5P50A 3GGXA 4Y5EA 3ER3E 4MC6A 3BHEA 1Z8CA 3QN8A 3PWMA 5P4WA 5DR1A 1E5OE 2O4LA 4Y57A 2UXZA 3OAGA 3CYXA 5HDVA 3WZ6A 4LHHA 2AZCA 3I2LA 4EXHA 5AHAA 3NUJA 2BB9A 3VV8A 2AOEA 1HIHA 4MC9A 1HEFE 1W6HA 4EP2A 1SGZA 4Y4DA 1T6EX 5P78A 3OOTA 2UY0A 5HDUA 5T4SA 4I1CA 5P01A 2QNPA 5P1OA 3O9EA 3ZKGA 1OHRA 5OZFA 3UDKA 2WF4A 3UDJA 2PSGA 3MSKA 4JPEA 5P3MA 4R5NA 5P18A 5OZLA 5EZZA 5P8IA 2WJOA 1K2BA 3L38A 5P7NA 1SDTA 5P2CA 2Z4OA 1DPJA 4PZWA 1FEJC 2IKOA 5UPJA 5DQ5A 3UPJA 4FLGA 2F81A 1BXQA 1HWRA 1CZIE 2I0DA 2BJUA 1PSAA 3OADB 2AVVA 5OZAA 3DK1A 2IS0A 5P4KA 3U6AA 5OZYA 5P5KA 1LS5A 3S54A 5P6ZA 2PH6A 3OTSA 1K1UA 5DR7A 2VJ6A 4H3IA 5P0ZA 1KJGA 2ASIA 3KFSA 5P3IA 5P6TA 3EL5A 4AMTA 1FFFC 5P3PA 2P4JA 5FIVA 3Q4BA 4QJ6A 4Y4AA 1E81E 5P1FA 4CPSA 5KR0A 1FLHA 3PWWA 1HVRA 1XDHA 3EKVA 4Y6MA 1MT8A 5OZ4A 2QMGA 5P66A 1B6JA 2FGVA 3IVIA 5P24A 3VV6A 5P7AA 3B7VA 5P7FA 5BWYA 2VNMA 5P0IA 3BUGA 3WB5A 5P1GA 5JG1A 4EP3A 5P0PA 5P7PA 1XL5A 3FNTA 5P2DA 5P4GA 1HVSA 4J1CA 2OHMA 5P2AA 5HD0A 4HEGA 4ZPGA 2QHZA 3JVYA 5P5NA 5P8SA 4MC1A 4ZLSA 4GB2A 3QRMA 4FM6A 2ZJNA 4GYEA 3GI4A 3BVAA 4YCKA 1W50A 4ZIPA 5OZCA 1F7AA 5P02A 3LITA 3D91A 2AIDA 3DUYA 2AZ9A 3NU6A 5P05A 2WF0A 3EL0A 5P3SA 1HTGA 1QDMA 3GGAA 3KM4A 1MVPA 1D4LA 3L5BA 3IA9A 2QD6A 1TCXA 3QROA 1BILA 3URIA 2IKUA 4YBIA 4CPWA 5OYRA 1SGUA 1SMEA 1LYBB 2Q11A 4U7QA 1UH8A 4J17A 1GNOA 1W5XA 5P0JA 4DH6A 5P6UA 2WKZA 5P4FA 3I7EA 5OZ8A 3JW2A 5DGWA 3LIQA 5P4HA 3KT2A 2ER7E 2QZKA 3INDA 1HSHA 1A30A 3AIDA 1EBYA 3OXWA 3TPLA 1AJXA 4QLHA 2RKFA 5P3OA 5P68A 5P8FA 5P59A 4BFBA 5P2OA 1HRNA 5P5XA 3VYEA 1HOSA 4Y4TA 2I4VA 2I1AA 2HM1A 3OUDA 4YOBA 1TSUA 5OZEA 5P4CA 3PMUA 5P5BA 5P35A 4ACUA 4Y5CA 1K2CA 1MT7A 3ZPSA 2ZDZA 3PCWA 1EPME 5P7EA 1FKNA 5P2UA 4Y3JA 2QCIA 5P8EA 3URLA 2OHPA 1FQ8A 3EL1A 1BXOA 3SPKA 1SH9A 3K1WA 4EWOA 3OWNA 4X7IA 5P74A 2ANLA 4YA8A 5HDXA 5P03A 5P4OA 3SAAA 4Y37A 1BV9A 3K4VA 3PI5A 5P7HA 4KE1A 3ZKQA 1A8KA 1T7IA 3QAAA 5P5HA 4RVIA 5P4BA 4ACXA 3ZKSA 1ZLFA 3KF0A 5P3GA 5P4QA 2B7ZA 2FXDA 2G1NA 2BKTA 2ZJHA 3FKTA 2QI1A 3RVIA 4Y3DA 5COOA 5P44A 3SA5A 4PZXA 3QBHA 4OBGA 4NJUA 4ER2E 4DJRA 2BPZA 3UQUA 3LNKA 4XX4A 5DR8A 4R93A 5CLMA 3QBFA 3CYWA 5P3NA 3K5GA 3OHHA 3OXCA 1YTJA 5I3VA 4GJDA 4KE0A 5P7OA 3NXEA 4Y4WA 5OZ6A 5P7ZA 3INEA 4R91A 5P8AA 2I4WA 4OBHA 1M4HA 3R0WA 2WEBA 4D88A 2OHRA 3SACA 1SIVA 5P7JA 3G72A 1EPQE 5KR1A 4OD9A 5COPA 2H6TA 5KOQA 3O9CA 5P8OA 1EPLE 3VYFA 1RQ9A 5P4RA 3IXJA 3KA2A 2V0ZC 1APWE 2J9JB 4QGIA 2HC0A 5P5OA 2IL2A 3HDKA 2I4UA 5DQ4A 3SO9A 1IZDA 5OZ7A 1QBTA 5P4SA 1LYWB 4RYGA 2F8GA 5COKA 4J0TA 5BS4A 1AZ5A 5P83A 1HXWA 4YD6A 2FDEA 2QZLA 5P60A 3K5FA 4NJVA 5P8LA 3TNEA 2PWCA 2QI6A 3OGPA 1MSNA 3OQFA 2BKSA 3UDHA 5P13A 3MSLA 3SA3A 2FDPA 2WEDA 5P41A 5P25A 1UH9A 1NPAA 5P3ZA 5P6GA 5P6MA 5P09A 4Y4EA 1MSMA 5P2BA 3UDNA 5AHCA 5P8UA 4GJBA 3ST5A 5P8BA 2QI4A 1AAQA 4OC6B 4YD5A 3VYDA 4R95A 1KJ4A 5P77A 4I0EA 5P23A 2V11C 1ZPAA 5P7RA 4DJQA 5P32A 3UHLA 1YTGA 5P3BA 2P3CA 1LF2A 3NLSA 4Y5MA 3SM1A 3QRSA 1ZP8A 3RSXA 5KR2A 2QHYA 4DJWA 3FNSA 1HSGA 1BBSA 5P6HA 1K1TA 2HPFA 5HCTA 5P1TA 1BWAA 4I11A 4GMIA 3KDBA 3D20A 2P83A 2QNQA 3HW1A 5P20A 2P3DA 3TPPA 4J1HA 3WB4A 1G35A 1FMXA 1MUIA 5SY3A 1KZKA 3MWSA 2QI3A 4K4QA 2RSPA 5P0LA 5F00A 5P17A 5P04A 3CIDA 4Y3LA 4QJ9A 3D1YA 5AGZA 5KQFA 4CPRA 4GJ5A 2QMDA 3HLOA 3SKGA 5P2MA 4Y41A 3L58A 4Z4XA 4U7VA 4YDFA 3OU1A 5P6JA 3KDCA 3PLLA 3BC4A 4FCOA 2AVMA 2HPEA 4B0QA 3DJKA 1YT9A 3OK9A 1EBWA 5OZBA 4HZTA 1A94A 2O40A 3CIBA 3NWXA 4FSEA 5P5AA 1QRPE 5P19A 2FLEA 2VNNA 2ZHRA 2B42A 3KN0A 1MERA 5HE4A 5P56A 3EM6A 2F3FA 2QZXA 3S43B 4TRWA 2OHNA 3QRVA 3IVHA 4X2LA 2V16C 3ZKXA 1WKRA 4I12A 1EC3A 4XX3A 5DQ2A 1PPLE 5HE7A 5P1IA 1DIFA 3NR6A 1HTEA 5P75A 1HVKA 4ZPEA 1OEWA 2PYMA 3HVPA 1K6VA 3UDRA 3O9GA 1ZJ7A 5ENMA 3INFA 4EYRA 3LIYA 3NSHA 2PK6A 1VIKA 2R9BA 4FRSA 4N00A 1GVXA 5P2NA 4F75A 4OBKA 4Y4BA 5P3RA 4Q1YA 5HVPA 3PSUA 5P10A 3LZVA 2SAMA 1HPVA 3RU1A 2V12C 5P1QA 1EC1A 4WY1A 4FGXA 5OZZA 1HVLA 5P6WA 2FDDA 9HVPA 4HA5A 5P86A 4U8WA 4LL3A 1N49A 5P1XA 5P81A 4J1EA 1B6KA 1MPPA 3IXKA 4LXAA 1YM2A 1FF0C 5I3WA 3BXSA 2IGYA 5P2VA 4FAFA 3OY4A 3GW5A 4J5JA 4L1AA 3T11A 3SM2A 2BPVA 4Y3YA 5P8DA 4DJXA 5P6XA 1M0BA 3NU5A 4EJKA 3IGBA 4J1IA 3TOHA 5OZSA 1B6LA 5P6BA 3BVBA 3PJ6A 3TPJA 1MIQA 3O9BA 2IGXA 4R8YA 5ER2E 4Y4XA 2BPYA 5P2EA 3S56A 5P1ZA 1MEUA 2G69A 2WF1A 3DM6A 3NYGA 3MXEA 3QS1A 2ZJIA 3G6ZA 5OZXA 3FNUA 3VLBA 1FMBA 3T6IA 4YHQA 1MRXA 2G27A 5P22A 3OOZA 7HVPA 2HIZA 3H0BA 3OHFA 2OHSA 4OBDA 3I8WA 5P08A 1K6TA 5P0HA 4FRJA 5P70A 3BRAA 3OTYA 2Q64A 2F3KA 3EKTA 5P4YA 4RCEA 1QBRA 5P52A 5P31A 3T7PA 4EXGA 5P8QA 5AHBA 1PSNA 3TKGA 4XXSA 2NMZA 4Z22A 5P0BA 1AVFA 2WL0A 2HB4A 3UTLA 4AA8A 5P07A 4FIVA 4J1FA 4GJCA 1C70A 1A8GA 5P0SA 3UCBA 3NXNA 5P0KA 2QI7A 4JOOA 3S7LA 3SA9A 1G6LA 4WY6A 4PEPA 1RPIA 1BVGA 4LBTA 1IVQA 3LIVA 4GJ7A 5P5JA 4Y3MA 5P5EA 3L5FA 3OUBA 4OBZA 5P4TA 3KT5A 2ER9E 4RCFA 1AIDA 5P3TA 4FL8A 2VJ7A 4I8WA 3PLDA 1LYAA 4RCDA 4BFDA 3OQAA 1HPOA 5OYYA 5P6SA 5P5LA 2IDWA 4I0IA 5P47A 5P2RA 3OQKA 1T7JA 5TOLA 5P0DA 5P63A 1XL2A 2AZBA 3KMYA 5P0XA 4QJ8A 5E5KA 5OYVA 1HIIA 2RMPA 3EKPA 5P1JA 3BGCA 4Y54A 5P73A 5P1PA 5APRE 1HTFA 4DJVA 4Y3TA 4K8SA 3M9FA 1KJHA 5KQYA 2XYFA 5IVTA 2VKMA 5AH9A 5P2JA 2QI5A 5P2WA 1G0VA 3OAGB 2BQVA 3T7QA 4J1KA 5P55A 2AOJA 3CKTA 3N3IA 5P5CA 1BWBA 5P7UA 4DFGA 3VFBA 2XFKA 2AZ8A 4LP9A 1TSQA 3SA8A 5HE5A 4H3FA 5P62A 1AXAA 5DR3A 1PPKE 1Z1RA 3EXOA 2VA5A 2G26A 2I4QA 2P3AA 1C6YA 2AOIA 3OXVA 3VCMA 3GI0A 4GJ8A 2IRZA 3EKYA 2QI0A 3T7XA 3QI1A 4IVSA 5OYQA 4ER4E 5P6VA 4CPTA 2IEOA 4B00A 5P2ZA 4FAEA 3QPJA 5P8RA 5OYWA 1TQFA 2OHTA 4YD7A 5E5JA 2R8NA 2QK5A 2QU2A 2QD8A 3DV5A 3BUHA 5P6OA 3O9LA 4ZPFA 2FIVA 5P1WA 5P3DA 4FM8A 4Q1XA 5P5WA 5P7XA 5OYXA 5OZJA 5P7VA 4ZSRA 3L3AA 4DJOA 5P3QA 2APRA 5EZXA 1ZSFA 4K4PA 5P5SA 1MTRA 2FS4A 5P3WA 5P2KA 4S1GA 3PMYA 3JVWA 3PWRA 1XE5A 5P8MA 1META 3LHGA 4DQCA 3S85A 5P33A 5P7BA 2PMAA 4APEA 5P0VA 2ZJMA 4Z50A 1GVWA 1WBKA 4HDPA 1EPRE 5OZQA 3WZ8A 8HVPA 2XFJA 3PBZA 3D3TA 5P61A 1ZBGA 4OBJA 4F74A 5P4AA 1B5FA 2O4KA 4H1EA 4J0ZA 3LZUA 2AODA 4RZ1A 4YOAA 3L59A 1ODYA 4Y4JA 5P5IA 4TRYA 4Y3EA 2AVOA 2R43A 4HE9A 5J25A 1ENTE 4DUSA 3GI6A 3LIZA 3QIHA 5P1CA 4CKUA 5P28A 3SQFA 3IAWA 3PM4A 1BDLA 5P5QA 3R2FA 2ZJJA 5P72A 1BIMA 3HVGA 2QNNA 2G1OA 5P69A 1IZEA 5P7GA 2ZGAA 1XN3A 3O9IA 1B6MA 4F76A 5OZIA 5P4MA 3NDTA 5SZ9A 1MESA 3TOFA 4DQEA 3OU4A 5P4PA 3G70A 1LEEA 5P64A 4YCYA 4LXMA 4YDGA 4I0JA 5P11A 3IN3A 3FX5A 3TOGA 2NXLA 1ME6A 4KUPA 4DJUA 5P14A 4Y35A 3OQ7A 2NNKA 5P5PA 5OYTA 4Y3AA 3RSVA 2HS1A 2O4SA 2QU3A 5P0MA 4RVJA 4DI2A 2P3BA 2ER0E 3GGVA 3UQXA 4XKXA 3ECGA 5DGUA 5OZ2A 3LPJA 3UQWA 5P79A 3OUDB 5P2QA 4RROA 3EBZA 3VF7A 5C9DA 2QP8A 3O99A 3NDWA 2QD7A 3K4VC 3Q70A 3LZYA 4Y38A 2B60A 3PRSA 4Y9WA 1K6PA 5DQCA 3NUOA 5ISKA 3PSGA 1G2KA 4EJLA 3O9FA 3VEUA 2Q5KA 2CEJA 4J0VA 1GKTA 5P8JA 3TLHA 5P57A 5P0QA 1ZSRA 5P5UA 2ZHUA 4D89A 2IENA 2BPWA 1IZIA 2RKGA 4JECA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJK A;  4Y39 A;  3U71 A;  2I4X A;  3R4B A;  4COE A;  5P42 A;  5HTZ A;  3I6O A;  5P3C A;  3ZL7 A;  2G21 A;  2I0A A;  4RVX A;  3OUC A;  4FS4 A;  1GVU A;  4BEK A;  4RRN A;  2JJI A;  3EKW A;  4LAP A;  1APT E;  1FB7 A;  5IS4 A;  2QMP A;  5OZK A;  5HU1 A;  3K5D A;  3OU4 B;  3S53 A;  2NR6 A;  1EPP E;  4EHC A;  7UPJ A;  2F3E A;  5P0Y A;  1FQ5 A;  3IXO A;  5AH7 A;  5P6Q A;  5OZ9 A;  4DPI A;  1DMP A;  3LIX A;  1HPS A;  2G1Y A;  5P49 A;  5P6F A;  2WEA A;  4WTU A;  5F01 A;  5P1D A;  5P43 A;  1HSI A;  3TKW A;  2P3B B;  4B78 A;  2VJ9 A;  3FV3 A;  5P36 A;  3UQP A;  5SY2 A;  3QVI A;  1XN2 A;  4D85 A;  3DCK A;  3APR E;  1APU E;  2G1R A;  3VFA A;  1BDR A;  4YCT A;  4GJ9 A;  2MIP A;  4FSL A;  4DQH A;  1OD1 A;  4Y48 A;  5P8G A;  1EC2 A;  5P4N A;  3PSY A;  2WEC A;  3PEP A;  5P84 A;  1IVP A;  3CMS A;  3R1G B;  1TZS A;  2FXE A;  5P50 A;  3GGX A;  4Y5E A;  3ER3 E;  4MC6 A;  3BHE A;  1Z8C A;  3QN8 A;  3PWM A;  5P4W A;  5DR1 A;  1E5O E;  2O4L A;  4Y57 A;  2UXZ A;  3OAG A;  3CYX A;  5HDV A;  3WZ6 A;  4LHH A;  2AZC A;  3I2L A;  4EXH A;  5AHA A;  3NUJ A;  2BB9 A;  3VV8 A;  2AOE A;  1HIH A;  4MC9 A;  1HEF E;  1W6H A;  4EP2 A;  1SGZ A;  4Y4D A;  1T6E X;  5P78 A;  3OOT A;  2UY0 A;  5HDU A;  5T4S A;  4I1C A;  5P01 A;  2QNP A;  5P1O A;  3O9E A;  3ZKG A;  1OHR A;  5OZF A;  3UDK A;  2WF4 A;  3UDJ A;  2PSG A;  3MSK A;  4JPE A;  5P3M A;  4R5N A;  5P18 A;  5OZL A;  5EZZ A;  5P8I A;  2WJO A;  1K2B A;  3L38 A;  5P7N A;  1SDT A;  5P2C A;  2Z4O A;  1DPJ A;  4PZW A;  1FEJ C;  2IKO A;  5UPJ A;  5DQ5 A;  3UPJ A;  4FLG A;  2F81 A;  1BXQ A;  1HWR A;  1CZI E;  2I0D A;  2BJU A;  1PSA A;  3OAD B;  2AVV A;  5OZA A;  3DK1 A;  2IS0 A;  5P4K A;  3U6A A;  5OZY A;  5P5K A;  1LS5 A;  3S54 A;  5P6Z A;  2PH6 A;  3OTS A;  1K1U A;  5DR7 A;  2VJ6 A;  4H3I A;  5P0Z A;  1KJG A;  2ASI A;  3KFS A;  5P3I A;  5P6T A;  3EL5 A;  4AMT A;  1FFF C;  5P3P A;  2P4J A;  5FIV A;  3Q4B A;  4QJ6 A;  4Y4A A;  1E81 E;  5P1F A;  4CPS A;  5KR0 A;  1FLH A;  3PWW A;  1HVR A;  1XDH A;  3EKV A;  4Y6M A;  1MT8 A;  5OZ4 A;  2QMG A;  5P66 A;  1B6J A;  2FGV A;  3IVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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