5OZTA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 40
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oztA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oztA01
3L5BA 1HHPA 2FDDA 2RKGA 3UPJA 5P5JA 5P2UA 2ZHRA 3L58A 1QBTA 3UQUA 2G1OA 3K4VA 3T7QA 1YT9A 4Y4UA 3SQFA 4I0DA 4I11A 1FFIC 3UDKA 2QK5A 5P69A 5HD0A 2V00A 5P1XA 5AH7A 3AIDA 4Q5MA 5P57A 1EAGA 5P60A 5P6MA 5P6WA 4FRJA 5P0DA 4J5JA 5OZJA 1YTGA 3MSLA 1DW6C 2B42A 4FM6A 4ER1E 5P5VA 1FG6C 4PYVA 4Z22A 1GVVA 5P88A 4D85A 5P2AA 4XKXA 4FGXA 5P5RA 5P36A 4RVIA 3ZL7A 4LAPA 5P4LA 1LZQA 3GI5A 4Y5BA 5P2QA 4DJXA 4Y5AA 2QNNA 4J1EA 5P3LA 5OZRA 4FCOA 4KE0A 2UPJA 4H3JA 3R1GB 2OHNA 2QD6A 2G1RA 2QP8A 2QZWA 4XX4A 4J1HA 3APRE 1NPVA 3SA4A 2IQGA 4TRWA 5P4MA 1ODXA 2QI0A 1HVRA 2Z4OA 5OZMA 3KMXA 4PZXA 3MXDA 5P33A 4ZIPA 5P6RA 2WEDA 1HXWA 1TCWA 2OHTA 1BV9A 3GW5A 3PBDA 3CIDA 3S85A 3K5FA 4Y9WA 4QJAA 4Y45A 3IVIA 5OZ4A 3AUPA 3BVAA 5P13A 5P77A 5UPJA 5P4SA 2AVQA 5P6FA 5P06A 5P5IA 2BPWA 1HPVA 5P8PA 3KDDA 3CYXA 3LPJA 3R4BA 3FIVA 2XFKA 5EZZA 3OOZA 4B1EA 1IVQA 2NMZA 4A4QA 2G21A 2HM1A 5CLMA 5DQ4A 3MWSA 4DQEA 4Y4AA 1B6LA 2R43A 5P2ZA 5ENKA 2NXLA 3G72A 2VJ6A 3PBZA 5P5FA 3UDMA 2F80A 3NU9A 1EPPE 4Q1WA 5TOLA 5P8AA 4Y5MA 3LPKA 4NJSA 5P1CA 5P7WA 2QHYA 2QI5A 1B6PA 4CPUA 5P6AA 5P5HA 1QS8A 4EP3A 5P2MA 5P2LA 2PWRA 1TZSA 2B8VA 4Y4DA 2RMPA 4J17A 4Y4JA 3D1ZA 5P62A 1FFFC 5HVPA 2VS2A 4NPTA 3T3CA 3SAAA 2AZBA 3EKVA 4GJ8A 5P85A 1PSAA 2WKZA 1D4YA 3S8IA 2VA5A 1J71A 2G1SA 3EL9A 1EPOE 4DJYA 3L3AA 4GJ7A 5P27A 2HPFA 3WZ7A 4U8WA 3RVIA 4TRZA 3UFNA 3DCKA 3QS1A 5P1IA 4J55A 1FB7A 1FQXA 5P34A 1E81E 2IEOA 5P1RA 4Y39A 4Y3GA 1BBSA 1G35A 3QI1A 3TNEA 1BDRA 5P1KA 4GJ6A 5AHAA 2QHCA 5P8SA 2QNQA 4DH6A 3SABA 3VCMA 4EJKA 2F3KA 1HVLA 1EC2A 4Y5NA 4B1DA 5P6JA 2IKOA 4K4RA 5JFUA 5P0NA 1KJHA 4LBTA 3Q4BA 5P29A 5P3WA 1MT8A 5P6EA 4ZSQA 5P18A 3NDTA 3UQRA 3HW1A 2ASIA 4Y3NA 5P6YA 1ZTZA 3PLDA 2AVMA 5P0MA 1W5XA 3CMSA 5P6DA 1KJGA 4Y4ZA 2QAKA 3UDNA 3NU3A 1D4IA 4FIVA 4Y58A 4Y56A 1ZPAA 2WL0A 1XL5A 5OZDA 4F73A 4FSEA 5P7CA 5OZ7A 4GJ5A 5P56A 3KFSA 3OU3A 5OZ0A 2O4PA 1SH9A 4CPWA 4COEA 2AOGA 4Y48A 3R0WA 5P0IA 4I1CA 4YCKA 1T3RA 5APRE 5P1EA 4Y4GA 4M8YA 1D4KA 2IRZA 4YCYA 1FLHA 2ER7E 4DQFA 2OF0A 5P1BA 2AVSA 4Y3WA 5P6ZA 1ME6A 4OBFA 5P28A 1SGZA 4Y4TA 3O9LB 4CPTA 3QBFA 4B72A 5P4XA 2CEJA 2NTRA 5P73A 1K6VA 1MERA 1FKNA 3HBOA 5BS4A 2OAHA 2VJ7A 4EXGA 3O9LA 5P11A 2FMBA 4Y50A 3T6IA 3LINA 4TVGA 3OU4B 3JVWA 4OBDA 5OZTA 5P8QA 4BFDA 4YBIA 5P05A 2PSGA 4Y3FA 5P64A 5P0PA 5P3YA 4J0VA 1CZIE 5P79A 3L5DA 5AGZA 5P67A 5P47A 3OU4A 4RVXA 4Y4XA 5P45A 4AZYA 4Y4WA 3PSGA 5P0KA 3EM6A 3S56A 2P8HA 4RVJA 5P43A 1LYBB 5I3YA 1LYAB 1N49A 5P1FA 3OQFA 3L38A 5P3GA 4GJ9A 5P8CA 4Y3SA 3B7VA 5P7EA 4HDFA 1B6JA 1EC0A 1LYBA 5P8OA 1LYAA 2PSUA 5P0UA 2FDPA 2APRA 1MPPA 5OZ3A 5P1JA 5P3CA 2QU3A 5P17A 2I4DA 3BUHA 3LZVA 4OBZB 3KYRA 2QMDA 1BAIA 1BIMA 2V0ZC 3OADB 5P61A 4Y43A 3KA2A 5OZBA 2XFJA 3S43B 1ODWA 4IVSA 5P5DA 5P0TA 4FAFA 1HVHA 4OBZA 4JPCA 4LC7A 1KZKA 3OADA 1LF2A 4I0IA 3S43A 3VFBA 1KJ4A 5P0AA 4Y3XA 5P2HA 5P5GA 5P89A 4U7QA 3OY4A 5SY3A 3D3TA 2P3AA 2ZJMA 5P2NA 4L1AB 1XN3A 4Y5GA 5P8TA 3VF5A 1YM2A 4YD6A 4YA8A 3JW2A 3LIZA 4FM7A 5P4FA 1ENTE 1BWAA 1IDBA 4WTUA 3M9FA 4HVPA 1FMXA 3DUYA 1BXQA 4BFBA 1VIJA 2OHSA 3INDA 2V10C 3LPIA 5P5WA 4CP7A 4RCEA 5P3OA 3G6ZA 4APEA 3EL4A 5P07A 2BPVA 5DQ2A 2AOFA 4B00A 4Q1XA 3GGAA 1HPXA 5P31A 4QJ7A 2V16C 4RROA 5COKA 4B1CA 4L7GA 1NH0A 1C6XA 3PGIA 5EZXA 4D83A 5OYYA 4ZSRA 5OZ5A 4Y41A 2NNKA 3QVCA 1W5VA 5P7FA 4OBKA 4XXSA 5OZNA 4DVFA 5DQCA 5ISKA 5P6IA 5T4SA 5P01A 5P5UA 5P2EA 2VJ9A 1MUIA 4Y5EA 1G2KA 4F75A 4OBHA 4Y3JA 4J1FA 2G20A 4Y38A 3EM3A 1W51A 1EPME 1K2CA 5P3NA 2BPZA 3PM4A 4QJ8A 1BDLA 2I4WA 5OYSA 3VSXA 4Y35A 5P4WA 5P0RA 4GYEA 5P2DA 2HIZA 3LZSA 3TPRA 3APPA 3UDJA 1LYWB 5P52A 4HDBA 1K2BA 5OYQA 2AZCA 1SIPA 1YX9A 1LS5A 4K9HA 5P7KA 1HEFE 3BXSA 5P2JA 2VA6A 1LYWA 4AUCA 4Y3AA 3KFPA 5P8EA 2BJUA 5P0WA 4EPJA 1FMBA 3HD8A 5P0ZA 2WF2A 3SACA 4DJUA 2V13A 5P6GA 3PB5A 3K5DA 2I4UA 2I4QA 4DJVA 4OBJA 3UCBA 1KJFA 5P58A 5HCOA 5P8UA 3RTNA 3FNUA 4LHHA 1FEJC 1EC1A 2NMYA 5P30A 1QDMA 1MIQA 3KF0A 4UPJA 2F3FA 5KAOA 2OHLA 2AOEA 3PCZA 5P7NA 2R5PA 5P6HA 3SFCA 3HAUA 4DQHA 3IXOA 4QJ6A 4Y4EA 5P6PA 1ZBGA 4R92A 3EKPA 2G22A 5P7QA 1LF3A 2WF1A 5P8KA 5IVQA 5OZZA 1W50A 3L5CA 3O9DA 4EP2A 4GJCA 2EWYA 3S45A 1KJ7A 2G26A 3RTMA 1B6MA 3JVYA 5ENMA 5AH9A 5P0SA 3G70A 1IBQA 3EMYA 5P7OA 5P5OA 4DV9A 1IZEA 2NXMA 1EPLE 3TOGA 3K5CA 5P0JA 5P65A 4Y37A 1FQ5A 5P4QA 5P5BA 1XL2A 1QBRA 3OTSA 1WBKA 2IDWA 2FXEA 2ZJLA 5P3MA 1D4JA 1B11A 4FSLA 2VNNA 4I0HA 4Z50A 3ZKNA 4OC6B 4K4QA 1FMUA 2ZE1A 5P6OA 4CPXA 4U7VA 2HAHA 3MSJA 5P37A 3NU5A 3OXXA 5E5KA 4B77A 5P76A 2WECA 5IE1A 1OEXA 5P2XA 5P12A 2Q3KA 1DP5A 2QHZA 4RCFA 5P1HA 5COPA 1Z1HA 3A2OA 5HDVA 5DR7A 2VIYA 3U6AA 2ER9E 2SAMA 5OYVA 5C9BA 1HPOA 3WSJA 4DPFA 1GVTA 3CKPA 5P7HA 1W6HA 4PHVA 3QIHA 2G94A 5AHBA 4QJ2A 5P46A 5P8MA 2QZLA 4K4PA 2ZHSA 3SA7A 3PWRA 1QBSA 1LV1A 3TOHA 3BRAA 3ZKMA 3DJKA 1CMSA 2AVOA 4DJWA 3FV3A 5P5CA 4B70A 3HAWA 3DV1A 5P8HA 3OQKA 4EWOA 3OWNA 2NR6A 3GI4A 2PYNA 4FAEA 1A8GA 3PI5A 1MSNA 1XE6A 5P44A 3F9QA 4LXKA 5OZYA 4J0ZA 3UQXA 4RRNA 4FS4A 5CONA 4Y53A 2AVVA 3DCRA 4FL8A 4AMTA 2WEAA 5P78A 4D89A 5P6QA 2AZ8A 4R95A 3PSYA 2OHRA 3QRVA 6FIVA 4Y3QA 3DK1A 3SLZA 2AZ9A 5P8IA 3R0YA 2P3CA 3OTYA 5P6XA 3FNSA 3PI0A 3IAWA 3VYEA 1TCXA 4L7HA 5OZPA 3HZCA 5P7MA 5P1OA 3NWQA 4H1EA 4BELA 2HC0A 3O9FA 1HIVA 5P15A 2JYSA 2O4NA 6UPJA 3OGPA 1ER8E 1A8KA 5P42A 5IS4A 2B60A 3BXRA 5P2VA 2G69A 1YTHA 3SA8A 4R5NA 2BPXA 5P74A 3UDPA 1NSOA 3LIVA 3LIXA 5P0OA 1AIDA 2WF0A 4EJLA 5DR4A 3TPPA 3Q6YA 5P2TA 5E5JA 1PPKE 4GJBA 4DFGA 3U7SA 1EPNE 2WHHA 5P24A 5JODA 3O9AA 2HPEA 2P4JA 2FGUA 4Y44A 4S1GA 3URIA 1SDTA 3CYWA 3OAGB 4ZPEA 2AOIA 3ZPUA 4ACXA 3NU6A 5IVSA 4GJDA 1HIHA 3UF3A 5P4BA 2VKMA 5P5TA 5JG1A 5KQYA 1HTGA 5P3RA 4QGIA 1TW7A 2AIDA 1A30A 3OAGA 2B7ZA 3ZLQA 4CPQA 3LZYA 2ZDZA 1DAZC 5OYWA 3I8WA 3GGUA 3UDRA 4DJRA 3BUGA 1PPME 1BVGA 5P68A 1EBKC 1GNOA 4YDGA 1CPIA 1NPWA 4YD7A 2HB2A 3I7EA 2R8NA 2F3EA 5P6CA 3ER3E 2I4VA 3EC0A 1APTE 5P6SA 5KR0A 5P3PA 5P5AA 5HE5A 2WJOA 3TL9A 1QBUA 2IKUA 4H3GA 4Y6MA 4H3IA 2I4XA 3I2LA 4FRIA 1HVJA 3S53A 5P4KA 5P5MA 3VLAA 3UDHA 5OZIA 4GB2A 4B05A 3UDYA 3EKTA 1NPAA 5P00A 3VV8A 5P40A 3ZKXA 2I0DA 1HTFA 4EYRA 4FE6A 3WB5A 5HCTA 5P72A 4HLAA 1PSOE 2IS0A 5HDUA 3NR6A 1UPJA 2WEBA 4TVHA 5P0GA 3QN8A 3ZKGA 5KR1A 1AM5A 1IVPA 2FDEA 5DR1A 2HS1A 3WZ8A 1JLDA 5P7XA 4HZTA 5P1MA 1D4HA 1A94A 3N4LA 5P2FA 2FNSA 3HVPA 5P0CA 1T7JA 3LNKA 3IGBA 4ZE6A 1EBZA 1IZHA 4YHQA 5DR3A 4YD3A 5P4PA 5P8RA 3OUDB 3I25A 2ER0E 3NWXA 5P1AA 2G27A 2F8GA 3PMUA 1MT9A 3WB4A 1XE5A 4NJTA 4L7JA 5P7IA 4AA8A 4PEPA 3OHFA 3UTLA 1GKTA 5ER1E 3OUDA 3S2OA 1SDUA 5P4ZA 4Z2ZA 4N00A 5P35A 1ZSFA 5P3JA 3KT2A 5DR8A 3NDUA 4DJPA 4MC9A 5KQXA 3FSMA 4RLDA 1UH8A 2FXDA 4Y3MA 5B18A 2PQZA 3IXKA 3EXOA 3O9CA 2A1EA 1RV7A 2QI7A 4EJ8A 1W5YA 1BXOA 2B8LA 5P2GA 3VF3A 5P10A 3SM1A 2ER6E 3VSWA 5P55A 5P0XA 5PEPA 4DPIA 2R3TA 4NJVA 5P7JA 4EHCA 5OZ9A 5SXNA 5P7UA 3SA3A 4J54A 3KFRA 2ZGAA 9HVPA 4CKUA 1FQ8A 4I8ZA 5HTZA 2PSVA 4FRSA 2JJIA 2R3WA 3HDKA 3ZMGA 4LL3A 2ZHUA 1D4LA 3UDQA 3QRMA 3T7XA 4L1AA 4DJOA 2AODA 1PFZA 2BQVA 1T6GA 2VNMA 4GMIA 3O9EA 1RNEA 2Q64A 1K6PA 4YBFA 2B7FA 2VIJA 3RSVA 5P3IA 4HEGA 2O4KA 2JE4A 3NU4A 1TSQA 5P7DA 2H6SA 3BC4A 2P83A 3EM4A 5P3SA 2QI4A 5OZ2A 3LIQA 4Y3DA 4R91A 1HOSA 5P5NA 5P2KA 2AOJA 3O9BA 5KR8A 5KQZA 1SMEA 4Y5PA 1SIVA 4I10A 4AA9A 3OQDA 1EPRE 2QNPA 5P1TA 4WY1A 5KOSA 1MT7A 4Z4XA 4FLGA 5P63A 3D20A 5P1UA 1B5FB 4DI2A 5P1YA 5P4YA 3C9XA 3LHGA 1OHRA 5P3TA 3KT5A 1B6KA 2RENA 1HVIA 4RYGA 4JECA 7UPJA 5SY2A 1B5FA 2RSPA 5P14A 2FLEA 4Y3ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L5B A;  1HHP A;  2FDD A;  2RKG A;  3UPJ A;  5P5J A;  5P2U A;  2ZHR A;  3L58 A;  1QBT A;  3UQU A;  2G1O A;  3K4V A;  3T7Q A;  1YT9 A;  4Y4U A;  3SQF A;  4I0D A;  4I11 A;  1FFI C;  3UDK A;  2QK5 A;  5P69 A;  5HD0 A;  2V00 A;  5P1X A;  5AH7 A;  3AID A;  4Q5M A;  5P57 A;  1EAG A;  5P60 A;  5P6M A;  5P6W A;  4FRJ A;  5P0D A;  4J5J A;  5OZJ A;  1YTG A;  3MSL A;  1DW6 C;  2B42 A;  4FM6 A;  4ER1 E;  5P5V A;  1FG6 C;  4PYV A;  4Z22 A;  1GVV A;  5P88 A;  4D85 A;  5P2A A;  4XKX A;  4FGX A;  5P5R A;  5P36 A;  4RVI A;  3ZL7 A;  4LAP A;  5P4L A;  1LZQ A;  3GI5 A;  4Y5B A;  5P2Q A;  4DJX A;  4Y5A A;  2QNN A;  4J1E A;  5P3L A;  5OZR A;  4FCO A;  4KE0 A;  2UPJ A;  4H3J A;  3R1G B;  2OHN A;  2QD6 A;  2G1R A;  2QP8 A;  2QZW A;  4XX4 A;  4J1H A;  3APR E;  1NPV A;  3SA4 A;  2IQG A;  4TRW A;  5P4M A;  1ODX A;  2QI0 A;  1HVR A;  2Z4O A;  5OZM A;  3KMX A;  4PZX A;  3MXD A;  5P33 A;  4ZIP A;  5P6R A;  2WED A;  1HXW A;  1TCW A;  2OHT A;  1BV9 A;  3GW5 A;  3PBD A;  3CID A;  3S85 A;  3K5F A;  4Y9W A;  4QJA A;  4Y45 A;  3IVI A;  5OZ4 A;  3AUP A;  3BVA A;  5P13 A;  5P77 A;  5UPJ A;  5P4S A;  2AVQ A;  5P6F A;  5P06 A;  5P5I A;  2BPW A;  1HPV A;  5P8P A;  3KDD A;  3CYX A;  3LPJ A;  3R4B A;  3FIV A;  2XFK A;  5EZZ A;  3OOZ A;  4B1E A;  1IVQ A;  2NMZ A;  4A4Q A;  2G21 A;  2HM1 A;  5CLM A;  5DQ4 A;  3MWS A;  4DQE A;  4Y4A A;  1B6L A;  2R43 A;  5P2Z A;  5ENK A;  2NXL A;  3G72 A;  2VJ6 A;  3PBZ A;  5P5F A;  3UDM A;  2F80 A;  3NU9 A;  1EPP E;  4Q1W A;  5TOL A;  5P8A A;  4Y5M A;  3LPK A;  4NJS A;  5P1C A;  5P7W A;  2QHY A;  2QI5 A;  1B6P A;  4CPU A;  5P6A A;  5P5H A;  1QS8 A;  4EP3 A;  5P2M A;  5P2L A;  2PWR A;  1TZS A;  2B8V A;  4Y4D A;  2RMP A;  4J17 A;  4Y4J A;  3D1Z A;  5P62 A;  1FFF C;  5HVP A;  2VS2 A;  4NPT A;  3T3C A;  3SAA A;  2AZB A;  3EKV A;  4GJ8 A;  5P85 A;  1PSA A;  2WKZ A;  1D4Y A;  3S8I A;  2VA5 A;  1J71 A;  2G1S A;  3EL9 A;  1EPO E;  4DJY A;  3L3A A;  4GJ7 A;  5P27 A;  2HPF A;  3WZ7 A;  4U8W A;  3RVI A;  4TRZ A;  3UFN A;  3DCK A;  3QS1 A;  5P1I A;  4J55 A;  1FB7 A;  1FQX A;  5P34 A;  1E81 E;  2IEO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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