5P05A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 52
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p05A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p05A01
4U8WA 5P2DA 5P55A 5P46A 5P7WA 1BIMA 2BPZA 4QJ6A 5P2BA 5P1MA 1EBZA 2VS2A 4GIDA 1CMSA 3S7MA 4B1CA 4PYVA 5P31A 2Z54A 1Z1HA 5P4AA 3IVIA 3EBZA 4JOOA 2BJUA 4JPCA 5P8AA 6FIVA 2G69A 4XKXA 5P49A 5P2WA 4I0ZA 5DR8A 3GGAA 4K9HA 5DR0A 5P8OA 3UQPA 5P3GA 1GVTA 1APWE 4LHHA 3PCZA 3OU1B 5P7YA 5AHCA 4Y3RA 2VJ7A 4DQCA 5E5KA 2PK5A 1PPLE 4I0FA 1PSOE 3PM4A 5P1VA 4K4RA 1GNOA 4ER1E 5P16A 5P45A 3OU4A 5P1IA 2UXZA 2ZJKA 3EL5A 3NDWA 1QBRA 4NJUA 1K2BA 2QZWA 5P7VA 2AOHA 1ME6A 4YD3A 5OZ1A 2JXRA 5P4DA 3KFSA 5P5LA 4HA5A 3CKTA 3APRE 3NR6A 4RYGA 3INEA 1B5FA 5P29A 5P0LA 1SGZA 7HVPA 4TVGA 5KQXA 4RVIA 5P0XA 3IGBA 3SACA 2ER0E 4Y4AA 3GI0A 3BUFA 5P62A 2O4SA 3DM6A 2HAHA 5P1YA 1HEFE 5COPA 1IZEA 4RYCA 4I1CA 4Y4TA 3NU4A 1KJFA 1W6IA 4OBGA 1NPAA 3TKWA 3QROA 5P0KA 1GVUA 2WEDA 2WF4A 3R1GB 1MRWA 5P6JA 1FFIC 5P81A 1SP5A 4XXSA 3OU3A 3ER3E 5P0HA 1YTIA 5JFUA 3VYFA 3Q70A 2XFIA 4EYRA 3NU3A 3O9BA 4FRSA 3L5BA 2SAMA 1FMUA 1HTEA 2V11C 4LBTA 5AH9A 2BPXA 3UDQA 3IA9A 3OQKA 4Y4UA 5P0UA 5OYXA 2PYNA 4L1AB 4M8XA 4I0EA 2VIZA 4RGHA 4CP7A 1YG9A 3WZ7A 5P4RA 5P5PA 3SA8A 5P7QA 1LYWB 2QU2A 4FGXA 1HIIA 2B60A 4L7HA 2NXMA 5P4HA 5P0YA 3TPJA 4YHQA 3UDPA 4Y57A 1BV7A 5P3TA 3SA7A 5P0WA 4EP3A 4LC7A 4ZSRA 2VIJA 4FE6A 5P8PA 3FIVA 1UH9A 1UH8A 1YM4A 4FSLA 4EJLA 4NPTA 1UH7A 2HB4A 1MSNA 3R0YA 2JJIA 5OZFA 3EKPA 3UFLA 3EXOA 2JJJA 2F3KA 2QI4A 5OZIA 5P8BA 1FF0C 2G1SA 5P39A 5P1KA 1AM5A 3EKXA 3LIQA 4RZ1A 1IZHA 1LF4A 3O9IA 5P3NA 1NPWA 3HAWA 5P0VA 5F00A 5P7ZA 5COKA 6UPJA 1QBSA 5OZUA 3CKRA 3C9XA 1D4HA 3FNTA 3OTSA 4EWOA 4OBZB 3O9AA 4CMSA 3OUCA 2CEJA 3VEUA 4Y3FA 4PZXA 4J17A 5P1DA 5OZXA 3OXCA 2G1RA 3OGQA 5P5NA 4ZEAA 5P61A 1HVKA 5KR1A 2WEAA 5P5SA 3L59A 3NXNA 3JW2A 1C6YA 1M4HA 4H3IA 4Y5EA 1IDBA 1ZLFA 1KJ7A 3APPA 5P5EA 3PGIA 3BVAA 1AIDA 1ENTE 3QS1A 3U6AA 2AZBA 4PPHA 5HDVA 1SH9A 5P1AA 4RRNA 2O4KA 5P03A 3S8IA 4EJ8A 5P4MA 5P7AA 1EBKC 5P4PA 4YCTA 5P3EA 5P1NA 2ZHVA 3OQAA 1LYBB 4I10A 5P3WA 3UDYA 2I0AA 4A6CA 5AHAA 2QAKA 5P2CA 5P5YA 2NXDA 5KQZA 1EC0A 4FM8A 1GNNA 5FIVA 2XYFA 5P2MA 5P5BA 5P36A 5P1FA 1M43A 2VNMA 4Y3JA 3DV1A 3FV3A 1MERA 5P66A 2IRZA 2I4WA 1E80E 2APRA 4Y44A 2B42A 4EXHA 3EM3A 1M0BA 3LIZA 3L5FA 1B11A 4AA9A 1KJGA 3L38A 2QCIA 1SIVA 2BKSA 4DV9A 2AVSA 2JYSA 3OAGA 2P8HA 5P2AA 1MVPA 1MTRA 3H5BA 2P3DA 1QRPE 5AH6A 1VIJA 4ZPFA 2OHTA 3CIBA 4Y5GA 4DUSA 2IGXA 5P34A 3ZPTA 8HVPA 1RPIA 4GJ8A 5OZPA 3IVHA 3WZ6A 5OYYA 2HIZA 3UHLA 5DQ2A 2QHYA 3HD8A 4LAPA 1EPPE 4Y3MA 5P7IA 1PROA 5KR0A 4J1KA 3K5FA 3S45A 4QJ9A 1KJHA 1D4KA 5OYWA 3MSKA 1HSHA 3PBDA 4EQJA 3EKQA 3TOHA 3QRVA 3QVCA 2I4QA 5IVQA 2NPHA 5P5QA 4XX4A 5P5RA 3TNEA 5P2YA 5P53A 4J1FA 3ZPSA 4QJAA 4Y43A 2AOCA 3QIHA 1IBQA 3OY4A 5KQYA 1APVE 2F81A 5P44A 5P4ZA 5P67A 4IVTA 5OZYA 1TCXA 4NJTA 5OZ2A 2ASIA 3I2LA 3LIXA 5P3SA 5OZTA 5P3VA 5HDZA 5P5IA 5P74A 1C70A 5P7GA 5P4WA 3ECGA 3DV5A 5IS4A 1BWAA 2HPEA 1EEDP 3OQFA 1HRNA 1HVIA 3EC0A 2ER6E 4FRJA 5F01A 1JLDA 1A9MA 5P47A 5P69A 5P0MA 5P7HA 3T6IA 1AJXA 3LINA 4Z50A 3KA2A 4RVJA 2RKGA 2IS0A 4B1DA 4MC6A 4WY1A 2ZDZA 1HSIA 2H6TA 4HDFA 5OZQA 5AHBA 5P1ZA 3GGVA 1D4IA 5P2XA 4F74A 5P1WA 5P2UA 5P7UA 5SY2A 3GGUA 5TOLA 5OZDA 4DPFA 3OUDA 1BV9A 1DAZC 2QI1A 3VUCA 2J9KA 2VKMA 9HVPA 2RSPA 1OHRA 4Y3WA 3GI4A 2QD7A 3O9HA 4K8SA 4R93A 2PYMA 5CLMA 2B8LA 2VJ6A 3QBFA 5SZ9A 2UY0A 3SA9A 2OHRA 4FM6A 2R3WA 5P2VA 5P7NA 2OF0A 5P4SA 1EBWA 5OZEA 4Y4JA 3O9LA 1ZPKA 4N00A 5P3ZA 4MC2A 2FDEA 2FXDA 3QI1A 5P32A 4B00A 3PSGA 5P64A 4OD9B 5P7DA 3RSXA 5IVRA 1IDAA 2OHUA 5P5MA 1TQFA 2MIPA 3MSLA 5P02A 5P40A 4Y4WA 3PJ6A 3QBHA 1NH0A 4EP2A 5OZBA 5P8NA 4Y5PA 4GJDA 5P6DA 5P33A 3EKYA 2AVVA 5P4LA 4OC6B 5P0IA 1FQ8A 5P3DA 4DJWA 3PSUA 4I0JA 2AOGA 4R8YA 5HDXA 5HVPA 1QBUA 3ZOVA 5P5HA 4Z2ZA 4DJQA 4HZTA 5C9FA 4Y45A 5HU0A 2P3AA 2OHKA 3PLDA 2V16C 4YBFA 2QD8A 5HE7A 4RRSA 5P6HA 3OOZA 5ER2E 5OZMA 2OHNA 3FX5A 2VA6A 1RL8A 5P06A 4D89A 5P1UA 3UQWA 4YCKA 1LYWA 4FAEA 1T7JA 3EL0A 4TRZA 3Q3TA 3BXSA 5P7PA 2VIYA 3SFCA 1TSQA 1PSNA 5KOSA 4J0PA 1U8GA 5P4XA 4I0GA 4CPRA 5I3XA 3IXOA 5P6TA 4GZFA 1HPXA 1EPNE 5JFPA 4Y9WA 4ZSMA 2ZHUA 5P5DA 3VSWA 3G6ZA 1GNMA 1T7IA 2Q5KA 3IAWA 3NDTA 5P1OA 1HTFA 2ZYEA 3NWXA 4FLGA 1FB7A 2Q55A 3VCMA 5P8LA 5P0EA 3TPLA 5P59A 3IXKA 5P12A 2IL2A 4AZYA 4Y3PA 5P4CA 3SPKA 3EKTA 5P58A 5P04A 5P88A 4DJVA 4HLAA 1LYAB 4ACUA 5P1CA 2IKUA 4ZPEA 4ZSPA 5P6WA 3TTPA 5P5GA 5OZ7A 5P6RA 2NXLA 5P8SA 5P1TA 2OHSA 4D83A 5P6LA 1W5VA 5P5VA 3TKGA 2HC0A 4Y4DA 3D20A 5KAOA 1BXOA 2V0ZC 2VNNA 5P7KA 5P4VA 2QI6A 3L3AA 1SDTA 1LV1A 1K6VA 3OHFA 4YDGA 5P3PA 4EPJA 3K4VC 2QZLA 3VLBA 2QHZA 4EJDA 4D85A 4YA8A 2BQVA 1HPOA 3L5EA 4I11A 5P2QA 4I8ZA 3RU1A 1ZSFA 1CZIE 4PZWA 2VA5A 1BDRA 3QP0A 1HVLA 5P8HA 2WHHA 4RVXA 4Y3HA 4DJOA 1F7AA 4GJAA 4DJXA 5P0ZA 3S56A 1PPKE 4CPWA 1W5YA 2ZJLA 4BFBA 3PHVA 1FIVA 5DR7A 3PI5A 5J25A 4EXGA 5P80A 1HTGA 2WF0A 2A4FA 3DCRA 5P4GA 3SA3A 2I4UA 4DQGA 5P3LA 3LHGA 4GJBA 5P84A 1A94A 2J9JB 4GJ6A 3JVWA 2WF2A 2QMPA 1K6TA 3VYEA 5P8VA 5P3YA 5HE5A 2ZHRA 3OWNA 5SXNA 1RQ9A 4D88A 2NNPA 5EZXA 4HVPA 2WF3A 4RROA 5P4JA 2I4XA 5I3VA 5P5WA 1MRXA 1B6KA 5P0RA 3L58A 5P56A 5P1BA 5APRE 5P71A 3R4BA 1AXAA 5AH7A 1EPLE 1HHPA 3L5CA 1XS7D 3U71A 3KFPA 5ISJA 5P54A 3SABA 4K4QA 3VYDA 5P3HA 2G1NA 3S53A 4COEA 2G26A 3KN0A 3BHEA 3KF0A 4M8YA 4Y3DA 5P52A 4DJUA 5P3AA 3HZCA 2Q54A 3HBOA 3PWMA 3QAAA 1SMEA 5OZ5A 5P8FA 1PFZA 5P5JA 4QJ2A 3PRSA 2PQZA 3KDCA 5ISKA 1D4JA 3A2OA 1LEEA 3QRMA 4R91A 2F3FA 4JPEA 1AAQA 3NLSA 4I0DA 4KB9A 4X7IA 5P08A 1FLHA 5OZOA 4DQHA 3FSMA 4H3JA 3LZSA 5B18A 3KMXA 2QNQA 5OZJA 2Q63A 5P41A 4Y37A 4I12A 5P6QA 2AZ9A 3KFNA 3QN8A 3IXJA 4GJ5A 4Y47A 4QGIA 2IEOA 1HVJA 4IVSA 1IIQA 4Z22A 3N3IA 5C9BA 4J1EA 2AODA 5P22A 4F73A 1D4SA 1WBMA 4DQBA 2WEZA 3OU4B 2V12C 2B8VA 5OZRA 4J0YA 1DPJA 1C6XA 1HTRB 1LS5A 4I0HA 4OBJA 4ZSQA 5HCTA 4NKKA 5P1XA 1PSAA 3BGBA 3HDKA 2ZJNA 1FQXA 4YCYA 1B6JA 2QI3A 4CPTA 4GYEA 4NJVA 5P4KA 3ZKNA 5P3CA 3BRAA 4X2LA 4K4PA 5COOA 4Q1XA 3UDHA 5P82A 1ZAPA 1IZIA 4ZPGA 5P5TA 1MEUA 5KQFA 3DUYA 4Q1YA 4Y3SA 2FGVA 3S2OA 5P0AA 5P20A 5P42A 5KOQA 3L5DA 2BKTA 5P6BA 3FKTA 2IDWA 3TH9A 1B6PA 3OXWA 4OBDA 5DQCA 3NUJA 4CKUA 2HB2A 2ZGAA 3SLZA 4RLDA 2B7FA 4OD9A 5P77A 3NU6A 5OYZA 5P89A 1FQ4A 4FRKA 2XFJA 2OHMA 4NPUA 4HEGA 2PSGA 5IVTA 5P0NA 5OZ0A 4H1EA 2WKZA 2AQUA 3TOGA 5E5JA 4CPQA 2PK6A 1ZSRA 3I8WA 4DH6A 3ZKIA 1FQ5A 4BEKA 2AOIA 5OYRA 1UPJA 3I25A 4J54A 4F75A 4A6BA 5P01A 5P10A 4D8CA 2QI0A 2RKFA 2NNKA 3HVGA 3S43B 2BBBA 3QPJA 4LP9A 3UF3A 1BAIA 5P00A 2XYEA 3G72A 4QJ8A 3KDBA 5P5AA 4ER4E 3TOFA 2I1AA 3EMYA 4MC1A 5P68A 3UTLA 3NYGA 3Q5HA 1HWRA 1EPRE 1NPVA 4Y39A 2QP8A 5P6IA 3INDA 5P1PA 3LZUA 5AGZA 2G94A 3K5CA 3KDDA 5SY3A 1EC1A 3NSHA 3UDMA 4NJSA 3LIYA 1XN3A 1EBYA 4ER2E 3UDKA 5HCOA 5KR8A 2I0DA 4DJYA 2QI5A 5P3UA 4FS4A 3O9DA 3PEPA 3CKPA 5OZVA 1IVPA 5KR2A 2R38A 1FEJC 3ZKGA 5P1EA 3OK9A 2PH8A 3IN4A 5P27A 4FCOA 3PBZA 3RTMA 1OEXA 3S85A 1K6CA 3NU5A 3ZKMA 3NU9A 5ENKA 5P1RA 5P4BA 4JP9A 4GJCA 3CYWA 2AOEA 5P6XA 3UDJA 2G1OA 3OU1A 1EPME 5OZ9A 4B70A 5P2GA 4KE1A 5P23A 3N4LA 2H6SA 1HOSA 3URJA 3KYRA 4Y5MA 4F76A 1XN2A 1E82E 3LPKA 1LZQA 3OGPA 5P13A 4J0VA 4ZIPA 3G70A 3S54A 5PEPA 5OZNA 4ZE6A 4YOBA 5P72A 5P2HA 2BB9A 4HDPA 4Y53A 3SA6A 2IQGA 4RCFA 4YD4A 1MT8A 2AZCA 1HXWA 1G35A 3OQ7A 5JG1A 1YTGA 5P51A 1C6ZA 5P48A 2F8GA 3SKFA 3FNSA 2AZ8A 2R43A 5T4SA 5P86A 2P3BB 3KT5A 3R2FA 5I3WA 2QU3A 4DQFA 1TSUA 4Y3GA 5P3KA 2ZE1A 4CPXA 2IENA 1VIKA 3CICA 1MPPA 4WTUA 3RTNA 2WF1A 3Q6YA 3LZYA 3O9CA 1W6HA 5CONA 2G22A 1KZKA 2ZHTA 1OD1A 3NWQA 4I8WA 4OBKA 5P7SA 3HAUA 2WL0A 5P3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U8W A;  5P2D A;  5P55 A;  5P46 A;  5P7W A;  1BIM A;  2BPZ A;  4QJ6 A;  5P2B A;  5P1M A;  1EBZ A;  2VS2 A;  4GID A;  1CMS A;  3S7M A;  4B1C A;  4PYV A;  5P31 A;  2Z54 A;  1Z1H A;  5P4A A;  3IVI A;  3EBZ A;  4JOO A;  2BJU A;  4JPC A;  5P8A A;  6FIV A;  2G69 A;  4XKX A;  5P49 A;  5P2W A;  4I0Z A;  5DR8 A;  3GGA A;  4K9H A;  5DR0 A;  5P8O A;  3UQP A;  5P3G A;  1GVT A;  1APW E;  4LHH A;  3PCZ A;  3OU1 B;  5P7Y A;  5AHC A;  4Y3R A;  2VJ7 A;  4DQC A;  5E5K A;  2PK5 A;  1PPL E;  4I0F A;  1PSO E;  3PM4 A;  5P1V A;  4K4R A;  1GNO A;  4ER1 E;  5P16 A;  5P45 A;  3OU4 A;  5P1I A;  2UXZ A;  2ZJK A;  3EL5 A;  3NDW A;  1QBR A;  4NJU A;  1K2B A;  2QZW A;  5P7V A;  2AOH A;  1ME6 A;  4YD3 A;  5OZ1 A;  2JXR A;  5P4D A;  3KFS A;  5P5L A;  4HA5 A;  3CKT A;  3APR E;  3NR6 A;  4RYG A;  3INE A;  1B5F A;  5P29 A;  5P0L A;  1SGZ A;  7HVP A;  4TVG A;  5KQX A;  4RVI A;  5P0X A;  3IGB A;  3SAC A;  2ER0 E;  4Y4A A;  3GI0 A;  3BUF A;  5P62 A;  2O4S A;  3DM6 A;  2HAH A;  5P1Y A;  1HEF E;  5COP A;  1IZE A;  4RYC A;  4I1C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2FDD A;  1EPQ E;  1MT7 A;  5P6V A;  4LXA A;  5P38 A;  1T7K A;  3PLL A;  1W51 A;  1MSM A;  3H0B A;  3HVP A;  5P7E A;  2AVO A;  1BDQ A;  3BC4 A;  2VA7 A;  2B7Z A;  4Y4Z A;  3VFA A;  4FSE A;  3UDN A;  3SA4 A;  4Y48 A;  1DMP A;  5P17 A;  4YD5 A;  5P0Q A;  3WB5 A;  5OZK A;  5ENM A;  1KJ4 A;  4OBZ A;  1YM2 A;  4Y5N A;  4RCE A;  1HXB A;  2ZJH A;  2NR6 A;  5P8D A;  5OYQ A;  1MES A;  2FMB A;  3ST5 A;  5P3O A;  4B78 A;  3SQF A;  2I4V A;  2Q15 A;  5P2I A;  2HS1 A;  4DJP A;  3SM1 A;  3UPJ A;  5P6F A;  1XL5 A;  2VJ9 A;  1CPI A;  5P0P A;  5P0O A;  1T3R A;  3FNU A;  1QBT A;  3OUD B;  3B7V A;  2ANL A;  3EL4 A;  5P85 A;  1SBG A;  1HVS A;  1TW7 A;  5HTZ A;  1IVQ A;  2PMA A;  3I6O A;  3GGX A;  4OBF A;  5HD0 A;  3VF7 A;  3D1Z A;  1FMB A;  3LPJ A;  2FGU A;  2BPV A;  2FIV A;  3T11 A;  1BBS A;  2NMY A;  5P6C A;  4L7G A;  1AVF A;  1EPO E;  4FL8 A;  3BXR A;  3K5D A;  3CID A;  2G27 A;  3PCW A;  1LYB A;  3UQU A;  3SM2 A;  4LL3 A;  1A8G A;  1MUI A;  3O9L B;  4E43 A;  3TL9 A;  2O4L A;  4Y58 A;  3GI5 A;  4FM7 A;  5P8U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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