5P09A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 56
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p09A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p09A01
4XXSA 2CENA 3EM3A 3L5CA 4Y4JA 5OZ1A 5OZBA 3VCMA 3PEPA 5P3AA 3SPKA 5P4HA 4FCOA 1HXWA 3QRVA 3ZKNA 5P8DA 4Y4ZA 5P4FA 5P7BA 3LZSA 5P5EA 3K4VA 4Y48A 4RCDA 1BVGA 4YD5A 4DI2A 5KR2A 5P5AA 3OGQA 5P2RA 3LHGA 3O9DA 5P43A 4FM7A 2VNMA 5OZ3A 3IXOA 4GJAA 1APVE 3I6OA 2R3WA 5P0QA 3LIYA 1Z1RA 1HVJA 3KA2A 1WBMA 5DQ2A 1D4KA 1HVRA 5P3NA 4MC2A 3VFBA 5P7MA 4CPQA 4KE0A 2G27A 4I11A 4LBTA 3NDTA 5P24A 5P66A 1BV7A 4H1EA 1ODXA 1T7KA 2IKOA 2Q63A 5HE5A 4R93A 4GJ7A 3MSKA 5P7XA 2P83A 3U71A 1MRXA 1AJVA 1QRPE 2RMPA 1HTFA 4I0GA 5I3YA 2NTRA 3D1XA 5UPJA 5P2VA 3PWRA 4OBGA 2BPZA 4H3IA 3O9BA 5P2DA 5P6GA 4RCEA 5HE4A 1N49A 5P4YA 4DJUA 1BAIA 1KZKA 2SAMA 4Y5EA 5P86A 2O4LA 2QHZA 1MT8A 3D3TA 5P5SA 4Y5KA 4MC1A 4Y53A 2QZKA 4J5JA 4Z2ZA 1EBZA 3EL0A 1HSHA 5P38A 3TKWA 2Q3KA 5P7FA 4B1DA 2IL2A 2B8VA 3G70A 3NU5A 3URIA 5EZZA 3R4BA 1OD1A 1EBKC 4X7IA 4RCFA 1MVPA 1HHPA 5OZ6A 3UPJA 4OBDA 5P50A 2HPEA 3VEUA 2BPYA 2PYMA 3TH9A 3VV7A 1IZHA 5P0BA 3MXEA 1MTBA 1FLHA 4TVHA 3VUCA 4DUSA 4APEA 1LYWB 5DR0A 4F73A 2I1AA 1TZSA 5IVQA 5P36A 4U8WA 5OYYA 1E5OE 1HVSA 2HM1A 5OYZA 3SKFA 1AAQA 1IVPA 5P0FA 1DPJA 3AUPA 5OYTA 1META 1BDLA 5I70A 5OZTA 4Z4XA 2J9KA 4Q5MA 4Y51A 5P5YA 4FM8A 2WEAA 5P4EA 3ZL7A 2OHPA 5P4JA 5P3JA 3BVBA 3KM4A 1W51A 4RZ1A 1HSIA 1IVQA 2UY0A 3S53A 1T3RA 5P62A 2AOIA 4DJVA 1CPIA 4L1AA 4DQCA 5P03A 5P1HA 4Y35A 2ZJLA 3ZKIA 1W6IA 5P4TA 3IAWA 4Y3DA 3O9AA 4DJRA 2QU3A 5P8BA 5P15A 2ZE1A 4GJDA 2VS2A 1FQ7A 3OUCA 5P1JA 2VA6A 3VYFA 3NDWA 5P5VA 3UDHA 1TCWA 2G69A 4Q1WA 3UQRA 4J1EA 5P75A 3UQWA 4NPTA 5P0TA 2UXZA 4TRYA 4Y4WA 3ST5A 1XE5A 1QBUA 2F3EA 4J0YA 5P2FA 1YTJA 3B80A 2PK5A 3PWWA 5OZJA 5P5DA 3NU4A 5P5TA 3PI0A 3LIXA 4EXGA 4JECA 5P01A 5P7CA 5OZIA 3S7LA 4Y5PA 5J25A 1W6HA 2OHKA 2BPXA 3TKGA 2MIPA 3S2OA 5OZYA 1HVLA 5OYQA 3O9GA 1HXBA 4ZPFA 1FG6C 4Y50A 3NDXA 2NNPA 2WF4A 5DQ4A 1K6VA 2IGXA 5P8TA 3IVIA 5P6TA 1XN2A 5P3CA 5P3EA 2V12C 1LV1A 3JW2A 5OZZA 4Y3SA 3OHHA 3UDYA 1GVXA 4D85A 2B7FA 3KFRA 1J71A 5P07A 3LITA 1HSGA 3VG1A 3PSUA 2F3FA 2Q5KA 4DVFA 1UH9A 5P5LA 1A9MA 2V11C 4YD3A 5P0XA 4FGXA 1FQ8A 5P3GA 4ZSQA 3NLSA 1KJFA 3NXNA 2IS0A 2J9JB 2QNPA 4D88A 1HRNA 1FIVA 5BS4A 2AZ8A 1JLDA 5P1XA 5P2LA 5P3PA 4Y47A 3CKPA 3OAGB 4Y3GA 1T6GA 2I0AA 4EQJA 2Z54A 3PSGA 1AXAA 1B6KA 5OZXA 1Z1HA 5P8HA 5P51A 3SA4A 4I12A 1LS5A 4PZXA 5P0AA 3A2OA 5P7AA 5KR1A 3GGXA 3INFA 3LIZA 4ER1E 4U7VA 2QZWA 5P7TA 5P33A 3WZ6A 4I0JA 5P65A 5P2TA 3WB5A 5P0GA 4Y43A 3I25A 3SA3A 5P6PA 3ZOVA 5HTZA 4HVPA 5P6UA 3SA6A 2HB3A 2IEOA 5DR3A 1TW7A 5P1UA 5P7OA 5P3KA 1A8GA 3OU3A 5P6KA 1TCXA 3BUHA 2B60A 1GNMA 4YOAA 5P5FA 5P72A 3QN8A 3OOTA 3CKRA 5DR4A 5P8OA 4DV9A 3CYWA 5P6RA 2UPJA 4I1CA 1XL5A 2FDDA 5P3LA 1ZPKA 4B00A 4CMSA 1D4IA 5OYUA 4RVXA 4FRKA 1E82E 4M8XA 3TPRA 2BPVA 3SA5A 5P44A 4RRSA 2WECA 1SMRA 5P4BA 1EPOE 2R5QA 2P3BB 3MSLA 1HVHA 1M43A 1B11A 4IVTA 3FKTA 1NSOA 1UH8A 5P4XA 3VYEA 4JPCA 1ZSFA 5OZNA 3ZMGA 1ME6A 3T7QA 5P57A 2R5PA 1K2BA 4J55A 3KFPA 7UPJA 1PSNA 2RKGA 4M8YA 2OF0A 3O9CA 3PCZA 5P6BA 3ZKGA 5P6HA 4DQFA 4Y3ZA 5P11A 3HZCA 1T7JA 1PPLE 3O9LB 2P8HA 1HTEA 1BXQA 2QI0A 1IDBA 6FIVA 4Y5MA 3CKTA 2B8LA 5COOA 2OHTA 5OZSA 5P0PA 4RLDA 2CEJA 3RU1A 4ZPGA 5P3YA 5P8FA 2I4QA 2RKFA 1BIMA 5ISJA 2AOGA 4B0QA 3AIDA 5KR8A 4H3JA 1ZLFA 1HEGE 3PJ6A 2V13A 4ZSRA 5P0SA 3KYRA 5AH8A 4QJ6A 5P52A 4I0HA 5P4VA 5BWYA 3EKPA 4Y4EA 5DR8A 5P8RA 5P2CA 5P1KA 5HD0A 2QI5A 3PWMA 4NJSA 2VKMA 3BRAA 5OZ9A 4JOOA 1LYAA 2JYSA 3EM4A 3T7XA 1C6XA 4S1GA 1OEWA 5P77A 5P81A 3OU4A 5OZQA 1M4HA 1YTGA 4NJVA 2XYFA 1MT7A 1YM2A 5P82A 2BQVA 3HBOA 4XX3A 2JJJA 4Y3RA 5P0JA 2ANLA 1ZAPA 3ER5E 5P0VA 5P8JA 3I8WA 2PH8A 2ZHVA 3ZKXA 3CYXA 4EJKA 1GNNA 5P4WA 1A94A 2NXDA 4ZE6A 2OHMA 3KFNA 3EKTA 1D4LA 3HVPA 2P3AA 2NXMA 1FGCC 4EJLA 5P28A 4B78A 5P6ZA 1HOSA 2H6SA 1MERA 5HCTA 1B5FB 3PI5A 3VSXA 1YT9A 3H5BA 5ENMA 4DJWA 3TOFA 5AGZA 3K4VC 4Y3FA 5P0RA 5P2SA 3EXOA 2BBBA 5DQ1A 5OZHA 1IZDA 2V10C 2B42A 3DOXA 4EHCA 3B7VA 4TRZA 5P7WA 5P7UA 1HPSA 4WTUA 3EM6A 4ZPEA 5P4MA 5OZAA 5P2KA 2Q54A 3BUFA 5P8IA 1T7IA 3CIBA 3PBZA 3ZPUA 3SO9A 3ZPSA 4R95A 3NUJA 1C6YA 3Q5HA 1GVVA 1XDHA 4HDBA 2WF3A 4AMTA 4DQGA 5SY2A 1BWBA 3O9FA 4YBFA 5P4GA 5P6AA 1SBGA 4ZSMA 2Z4OA 3VFAA 5P1FA 1NH0A 3OUDB 5P6SA 4Y4DA 4OD9A 3HW1A 5HU0A 1ODWA 5T4SA 3Q6YA 4J1IA 4Y56A 1ZJ7A 3RSVA 4Y54A 5I3VA 2BKTA 5P6CA 3K5DA 2FS4A 2OHRA 3QAAA 9HVPA 4LP9A 4J1KA 3O9IA 4DJPA 2HS1A 1HBVA 5P4AA 5JFPA 5P14A 1FFFC 3C9XA 3S85A 5P0UA 3EKWA 5P8CA 3OADB 4HDPA 5OZ4A 5P6QA 5AH7A 4Y58A 3VV8A 2NNKA 1LF4A 4YOBA 5P5MA 4DPIA 1LYBA 1K1UA 1MSMA 3R2FA 4EXHA 4PYVA 5OZ5A 4Z50A 4QLHA 2CEMA 4GJBA 1CZIE 5P1ZA 2O40A 5P7NA 5P34A 3QRSA 3EKQA 4CP7A 4GJ8A 4ER2E 1NPVA 5P79A 5OYVA 5TOLA 2JJIA 2VJ7A 4EP2A 4WY6A 1G6LA 3ZKQA 4PEPA 1M0BA 3OUBA 1MIQA 4J54A 4DQEA 4QJ2A 4EJ8A 4Y5BA 5P3RA 5P7VA 3JVWA 1TSQA 3DCRA 1UH7A 5P3TA 3SA9A 2FLEA 5P0CA 2QNQA 3QP0A 4L6BA 5P5RA 4AA8A 5P73A 1HVIA 4J0ZA 4LXKA 2AOHA 1HIIA 1MSNA 2QMGA 2BPWA 5P3OA 4Y4TA 2WL0A 3KN0A 1FF0C 2QI7A 2ZJHA 3T6IA 5IS4A 1T6EX 4J1FA 5P67A 3OTSA 5P8QA 5P1RA 5KOSA 4FE6A 5OZUA 4RVJA 5P5BA 3UFLA 1HIVA 5P83A 4CPRA 3OQFA 3K5CA 2FDPA 3L3AA 4K8SA 1IDAA 5P2MA 1DAZC 1AVFA 5F00A 3TL9A 5P2ZA 4Y3PA 4YA8A 3OXWA 2NMYA 3S45A 4Q1YA 5P12A 2ZJJA 1FKNA 3L5EA 4A4QA 3DV1A 5P1PA 5P0YA 2HS2A 1ODYA 2R43A 3OQ7A 4B72A 2WKZA 4Y5LA 3VSWA 3UCBA 3K5FA 5P8AA 2FMBA 5KQXA 4CPXA 4BEKA 3LZVA 5P22A 3UHLA 2G22A 5P1QA 3R1GB 5HE7A 3UDPA 3OK9A 1EPLE 3Q70A 5AHBA 2ZYEA 1AIDA 1WBKA 2JE4A 2WF0A 5P4CA 4E43A 5KR0A 1FMUA 5ER2E 4R5NA 4Y4UA 1ZSRA 4Z22A 2AODA 5BRYA 3CICA 3APRE 3UFNA 3BGCA 3K1WA 3S8IA 2VNNA 5P32A 5P0NA 5P3ZA 3GGVA 5KQZA 5P74A 4GIDA 3LZYA 2RENA 3LZUA 4ZSPA 1YTIA 2QHCA 3LPKA 4R91A 5F01A 3BC4A 4Y6MA 5P20A 2RSPA 5P09A 5P55A 4YBIA 3QBHA 3G72A 2HB4A 2NR6A 3F9QA 3UTLA 5P1BA 5P42A 1LYWA 3UQXA 1HIHA 2XFJA 4Y3QA 4Y5AA 2VIJA 4RVIA 2NPHA 2FXDA 4RGHA 4OBZB 4A6CA 4OBKA 2R8NA 4MC9A 5HCOA 5P7JA 3FX5A 5P13A 3U6AA 1D4SA 5SXNA 4ZEAA 2QI3A 1BXOA 1SGUA 3ER3E 5ISKA 1XS7D 3UDMA 5P6LA 3VLAA 3OXVA 4GJ6A 5P3FA 2ZJMA 5P08A 5P8UA 2PSUA 5P3UA 3LNKA 5P1DA 5P6VA 3SM2A 4I0FA 3UDRA 4CPWA 4YD7A 5JFUA 2G24A 2FDEA 5P71A 4GB2A 3SQFA 5P54A 3TLHA 1GKTA 4K9HA 8HVPA 3KDDA 2PSGA 5P2OA 2IGYA 4TRWA 3BXRA 2AVMA 1FMXA 3DK1A 4HE9A 2P3DA 2OHNA 5P47A 3INHA 4Y3NA 4EQ0A 3HAUA 3URJA 2QCIA 5AH6A 5P7IA 5P3IA 3EL5A 2Q15A 5P5PA 5OZGA 3SA7A 1EEDP 1YX9A 2JXRA 1B6PA 4YD6A 3BVAA 3OHFA 2G94A 2HIZA 3EL9A 5P0DA 5E5JA 4DJOA 3KF0A 3EL4A 1E80E 1U8GA 5P7YA 1PROA 5P87A 5OZVA 4KE1A 5P5NA 4Y36A 2IQGA 2AQUA 3GI0A 1IZIA 3OQKA 2AIDA 2HB2A 3IVHA 3S7MA 3NDUA 5I3XA 2QNNA 5C9FA 2FGVA 4OC6B 3NR6A 3D20A 2ZHUA 2XFIA 3VF5A 4Y3LA 3NU9A 3VV6A 3PSYA 5P5IA 4QJ9A 5P4LA 2OHQA 4F75A 2PC0A 2R9BA 3O99A 4Y9WA 5DPZA 3R0WA 1HPVA 4YCYA 5P1CA 1FG8C 5P61A 5P76A 3S56A 4HEGA 3TPLA 5P5XA 5P8VA 5P4QA 1GVTA 5HVPA 2J9JA 1G2KA 1VIKA 3LINA 3OU1B 1IBQA 5C9DA 5P6MA 5B18A 5OZEA 3SFCA 3SABA 5P84A 1HPOA 5P8LA 4RYGA 5P5OA 3OAGA 3QI1A 2FNTA 5IVSA 5SZ9A 3LPJA 3MWSA 5P26A 2AVSA 1BDRA 4Y37A 1Q9PA 5P4DA 2VIEA 1MEUA 2F8GA 3M9FA 4I0DA 5P5ZA 3ECGA 1BVEA 4GJ9A 4BELA 1KJ7A 4J0PA 5I3WA 2PH6A 3QBFA 2G20A 3LIQA 1XN3A 3EL1A 3QIHA 1WKRA 4FIVA 5P0EA 5P2HA 2PWRA 5P0ZA 3PBDA 5P5UA 4AA9A 5P2WA 2F3KA 1OHRA 1SDVA 1RPIA 4ER4E 5P4ZA 5P7DA 2APRA 3Q3TA 2Q11A 4YHQA 4EWOA 2O4KA 5OZ7A 5P59A 3TPJA 3I7EA 5OZRA 4Y41A 3GI5A 3EMYA 4L7JA 3RTNA 4Y44A 4RYCA 3S43B 4J0TA 2QMFA 4Y5CA 3MSJA 3FIVA 2BB9A 2Q55A 2O4NA 5P06A 1TQFA 5P0KA 2I4DA 5AH9A 4I8ZA 4NJUA 3D1ZA 4D8CA 2QD6A 3QRMA 2WHHA 1QBSA 2OAHA 4EP3A 3WZ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XXS A;  2CEN A;  3EM3 A;  3L5C A;  4Y4J A;  5OZ1 A;  5OZB A;  3VCM A;  3PEP A;  5P3A A;  3SPK A;  5P4H A;  4FCO A;  1HXW A;  3QRV A;  3ZKN A;  5P8D A;  4Y4Z A;  5P4F A;  5P7B A;  3LZS A;  5P5E A;  3K4V A;  4Y48 A;  4RCD A;  1BVG A;  4YD5 A;  4DI2 A;  5KR2 A;  5P5A A;  3OGQ A;  5P2R A;  3LHG A;  3O9D A;  5P43 A;  4FM7 A;  2VNM A;  5OZ3 A;  3IXO A;  4GJA A;  1APV E;  3I6O A;  2R3W A;  5P0Q A;  3LIY A;  1Z1R A;  1HVJ A;  3KA2 A;  1WBM A;  5DQ2 A;  1D4K A;  1HVR A;  5P3N A;  4MC2 A;  3VFB A;  5P7M A;  4CPQ A;  4KE0 A;  2G27 A;  4I11 A;  4LBT A;  3NDT A;  5P24 A;  5P66 A;  1BV7 A;  4H1E A;  1ODX A;  1T7K A;  2IKO A;  2Q63 A;  5HE5 A;  4R93 A;  4GJ7 A;  3MSK A;  5P7X A;  2P83 A;  3U71 A;  1MRX A;  1AJV A;  1QRP E;  2RMP A;  1HTF A;  4I0G A;  5I3Y A;  2NTR A;  3D1X A;  5UPJ A;  5P2V A;  3PWR A;  4OBG A;  2BPZ A;  4H3I A;  3O9B A;  5P2D A;  5P6G A;  4RCE A;  5HE4 A;  1N49 A;  5P4Y A;  4DJU A;  1BAI A;  1KZK A;  2SAM A;  4Y5E A;  5P86 A;  2O4L A;  2QHZ A;  1MT8 A;  3D3T A;  5P5S A;  4Y5K A;  4MC1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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