5P0AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 57
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA01
5OZ7A 3NU3A 3QRMA 5P0UA 1KJGA 4ZEAA 3SM2A 4FRKA 5DPZA 5KR0A 1AJXA 2O4PA 1W51A 4YCKA 5P2NA 3S85A 2IKOA 1FFIC 4ER4E 3S7LA 2QHZA 4J54A 5P53A 5P5CA 5AH6A 3R4BA 4RYCA 1MERA 4Y3PA 5KQYA 2G69A 5E5KA 3WZ7A 1UH8A 1U8GA 3PMYA 3RTNA 2O40A 5P16A 3L58A 5P8LA 1YM4A 4DVFA 1K6PA 1UH7A 4DQGA 2FGUA 1PPLE 1HVIA 3PLDA 5OYWA 1JLDA 4TRZA 2HC0A 2QNNA 1K1TA 2Q55A 1HWRA 1TQFA 5P7DA 3QBFA 2PK6A 3RU1A 4OBDA 5P74A 1YG9A 5P57A 5IVTA 5P0OA 5P62A 1QBUA 5P58A 1EPLE 3Q5HA 4Y4AA 5P5FA 1BILA 4APEA 2WEZA 3IXKA 4Y3ZA 5P4VA 1QDMA 4F75A 3T3CA 4I0IA 5P7EA 3UQXA 5P84A 4OBKA 3Q6YA 3DV5A 4ZSPA 1HEFE 3LZVA 4X2LA 5P1GA 4WY1A 5KQFA 3UQPA 1MT8A 5P5NA 3F9QA 3KF0A 5I3XA 1FB7A 5JFPA 5P8VA 2JJIA 4D88A 4RLDA 2OHKA 5P3ZA 1TZSA 4FM6A 4Y4WA 3CYWA 5P01A 1GNOA 3EL9A 1EPNE 5P5LA 4MC6A 5P6YA 3I2LA 3PBZA 2ZJIA 2I0AA 1APTE 8HVPA 5P7VA 4X7IA 4Y5BA 3I7EA 1KJHA 1K6CA 4Y5EA 2QNPA 3PRSA 3NLSA 1BDRA 1F7AA 4ZPGA 5P7HA 5P2YA 4MC2A 4YHQA 1BV9A 5P86A 4DJRA 4GJ6A 2ZHVA 4GJ8A 1B6MA 3CKRA 5AH7A 4CPQA 4UPJA 1W5XA 5P3IA 5P0NA 3EKXA 5P2WA 2AOJA 5P6RA 4Y4UA 2ZJKA 2WEDA 1BDQA 2WF2A 3VCMA 4ACUA 4AA9A 2OHRA 3L5CA 3VF5A 1Q9PA 3OTSA 4ZE6A 1LYWA 4I0ZA 2HB4A 5P2KA 5P83A 1E80E 1APVE 3CYXA 5P6MA 1C70A 4RVIA 5OZKA 4RRSA 2G26A 5P0DA 3OK9A 1XS7D 1IZHA 5P32A 1EBWA 2H6SA 2AODA 5P67A 3GI5A 4FM7A 5P09A 4F76A 1ZPKA 5F00A 5ER2E 5P79A 3FNSA 5P7XA 1WBKA 3DJKA 5P37A 5P8SA 1FMUA 1LYWB 5P6QA 1FQ6A 1YTGA 5P2TA 4OBFA 2Z54A 4DPIA 4Y5PA 5AH9A 4EWOA 4U7QA 5P75A 5P4JA 4L7HA 5P82A 2PH8A 5P2LA 5P3KA 1META 4ER2E 3TPRA 3VLAA 4GJAA 5P66A 5SXNA 4J17A 1QBRA 3O9EA 2P3CA 3BC4A 5JFUA 5AH8A 5P1ZA 1TCWA 3D3TA 2Q11A 2F80A 5P5QA 4EPJA 5P2EA 2ZHRA 5DQCA 3O9HA 3TOGA 3PWWA 4YA8A 5I3YA 1F34A 1APWE 4R95A 3WZ8A 5P31A 5P2CA 3O9BA 3OU3A 1GNNA 3R2FA 3PGIA 1E82E 3GW5A 5P59A 1TSUA 3N4LA 1D4IA 4LXKA 5OZ0A 5OZBA 5DGWA 4FL8A 1HVKA 4RVXA 3S56A 2IGXA 2JXRA 4EXHA 5P5IA 2AZCA 2AZ8A 5P5RA 5P3DA 1C6XA 5P7KA 5P7GA 3GI6A 4PZXA 2AQUA 2G22A 5P4DA 5AHCA 1ZBGA 3O9GA 4RGHA 3TLHA 5APRE 3INFA 1K2CA 3JVYA 5P7IA 5B18A 1MVPA 4ZIPA 2QP8A 2BPYA 1HHPA 2A4FA 4RCEA 5HCOA 4J0TA 4QJ6A 2XFJA 5P0XA 5P50A 3UFLA 2O4NA 1GVWA 3LIQA 2OAHA 3MSLA 3PLLA 5IVQA 5P1HA 1B6KA 5P4HA 5AHBA 2PK5A 5DR4A 3INEA 1MT7A 4ER1E 5P7BA 1SBGA 5P6FA 3NR6A 3QVCA 3INDA 4ACXA 5P14A 4YCTA 5KQXA 3O9LA 1FF0C 1K2BA 1EBKC 2RKGA 2NNKA 4RZ1A 5P2HA 4A6BA 3OUCA 5P4OA 1EC1A 4HDBA 2IGYA 1ZLFA 3NUOA 5P2SA 5OZEA 4FSEA 4HA5A 3RTHA 2CEMA 5SY2A 5P8NA 3TKGA 4EP3A 1EC3A 1ODWA 4DJUA 1W5WA 2QI6A 3U7SA 3EKQA 2AZBA 2Q15A 5P8HA 4B05A 3N3IA 5P7ZA 1GVVA 3HLOA 2R5PA 1GVUA 5P28A 2J9JA 3O9LB 4B00A 1SMEA 4HZTA 4GMIA 1ME6A 1LF3A 1HVLA 5P8GA 3ZPSA 4Y4ZA 5P4EA 5OZXA 3IGBA 5P6PA 1YTJA 3QI1A 5P02A 1PPKE 5P3UA 1LYBA 5ENKA 4HE9A 3ER5E 4J0VA 2Q5KA 2QD8A 5P3LA 3ECGA 4GJ9A 4I8ZA 1HIVA 3OXCA 4YCYA 1NPAA 3UHLA 4Y3TA 1HVJA 2PSVA 3C9XA 3HAWA 1SGUA 2QMGA 2ZHTA 5P3FA 4XXSA 3LIVA 2R43A 2QAKA 2WEAA 2VA5A 3ZKQA 1GKTA 2BB9A 4L7JA 5P1PA 2J9JB 3K5DA 3EM4A 2IKUA 3GI4A 3KM4A 5P41A 5P68A 4LP9A 5SZ9A 2I4UA 5OZWA 5P72A 3QP0A 4EQ0A 4NJVA 3O9DA 7HVPA 3EL1A 5P1LA 4DJPA 4OBZA 2ER7E 3ZKXA 3OUBA 5P8RA 5P61A 5P6ZA 2Q3KA 1LYBB 4FAEA 5P8UA 3D1ZA 2AOFA 4Y3LA 5DQ4A 4K4QA 2IQGA 5P6SA 6APRE 3WB5A 1B6LA 4RCFA 1G6LA 2WEBA 2VJ6A 1IZEA 4LBTA 2OF0A 5P36A 5P7YA 4IVSA 4J1IA 2BKSA 3FNTA 2I4XA 3K4VC 5P1TA 4I12A 4GJDA 2F81A 5P23A 4DQBA 2XYEA 2BPWA 1E81E 2AVVA 4OBZB 4OBGA 4Q1WA 4I8WA 5P7SA 4Y3GA 3B80A 4R5NA 3GGXA 4B78A 3VLBA 4QGIA 5EZZA 5OZHA 1Z1RA 1MTRA 5OZGA 1DIFA 1N49A 3JVWA 3ZKMA 2FNSA 4Y5MA 5P5AA 5KQZA 1YTIA 5OZ2A 2XYFA 5P7JA 4Z50A 5DR0A 3FNUA 5OZNA 3URIA 4KE0A 3OQDA 5DR3A 4TVHA 2RENA 1NPWA 5P45A 5KR2A 5OZ6A 1RV7A 1DPJA 5P1DA 2WKZA 4PYVA 3OHHA 3ZMGA 3SA6A 1A8KA 3D1YA 3L38A 3HW1A 3G6ZA 5C9DA 4GJ7A 4QJ9A 1ER8E 3PHVA 3RSVA 5P85A 5COKA 4NJSA 3S45A 3S54A 2HIZA 1SP5A 4RVJA 5P7MA 5OZJA 3SLZA 5P22A 3KYRA 5HE5A 3OOTA 2HB2A 2P3DA 1CMSA 3WZ6A 5P1BA 1D4SA 3WSJA 4XKXA 5P6UA 5P38A 1FQXA 1KZKA 5IS4A 1G0VA 2UPJA 3VV7A 2RMPA 1YX9A 5P1YA 2QMDA 4Y3EA 4YOAA 4DJYA 1FG6C 2G27A 4Y37A 3R0WA 5P2AA 3LZSA 1CZIE 3SFCA 3SA8A 4AA8A 5OZOA 3CIDA 3PMUA 1B11A 3Q70A 1E5OE 4DQEA 4Y38A 3LIXA 5IVRA 3FIVA 3MXEA 3T6IA 3UPJA 3R0YA 3TPJA 1T6GA 5OZUA 3S43A 5ER1E 5OZRA 5P7PA 3IN4A 4E43A 1XE6A 4M8YA 1AVFA 3MXDA 4Z4XA 1FFFC 4KB9A 3QN8A 5P0YA 3L3AA 1W5YA 1HIHA 2CENA 2VIEA 5P5DA 2G1YA 5P6LA 5OZDA 1KJ7A 4FRJA 3SA5A 5HDVA 5P3WA 2QI3A 3L5DA 4Y3FA 1W50A 3EBZA 5P0SA 3PSUA 1HVSA 2FNTA 4GJ5A 3VF3A 3SA7A 5P8JA 4I0GA 5KAOA 2ZJMA 1XL2A 4Y3RA 4Y9WA 3S43B 5P1KA 2BJUA 2RSPA 5I3WA 4WY6A 3OXWA 3VV6A 6FIVA 3SA4A 4B77A 4D89A 3T7PA 4FRSA 1LYAA 3UDKA 5P6AA 4Y50A 1HOSA 2PQZA 4AMTA 3K5CA 3HVGA 3GI0A 5F01A 3KMYA 5P12A 5P2VA 3SACA 5P4RA 3OQAA 2P3AA 3OQFA 3VYEA 2CEJA 4DH6A 5HU0A 4MC9A 1ZP8A 4R93A 2ZHSA 3LIZA 2QNQA 2O4LA 3DUYA 3QVIA 4D8CA 3UDRA 1HVRA 4Z22A 4Y4DA 3ZKIA 3U71A 1MEUA 1OEWA 2V0ZC 4J1FA 3QIHA 4EQJA 3FSMA 1A8GA 2NMZA 1LYAB 4GZFA 4Y51A 1BXQA 5P7FA 5P39A 5P5PA 2ZYEA 3I6OA 4EJKA 3LINA 2VIZA 3VFBA 3SM1A 4GIDA 2IS0A 4NJTA 3QS1A 3UDPA 2H6TA 4DQFA 2JJJA 5P8MA 9HVPA 4B1EA 5P6EA 2AOCA 4MC1A 5UPJA 4Y58A 2OHTA 3B7VA 3M9FA 5OZ4A 1AM5A 1XL5A 3BVAA 3HBOA 1W6IA 5P10A 3A2OA 3TOFA 3NXEA 1EC2A 2F3KA 4FSLA 4LL3A 5P3JA 1IBQA 2IDWA 2VIJA 1NSOA 2VNNA 5P81A 5P2FA 3IA9A 3OQKA 3L5EA 2NXMA 4J1HA 2IL2A 2NMYA 1VIKA 5HU1A 3LITA 5P0GA 3SPKA 5P8DA 1XN2A 3S2OA 1DW6C 5P26A 1ODYA 3ZLQA 4D83A 4PZWA 1FQ7A 2G20A 3VUCA 1HBVA 3H5BA 5P4CA 3UDNA 4Y6MA 3IN3A 3NUJA 1BAIA 3LNKA 5P03A 5P51A 2QI0A 1D4LA 1SIVA 2ANLA 5OZ9A 5P18A 1BVGA 3TH9A 1BVEA 3LIYA 1PFZA 5P4NA 5P3PA 1WBMA 4QJAA 5P5VA 4JECA 4H3IA 1T3RA 3Q4BA 2XFIA 1HIIA 3H0BA 5P3CA 5P6GA 5OZIA 1PSAA 5P4KA 5EZXA 1K6TA 3EKWA 4Y47A 1BBSA 5OZ3A 5P52A 3FKTA 2G1OA 4FLGA 3OQ7A 3KDBA 4CPXA 1K1UA 5DR1A 4Q1XA 2QMPA 1LZQA 4YD6A 2B7FA 5AGZA 5P7RA 5P3GA 1OHRA 1LF4A 4Y45A 5I3VA 4I0FA 3G72A 1EBZA 2AOHA 4K8SA 3EL0A 5P3XA 5P6DA 4CPTA 4Y5AA 1DAZC 4CPUA 4K4RA 5OYSA 3VEUA 5HDXA 3S53A 3IVHA 2PWRA 4OBHA 2R3WA 2AOGA 5JG1A 5P55A 1PSOE 4FE6A 5P77A 2BKTA 4LC7A 3K1WA 4WTUA 1W6HA 5P8AA 5P1NA 2QD6A 1ZTZA 5P4LA 5P25A 4DV9A 5OZTA 4AUCA 2A1EA 4F73A 4ZPFA 3GGAA 4GB2A 3VSXA 2ASIA 3TNEA 4YE3A 5P0JA 4EHCA 2P4JA 4HDFA 2B42A 2Q64A 3O9IA 5P78A 1KJ4A 2FMBA 1HXBA 1A94A 4L1AA 5P1RA 1OEXA 4YD7A 5P0TA 1IVPA 3O9FA 5BS4A 2AIDA 5P88A 2VJ7A 3S8IA 2BPVA 3OGQA 1IZDA 5I70A 4Y41A 1BDLA 3O9AA 1ZSRA 2G24A 4DFGA 5P3BA 5P3SA 4ZSRA 4H3FA 3CICA 3ER3E 5P42A 5P4QA 1D4HA 4DPFA 5P5TA 5P2MA 2FDEA 3INHA 4ZPEA 2WF3A 1RPIA 3IXJA 4LXMA 5COOA 3UQUA 5BWYA 2AOEA 5HE7A 4JP9A 5P5HA 1OD1A 4L1AB 3PI5A 5P8KA 1HEGE 3UDHA 2P3BA 1HTFA 4FIVA 4Y4GA 1FQ4A 1RL8A 5OZPA 4Y3JA 4HLAA 4Y35A 5P8OA 4B70A 5P30A 5P6XA 1FG8C 1MSMA 3DK1A 3UFNA 1G35A 4EJLA 1EAGA 4B0QA 1SDTA 4YDFA 5P8EA 4B1DA 5P05A 4APRE 5P3OA 3VF7A 4Y3MA 2HS1A 1EC0A 2WF0A 5C9BA 5P2OA 5DGUA 3GGUA 3CKTA 3RSXA 3KT2A 2JE4A 5P3YA 3BUHA 3NU6A 2P3BB 1EEDP 5DQ5A 1HSGA 5IE1A 5OZSA 1EBYA 1GNMA 5P4SA 5P33A 4TRWA 2APRA 4CKUA 5OZVA 2V13A 3NDTA 5C9FA 3EL5A 5P43A 5OZQA 5P6TA 4RYGA 2IENA 1MSNA 3NWXA 3TPLA 5P7LA 3EKYA 5P54A 4J0YA 2VKMA 3D1XA 2ER9E 3PSGA 3KFRA 5P2GA 3HDKA 3PM4A 4XX4A 3O9CA 3PWRA 2OHLA 5OYQA 5P0PA 5P76A 2QI5A 3OHFA 4JPCA 5HDUA 1M43A 1SMRA 4Y4EA 1MESA 1XDHA 3QPJA 1Z1HA 3R1GB 5P1VA 5P1SA 1T7JA 1TSQA 1MPPA 2VS2A 4FAFA 1FMXA 1HXWA 3TKWA 2PSGA 5P8CA 3APPA 4R91A 5P5BA 5HVPA 5P08A 3EMYA 3LPIA 4N00A 1NH0A 5P5MA 3UF3A 2Q63A 4Y39A 2PSUA 5P47A 3VSWA 5P4GA 5P70A 1QBTA 3SA3A 3IVIA 3DCRA 2OHPA 5P6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ7 A;  3NU3 A;  3QRM A;  5P0U A;  1KJG A;  4ZEA A;  3SM2 A;  4FRK A;  5DPZ A;  5KR0 A;  1AJX A;  2O4P A;  1W51 A;  4YCK A;  5P2N A;  3S85 A;  2IKO A;  1FFI C;  4ER4 E;  3S7L A;  2QHZ A;  4J54 A;  5P53 A;  5P5C A;  5AH6 A;  3R4B A;  4RYC A;  1MER A;  4Y3P A;  5KQY A;  2G69 A;  5E5K A;  3WZ7 A;  1UH8 A;  1U8G A;  3PMY A;  3RTN A;  2O40 A;  5P16 A;  3L58 A;  5P8L A;  1YM4 A;  4DVF A;  1K6P A;  1UH7 A;  4DQG A;  2FGU A;  1PPL E;  1HVI A;  3PLD A;  5OYW A;  1JLD A;  4TRZ A;  2HC0 A;  2QNN A;  1K1T A;  2Q55 A;  1HWR A;  1TQF A;  5P7D A;  3QBF A;  2PK6 A;  3RU1 A;  4OBD A;  5P74 A;  1YG9 A;  5P57 A;  5IVT A;  5P0O A;  5P62 A;  1QBU A;  5P58 A;  1EPL E;  3Q5H A;  4Y4A A;  5P5F A;  1BIL A;  4APE A;  2WEZ A;  3IXK A;  4Y3Z A;  5P4V A;  1QDM A;  4F75 A;  3T3C A;  4I0I A;  5P7E A;  3UQX A;  5P84 A;  4OBK A;  3Q6Y A;  3DV5 A;  4ZSP A;  1HEF E;  3LZV A;  4X2L A;  5P1G A;  4WY1 A;  5KQF A;  3UQP A;  1MT8 A;  5P5N A;  3F9Q A;  3KF0 A;  5I3X A;  1FB7 A;  5JFP A;  5P8V A;  2JJI A;  4D88 A;  4RLD A;  2OHK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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