5P0AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 57
Total Genus 84
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H4 (149-151)EMPTYTVIII3 (152-155)S1 (3-9)TIV4 (95-98)TI1 (11-14)TIV1 (14-17)TIV5 (162-165)AH4 (307-311)S2 (17-23)S7 (84-96)TIV2 (24-27)S3 (28-35)TI10 (219-222)S15 (210-218)TI2 (35-38)S9 (124-127)S4 (41-43)TI3 (45-48)3H1 (50-52)TIV3 (53-56)S8 (99-112)AH1 (114-118)TI6 (119-122)3H2 (61-63)TI4 (64-67)S5 (68-69)TII1 (70-73)S10 (136-137)S6 (74-78)TI5 (79-82)AH2 (144-148)TI9 (190-193)3H3 (131-133)TVIII2 (137-140)TVIb1 (136-139)S11 (156-160)TIV6 (170-173)TIV9 (319-322)S13 (184-189)S14 (196-204)TIV7 (265-268)TII'1 (204-207)O1 (255-290)S24 (303-305)S16 (225-227)TVIII5 (292-295)TII5 (297-300)AH3 (229-237)TII3 (239-242)S23 (294-296)S17 (243-245)TI12 (246-249)S18 (250-254)TI13 (254-257)TII4 (284-287)S20 (269-273)3H5 (275-278)S21 (279-282)S22 (289-292)TVIII4 (282-285)S25 (314-318)S12 (167-171)TI7 (175-178)S26 (324-328)TI11 (245-248)S19 (262-266)Updating...
connected with : NaN
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA01
4KUPA 4Y3NA 2NXMA 4TRWA 1D4JA 4EQ0A 2QK5A 3HW1A 3PSYA 5P5OA 1RV7A 2OHRA 4OD9B 1MUIA 1OHRA 1PFZA 5ER2E 3DJKA 5P32A 4BFDA 4KE1A 4F73A 4ZPEA 3QS1A 5OYWA 1T3RA 5P7FA 5OZRA 1AVFA 4Y39A 2G1YA 1PPLE 3EL0A 2P3CA 3SFCA 4I0HA 5P1VA 1LYBA 1WKRA 3EL1A 3EKWA 3NUOA 2NNPA 4B0QA 4Y37A 5P5CA 5P8JA 4L6BA 3TOGA 3U7SA 2G26A 4RCEA 5P06A 3PEPA 5AH8A 3BUHA 2V0ZC 1OEWA 5P41A 4J1EA 4HA5A 4FE6A 5P04A 3PBDA 1LZQA 3APRE 2IEOA 3OQKA 1DP5A 2P3BA 5P3UA 4LL3A 5P48A 2A4FA 3KA2A 2JJIA 2XFKA 5P5AA 1EPNE 3OUAA 5P45A 2PH8A 3IVIA 5OZ2A 4B00A 7HVPA 1SH9A 4RYGA 5C9FA 2RENA 5P8RA 3OGPA 2AQUA 3SLZA 4Y3FA 4FL8A 5P0SA 5DQ4A 5P1UA 5P78A 5P55A 1K6PA 1IIQA 5P2YA 1A9MA 5P4YA 4U7VA 4YD4A 5P4KA 2F80A 4N00A 1NPWA 3OUDA 5P5WA 1FQ6A 2ZHVA 5P0BA 2PSVA 4FGXA 2QI7A 5ER1E 5P71A 1MPPA 3L5DA 4Z22A 5P5NA 5P7GA 4ER2E 5P3IA 4Y47A 5HTZA 4H3GA 5KQZA 1Z1HA 1RQ9A 5ISKA 5P14A 2OHSA 4RROA 1FQ4A 2ZHSA 4J17A 2QU2A 5P0XA 3OHHA 5P51A 5KQFA 3INFA 4Y3RA 1Q9PA 4ACXA 5P5MA 4Z2ZA 3U6AA 1IZIA 3QRSA 3CMSA 1AM5A 1ZPAA 4I0GA 4DJWA 5P1XA 5P6TA 3R0WA 4FS4A 5KQYA 5P11A 3GI6A 2O40A 4RZ1A 4YOAA 4GYEA 2F3EA 5P5GA 3LINA 4EP2A 5P3SA 5P3ZA 5OYZA 5P0RA 5SXNA 5B18A 1Z1RA 4GB2A 3VV8A 3ZMGA 3PWMA 1D4YA 2HS1A 4YD5A 4DVFA 4FAFA 2WF2A 5P6OA 3ZKSA 5P1LA 7UPJA 1ZAPA 4MC2A 1XE6A 1B5FA 5P5KA 4AUCA 3UDNA 4XX3A 4RGHA 3FV3A 3G72A 5HDZA 3QAAA 4EJDA 3PMUA 3O9IA 4Y4AA 2ZJHA 4F75A 1FMBA 1K2CA 3EL5A 4Z50A 3VV7A 1FLHA 5P1OA 1SDTA 5E5KA 1HIHA 3TL9A 4R91A 2Q3KA 3KN0A 4Y6MA 5OYRA 3KFRA 5P61A 5P6HA 1MT9A 3OU1A 5P8BA 3VF3A 1K6CA 5P1DA 3M9FA 3MXDA 5P1YA 1DW6C 4EQJA 5P0YA 5P5SA 4PZWA 4J1KA 1XS7D 4D88A 3BVBA 5P3LA 1QBTA 4DJPA 3CKPA 1ZLFA 3VUCA 3TKWA 5P4MA 4OBDA 3LIXA 2XYEA 2QHYA 4RRSA 2QI1A 5P47A 4ZSRA 1BWBA 5TOLA 1EPME 2I4QA 3HAWA 3MSJA 1ZPKA 4YBIA 1YM4A 3UDYA 1ZTZA 4I0JA 5P5DA 2AVMA 3O9LA 3ZKGA 5P8IA 3NR6A 1META 1ZSRA 4BFBA 1MTRA 5HE7A 1D4LA 1QDMA 3HLOA 5P7WA 4AA9A 3UQWA 5P3EA 4OBFA 1PSNA 3FX5A 2Z54A 2Q15A 5P0MA 2OHPA 5DQ5A 1FQ7A 3OY4A 1NPVA 3QRVA 1SGZA 2PYMA 2QMFA 4Y4BA 2VNNA 4Y5MA 2I4XA 1SBGA 1HVCA 1EPPE 4DPFA 3BUFA 5P2BA 3VLBA 3TPJA 3NU9A 1IBQA 2B8VA 4OC6A 2CEJA 3HD8A 5P7BA 4YD6A 2IGXA 1QBUA 1KJFA 3BXRA 5P59A 5P4PA 1RL8A 5OZFA 3URIA 5P3AA 5AH7A 2O4PA 1LYWA 2V11C 2ZJLA 5OZLA 4L7JA 1HBVA 1YM2A 3NU3A 4QJ7A 5P89A 1FKNA 5P8NA 2O4NA 4J0VA 3D20A 5P16A 1AJVA 2RKGA 5OZTA 4DQFA 4L7GA 5P1CA 2Z4OA 5P5ZA 3PB5A 4NJSA 3IAWA 1GVXA 4Y3WA 3OTYA 3OUBA 5KOSA 1EBYA 1EC2A 1ODWA 5P1TA 5P68A 2ZE1A 4YDFA 1PROA 2AVVA 5IVTA 1D4KA 1LF2A 3RSXA 3PCWA 3OXVA 4YBFA 3GW5A 1KZKA 3KFNA 5P7VA 3RVIA 4EHCA 5P0UA 1B11A 3HVPA 5P62A 5HU1A 3NDWA 5DGWA 4GJDA 4J0ZA 5P7ZA 4FLGA 2WEZA 1YTGA 5COOA 3TPPA 3LHGA 4FRJA 1LF4A 1B6JA 5OZVA 1IVQA 5P1SA 2Q55A 1B6KA 5P0GA 1D4HA 3OXCA 3K5FA 5P54A 5P4XA 1F34A 2VJ6A 1HRNA 2R3TA 4Q1NA 3MSKA 4WY6A 3ER3E 4ZEAA 5P7AA 1W51A 4ZSMA 2WL0A 5OZ5A 3T11A 2PSGA 5P5QA 5OZUA 3PMYA 2IENA 5P82A 2VJ9A 5P1GA 5P3TA 2R3WA 4XXSA 3S85A 5P05A 3PVKA 5P60A 4KE0A 5P0TA 1HPVA 1HPXA 3KMXA 5P07A 1IVPA 3EKXA 3SAAA 4APEA 2I4VA 4ACUA 1UH8A 5P75A 3LIQA 3EM4A 3T7XA 3QBFA 2BPZA 4Y3AA 5P7YA 2ER7E 3A2OA 3D1XA 3OQDA 5P8PA 4QGIA 5P1MA 1RPIA 3B80A 1FG6C 1DMPA 2V12C 5P8AA 4CP7A 1Z8CA 3KT2A 2QMDA 2I4DA 3OUCA 1OEXA 3I8WA 2G20A 3IGBA 3LZVA 3EM3A 3OK9A 2P3AA 4RCDA 4FAEA 1VIKA 3NLSA 4Y4JA 2HS2A 5DQ1A 5CLMA 4GJ6A 4Y5LA 4Y3MA 4L1AB 2VA6A 3L5EA 4LXMA 5KR2A 1BV7A 5P0WA 1LYAA 1T6GA 3INHA 3K5CA 3FNUA 1MSMA 5P0KA 4K4RA 2WEDA 4E43A 1TZSA 4Y53A 2PWRA 5P8OA 5P7SA 2ZJNA 2HB3A 4DJQA 3NUJA 3DV1A 5P6LA 3PSUA 5BWYA 3APPA 4QJ6A 2OHNA 1GVTA 4EWOA 5P15A 5P1NA 5P00A 5P6WA 3VYDA 4DQGA 2F3FA 1EPRE 2MIPA 3BUGA 4WY1A 4EPJA 5P53A 4RVXA 1FQ5A 2FGUA 2ZJMA 5OZMA 5P8VA 1BIMA 3ER5E 2IDWA 2ZJKA 3OADB 5P72A 4Y4UA 1A30A 1W5VA 2WF1A 3LZUA 3HAUA 5OZ7A 4EYRA 2G1OA 2I0DA 5P1IA 2WECA 5C9DA 1GNNA 4PZXA 5P6MA 4A4QA 4B1EA 5I3WA 4DUSA 3SA5A 1HSIA 4MC1A 2Q63A 5OZ4A 5OZQA 1MEUA 5P87A 5P1JA 5OZHA 1FMXA 3L5BA 4YD7A 2R9BA 4PHVA 1LS5A 2ASIA 2J9JA 4Y45A 4DJRA 4Y41A 5C9BA 5P3CA 5OYSA 3SQFA 4TVHA 5IVQA 4J5JA 5OZIA 1IDBA 5P2CA 1FF0C 4YCKA 4HDPA 1YTHA 4ER1E 5P0CA 2VIYA 3WZ6A 1M0BA 3NU4A 2AIDA 3PGIA 4Y4TA 5P4CA 5P2ZA 3ZKQA 4IVTA 5P6ZA 1ENTE 5UPJA 3S7MA 1FEJC 5P4HA 5HE4A 3IXJA 4I0DA 3S45A 5P57A 5P8KA 4Y4ZA 1G0VA 4Y51A 3LPJA 3OU4B 3JVYA 3UQRA 4YOBA 4Y56A 4K8SA 3WB5A 2BPWA 4K4QA 5AHAA 3HZCA 2WF0A 2XFJA 5OZ3A 3G6ZA 3QBHA 3VV6A 5P5BA 3OTSA 2ANLA 4OBZB 4Q1YA 3K4VA 4Y5BA 5P4WA 2HPEA 2PMAA 4R8YA 3BRAA 5OZGA 2Q11A 4RVJA 3O9HA 1KJ7A 1HXBA 3VCMA 4GJ5A 2JJJA 2ZYEA 4B72A 2G22A 4J55A 2BJUA 4NJVA 1EPLE 2BKSA 4TRZA 3EKTA 5HE5A 5P0DA 2B42A 4Y5KA 5P2HA 5OZ6A 1M4HA 5OZBA 2ZGAA 4MC6A 3EL9A 3O9CA 2I4WA 3Q3TA 1HVHA 2FLEA 4Y3JA 1BAIA 3EKYA 4FIVA 5P5XA 1T6EX 2QCIA 5F00A 3FNSA 2AOCA 4EXGA 2I0AA 3KF0A 3RTMA 2QI3A 3PSGA 2QNPA 4RLDA 5I3XA 3R1GB 3IXKA 3HDKA 3SA8A 1GVVA 4HLAA 3K5DA 1HTGA 5CONA 1ER8E 5P6VA 2WJOA 3LIZA 1B6MA 2V13A 2FXDA 2NXLA 2IKOA 2BKTA 3SA3A 3VEUA 5AHCA 3DCRA 5P86A 3UDQA 4I1CA 3QVIA 5P5JA 5P2TA 3K4VC 4Y5GA 1HPOA 4Y38A 5P7XA 5P28A 1U8GA 2BPXA 2PWCA 5P5RA 2H6TA 5DR7A 1MT8A 4CPQA 5P0PA 3VSWA 2PYNA 4Y3PA 1K1TA 3NWXA 4J0YA 4ZSQA 5P4EA 1UH9A 4Y5AA 3MWSA 4CPWA 1FMUA 5SY2A 1TW7A 2IKUA 4Y48A 4NJTA 5OZ9A 3UDKA 1LYBB 4X2LA 1MTBA 3QN8A 6FIVA 3CIBA 4U7QA 3VYFA 3SKGA 3RTNA 3UFLA 4LP9A 3T7QA 5P6PA 2SAMA 5P85A 5DQ2A 1NSOA 2BBBA 3FKTA 1EC3A 2FDDA 5P3YA 5AH9A 5OYXA 3TNEA 2AOIA 5P6GA 3PCZA 2P3BB 5P3FA 4BEKA 4F74A 1D4IA 1SP5A 3TH9A 1CZIE 2R5QA 3NDXA 4S1GA 2JE4A 2XYFA 5P5TA 5P1EA 1PSOE 1BDLA 5P2UA 3IVHA 4D85A 3VF5A 4GMIA 2QZWA 1AXAA 1TQFA 5P4TA 4EXHA 1MVPA 2VA7A 2F3KA 5OZCA 5OYYA 3O9EA 4Q1WA 5P69A 3O9DA 4Y43A 2ER6E 4DJYA 2WF4A 5P0VA 1HVJA 5P2OA 4APRE 2PQZA 3OUDB 3I7EA 4B05A 5OYVA 4GJCA 2R43A 4PYVA 2O4SA 5P6KA 5KR1A 5P4LA 4Y3QA 5P42A 3QI1A 1QBRA 3S7LA 3NDUA 2AVSA 2NXDA 3AIDA 5P6XA 3QRMA 2OHTA 5P58A 4LXKA 3B7VA 1WBMA 1APVE 1T7IA 4I8WA 5HCTA 5P4UA 3LIYA 5I3YA 5P8EA 5T4SA 5P27A 4R92A 5ISJA 4YHQA 5P4AA 3QP0A 1MT7A 2FS4A 4CPUA 1C70A 2G21A 1UH7A 2BQVA 5P19A 2G1RA 2OHMA 1FB7A 4D83A 3UDJA 4JPEA 5P1FA 5P09A 3KDCA 4Y3SA 4YCTA 4M8YA 5P2RA 4DJOA 1GVUA 5DPZA 5P84A 5P37A 4TRYA 4Y4DA 2XFIA 5P74A 4Y5CA 2O4LA 1ZSFA 2BPVA 1VIJA 1K6VA 3I2LA 3OHFA 5P7CA 4B70A 3PLLA 4R95A 3WSJA 3L3AA 4I8ZA 1B5FB 2P8HA 2WHHA 2AOEA 1PPME 3I6OA 4GJ7A 4NPUA 4H1EA 2P83A 1HIIA 1PSAA 1FQ8A 5P4BA 3S43A 5P2WA 3UTLA 5P4OA 2OF0A 1XL5A 4I0IA 1RNEA 1EBZA 5P6NA 5P8LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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