5P0AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 57
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0aA01
2G1YA 1HBVA 1LZQA 1MRXA 1EPPE 1ODWA 1HXWA 1MVPA 5P6YA 1G0VA 1MT7A 2HS1A 2R3TA 4Q1YA 4I0ZA 1HWRA 4YD7A 1FQ8A 1A8KA 3UQPA 5P2SA 5P0ZA 5P4OA 3EXOA 3UDQA 5I3XA 4L1AB 4ZEAA 3ZPUA 5P6BA 5P6NA 3TKGA 4U8WA 4J55A 5OZBA 5P6AA 2AZ9A 3L5BA 3EKYA 1FQ5A 4YHQA 2V13A 3BGBA 3O9DA 4DVFA 5DR0A 2PYMA 5P3HA 1RQ9A 2P3AA 5OZVA 2PSUA 2UPJA 5BRYA 3SA6A 5P7FA 1AM5A 4J0PA 5P7OA 4FGXA 3TLHA 1CMSA 5PEPA 1GVUA 4Y58A 5AHAA 3PSYA 2ZHVA 2I4UA 2VJ6A 3OQDA 4OBFA 5P0HA 4LAPA 1QS8A 4OC6B 4DQGA 1K6TA 4QJAA 1G6LA 2BPVA 5P8JA 3OOZA 5P4GA 5P1JA 1IVQA 1DMPA 4J1KA 1XN2A 5P4TA 3SA9A 2Z4OA 4PZXA 1B11A 1KJHA 5P4HA 1G2KA 5P1VA 2QNQA 5P06A 5P3LA 2Z54A 1BDQA 3SABA 5P7JA 5F01A 2I4WA 5P16A 4CPQA 1EBKC 1G35A 2PK5A 3JVYA 2PWRA 5P51A 3S43A 3OQ7A 3TKWA 4Y9WA 4PHVA 5P5AA 5DR8A 3NSHA 2AOFA 5P4VA 5HDZA 3DCRA 2I0DA 1Z1RA 3GGUA 4GMIA 4GB2A 4YBFA 2VJ9A 2CEJA 1HTRB 5OZLA 4Y4TA 5P5CA 7HVPA 4Q5MA 1A9MA 3K5DA 2APRA 2B60A 4QJ6A 1LEEA 1SIPA 5I3WA 2HPEA 3DUYA 1KZKA 4R8YA 4FE6A 5AGZA 4QJ8A 4EP3A 1RV7A 3EL4A 4FCOA 3RTNA 3UDHA 5BWYA 2AQUA 5P48A 3AUPA 2VKMA 1NPVA 3INFA 2CEMA 2OHNA 5P6DA 4QLHA 2IDWA 2XFIA 2F3EA 1D4KA 4R95A 2QMDA 5IVSA 5ENMA 5P2GA 2IKUA 3LIYA 3PCZA 3EKVA 1ZJ7A 5P08A 2OHKA 4D88A 3O9FA 4Y3EA 1T6GA 3OXWA 3U71A 4Y35A 1T7IA 4GJCA 3KFRA 3EBZA 3QPJA 5HDVA 5OZYA 1K2CA 5P8KA 4YD6A 2AODA 5P4BA 4H3GA 4RRNA 3ZKIA 3U7SA 3BRAA 5P6VA 4DQEA 1E81E 3DCKA 3FNSA 4Y5GA 1FB7A 5P5OA 2QAKA 2QU2A 4J1IA 2A1EA 1YM2A 5OZTA 3RTHA 2PSGA 3L5EA 1MTRA 4I0HA 4Y4JA 5KAOA 1MIQA 2Q5KA 4DJPA 1K6VA 2OHQA 3R4BA 3SA8A 5CLMA 4B1DA 4F73A 5P2MA 1YTHA 4Y4AA 5P29A 1FMXA 4NPUA 4Y3SA 4HA5A 3DOXA 1HEFE 3S2OA 3KT2A 5DQ5A 4EP2A 3K5FA 3LIZA 1IZDA 3IVIA 5P1HA 2ZHUA 5OYQA 2F3KA 4B05A 1PPME 2V0ZC 4Z22A 5IVTA 5P3YA 2WL0A 1IDAA 4JP9A 1HPVA 2QMFA 4CPUA 3UPJA 3OUDB 3MWSA 5OYZA 1BVGA 1ODYA 4ER4E 3SM2A 4TRZA 3S53A 5IVQA 5P03A 1PSAA 3SACA 3OU1B 3PGIA 5HTZA 2B8LA 1EC0A 5P5HA 1DP5A 5P78A 3D1ZA 1GVVA 4DJXA 4FL8A 1HPSA 3PWRA 3GGXA 2P3DA 4GZFA 1AVFA 2AOIA 3QVCA 5HU1A 5JFUA 3NWQA 4Y4XA 4TVGA 5OYUA 2JYSA 3QRMA 4Y6MA 1YX9A 4Y4UA 5P1PA 2AIDA 3PWMA 4YD5A 5P35A 3TNEA 2NNKA 3TTPA 1D4YA 5P32A 4J0ZA 5P5PA 5APRE 4Y45A 3CKTA 4Y3FA 2ZHRA 5P72A 2VNNA 4FM7A 1MRWA 3DM6A 5P4ZA 1XL2A 3LZUA 5P2LA 4Y5PA 3URLA 4J0TA 4ZLSA 2G22A 3I7EA 5P4DA 1GNMA 5ISKA 5P7BA 3BUHA 5P18A 4AZYA 5P7AA 1NH0A 5P25A 5P5NA 3QP0A 3UCBA 2ZJNA 1GVWA 5OZ3A 5P71A 5P53A 4WTUA 2OHLA 1M4HA 1B5FA 4K4PA 5OZ1A 3UQWA 2Q63A 5I3YA 5P6ZA 5P8CA 1EC3A 4PYVA 1D4JA 2FIVA 3TPJA 5P5QA 2AZBA 2B7ZA 4EHCA 4HZTA 1B6JA 1OEWA 3DV5A 5P2HA 3CIBA 3TOGA 3R0YA 1K2BA 3QRVA 5P3TA 4RZ1A 4Y4WA 2BBBA 2HPFA 4GJAA 5OYYA 4CPRA 5KR1A 3VSXA 5P2UA 2EWYA 4MC6A 1SDUA 2FGUA 5P7QA 2Q3KA 3L5CA 5OZWA 3O9CA 3OUCA 5P1GA 2WEDA 3IGBA 1W5XA 4GJ6A 4FRSA 4Y5KA 4Y3AA 3NU3A 4R93A 4B1EA 2XYFA 3UQXA 2OHUA 3L59A 1K6PA 4Y5AA 1T7JA 2QI7A 2QU3A 4AMTA 5P2BA 1HXBA 2HIZA 5KQFA 5P1IA 2H6SA 7UPJA 3AIDA 5P33A 5P50A 5OYRA 1HIIA 3TOHA 2OAHA 3NR6A 5P5RA 3OUBA 5OZ0A 1FG8C 5COPA 4J54A 4ZSPA 4B78A 2Q55A 3UQRA 4ZE6A 5P8IA 1HTGA 5ISJA 3NU9A 4H3IA 5P3KA 4ZSRA 1OEXA 4RRSA 2FXDA 5P1BA 1GVTA 4H3JA 4NPTA 5P8RA 1YTIA 5P1KA 1AAQA 5OZ2A 2AZ8A 1EPQE 1ZP8A 4PEPA 5P1MA 5P8HA 3R0WA 3OQAA 5KQZA 4Y5MA 3ZKGA 5HVPA 4Q1XA 4Y3TA 4Y36A 5P6LA 4Y3NA 5P7ZA 2J9KA 1Q9PA 5P3FA 3GGAA 3HVPA 5DQCA 5P7VA 4FLGA 2V10C 4FM6A 2ANLA 1HSIA 3OOTA 3QBFA 5P85A 3OY4A 5P76A 1LYBB 4CPSA 5P7UA 3PVKA 5P2QA 2H6TA 3VFAA 3G72A 2FGVA 5HDUA 1MESA 2G69A 5P1CA 4ER1E 5P1SA 4BFDA 2G21A 2JXRA 2V11C 1BXQA 2QHCA 2JE4A 3EMYA 2F81A 4F76A 3G6ZA 5P8EA 3T11A 1Z1HA 5P2ZA 1IBQA 3QVIA 1KJFA 5P4XA 1E82E 3MXDA 3T3CA 5OZMA 4GJ7A 3ZKSA 5P4UA 4B77A 3ZKMA 2I4VA 5P0VA 5OYVA 3EM6A 2UXZA 4OBDA 5OZRA 2O4PA 2OHRA 3QBHA 1FMUA 4Z4XA 4YCTA 3UQUA 5DR7A 3WSJA 4S1GA 5SY2A 5P0CA 1FGCC 5OZ8A 1BDRA 1PROA 3VYEA 3A2OA 1IVPA 4RROA 1F34A 5P6PA 4GJBA 4ZSQA 5P26A 4YBIA 5P14A 3OADA 1SDVA 4Y51A 1J71A 3JW2A 2PH8A 5HE4A 1SGUA 3NDUA 3KFNA 4Y39A 3PB5A 5DR1A 3D20A 4J1CA 2FNTA 1U8GA 4I8WA 5P5TA 2Q15A 3BC4A 3SA7A 1APUE 1META 5P52A 2G1RA 5P0MA 1PSNA 5P6JA 5P37A 5P31A 4FSLA 4QJ7A 4RYGA 5P28A 3OXXA 2ZGAA 1QDMA 4Y3MA 4DQCA 3PLDA 2QMGA 1D4LA 3PWWA 1K1UA 1TCWA 4EQ0A 3VV7A 4J0VA 5P2DA 3VLBA 3LIXA 3KM4A 4TRYA 3OXCA 3SQFA 1YTGA 3VLAA 4PPHA 4Y41A 5TOLA 5OZ5A 3ZPTA 3KN0A 3OK9A 4B70A 5OZFA 3APPA 1W6IA 4CPWA 2G1SA 4A6CA 3S7MA 5P6KA 3PMYA 5AHCA 1TZSA 3SAAA 1N49A 2QCIA 3BVBA 1BILA 4YOAA 1QBSA 5OZGA 4FRKA 4ZPFA 3BGCA 3K5CA 5P4JA 4K4RA 4YOBA 1NPWA 5P36A 1ZAPA 5C9FA 3LPIA 3CKPA 5P79A 2XYEA 5P0NA 3K4VC 3L38A 2NTRA 3UDNA 5P5ZA 1NSOA 2ZJLA 1ER8E 5KOQA 1DPJA 3URIA 1FQXA 1RPIA 5P7IA 4L7JA 5P4QA 5J25A 3OHFA 5OZ9A 1C6ZA 4ZPEA 1KJ4A 4D83A 1VIKA 3I25A 5P7PA 1UH8A 4I11A 4Q1NA 4I1CA 5DGWA 5JODA 3UDKA 4R5NA 1T6EX 5P4AA 2ZJHA 5P4KA 5P10A 2RENA 5P5BA 3D91A 3O9GA 4LXKA 4OBKA 3RTMA 5P8DA 5HD0A 5P8TA 1KJ7A 4Q1WA 3S43B 5OZIA 2QD7A 2FLEA 1HVIA 4RCDA 3ECGA 3LIVA 3LITA 2XFJA 4OBHA 5P3JA 4EJLA 4OBJA 4Y5CA 3OU4A 5P0XA 4OD9A 1BV7A 1W5WA 2A4FA 3L58A 3IN3A 5DQ1A 1HVJA 1LF2A 3O9IA 4FAEA 1GNNA 3MXEA 1IIQA 4DJRA 3SO9A 5P2NA 1ZPAA 5P30A 2PC0A 4I8ZA 4OBZA 5P7CA 5OZKA 3INEA 5P87A 5P57A 1SP5A 3UFNA 4XX4A 3DJKA 2CENA 5E5JA 4NKKA 4Y3PA 2UY0A 3BXSA 5P2KA 2FS4A 3INDA 4I0GA 4Y4BA 2QZXA 4Y54A 3EL9A 2PH6A 2BPZA 1UH7A 3S54A 3BXRA 1EBYA 4GJ5A 5OZZA 1W51A 4CKUA 2MIPA 2RMPA 4Y44A 3UDPA 3U6AA 1CZIE 5HCOA 2Q11A 3FNUA 2I4XA 3FSMA 5ER1E 4H1EA 5P05A 5P0JA 3HLOA 4OD9B 2IENA 2QZWA 1K1TA 4D8CA 4YA8A 1EEDP 3EL1A 1IDBA 2WF3A 4M8YA 4DJUA 3GI4A 2G20A 3G70A 4DJWA 5P6QA 1HTFA 3PCWA 2FMBA 5OZ6A 3WB5A 4OBZB 5P6TA 5P4NA 1TQFA 1BAIA 5P8VA 4FRIA 3B80A 3DK1A 4J0YA 3SKGA 1ME6A 5P4WA 5P6FA 1BV9A 5P58A 5P5GA 3TL9A 3UDRA 2ER0E 4J1EA 5P1ZA 2B8VA 4U7QA 4X2LA 1ZSRA 1FIVA 2OHPA 3KDBA 5P4IA 5P3AA 3EL5A 3HD8A 5P5UA 1OHRA 5P1WA 4LHHA 4DV9A 5P3RA 1MT9A 4FSEA 4RVJA 5P2FA 1SH9A 2R5QA 5P73A 5T4SA 3ZKQA 2O4LA 1E80E 4MC9A 3IXOA 3OXVA 5OYWA 1SGZA 5P3MA 2AVVA 3ZMGA 3OTSA 5HU0A 5COOA 4GIDA 1QBUA 1APWE 1FQ4A 5P6RA 3L3AA 1A30A 2P3CA 2QP8A 3LHGA 5OZJA 5P1QA 3TPLA 1BXOA 4HDPA 5P86A 4EXHA 2ER6E 3BVAA 1FF0C 1LYAA 5DPZA 4TVHA 5I3VA 2QI6A 1SDTA 1SMEA 5P04A 5P56A 3D1XA 1BDLA 1XE6A 2B42A 5P1FA 1XDHA 3GI0A 2HB4A 3ZOVA 5C9DA 5P09A 5HE7A 3RVIA 5P34A 1HVKA 1HOSA 1DW6C 4HDBA 5P5EA 3GW5A 1ENTE 3CYWA 1HIHA 2P8HA 3CYXA 3TH9A 1AJVA 3OAGA 3D1YA 4EJKA 2IKOA 1LS5A 4WY1A 4TRWA 2QI1A 2G1OA 5P2YA 3S7LA 3ZLQA 5P7LA 1EPNE 1LYWA 3VF5A 4B1CA 4M8XA 3S56A 3UTLA 4I0IA 3TOFA 3N4LA 2BKTA 4JOOA 1LYAB 5P89A 1BIMA 3HBOA 4I0DA 1UPJA 3VCMA 4NJUA 2BPYA 1MSNA 3PEPA 5ENKA 2I4DA 5P6XA 2WF4A 3SA4A 5P7DA 3SKFA 4FAFA 5DQ4A 3PHVA 2QNPA 2ZE1A 2WF0A 2OHSA 3SA5A 3NDXA 3NLSA 1D4IA 3VSWA 2NXMA 1A8GA 4EPJA 5P2EA 4L7GA 5P4YA 3R2FA 4Y37A 5F00A 2QI0A 5P3DA 3T6IA 3IXKA 1C6XA 5P11A 1LV1A 4Y3HA 5P3SA 3LZYA 1M0BA 2PWCA 1HIVA 4CPTA 5SZ9A 2BJUA 2NPHA 5AH8A 5IS4A 4RVIA 2V00A 1XL5A 2ZHSA 5EZXA 1B5FB 9HVPA 4YD4A 5P17A 2R8NA 3CKRA 4FRJA 2HS2A 5P20A 4IVTA 1DIFA 3O99A 2AVMA 4KE0A 1HHPA 3UFLA 1GVXA 1EPRE 2XFKA 2HAHA 4I12A 1XE5A 5P6WA 2AOEA 3LINA 3LPJA 5P84A 1FMBA 4D85A 2VS2A 3NYGA 5P5LA 5FIVA 1CPIA 1SMRA 3K5GA 5P40A 4B00A 5P1DA 5P7WA 4K9HA 3C9XA 5P47A 1FQ7A 2O4NA 3KT5A 3O9AA 2ER9E 2BPXA 1XS7D 3VYDA 4K8SA 1QRPE 3WZ6A 5P7KA 3NU6A 3F9QA 4RYCA 2I4QA 2P4JA 3VEUA 5C9BA 1HVHA 1ZTZA 3EKTA 5P3OA 3WB4A 3NDWA 4Y3YA 3OGPA 4Y3QA 5KQYA 5P7HA 2BPWA 2HC0A 4ZSMA 5OZDA 5P43A 2OF0A 5P5SA 2PYNA 5B18A 3O9LA 2WHHA 5P8SA 3VYFA 2R43A 2VJ7A 1TCXA 4X7IA 4YD3A 4FS4A 2ASIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1Y A;  1HBV A;  1LZQ A;  1MRX A;  1EPP E;  1ODW A;  1HXW A;  1MVP A;  5P6Y A;  1G0V A;  1MT7 A;  2HS1 A;  2R3T A;  4Q1Y A;  4I0Z A;  1HWR A;  4YD7 A;  1FQ8 A;  1A8K A;  3UQP A;  5P2S A;  5P0Z A;  5P4O A;  3EXO A;  3UDQ A;  5I3X A;  4L1A B;  4ZEA A;  3ZPU A;  5P6B A;  5P6N A;  3TKG A;  4U8W A;  4J55 A;  5OZB A;  5P6A A;  2AZ9 A;  3L5B A;  3EKY A;  1FQ5 A;  4YHQ A;  2V13 A;  3BGB A;  3O9D A;  4DVF A;  5DR0 A;  2PYM A;  5P3H A;  1RQ9 A;  2P3A A;  5OZV A;  2PSU A;  2UPJ A;  5BRY A;  3SA6 A;  5P7F A;  1AM5 A;  4J0P A;  5P7O A;  4FGX A;  3TLH A;  1CMS A;  5PEP A;  1GVU A;  4Y58 A;  5AHA A;  3PSY A;  2ZHV A;  2I4U A;  2VJ6 A;  3OQD A;  4OBF A;  5P0H A;  4LAP A;  1QS8 A;  4OC6 B;  4DQG A;  1K6T A;  4QJA A;  1G6L A;  2BPV A;  5P8J A;  3OOZ A;  5P4G A;  5P1J A;  1IVQ A;  1DMP A;  4J1K A;  1XN2 A;  5P4T A;  3SA9 A;  2Z4O A;  4PZX A;  1B11 A;  1KJH A;  5P4H A;  1G2K A;  5P1V A;  2QNQ A;  5P06 A;  5P3L A;  2Z54 A;  1BDQ A;  3SAB A;  5P7J A;  5F01 A;  2I4W A;  5P16 A;  4CPQ A;  1EBK C;  1G35 A;  2PK5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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