5P0BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 58
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0bA01
4QGIA 4DJWA 5P02A 1WBKA 2J9KA 1FMBA 1TW7A 2AVOA 5OZOA 4LXAA 4RZ1A 2I4DA 1A94A 1LYAA 2AIDA 4TVGA 3INEA 4RCEA 5P0FA 3ER5E 4BFDA 3VYFA 4XXSA 4TRZA 5OZDA 5I3YA 2V10C 5P7HA 4F76A 3RU1A 4NPUA 5DR3A 3PB5A 3PGIA 5E5KA 5P45A 2IGYA 4B72A 5KQYA 2FS4A 2O40A 1EPRE 2RSPA 4J0TA 2XFJA 4MC9A 5P30A 3SO9A 3T7QA 5DPZA 4KB9A 5P15A 3I6OA 2FMBA 5P5DA 5SZ9A 5P08A 5AHCA 4GJDA 4EXHA 3L3AA 4OBZA 2PQZA 3TPRA 5DR8A 3FX5A 5P4FA 3ZKGA 3VG1A 5P53A 2P3BA 5P65A 3FSMA 4CPWA 1HVKA 4MC1A 4Y3SA 3IVIA 3IXKA 3PEPA 1K6PA 4PHVA 3A2OA 3NU9A 3F9QA 1QRPE 5P7JA 2QD8A 1Z1HA 1EBYA 5COKA 2IDWA 5P14A 3SFCA 3CKRA 4K4QA 5C9DA 1HPXA 1RNEA 5JFUA 3EKWA 2P83A 3EL1A 3OQ7A 2R5PA 1NPAA 4QJ6A 4AZYA 1FB7A 1EC0A 1MEUA 3QRSA 5P3YA 2FDDA 3BUGA 5OYRA 2FXEA 5HVPA 5ER2E 5OZ5A 1QBTA 1T7IA 4GYEA 3UDHA 3TTPA 3NLSA 4AUCA 5P3DA 3KMYA 3T3CA 3INHA 5P2JA 2HC0A 1GVTA 4Y3HA 3ST5A 3O9AA 5OZRA 5DR7A 2FGVA 1FIVA 4NKKA 5P3AA 5ISKA 2ZJIA 5P61A 3UDJA 1UH7A 1XN3A 5P7GA 2HB2A 3BUFA 4Y50A 1ZSRA 1XL2A 3PCWA 5P7ZA 1W5YA 4J1FA 4DQFA 2VIEA 4YDFA 2BBBA 3CIBA 4ACUA 5OZKA 3EKPA 5P2NA 3EKTA 1MTRA 5P5QA 5P77A 5P7WA 1HIHA 1YTJA 4B1EA 4YCYA 3GGVA 5P2DA 3UPJA 5P24A 1M0BA 1F7AA 2FXDA 4RVIA 3OY4A 5OZMA 3LZYA 5AHBA 4Y37A 1XE6A 2ZE1A 5P7XA 4Y3MA 5OZ1A 3OTSA 2FDEA 5AGZA 5TOLA 2QHYA 4Y4AA 2V16C 4TRWA 3LIYA 4FS4A 5OYVA 3PCZA 2BJUA 4FSEA 3VYEA 5P26A 4B77A 4X7IA 2G26A 3HLOA 4RROA 4I12A 5OZAA 3ZL7A 4LAPA 3L5CA 3CYXA 1IVQA 4I0EA 2AOGA 3OGQA 4ZSRA 4B00A 5P76A 2I4UA 3ZPSA 4OBJA 3VLBA 3EKQA 2VKMA 3O9IA 4Y4UA 3APPA 5P4BA 2BKSA 5P0IA 4X2LA 5OZWA 5OZPA 3O9GA 5P42A 5P43A 5OYTA 5P87A 3INFA 1B6MA 1EAGA 2O4NA 4ER1E 5P8PA 2G94A 1Z8CA 4FRIA 1GVWA 1HVCA 4E43A 2R43A 2QZXA 5P2ZA 3DV1A 4BEKA 3BRAA 1FQ6A 2ER0E 5P81A 4H3JA 5P3ZA 4DJRA 4Y3PA 3URJA 2QI0A 3Q4BA 4WY6A 3SM2A 3VF5A 1RPIA 4Z2ZA 1MUIA 3DM6A 4DJPA 1IZIA 2Z54A 5P03A 5P3BA 4K8SA 5P6SA 1FF0C 3PBZA 4YA8A 5UPJA 5P35A 1MT9A 2EWYA 5P5IA 4DJXA 2QMGA 1GKTA 1APVE 4OBHA 2G1YA 4MC6A 3VF3A 5P16A 5P8UA 3ZPTA 5OZEA 1ZJ7A 1CPIA 1SGUA 5P0NA 3T7PA 3TPJA 1TQFA 2B7FA 5OZ3A 4DJUA 5P2VA 3OWNA 5DQ2A 1EPLE 5P4JA 3S2OA 2OHSA 4D88A 2NXDA 2WL0A 3KF0A 1PSNA 3JW2A 2P3BB 1HEGE 2B60A 1NH0A 2VJ9A 2ZHVA 5P1EA 1G6LA 3PWWA 5P4KA 4KE1A 1EPNE 5P85A 4N00A 3OADB 2BPXA 1T7KA 2PSVA 2ER6E 3UQUA 5P1VA 5P48A 2F3FA 1MERA 2WF2A 4NPTA 4PEPA 5P5LA 4Y44A 2HS2A 1PPLE 3K5DA 1W6IA 3PBDA 5P7CA 5OZGA 1IDBA 2WF4A 4ZE6A 2UPJA 3N4LA 1SDTA 3LZUA 1LF4A 4I1CA 4MC2A 5P4SA 5HE4A 5P3LA 4CPUA 4Y5NA 1MSMA 5KQZA 1LYBA 4RYCA 2R8NA 1EC3A 5P1OA 5B18A 2CEJA 3RTHA 4R8YA 2AZBA 3QROA 3NWQA 1G0VA 2XYFA 1EBZA 4M8YA 4CPTA 4D89A 4L7JA 2AOEA 1DAZC 5P1SA 3HBOA 4Y3GA 4J5JA 5P8FA 2VIZA 2VA7A 5P6MA 3JVWA 4H1EA 3T11A 3G72A 3HAWA 5P3XA 4RLDA 5OZ8A 1B5FA 1HVRA 5P7QA 4TVHA 1HVLA 1OD1A 5KR0A 1ER8E 3SA5A 4FGXA 2Q5KA 4FM7A 4Y43A 4I0IA 4OD9A 3EM4A 3OU3A 2FNTA 5KOQA 4DUSA 2R5QA 5P64A 1B11A 3Q5HA 5P8HA 5P1DA 5P0XA 1YM4A 3UF3A 4Y3DA 2I4XA 3TOFA 5OZ4A 4FLGA 5P37A 3VLAA 4U8WA 1MRWA 3OUAA 4LC7A 2ZJLA 5P10A 4HDPA 3DV5A 3H0BA 3VEUA 4LBTA 1J71A 5IVRA 2FGUA 5P60A 5P7IA 3CKTA 2A4FA 3O9FA 5P2UA 2ER9E 5BS4A 1XS7D 3R1GB 5P8SA 5AHAA 4ZSQA 5KQXA 5OZ6A 2VNMA 3OU4A 5EZXA 4B1DA 4AMTA 5P3MA 1HTGA 1ZPKA 1Z1RA 5P17A 6FIVA 5P01A 1M43A 4F73A 4J55A 3ER3E 5P1HA 4F74A 3VSWA 2QAKA 1C6XA 3QRVA 4J0PA 3UHLA 1PSAA 5P4AA 3WSJA 4ER4E 3EC0A 1YTHA 5P1MA 4Y4EA 2UXZA 5SY3A 5OZYA 3QN8A 3LNKA 5HU1A 2VA5A 2AOCA 3K5FA 1QBUA 4I10A 3OAGB 4Q1XA 3INDA 4LHHA 5P4IA 4YCKA 3SAAA 4Y4ZA 2XYEA 5P8OA 4H3FA 4J0YA 3OUBA 5P8TA 1XDHA 3RSXA 3ZKSA 1DP5A 2ZDZA 4L7HA 5P7PA 1EBKC 3JVYA 1EPME 5HCTA 2WF1A 5P3JA 5P2EA 5HE5A 2QMPA 3QVIA 5P5ZA 5P3OA 3IXOA 2Z4OA 3S56A 1HVIA 1HTRB 4Y3EA 5P4LA 5HDXA 2RENA 3RVIA 4DJOA 3L5BA 3UQWA 4L6BA 3C9XA 5P12A 4ZEAA 2AODA 1EPQE 2AOFA 1BDQA 2F81A 3PRSA 5P73A 5P4NA 3KN0A 1VIJA 2R9BA 3HW1A 1UH8A 3BGBA 1ODYA 3PI5A 3ZPUA 2VA6A 1W5XA 4ZPGA 1IDAA 5P62A 5OYXA 2WECA 5DQCA 4FM8A 4EQJA 5P8BA 1W5WA 5P71A 1W6HA 3T6IA 1E5OE 5P8QA 2PC0A 1EPPE 2Q64A 2G1RA 4KE0A 3UDRA 5ENMA 3ZKIA 5P4WA 5SXNA 1MT8A 3L58A 1XN2A 4Y5PA 5I3WA 5P09A 1A9MA 5JG1A 4YBIA 5P5AA 4EHCA 2MIPA 4NJUA 4KUPA 4XKXA 4AA8A 1RQ9A 1QS8A 1ZLFA 3QP0A 5P50A 5DQ5A 1FFFC 3R4BA 5P8IA 5P1WA 5JODA 3QI1A 4Y3RA 2QI1A 2QU3A 1ENTE 5P75A 5P1YA 5OZNA 5P5JA 4B70A 5P6AA 3LIZA 1FKNA 2B42A 5F00A 1FQ8A 4PPHA 2WEBA 3G70A 4Q1YA 4GJ5A 3DUYA 3NU3A 1SBGA 4R5NA 9HVPA 4RGHA 3NUJA 5FIVA 5OYSA 1HTEA 3ZKQA 4Y4TA 2ZGAA 2ZHSA 1K6VA 3EL9A 5OZZA 2OHUA 3I8WA 5ENKA 5P2RA 5P63A 3RTMA 4NJTA 1GNMA 1ZTZA 4R91A 2AVQA 5P6XA 2VNNA 5P1RA 1HSHA 4I8ZA 1YTGA 1A30A 5SY2A 4DPFA 1C6ZA 1LEEA 3QBFA 3SKFA 3TOGA 2F80A 2PYMA 4Y4DA 5P54A 5P19A 4CMSA 3B80A 3GW5A 5P3PA 3S45A 5C9FA 2QP8A 1D4LA 4ZSPA 3PMYA 5P5GA 2BPWA 3EM6A 1SIPA 5P44A 2QHZA 5P3KA 4QJ7A 1HWRA 4TRYA 2BKTA 2O4SA 5C9BA 3GGXA 2PK6A 4Y3QA 3I2LA 3OHFA 4UPJA 2O4PA 3I7EA 1IIQA 5P0OA 4DPIA 1PPME 5P8DA 4Y5EA 3SPKA 5HTZA 4FSLA 2I4VA 5P6EA 2NNPA 3PJ6A 3CICA 3Q3TA 3MSLA 3WZ6A 3ZOVA 3NWXA 2QI5A 1YX9A 5P5PA 4Y3LA 3OUDA 4U7QA 5P83A 1XE5A 1T6EX 4GJ8A 3SA6A 1C6YA 5T4SA 1OEXA 4RRSA 3OU4B 3O9CA 1AVFA 1NSOA 2J9JA 4RYGA 4FRKA 5AH7A 3DJKA 2ZJKA 3IAWA 4DH6A 2O4LA 5P5OA 4DV9A 3RTNA 1KJ4A 5P5EA 2Q55A 1NPWA 2H6TA 1KZKA 1HPOA 1A8GA 5OYWA 4I0DA 2VIYA 2CENA 4PZWA 5P4MA 2IRZA 2QZKA 1F34A 5P1QA 3VCMA 1FG8C 3BGCA 1T6GA 1BVEA 3VV7A 4H3GA 3K4VA 1YM2A 4YOAA 1LYWB 2PSUA 2FDPA 3FIVA 2R38A 3I25A 2Q15A 5E5JA 5P2TA 1TZSA 5P2FA 2G21A 5P3RA 1TCWA 5P0YA 5KQFA 5P41A 4Y4JA 5P6KA 4A4QA 1W51A 4Y4BA 2NXMA 5P5MA 1SMEA 3BXRA 3GI5A 3M9FA 5DGUA 5P29A 1DW6C 3O9LA 5P38A 4XX3A 5P46A 4HE9A 5ER1E 2B8VA 5P0UA 4Y3AA 4RVJA 3S53A 3KDBA 3PI0A 5AH9A 3VUCA 3URLA 4I0FA 4YBFA 1B6PA 3LITA 1FGCC 5P8VA 1KJGA 5P79A 1EC1A 4FIVA 3FNSA 1HIIA 4J1KA 3G6ZA 4FRSA 1K6TA 5P8KA 2WJOA 5P6ZA 2OHLA 3FKTA 4K4RA 3L5EA 1AIDA 4I0GA 5P89A 3UDNA 4J1HA 5IS4A 2FLEA 3SA4A 3KM4A 5OZVA 4S1GA 4HDBA 3UCBA 4RCFA 4Y5KA 1LYAB 4Y4WA 4JPCA 3SA7A 1NPVA 1WKRA 2AVSA 5P5TA 3IVHA 5P5BA 1DMPA 2AOJA 2NNKA 3NYGA 1D4YA 2OHPA 3OTYA 1BXQA 5P6CA 4JPEA 5IVSA 3NDXA 1BVGA 5P7AA 5P82A 5P6IA 4YD3A 3IN4A 4PZXA 2Q54A 2H6SA 1RL8A 3NU4A 4BFBA 2NR6A 5P0GA 2JJIA 5P8RA 5P4HA 4DVFA 5P5SA 3DCRA 3U71A 5P88A 1RV7A 4OBZB 3SABA 5P04A 1BV7A 1LV1A 3S43A 1BXOA 3MXEA 4FM6A 4Y51A 4CPSA 1AAQA 2HM1A 5P47A 3WB4A 4Q1WA 4LXKA 4YE3A 3SACA 3SA8A 1LF2A 4QJ2A 5P78A 4CKUA 1YT9A 2XFIA 4CPXA 4FRJA 3L38A 5P2MA 2PSGA 5HCOA 2V12C 4Z22A 4YHQA 5P0ZA 5P25A 3UDYA 5P55A 1BIMA 1ZP8A 3LPIA 5P8EA 4GZFA 4EP3A 3HVPA 2OHQA 4ACXA 4Y3XA 4WY1A 2WEAA 4D85A 3PSGA 4EJKA 5P32A 5P66A 1K2BA 1IZHA 3S7LA 4D83A 3WB5A 2BPYA 5P72A 1EEDP 4FCOA 5P6WA 1UH9A 5OYZA 2QI7A 2AZ8A 3GI0A 4RRNA 1Q9PA 5P11A 1META 5P0HA 5P6FA 3NU5A 3OQAA 3ZLQA 5P7SA 4DJQA 3EKYA 5P7VA 3VF7A 4BELA 3PLDA 4DQCA 2OHNA 3DK1A 3RSVA 1G35A 1A8KA 2ZJNA 5P8CA 3IGBA 4CPRA 4Y57A 2QI4A 3UDPA 4YD6A 5P49A 1YTIA 4FAFA 1TCXA 3O99A 5P7KA 4EQ0A 4APRE 5I3VA 5BRYA 2OF0A 1C70A 4EJ8A 3ZKNA 4Y5CA 4HLAA 5P1LA 3OXWA 4LXMA 5P06A 3UDKA 4J54A 5P0AA 2ZYEA 2VJ7A 1HRNA 2AVVA 3EKXA 5P1TA 1AM5A 5P0DA 5P84A 3Q70A 4B05A 5P2OA 5HDZA 3TNEA 5P22A 3KFRA 5P5HA 2SAMA 5IVTA 2AOIA 5P7LA 5P7TA 5OZCA 1BWBA 5P80A 1OHRA 7UPJA 4RVXA 5P1ZA 4EYRA 3GI4A 1KJ7A 2IEOA 5P28A 4OBDA 2OHRA 1HVJA 2V13A 4J0VA 4Q5MA 3PVKA 4JP9A 3VYDA 5CONA 5OZUA 2IS0A 5P7YA 3HVGA 5P2LA 3QVCA 5P1AA 5P6UA 3LIVA 1E82E 2HPFA 4I8WA 5P0CA 4J17A 5P6HA 1HXWA 3O9LB 4DJYA 4YD4A 2AZCA 3BVBA 5P4ZA 2I0DA 3D91A 5DR1A 3KFSA 2QD7A 3TOHA 1CZIE 3MXDA 5P4RA 3K1WA 5DR0A 2BB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QGI A;  4DJW A;  5P02 A;  1WBK A;  2J9K A;  1FMB A;  1TW7 A;  2AVO A;  5OZO A;  4LXA A;  4RZ1 A;  2I4D A;  1A94 A;  1LYA A;  2AID A;  4TVG A;  3INE A;  4RCE A;  5P0F A;  3ER5 E;  4BFD A;  3VYF A;  4XXS A;  4TRZ A;  5OZD A;  5I3Y A;  2V10 C;  5P7H A;  4F76 A;  3RU1 A;  4NPU A;  5DR3 A;  3PB5 A;  3PGI A;  5E5K A;  5P45 A;  2IGY A;  4B72 A;  5KQY A;  2FS4 A;  2O40 A;  1EPR E;  2RSP A;  4J0T A;  2XFJ A;  4MC9 A;  5P30 A;  3SO9 A;  3T7Q A;  5DPZ A;  4KB9 A;  5P15 A;  3I6O A;  2FMB A;  5P5D A;  5SZ9 A;  5P08 A;  5AHC A;  4GJD A;  4EXH A;  3L3A A;  4OBZ A;  2PQZ A;  3TPR A;  5DR8 A;  3FX5 A;  5P4F A;  3ZKG A;  3VG1 A;  5P53 A;  2P3B A;  5P65 A;  3FSM A;  4CPW A;  1HVK A;  4MC1 A;  4Y3S A;  3IVI A;  3IXK A;  3PEP A;  1K6P A;  4PHV A;  3A2O A;  3NU9 A;  3F9Q A;  1QRP E;  5P7J A;  2QD8 A;  1Z1H A;  1EBY A;  5COK A;  2IDW A;  5P14 A;  3SFC A;  3CKR A;  4K4Q A;  5C9D A;  1HPX A;  1RNE A;  5JFU A;  3EKW A;  2P83 A;  3EL1 A;  3OQ7 A;  2R5P A;  1NPA A;  4QJ6 A;  4AZY A;  1FB7 A;  1EC0 A;  1MEU A;  3QRS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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