5P0D | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__951006648438001__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__951006648438001__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P0D/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__951006648438001__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"951006648438001","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P0D/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__951006648438001__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0190e252ffca6fd0dc588b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0190e252ffca6fd0dc588b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0190e252ffca6fd0dc588b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0190e252ffca6fd0dc588b/pdb.gz): 153 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	84
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p0dA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p0dA01

1LV1A 1MSNA 4LXMA 5P79A 5OZ9A 3N3IA 5P0JA 2FS4A 5P2CA 5HU0A 4WTUA 2G27A 3LIVA 1C70A 3NLSA 5P7PA 3VLAA 2O4PA 4B70A 1D4LA 1TSQA 1YT9A 2V10C 3B7VA 5P1EA 3Q3TA 5P0CA 5DGWA 5P2WA 3EKPA 1EC1A 2AZCA 4QJ9A 3PCZA 4Y3TA 5OYVA 5P8NA 2FDPA 1FFIC 3UDMA 5DR8A 3EL4A 3R0YA 1D4JA 1B6JA 1APWE 2WEBA 4I12A 4J1KA 2HC0A 5P5QA 4GJCA 3B80A 1FG8C 4CPSA 3TLHA 1F7AA 5OZ2A 5P6MA 5P5PA 1UH8A 1TSUA 4Y58A 2G1RA 4RCFA 3PWMA 5P3UA 2PYMA 5P09A 3OWNA 3IVIA 1IDBA 3RTMA 4Y3RA 5P7LA 4LHHA 4EXHA 4WY6A 2PC0A 4F73A 2Q63A 5OZ6A 4EYRA 1W5XA 3IXKA 2B8LA 5P5AA 2IENA 1MT9A 5P0MA 2G1YA 4MC6A 1NH0A 3ZKMA 3TPLA 3S8IA 1TCXA 5P4ZA 5P5ZA 5P3AA 2ER9E 2QZLA 3S85A 3BVBA 1J71A 2AZBA 1MSMA 3R1GB 1EAGA 2V11C 2FNTA 1SIPA 4KUPA 4JECA 4K4RA 4Y45A 3BVAA 4UPJA 4KE0A 1B11A 5P6YA 2FGVA 1CPIA 4DJPA 1D4YA 3G72A 4ZSMA 2R38A 3O9DA 3RTNA 2BPXA 5P7IA 3K4VC 2AZ8A 4Y57A 3OU4A 5P57A 5P76A 4QLHA 3TOGA 4K4QA 4J0YA 4J55A 5AHBA 5P2HA 2QD7A 2IEOA 2V12C 4PYVA 2XYEA 5OZLA 1AM5A 3HW1A 3ZL7A 3EM3A 5P3YA 4QJAA 1HIHA 3O9IA 4NPTA 1B6MA 5P6NA 3NU6A 5P7TA 4PPHA 2CEJA 3A2OA 2V13A 3O9GA 1FKNA 3UFNA 2FIVA 2Q55A 1HEGE 4EHCA 5P1AA 5P7ZA 5OZKA 4L1AA 4Y3XA 3OUAA 4EJDA 3KMYA 5P1IA 3UDRA 3NU3A 1A8GA 4YCYA 3GI5A 2Q54A 1AXAA 4ZSPA 1SDUA 3EMYA 2QZWA 4XKXA 1FQ4A 3DV5A 5P5WA 1K6TA 3OQAA 1HHPA 5P6CA 2IL2A 4S1GA 4COEA 1EPRE 3TTPA 3CYXA 3FNTA 2I4WA 5P3JA 4L6BA 1PSNA 4HE9A 5P5SA 3NUJA 3EKXA 4FLGA 2G21A 5P7DA 3NU5A 4DH6A 1LF2A 1AIDA 4TVGA 3C9XA 4Y36A 5P6LA 5JG1A 4FSLA 3TOHA 3FKTA 3M9FA 3HDKA 3ZKGA 1SGZA 3NU4A 5P36A 4EP2A 1GVWA 3G6ZA 1A94A 1HTEA 3OAGA 3VF3A 1FLHA 1Q9PA 1CZIE 5P8KA 5P01A 5OZHA 4RCDA 5P85A 1ZAPA 4CP7A 4BEKA 5P6BA 5HE4A 3VG1A 2I0AA 2QK5A 5P5OA 1XE5A 5P60A 1LS5A 3EM4A 2FLEA 2NMZA 3PM4A 5P5MA 3VFBA 3VYEA 1M0BA 5P67A 3ZKIA 3TOFA 5EZXA 5P61A 5P0ZA 1HXBA 2OAHA 2VNNA 1FF0C 1XN3A 1AZ5A 1ODYA 1FG6C 2P83A 4XXSA 4GYEA 3PCWA 5DQ4A 1LYAA 5OZVA 1FQXA 3S56A 1MT7A 5P4IA 5P8MA 1LYWB 2BB9A 5P1ZA 2ZJKA 4EJLA 5JODA 4OBJA 1MERA 5P7KA 1FFFC 3JW2A 7HVPA 1UH7A 5P1RA 2PWCA 5IE1A 3KF0A 5P68A 2IKUA 3JVYA 4R95A 5P4SA 2BKTA 4LXAA 2ZHTA 4RLDA 5JFUA 1T7IA 2JJIA 4D85A 4RYGA 4I11A 2OHTA 3O9CA 1D4KA 1BDLA 5P33A 2ZHUA 2G1NA 3BXSA 3PSGA 5P07A 5P4FA 1YTIA 2SAMA 5P5YA 5AH8A 3DK1A 3DUYA 4Y4GA 5HTZA 2EWYA 5KQFA 5P7HA 3L5EA 3L5BA 1E81E 2HS2A 1SMEA 3KDDA 4DI2A 2RSPA 4DVFA 2QI4A 2R5PA 4Y4JA 3IN4A 3ZMGA 1CMSA 2OHSA 4U7QA 2IDWA 1HPVA 3PSYA 3PWWA 1EBYA 4RYCA 1QDMA 3WZ6A 4ZSQA 4QJ2A 2J9KA 5P22A 3PVKA 4TRWA 2ER6E 2NXLA 4DJQA 5P3FA 2WKZA 4B78A 2J9JB 1IBQA 2VS2A 5KR2A 5P7VA 3OUBA 1MRXA 2UY0A 5P1XA 5P7XA 4NPUA 4RCEA 5OZMA 3OOTA 1LEEA 4YE3A 2B7ZA 3TPRA 4KB9A 3KT5A 5DQ2A 5P4XA 5P8EA 1PSAA 2AOIA 5AHCA 4A4QA 5P2JA 2I0DA 1BXOA 5P71A 5P4RA 4Y3LA 5P1VA 2AVOA 1FMUA 1YTJA 1W6HA 5P3GA 2QMDA 4LXKA 5KAOA 2ZHSA 2PMAA 1BBSA 3KFPA 1B5FA 1K1TA 3SA6A 1AAQA 1C6ZA 3GI6A 5P2BA 1MTBA 3OXXA 4L7GA 2FXEA 5P4NA 5FIVA 3K5FA 5P58A 4Y4ZA 5P73A 2ZGAA 3T3CA 3PI0A 3NXEA 2H6TA 5HU1A 4Y6MA 5DQ1A 4Y3PA 3OADA 4APEA 2AOGA 3LNKA 6FIVA 2ASIA 4CPTA 1HTFA 4A6BA 3K5CA 1FQ5A 1GNOA 5P5NA 2V0ZC 5CONA 2OHQA 2I4DA 4QJ7A 2QI3A 3EKQA 1DP5A 5P65A 2HB2A 2WHHA 4J0PA 6APRE 2QAKA 5P7OA 3OU1A 3PSUA 5OZUA 2IGYA 1F34A 1K2BA 2VA7A 4EJKA 3LZYA 4CMSA 2F80A 2P3AA 3GGXA 1DIFA 5P84A 3F9QA 4J0TA 5P7QA 4IVSA 1RV7A 2O4NA 5P2RA 5DR4A 2HB3A 3CKRA 5P3RA 1G2KA 1BWAA 3BRAA 2AVMA 2ZHRA 4BFDA 1ZLFA 1GKTA 3QAAA 4HLAA 5P00A 5P4OA 5P3QA 1APUE 3NR6A 1G35A 5P27A 4I0HA 5P6VA 4DJOA 5KR1A 5P8OA 5COOA 2P3DA 4L7HA 5CLMA 5I3XA 3R2FA 1BVEA 1GVXA 3UCBA 1PFZA 3OK9A 4FM7A 5P46A 4Y48A 3OQFA 3HAWA 1SDTA 4DJVA 2WEZA 4EQ0A 2VJ7A 3S45A 4Y47A 3HAUA 5P8UA 1HOSA 3EL5A 3L5FA 3PWRA 5JFPA 3OGPA 2OHNA 2G26A 5P08A 2NXDA 2ER0E 5P4AA 5OYTA 5DR0A 4HA5A 1HPXA 5P81A 1LZQA 2QMFA 2V00A 2PSUA 3DJKA 5SZ9A 3GGAA 2WF2A 1Z1HA 1META 3URLA 5P3MA 1ZJ7A 4CPXA 1HVRA 5P7AA 3K4VA 4LC7A 3EC0A 5P83A 4U8WA 5E5JA 3OUDA 3UDNA 4Y39A 5P1PA 1FMXA 3BC4A 5P2AA 1ZPAA 2G69A 3O9BA 2QNPA 3RTHA 3BXRA 5OYQA 5P5RA 3T6IA 3WZ8A 3LHGA 5P4PA 3OU4B 3O9EA 5I3YA 2IGXA 4DJRA 4H3JA 5P63A 1T6EX 3WB4A 3K5GA 2ZJJA 1QBTA 5P1GA 2FMBA 3O9FA 1ODWA 4X7IA 2NNKA 2P3BA 5P11A 3UQWA 3VF7A 2Z4OA 4YHQA 2QU3A 2PSGA 3VYFA 4J1HA 3FSMA 2VIZA 3H5BA 3SAAA 1B6KA 4OBKA 2BQVA 5OZ0A 1TZSA 4NJTA 5P2UA 1K2CA 1W50A 4Y4XA 1FQ7A 1T7JA 3KFSA 3IXOA 5P38A 4OBFA 5P18A 2PH6A 1BIMA 4Q1XA 5KR8A 5P45A 3IN3A 4ZIPA 2QCIA 4R92A 5P8BA 1EBWA 1D4SA 3O9LA 4N00A 1G0VA 5P5EA 4B1EA 3ZKSA 5DQ5A 5OZAA 4FCOA 5I3VA 3KT2A 2H6SA 2XFKA 5P29A 3L59A 1A9MA 3LIYA 4OBZA 1WBKA 7UPJA 2NTRA 3S7MA 2QI6A 5P3SA 5P8IA 4LL3A 3Q6YA 3SPKA 3MSJA 3UDJA 1K6PA 5P5BA 4FM8A 5HCTA 4Y5LA 5P1CA 1TW7A 5P1UA 3Q70A 2BJUA 1KJGA 3OUCA 4Y5PA 3K1WA 3GGUA 5P52A 5P3KA 4B05A 4KE1A 3D20A 4YBFA 3ZPSA 5P5IA 3FV3A 5P2NA 4Y3DA 1OHRA 3QS1A 4HEGA 2I4UA 5P2VA 5KR0A 5P1BA 5P88A 2NR6A 3EXOA 3KFNA 3RU1A 1VIJA 4NJUA 3SKFA 5P19A 4FL8A 4DFGA 5P1LA 2HM1A 3NU9A 5P0LA 4PHVA 5P6JA 2QMGA 5P0PA 2FDEA 2O4KA 2OHLA 4EJ8A 3UF3A 4I8WA 5AH7A 1MRWA 5P0DA 4FRIA 1OD1A 1LYAB 3ER5E 1W6IA 4DQCA 2CENA 5OZZA 3URIA 3SA5A 4A6CA 3AUPA 3URJA 4YDFA 1DAZC 1AVFA 5P2XA 4DQGA 3SO9A 3KMXA 4FS4A 2O4LA 5P3OA 3WSJA 5P7NA 1BDQA 4J1IA 2PYNA 5ER1E 5P77A 1HVJA 3S54A 4M8XA 4ZEAA 4CPQA 5P4MA 4HDBA 5P0NA 1ENTE 4TRZA 2UPJA 3GGVA 1MIQA 3UFLA 2ER7E 2IRZA 3LINA 4DJUA 5C9BA 2QZKA 2I4XA 1LF3A 4AA9A 3FIVA 3SA4A 4I0FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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