5P0EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 61
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0eA01
5P5GA 3UDJA 4YD3A 2QD8A 1F34A 1HPSA 1D4LA 5P45A 4F73A 3ZKIA 5P3XA 5P2HA 5DR3A 5P8AA 3ZPSA 1MIQA 1DIFA 3GGXA 2WEZA 5P3BA 5DR1A 5P12A 1B6JA 3TKGA 4RZ1A 5BRYA 4ER1E 4LP9A 4Y4EA 1QRPE 5IE1A 3SPKA 2HB3A 1RQ9A 4GJ9A 3OAGA 1OEWA 4JOOA 2FDEA 1ODXA 5P5OA 2PYNA 4I0FA 2G1NA 1MPPA 1GVVA 1VIJA 5P8LA 4QLHA 3ZPTA 2P3CA 2PMAA 5P3AA 4LL3A 4Y3ZA 2OHUA 5P38A 2FS4A 2OF0A 5P25A 1W6HA 3NXEA 2QMPA 1KJ4A 2CENA 5P5SA 3D91A 3L58A 4Y4UA 3WZ6A 1UH7A 3KYRA 2WECA 3EKPA 5HTZA 3L3AA 2QI3A 3OQDA 5P8EA 4CPSA 5P7JA 1APWE 4QJAA 2UY0A 2P83A 3SO9A 5P07A 3BXSA 4ZLSA 1BWAA 5C9BA 4Y3GA 1IZDA 4BFBA 3OGPA 1TSUA 5P3IA 3SLZA 3ZL7A 1ZPAA 5P5EA 4HDBA 5P6ZA 5KQYA 2JYSA 1B6KA 2O4NA 5DGWA 5P33A 1IDAA 2WJOA 1HIHA 5P4SA 4YCYA 5I3XA 3EM6A 5P32A 2OHKA 3PMUA 1XS7D 3T7QA 1SH9A 4B1DA 3TPRA 1MSMA 5P7RA 4Y5CA 1FFIC 5BWYA 3RVIA 2ZGAA 1OHRA 5OZCA 5P0NA 5DR8A 4GJ5A 2F3KA 5P3KA 2OHPA 5P39A 5P1DA 3NUJA 5BS4A 5KQXA 3TLHA 5OZVA 3INDA 2VA6A 1AJXA 5P4TA 1C6ZA 1BDLA 1IZHA 1K1TA 1M43A 2IDWA 1KJHA 1G0VA 5HDVA 1A30A 3PGIA 5P83A 4Q1XA 2NXMA 5P2SA 4RYGA 3HAUA 2PSVA 3L38A 4CPRA 4DJXA 1W5WA 3ZOVA 2BPZA 2WEBA 3KFNA 4YBIA 2O40A 4L1AA 5OZ4A 2V00A 2BQVA 3IN3A 3RTMA 4EJ8A 1U8GA 3K5FA 5P4QA 4XX3A 5P4NA 5OZRA 1GNNA 4ACUA 5P1UA 4MC9A 1A94A 5CONA 4OBZA 1TZSA 5IS4A 5AHAA 4I10A 5P7FA 4Y50A 3IVHA 4EQJA 1AIDA 5P0BA 4Y3PA 3OTYA 2QI6A 4K9HA 4Y35A 1UH8A 2ZHVA 2VJ9A 3ZKMA 4J0PA 2QZXA 4FE6A 5IVRA 5P0WA 1MRXA 1EPRE 2OHNA 5P64A 5P7UA 2G24A 4CPUA 5P4JA 2R43A 5P5FA 4M8YA 5TOLA 1MTRA 5P3RA 2XFIA 5P3FA 1GVTA 5P6JA 2OHTA 5KOSA 4B70A 3QIHA 4H1EA 2EWYA 4U7QA 4D8CA 5OZ7A 2P8HA 1XN2A 1HSGA 5P47A 3BHEA 1GVUA 3H0BA 4YDGA 3SA4A 1ZP8A 4ER4E 3INEA 4GJ8A 4R8YA 3HVGA 4Y4AA 4OD9B 1EC3A 5P50A 5P8NA 2V10C 5P6PA 3U7SA 5P1TA 3UF3A 4Y5AA 3CKPA 4Y53A 1FG6C 2QMGA 5P6UA 3BGBA 3DCKA 3ER5E 1HVLA 4JP9A 5DQ2A 4F75A 4R91A 1XN3A 3NR6A 3UQRA 5KR8A 5OZGA 3LPKA 3TOHA 3UHLA 3K5CA 3EKYA 5P6IA 3FNSA 4MC6A 5P80A 4LXKA 1FF0C 3VYDA 5COOA 2CEJA 4Y3HA 5P14A 5DQ1A 1YT9A 5P5BA 1ENTE 3UCBA 5KAOA 1NPAA 5P0UA 4DPFA 5P29A 5P8DA 5P41A 5P7TA 4Y44A 5P34A 5P7QA 2BPWA 4GJCA 2AOIA 3Q6YA 5OYXA 1YTGA 7HVPA 2FMBA 1NPWA 4Z50A 3BVAA 5EZXA 1VIKA 5P4VA 5ISKA 4WY6A 5P40A 5P1FA 2R5PA 4AA8A 2NNKA 4Y3RA 1HPXA 1BIMA 5P5ZA 4Y58A 4Y3LA 3ER3E 4TRWA 3JVYA 3TTPA 2Q54A 4Y5MA 4OBFA 4PZXA 3LINA 2HS2A 3EMYA 5ENMA 4DFGA 3PCWA 1HIIA 2O4LA 1W5YA 1LV1A 3OQAA 3SACA 3F9QA 3O9LA 3KMYA 4I0EA 5P78A 3KMXA 3PLDA 2VIEA 1BVEA 1AZ5A 1SDUA 5P6VA 3S85A 2I4DA 5P8GA 4Y4GA 3NU3A 3NU6A 2P4JA 4I0GA 1Z1HA 1EPPE 4Y6MA 3WSJA 5F00A 4J1FA 4FAEA 4COEA 2HC0A 5P8HA 6FIVA 3BC4A 4Q5MA 3PSUA 5P8FA 2AVOA 5DR4A 5P57A 3LZYA 5P0KA 3OWNA 2QNNA 5OZAA 1HSIA 1GKTA 5P0RA 2NMYA 4Y3MA 1LS5A 1NH0A 3NDUA 4XX4A 1IDBA 5P8BA 5KR0A 3D1XA 5P4RA 3LIXA 2QI7A 4ZSRA 2HIZA 5OZBA 1T7KA 5P87A 4EQ0A 3OU1A 1D4JA 4J0YA 2HPEA 5P82A 3PWMA 5P0ZA 5P5UA 3FSMA 2NXDA 4Y41A 2Q55A 2PC0A 2ZJHA 4ZPFA 2I1AA 3PJ6A 1G2KA 4NJUA 1DPJA 5P53A 1HEFE 1DP5A 1ZJ7A 4I11A 5P65A 5P56A 5P1YA 3HZCA 5P0MA 4OC6B 9HVPA 1LYWB 1MTBA 1FQ8A 3L5DA 2OHMA 4EPJA 5HDUA 3IVIA 2VA7A 2IGYA 3LZUA 4DQGA 2ASIA 5OZ0A 1C6YA 1TW7A 4Y56A 2PK5A 4K4QA 4FRSA 2F3FA 1XE6A 3QVIA 3EM3A 3ZKXA 3JW2A 1K6CA 2QK5A 1TCXA 5P71A 3I25A 1ME6A 2Z4OA 3HVPA 3SA8A 3BUGA 3PVKA 2AOJA 3KN0A 1SIPA 3LHGA 2ZDZA 3OADB 5P8JA 5P2JA 2AVMA 4RCDA 5P2ZA 3G6ZA 3PI5A 4CPQA 1FQ5A 3KDCA 3LZVA 5KOQA 3MSLA 1EPLE 4QJ8A 4B1CA 1FKNA 2HB4A 4FGXA 5P4YA 5HVPA 2NXLA 3VFBA 1QBUA 1JLDA 2AOHA 3S43A 4D88A 1EAGA 5P2OA 3TL9A 4E43A 1M4HA 5FIVA 1KJFA 5P4PA 4ZSMA 5P85A 5I3WA 1NSOA 2BPYA 5P1AA 2AIDA 3EL1A 5UPJA 2ZJKA 3CKRA 5KR1A 1FG8C 3UQXA 3O9EA 4ZPGA 1RL8A 1HVKA 3S45A 5J25A 1HSHA 4DJRA 3UQPA 3ZPUA 5P4BA 3O9DA 4X7IA 4MC1A 3RSXA 1ODWA 5P2CA 1YTJA 2I4XA 4PYVA 1ZPKA 4L7GA 2BB9A 3EM4A 4DJYA 3HLOA 5P2GA 5P2QA 5P5CA 1PPLE 1EC2A 3I2LA 1FQ7A 5P5TA 5SY3A 1LYBA 4S1GA 5DQ4A 1FFFC 5P6SA 1FMBA 4BFDA 3AUPA 1EBZA 5P8UA 5P5RA 4YCKA 5APRE 2Z54A 4YD4A 2JXRA 5P0VA 5P61A 3B7VA 5P5WA 3O9IA 1GNMA 2B42A 3IXJA 5P8SA 2QMFA 5P6XA 2G94A 3TOGA 3OUCA 5B18A 5P0JA 4B00A 1A8KA 4I8WA 3OHHA 4J1KA 1SIVA 5SY2A 3WB4A 4YD7A 2V12C 1HVIA 2IKOA 1KJ7A 3OQ7A 5P5XA 5P70A 1ZBGA 4J54A 3DV1A 8HVPA 3L59A 2VNMA 5AH6A 1G35A 2MIPA 3OAGB 5P44A 3OXVA 2PK6A 2AOEA 1A8GA 1MSNA 4YBFA 1AVFA 2WEDA 3QAAA 5P4IA 3D3TA 1IVQA 5HE7A 3UQWA 3R2FA 3UDMA 5OZHA 4H3FA 4Y5BA 5P4EA 2G1OA 5P8OA 5P88A 3O9FA 1CPIA 5P3JA 5OYSA 3MSKA 3OU4B 4J5JA 4APEA 5P1OA 5P5IA 2AZBA 2QHCA 5P04A 3TKWA 3QROA 2B8VA 4J0VA 2OHLA 3DV5A 2WF1A 3S56A 4J1HA 2B8LA 4Y39A 1SMEA 1HPOA 4HZTA 5P1EA 5HCTA 4RVXA 5I70A 1IBQA 3NSHA 3M9FA 4B72A 1HTEA 5OYUA 1EBWA 2G21A 5OZPA 1PSAA 4LXMA 3FNTA 3VUCA 4DJQA 4Y4JA 2G22A 1ZLFA 3PLLA 1HHPA 4Y48A 1T7JA 4DQHA 4FRJA 1FIVA 4Y36A 3NDXA 2CEMA 5P63A 1HVJA 5P51A 4LXAA 2HAHA 2AODA 5OZIA 3KM4A 5OZXA 1ZSFA 5P79A 5P3LA 1GNOA 3EKWA 3R0YA 3OTSA 1DW6C 1FQ4A 2O4KA 5P19A 3GI5A 4Q1NA 5OYTA 2AOFA 5P0CA 5P7MA 1M0BA 5F01A 1K6TA 5OZDA 5P2KA 2JJIA 4I0ZA 5P5KA 1OEXA 5OZNA 2QZWA 2Q15A 5P2LA 5P4DA 4AMTA 1HIVA 2QAKA 3VF3A 1YTHA 1XE5A 5P2WA 1EPNE 5P7CA 5P2IA 5C9FA 2WL0A 3NU9A 4XKXA 4QJ7A 5P7HA 1LF2A 3I8WA 1Z8CA 4BELA 3R1GB 5P3VA 1K6VA 2NR6A 5P42A 4J55A 4Y3WA 5P37A 4L1AB 5P1PA 5P0PA 5P3PA 2ZJLA 4D85A 3UPJA 1W5VA 2R3WA 2G1YA 4NJVA 3D1ZA 4R95A 1APVE 4CPWA 4I0HA 1T3RA 4HVPA 4OBZB 3N3IA 5P20A 4EHCA 4I0DA 2RMPA 4EXHA 2OHRA 5OZ9A 1EPOE 1TCWA 2PH8A 3SA9A 5E5JA 5P4ZA 2G1SA 3CMSA 1T6GA 4R93A 1IZIA 2RKGA 2F81A 5P7ZA 3TPJA 3SA6A 5KR2A 4Z22A 2NTRA 4ZPEA 5P22A 5P4LA 3QRMA 1LYAA 2WF2A 3CYWA 5P3SA 5DGUA 3OQKA 3HW1A 5AHBA 5OZUA 4NJTA 2VJ7A 1IVPA 1HXWA 3NXNA 3QBFA 5P18A 3HD8A 4Y3QA 4EYRA 2G26A 2QD7A 3C9XA 4CPXA 3D20A 1FLHA 5P3OA 3INFA 5P1SA 4Y5EA 3O9BA 4AZYA 4N00A 3APRE 2BKSA 5T4SA 3EKXA 1IZEA 3PB5A 2IS0A 5P3ZA 5IVQA 5OZ2A 3HDKA 5P6DA 1FQ6A 2WF3A 5I3YA 2WHHA 5HE4A 3BGCA 4X2LA 5P27A 1BWBA 5P5HA 1HBVA 3LPJA 3OUDA 5P8CA 5P5AA 2VIYA 5P5LA 1N49A 4D83A 2FGUA 1HVCA 2QP8A 3SA7A 3QVCA 2A1EA 2J9KA 2R38A 5P58A 1EBYA 2V0ZC 3T7XA 5P43A 5P48A 4LC7A 4DQFA 5P52A 4Y5PA 2UPJA 3EBZA 4GMIA 1XL2A 5P77A 1HRNA 3O9CA 1D4SA 2ER7E 5OZKA 2QCIA 3MWSA 1PROA 4FM6A 4RRSA 1META 1MERA 5P7AA 4Y3EA 2G20A 2I4WA 5P73A 1D4IA 2FXEA 1EPME 3B80A 3OGQA 4CP7A 4FSLA 2IGXA 1C6XA 2APRA 5OZLA 1K2CA 5P0SA 3BRAA 4J0TA 2R9BA 3RTNA 2G1RA 2HS1A 3FKTA 2RSPA 3OXWA 4Z4XA 4I8ZA 3O9LB 1LF3A 4RLDA 4AA9A 4EJKA 3VCMA 1B5FA 4RRNA 4GB2A 5OZZA 5P3QA 1YTIA 4Y47A 5JODA 4FLGA 3S53A 5P6OA 3KT2A 5OZSA 4M8XA 5P6NA 2J9JA 6UPJA 2R3TA 2QHYA 5AHCA 4DJWA 5P2UA 4FS4A 2P3BA 3EL5A 1AAQA 4Y4DA 3PBZA 3U71A 2AOCA 2PSUA 5P1WA 4Y5LA 2ZJIA 1HWRA 2BKTA 5OYRA 2Q63A 5OYYA 3VYFA 5OZYA 4EXGA 1IIQA 4Y3NA 3OU1B 4WTUA 2I4VA 3SM1A 3NLSA 2PQZA 5P7BA 3TPPA 5P68A 3D1YA 4IVTA 4TVGA 2JJJA 3SM2A 6APRE 3VLBA 5P1RA 1KZKA 5OYWA 2B7FA 3NU5A 4RGHA 2Q3KA 1K1UA 3IAWA 3IN4A 2Q11A 1QDMA 1WKRA 5P7EA 5OZEA 1MUIA 2ZHUA 1CZIE 3K5GA 3LITA 3OY4A 3LIYA 4J1CA 5P28A 4RVJA 5IVTA 5P10A 3KF0A 4FCOA 5P2FA 4J17A 4OBKA 3KDBA 1NPVA 4FAFA 5P2EA 5P01A 3OUAA 2PYMA 1DMPA 4GJ7A 3MXEA 3Q5HA 1SGUA 2QI5A 1EC0A 1HVHA 3OUBA 3IA9A 4FSEA 1PPME 4HEGA 2FNSA 3VF7A 3PSYA 2P3DA 1BBSA 3QS1A 4KUPA 4Q1YA 4HE9A 3PSGA 4F76A 3KFSA 3NWQA 3UDNA 4Y4ZA 4WY1A 5OZQA 4QJ9A 3DJKA 5P7SA 4Y54A 5OZ1A 3OOZA 1FEJC 5P1HA 5P2BA 5P89A 5P1LA 2F80A 5P7WA 3KA2A 4U7VA 5P4KA 2NNPA 5P7GA 4Y3TA 5P8RA 5P3HA 3SAAA 2FXDA 3S43B 1AXAA 3OADA 5P4MA 1FB7A 5P4AA 5P8VA 5P0GA 2QU3A 2ZHSA 1XDHA 2Q5KA 5ER1E 3ECGA 1YX9A 1EEDP 2F8GA 5P7PA 5OZ3A 5P6FA 3N4LA 5P8IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5G A;  3UDJ A;  4YD3 A;  2QD8 A;  1F34 A;  1HPS A;  1D4L A;  5P45 A;  4F73 A;  3ZKI A;  5P3X A;  5P2H A;  5DR3 A;  5P8A A;  3ZPS A;  1MIQ A;  1DIF A;  3GGX A;  2WEZ A;  5P3B A;  5DR1 A;  5P12 A;  1B6J A;  3TKG A;  4RZ1 A;  5BRY A;  4ER1 E;  4LP9 A;  4Y4E A;  1QRP E;  5IE1 A;  3SPK A;  2HB3 A;  1RQ9 A;  4GJ9 A;  3OAG A;  1OEW A;  4JOO A;  2FDE A;  1ODX A;  5P5O A;  2PYN A;  4I0F A;  2G1N A;  1MPP A;  1GVV A;  1VIJ A;  5P8L A;  4QLH A;  3ZPT A;  2P3C A;  2PMA A;  5P3A A;  4LL3 A;  4Y3Z A;  2OHU A;  5P38 A;  2FS4 A;  2OF0 A;  5P25 A;  1W6H A;  3NXE A;  2QMP A;  1KJ4 A;  2CEN A;  5P5S A;  3D91 A;  3L58 A;  4Y4U A;  3WZ6 A;  1UH7 A;  3KYR A;  2WEC A;  3EKP A;  5HTZ A;  3L3A A;  2QI3 A;  3OQD A;  5P8E A;  4CPS A;  5P7J A;  1APW E;  4QJA A;  2UY0 A;  2P83 A;  3SO9 A;  5P07 A;  3BXS A;  4ZLS A;  1BWA A;  5C9B A;  4Y3G A;  1IZD A;  4BFB A;  3OGP A;  1TSU A;  5P3I A;  3SLZ A;  3ZL7 A;  1ZPA A;  5P5E A;  4HDB A;  5P6Z A;  5KQY A;  2JYS A;  1B6K A;  2O4N A;  5DGW A;  5P33 A;  1IDA A;  2WJO A;  1HIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BBB A;  5P06 A;  5HU0 A;  5P7I A;  3QP0 A;  2VA5 A;  4Y57 A;  5P5P A;  4DJO A;  3CIB A;  5P3Y A;  1B5F B;  5P08 A;  4NJS A;  3GI4 A;  5SXN A;  5P1Z A;  3A2O A;  3KT5 A;  4RCE A;  2VNN A;  3T11 A;  2ZJJ A;  5P74 A;  2J9J B;  4HA5 A;  3DUY A;  3OHF A;  5COP A;  2H6T A;  2IRZ A;  5P46 A;  1BDQ A;  1PSN A;  2QZL A;  5P0E A;  1E82 E;  2P3B B;  5P6B A;  1BVG A;  1GVX A;  4Y51 A;  5P2T A;  1Q9P A;  5OYQ A;  2ZJM A;  4RVI A;  1B6P A;  4Y3J A;  2AZ8 A;  3PI0 A;  3GGA A;  5JFP A;  1GVW A;  2WEA A;  2WKZ A;  5P0F A;  4Y3Y A;  4FL8 A;  1LEE A;  4DH6 A;  3EL0 A;  2PWC A;  5I3V A;  3WZ8 A;  3URL A;  5HDX A;  3CKT A;  3BUF A;  3VYE A;  1SGZ A;  5P0X A;  3BXR A;  4OBG A;  2AVS A;  5P69 A;  1APT E;  3UTL A;  5DQ5 A;  4CMS A;  4FM7 A;  5P17 A;  2NPH A;  3DK1 A;  5DPZ A;  5P72 A;  5P1M A;  3PCZ A;  5P1K A;  5P2X A;  2UXZ A;  4NPU A;  5P6L A;  3LIQ A;  5IVS A;  4F74 A;  5P7D A;  5E5K A;  3H5B A;  3BUH A;  4RCF A;  4DVF A;  4KE0 A;  4GID A;  2R5Q A;  4JEC A;  1WBK A;  3S2O A;  2A4F A;  1W51 A;  5P8T A;  5P2N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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