5P0IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 65
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0iA01
3OXWA 4YOAA 5P6WA 2UPJA 1TW7A 5DR7A 1FQ7A 2Q55A 3BVBA 4DJYA 5P55A 2G1OA 5P25A 3TKGA 1CPIA 4OBGA 4YCKA 4U7VA 2FLEA 4YDGA 5P66A 2QK5A 4Y39A 3FNUA 4XX3A 3TPLA 3PSGA 3NU3A 1NPAA 4J5JA 3D91A 5P12A 4CPQA 2WF2A 2IGYA 4DQFA 1MT7A 3Q3TA 4HDBA 1BWBA 2NMZA 5C9BA 5DQ2A 1EPME 1MSMA 4S1GA 3DUYA 4Y5NA 4ZPFA 3OUAA 5P5XA 3OOZA 4B77A 5AH7A 5P1RA 5OZNA 5P8NA 1MTRA 5P03A 1B6JA 4XX4A 3VLAA 1RQ9A 3TL9A 3VF5A 3EL1A 4RVJA 1HTGA 5P5UA 5P8OA 2PH8A 4AZYA 3B80A 5OZGA 2IKOA 4Y4AA 2VS2A 5OZXA 3S8IA 3BVAA 4J17A 1A8GA 1W5VA 5P8JA 4Y6MA 5P4WA 1Q9PA 2Q63A 5P5LA 2RMPA 4J0YA 3ZPUA 4ZSQA 3DCKA 3CKTA 1PPME 5P8FA 5P7XA 4Y41A 3IA9A 3KFPA 1AJXA 3UFNA 5DQ5A 3SPKA 3EL4A 5P0UA 2O40A 5CONA 5P2CA 5P4CA 3PWMA 1IBQA 5P4GA 4YHQA 5P4MA 4AMTA 4CP7A 3LPJA 5OZPA 2JE4A 3O9HA 2OHLA 4I0IA 3UDNA 3O9GA 4GJ5A 3EKWA 4Y57A 3LIZA 1ZLFA 4H3GA 2AVQA 5P1FA 5P6CA 3H5BA 4L7GA 4NKKA 4ER1E 1EPQE 4LXMA 5OZ2A 4B1CA 2G69A 1KJGA 3KFNA 1EEDP 2AZ8A 5P71A 4Y3DA 2HS2A 1BDQA 2BQVA 4Y5LA 5P6HA 5OZDA 4LBTA 3KN0A 5P1KA 2QI3A 5P5VA 4CPSA 1EBWA 1KJ7A 5DQ1A 5P8GA 5P7FA 4FM7A 3NDTA 3FX5A 2QD7A 1HSHA 3SA9A 4DJXA 3OAGA 5ER1E 2AVVA 3URIA 2Q3KA 3NDWA 3ZKMA 4X7IA 4QJ9A 1Z8CA 2OHKA 3S56A 2Q11A 2PSGA 5ENKA 4Y4UA 2XYFA 3IGBA 3UTLA 1FF0C 3CYXA 3L5BA 1BV7A 2PK6A 3IAWA 2I4XA 4ZPEA 3IXKA 1FMUA 4H1EA 5IS4A 5P2JA 1EC1A 4FLGA 3TPJA 1APTE 3AUPA 5P6AA 3EKTA 2G20A 3PMYA 2R5PA 3FIVA 5FIVA 4Y3LA 3PHVA 1B5FB 4L1AA 5P7BA 4DVFA 5P56A 5P5NA 1LEEA 1F7AA 5P4DA 3U71A 5P6YA 5P7NA 2QU2A 4H3IA 5DR3A 1DPJA 3UQWA 1D4IA 1HSIA 3I8WA 1EC2A 2V13A 5P0MA 1SDTA 3PSUA 3QPJA 4E43A 5P2GA 5P2UA 5P6SA 3HAUA 2AVOA 2I4VA 3PMUA 2IL2A 1A94A 3PBDA 1FIVA 5P0HA 3A2OA 3SKFA 3PVKA 5P0BA 1NH0A 3D20A 4Y53A 4PZXA 3OUBA 5AH8A 5P8SA 1XS7D 3SM2A 4Y3EA 4B05A 5P7TA 1AM5A 4YOBA 5C9FA 3IVIA 1E5OE 5P3HA 3JVWA 3CKRA 3I2LA 5DR4A 4OD9B 4GJ6A 2WL0A 3D1XA 3L3AA 1T7KA 5P4VA 1HPVA 3CIDA 1FEJC 5P0AA 2IKUA 3LINA 5AH6A 5P7SA 3TPPA 5P35A 4Y4JA 3OUDB 3OXCA 3O9DA 2I0AA 4LC7A 8HVPA 4ER4E 3KFRA 3O9FA 4Y45A 4R92A 1WKRA 5P5RA 2OHQA 2G21A 5SY2A 2V11C 5P0GA 2I4UA 1HVCA 2BPVA 2P3BB 3NDUA 4LP9A 5DQCA 5PEPA 1HOSA 4YD4A 4D89A 2P4JA 2P83A 1BDRA 3M9FA 3PB5A 5P44A 1KJFA 3R0WA 4OBKA 1A8KA 5P8TA 5P0LA 3S2OA 3ZPTA 1W5XA 3UQRA 2QD6A 3OQDA 5OZAA 5P3ZA 4B72A 5P7RA 1ER8E 1E80E 3OTSA 3ZL7A 4COEA 2B8LA 1K1TA 2NMYA 5HE7A 5OZOA 3PM4A 1BVGA 5P1QA 3QVIA 1QRPE 1XL5A 4Y9WA 3RTNA 2B8VA 7HVPA 5P07A 4DQGA 1B6LA 4NJTA 4NPTA 4U7QA 1HEGE 5P47A 5AGZA 2FS4A 2NNPA 3VYEA 4Y5CA 5SXNA 3PCZA 5P8UA 1APWE 3EKYA 3UPJA 3TOHA 5P6IA 1MRWA 5P2LA 2FIVA 5OYXA 2FXEA 3INDA 1SDVA 1APVE 5P1ZA 2ER7E 4J54A 3OQKA 1A9MA 1W6IA 5P86A 2BPWA 4JPCA 3SA3A 5OZ8A 5P13A 3QP0A 5P4XA 2I0DA 5P2KA 1HVJA 1BV9A 1LF3A 1IDAA 4ZIPA 5HU0A 5P02A 5E5KA 1DMPA 2QZLA 4DPIA 2PYMA 3CKPA 4Y3RA 2IEOA 1K6PA 5P82A 4KE0A 5P4BA 3GGVA 5ER2E 2UXZA 1LF4A 5P3GA 3K5GA 4Y44A 3T3CA 2ZHSA 5J25A 3INEA 3PCWA 1T6GA 4Y5MA 2MIPA 2ZHVA 3CYWA 4H3JA 5OZ7A 1D4SA 1AJVA 1GKTA 1QBTA 2QNNA 4Y4GA 1FLHA 4L6BA 4FSEA 4ZSPA 4DUSA 4Z2ZA 4DQEA 1B6KA 6UPJA 3EL9A 4ER2E 2QMPA 2HM1A 4K4PA 4J0VA 2BKTA 4OBFA 4YBIA 4DJPA 1D4LA 4IVSA 3SACA 5P0QA 5KR1A 2CENA 2FDEA 5OYZA 1IVQA 5B18A 1B5FA 4YD3A 5P8LA 3GI6A 5OYVA 3UQUA 5P7OA 3HDKA 1ODWA 2SAMA 5P0OA 2QU3A 5P2WA 3OAGB 4J1FA 5P7GA 1FMBA 5P3PA 3K1WA 4QLHA 3Q4BA 4RYCA 3TTPA 1QS8A 5OZYA 2ZJLA 4I8ZA 3LIYA 4ZSMA 5P0FA 3TPRA 2QMGA 2QI4A 4FRJA 3NXEA 5IE1A 5P29A 2QP8A 3T7XA 3R1GB 3OWNA 4EPJA 4HZTA 2AOIA 5P2NA 5P20A 4RCFA 2FDDA 1G35A 5P18A 4GJDA 5P7CA 2AVSA 3G6ZA 5P16A 3I7EA 3RVIA 5P2TA 1YM2A 5P36A 2AQUA 5P3QA 1A30A 3S7LA 4F76A 3NYGA 4ZPGA 5OYSA 5P65A 2RSPA 5AHCA 3N3IA 4TRYA 3KDBA 2HPEA 4Y58A 4Y3TA 4GB2A 1SP5A 1EC3A 5P4OA 2CEMA 2VNNA 3VF3A 2QZXA 5P1UA 5P6PA 4I1CA 3OUDA 2PYNA 5P4TA 1HWRA 2IQGA 4CMSA 1E82E 3LIVA 7UPJA 3FNSA 5P1IA 1YT9A 1EBKC 5P5QA 1T3RA 4PPHA 5EZXA 5EZZA 4EXHA 5P6KA 2JYSA 1QBSA 4GJ9A 5P33A 4HEGA 2ZJIA 4Y4ZA 3U7SA 3VYDA 5P6MA 2P3BA 1IZIA 2QMDA 3DK1A 1B6MA 1VIJA 3MSLA 3OQFA 3OY4A 5P6TA 5P48A 2QAKA 2PSUA 4HE9A 5P6LA 4OBZB 4EHCA 3UDMA 3OOTA 1NPVA 3O9IA 1FQ6A 2F3KA 5HDZA 3KDCA 4HDPA 2IENA 1SH9A 3UDHA 3BGBA 5P6EA 2APRA 4Y3WA 2PSVA 4Y3FA 4ZSRA 1HVIA 2WEDA 5P57A 2OHTA 1D4YA 5P7PA 1FFFC 3HLOA 4FIVA 2NXDA 1HIHA 2PQZA 3QN8A 1XE6A 5OZ3A 2BJUA 3KYRA 1YTGA 2G24A 5P60A 4J0PA 1XE5A 5P7VA 5P0JA 2VA6A 3MWSA 5OZTA 4I0EA 4JP9A 5P0XA 3K5CA 1SIPA 1HXBA 5OZUA 3NWQA 3VV6A 1IVPA 5P6UA 3PGIA 2ZJJA 3HD8A 4GJCA 1XDHA 5P0VA 3ZLQA 1MSNA 2G1YA 5P7AA 4Y4EA 5P23A 3U6AA 1FG6C 5P43A 5P7UA 4FAEA 1UPJA 2VJ6A 4Y3QA 1YG9A 3L5FA 5P3XA 1MVPA 5P49A 5P5MA 3JVYA 5P6ZA 2F3EA 2ER9E 3NUJA 3EBZA 5P0YA 5P74A 2G1NA 4QJAA 3NDXA 1MT9A 3L38A 3EL0A 5OZ0A 1CZIE 4Y5GA 3APPA 4K9HA 5P64A 2AIDA 5P4YA 1K6TA 2OHSA 2G94A 3SLZA 2I4WA 5P4FA 1SDUA 4B0QA 2HB3A 5P4QA 3KT2A 3OGPA 4ZEAA 2FMBA 5P5DA 1K6VA 3EKQA 3QRMA 5P87A 1YTJA 3URJA 4Y50A 4AA8A 1HXWA 2B7FA 2BPZA 4QJ6A 5P2HA 3G70A 5P1PA 2F80A 1EPPE 4ZLSA 1N49A 4J1KA 2NR6A 2ZHRA 1FB7A 3GI4A 2OHRA 5P1CA 1GNOA 1HEFE 1FFIC 4YDFA 1HPSA 5P4NA 2XYEA 5P10A 4B70A 4J1EA 3SM1A 3G72A 4I0FA 3KT5A 5P2BA 4HDFA 5IVSA 2QI7A 5P5IA 5P7QA 3HVPA 5P72A 4I0DA 4FGXA 1EPLE 5P85A 3WZ6A 3SA8A 2A1EA 5P53A 1W51A 1OD1A 2AOGA 4PHVA 4F75A 5OZHA 2V00A 4B1DA 4OBJA 1FKNA 4OBDA 2WF1A 2WF4A 5P5WA 4I10A 3L5DA 4Y3NA 2QHCA 5E5JA 5P69A 2IRZA 3UQPA 1RL8A 3TNEA 4LXAA 4J0ZA 3EKPA 1AIDA 2P8HA 3WSJA 2ASIA 1BDLA 1TCXA 4I8WA 3QBHA 5UPJA 4Y3GA 5P0WA 1RPIA 3KA2A 5KOQA 1B11A 5P0ZA 4DH6A 3PLLA 3Q5HA 5HD0A 3ZKQA 3B7VA 4Y43A 2B42A 1ODXA 1LS5A 3PI5A 4MC9A 3GGUA 2AZ9A 2R5QA 5JG1A 3WB4A 5P30A 2JXRA 3EXOA 3HZCA 3APRE 4BEKA 2AZBA 1W5YA 1UH9A 1J71A 4R95A 5P3TA 4Q1NA 1HSGA 3ZPSA 4UPJA 5P1NA 5P1EA 2Z54A 2FNTA 5P78A 1D4JA 1FQXA 4FAFA 5OZLA 3VLBA 4DJVA 4EP3A 4OBZA 5P0PA 4DJRA 4RCDA 3VV7A 5P2OA 4OC6B 3OXVA 2BBBA 4NJUA 4F74A 3R4BA 4EQJA 3R0YA 2Q64A 5P00A 2QHZA 3EL5A 1Z1RA 1BXOA 2ZE1A 3GI5A 5P37A 4F73A 5P73A 3OADB 3ZKNA 3RTMA 4Z22A 2NNKA 1XN3A 9HVPA 4K4RA 2Z4OA 1FG8C 3O99A 2BPYA 3S53A 4Q1WA 3L59A 3ZKXA 5DR8A 5P3WA 3LIQA 3UHLA 2JJIA 3PSYA 1T6EX 5P1SA 5P3SA 5P8VA 5P58A 3O9EA 4YD5A 5P81A 5P15A 2H6SA 5P2VA 2BB9A 3BGCA 4Y5AA 5F00A 1DIFA 1QBUA 5P59A 3I6OA 2G1RA 2F3FA 2AODA 3OQAA 3NU6A 1WBKA 5HE5A 2P3CA 3S54A 3VUCA 5P4HA 1AAQA 4Y3SA 5AHAA 5P8BA 3CICA 3INHA 2ZHUA 1BVEA 5P14A 1YTIA 2VIJA 2VJ7A 4Y3MA 5DGUA 2QI6A 2QNQA 1HVLA 5F01A 1YX9A 5P7YA 3SA7A 1HBVA 2WEAA 5P24A 4EJKA 2O4LA 2R38A 2HB4A 2PK5A 3KM4A 5P8PA 4N00A 3C9XA 5P7ZA 1MERA 5P6RA 1HTEA 5P4ZA 2WKZA 1NPWA 2QI0A 4AUCA 4EXGA 5P70A 5P63A 3UFLA 3QBFA 4RVXA 4RVIA 1M4HA 2Q5KA 3LPKA 5P68A 2FDPA 4R93A 5OZJA 5P19A 4CPRA 5P5GA 3IN4A 2QD8A 3L58A 5P2QA 5P50A 2UY0A 1IZHA 2VNMA 4X2LA 4Q1XA 1C6YA 5P3OA 4JPEA 5P1JA 4CPTA 1DAZC 5COOA 1BBSA 5P4EA 1META 3VSXA 3SA5A 4K8SA 5P4JA 3LZSA 4FE6A 1K6CA 4FRKA 4DV9A 5AHBA 1BXQA 5OZ6A 2ZJMA 5KOSA 4CKUA 2QI1A 4DPFA 2XFKA 1FQ8A 5P1BA 5P0NA 4Y54A 4RLDA 3LHGA 1ZJ7A 2ZHTA 2A4FA 5P5AA 3KMXA 5P5CA 4APEA 4RGHA 4GJBA 3SA4A 5P0IA 5P05A 5ISJA 3RU1A 5P6OA 3HAWA 5HU1A 5P32A 5P3YA 1EPRE 3F9QA 4Y3XA 1DW6C 3ST5A 1AVFA 3LZUA 2QCIA 5P75A 5P5ZA 3PJ6A 3PWRA 1ZAPA 5COKA 2B7ZA 2BKSA 5OZEA 5P6DA 3LPIA 3QRSA 5P2ZA 5OZ9A 5P1WA 1ZP8A 4MC2A 5P7EA 4EJ8A 2R9BA 2Q15A 5P2EA 5P7HA 5BWYA 1IIQA 5P77A 5P6XA 5HVPA 4I0JA 4GJ7A 3PRSA 1HRNA 3OK9A 3GI0A 3IXJA 2WECA 4LXKA 5I3VA 5IVRA 4I0GA 3WZ8A 1FGCC 4Y4TA 3K5FA 5HDXA 1GVVA 3T7PA 3VF7A 1W6HA 4EWOA 1LZQA 2EWYA 3TLHA 3VEUA 1KZKA 3VYFA 2XFIA 4WY1A 4KB9A 1HPOA 4YD6A 5P27A 4QJ2A 4WY6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXW A;  4YOA A;  5P6W A;  2UPJ A;  1TW7 A;  5DR7 A;  1FQ7 A;  2Q55 A;  3BVB A;  4DJY A;  5P55 A;  2G1O A;  5P25 A;  3TKG A;  1CPI A;  4OBG A;  4YCK A;  4U7V A;  2FLE A;  4YDG A;  5P66 A;  2QK5 A;  4Y39 A;  3FNU A;  4XX3 A;  3TPL A;  3PSG A;  3NU3 A;  1NPA A;  4J5J A;  3D91 A;  5P12 A;  4CPQ A;  2WF2 A;  2IGY A;  4DQF A;  1MT7 A;  3Q3T A;  4HDB A;  1BWB A;  2NMZ A;  5C9B A;  5DQ2 A;  1EPM E;  1MSM A;  4S1G A;  3DUY A;  4Y5N A;  4ZPF A;  3OUA A;  5P5X A;  3OOZ A;  4B77 A;  5AH7 A;  5P1R A;  5OZN A;  5P8N A;  1MTR A;  5P03 A;  1B6J A;  4XX4 A;  3VLA A;  1RQ9 A;  3TL9 A;  3VF5 A;  3EL1 A;  4RVJ A;  1HTG A;  5P5U A;  5P8O A;  2PH8 A;  4AZY A;  3B80 A;  5OZG A;  2IKO A;  4Y4A A;  2VS2 A;  5OZX A;  3S8I A;  3BVA A;  4J17 A;  1A8G A;  1W5V A;  5P8J A;  4Y6M A;  5P4W A;  1Q9P A;  2Q63 A;  5P5L A;  2RMP A;  4J0Y A;  3ZPU A;  4ZSQ A;  3DCK A;  3CKT A;  1PPM E;  5P8F A;  5P7X A;  4Y41 A;  3IA9 A;  3KFP A;  1AJX A;  3UFN A;  5DQ5 A;  3SPK A;  3EL4 A;  5P0U A;  2O40 A;  5CON A;  5P2C A;  5P4C A;  3PWM A;  1IBQ A;  5P4G A;  4YHQ A;  5P4M A;  4AMT A;  4CP7 A;  3LPJ A;  5OZP A;  2JE4 A;  3O9H A;  2OHL A;  4I0I A;  3UDN A;  3O9G A;  4GJ5 A;  3EKW A;  4Y57 A;  3LIZ A;  1ZLF A;  4H3G A;  2AVQ A;  5P1F A;  5P6C A;  3H5B A;  4L7G A;  4NKK A;  4ER1 E;  1EPQ E;  4LXM A;  5OZ2 A;  4B1C A;  2G69 A;  1KJG A;  3KFN A;  1EED P;  2AZ8 A;  5P71 A;  4Y3D A;  2HS2 A;  1BDQ A;  2BQV A;  4Y5L A;  5P6H A;  5OZD A;  4LBT A;  3KN0 A;  5P1K A;  2QI3 A;  5P5V A;  4CPS A;  1EBW A;  1KJ7 A;  5DQ1 A;  5P8G A;  5P7F A;  4FM7 A;  3NDT A;  3FX5 A;  2QD7 A;  1HSH A;  3SA9 A;  4DJX A;  3OAG A;  5ER1 E;  2AVV A;  3URI A;  2Q3K A;  3NDW A;  3ZKM A;  4X7I A;  4QJ9 A;  1Z8C A;  2OHK A;  3S56 A;  2Q11 A;  2PSG A;  5ENK A;  4Y4U A;  2XYF A;  3IGB A;  3UTL A;  1FF0 C;  3CYX A;  3L5B A;  1BV7 A;  2PK6 A;  3IAW A;  2I4X A;  4ZPE A;  3IXK A;  1FMU A;  4H1E A;  5IS4 A;  5P2J A;  1EC1 A;  4FLG A;  3TPJ A;  1APT E;  3AUP A;  5P6A A;  3EKT A;  2G20 A;  3PMY A;  2R5P A;  3FIV A;  5FIV A;  4Y3L A;  3PHV A;  1B5F B;  4L1A A;  5P7B A;  4DVF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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