5P0KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 67
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0kA01
3APRE 4BFDA 3PRSA 3RVIA 2XFKA 3PI0A 3LPJA 3QVCA 4HVPA 5P7WA 4DJWA 1E80E 4CPTA 3K4VA 3OADB 3O9IA 1GKTA 5P8OA 5P5IA 4HLAA 1FMBA 2AOFA 5P2DA 4B77A 4Z50A 4DJRA 2ANLA 2QI1A 3HVPA 4Y3AA 3QP0A 5OZMA 4TVGA 4ER2E 5P4AA 2VA6A 4RCDA 5HCOA 4Y4AA 1BDQA 4UPJA 4ZE6A 3K5GA 5P1MA 5P3PA 1B6JA 4EP2A 5P42A 4Y4EA 2IKOA 4K4RA 3T6IA 2ER7E 2I4QA 3OU1A 5P1FA 2FNTA 4GJBA 4OD9B 5P1IA 5P7ZA 5I3YA 2V13A 3MSLA 5COPA 5P82A 4NKKA 2Q3KA 4ZLSA 5P4QA 2HPFA 5P2VA 1Z1RA 3KDCA 3PJ6A 5P62A 2IRZA 5P6UA 5P1SA 2Z4OA 1APVE 3L5BA 5P7JA 3GI5A 1LYWB 3EM4A 3SAAA 2R3WA 1MPPA 3LIVA 3EKXA 1UH8A 4ER4E 3LITA 2V0ZC 3SLZA 5P78A 1C6ZA 1C6XA 4EXHA 3S56A 1MIQA 3I8WA 1ODWA 5AHBA 3PEPA 5P5CA 1FFFC 2PK5A 1F7AA 4BFBA 5IVQA 3N4LA 3H5BA 5P1TA 3PGIA 5OZ0A 4Y37A 5P7PA 1SBGA 5P5YA 1DMPA 1A94A 3VUCA 1M4HA 3G70A 2J9JB 3OADA 5AHCA 3NR6A 2VIYA 3PBZA 1B6MA 3PB5A 2WF0A 5P17A 4DV9A 1D4YA 4ZPGA 3DK1A 4OBZA 2ER0E 2F3FA 5P0JA 5P6MA 1W6HA 2QZLA 5P36A 5P4SA 5P81A 1HBVA 5JFUA 4R8YA 5P7VA 2QD6A 3TOGA 3NWQA 5P5ZA 3WZ7A 5P3UA 3MWSA 3OUDB 3UQRA 2NXLA 4YCYA 5P38A 5P14A 4EJDA 1SIPA 3L5EA 2FXDA 3L59A 3OXXA 3INEA 4GJ5A 4Y50A 1BVGA 5P2JA 3ZL7A 3DCKA 5P15A 3OHHA 2QNPA 3WB5A 3WB4A 1B11A 3L5DA 3GGAA 4FE6A 5KR8A 4OD9A 5HE4A 2VJ7A 3LIQA 5P79A 3O9BA 2I4UA 4QGIA 1HTRB 1HVHA 5KAOA 1ZLFA 5P0SA 3PLLA 5P4YA 4J1FA 1SMRA 2JJIA 1LYWA 2I4XA 5P5AA 4L7GA 2FIVA 1HVJA 3VYEA 2ASIA 2IENA 1YX9A 5P0ZA 5P09A 3QS1A 5P2ZA 5I3VA 1GVVA 1WKRA 1K1TA 3BXSA 1HHPA 3INHA 5P2IA 3OXCA 1EAGA 1APUE 4YD5A 5HDVA 1HPOA 2IEOA 3QIHA 3D1YA 4JPCA 5OZJA 2CEJA 1EPME 3QRSA 3PMUA 5I3WA 2ZJLA 2VIZA 1FFIC 5P1XA 4CMSA 5P1WA 2IGYA 2J9JA 3MXDA 1CZIE 1HXWA 1FQ5A 3LPKA 3PMYA 3KFNA 3OY4A 4OBJA 5P7HA 5P02A 2HC0A 3D1XA 3GGVA 1W5WA 5P4PA 2QI7A 1HVRA 3VSXA 5I70A 2G1OA 4J1KA 3OUDA 5T4SA 3KT2A 2Q5KA 1C6YA 5OZDA 2ZJIA 4FRJA 5P35A 4K8SA 4Y3DA 5KQZA 5OZYA 3URIA 3OUAA 4ZSQA 4DJXA 3ST5A 3DV1A 5P3OA 3KFRA 5I3XA 5P1GA 4RCFA 3KA2A 5P2SA 2QNQA 4LL3A 5P5OA 1FQXA 5P2OA 1KJ7A 4J1IA 2G27A 5OZOA 4CPRA 1LS5A 5OYTA 3ZKSA 5P49A 5P8LA 4Q1WA 5P8KA 2O4NA 1FQ6A 9HVPA 1W5YA 5P4DA 5P3EA 1FG8C 1XL5A 3OTSA 3LZVA 5P44A 2IS0A 1XE5A 3SA7A 4I12A 5P8NA 5OYVA 2HB3A 5P00A 2P3DA 1M0BA 4B1DA 2IDWA 4Q1YA 2HM1A 5OZWA 1FQ7A 1SGUA 2O4KA 5P0EA 5P3VA 2V16C 5P1OA 5P1BA 1EPPE 1VIKA 4DJUA 1PPKE 3VEUA 5P18A 2HPEA 5P4UA 5P8UA 3MSKA 4H3FA 3OTYA 4LXMA 3I25A 5P4KA 3GGXA 3UDMA 3G6ZA 3T7PA 5HE5A 1GNNA 4Y3LA 5P23A 1XDHA 5DQ1A 2FDDA 4I0DA 4XKXA 4Y3ZA 2AVVA 5DR1A 4NJTA 5P6HA 1NSOA 3O9CA 4NJUA 3O9DA 5OZHA 5P67A 3EKVA 3LZUA 5HU0A 4DQBA 1EPLE 4YOAA 3EL9A 1PSNA 2VS2A 4ACXA 1G35A 5AH9A 2I4VA 3WZ8A 2HIZA 1MVPA 3Q6YA 1VIJA 3OXWA 2B42A 4I0EA 1HTGA 4I1CA 5P2GA 5P37A 1AXAA 5P3ZA 2AZBA 5P56A 3TOFA 4MC9A 1W50A 5P7RA 3OGPA 3KFPA 1SDTA 1E82E 3NU6A 4J0YA 5OYWA 5OZZA 5P0BA 5BRYA 3IXJA 3D20A 3HDKA 2I4WA 3VYDA 3U71A 4DJYA 3SA5A 2QD7A 2R38A 5P3CA 4FM8A 3FSMA 4D88A 2AIDA 4YDFA 5P2EA 5P2TA 3NU9A 1D4SA 4Y43A 5P4WA 4AA8A 4Y4ZA 2NXMA 5F00A 3G72A 4H1EA 4GJ7A 2XFJA 1ZTZA 3ECGA 5P8VA 4J1HA 1PFZA 2QD8A 3EKTA 2V00A 3LHGA 2P4JA 3U7SA 2AVSA 5P3KA 4Z2ZA 5P1KA 5P7KA 5P05A 5P70A 3T7QA 5P8FA 3EKPA 4DVFA 1F34A 4J55A 4RYGA 4B72A 5HCTA 4QJAA 4Y5MA 2NTRA 1QBRA 1YTGA 5P3WA 3APPA 5P86A 4DH6A 3PI5A 5P2QA 4LXAA 3S54A 1EC3A 5P61A 5CONA 2QHZA 3CICA 2ZJJA 5OZCA 5P6FA 3DV5A 5P1CA 1FMUA 3CYWA 4CPXA 7HVPA 3QRMA 4RVJA 2F81A 3TPRA 2ZHUA 3T7XA 4L7JA 5BWYA 3KMXA 4CP7A 1JLDA 5P3AA 1ODXA 3DCRA 3TKGA 3KDBA 5ISJA 4KE0A 2I0AA 5ENKA 3F9QA 2F3EA 5OYYA 5P8IA 5P5JA 1FLHA 2WF4A 1WBKA 2RKGA 1MUIA 5OZ8A 2F80A 1ZSFA 2EWYA 4Y3FA 1TCWA 2PH8A 4J54A 2QMDA 5KOQA 3IVIA 5P3BA 2R8NA 1BBSA 5P25A 2I1AA 3IXOA 2AOGA 5P0YA 5P1QA 3I2LA 4Q5MA 5OZ4A 3IN3A 3DM6A 1EBKC 3EM6A 4GJAA 1TW7A 5P7XA 4L1AB 2B8VA 2WECA 1N49A 3FIVA 1Q9PA 4NJSA 1IZIA 1BAIA 5KQXA 4GMIA 3RU1A 3R2FA 1HVLA 3HBOA 6APRE 3FNTA 4J0PA 2OAHA 5P1RA 2P8HA 5ISKA 4DJQA 4Y51A 1YG9A 1HIHA 3U6AA 5P4CA 5DQCA 4Y47A 1KJGA 1KJ4A 2P3CA 3LIZA 4HE9A 3KYRA 2G26A 3O99A 4CPQA 2VA5A 1AAQA 5P0PA 3OU4B 1MT8A 3UQUA 2QNNA 1HPSA 2FDPA 2G1RA 5P51A 3FX5A 3VFBA 1FB7A 5OZLA 2BKTA 2V11C 4MC2A 5P6QA 3K5CA 3INFA 4ZEAA 2Q55A 4Y5EA 2FGVA 2ZJMA 5P4MA 3UDNA 4YD3A 5OZ6A 5P4VA 5P3JA 2BKSA 1ZBGA 2I4DA 3OUCA 1HIIA 5P8SA 3ER3E 2VKMA 3URJA 4RZ1A 4Y36A 1ZP8A 3L38A 4YD4A 3EC0A 3GI0A 5P0NA 5COKA 5P7SA 3PVKA 1OD1A 4OBGA 4APEA 1QBSA 3RSVA 4I11A 4A4QA 4M8XA 3IXKA 2ZDZA 1CPIA 5P5WA 1TQFA 1ENTE 2ZJHA 1EC2A 1YM4A 5P1PA 3I7EA 4F75A 2FGUA 4B1CA 2A4FA 5P3IA 1HIVA 4L1AA 2OHSA 3L3AA 3K4VC 2HAHA 5P7AA 2HB2A 3KMYA 1OEXA 1EPQE 5P24A 1D4KA 3K5DA 4CPSA 1LYBB 2VIJA 4Y5CA 1HRNA 4J17A 4EHCA 5P77A 2OHKA 3ZPUA 2R9BA 3VFAA 1K6PA 1GVXA 4OBDA 3SM2A 1AVFA 3EM3A 2QHYA 2B8LA 1BV9A 5AH6A 3O9LB 4F76A 5P60A 3HD8A 5P01A 2BPXA 3GI4A 4M8YA 2AOHA 3OU4A 3ZMGA 4U7QA 1SH9A 4PYVA 1KZKA 3ZPSA 4Y41A 4PEPA 4DPFA 3UDKA 5SY2A 2PSUA 2H6TA 3SPKA 2JYSA 2R43A 1FGCC 4D83A 1K2BA 3T3CA 5P0UA 7UPJA 2HS2A 5KQYA 3S7LA 4GJ8A 4HDBA 5DQ4A 8HVPA 2BJUA 2PC0A 3ZPTA 4LXKA 4Y38A 4TRWA 5P6PA 3PBDA 5P2WA 3WZ6A 5SY3A 3OQKA 3TKWA 3GW5A 3SA4A 4WTUA 4GZFA 5P6LA 3HAWA 5BS4A 1LF2A 1A30A 5P6TA 3CIDA 1HEGE 3R4BA 5OZVA 1IIQA 1UPJA 1MSMA 3SA8A 3NU4A 4COEA 3S85A 2JE4A 1IBQA 1WBMA 5P4EA 1LYAB 2P3BB 1T6GA 3CYXA 5P0GA 3OQAA 3IAWA 4B00A 3OUBA 1QBUA 3UQXA 2G22A 1YTIA 2IQGA 5P7GA 2WEAA 3WSJA 4ZSRA 3LIXA 4L7HA 4Y45A 3KT5A 5P41A 2QI6A 3NYGA 3KN0A 2OHNA 5P74A 1EPNE 2O40A 5P6BA 1XN3A 4R5NA 5OZRA 5DR7A 5OZGA 2IL2A 2ZHRA 4FM7A 5IVSA 1FF0C 5OZQA 5P6WA 3TNEA 1FEJC 4R92A 4ZSPA 1LYBA 2Q11A 2QI3A 5P7CA 5P68A 2PQZA 4FS4A 2WEBA 2QZXA 4JP9A 5OYSA 2OHLA 4YBIA 5DR8A 2AVMA 4Y5KA 2WHHA 3O9LA 4FRKA 3QROA 3TPPA 5P1UA 5C9DA 5HU1A 2NXDA 1HOSA 4GJ9A 5E5KA 1EBYA 5P6YA 3VF5A 3NSHA 5P11A 4YE3A 2FMBA 2OHMA 1BWAA 4QLHA 4Z22A 3PHVA 5P8DA 5P3NA 5P5NA 1IVQA 4B05A 5P31A 3VLAA 4MC1A 4EP3A 2UXZA 4H3JA 5P3XA 4ZSMA 3HZCA 4R95A 3RSXA 5F01A 3D91A 2UY0A 1AM5A 5P55A 5P64A 5P43A 2ZJNA 1PSOE 5P7DA 1ZPKA 2ZHSA 4Y5NA 5P47A 1LYAA 2P3BA 2UPJA 5P50A 4Y53A 3UCBA 5AGZA 5DR3A 5P4IA 3QAAA 3CKRA 1RQ9A 5P08A 2Q64A 1ODYA 5P6XA 3S2OA 5P8AA 4CPUA 4CPWA 4AMTA 4YD6A 1HPXA 3LZSA 4YOBA 4PHVA 4BELA 4I0IA 3CIBA 4X7IA 2BPZA 1FKNA 5P2XA 1D4HA 1T7JA 3UHLA 4R91A 4I0GA 1Z8CA 1GVTA 1U8GA 1BILA 3QRVA 5OZIA 3UDHA 2IGXA 3SA3A 2QMFA 4H3GA 5P0MA 3UDRA 1OEWA 5IVTA 3NWXA 1Z1HA 5P6GA 2QMGA 3SA6A 3DOXA 4I0FA 3SM1A 4IVSA 2WEDA 4Y5PA 1IZDA 4DQHA 4I10A 4Y3EA 2V10C 5P7TA 4XXSA 2FNSA 3SACA 5P4TA 1G2KA 4ZPEA 5P2NA 1D4JA 1KJFA 1QS8A 5P6OA 2HS1A 2JJJA 4Z4XA 3PSYA 4EQJA 4EXGA 4U8WA 5P84A 5P30A 4PZXA 5P7UA 3SKFA 3UQWA 5OZNA 2ZJKA 3SQFA 4D89A 4DI2A 2JXRA 2QAKA 5EZZA 2OF0A 3OU3A 5P5BA 1EPOE 2ZHTA 4Y3JA 2QI4A 3EKYA 4Y5GA 2F8GA 5FIVA 3EMYA 5IS4A 5OZTA 5P6SA 4HEGA 3ZKMA 4Y48A 4R93A 5P4GA 3NU5A 5IE1A 3C9XA 4Y3XA 2G20A 4EJKA 4FGXA 4RGHA 3UDPA 2NPHA 3BRAA 5P5SA 2OHTA 5DR4A 5IVRA 3ZKGA 4J0VA 4Y4JA 5P2YA 4Y4GA 5P4FA 3HVGA 5P0OA 5P4RA 5DGUA 3EKQA 1E81E 5P3SA 2Q15A 5OZ9A 2NNPA 1T3RA 4OBKA 5P8EA 4RCEA 5P6IA 4DQEA 1YTHA 3GI6A 2ZYEA 4GJ6A 3ZKQA 1AIDA 1TSUA 5P5XA 1TZSA 5P0IA 1W6IA 4YHQA 5P3QA 1D4IA 5P6ZA 3ZKNA 1AJXA 3KFSA 5P8TA 4Y6MA 1IVPA 4H3IA 1AZ5A 5P1NA 4B1EA 2PMAA 1GVUA 1FQ4A 3OWNA 4Q1XA 5KOSA 4A6BA 3NUOA 5P45A 1NH0A 5OYZA 1YM2A 4EYRA 3URLA 3UDQA 1LV1A 1DPJA 1K2CA 2ZE1A 5P89A 5P7OA 3BUGA 4Y3NA 5HE7A 5P5GA 3VF7A 5DQ5A 1ZPAA 5AH7A 1AJVA 1CMSA 5P63A 3EBZA 3KF0A 5P0DA 3N3IA 5KR2A 3UF3A 3CKPA 3ZOVA 3VV6A 4HDPA 2FXEA 3TH9A 5P72A 2BPYA 1FMXA 4Y4BA 4HZTA 4DJPA 2J9KA 4ZIPA 5P7IA 5P32A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3APR E;  4BFD A;  3PRS A;  3RVI A;  2XFK A;  3PI0 A;  3LPJ A;  3QVC A;  4HVP A;  5P7W A;  4DJW A;  1E80 E;  4CPT A;  3K4V A;  3OAD B;  3O9I A;  1GKT A;  5P8O A;  5P5I A;  4HLA A;  1FMB A;  2AOF A;  5P2D A;  4B77 A;  4Z50 A;  4DJR A;  2ANL A;  2QI1 A;  3HVP A;  4Y3A A;  3QP0 A;  5OZM A;  4TVG A;  4ER2 E;  5P4A A;  2VA6 A;  4RCD A;  5HCO A;  4Y4A A;  1BDQ A;  4UPJ A;  4ZE6 A;  3K5G A;  5P1M A;  5P3P A;  1B6J A;  4EP2 A;  5P42 A;  4Y4E A;  2IKO A;  4K4R A;  3T6I A;  2ER7 E;  2I4Q A;  3OU1 A;  5P1F A;  2FNT A;  4GJB A;  4OD9 B;  5P1I A;  5P7Z A;  5I3Y A;  2V13 A;  3MSL A;  5COP A;  5P82 A;  4NKK A;  2Q3K A;  4ZLS A;  5P4Q A;  2HPF A;  5P2V A;  1Z1R A;  3KDC A;  3PJ6 A;  5P62 A;  2IRZ A;  5P6U A;  5P1S A;  2Z4O A;  1APV E;  3L5B A;  5P7J A;  3GI5 A;  1LYW B;  3EM4 A;  3SAA A;  2R3W A;  1MPP A;  3LIV A;  3EKX A;  1UH8 A;  4ER4 E;  3LIT A;  2V0Z C;  3SLZ A;  5P78 A;  1C6Z A;  1C6X A;  4EXH A;  3S56 A;  1MIQ A;  3I8W A;  1ODW A;  5AHB A;  3PEP A;  5P5C A;  1FFF C;  2PK5 A;  1F7A A;  4BFB A;  5IVQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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