5P0K | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__890613631551467__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__890613631551467__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P0K/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__890613631551467__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"890613631551467","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P0K/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__890613631551467__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01905852ffca6fd0dc586b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01905852ffca6fd0dc586b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01905852ffca6fd0dc586b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01905852ffca6fd0dc586b/pdb.gz): 848 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	84
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p0kA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p0kA01

5AGZA 1BXQA 4NJUA 3VFBA 3NU9A 4Y51A 3VCMA 1FFFC 5P4TA 3SKGA 4OBGA 5P3BA 3URIA 3EKYA 3QI1A 3F9QA 4GJ5A 4I8WA 3PLLA 5P06A 3CKRA 4EHCA 3FNUA 2FGUA 4LC7A 5UPJA 1HVIA 2FXEA 1HPSA 4X2LA 3ZKGA 4CMSA 4B0QA 5P6XA 3NU3A 5P37A 1BVEA 4IVTA 4DJXA 1SGZA 4Y4GA 5P6FA 2PK6A 4Y36A 1ZAPA 4B72A 3OTSA 1TZSA 2HPEA 5P5IA 1QBSA 4Y5GA 3OGQA 5P1AA 4QJ7A 4Y4EA 5P8DA 5OZWA 5P8LA 2VNNA 3S53A 5OYWA 1YX9A 2QZWA 5P7TA 4Y5MA 5P3OA 3CMSA 5HE4A 5P27A 4YHQA 4Y3YA 4Y4AA 5DQ2A 5P7XA 5P6EA 4L7GA 3NXNA 4GJAA 5P4QA 4CPRA 3UDRA 4I0HA 4RROA 3CIBA 5P5KA 4EQ0A 4FRSA 2FDDA 1SH9A 4Y4XA 3S43A 1FB7A 4K4RA 4MC1A 5HCOA 4JOOA 1BV7A 4RVJA 3OHFA 4FAEA 4IVSA 3GW5A 4OBHA 5P8BA 5P7CA 5KR8A 3VV6A 2QZXA 5P0FA 2G1RA 4EQJA 5P1KA 5P0AA 5KQZA 1MTRA 5ISKA 5P1GA 3SA3A 5P3PA 3UDNA 5P42A 4XX3A 3B80A 5DQ1A 2WEAA 2WF0A 2BB9A 3PBDA 5P25A 3QBHA 1EC0A 4GJ8A 5P5GA 5P1TA 5P34A 3PSGA 4CP7A 2QCIA 5OZTA 2PMAA 5P5TA 2Q11A 2BPYA 4J0YA 4F73A 2O4NA 3EL9A 1YM2A 1Z8CA 2BJUA 2QHYA 5P5BA 5P6CA 5P13A 3MXDA 3O9DA 1TSQA 9HVPA 5P5MA 5P2SA 1K6CA 5JFUA 4NJVA 5P1EA 4BFDA 5P07A 2VA6A 2ER7E 5ISJA 5OZ9A 5PEPA 5P5UA 4J1IA 1HVSA 2RMPA 5P8AA 5P5YA 2AOFA 1U8GA 3VEUA 3HAUA 5P4XA 5P11A 5P7SA 3R0WA 3D1XA 5P12A 1LV1A 5P1PA 2ZJMA 1IZIA 5KOQA 5AHCA 4D89A 3EM3A 5AH8A 3PSUA 2B60A 5P8MA 3EKQA 4Y41A 4FCOA 5P4CA 5P2XA 1DP5A 2OHPA 4Y54A 1IIQA 5P3SA 2SAMA 4H1EA 4Y3TA 4QJ6A 3OAGB 5P8GA 4BFBA 5P84A 5P5FA 1Q9PA 5HTZA 5P2FA 5COPA 5P50A 3TL9A 5C9DA 4RZ1A 4OBZB 1LYBA 3OUAA 2P3BB 2PYMA 4Y6MA 5P3YA 5P2RA 5P7QA 1AJVA 5BS4A 2RSPA 5P2AA 4PZXA 3JVYA 4Y4TA 4DQEA 5P4RA 4YD6A 4FRKA 3K5FA 1K6VA 2O4PA 3K4VC 5P2BA 4R8YA 5P3LA 1K1TA 1HVHA 4QJAA 5P0UA 5P85A 5P4GA 4FRIA 1BBSA 5IE1A 2VIYA 4I10A 4PZWA 4B78A 2AODA 3I25A 3EL5A 3NU4A 1M43A 3PCZA 3K5GA 5P29A 3TH9A 5P0CA 4TVHA 5P52A 5P5WA 3OQ7A 4ACUA 2IS0A 5P3DA 5P73A 5KR0A 4I8ZA 5P8PA 3OWNA 2AQUA 3NDWA 3OK9A 1EC3A 3VSWA 1MUIA 5P2TA 2BPZA 2Q15A 3Q3TA 4ZPGA 4FM7A 1GKTA 3UQPA 4B1EA 3VV8A 5P01A 5P45A 1PSOE 5P7WA 2ANLA 4J0PA 1QS8A 2BKSA 5DR1A 5OZBA 1ZJ7A 2MIPA 4OC6A 5P3GA 1HEGE 2FNTA 1LZQA 3L5BA 5P36A 4LXKA 5P71A 3OU3A 3IVIA 3NDXA 1LF2A 2AOIA 4HLAA 5P1SA 5P3FA 3S7LA 5P4JA 1FQ5A 4HVPA 4DVFA 4EYRA 3GGXA 5P8UA 5OZAA 5HU0A 5P7HA 5P7NA 3SABA 5P03A 1ZPAA 5P88A 1VIKA 1XE5A 3BUHA 4FRJA 5P4NA 3L59A 5OZQA 1FQ7A 3UDPA 5SXNA 5P5ZA 5OZKA 5OZIA 1D4SA 3PHVA 3WZ8A 3SM1A 3FNTA 1CMSA 5P4OA 2JE4A 4Z2ZA 1CPIA 4JPCA 4Q1YA 5P0KA 1ODXA 2NPHA 5OZZA 2FDEA 5OZYA 5P55A 1B6LA 1EC2A 5P8QA 4J1FA 5P0GA 4N00A 4PYVA 2P8HA 1FQ8A 5SY3A 5P4MA 1RNEA 4DQGA 3ZKSA 2ZJLA 1GVVA 5P0VA 4A6CA 2HPFA 1K2CA 2FGVA 1AZ5A 3OU1A 4ZLSA 4RCEA 4YDGA 4Y5LA 4ER1E 4I11A 5P7AA 2FNSA 1B11A 3S43B 1IZHA 5KQFA 1HRNA 3QRVA 1LS5A 3IA9A 1YG9A 5P4WA 5OZ1A 5P4YA 2HC0A 2VA5A 5P5CA 1Z1RA 4Y3JA 5P39A 2AVMA 4Y3PA 4Q1NA 3PWRA 5OZ8A 1SMRA 2B7ZA 2QAKA 3IXOA 5P6KA 2OHTA 1DIFA 4K4PA 2EWYA 1HPOA 1E5OE 5TOLA 4OD9A 5P09A 2BQVA 5P6IA 5KR1A 5P7RA 1QDMA 4Y4BA 2R43A 4HZTA 1HVKA 2V0ZC 2AOEA 4OBDA 4GIDA 2PYNA 1CZIE 5B18A 4H3JA 1M0BA 5ENMA 2R5QA 5P5QA 2AZBA 3CYXA 3Q6YA 3TOFA 2NNKA 1IZDA 5P1BA 5P4FA 3QVCA 5P2DA 2PSUA 3H0BA 5OYRA 3KFPA 5P0XA 5APRE 2AIDA 2WECA 3PBZA 5E5KA 4GJCA 3O9LB 5P64A 5P6VA 2QU2A 2WEDA 3L5EA 4APEA 3NSHA 1YTHA 3O99A 5HCTA 3UQWA 5P0HA 5P3HA 3UDHA 3R4BA 5SZ9A 5P7LA 3UDQA 5P3IA 2ZHUA 5P0QA 2NXLA 3PB5A 3HZCA 3M9FA 3WZ6A 4Y5KA 2I4WA 3KA2A 5OZ5A 5OYTA 4J0TA 3EKPA 5I3VA 2IGXA 3TNEA 3FIVA 1HSHA 2VA7A 1PPLE 3G70A 4CPWA 4GJ9A 2PWCA 1A8GA 3BUFA 3EKVA 5P2VA 1BIMA 4RRSA 3ECGA 1BAIA 4NJSA 5P0MA 1KJHA 2XYFA 1APWE 5DR0A 4NKKA 5I70A 1HVCA 5P8RA 1YT9A 3HLOA 4HE9A 5P0NA 1HVJA 1K2BA 5DR8A 2WJOA 4R91A 3A2OA 5P2CA 5P3KA 5P05A 5P30A 3LIZA 3DV5A 4WY1A 5FIVA 2OHMA 5P76A 3NU6A 2O4KA 3TKGA 4ACXA 1W5YA 4FE6A 4B70A 2F3KA 1LYBB 3KDCA 2Z4OA 1APUE 3OHHA 1XDHA 1BVGA 1W6IA 5P56A 3RVIA 2H6SA 5P24A 4CPSA 3S85A 2ER9E 4L6BA 5P4SA 1ER8E 5P18A 5P6NA 2R3WA 4Y5AA 4Y3ZA 2A1EA 5P7EA 2I4XA 5P1QA 1GVUA 4JP9A 2G27A 1K6TA 4YOBA 5DR4A 5P35A 5P1RA 1ODWA 2CENA 3DV1A 3LZVA 5P60A 3Q5HA 3RTMA 1XN3A 4F76A 3EM6A 5KOSA 2QNQA 1AIDA 5P2HA 4I0ZA 5P66A 5P3VA 3T7PA 5P82A 3ZOVA 1FQXA 4B77A 3U6AA 1PPKE 5P6SA 1Z1HA 3OOTA 2QP8A 4FL8A 3LITA 4HA5A 4B00A 2WF4A 3LIXA 3PMYA 4FM8A 5P5XA 3GGUA 5P1FA 2BPWA 2G1YA 4EJLA 5P22A 4OBJA 5P6MA 3SA9A 4CPUA 1UH9A 3VLAA 2UY0A 3G72A 2IENA 2Q5KA 4OC6B 2OHQA 3TPPA 1MERA 3CICA 3PWMA 2J9KA 5P2NA 3UDJA 4XX4A 5P8HA 1NH0A 1HIVA 1W51A 1W50A 3KMXA 3SLZA 4APRE 4ZEAA 3UFNA 2OHUA 3LPIA 4LBTA 4COEA 3UFLA 5P2UA 1ZPKA 2RENA 5IVTA 3CKTA 2ER0E 2WEZA 3UQXA 1K6PA 5COOA 2G1SA 4FLGA 2OHRA 2WKZA 4ZSRA 3U7SA 3EL4A 5HE7A 4RVIA 3KT5A 4J0VA 1XE6A 1UH7A 2WEBA 4TRYA 5P4EA 1MVPA 3R1GB 3SA4A 1XN2A 4RGHA 3FX5A 2V10C 5IS4A 2QMFA 3BGCA 3D3TA 5P00A 4Q1WA 3VF3A 2ZJKA 5P7KA 1B6JA 3OU1B 3UDKA 1XL5A 1FQ4A 3WZ7A 2G26A 4Y3NA 5P19A 2OHSA 2BKTA 2R8NA 2JXRA 4Y45A 3UQUA 1RL8A 3R0YA 5DQ4A 1EPLE 4JECA 3KFSA 2F80A 4GMIA 5F01A 4LAPA 2JYSA 5P3NA 1MRXA 4ER4E 5OZHA 2XFKA 2JJJA 3INFA 5OZ4A 2QI5A 5ER2E 5DGUA 1FMXA 1SIPA 4GJ6A 5P3JA 4OD9B 5P02A 2QI6A 4XKXA 5HDUA 5P6OA 5P6ZA 1DAZC 2VJ7A 5P46A 2HS1A 5P33A 1OEXA 2B42A 4D88A 1RV7A 2HB2A 5P58A 4EPJA 3BGBA 2Q3KA 2OF0A 1EBYA 5OZCA 5P77A 1EPQE 2I4DA 6UPJA 4R5NA 4H3FA 4Y50A 4D85A 1SDTA 4HDBA 1PPME 3RSXA 4B05A 4Z50A 1PFZA 1D4JA 1PSNA 4CPQA 1GVXA 2QNPA 1SDUA 4TRWA 2QHCA 3FV3A 3APRE 4QLHA 3PJ6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P0KA

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