5P0LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 68
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0lA01
3HAUA 2ZJLA 1MESA 4J0PA 5P6MA 3IXOA 1B5FB 3T3CA 1J71A 5OZ8A 3L5DA 4CKUA 3OUCA 5OZWA 1NPVA 5P2IA 3NU4A 2B60A 2BPYA 5P6CA 3SA8A 3RTHA 5P4WA 3OXXA 2I4QA 5P8UA 1YM2A 2R38A 1AXAA 5P45A 1FIVA 2RENA 3UDPA 5IS4A 1XDHA 5OZ7A 3EM6A 1EBZA 5P4OA 5P4ZA 3D1XA 5P75A 5P71A 1B11A 5P15A 1UH8A 1AVFA 1B6KA 2FIVA 3PM4A 4Y5PA 4NJTA 3S43B 3EKPA 4FE6A 1TSQA 1YT9A 1WBKA 5F01A 4EQ0A 1D4YA 2NR6A 1NPWA 5JG1A 4Y4WA 2APRA 1FG6C 5P13A 2VNNA 5P4PA 5P83A 1MT9A 1B6MA 5P2CA 2CEJA 3O99A 2G1RA 5P3PA 3HZCA 5P5TA 4FCOA 4RVXA 2AOIA 5IE1A 1OEXA 4F75A 3I6OA 3ZKXA 2NXDA 5P12A 4NKKA 3PHVA 1D4JA 3LIYA 2PC0A 4J5JA 2Q11A 4I0JA 1DPJA 5OZUA 1LYAA 4I10A 1EPQE 4Y3NA 5P7XA 4R92A 2PK6A 1K2BA 4JOOA 5P6OA 5P8SA 3UF3A 4OBZB 5P3CA 4XKXA 1IVQA 3I25A 2G94A 2Q55A 4DPFA 5DQ5A 4B72A 4KB9A 2OHMA 3OWNA 3O9AA 3D20A 4Y4JA 3DV1A 3TPRA 4LBTA 4NJVA 3VFBA 1EBWA 3QIHA 5P7PA 2G1NA 5P74A 4GJ5A 5P4FA 5P38A 5P4SA 1EC2A 5COOA 2MIPA 2NMYA 5P7UA 3UQRA 3PMUA 2ZDZA 2G20A 5COKA 1PSOE 5P73A 5P7IA 1W51A 3WZ6A 1OEWA 9HVPA 1SMRA 5BRYA 5P6UA 4Y48A 1HEFE 2R5QA 3M9FA 5OZZA 1YTGA 3A2OA 4RCDA 3TLHA 1DMPA 1KZKA 4AA8A 5P58A 3GW5A 3OAGB 2PYMA 1BAIA 1FEJC 5HE4A 5P7DA 3UTLA 1K6CA 5P3UA 5HDVA 3Q6YA 1ZPKA 2Q64A 5P5KA 5OZ5A 3UDKA 2IKUA 3SABA 4FIVA 3EL9A 2V13A 5OZMA 4MC9A 3R0WA 3TPJA 5P4KA 2QD7A 2P83A 1HTRB 1SP5A 3EKQA 5P1IA 4Y3GA 6APRE 4B1DA 5P76A 2F3FA 1EPME 1BIMA 5P0OA 4HVPA 4RCFA 5P0QA 3HBOA 3L5FA 3CKRA 1TSUA 5P0IA 4R8YA 2AVOA 5ISJA 5HVPA 1SDTA 4DJUA 3SA7A 3HW1A 1FQ8A 3KFRA 1HEGE 4Y56A 2B8VA 1T3RA 5AHCA 3SFCA 3ER5E 3G70A 5P64A 5P6YA 4Y47A 5P8OA 1XN2A 2QMFA 3LIVA 4OC6B 5P5SA 3L5EA 3NDUA 1G0VA 4GYEA 6UPJA 2WEAA 2QAKA 2HS1A 5P55A 1PPLE 3CICA 3BGCA 4DQBA 3DUYA 4KUPA 2P8HA 5P69A 1OD1A 3EKTA 3DM6A 1FGCC 4GJ7A 2VJ7A 4S1GA 4EJDA 3S85A 3ZLQA 2XFKA 2HS2A 3O9LB 3O9CA 2WEZA 4Y3HA 4L7JA 5P8GA 1A94A 2HPFA 4DJQA 1EPLE 3OU3A 5P1TA 5BS4A 1EEDP 4FRJA 5P2JA 2O4PA 5P4JA 3BVBA 4EP2A 4APEA 4ZPEA 1FFFC 2J9KA 4J1CA 4YCYA 3PCZA 2FXEA 2ZHUA 5P7NA 2F3EA 5P0PA 1D4HA 1BWBA 4B00A 5P5YA 1DW6C 1QBUA 3DJKA 5I3YA 5OZJA 5P05A 3D91A 4R93A 4OBFA 4U7VA 2J9JB 2WJOA 1N49A 2F8GA 1XE6A 2FDPA 5P8VA 1GNNA 1KJ4A 4AMTA 4OBKA 4DQCA 2ZJIA 1OHRA 3KDBA 3NWQA 5J25A 1HVCA 1QS8A 5P4MA 5P3VA 4DI2A 5P1ZA 5P3FA 5P50A 3INFA 5P0GA 4HE9A 4GJ8A 4QJ7A 1UH9A 2PMAA 1QBSA 3CYXA 4PZXA 4FM6A 3LPKA 2BBBA 3G6ZA 4TRYA 1W6HA 3LPJA 3HLOA 3NU3A 3PLLA 4DJXA 4ZE6A 1SGZA 5P2EA 2NTRA 3IGBA 3PLDA 5P2YA 4YD6A 2FGVA 1MTBA 4X7IA 5P2TA 3VEUA 5P5VA 2I4UA 5JODA 3OU4A 5P85A 2PSVA 3GGVA 1WBMA 5P5XA 3DK1A 4YDFA 5P43A 1HVKA 5P5AA 4L1AB 4EJLA 2RKFA 5P0HA 5T4SA 2QI6A 4GJCA 2RMPA 4BELA 5P53A 4XXSA 4OD9B 5P2MA 5P0NA 3Q70A 2CEMA 3APPA 4XX4A 3LZUA 4B1CA 2WF4A 4B78A 1CZIE 5P1MA 3UQUA 3UDYA 5P3XA 1T6GA 1BVGA 3H0BA 5P62A 4D83A 4JPEA 4GIDA 5DR3A 4GJ6A 1BDLA 5P4QA 2QZXA 3KN0A 3UPJA 5P0EA 5P5ZA 4CPXA 2VJ9A 4J1FA 1HIIA 5P2LA 1A30A 5KQXA 2JXRA 1K6TA 2QZLA 3TNEA 4Q1NA 5P86A 1SH9A 3PB5A 5P4AA 5P6FA 3ZKIA 5P4CA 3HD8A 4Y44A 3S45A 3O9FA 5P3JA 3ECGA 2SAMA 2ZHRA 3T11A 4J1EA 3NR6A 5P7ZA 1C6XA 1EBKC 2IRZA 5E5KA 1LYWA 3JVWA 1BVEA 4Y3JA 4B05A 5P8EA 1M0BA 5ENMA 4Y5NA 5P1SA 5DPZA 3PVKA 3URLA 5OZLA 3NU6A 2VNMA 3VYDA 3L3AA 5P46A 5P79A 1HRNA 5P7KA 1ENTE 5P39A 2P3BB 1XL5A 1M43A 2AOJA 3PEPA 3TL9A 1IZHA 3SQFA 4K4RA 1K1UA 3U71A 4Y5CA 3NDXA 1G2KA 4Z22A 1AJVA 2V0ZC 3UHLA 1DP5A 1APTE 2RKGA 4QJ2A 5ISKA 2NNKA 5P65A 4BFBA 2B42A 1APVE 4DQFA 5OZ6A 2P3CA 4QJ6A 2ZHSA 1DIFA 4Y5KA 1A8GA 5P3AA 5P7AA 3RSXA 3ZOVA 1MRWA 2QHCA 3T7XA 5P56A 5ER1E 4TVGA 2IENA 5COPA 5P6PA 4ZIPA 2I4WA 4Y3MA 5CONA 5P0YA 1YTHA 5E5JA 3QI1A 3O9EA 5P1AA 3PWWA 3QN8A 5P60A 3PWMA 3R1GB 2WECA 4H3JA 1F7AA 4I0EA 4DVFA 2HPEA 3SKFA 5P36A 3ZKMA 4R91A 1FB7A 2R8NA 4J1KA 4Z2ZA 5P2UA 2BJUA 3EL4A 5OYYA 1EPPE 2CENA 4H1EA 5P2AA 3OUDB 1EC3A 2OHRA 4DPIA 5P11A 1EC1A 2FGUA 3IA9A 3K1WA 1WKRA 5SXNA 1GKTA 4MC6A 5P1KA 4NPTA 4CPSA 3FKTA 2F80A 4CPUA 1LYBB 4Y3YA 5P8PA 3FV3A 5OYRA 2JJJA 2PYNA 4FAEA 3VCMA 4FLGA 3MWSA 5OZCA 5UPJA 1FG8C 5P72A 5P17A 3ZMGA 1ZSFA 1C6ZA 3NWXA 1HVRA 5P3QA 2BQVA 2FNSA 1RNEA 3R4BA 5P2BA 4YA8A 2UXZA 5P6EA 4J55A 5P3KA 3SA5A 1T6EX 3QAAA 4CPTA 4Y4UA 4F74A 4YD7A 4Q1WA 3FX5A 2ASIA 2AZCA 1UH7A 5PEPA 5P01A 4Y5AA 5P42A 4RROA 4J54A 3O9HA 5OZ3A 5P3EA 2G27A 3OUAA 3O9IA 5P59A 5IVSA 1SGUA 5P2HA 3VSWA 2QNNA 3VF7A 4JP9A 3OADA 3PI5A 3FIVA 5AHBA 4RGHA 3S7LA 2QU3A 3UDMA 3GI5A 4LAPA 3UDRA 4Y41A 4Y5LA 1GNMA 3S8IA 4FM8A 4Z50A 5OZOA 3NU9A 2V12C 5P1XA 3OQAA 1HVIA 2IEOA 1XS7D 5P2DA 2QCIA 3LIQA 4QJ8A 4JECA 1F34A 4Y50A 5P80A 2I0AA 4Y3ZA 4YHQA 5P4DA 3EM4A 4PPHA 1ER8E 1EAGA 2VS2A 3GI6A 2AZ9A 4EJKA 2ZJKA 3RVIA 2IKOA 4Y58A 2VJ6A 4Y4EA 1W5WA 4Y3WA 4ZSQA 5DQCA 4OBJA 3LNKA 1ME6A 5P2VA 5P5IA 4HDFA 1BWAA 1A9MA 2IGXA 5P8IA 5P4VA 1FMXA 1LZQA 4OC6A 5DQ1A 5P1JA 4ACUA 5P8KA 5P0VA 4DH6A 3TH9A 3IAWA 5IVRA 4DJYA 2O4LA 1IBQA 3VF5A 4DJOA 4DJPA 2IDWA 5P2ZA 2ER6E 2V16C 5P1QA 3MSLA 5P5OA 3BUGA 4KE0A 4J0VA 3OXVA 4PYVA 2P3AA 1EPRE 1DAZC 2QNPA 4Y9WA 3UQXA 3CKTA 5OZEA 3CIBA 4R95A 5OZHA 5P34A 5OZTA 1AJXA 3KYRA 4PZWA 1TCWA 3IXJA 5OYXA 4BFDA 5B18A 1G6LA 5P1UA 5P4HA 5P5NA 2BPXA 3JVYA 5KR8A 1ZTZA 3QRMA 4Y3RA 4K9HA 3S2OA 1MTRA 5P2XA 3BRAA 5P1GA 2R9BA 3JW2A 4J0YA 1KJHA 4Y36A 4DFGA 2V00A 5P4TA 2ANLA 3IXKA 1YM4A 4NJUA 2OAHA 4EJ8A 1EPNE 2UY0A 3NU5A 5P5GA 4J1IA 4Y45A 5P2SA 5OYUA 1HWRA 4DQEA 4D85A 5OZKA 5DR7A 4Y53A 5F00A 5P1CA 3R0YA 4EP3A 1HPSA 1ODWA 4YD4A 3OY4A 4JPCA 5P0XA 5P3TA 5P57A 2IQGA 5HU0A 2AZBA 3S56A 3UDNA 3WSJA 2PQZA 5P7BA 3EKXA 1B6LA 2QI1A 2AOFA 5P4BA 3O9DA 3KA2A 5P31A 2F3KA 2P4JA 2WHHA 3OGQA 4MC2A 5P08A 1RL8A 2R43A 4Y5EA 5HU1A 5KAOA 5P3NA 5P66A 3L58A 5P22A 4ZPFA 4Y43A 1FQ5A 2B8LA 3G72A 3VLAA 3T7QA 3KM4A 4OBGA 3EC0A 1U8GA 4A4QA 1ZP8A 5P33A 5P6RA 2WF2A 2Q5KA 2V11C 3D1YA 4L1AA 1BXOA 3KF0A 5P6AA 1QDMA 2AVSA 4K4QA 4L7HA 4TVHA 1TQFA 4RYGA 3PRSA 3TPPA 3PSUA 4I0ZA 3SAAA 3D1ZA 4ER2E 2PSGA 5P70A 1ZAPA 4YE3A 4DQGA 1FQ7A 1FKNA 2OHPA 3RU1A 4Y3SA 1MPPA 2QHZA 1MT8A 1BV7A 1SDVA 5P8CA 1EBYA 2HB4A 2O4NA 4Q1YA 1YTIA 5P5QA 4LXAA 1QRPE 4AUCA 4YD3A 2WKZA 4H3GA 3GGXA 4HZTA 1ODXA 2BB9A 5OZRA 4Y5MA 2VA7A 2QD8A 4RYCA 3F9QA 1RQ9A 3OHHA 4ZSPA 5P3HA 3S7MA 3UQWA 5AH6A 5P7QA 3PBDA 3QVCA 1YX9A 2R5PA 4Y5GA 3N3IA 5P7RA 2R3WA 2I4XA 3O9BA 1IDBA 3QRVA 5P7HA 4Y5BA 4QLHA 6FIVA 5OYZA 1SIPA 1GNOA 5P09A 5P82A 2G22A 3IVIA 2G1OA 1GVUA 2XFIA 5I3VA 1B6JA 3UDQA 4DJVA 5OZGA 5OYSA 1MEUA 4HLAA 2PH8A 3ZPTA 5DGUA 1Z1HA 3CYWA 4M8XA 3BGBA 3SLZA 3SO9A 1RPIA 3B80A 2G1YA 4ACXA 2HM1A 2R3TA 3Q4BA 3EKWA 2JE4A 4AA9A 4ZLSA 5SY3A 5P8BA 5P3DA 1QBRA 1EPOE 3S54A 1IZDA 1HHPA 2ZGAA 5P6XA 1TZSA 2AOGA 2JYSA 3SA4A 5P3YA 1HIVA 1W5XA 4Y3LA 5OZSA 4FAFA 3B7VA 1K6PA 2F81A 1FFIC 1PROA 1E5OE 2ZJMA 3DCKA 3VLBA 4ZSRA 5P8TA 4DJRA 5ENKA 1E82E 4LC7A 5P5UA 5OZBA 2IL2A 5OYQA 5EZXA 1HPOA 2VIYA 2NMZA 5P41A 4PHVA 4A6BA 3QRSA 4B1EA 5P0AA 5P81A 1Z1RA 1ZBGA 3OUDA 2EWYA 2VIEA 1MUIA 3SA3A 4Y4TA 4CPWA 4RCEA 2OHTA 5P5DA 5P6JA 7UPJA 1B5FA 5I3WA 4B77A 4J0TA 5P6DA 5P7TA 5OZ9A 3T7PA 2NXLA 5P00A 4B70A 5P88A 4RZ1A 1LEEA 5P32A 5P54A 2Q3KA 3I8WA 5OZ4A 5P0SA 2Q15A 4M8YA 1D4KA 1D4IA 5DR1A 3KMXA 4IVSA 3MSJA 3EL1A 3LZYA 2ER7E 4EHCA 4Y4DA 5EZZA 3MSKA 5P7FA 3L5BA 4Y39A 4AZYA 5P10A 4WY6A 3ZKNA 5P1PA 4FSEA 5P7VA 3OU1B 3DOXA 2QMGA 3S43A 5P7GA 3TTPA 3D3TA 1IVPA 4DJWA 1A8KA 5P24A 4EQJA 5IVTA 3K5DA 3OU4B 4KE1A 3GGAA 3BHEA 2HAHA 3OQDA 3U7SA 5AGZA 5P5JA 5SY2A 2H6SA 3HDKA 3K4VA 3K5CA 5C9BA 5KR1A 1ZPAA 5P0DA 3URJA 3HVPA 4RRSA 5P04A 5P06A 1HSIA 3KDCA 3SM2A 5OZ0A 1META 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HAU A;  2ZJL A;  1MES A;  4J0P A;  5P6M A;  3IXO A;  1B5F B;  3T3C A;  1J71 A;  5OZ8 A;  3L5D A;  4CKU A;  3OUC A;  5OZW A;  1NPV A;  5P2I A;  3NU4 A;  2B60 A;  2BPY A;  5P6C A;  3SA8 A;  3RTH A;  5P4W A;  3OXX A;  2I4Q A;  5P8U A;  1YM2 A;  2R38 A;  1AXA A;  5P45 A;  1FIV A;  2REN A;  3UDP A;  5IS4 A;  1XDH A;  5OZ7 A;  3EM6 A;  1EBZ A;  5P4O A;  5P4Z A;  3D1X A;  5P75 A;  5P71 A;  1B11 A;  5P15 A;  1UH8 A;  1AVF A;  1B6K A;  2FIV A;  3PM4 A;  4Y5P A;  4NJT A;  3S43 B;  3EKP A;  4FE6 A;  1TSQ A;  1YT9 A;  1WBK A;  5F01 A;  4EQ0 A;  1D4Y A;  2NR6 A;  1NPW A;  5JG1 A;  4Y4W A;  2APR A;  1FG6 C;  5P13 A;  2VNN A;  5P4P A;  5P83 A;  1MT9 A;  1B6M A;  5P2C A;  2CEJ A;  3O99 A;  2G1R A;  5P3P A;  3HZC A;  5P5T A;  4FCO A;  4RVX A;  2AOI A;  5IE1 A;  1OEX A;  4F75 A;  3I6O A;  3ZKX A;  2NXD A;  5P12 A;  4NKK A;  3PHV A;  1D4J A;  3LIY A;  2PC0 A;  4J5J A;  2Q11 A;  4I0J A;  1DPJ A;  5OZU A;  1LYA A;  4I10 A;  1EPQ E;  4Y3N A;  5P7X A;  4R92 A;  2PK6 A;  1K2B A;  4JOO A;  5P6O A;  5P8S A;  3UF3 A;  4OBZ B;  5P3C A;  4XKX A;  1IVQ A;  3I25 A;  2G94 A;  2Q55 A;  4DPF A;  5DQ5 A;  4B72 A;  4KB9 A;  2OHM A;  3OWN A;  3O9A A;  3D20 A;  4Y4J A;  3DV1 A;  3TPR A;  4LBT A;  4NJV A;  3VFB A;  1EBW A;  3QIH A;  5P7P A;  2G1N A;  5P74 A;  4GJ5 A;  5P4F A;  5P38 A;  5P4S A;  1EC2 A;  5COO A;  2MIP A;  2NMY A;  5P7U A;  3UQR A;  3PMU A;  2ZDZ A;  2G20 A;  5COK A;  1PSO E;  5P73 A;  5P7I A;  1W51 A;  3WZ6 A;  1OEW A;  9HVP A;  1SMR A;  5BRY A;  5P6U A;  4Y48 A;  1HEF E;  2R5Q A;  3M9F A;  5OZZ A;  1YTG A;  3A2O A;  4RCD A;  3TLH A;  1DMP A;  1KZK A;  4AA8 A;  5P58 A;  3GW5 A;  3OAG B;  2PYM A;  1BAI A;  1FEJ C;  5HE4 A;  5P7D A;  3UTL A;  1K6C A;  5P3U A;  5HDV A;  3Q6Y A;  1ZPK A;  2Q64 A;  5P5K A;  5OZ5 A;  3UDK A;  2IKU A;  3SAB A;  4FIV A;  3EL9 A;  2V13 A;  5OZM A;  4MC9 A;  3R0W A;  3TPJ A;  5P4K A;  2QD7 A;  2P83 A;  1HTR B;  1SP5 A;  3EKQ A;  5P1I A;  4Y3G A;  6APR E;  4B1D A;  5P76 A;  2F3F A;  1EPM E;  1BIM A;  5P0O A;  4HVP A;  4RCF A;  5P0Q A;  3HBO A;  3L5F A;  3CKR A;  1TSU A;  5P0I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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