5P0MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 69
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0mA01
5P2RA 2FS4A 2NNKA 5P3ZA 4I0DA 4NPUA 2O4NA 1PSOE 3I25A 5P8FA 2VNMA 3VV7A 4DFGA 3SKGA 4A6CA 2QZLA 2HIZA 1B6PA 1GVXA 5P6HA 3NLSA 4YD4A 3S45A 3KDDA 1HVSA 3U7SA 1BDLA 1K1TA 2OHQA 3ZMGA 3S2OA 2Q15A 4DH6A 5FIVA 5HCOA 5KQXA 1C6XA 5P1JA 3KYRA 2VIZA 3NUJA 1AIDA 5P1GA 4Y4AA 2A1EA 1XDHA 1OD1A 2ER7E 5DR4A 5DR7A 3QN8A 1T7IA 4Y3WA 5SY2A 2H6SA 4TRWA 5EZXA 4DI2A 1HXWA 3URLA 2G27A 5P2SA 1C6ZA 5OYQA 3EL9A 3N3IA 3HAUA 3KT2A 4Y3HA 2IGXA 3LIQA 3SM2A 5P24A 5P59A 3UQUA 2AOFA 2QD7A 1QS8A 5P28A 1HIIA 4RVIA 5I3VA 5P4TA 4CPWA 4B1DA 1HWRA 4DUSA 3O9IA 4Y51A 5P8VA 4PEPA 3VUCA 4GB2A 4FRSA 4J1EA 5P37A 2HB3A 1HEFE 1LYAA 5P6EA 5P6MA 1WBKA 5KOQA 3UFLA 3KM4A 1SMEA 5P0YA 2BPZA 2WKZA 1SGUA 5P4SA 5P3OA 4Y3RA 1FLHA 4EQJA 1HVJA 3IXJA 4FGXA 5ER2E 1MIQA 2JE4A 4J0VA 1RNEA 1PSAA 3EL4A 2ASIA 1F34A 1GVWA 1M4HA 1HVRA 2O4LA 3FNSA 3QS1A 3PI0A 5P6BA 5P47A 5P5QA 4YCYA 3LPIA 4Y4ZA 2ZJMA 4Y4WA 5P14A 5P6XA 3N4LA 1GNMA 4YE3A 3NWQA 1UPJA 2VS2A 5JFPA 1LYAB 4Q1NA 2ZJLA 5T4SA 3UDMA 2UPJA 3EL1A 3INHA 5P17A 5P85A 4FM6A 3OU4A 1QBTA 5AHBA 5P7BA 5OZNA 1FQ5A 4Y3TA 3Q6YA 2WF4A 3FNUA 5P7NA 1W6HA 4Y47A 2I4VA 3TOHA 5P86A 2OHPA 4F75A 3EXOA 1BWBA 5J25A 4Y3AA 3LIXA 1YTJA 5P7HA 3DCRA 5OZ7A 5P6CA 1FGCC 1A94A 2QAKA 4XXSA 2Q3KA 1HSGA 1LEEA 2ZHVA 3KDCA 3T7PA 3LZYA 1AJVA 2IS0A 3CMSA 5APRE 1XN3A 3OQFA 5P7IA 5P62A 2AIDA 3BRAA 1EC1A 1ODYA 5P4AA 4Q5MA 4DQFA 3PWWA 2ZHRA 4Y44A 5P6IA 4J1IA 4EJKA 4Y5BA 4Y4DA 5P7SA 1E80E 5P54A 3TOGA 3OUDA 3TPJA 3VYEA 2VKMA 1YTHA 4LP9A 3TKGA 2OHRA 3HW1A 4M8XA 5P3PA 3L5DA 3D1XA 1T7KA 2PH6A 3EKTA 5P4QA 1ER8E 5HU0A 5OZYA 4J54A 5P44A 5IVTA 2PSVA 8HVPA 2VA6A 2V00A 1T7JA 5HVPA 2OHMA 1LYBA 1HIHA 5JODA 5P20A 3PWRA 4LL3A 2B42A 3GI5A 2QI4A 4RGHA 5P3GA 4Y3PA 3UDPA 4GJBA 2Q11A 1BDRA 3OUDB 4Y5GA 3S85A 5EZZA 3NR6A 4Z2ZA 1E81E 4APEA 3NDUA 2AVSA 1FIVA 2PMAA 5P39A 5HDVA 1EAGA 1EPOE 1EPLE 5P68A 4ER1E 4YCKA 3T7QA 2FMBA 1SDVA 4FL8A 1MERA 1D4IA 3OUBA 5P84A 4ZEAA 4Y5NA 5AHCA 1A8KA 2QCIA 3KFRA 5CLMA 3NXNA 1LYBB 4Q1XA 1LF2A 2MIPA 2NXLA 2NTRA 4FRKA 5OZKA 1FQ7A 2Q54A 2QZWA 4KUPA 5P8TA 4H1EA 1YM4A 2WF3A 5P5ZA 5I3WA 5P8NA 1HPSA 2AQUA 3IVHA 4A6BA 3AIDA 2R3TA 3DJKA 5P8SA 5P56A 2IQGA 4EP2A 1KZKA 4RCFA 5P32A 4AZYA 3RTMA 2P8HA 1TCWA 2BB9A 3L5EA 5P2OA 2PSGA 5BS4A 5P6ZA 5P7QA 1ZSFA 5P0QA 3HBOA 4GJ6A 4FSEA 3I7EA 5P88A 3OY4A 2BKSA 1EPPE 5JFUA 4PYVA 2B8VA 2R5PA 5P1MA 3VV8A 2QMDA 5DR3A 5P35A 5P72A 5P8JA 4U8WA 2NXMA 5P78A 4D8CA 5P1IA 4FAFA 3LIYA 1A30A 3OOTA 4QJAA 2PQZA 1KJHA 3K4VC 3UCBA 5OZ9A 3SLZA 5P25A 3UF3A 2P3AA 1APVE 2ANLA 2AZCA 5P3HA 5UPJA 5P3IA 4CP7A 4I0EA 4J0YA 5HD0A 5P4GA 5P3YA 5P0KA 5C9FA 1PROA 3HZCA 3HVPA 5KR0A 2G26A 1SDUA 5OZDA 3Q70A 4EXHA 3NXEA 1XE5A 2H6TA 3M9FA 1AM5A 2V16C 1APWE 3G6ZA 3IAWA 3FIVA 5OZJA 4L1AA 1GNNA 1D4JA 1TZSA 2NNPA 2XYFA 1UH7A 3EBZA 3SACA 2QI5A 4J0TA 3EM3A 3BUGA 2AODA 4D89A 5P3JA 1BXOA 2AVQA 5P15A 1SGZA 3OXXA 3VF7A 1W50A 3WZ8A 5P5IA 5P7WA 5P82A 3OUAA 3BUFA 3OTSA 5P57A 5OZIA 4S1GA 3GGVA 5P3EA 3S54A 5P0GA 4LXMA 1SH9A 3NU9A 2BPWA 3D3TA 3WZ6A 2QP8A 3VFAA 3SKFA 1VIKA 2F3FA 1D4LA 4Y3JA 1IVPA 4CPUA 1ODXA 4NPTA 3JVWA 3BC4A 5P4DA 5P8LA 3RSVA 4ZSRA 3VSWA 2CEMA 1MUIA 1FMUA 4Y9WA 3FX5A 2QI7A 3NDTA 5P0PA 4K4QA 2HS1A 2ZJKA 5P29A 3ZPTA 4Y6MA 3WB5A 4A4QA 3L38A 3OAGA 1ZAPA 4OBDA 3PSUA 4RVXA 5OZEA 1U8GA 5F01A 4U7QA 3UQXA 2P4JA 1MTRA 5P1DA 5P66A 4Y54A 2XFJA 4HDFA 2HPFA 1MT8A 3Q4BA 3GGUA 1T6EX 1EC0A 3S8IA 2G1OA 5P3MA 5P3LA 4EQ0A 5P7CA 5P6GA 1UH9A 4FRJA 3DV1A 5P6UA 5HE7A 2QNNA 5DPZA 3B7VA 1CZIE 5P7KA 2I0DA 4X7IA 5P7EA 5P1TA 3ZKNA 5OZ4A 3K5CA 3TTPA 1EC3A 3OHFA 1K6CA 2NMZA 5P22A 3ER5E 3APPA 3NU6A 1B6MA 1FQ4A 1MSNA 4GYEA 1YTGA 2PYMA 5P4UA 3QBHA 5P8RA 5P1RA 5P1QA 4Y45A 2G69A 3SFCA 1B6JA 4ZIPA 5P7PA 5P3TA 1CMSA 1VIJA 2WEZA 3EKYA 3HDKA 1BAIA 5OYXA 3ZOVA 3SM1A 3BGCA 5P5WA 2O4KA 5P1UA 4JP9A 4PZXA 5P6JA 2RKGA 4FCOA 2OHTA 1KJGA 3EL0A 2NMYA 3EKVA 5SZ9A 4YBFA 3L5CA 3JVYA 5P0CA 1C70A 3BXSA 3OQ7A 2J9KA 2R9BA 5P3NA 1MRWA 4Y4UA 5I70A 3I2LA 2AOHA 2EWYA 5OZUA 5P5FA 5IS4A 4WTUA 2O40A 5P3KA 1MSMA 2Q63A 4Y4GA 5P61A 5P71A 2IL2A 2FDEA 4HE9A 3S43A 1DPJA 4ACXA 3INFA 1W5VA 3WZ7A 5OZ2A 5P38A 3SA7A 1HRNA 3RSXA 1Z8CA 5P1YA 5P5DA 1EPRE 5P3BA 3NU5A 4L7HA 5P8IA 6APRE 2G1NA 5P4CA 5HDZA 3PLDA 2IGYA 3CKRA 5P6VA 3S53A 5OZ1A 3UDJA 5P65A 4QJ8A 1XS7D 3T11A 1C6YA 1HVHA 3BVBA 2VIEA 2ER9E 3EKXA 3I6OA 4CPTA 5DR8A 4H3GA 4Y3NA 1NSOA 1BDQA 4NJSA 3EKWA 4DJUA 5BWYA 3PB5A 2HB2A 4RRSA 3EMYA 5P7RA 2SAMA 3SPKA 3APRE 1XN2A 5OYSA 3HAWA 5P0UA 1M0BA 5P3XA 3KFSA 1K2CA 1BVGA 5P2BA 4Y41A 4RRNA 3L5FA 4FRIA 4RROA 4FSLA 3D20A 5P0RA 5P87A 3MXDA 3KDBA 5P1HA 4YDFA 5P0XA 5P0AA 3B80A 2I4WA 2V11C 5OZVA 1MT7A 5COKA 5P1SA 2CEJA 3EKQA 5P34A 5P8AA 3UDQA 5KR1A 1QDMA 4LHHA 5P1VA 3R2FA 5P4PA 1PFZA 2JYSA 5OYTA 3OQAA 4Q1YA 5OZXA 3OOZA 5P5LA 5P1FA 1EPNE 5DQ4A 1EPME 5ENMA 2ZJHA 1CPIA 1NPVA 2G21A 4RVJA 4YBIA 5P7OA 1D4SA 5P0SA 3QAAA 1FMBA 5P5NA 3ZKQA 5P2NA 1YX9A 5HTZA 5P5BA 3KF0A 3HVGA 5P8CA 4DQCA 3PSYA 1W51A 4RZ1A 5P6SA 4DQEA 2WF2A 4ZE6A 3ZKIA 5P6TA 5P0LA 1JLDA 2P83A 3TKWA 1HEGE 4RCDA 4DJYA 4R95A 1HSHA 4LXAA 4EJDA 4YCTA 4FM8A 3QP0A 2OHNA 5P27A 6FIVA 5P1KA 3PEPA 3OUCA 4YA8A 1ZJ7A 5P3UA 5P8EA 2VJ9A 1FG6C 4GMIA 5P0EA 4E43A 5P23A 2QU2A 5P5AA 3VLBA 5P79A 5IVQA 1HVLA 2B8LA 5P6YA 2WL0A 3CIBA 3K4VA 1YTIA 4NKKA 4R5NA 2G94A 3OGQA 2AOGA 4I0HA 4EXGA 3KMYA 5AH8A 3OHHA 5P1EA 3PSGA 3T3CA 4CPXA 1HIVA 4Y5AA 3CYWA 5P83A 5P7DA 4FM7A 3NDWA 1B6KA 3INDA 5HDUA 3U6AA 4QLHA 3PBZA 5COPA 3FKTA 2VJ6A 1IVQA 3KFPA 1LF3A 2JJJA 5P3QA 3HLOA 2IENA 2G1RA 5P67A 3OTYA 3OU4B 3VG1A 3U71A 1LV1A 4OD9A 3UDHA 1E82E 3IXKA 4H3IA 5AHAA 5OZSA 1BBSA 4Z50A 3MSLA 1Z1HA 4EWOA 4Y5KA 2AOEA 1HPVA 3Q5HA 2RMPA 3ZKMA 3NU4A 4COEA 5P0JA 4R8YA 3VFBA 2PWCA 3UTLA 4Y3FA 4ZPEA 5E5KA 2R43A 4IVTA 5P89A 5OZFA 5P1NA 2UY0A 3KMXA 5P4EA 3O9DA 3OXWA 4YD6A 4GJCA 4OD9B 1SDTA 3ZKGA 1IIQA 3LZVA 1EBWA 5P4KA 2VNNA 4NJTA 1MRXA 5P8UA 5P73A 4YD7A 3L58A 5OZTA 3VV6A 3VCMA 5P7TA 5P5GA 2V10C 5OYVA 5DGWA 2G24A 2PC0A 1KJFA 3T6IA 4MC9A 5ENKA 1IZDA 3OADA 3OGPA 4MC2A 1PSNA 3DCKA 1MVPA 1ZPAA 1DAZC 1KJ4A 5P6KA 4L7GA 4AA8A 5P2YA 2BJUA 2QZKA 2ER6E 5P4FA 4BFDA 5KR2A 4DVFA 5DQ1A 5HE4A 2CENA 3GGAA 5P0ZA 5P1WA 1HPOA 2V0ZC 5P4XA 3DM6A 5P2JA 3Q3TA 5P6DA 2G22A 3BVAA 5P41A 4L7JA 4I0IA 4DJOA 1TW7A 5OZ6A 5OZCA 3NUOA 1HOSA 3EM4A 5ER1E 3OADB 3O9GA 1W5WA 5P7YA 5P49A 4M8YA 2I1AA 2V13A 1OEWA 5P26A 1APTE 2I4XA 5KOSA 4QJ6A 5P6FA 4APRE 5P5VA 5KQFA 1DW6C 4ZPGA 5OYWA 4I0JA 5P3AA 4YD5A 4KE0A 4B70A 1FMXA 4Y3ZA 4Y3XA 1G0VA 3TLHA 3QI1A 2RENA 1AZ5A 4NJVA 4B05A 4IVSA 4X2LA 4PPHA 1HTGA 3TNEA 5P2IA 5IE1A 4QJ2A 3G72A 5DQ5A 3ZL7A 1T6GA 5OYZA 1HBVA 1RQ9A 5HCTA 3KN0A 4B77A 3TL9A 5P2ZA 4Y58A 2OHUA 2QMPA 3L5BA 3ZPSA 1TQFA 3SA4A 2ZHSA 3H0BA 1AJXA 4OBFA 1QBRA 5KQZA 3DOXA 4OBKA 5P2DA 5P2HA 2F8GA 3G70A 5HE5A 4UPJA 4DV9A 4J0PA 5IVSA 3LPKA 3MSKA 2P3BA 5P55A 4I11A 5P3RA 3CYXA 1XL5A 4H3FA 5P76A 1APUE 5P40A 3KT5A 1Z1RA 5HU1A 2PYNA 5P2UA 5P5JA 1FQ8A 4AUCA 2FLEA 3SAAA 2QU3A 4HA5A 1K6VA 4DPFA 4Y3GA 3OXCA 4Y3EA 1ZP8A 2AOJA 1TSQA 1FQXA 3R1GB 2QI6A 5P4HA 5OYUA 4YDGA 2FDPA 4K9HA 1YT9A 4B1CA 1IDBA 3SQFA 5IVRA 5P6RA 4I12A 4B0QA 1HTRB 5P01A 4AMTA 4DJVA 3GGXA 5P5KA 4Y39A 4Y4BA 4L1AB 3EM6A 1TCXA 5P4WA 2HAHA 5P0TA 1XE6A 4Y48A 4LC7A 5E5JA 1T3RA 2P3DA 4H3JA 2BBBA 1LYWA 1Q9PA 4JECA 5TOLA 4Q1WA 2AZBA 4GJDA 5P1AA 3VYFA 4Y5CA 2VA7A 2F3EA 5P7GA 3OK9A 1FFFC 2JXRA 4J5JA 5P70A 2IKOA 5COOA 1ME6A 3OQKA 4RCEA 3LZUA 5KQYA 2ZE1A 3QRSA 4Y3MA 5P36A 5P8PA 5P4MA 5P7VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2R A;  2FS4 A;  2NNK A;  5P3Z A;  4I0D A;  4NPU A;  2O4N A;  1PSO E;  3I25 A;  5P8F A;  2VNM A;  3VV7 A;  4DFG A;  3SKG A;  4A6C A;  2QZL A;  2HIZ A;  1B6P A;  1GVX A;  5P6H A;  3NLS A;  4YD4 A;  3S45 A;  3KDD A;  1HVS A;  3U7S A;  1BDL A;  1K1T A;  2OHQ A;  3ZMG A;  3S2O A;  2Q15 A;  4DH6 A;  5FIV A;  5HCO A;  5KQX A;  1C6X A;  5P1J A;  3KYR A;  2VIZ A;  3NUJ A;  1AID A;  5P1G A;  4Y4A A;  2A1E A;  1XDH A;  1OD1 A;  2ER7 E;  5DR4 A;  5DR7 A;  3QN8 A;  1T7I A;  4Y3W A;  5SY2 A;  2H6S A;  4TRW A;  5EZX A;  4DI2 A;  1HXW A;  3URL A;  2G27 A;  5P2S A;  1C6Z A;  5OYQ A;  3EL9 A;  3N3I A;  3HAU A;  3KT2 A;  4Y3H A;  2IGX A;  3LIQ A;  3SM2 A;  5P24 A;  5P59 A;  3UQU A;  2AOF A;  2QD7 A;  1QS8 A;  5P28 A;  1HII A;  4RVI A;  5I3V A;  5P4T A;  4CPW A;  4B1D A;  1HWR A;  4DUS A;  3O9I A;  4Y51 A;  5P8V A;  4PEP A;  3VUC A;  4GB2 A;  4FRS A;  4J1E A;  5P37 A;  2HB3 A;  1HEF E;  1LYA A;  5P6E A;  5P6M A;  1WBK A;  5KOQ A;  3UFL A;  3KM4 A;  1SME A;  5P0Y A;  2BPZ A;  2WKZ A;  1SGU A;  5P4S A;  5P3O A; 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 3APP A;  3NU6 A;  1B6M A;  1FQ4 A;  1MSN A;  4GYE A;  1YTG A;  2PYM A;  5P4U A;  3QBH A;  5P8R A;  5P1R A;  5P1Q A;  4Y45 A;  2G69 A;  3SFC A;  1B6J A;  4ZIP A;  5P7P A;  5P3T A;  1CMS A;  1VIJ A;  2WEZ A;  3EKY A;  3HDK A;  1BAI A;  5OYX A;  3ZOV A;  3SM1 A;  3BGC A;  5P5W A;  2O4K A;  5P1U A;  4JP9 A;  4PZX A;  5P6J A;  2RKG A;  4FCO A;  2OHT A;  1KJG A;  3EL0 A;  2NMY A;  3EKV A;  5SZ9 A;  4YBF A;  3L5C A;  3JVY A;  5P0C A;  1C70 A;  3BXS A;  3OQ7 A;  2J9K A;  2R9B A;  5P3N A;  1MRW A;  4Y4U A;  5I70 A;  3I2L A;  2AOH A;  2EWY A;  5OZU A;  5P5F A;  5IS4 A;  4WTU A;  2O40 A;  5P3K A;  1MSM A;  2Q63 A;  4Y4G A;  5P61 A;  5P71 A;  2IL2 A;  2FDE A;  4HE9 A;  3S43 A;  1DPJ A;  4ACX A;  3INF A;  1W5V A;  3WZ7 A;  5OZ2 A;  5P38 A;  3SA7 A;  1HRN A;  3RSX A;  1Z8C A;  5P1Y A;  5P5D A;  1EPR E;  5P3B A;  3NU5 A;  4L7H A;  5P8I A;  6APR E;  2G1N A;  5P4C A;  5HDZ A;  3PLD A;  2IGY A;  3CKR A;  5P6V A;  3S53 A;  5OZ1 A;  3UDJ A;  5P65 A;  4QJ8 A;  1XS7 D;  3T11 A;  1C6Y A;  1HVH A;  3BVB A;  2VIE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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