5P0OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 71
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0oA01
4J0PA 5P6LA 1M0BA 2QAKA 3QS1A 5DQ1A 1A8KA 3PBDA 3BVAA 3ZMGA 1HWRA 2UPJA 5P67A 5P6EA 5P46A 4IVTA 2G1RA 4GJ6A 5JFPA 5P80A 5OYQA 1LV1A 2BPWA 3OU1A 5P8IA 1LF4A 5T4SA 4DV9A 5P34A 5P0SA 1EPQE 3EL9A 3MXDA 3ZL7A 1EEDP 2PK6A 1BAIA 4K4QA 1BIMA 1YG9A 3ZPUA 5P56A 5P6RA 4I8ZA 1N49A 1BV9A 4YD7A 3LHGA 5P7NA 1HSHA 5P3MA 3QVIA 2RKGA 5P76A 5P5PA 5KAOA 4YD4A 2IDWA 2XFJA 1G6LA 2G21A 5P0IA 5P2SA 1APTE 4YCYA 4FCOA 3IVIA 2BQVA 5P03A 3DK1A 1E80E 3PRSA 2WF2A 5P3TA 4A4QA 1CMSA 4U8WA 2RMPA 5P26A 5IVTA 5AHCA 3H0BA 2CEJA 1T7IA 3QBFA 1EBKC 3ZKNA 3L59A 4KB9A 5P7SA 3O9GA 4CPRA 1HPSA 3T6IA 4DJPA 5OZOA 2OHKA 1IZHA 5SXNA 4R8YA 4LP9A 4Y54A 2ZHUA 4U7QA 5P0YA 3UDJA 3NDWA 4YE3A 3OHHA 5P2XA 3PI0A 5HDXA 1KJ7A 3DCKA 3ZOVA 5P0KA 5KR8A 2HPFA 1HVCA 4Y5AA 4EWOA 3NR6A 4DPFA 4IVSA 5P55A 2FDEA 1W5XA 5HCOA 3S53A 4Y9WA 4B70A 3SAAA 1EPLE 5P1UA 1FEJC 5ER2E 4EPJA 2BPXA 2VA7A 1IVQA 1ODXA 3S2OA 4TRYA 3INEA 1LF2A 1HVIA 1FFIC 5I3XA 5OYVA 5P14A 4U7VA 2QI7A 4F73A 5HD0A 5P88A 1PPME 3PMUA 5P4PA 1QDMA 4Z4XA 5P2VA 3VV7A 2VJ9A 4DJOA 4FRKA 3DV5A 4B72A 3BVBA 3TOGA 3H5BA 5P8NA 2F8GA 5P0TA 3TOHA 3INDA 5P7ZA 3VV8A 1HVSA 3D91A 5OZIA 3CYWA 2Q11A 2QHCA 3QIHA 3UHLA 2APRA 3UQPA 2OHLA 5P4VA 3SABA 1W5YA 1AVFA 4YOBA 5P5XA 1HBVA 5HCTA 4QJ7A 4Y47A 5P42A 3OUDB 1NSOA 3IAWA 2PYNA 5OZBA 2V10C 5P8TA 4FSEA 3VYFA 1IZDA 1FQ4A 4E43A 5P8JA 5P7JA 2AVMA 4CKUA 3HDKA 4EJDA 4NJSA 4TRWA 3NYGA 5P8OA 5P5AA 2AOGA 1UH9A 5OZ8A 3TTPA 2ZJLA 5P5HA 3LIXA 3OAGB 3MWSA 2R3TA 2R9BA 5P7DA 2HPEA 5P1EA 2R5QA 4JECA 4L1AB 4Y5EA 5P2YA 4X2LA 2AOFA 4GJ7A 3KM4A 5P1SA 4GB2A 2FGUA 4AUCA 1FG6C 5P8UA 3CKRA 3T11A 5P7UA 3ZKMA 3URIA 1GVXA 2G22A 4BELA 1APUE 4COEA 3OTSA 3OQDA 1TZSA 5P5FA 1EC3A 2OF0A 1SDVA 3Q3TA 5DR3A 1MSNA 3EKYA 1WBKA 3QAAA 1W51A 4FE6A 3LIQA 1BDLA 5P3CA 3FNUA 5P7YA 4RYCA 5P6OA 5P0NA 1XL2A 4DFGA 5OZJA 5FIVA 5P6IA 5P4RA 1YTHA 1XN3A 5P62A 4DQEA 5P4CA 3KT2A 5P8QA 5P7PA 4CPUA 4B00A 5P3XA 2Q5KA 1QBSA 4MC2A 2VA6A 4OBFA 2AVQA 4QJ9A 4Y38A 4JP9A 3WZ6A 5P4HA 2IRZA 5EZXA 5P70A 1FKNA 3BUGA 1EC2A 4TRZA 4Y4UA 2O4SA 3SFCA 3NXNA 4S1GA 4ZPFA 1HVKA 1GNOA 1RV7A 5P7QA 5BWYA 5P4NA 3OGPA 5P6XA 4J55A 3OUBA 1MRWA 2BBBA 4FLGA 2ZGAA 3URJA 3LPKA 4R93A 1QS8A 1M43A 2QCIA 1HXWA 5P7FA 2UXZA 5P1VA 5BRYA 2NXLA 1J71A 3FSMA 1META 2FDPA 2WKZA 5P3NA 2A1EA 5KQFA 5KQXA 1TSUA 5OZKA 1IBQA 4LXAA 2VIJA 5ISJA 5DR0A 2XYEA 5OYTA 4OBZB 5P84A 1OEWA 4RLDA 5P5KA 2ZJKA 2ZHTA 5AH8A 5F01A 2PSGA 4NJVA 2AZCA 2H6TA 3LPIA 4ZSRA 2I4VA 3OTYA 3OU3A 2AOHA 1IZIA 2F3FA 2HAHA 5P5EA 5P7CA 1SP5A 1D4JA 3KT5A 5DGUA 4J1KA 2ZJIA 1FQ5A 5P4JA 3NU4A 5P5GA 1PFZA 4H3JA 3O9IA 1KZKA 3UDPA 5P5QA 1IIQA 2Q63A 3CMSA 2VS2A 5P61A 2HS1A 4Y3PA 3OQAA 5B18A 3RVIA 1AIDA 3OGQA 1E82E 4I10A 5P2MA 3I7EA 4PHVA 3L3AA 5DR4A 4Q1WA 4EJLA 1FB7A 3EKQA 4B05A 4APEA 3VFAA 5OZ3A 5P6WA 4DJWA 5P8EA 1DIFA 3GGVA 4BFDA 1EPOE 2FS4A 4Y5PA 4AA9A 2O4LA 1SGZA 4I0JA 2UY0A 5P3SA 3L5BA 3VUCA 3S7LA 3LINA 3M9FA 5P4IA 3KFSA 3NUOA 2WF1A 1YTJA 2O4NA 3VG1A 3MSJA 1C6YA 1K6TA 2VNMA 3EKPA 3O9EA 2PK5A 5P2JA 1U8GA 3UTLA 5P8GA 1NPVA 4Y3JA 4RYGA 5P0FA 5P0PA 5P77A 5OZTA 4LAPA 5P6DA 4J0TA 3PWMA 3FNTA 2G1YA 2PMAA 3NWXA 3GI5A 5DQCA 1DW6C 2AZ9A 3RTHA 1FG8C 4CPSA 3SA8A 3SO9A 5P2KA 5KR2A 4X7IA 1EAGA 3HAUA 3INFA 2I4XA 1NH0A 4FSLA 4YD3A 5AHAA 1A30A 2IEOA 3MXEA 4KE1A 3L5DA 3OU4B 3O9LB 5P5ZA 5P1KA 3EXOA 4Y3LA 5P4OA 3O9CA 3AIDA 4Y37A 5OYRA 2FDDA 3KFPA 5DR8A 3Q4BA 3HVPA 4L7GA 2AZ8A 2IQGA 3PM4A 5BS4A 1SMRA 1MERA 2ZHVA 4DQGA 3L38A 5P4ZA 2QMFA 3KDBA 1TQFA 2R43A 3OOZA 5P6KA 3IN3A 2NXMA 3LZVA 4Y4GA 1EBYA 4EJKA 4J1EA 3S8IA 5P0QA 2I1AA 4FM7A 4Y44A 4K9HA 4EXHA 5P17A 5P5SA 1F34A 5P15A 2ER7E 5P10A 1LEEA 1GVVA 2Q54A 5E5JA 4DQCA 5P07A 1SIVA 5JFUA 2P83A 3SQFA 2QI1A 4YCKA 5P5LA 5P0DA 3O9HA 5P5RA 1FIVA 4J0ZA 3NU3A 4K4PA 4MC1A 5P3HA 5P3OA 1K1TA 4Y5NA 1FLHA 1SMEA 5P6GA 3QBHA 4Y45A 1HEFE 1W6HA 1SDTA 2XFKA 7HVPA 5P7RA 1W50A 2JJJA 5P6SA 5OZWA 4Y4JA 5P4EA 5P3FA 4NJTA 1JLDA 5P2NA 4Q1XA 4K8SA 5P63A 4YHQA 5P40A 4EQ0A 5P6QA 3NUJA 3RTNA 2VJ6A 2FXEA 4Y4AA 3N4LA 4B1EA 2QU2A 5HDUA 5OZCA 3URLA 2QI5A 2NMYA 4FM8A 5P0OA 1T3RA 3KFNA 4ZPGA 4ER4E 2QMDA 3DCRA 2P3BB 3IXJA 3UDMA 4DUSA 3KN0A 4DQFA 2WF3A 5P31A 1K2BA 5P8FA 2R5PA 1RQ9A 4FAEA 5P5VA 2IGXA 3FNSA 1HOSA 5P05A 5P6ZA 2ZE1A 4H1EA 2WECA 5P0EA 4RVXA 1ME6A 2NXDA 4Y3YA 5P3EA 1YM4A 4CPQA 3NSHA 1PPLE 5P4AA 5P7GA 4HDBA 3OUCA 3L5CA 3SA7A 5IE1A 4FM6A 4RVIA 2B7ZA 4ER1E 1IZEA 3ZPTA 2ZJMA 2QK5A 1HEGE 2BKSA 2OHTA 5CONA 2AVOA 3K4VA 4B78A 3BXRA 5P5WA 5P4WA 3O9AA 3C9XA 4HLAA 5OZPA 3ZKQA 2P4JA 4Z2ZA 3KFRA 4QJAA 1HIIA 1UH8A 1Z1RA 3OQFA 1YM2A 2P8HA 1KJFA 5P86A 2H6SA 3R0YA 5P7AA 5OZZA 5P3BA 3KMXA 5P83A 2G26A 1AZ5A 1FQ7A 4L6BA 3ER3E 5OZ1A 5P6UA 1HVLA 4Y3NA 5P8AA 2G1NA 5P45A 1SH9A 2P3BA 3ZKSA 4Y53A 5DQ4A 2BPVA 5P0AA 5DPZA 4WY6A 3O9FA 2AOJA 3UDYA 2HB3A 6FIVA 5OZGA 2PQZA 3S7MA 1TSQA 1RNEA 3VYDA 2FGVA 5P1LA 5P38A 5P5IA 5P7BA 5OZSA 3CKTA 1ENTE 5P6PA 5ER1E 4AMTA 3DM6A 3RU1A 4JPEA 5P11A 1VIKA 3GGUA 4Y3QA 2Q64A 1YTGA 5P8CA 4Y3SA 3GW5A 5P4SA 5OZLA 4KUPA 3T7XA 5OZFA 4NKKA 4Y3ZA 4F75A 3OXXA 4L7JA 4DQBA 5CLMA 2BPYA 3SA3A 2VIEA 5P2IA 1SBGA 1LF3A 5P7MA 3EKWA 3WSJA 5P8SA 1FQ8A 4H3FA 5P1DA 2NR6A 5P0HA 5ENMA 5SY3A 1B6PA 4FAFA 2V16C 1AAQA 3HBOA 3APRE 3BGBA 2HIZA 2QZWA 3HVGA 5P4DA 2F3EA 5P6NA 5IVSA 4I1CA 4LXKA 1G0VA 1RL8A 4RRNA 1YT9A 1MT7A 5P59A 4B1CA 4ZE6A 1C6XA 3EC0A 5P89A 3ECGA 3OHFA 4HVPA 1UH7A 3VV6A 4J5JA 1EC1A 1LYAB 3JVYA 3TNEA 2JJIA 3K1WA 3S54A 1BDQA 4F76A 3U71A 3PCZA 5P75A 3PI5A 2QD6A 3JVWA 1Z1HA 5P58A 3R2FA 2AOEA 5P2DA 4DJYA 3L5EA 3QI1A 2WF0A 1LYWB 3SACA 5P2ZA 2I0DA 1AJXA 4QLHA 5OZQA 3HLOA 1PROA 3ZLQA 2OHMA 5P3LA 2J9JB 5P41A 5P66A 4Y5GA 2I4DA 5P7IA 4CP7A 4A6BA 3UDHA 2OAHA 5P00A 4B77A 3F9QA 1W6IA 4H3GA 3IXOA 4Y3DA 1BVGA 2PSUA 1BDRA 3D1YA 3LZYA 2HS2A 3LZSA 3CIDA 4DJUA 3QRMA 3ZKXA 5P22A 4ZIPA 1BXOA 5P01A 4Y3AA 3LIYA 3JW2A 5P4MA 1HPXA 5COKA 7UPJA 4HEGA 4QJ2A 3OQKA 3SKFA 1D4LA 5AHBA 3PJ6A 3U7SA 4OBKA 5P1ZA 5P36A 5P2RA 1B6KA 5P8PA 3G72A 1AM5A 3T7PA 1ZJ7A 5I3VA 3OUDA 2QZLA 4DPIA 1LYWA 1HSIA 2FLEA 4Y36A 1BVEA 1HTEA 2QNPA 3PB5A 3GGAA 4HA5A 4H3IA 2Q55A 3QROA 3B80A 3PWWA 2B42A 3UCBA 5HTZA 2XFIA 3KMYA 3OAGA 1LZQA 3RSXA 5P04A 4YA8A 5I3WA 2B7FA 5ISKA 3OXVA 2OHNA 5P20A 3BHEA 5P3YA 2I0AA 4L1AA 4XKXA 5COOA 4B1DA 3IXKA 5OZXA 3PLLA 3IVHA 1APWE 5P4KA 3BXSA 3O9DA 1E5OE 3RSVA 4DI2A 5P3QA 5OZNA 3UDNA 1MRXA 4YOAA 3DOXA 3QPJA 5P2TA 4ZEAA 3EMYA 5OYZA 4Y58A 5P8LA 4Y56A 5P3KA 2PWRA 5OZ0A 5P5UA 2V00A 4GJ5A 5P3JA 1K2CA 5P43A 2AIDA 5P0WA 2OHSA 4NJUA 5P1PA 5P4TA 2Z4OA 4D83A 3EM3A 4TVGA 3ST5A 3SM2A 3QP0A 1MESA 1LYBB 4Y4BA 1PSAA 4GJ8A 3Q5HA 5P4XA 5P47A 1AJVA 5P1BA 2V13A 4Y4EA 5P1WA 3S43B 1HTFA 3EBZA 5OZ5A 4GJ9A 4DJXA 5P3GA 3Q70A 4Y48A 5OZYA 1MIQA 4Y5BA 4CPXA 2F81A 3UF3A 1ZPKA 5P5OA 3UDQA 6UPJA 3FX5A 1RPIA 3NDTA 4OC6B 4LL3A 4JPCA 1D4IA 3LZUA 2BPZA 1XL5A 3DJKA 3OXWA 2FNTA 5HU0A 3PSGA 5P5NA 2QZKA 4PZWA 5P35A 5P2LA 3SM1A 5P2GA 2F3KA 4FRSA 2JYSA 4WY1A 3QRSA 5P3DA 3PVKA 5P1HA 2MIPA 4J1IA 5JODA 5P8MA 2RENA 3SPKA 2ZDZA 4FGXA 3VF3A 3VF5A 3I2LA 5P18A 3PWRA 2AOIA 3NU5A 5ENKA 2BB9A 4YBFA 1W5WA 4KE0A 4OBZA 1D4HA 2VA5A 4J1FA 1NPAA 2VNNA 3NDXA 3BUHA 3LITA 4M8YA 5AH7A 5P3RA 4J1HA 5P5BA 3VSXA 1EBWA 5E5KA 3RTMA 2QMPA 3Q6YA 5AH6A 3TPRA 1C6ZA 4OBHA 1ZLFA 3UDRA 4RVJA 3VF7A 3VYEA 1MT8A 4B0QA 3S43A 4J0VA 3HW1A 3EM4A 5P78A 3PLDA 5P53A 4I11A 5P7KA 1BBSA 5P5MA 3SA5A 3S45A 5P2CA 3HAWA 3BRAA 5P69A 5P64A 4A6CA 5P3UA 4ZSMA 3TOFA 1T6EX 4Y3MA 1TW7A 5JG1A 2NPHA 5DQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0P A;  5P6L A;  1M0B A;  2QAK A;  3QS1 A;  5DQ1 A;  1A8K A;  3PBD A;  3BVA A;  3ZMG A;  1HWR A;  2UPJ A;  5P67 A;  5P6E A;  5P46 A;  4IVT A;  2G1R A;  4GJ6 A;  5JFP A;  5P80 A;  5OYQ A;  1LV1 A;  2BPW A;  3OU1 A;  5P8I A;  1LF4 A;  5T4S A;  4DV9 A;  5P34 A;  5P0S A;  1EPQ E;  3EL9 A;  3MXD A;  3ZL7 A;  1EED P;  2PK6 A;  1BAI A;  4K4Q A;  1BIM A;  1YG9 A;  3ZPU A;  5P56 A;  5P6R A;  4I8Z A;  1N49 A;  1BV9 A;  4YD7 A;  3LHG A;  5P7N A;  1HSH A;  5P3M A;  3QVI A;  2RKG A;  5P76 A;  5P5P A;  5KAO A;  4YD4 A;  2IDW A;  2XFJ A;  1G6L A;  2G21 A;  5P0I A;  5P2S A;  1APT E;  4YCY A;  4FCO A;  3IVI A;  2BQV A;  5P03 A;  3DK1 A;  1E80 E;  3PRS A;  2WF2 A;  5P3T A;  4A4Q A;  1CMS A;  4U8W A;  2RMP A;  5P26 A;  5IVT A;  5AHC A;  3H0B A;  2CEJ A;  1T7I A;  3QBF A;  1EBK C;  3ZKN A;  3L59 A;  4KB9 A;  5P7S A;  3O9G A;  4CPR A;  1HPS A;  3T6I A;  4DJP A;  5OZO A;  2OHK A;  1IZH A;  5SXN A;  4R8Y A;  4LP9 A;  4Y54 A;  2ZHU A;  4U7Q A;  5P0Y A;  3UDJ A;  3NDW A;  4YE3 A;  3OHH A;  5P2X A;  3PI0 A;  5HDX A;  1KJ7 A;  3DCK A;  3ZOV A;  5P0K A;  5KR8 A;  2HPF A;  1HVC A;  4Y5A A;  4EWO A;  3NR6 A;  4DPF A;  4IVS A;  5P55 A;  2FDE A;  1W5X A;  5HCO A;  3S53 A;  4Y9W A;  4B70 A;  3SAA A;  1EPL E;  5P1U A;  1FEJ C;  5ER2 E;  4EPJ A;  2BPX A;  2VA7 A;  1IVQ A;  1ODX A;  3S2O A;  4TRY A;  3INE A;  1LF2 A;  1HVI A;  1FFI C;  5I3X A;  5OYV A;  5P14 A;  4U7V A;  2QI7 A;  4F73 A;  5HD0 A;  5P88 A;  1PPM E;  3PMU A;  5P4P A;  1QDM A;  4Z4X A;  5P2V A;  3VV7 A;  2VJ9 A;  4DJO A;  4FRK A;  3DV5 A;  4B72 A;  3BVB A;  3TOG A;  3H5B A;  5P8N A;  2F8G A;  5P0T A;  3TOH A;  3IND A;  5P7Z A;  3VV8 A;  1HVS A;  3D91 A;  5OZI A;  3CYW A;  2Q11 A;  2QHC A;  3QIH A;  3UHL A;  2APR A;  3UQP A;  2OHL A;  5P4V A;  3SAB A;  1W5Y A;  1AVF A;  4YOB A;  5P5X A;  1HBV A;  5HCT A;  4QJ7 A;  4Y47 A;  5P42 A;  3OUD B;  1NSO A;  3IAW A;  2PYN A;  5OZB A;  2V10 C;  5P8T A;  4FSE A;  3VYF A;  1IZD A;  1FQ4 A;  4E43 A;  5P8J A;  5P7J A;  2AVM A;  4CKU A;  3HDK A;  4EJD A;  4NJS A;  4TRW A;  3NYG A;  5P8O A;  5P5A A;  2AOG A;  1UH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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