5P0R | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__241117467661887__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__241117467661887__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P0R/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__241117467661887__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"241117467661887","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P0R/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__241117467661887__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01907152ffca6fd0dc5877/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01907152ffca6fd0dc5877/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01907152ffca6fd0dc5877/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01907152ffca6fd0dc5877/pdb.gz): 760 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p0rA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p0rA01

1FMXA 3PI0A 1A9MA 3EKWA 1ENTE 3EM4A 3NR6A 2BPWA 5P25A 4LAPA 5P5CA 5P3BA 2IS0A 1NPWA 3NWQA 5ENMA 1ODWA 3SABA 4Z2ZA 3HLOA 4Y5EA 1LF4A 5P6OA 4ZSMA 1A30A 4U8WA 4HZTA 2R9BA 3S43B 5OZKA 3D20A 4YD7A 5P3FA 4I0ZA 5P1LA 5P65A 4Y6MA 3ZKGA 5F00A 5P4SA 4DQBA 4L6BA 1F34A 4TRZA 4CPSA 5P35A 4Y47A 4OBHA 3IN3A 4I1CA 4DVFA 5OZ0A 3FV3A 2HPEA 4ZLSA 5P1FA 3VEUA 5P6KA 3ZKQA 5P8HA 1HSIA 5SY2A 3FNTA 3CKPA 3NDWA 4TRYA 5P0DA 1GNNA 1DPJA 5P1XA 3UFLA 5OZFA 4DFGA 2AVOA 3AUPA 5HDUA 5HTZA 5P0XA 5P69A 5P76A 4QJ8A 4CPTA 3K4VC 3PVKA 2I1AA 4N00A 3VV6A 4QJ2A 3BHEA 5P41A 2IKUA 5P7RA 3SKFA 4APEA 2V10C 5OZLA 3TLHA 3PJ6A 1D4YA 2HB2A 4NJSA 5P2QA 5OZWA 3IN4A 4Y3EA 5OZNA 1HIHA 5P6JA 2ZJKA 4QJ6A 1MT8A 2OHLA 4OBZB 5EZXA 5P1VA 2WEBA 2G69A 3LPJA 4DQGA 3BVAA 2BBBA 3UTLA 3VYFA 4K4PA 5OYQA 3JVYA 5P24A 3TTPA 5HE5A 4GJ9A 5P50A 2ZJIA 5HDZA 5P6GA 5KR8A 4FM7A 2HAHA 5P58A 5ENKA 3KFSA 2QD8A 5KOSA 3SFCA 2VNNA 2G1NA 1IZDA 4Y5AA 2WJOA 4RVIA 3GGXA 1MSMA 5P07A 5OYZA 5P29A 3PBDA 1W5XA 4I12A 4Y3NA 5P7FA 2P3AA 4Y5NA 3UFNA 4EJLA 1BV9A 4Y5LA 4YDGA 1SDTA 2WF1A 4I8ZA 5P6LA 8HVPA 2WEZA 3LIZA 3OADA 5OZUA 1SH9A 2PK6A 3VUCA 1B6KA 1IZIA 4R8YA 5P8OA 5P0PA 3O9GA 2ZHVA 4ZE6A 4I0EA 5P15A 1Z1RA 1ME6A 4Y4TA 4FM6A 2FDDA 5P3DA 2B8VA 5P3OA 2I0DA 1FFFC 3GI0A 3RTNA 3HBOA 4EP2A 5P1AA 4DPFA 2I4UA 5P5GA 1GKTA 2F80A 3L5EA 3EM3A 1MT9A 4YA8A 1K1TA 4KE1A 5P8LA 3OOTA 4J1CA 4FSLA 3FSMA 3TPJA 5OYWA 6FIVA 3RSXA 1VIJA 1MPPA 2BJUA 3L59A 1YT9A 5P6BA 3NUOA 1ZLFA 5AHCA 1RL8A 3R2FA 5P1UA 1KZKA 2R3TA 3IGBA 5P0KA 2AOEA 3QP0A 1EPLE 1XS7D 2AVSA 4CPUA 4Y4WA 1XL5A 3I7EA 1M0BA 2B42A 3OUBA 5P5FA 1HPXA 2ZJLA 4CPQA 2BQVA 5P7CA 3FNSA 3NYGA 2G1SA 2G20A 2CENA 5P1EA 5CLMA 5P1PA 5OZGA 5P8DA 2WF3A 1GVUA 2XFKA 4JP9A 5P40A 3PMUA 3L38A 1EPQE 3OGQA 3OXVA 1HBVA 1PSOE 5P1MA 5P0SA 5P2OA 2PK5A 3PCZA 1HXBA 1OEXA 2JYSA 4Y4AA 2OAHA 4R95A 3Q6YA 3GI4A 3K5DA 3PWMA 3QS1A 4QGIA 1HVSA 1LZQA 5P02A 5P1IA 1FQ8A 3Q4BA 1EC1A 5P14A 3IXJA 3QBFA 1AIDA 5P1HA 4ZPEA 3LIVA 4J0ZA 1K2CA 3VSXA 5P09A 4ER2E 5P4PA 1HVHA 3KDDA 1BDLA 2AOFA 5P23A 1D4SA 3QVIA 1ZJ7A 3UHLA 1MERA 4YCTA 5HD0A 1IZHA 5P39A 3VG1A 3S2OA 3PCWA 3I2LA 3ZPUA 5P74A 2G26A 2Q54A 3HD8A 5DR3A 1NH0A 3S43A 3O9AA 5P2CA 1YM4A 3INFA 4JPCA 3KDCA 1HWRA 4Y5BA 1PPLE 2AQUA 1EC2A 5P8PA 2VIZA 5P3PA 5P34A 5OZAA 4Y39A 5P3AA 5IVRA 5EZZA 1ZPAA 5P8QA 5HDXA 3NU6A 3FIVA 5P3IA 1AXAA 1D4KA 3O9EA 3O9BA 4DQEA 4FAFA 5OZMA 5JODA 5P06A 3I8WA 3B80A 5P8MA 2I0AA 1EC3A 2P8HA 1Z1HA 1GNOA 4Y5GA 2B7ZA 2AOHA 5COPA 5P4NA 3LINA 1EBKC 2QZLA 4J1IA 5P8NA 2AZ9A 4NKKA 1AAQA 4FS4A 4TRWA 5OYVA 1FLHA 5P4OA 5J25A 4B1EA 2ER7E 5DGUA 2F8GA 2B60A 2PMAA 2IENA 4QJ9A 1B6JA 5P44A 5P2AA 2I4XA 5P6IA 2PSVA 4R93A 5AGZA 5P0FA 4LXKA 3INDA 4Y3MA 3SA7A 3NU4A 2PWRA 5P51A 5P82A 5P73A 3PBZA 3S7LA 1FB7A 3UF3A 1TCXA 3WB4A 4D89A 3ECGA 5P7UA 5P08A 5P8SA 3DCKA 5P59A 3PSYA 1XN2A 2AVQA 4Y3JA 4F73A 5P6XA 3NDUA 4B77A 2Q55A 3LPKA 4XX4A 3T3CA 4DJXA 4PZWA 2O4SA 4ZIPA 5P1WA 3SQFA 3IAWA 1HTRB 4Y51A 5P8CA 3OAGB 5P2VA 2XYEA 4L1AB 4HDFA 5P6HA 2O4NA 3L5CA 1HRNA 4GJ8A 2V11C 2RMPA 2AOIA 4GJ6A 3QRSA 1SMRA 3ZOVA 6APRE 1A94A 2HM1A 3OADB 4QJAA 3D91A 2IKOA 4B78A 5OYSA 5P85A 1SBGA 4D8CA 4DJOA 4KUPA 4YD4A 5P4ZA 1META 4EXGA 5P8VA 1QBUA 5DR4A 3QRVA 3D1YA 2RKFA 3RSVA 3WZ8A 2RENA 5P6DA 1BWAA 1D4LA 1FMUA 5AH9A 2O4KA 1AJXA 3UDMA 5P7AA 2QNPA 2R5QA 3EL9A 5P81A 2NNKA 2P3CA 3SA5A 4K8SA 1T6EX 4HA5A 5P26A 2QU3A 3BVBA 2IDWA 4FM8A 2FXEA 4KE0A 5P49A 3NXEA 3Q5HA 2QI5A 3ZPSA 3EM6A 5P5VA 1LYAA 1FF0C 4LXAA 2FIVA 3ZLQA 3PSGA 3OTYA 4Y3WA 5P3MA 4Q5MA 4EQ0A 3L3AA 5P31A 4Y3FA 5P3QA 3OQKA 1HTGA 1EPRE 5P1NA 5AHBA 2OHPA 3SA4A 1SDVA 5P3JA 4OBKA 2OHQA 2WHHA 3S85A 4Y4BA 5OYXA 4FL8A 4Y4ZA 4Y5PA 1SGZA 2NPHA 1HOSA 5P71A 1BIMA 2G1YA 5P6YA 2ZYEA 3LZVA 2BB9A 3OOZA 5P8UA 2VJ7A 3FNUA 1FEJC 4PEPA 5P10A 3OUAA 5P0BA 3ZKNA 4QJ7A 5P86A 1YTIA 4FRSA 1DAZC 1TW7A 5P12A 2QD7A 2OF0A 1AM5A 5P79A 5P1YA 5IVQA 4B05A 2VA6A 5OZCA 1QDMA 3CMSA 4FRJA 3QRMA 4B00A 3LHGA 4X7IA 5P62A 2AVMA 5P4MA 3SA6A 5P83A 1MVPA 5E5KA 3KFRA 4KB9A 3OQDA 3S45A 4GYEA 5P5SA 4RVXA 1HVLA 1PFZA 2QZWA 5P57A 5P47A 5P4QA 3NLSA 3LPIA 4EP3A 5P2DA 4EPJA 5OZSA 1FFIC 2NTRA 3WZ6A 3OHHA 2UY0A 2ZDZA 5OZHA 5IVTA 5DQ5A 1HEGE 5P46A 5P89A 3G72A 5KQZA 4HEGA 4RCFA 3PWRA 5OYYA 1DIFA 5P4IA 4H3JA 1HHPA 4DJYA 1C70A 3OXCA 3FX5A 4B1DA 1HTFA 1ZSFA 4F76A 1DP5A 1XL2A 4R92A 1SIVA 2FGUA 5P2IA 4L7HA 3T7PA 1K6PA 1W5YA 4NJTA 5P7HA 4EYRA 1B6PA 1W5WA 3QN8A 4Y57A 3ST5A 3BGCA 4GIDA 2R38A 2F3FA 1IVQA 4BFDA 1PSNA 5P7LA 3SLZA 4JECA 5OZ2A 5P4YA 2WL0A 3UCBA 4I8WA 5P1CA 5P56A 2PQZA 4JOOA 3O99A 5P2SA 5P7TA 1MTRA 4ZPFA 3WZ7A 1HSHA 2HS2A 1GVVA 3UQWA 2JE4A 2QHZA 4MC9A 2WKZA 3GGUA 3LZUA 1EC0A 1LYWB 1K6CA 1T3RA 5P78A 4DJQA 5OZ4A 4Y5MA 4A6CA 4NJVA 3NUJA 2SAMA 1W50A 2ZJJA 1IDBA 1ZTZA 5P7OA 3VYDA 4DJWA 4Y45A 2PYNA 3NU3A 4D85A 5P1QA 4Y50A 1FIVA 5P5EA 2QHCA 5JFUA 4Y3HA 3O9CA 4DJVA 4FAEA 5P0EA 4Y4UA 5HVPA 2G27A 5BS4A 4OC6B 3O9IA 3PHVA 3GI5A 4WY6A 7UPJA 1HIVA 3OAGA 3WB5A 4L1AA 4D88A 4EWOA 2G21A 1YG9A 1GVWA 3OTSA 3U7SA 2Q64A 1HIIA 1OD1A 1ZPKA 3ER5E 5P1TA 3OXWA 5P0WA 4AUCA 1IBQA 4RYCA 2HS1A 1ODYA 5OZTA 2NNPA 5P0MA 3PI5A 4TVHA 1LF3A 1MEUA 5P5UA 1SMEA 4TVGA 5P52A 2MIPA 1M4HA 5P5ZA 7HVPA 1LF2A 4FE6A 5P7YA 5DQ2A 1RNEA 4I0DA 4MC2A 2QHYA 4AA9A 2I4DA 3EXOA 5P6WA 5PEPA 5P8GA 5P7JA 4DUSA 1FMBA 4RRSA 3OY4A 3NXNA 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4I0IA 1FQ4A 4CP7A 2UPJA 3EMYA 4J54A 5P3EA 5P5JA 1BVGA 1YX9A 4I10A 4PZXA 4Y41A 3OU4B 5OZEA 4R91A 1LYWA 3SA3A 2F81A 3T6IA 5P5RA 5P84A 1T7IA 2QCIA 1G2KA 1C6ZA 5AH6A 4WTUA 2BPZA 4U7VA 2VIEA 4LHHA 1D4JA 1K6VA 1T7JA 4CMSA 1W51A 5P5XA 5P0UA 3GGVA 4Y3PA 1XE6A 2O4PA 1J71A 5P0RA 4OC6A 5OZQA 4K9HA 1QS8A 3QROA 5P4JA 4OBDA 4Y4GA 5P7NA 3DCRA 1B11A 3CYWA 4GMIA 5P7MA 3OUDB 1UPJA 5P4EA 1A8GA 5P8KA 4DH6A 5SY3A 3S8IA 3KM4A 3LITA 3UDPA 4LP9A 2ZJHA 5P3RA 1BBSA 4Y3RA 1XN3A 5P4KA 4NPUA 2I4QA 5P6PA 3APPA 3OQ7A 3PB5A 5P64A 2I4WA 5HCOA 4Y54A 2FLEA 5P3UA 4FIVA 5P55A 1FGCC 5P20A 2HB3A 3ER3E 4J55A 3EKXA 3IXKA 5P1DA 3O9LB 2QZXA 5OZ3A 3EBZA 5P4XA 5P6CA 3ZKXA 1VIKA 4HDBA 4FLGA 1C6YA 2IGXA 1W6IA 5P5WA 1EPOE 2OHNA 5P6ZA 1BAIA 3VSWA 5P6MA 2OHKA 2VJ9A 4LBTA 5ISKA 3DOXA 4R5NA 1LEEA 3UQXA 4Y4EA 4GJAA 3K1WA 4EXHA 1UH7A 5P11A 1KJHA 3HW1A 4XX3A 5P88A 1E81E 1E80E 1FG6C 4YD5A 5COOA 4H3GA 4Y37A 3EL1A 4Y43A 1B6LA 5P5MA 4U7QA 1K1UA 5HE4A 3URLA 3KDBA 1CZIE 1CMSA 4Q1NA 2PH8A 2RKGA 3OXXA 5FIVA 3INHA 3PRSA 5P7KA 3NU5A 5P3KA 5P42A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P0RA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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