5P11A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 84
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p11A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p11A01
1EC2A 4Y3RA 1F7AA 3OWNA 3CKTA 4I0FA 5HU0A 3URIA 3SFCA 4QJAA 2AVMA 1JLDA 3PCWA 3PWWA 5P61A 5P37A 3NU6A 4L1AB 3T11A 2G1RA 2FGUA 1Z1HA 4ER2E 3WZ6A 4Y38A 5P2RA 2BPVA 4I8ZA 3SM2A 5P57A 5P22A 5P23A 2A1EA 3PI0A 5P4HA 5P6ZA 3BHEA 2P3CA 2OHTA 3SACA 5ISKA 3ZKMA 4YD7A 3OU4A 5P6LA 3TOHA 4HZTA 5P19A 5P1IA 1EBZA 1BVEA 1ODXA 5P05A 5BS4A 3EM4A 3L3AA 1YX9A 5JFPA 2P3AA 2IKUA 4Y3XA 5P4ZA 1QBRA 5OZHA 2G24A 2G1SA 1LYWA 5P3QA 4FM7A 2V13A 5P0MA 5P30A 4Y3ZA 4Y56A 1RNEA 3CMSA 4FE6A 2AOIA 3O99A 3OQDA 5P3MA 4DV9A 5I3XA 2P8HA 4J17A 2O40A 4GJAA 1FQ8A 3LIXA 2NPHA 5P5OA 2Q54A 4FAEA 5P1MA 3EKYA 3KMYA 5P84A 5HE7A 3TOFA 3WB4A 1A8GA 1MESA 1W50A 1OEWA 1PSNA 3EKTA 3HVGA 4RGHA 3NWXA 4RLDA 5P4YA 4BFDA 2ZJNA 1SMRA 5P7LA 1W51A 2QD6A 4Y3LA 3EBZA 5P3XA 3O9LA 1WBKA 5P33A 2H6TA 4L7HA 5OZAA 2G26A 1WKRA 3HW1A 4NJUA 2PSVA 4M8YA 5P5UA 5P7OA 1EC0A 1T6GA 2RKGA 1GVWA 1MVPA 2ANLA 2F81A 2R5PA 5P5EA 4I0IA 2O4LA 1IZDA 3GI6A 5P3WA 2APRA 3B7VA 2ZHRA 2NMZA 5APRE 3M9FA 1QS8A 5P0TA 1BVGA 3GI0A 2R9BA 3LIQA 4DVFA 2OHSA 3K4VC 5P3IA 5P7EA 2F80A 5P3ZA 3KFNA 3ER5E 5P79A 4R8YA 5E5KA 5P44A 5P4UA 1CMSA 5P0ZA 3PVKA 1F34A 4ZSPA 1MRWA 4J1IA 1TCWA 3OUAA 4DFGA 1K6VA 4RRSA 5P68A 3GI5A 1KJGA 3SA4A 5P2BA 5OZGA 1AVFA 2CEJA 2G1YA 2AVSA 4OBJA 4I0DA 2ER6E 3Q3TA 1OHRA 2AZ8A 5P8DA 2G27A 5P1YA 2VIYA 1AM5A 2AOHA 4OBKA 4B78A 2WEAA 1ZSFA 3LPKA 5P0AA 3BGBA 5P7FA 3I8WA 4I1CA 5P4PA 4Y9WA 5P7QA 1SDUA 4ZLSA 5KR1A 2NXDA 3Q6YA 1PSOE 3O9FA 4DJWA 3QAAA 1META 3WZ8A 4EJ8A 2G21A 3BRAA 2ZJJA 5P5CA 5P4TA 4Y3FA 5P59A 2AOEA 2I4UA 3KN0A 1HEGE 4Y57A 1TSUA 4Y3SA 5AHBA 3Q70A 2IQGA 5P6FA 2J9JB 4TVGA 5SXNA 5HDUA 5P8GA 5P1FA 5DQ1A 5P06A 4YD5A 2F3KA 3OQFA 3ECGA 5P52A 5P08A 2OHKA 5P7AA 1GVUA 4LXKA 1AIDA 5CLMA 4RVXA 2QD8A 2FMBA 3PMYA 2R38A 2QI6A 1K2BA 3APPA 2VJ9A 5P5YA 4Y44A 2FDPA 3RU1A 5P2DA 5DR7A 1FMUA 5P55A 4GMIA 4Q1YA 4Y5MA 4HEGA 1C6YA 2QZWA 2I0AA 4CP7A 5P6JA 4OBHA 1KJHA 5P8UA 1J71A 3QBFA 3FKTA 3NU9A 5EZZA 4KUPA 5P4NA 3S8IA 2I4DA 5P1NA 4EP3A 2R3WA 4F76A 3TKWA 1YT9A 1KZKA 2O4PA 2HS1A 2I4WA 5P3CA 1KJFA 3B80A 4OD9B 4ACXA 4DJVA 1GKTA 4AA9A 4CPUA 1B6LA 3QBHA 4ZPGA 3OXCA 5P09A 4RCEA 2P3DA 3LZVA 3ZKIA 1HVIA 4YDFA 5P6NA 5OZDA 5P69A 5P8VA 2JJIA 5P54A 5P7BA 3LZUA 5P82A 2WF1A 3L58A 1LF4A 1DPJA 4Y5GA 1KJ4A 2Q3KA 3K1WA 3QRSA 1HVRA 5HDXA 1HSIA 3PSGA 5P8QA 2QI3A 3WSJA 3NDTA 4YBIA 1GNOA 1PFZA 5P02A 5P00A 1HTRB 1YM4A 3QS1A 3FNUA 5P1RA 1HBVA 4KE0A 4X2LA 2RMPA 4QJ6A 3TNEA 4Y5LA 1FEJC 5P1UA 3OUDA 1SP5A 5P2SA 2FDEA 4B1DA 2HPEA 3TPLA 5EZXA 5P42A 5P2QA 3LINA 1A9MA 3SAAA 5P7UA 4Y5AA 4YBFA 5P70A 5P46A 5TOLA 5P7HA 5P18A 3S7MA 3GGXA 4GJBA 1ZBGA 1IVQA 4Y3AA 4B05A 3FV3A 4QGIA 4YCYA 3TPJA 2BKTA 5ER2E 3NU4A 5P28A 2FXDA 2PK6A 4Y51A 5OZFA 1LF2A 2PC0A 3OHFA 1FFFC 5ER1E 4HDBA 5ENMA 2Q15A 5P3DA 1BAIA 2SAMA 4EXHA 5P1VA 5P43A 4J0PA 1G6LA 1EPME 1ER8E 3NDXA 4L1AA 1HVKA 4DH6A 3OXWA 2QHZA 5DGUA 5P4IA 3UTLA 4DJYA 4APEA 3D1YA 3HBOA 1D4YA 2ZHTA 5P71A 1HSGA 5P17A 5IVSA 4LXAA 3OUBA 3OGQA 2HM1A 3NXNA 4Y53A 1M0BA 1FGCC 4EWOA 4FSLA 5P1CA 4APRE 1EC1A 5P1AA 5P4GA 1MEUA 5P2UA 3WZ7A 2CEMA 2HC0A 4R5NA 1LV1A 1T7KA 1HTEA 1ZP8A 5P1HA 4Y41A 3UDKA 5P83A 1QBSA 1UPJA 1W6HA 5P5AA 3EKPA 5P6GA 1HPSA 1EEDP 1UH8A 2AZBA 5P6RA 4F74A 3VFBA 1EPNE 3QVCA 4H3GA 3LZSA 3LHGA 4DPIA 1ZJ7A 5P12A 5OZQA 5P0DA 3OQ7A 1MRXA 1EPRE 3OXVA 4FRJA 5P65A 3CICA 4CPRA 5P4JA 5OZMA 4WTUA 3TPPA 5P38A 1EBYA 3ZOVA 5I3VA 5P3LA 4EHCA 2FS4A 2XFJA 5P4WA 4OBGA 5OZKA 5P76A 5P6YA 3MXDA 5P07A 3UDMA 5I3WA 2NXMA 5DR0A 5P0EA 4L7JA 1XS7D 4ER1E 5P35A 3PBDA 4L6BA 4Y3NA 5P5VA 3OAGB 1HIHA 1XN3A 1XN2A 1W6IA 3VYEA 3EXOA 4Y36A 5HCOA 5KQYA 4I0ZA 2PH6A 2G1OA 2FIVA 5P1JA 2Z4OA 2HB4A 3R1GB 5P1XA 3HD8A 5IE1A 2JJJA 3EC0A 3T3CA 4CKUA 3RVIA 3O9CA 3CIBA 2F3EA 5OZ6A 2VIZA 5P0VA 3EKVA 4I8WA 5OZBA 3S56A 2OAHA 1NPAA 2NTRA 4M8XA 2AZCA 3TKGA 4FGXA 5OZXA 3ZKGA 5P2LA 4H3FA 3G6ZA 4DUSA 5OZCA 3S2OA 2J9KA 3R0WA 5DQ4A 2BPWA 2G22A 5P0GA 3DM6A 3SO9A 3TTPA 1PSAA 4AA8A 5P0JA 4MC1A 4R92A 3AUPA 2ASIA 5P1GA 5P3UA 3PWRA 5P45A 3LIYA 5P1OA 5OZSA 5P53A 2QZXA 1SGZA 5P8BA 2VIJA 4K4QA 3SA7A 1C6ZA 3OU3A 3EKQA 2ZJKA 4DQFA 1G35A 4DJUA 3VLBA 1AAQA 3JVYA 5P8SA 2WF0A 4TRZA 3UDYA 3PWMA 4J1KA 2IENA 2ZE1A 5P1PA 2BPZA 2QCIA 4MC2A 3DUYA 3LPJA 1GNMA 1GVVA 2AOFA 4BELA 5P5FA 1GNNA 3FNSA 3DV1A 4RRNA 2OHUA 4Y5KA 4J1FA 2H6SA 3VV8A 1SDVA 5P5IA 2IS0A 2PSGA 4LP9A 3L59A 5KOQA 3KFSA 2V12C 2I0DA 5P5ZA 2J9JA 1FIVA 4DQHA 5P86A 1ZSRA 2V11C 1D4JA 5UPJA 5P2WA 3EL4A 3ZKNA 2QNQA 3ZL7A 3BUFA 2PQZA 5P4FA 1LYAB 4J0VA 5P32A 5P1SA 5P20A 1FLHA 1FG6C 4ZSQA 5P5XA 3QVIA 3EL0A 4GJ9A 2QMGA 3TLHA 5OYVA 5OZ9A 2WEZA 5P29A 5P0UA 5P2YA 4AUCA 5P0WA 4ZSMA 1NH0A 4H1EA 3QRMA 5P67A 3GGVA 3IAWA 1SMEA 3QIHA 3N3IA 2QMPA 3UQRA 3EKWA 2IGYA 5HTZA 3T7XA 3EM3A 3RTNA 5KOSA 3UDJA 4RYGA 3BC4A 5HDVA 1HOSA 1N49A 1C6XA 5P6CA 2UPJA 1LYBB 3LNKA 4OD9A 3NLSA 3PSYA 5P36A 6FIVA 5DR3A 4CPWA 4AMTA 1KJ7A 5ENKA 2XYFA 1AZ5A 2IKOA 1FQ5A 5P7TA 5KAOA 5OZPA 2QP8A 2NXLA 5IVTA 4GJCA 4D85A 5HVPA 4Y6MA 5P8KA 2QMDA 1BDQA 1K2CA 3C9XA 4I10A 5P27A 2ZYEA 1MSMA 4OC6B 4RVIA 1C70A 3T7QA 3OOZA 5P0HA 3QI1A 3NUOA 2R3TA 7HVPA 2JYSA 1NPVA 3DCRA 2PK5A 4R91A 4RROA 5P4BA 4DQBA 2VA7A 6APRE 4EXGA 3WB5A 3GGAA 5P0PA 4B1CA 5COOA 3BVBA 3EL5A 5P7ZA 3O9HA 1DIFA 2ZJMA 3ZKQA 4QJ2A 5KR8A 5P6QA 3OTSA 4DI2A 3MWSA 5AHAA 4J1EA 3PB5A 1D4LA 5P4MA 3PSUA 3NU3A 4JPCA 1PPLE 4FM8A 5P85A 1HIVA 4XXSA 5P5RA 2I4VA 2B7ZA 5OYYA 1D4HA 3BXRA 5P7PA 3NU5A 2WKZA 2QNNA 2IGXA 4Z2ZA 2QI7A 3O9AA 1RPIA 5OZTA 3RSXA 3FIVA 3AIDA 3DOXA 2IL2A 4Y4ZA 5P8IA 1PPKE 4I11A 5OZEA 4J5JA 2B8VA 4Q1XA 5AH9A 3UDNA 1ODWA 3UHLA 3INDA 1FFIC 1YTHA 4GYEA 2QI1A 4K8SA 2R5QA 5P0NA 3GW5A 5P03A 1GVTA 4Y5BA 4Y4JA 5P3FA 4GIDA 3FNTA 5P0SA 5OZYA 2HPFA 2WJOA 3I7EA 4LBTA 7UPJA 4Y37A 1QBTA 3HAWA 3UDHA 4J55A 4EQ0A 5P6DA 1EPOE 5P4RA 4DQGA 3TH9A 2AOCA 3UDPA 2VKMA 1FB7A 1LYWB 3PM4A 2P3BB 5KR2A 3O9DA 3PCZA 1ME6A 5JFUA 4NJSA 5DPZA 4QJ9A 3KA2A 5HDZA 2BB9A 1TQFA 3KFRA 3NXEA 4OBFA 2PMAA 4ZSRA 2R43A 4QJ7A 4COEA 1APVE 4OBZB 3SQFA 1HTGA 5P2TA 1ZPKA 2QMFA 5P2KA 3OGPA 4FM6A 4K4PA 5OZ1A 5P75A 4Y39A 2OHMA 2Z54A 2Q5KA 5P6BA 2ZDZA 4Q1NA 3S54A 2BKSA 5P4SA 5P74A 5P8AA 4DQEA 5BRYA 4RYCA 4GZFA 4D83A 3OAGA 5P5PA 4PYVA 5P0BA 4DJOA 4HDFA 1PPME 5P6HA 3OOTA 5P78A 1UH9A 5JODA 3TL9A 1EPPE 3D1XA 5I70A 1B5FB 5COKA 4J1HA 4KE1A 4LXMA 5AH6A 2JE4A 5OZRA 3IGBA 3URJA 3S53A 1NSOA 4IVTA 1B6KA 1E5OE 5C9DA 1D4SA 1NPWA 3PLLA 1BXOA 2B42A 3IVHA 4YD4A 4KB9A 5P14A 4PZWA 1W5YA 1A30A 4HVPA 1K6TA 5P4CA 4FRIA 3EL1A 3KT5A 1HVJA 2HS2A 5P6MA 3OUCA 5P7KA 2ZJHA 2P83A 3PEPA 5HE5A 2BQVA 5P39A 4Y4EA 3RTMA 5P6AA 3L5EA 4GJ7A 4Y3YA 2V0ZC 2ZGAA 3VFAA 5P1LA 2F8GA 2AOJA 4MC9A 3GI4A 1ENTE 1QRPE 5KQZA 1DP5A 1SH9A 4TRWA 2I4XA 3L5BA 2Q55A 3ZPTA 3PMUA 4H3JA 4YCKA 2XFKA 5P6IA 5OZ8A 5P3NA 4J0ZA 1EAGA 2QU2A 4Z50A 5DGWA 5P64A 4ZPFA 4CMSA 1PROA 4WY1A 5OYRA 4QLHA 5P3SA 4FIVA 4I0JA 3L38A 4EPJA 1IDBA 5P4OA 3QPJA 3MSLA 3SA3A 5P1WA 4DJQA 5PEPA 3SA5A 5P8EA 5P3AA 1FQXA 2QHCA 4AZYA 5P50A 1YTJA 5SY2A 3JW2A 5OZNA 1FQ4A 3OXXA 4FS4A 5P6XA 3IA9A 5OZWA 2V10C 4PHVA 3OK9A 5P7XA 1XL5A 4YHQA 5P5TA 5P5QA 5P40A 1YTGA 5P3YA 1LYAA 3CKPA 5P6EA 2OF0A 4Y4UA 5P0OA 5P2CA 2QAKA 4J1CA 1VIKA 1SIPA 2PWCA 4JP9A 2Q63A 1G0VA 1ZTZA 3BXSA 3VF7A 4Y3MA 5P7IA 1CPIA 1SIVA 2AVVA 2Q11A 5P10A 2PSUA 2OHLA 2BJUA 3SA6A 2NMYA 5DR8A 3SABA 2VNNA 3R4BA 2ZJLA 3LZYA 4YD6A 2RSPA 3UF3A 3KDDA 1BWAA 5AH7A 4ZIPA 4Q5MA 2CENA 4EQJA 4IVSA 5DR1A 4FAFA 5P66A 5HD0A 1K6PA 3OU1B 2ER9E 1IDAA 2HB2A 1HXBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EC2 A;  4Y3R A;  1F7A A;  3OWN A;  3CKT A;  4I0F A;  5HU0 A;  3URI A;  3SFC A;  4QJA A;  2AVM A;  1JLD A;  3PCW A;  3PWW A;  5P61 A;  5P37 A;  3NU6 A;  4L1A B;  3T11 A;  2G1R A;  2FGU A;  1Z1H A;  4ER2 E;  3WZ6 A;  4Y38 A;  5P2R A;  2BPV A;  4I8Z A;  3SM2 A;  5P57 A;  5P22 A;  5P23 A;  2A1E A;  3PI0 A;  5P4H A;  5P6Z A;  3BHE A;  2P3C A;  2OHT A;  3SAC A;  5ISK A;  3ZKM A;  4YD7 A;  3OU4 A;  5P6L A;  3TOH A;  4HZT A;  5P19 A;  5P1I A;  1EBZ A;  1BVE A;  1ODX A;  5P05 A;  5BS4 A;  3EM4 A;  3L3A A;  1YX9 A;  5JFP A;  2P3A A;  2IKU A;  4Y3X A;  5P4Z A;  1QBR A;  5OZH A;  2G24 A;  2G1S A;  1LYW A;  5P3Q A;  4FM7 A;  2V13 A;  5P0M A;  5P30 A;  4Y3Z A;  4Y56 A;  1RNE A;  3CMS A;  4FE6 A;  2AOI A;  3O99 A;  3OQD A;  5P3M A;  4DV9 A;  5I3X A;  2P8H A;  4J17 A;  2O40 A;  4GJA A;  1FQ8 A;  3LIX A;  2NPH A;  5P5O A;  2Q54 A;  4FAE A;  5P1M A;  3EKY A;  3KMY A;  5P84 A;  5HE7 A;  3TOF A;  3WB4 A;  1A8G A;  1MES A;  1W50 A;  1OEW A;  1PSN A;  3EKT A;  3HVG A;  4RGH A;  3NWX A;  4RLD A;  5P4Y A;  4BFD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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