5P11A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 84
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p11A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p11A01
5P54A 1W6IA 4GB2A 4CP7A 2G22A 5P7RA 2AOHA 3Q3TA 4Y35A 5P1AA 4LBTA 3HVGA 1EEDP 1K6TA 1BVEA 3EKXA 1GNNA 1HIVA 4L1AA 4YD4A 5P7MA 2AIDA 5P1NA 5P80A 4CPTA 2XFJA 5P01A 5P5YA 3ER5E 3EL0A 1VIJA 1ZTZA 4GJAA 4DJVA 3O9FA 3URLA 2J9KA 1HHPA 5ER1E 3NR6A 2B8LA 1KJHA 5P4FA 5P2AA 2ZHVA 3VCMA 3FIVA 4IVTA 5P50A 3SACA 3PBZA 3PI0A 5P6ZA 3OXWA 4DQFA 2BB9A 5P8HA 5P7FA 5P38A 4I8WA 2WF3A 1D4IA 2XFIA 5P1EA 2I4QA 5P06A 5P7CA 5P5PA 4OBKA 1D4YA 3O99A 1LV1A 1A8GA 4Y5KA 2QZXA 3KT2A 5OZTA 1GNMA 2R3WA 4YD6A 5DR0A 2RENA 3KDCA 5P1RA 1GVXA 4MC6A 5P0RA 1SH9A 3S45A 2QI4A 4K4RA 5DR4A 2NTRA 3GI4A 1LYBA 5P2LA 5P69A 3OQAA 4PZXA 1M0BA 4MC9A 3SA7A 2R3TA 4Y50A 4ZEAA 5P53A 5P22A 3SA3A 1B6MA 5P7LA 1YX9A 2FMBA 4H3GA 1EBKC 3TNEA 5P57A 2P83A 4J1IA 1WBMA 3APPA 4EYRA 2R8NA 5P41A 3CIBA 1XN2A 4EP2A 2BKSA 3URIA 2IGXA 5P3XA 4WY6A 1KZKA 2P3BB 4RVJA 3OQKA 4FCOA 5P4RA 2VIEA 3EKQA 5OZNA 1YM4A 3UDPA 5P4OA 3LZVA 4OC6A 4DJPA 5P2SA 1GKTA 1D4LA 3INDA 5DR1A 4M8XA 2BKTA 3H5BA 5P1JA 4AUCA 4Y4ZA 5P1PA 4Y4XA 4N00A 1T6GA 5P7NA 1QBSA 4DPFA 1F7AA 3NU4A 1ZBGA 1BXQA 5P8RA 4Y5LA 4J1KA 5P5DA 4DH6A 1GVWA 1K1TA 1MESA 5P17A 3QP0A 3HBOA 2QHYA 1FEJC 5ENMA 1C6ZA 1B11A 1MSMA 3KFPA 2G94A 1MEUA 1W5YA 2PSVA 5HDXA 1W51A 2FLEA 5P5NA 5P8LA 2PSGA 3GI0A 3KYRA 3PB5A 2BJUA 2V12C 1MRXA 3OGQA 1HRNA 2Z54A 4DQBA 2HS2A 3JVWA 5P59A 3PCWA 5P2IA 4Y5MA 4Y3DA 2BPWA 5P1TA 3VV6A 3FNUA 5P36A 4CKUA 1LF2A 4APRE 4DJUA 5P27A 5P23A 4CPQA 2RSPA 3OGPA 3OU4B 3BHEA 1DW6C 5HDVA 5OZXA 5P0IA 4MC2A 2ZJMA 3KMYA 5P0XA 2ZHRA 3PM4A 1FFIC 2J9JA 3T6IA 5JODA 4YDGA 1E81E 1HVSA 5P3CA 5P6PA 4KE1A 1IZIA 3OTYA 5ENKA 4DQGA 4Y57A 5OZ9A 1MSNA 3KM4A 5P2KA 3B7VA 3BXRA 3O9BA 1W5VA 4L1AB 4HA5A 5P26A 5P1VA 1HVHA 5P75A 3OQDA 4D85A 3LIQA 3T3CA 2R43A 5P15A 4CMSA 1W6HA 4D8CA 3PLLA 4R5NA 3FSMA 5P4YA 1NPAA 4Y45A 5B18A 1HSIA 2IS0A 2SAMA 4R92A 5BWYA 5P29A 2P3AA 4RCDA 1HOSA 1FMUA 3WZ6A 4Y4AA 3UDHA 5P7ZA 5P4DA 2V13A 5P3YA 1BDQA 2AZ8A 3WSJA 5DR8A 4I8ZA 2ZJKA 3OOZA 5P1DA 2BPVA 2QCIA 5HE7A 3VYDA 1APVE 1HVJA 2QU2A 1C70A 1HPOA 2IDWA 5P24A 1CPIA 5P02A 2OHTA 4DJRA 2HIZA 4ZPFA 2QI3A 4OBDA 5KOSA 3WB4A 1ER8E 3B80A 4I11A 2VKMA 4COEA 5OZ3A 1EC1A 1NPWA 2O4SA 5P19A 3LIXA 5P2EA 3UHLA 3UFLA 4A6BA 1G6LA 4DJYA 5JG1A 6FIVA 4Y5AA 5P0JA 3OUDA 3SA8A 4Y3QA 1ZAPA 2VA5A 5OZVA 1EBWA 3S53A 4Z22A 2R5QA 4EXHA 5OZHA 4K4QA 4CPUA 2VS2A 3K5DA 5P6JA 5P2FA 3QN8A 2FGUA 1IDAA 5P8KA 4Y4TA 5P1UA 4U8WA 2PC0A 1RL8A 5P4LA 3OY4A 2JXRA 5P6XA 5AGZA 4HZTA 1HEFE 3NU3A 5APRE 5SXNA 3EKPA 5I70A 4RZ1A 3BGCA 2IKOA 2VJ6A 5P4AA 1FQ5A 3ZKNA 2V10C 3MXDA 4YHQA 5P2YA 3EBZA 3ST5A 3GGXA 5P7GA 4HVPA 4Y3SA 4Y9WA 5P5KA 2FIVA 1RV7A 5P8MA 4J0VA 3PMUA 1T6EX 4GJ7A 2WECA 5P7TA 1MIQA 3ZMGA 1MERA 3O9LA 2I4DA 1SDUA 4FSLA 2VNNA 3PBDA 4KB9A 5P18A 1HXWA 4Y43A 1UH8A 1ODXA 1LYAB 3HAWA 3PLDA 5KQFA 5P5WA 3S7LA 4FGXA 1FMXA 1LEEA 5P85A 5OYXA 3NDUA 2H6TA 5P40A 3OUBA 4Y3GA 4CPSA 1DP5A 2Q55A 4ER2E 1C6YA 4Y56A 2J9JB 2RMPA 4H3FA 4R95A 5P2QA 5P62A 3U6AA 1BWAA 5COPA 5C9BA 5OZDA 3VSWA 1QDMA 3EKVA 4OBGA 5P72A 5JFPA 5P37A 4R8YA 3K5GA 1QBTA 4EXGA 5P1FA 2BPZA 2XYFA 2Q15A 5P45A 1WKRA 1FIVA 2VA7A 5P6CA 5P12A 5P5CA 3QRMA 3LIZA 5PEPA 5P5HA 1SP5A 1EPLE 1BWBA 3MSKA 3R2FA 3D3TA 1FB7A 4FM7A 5SZ9A 3ZL7A 4I0GA 4D89A 2FS4A 1XE6A 4PHVA 3EL9A 5P09A 5P4WA 2IQGA 3HAUA 4QJAA 3Q6YA 2QNQA 2ZE1A 3UPJA 5OZYA 5P16A 5P4KA 1APWE 3M9FA 3ZKGA 2NNKA 5P0VA 4J0ZA 1YTJA 4FRIA 5P8CA 1SBGA 5P86A 4XXSA 3FKTA 2RKFA 2G24A 5P3GA 4DQHA 5P66A 1T7JA 5I3YA 3R0WA 4J1CA 4GJ8A 3UQWA 1T7IA 3UQXA 3SA5A 4Y4UA 3TPLA 4ER1E 2WEZA 1FQ4A 2V16C 2QMGA 1SDTA 5P39A 1AXAA 1BDRA 2PK6A 1K1UA 5P61A 5P77A 1LS5A 2OHLA 5P84A 5EZXA 3K5FA 4Y3AA 4NJUA 1F34A 4Y6MA 5IVRA 4J0TA 5P70A 5P5MA 5P4EA 3OU4A 4NJVA 3FNTA 2VJ9A 5AHAA 2Z4OA 1NH0A 1AVFA 1ME6A 1QBUA 3VG1A 1IBQA 4RROA 1ZLFA 4RVXA 5P13A 4QJ9A 1A9MA 4Y48A 5P5IA 3EM3A 4LAPA 5P5JA 5OZJA 1MUIA 5OZGA 3L59A 3RTNA 1XN3A 5P5OA 4L7JA 2HB4A 3KA2A 5P4SA 1BBSA 4UPJA 5P6VA 5P3LA 3QRVA 2IENA 2IL2A 4Y58A 5P4JA 2F3EA 2I1AA 2ZHTA 3IXJA 1TQFA 5HCTA 2AVOA 3S7MA 3UDJA 4FM6A 5HDZA 5AH9A 4H3IA 5P4IA 1E80E 4L6BA 3UDKA 3ZKIA 3DOXA 1MRWA 5E5KA 5P0HA 4JECA 3WZ7A 2NPHA 3VV7A 3EM4A 5P3NA 4J54A 3OQFA 1HTEA 3EKWA 5P0TA 4OD9B 3EL4A 3O9LB 5DQ1A 5P2GA 3VF5A 1HPVA 1QBRA 5P8AA 4F74A 5P79A 1HTRB 2QAKA 1YTHA 5P0PA 1IVPA 1W5WA 5OZ8A 2VJ7A 1XS7D 4Y53A 1APUE 5OZQA 3SM2A 1HTFA 1PPKE 4K4PA 2P8HA 4JP9A 5P81A 4YBFA 4PPHA 2PH6A 5P32A 5JFUA 1M43A 3CKRA 5ISKA 5P3HA 4XX4A 3VV8A 4YBIA 5P1QA 5P31A 2VIJA 4AA9A 3NDTA 1G0VA 1LF4A 5OYVA 1HEGE 1E5OE 4LL3A 3OAGA 4PEPA 1HVKA 1MVPA 3O9CA 5OZPA 1SGZA 2F81A 5HU0A 5J25A 3D1ZA 3TPPA 5BRYA 2WF0A 1LF3A 3D20A 4FS4A 4ZE6A 1EC0A 2P4JA 5KR0A 1HIIA 4B70A 5DGUA 1G35A 4R93A 1EBZA 4LC7A 3R0YA 5P3SA 4Y4JA 5P8OA 3RTMA 1RNEA 5P4BA 2CEMA 4OBHA 1BIMA 3GGAA 5P83A 5P74A 3GW5A 5P2BA 1EPNE 2ER0E 2HB3A 3LNKA 3ZPTA 5OZLA 2WL0A 1BV9A 3PVKA 5P1WA 3IXOA 3UQRA 1MT9A 5HE4A 1B6JA 5P14A 1DPJA 4YD3A 5P0WA 5P2WA 4KE0A 1CMSA 2WJOA 2B7ZA 5OYUA 3Q70A 1OEXA 3TTPA 4Y39A 5OYSA 1Z1RA 5P4PA 4QJ6A 3S56A 5P2NA 2V00A 1C6XA 3O9DA 5OYZA 3TOFA 4NJSA 5P33A 5P2CA 1EBYA 2O4KA 1AM5A 5P5VA 1B6PA 4FRKA 3GI5A 3HZCA 3QI1A 3UDNA 1OD1A 1IZEA 1LYAA 4EQ0A 4Z50A 2I0DA 1IIQA 1D4HA 3UQUA 5P3QA 4FRSA 3NXNA 7HVPA 5P52A 1A30A 5FIVA 3HD8A 3O9EA 5P4MA 3O9GA 3RSVA 3OUAA 1YTIA 4U7VA 3SFCA 4FAFA 5T4SA 2ZJIA 2NXMA 5P1LA 2PQZA 5OZIA 5P3BA 3OXVA 3MSJA 3UDQA 3CKPA 5P0BA 5P3UA 3ZPUA 1UH7A 4I0IA 1D4JA 4B1DA 3EC0A 4LP9A 5KOQA 5KQYA 5P7DA 3QROA 3PEPA 3QAAA 4RYGA 5I3XA 3ER3E 3INHA 4GJCA 4Y3PA 5P00A 5P10A 4Y3FA 5P8TA 3ZLQA 5P87A 3PRSA 3VFAA 2HC0A 2PWRA 5P43A 5P0FA 3CICA 3MSLA 1T3RA 2I4VA 2AVSA 1SDVA 3BGBA 3PI5A 5SY3A 1BXOA 4H1EA 5P55A 5IVSA 5P8GA 5P8DA 2Q64A 4Y54A 4Y3JA 4M8YA 3SLZA 4J5JA 2ZJJA 5P0CA 2Q11A 3Q4BA 3UDYA 2UPJA 1EAGA 5OZ0A 3QS1A 4S1GA 5DR3A 3KF0A 5P7AA 3DCKA 2PK5A 3HDKA 3VLBA 3IAWA 1FGCC 1HVIA 3ZKXA 2AQUA 3D91A 1HPXA 1SIPA 2OHNA 4Q1WA 1YG9A 1BAIA 3RSXA 5P78A 3G6ZA 3S85A 3N4LA 5P07A 5P3JA 4Q1YA 1HWRA 5OZKA 4YCKA 2NXDA 1FG6C 4Y5GA 1MTRA 5P6UA 1HBVA 5P25A 4DJWA 4A4QA 5P88A 1B6KA 3APRE 3OU1A 5P2UA 1D4KA 1XL2A 3PHVA 2I0AA 3S43A 4NPTA 5F00A 3NXEA 3IA9A 4AZYA 3SKFA 5P2XA 1EPOE 4EJDA 2P3DA 3OAGB 4Y4BA 3QPJA 1A8KA 4Q1XA 3QBFA 3TOHA 3ZKSA 4F75A 3VSXA 4TRYA 5P6TA 3DV5A 2CEJA 1IZHA 1FKNA 5P0EA 5P65A 4R91A 5P35A 5P6OA 5DQ2A 4F76A 2I4UA 4J1HA 5HCOA 5P3WA 2HM1A 5P5TA 4J0PA 4I1CA 5P82A 1HVRA 3ZKMA 1QS8A 5P11A 1Z1HA 1SIVA 3FNSA 1FQXA 5P1CA 2WF2A 5P8NA 4HDFA 2ZYEA 1CZIE 3QVCA 3KN0A 4A6CA 4ER4E 3NYGA 3O9IA 5P6EA 3ZPSA 5P03A 1T7KA 3I2LA 4Y3MA 4Y3RA 3URJA 4Y4WA 4Y38A 5OZEA 2FNTA 2ASIA 3LITA 5OZZA 5P4TA 4I0ZA 5UPJA 2FXDA 3NSHA 1AJVA 1PPME 4OD9A 4DI2A 1ZJ7A 5P7EA 2QI5A 4Y3LA 5P5AA 1ZPKA 5OYWA 2V0ZC 4ZSRA 4JOOA 5P64A 2HAHA 4RCEA 1PROA 2G1SA 3OADA 3T7QA 1GVUA 1WBKA 3NLSA 3HLOA 3UQPA 5P4VA 1ZPAA 5HU1A 4B1CA 5P1IA 4YD5A 3T7XA 1FFFC 5P5XA 4Z4XA 3IGBA 4HE9A 3EMYA 3KFSA 3LZSA 5P2ZA 4LXAA 3PSUA 2NXLA 4AMTA 2QMFA 3DV1A 2R5PA 1HTGA 4ZPGA 2AOIA 2OHRA 5P5ZA 3UF3A 5AH8A 2EWYA 1XE5A 5P3TA 3L5DA 5P5LA 1PPLE 4YCYA 4Z2ZA 5P7OA 2JJJA 4QGIA 4ZIPA 2ZJLA 5P0DA 1FQ7A 5P6LA 1YM2A 4F73A 1TCWA 1W50A 5P60A 5P0SA 5P0KA 4OBZB 3SA4A 1SGUA 2QZWA 3BXSA 5P8QA 3K4VA 3GGVA 5OYQA 4ZLSA 2VNMA 3DM6A 3QRSA 5OZOA 5TOLA 5P7BA 3NU5A 5P47A 4DJOA 1GVVA 1HVCA 1K2CA 2A1EA 3VEUA 4Y5EA 4Y44A 3DUYA 4U7QA 5OZSA 5P8SA 5P3KA 4EPJA 4DV9A 3CIDA 5P7QA 3WB5A 5DR7A 5KAOA 5P05A 1BVGA 1HSHA 3PWMA 5COOA 2MIPA 5P4CA 2WEDA 3L58A 1B5FB 2QMDA 3QBHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P54 A;  1W6I A;  4GB2 A;  4CP7 A;  2G22 A;  5P7R A;  2AOH A;  3Q3T A;  4Y35 A;  5P1A A;  4LBT A;  3HVG A;  1EED P;  1K6T A;  1BVE A;  3EKX A;  1GNN A;  1HIV A;  4L1A A;  4YD4 A;  5P7M A;  2AID A;  5P1N A;  5P80 A;  4CPT A;  2XFJ A;  5P01 A;  5P5Y A;  3ER5 E;  3EL0 A;  1VIJ A;  1ZTZ A;  4GJA A;  4DJV A;  3O9F A;  3URL A;  2J9K A;  1HHP A;  5ER1 E;  3NR6 A;  2B8L A;  1KJH A;  5P4F A;  5P2A A;  2ZHV A;  3VCM A;  3FIV A;  4IVT A;  5P50 A;  3SAC A;  3PBZ A;  3PI0 A;  5P6Z A;  3OXW A;  4DQF A;  2BB9 A;  5P8H A;  5P7F A;  5P38 A;  4I8W A;  2WF3 A;  1D4I A;  2XFI A;  5P1E A;  2I4Q A;  5P06 A;  5P7C A;  5P5P A;  4OBK A;  1D4Y A;  3O99 A;  1LV1 A;  1A8G A;  4Y5K A;  2QZX A;  3KT2 A;  5OZT A;  1GNM A;  2R3W A;  4YD6 A;  5DR0 A;  2REN A;  3KDC A;  5P1R A;  1GVX A;  4MC6 A;  5P0R A;  1SH9 A;  3S45 A;  2QI4 A;  4K4R A;  5DR4 A;  2NTR A;  3GI4 A;  1LYB A;  5P2L A;  5P69 A;  3OQA A;  4PZX A;  1M0B A;  4MC9 A;  3SA7 A;  2R3T A;  4Y50 A;  4ZEA A;  5P53 A;  5P22 A;  3SA3 A;  1B6M A;  5P7L A;  1YX9 A;  2FMB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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