5P12A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 85
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p12A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p12A01
1MESA 1SH9A 3SQFA 2R5PA 5P3AA 3JVYA 3ZKQA 5P81A 3LZYA 3INFA 4Y47A 4DJWA 3S2OA 2ZHSA 3EL1A 5P4XA 4OD9B 5P0VA 5P4FA 5P6PA 5F01A 1W5XA 2G1RA 3LHGA 4PHVA 1ZSFA 4U8WA 1FG8C 2Q64A 3KMYA 3OTYA 1HXBA 3OUDA 2B8LA 4FRSA 2ZJLA 3VYEA 5P1KA 5HDZA 3WB5A 4QLHA 5P0NA 4Y37A 5COOA 5P2NA 1B6PA 3CIDA 3EKTA 3SA6A 3U7SA 3EM6A 2QCIA 2QI6A 4PPHA 1DMPA 1KZKA 4OBFA 1C70A 5KR2A 1UH8A 4YCTA 1ODWA 3SA7A 3G70A 3O9LB 4XKXA 2NTRA 2HB3A 4Y54A 4OBHA 4Y3JA 5F00A 3DJKA 4HDPA 5P7DA 5P0FA 5P3VA 1APVE 4N00A 5P1YA 3UDHA 5P2ZA 4WTUA 4DJPA 5P4QA 4MC9A 2FNSA 1MSMA 3EKQA 2AOIA 5OZJA 1IDAA 1VIKA 4OC6A 4LP9A 5P24A 3NDTA 1PSAA 5P71A 2NNKA 2PYMA 5P47A 4OBDA 3MSLA 5C9BA 1F34A 4BFBA 5P0ZA 4FRKA 2B60A 2WJOA 4FIVA 4APEA 4I12A 5OZ8A 3NU5A 4J0TA 1HVJA 5P56A 5OZSA 4BFDA 3EKXA 4RYCA 2VIJA 5P2CA 4DJUA 3KMXA 1T6EX 1M0BA 5P6AA 2PK5A 5P74A 3SAAA 2QMDA 5P7ZA 2BB9A 2BBBA 5P8EA 2I0DA 2ZJMA 3GGAA 4J1IA 2PSGA 5P3YA 4K8SA 5P2LA 4Y3WA 5P69A 5P3KA 3VYFA 3NU6A 5I3WA 1PPLE 1F7AA 2QMPA 5P30A 3VYDA 4MC1A 5SY2A 5P1VA 4Y56A 3L3AA 1HTEA 2OHQA 3PWMA 3OUBA 3APRE 3NXEA 4RRNA 4Y3YA 1EPNE 1FQ5A 2QP8A 2O4NA 1IBQA 5HTZA 2AOJA 5OZ7A 4Y4WA 3EL9A 5P2XA 4RVIA 1HIHA 3UFLA 5P2KA 2ER7E 4MC6A 4HDBA 4LC7A 1BDLA 2AZCA 4Y3TA 5P4MA 5KOQA 5P22A 1ODXA 3BHEA 4A6BA 1B6KA 5P09A 1HIIA 4OBZB 5P6HA 4H3FA 5P61A 3L5CA 1XS7D 3ZKMA 5P7QA 3DUYA 2QNNA 3UFNA 1TCXA 4YD6A 2QU3A 3KDBA 3OU4B 1AXAA 5P4RA 5P0HA 5UPJA 2G24A 5OYWA 4YD5A 4Y58A 3PRSA 5P8RA 2AOFA 5P1BA 4L6BA 5P1TA 3KT2A 5P2IA 5P7CA 5SY3A 1HVKA 3CIBA 3ST5A 3OY4A 5P8PA 4I0ZA 2NXDA 3D1ZA 5SZ9A 5P17A 5AH8A 5P0QA 4GJ7A 3JW2A 1K6VA 3PWRA 1EPQE 1HHPA 4ZSMA 2Z54A 4QJAA 3L5DA 4Y3XA 1D4IA 5P52A 5P7UA 3K5DA 3ZL7A 1MT9A 4LXAA 1HEGE 3SABA 4F74A 4Y38A 3I2LA 4EP2A 1A30A 3PCWA 3RVIA 3OWNA 5P6UA 3IN4A 4JOOA 5P44A 2G1OA 3KDCA 5P8LA 3TLHA 4YD7A 1G6LA 2XFIA 5P5OA 2VKMA 3HAWA 4H3IA 3OQAA 2AVSA 5P1RA 5P50A 3D1XA 1FMUA 2V00A 3EKYA 4LXMA 4FAEA 1DP5A 3GI5A 4CP7A 1W6IA 4Z22A 4RZ1A 4I0EA 1EPOE 4EWOA 4TVHA 2NXLA 1CZIE 2I4UA 5P3SA 4CKUA 3NUJA 3T7XA 5P0OA 2NMYA 4Z2ZA 4OBGA 2G21A 5P3HA 5P4ZA 5OYXA 1BVGA 4Y3AA 4Y48A 3NU9A 2ZDZA 3EBZA 1LYAB 4DV9A 3MXDA 1AM5A 1AJVA 3O9IA 4Y3DA 4ZSRA 2J9KA 3HBOA 2AQUA 3OGQA 4D85A 1B6MA 3OAGA 3T7PA 3CKTA 2QMFA 5P3ZA 5P6RA 5P05A 5P6CA 5OZ3A 2IENA 1E81E 4B72A 5P2MA 5P60A 2RKGA 1LYBB 4Y4XA 3S7LA 1YG9A 2FLEA 5P0BA 1APWE 4DJQA 4B0QA 1QBSA 1FMXA 3UPJA 4B1EA 3ECGA 1HIVA 1WKRA 2O4PA 3HLOA 5OZCA 1PPKE 4Y51A 3UCBA 4ER1E 3F9QA 1META 2G27A 1U8GA 3SA3A 4Y43A 5P6IA 1BXQA 3OQ7A 1KJ4A 5P5IA 2FS4A 2QZWA 5OZBA 5P73A 5P1PA 3OUAA 5P8KA 2FDDA 2OAHA 5P7MA 3VV6A 3VFAA 3S45A 5AHCA 4FGXA 5P5LA 4QJ8A 3NLSA 2HM1A 3TPRA 4GYEA 5P06A 5OZXA 5DQ2A 5P6SA 5P8UA 1Z1HA 3SKFA 2R43A 5P5EA 2B42A 2F81A 1Z8CA 3SFCA 5OZYA 2P83A 5P4CA 5P0SA 2G69A 2ER6E 1HVRA 3FV3A 2AOGA 3N3IA 4Y4JA 1FIVA 1QBTA 2J9JB 4HLAA 2OHNA 5P68A 4KE1A 2G1YA 3KFRA 2BPYA 5P2UA 1IZIA 2QMGA 4H3GA 2WF0A 4Y50A 3T3CA 3GGXA 5TOLA 5P8HA 3DOXA 1CMSA 4AA8A 4TRZA 1M4HA 4RYGA 3L5FA 3SACA 3O9GA 4R93A 3LINA 5KR1A 3O9DA 5I3VA 3QPJA 4Y5BA 3UDQA 5P8BA 3O9BA 1BV7A 1SDVA 5P3OA 5P4DA 1Z1RA 2QNQA 3DK1A 5P5TA 2WF3A 1LF3A 4ZEAA 5P18A 3OU3A 4TRWA 3QRSA 3FNSA 3K4VC 4ZSQA 5P0IA 4Y3NA 1TCWA 4QGIA 1MIQA 2RSPA 3BVBA 4J0PA 5P4SA 5P5JA 5P0XA 2SAMA 1D4KA 1YTGA 3C9XA 5P7XA 3AUPA 3O9CA 5P8FA 5P0RA 4R95A 3RU1A 3LIVA 5OZWA 1B11A 3URJA 5P6EA 4ZPGA 5OZ5A 5OZNA 3GGVA 4H1EA 2WL0A 4J54A 4Y3FA 2ZHVA 5OZRA 4GJ5A 1GNNA 5P0LA 2O40A 4TVGA 1MTBA 4I0DA 2JE4A 1D4HA 5P6ZA 3KFPA 1AJXA 2UY0A 1APTE 1OEWA 1PFZA 4EXHA 4Y6MA 5SXNA 2HPEA 3HD8A 1EBKC 5OZGA 4COEA 3M9FA 5P4YA 1IVQA 5P12A 1XE6A 1RNEA 4YA8A 2F8GA 5P4WA 4XX4A 5P6JA 3L58A 3NWQA 2CEJA 3APPA 3NDXA 1MRXA 4I10A 3KDDA 4JPCA 2AZ8A 1VIJA 5OZKA 2ZGAA 3S43B 2IGYA 4DUSA 5P3EA 3SO9A 1AZ5A 3NUOA 3UDYA 3NDUA 4U7VA 4KUPA 1ZP8A 3PJ6A 3OQDA 5DR0A 4UPJA 2QNPA 2QI3A 5E5KA 2P4JA 2CEMA 5AHAA 4XXSA 2WKZA 4FSLA 5P5DA 5ER2E 3EL0A 5I3YA 2VA7A 5P6TA 4DJVA 3I25A 2BKSA 3OADA 4L7GA 5P6FA 4MC2A 5P0DA 4D8CA 4Y5EA 2PWRA 4RCDA 5OYQA 4ZSPA 2PMAA 5HU1A 3QAAA 4EQ0A 2HS1A 4GZFA 4YDGA 4CPUA 3GGUA 5P14A 3TOFA 3PLLA 3HAUA 3TPPA 5OZOA 5P0UA 2RENA 2IGXA 3IXJA 3K4VA 1NSOA 5P3NA 2P3BA 5EZZA 3JVWA 2VNNA 5P0WA 5P3TA 3LIZA 2BPVA 3BVAA 3EKVA 4FCOA 5P20A 1HTRB 3Q70A 5P6QA 2IEOA 5P1CA 4ZIPA 2ZJIA 4Y3PA 5I70A 5OYZA 3R1GB 4I0HA 5KQZA 5OZLA 2P8HA 3VG1A 1IDBA 2VJ7A 5P5GA 4EP3A 5P49A 4I0GA 3QVCA 4J1KA 5DPZA 1NPWA 2V11C 3BUGA 5AGZA 4Y44A 4EPJA 4Y5KA 5P4HA 5CLMA 5P3CA 5P2FA 1K6CA 5P0CA 4B00A 1TQFA 2OHKA 5IVSA 3R0YA 4J0ZA 4RGHA 4BEKA 1MRWA 6UPJA 1DAZC 5BRYA 4TRYA 2FXEA 5IE1A 5P51A 5HVPA 1W5WA 1SGZA 5OYSA 4E43A 4Y5CA 3OUDB 5P4PA 3MWSA 3EL4A 2R38A 4EJDA 5P82A 5P29A 2ZJHA 5P2VA 1ZBGA 5P1AA 4Y5AA 2F80A 5P2EA 2HB4A 2QAKA 3PBDA 5P7NA 1ENTE 1PPME 3UDJA 2G1SA 3SKGA 4I1CA 2IQGA 1A8KA 4X2LA 3TKWA 3OQKA 5P02A 5P3RA 5P01A 2R3WA 3DCRA 1B6LA 3UF3A 1HEFE 4RCEA 4IVTA 4A6CA 5P1OA 1ZPKA 5JG1A 2UPJA 3BGBA 4YOBA 3D3TA 1HVCA 5P79A 5P1EA 4ACUA 2FNTA 3CMSA 4KB9A 5E5JA 5DR7A 1FF0C 1D4JA 1OHRA 4OC6B 4Y57A 5OZMA 4YCKA 4YD4A 3FNUA 1T6GA 4DVFA 1YTHA 2WEDA 3NXNA 1IVPA 2NMZA 3WSJA 5IVQA 5JFUA 1SBGA 4FRIA 4FLGA 2I4VA 3QRMA 3PVKA 5P8OA 3NDWA 4NJVA 2QZKA 3LNKA 4Y3QA 4HDFA 1HTGA 4Y3HA 3HVGA 3MSKA 4YD3A 1HPXA 5P89A 3D20A 3VSXA 4RVJA 5P59A 4DJXA 4Q5MA 3ZKNA 5PEPA 2OHRA 3SM2A 3IAWA 5P2JA 4HZTA 3S53A 1E82E 1FQ4A 1SIVA 3BXSA 5P57A 1LZQA 3Q5HA 4YE3A 2QI7A 5HDXA 3UQPA 1BIMA 4R8YA 4KE0A 4Y3ZA 3UQXA 4J1EA 3PGIA 3EMYA 5HE7A 5P62A 1ER8E 5OZVA 7UPJA 5B18A 4M8XA 4Y35A 3ZOVA 2QHZA 1A9MA 2P3AA 5DR1A 5CONA 4QJ9A 3INDA 4Y3RA 4H3JA 1EPME 2BPWA 2XFKA 5P7BA 4ER2E 3R2FA 5OZ9A 5P77A 5DR3A 2ER0E 1KJ7A 5IVTA 3U6AA 1QBRA 2G26A 5AHBA 2IKOA 5OZ1A 2JXRA 2PQZA 3H0BA 1TW7A 5P5NA 1G0VA 1EBYA 1E5OE 2V16C 4FE6A 2FMBA 3KYRA 3Q3TA 3TPLA 3G72A 1EC2A 5P42A 4I0FA 3ER5E 5P38A 3NSHA 5P1IA 1MUIA 5APRE 4DJOA 5KAOA 5P0AA 3IXKA 1LEEA 5P3IA 5P54A 5P33A 1MERA 2I0AA 5P46A 5P85A 1EC3A 3VV8A 4PEPA 1DW6C 5P1QA 3PBZA 3TOHA 6APRE 3FNTA 1QS8A 3QROA 2H6SA 1YM2A 1N49A 4ZLSA 3KA2A 2O4LA 1QDMA 3L38A 4Y4ZA 5P5HA 5P8IA 3S8IA 3OGPA 1W6HA 4Y3EA 1B5FA 1ZAPA 5P7LA 5P76A 3R4BA 4LXKA 3LPKA 2QZXA 4CPWA 2A4FA 3SA8A 5P2OA 2JYSA 1GVTA 4GJCA 4FM8A 1FGCC 5P1JA 4B05A 3K5FA 3OU1A 3RSVA 5P1SA 5P6GA 1HVIA 5P7SA 5HDVA 4Y5MA 4NKKA 5P35A 5OZ2A 3HVPA 1G2KA 3BRAA 4K9HA 1D4YA 5HU0A 4CPRA 3K5CA 3UQWA 4Y39A 3LITA 5P3MA 5AH6A 1FMBA 3O9FA 3CICA 3NWXA 3QBHA 3I6OA 3OXWA 4YBIA 5P5MA 4M8YA 2ZHUA 4DPFA 1IZEA 4R5NA 3FSMA 2HB2A 4Y5GA 1FQ6A 1ZSRA 5P1GA 4GJBA 3OHFA 1BAIA 4ACXA 4K4QA 5HCOA 3ZPUA 4RVXA 2BPZA 1YT9A 3EM3A 4YCYA 2QI5A 3I8WA 4Y5PA 3PSUA 4F75A 1BVEA 4CPTA 3LPIA 3UQUA 2AVMA 3N4LA 5P58A 5ENKA 5P2TA 3UQRA 1YM4A 3OAGB 3RTHA 5P3QA 5P7FA 1TZSA 2VIEA 5OYRA 5OZQA 4Y4GA 5P1NA 1BWBA 1G35A 2BKTA 2XFJA 5P80A 1HSGA 5P1UA 3RTMA 3EM4A 1SMRA 3VSWA 4EJ8A 2V10C 5P3WA 2AZ9A 2O4KA 5P70A 3G6ZA 2ANLA 5P84A 4PZWA 5P8SA 1D4SA 4CPQA 2RMPA 5P32A 3WZ8A 1XDHA 2VIZA 5P4GA 3BUFA 5DQCA 4LL3A 1MT8A 3PSGA 5P7VA 2AOHA 1APUE 3TOGA 5C9FA 2Q54A 3MXEA 2Q11A 3VF7A 4J5JA 1GVVA 5P0TA 1JLDA 3FIVA 5P65A 4YDFA 3SM1A 3PM4A 2Q55A 1PSOE 4EHCA 4F76A 2IS0A 3UHLA 5P4TA 5DQ5A 1BDQA 4B78A 2NPHA 5P28A 4NJUA 4B77A 1W51A 5KQYA 5P5ZA 1UPJA 1FFFC 1XL2A 5P31A 1EAGA 2WEZA 2AVOA 5P6LA 3INHA 4NPTA 4Y41A 1BBSA 5DQ4A 1T3RA 5ENMA 4DJYA 3A2OA 3OOZA 5P19A 1UH9A 1T7KA 5P8NA 4Y53A 2AIDA 3DM6A 5P86A 2PC0A 4J1HA 5P5VA 3PMYA 1QBUA 5P5CA 5P6VA 3VUCA 3OXVA 5P6MA 4I11A 5P4AA 1FLHA 1HSIA 5KOSA 5P7IA 3SA4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MES A;  1SH9 A;  3SQF A;  2R5P A;  5P3A A;  3JVY A;  3ZKQ A;  5P81 A;  3LZY A;  3INF A;  4Y47 A;  4DJW A;  3S2O A;  2ZHS A;  3EL1 A;  5P4X A;  4OD9 B;  5P0V A;  5P4F A;  5P6P A;  5F01 A;  1W5X A;  2G1R A;  3LHG A;  4PHV A;  1ZSF A;  4U8W A;  1FG8 C;  2Q64 A;  3KMY A;  3OTY A;  1HXB A;  3OUD A;  2B8L A;  4FRS A;  2ZJL A;  3VYE A;  5P1K A;  5HDZ A;  3WB5 A;  4QLH A;  5P0N A;  4Y37 A;  5COO A;  5P2N A;  1B6P A;  3CID A;  3EKT A;  3SA6 A;  3U7S A;  3EM6 A;  2QCI A;  2QI6 A;  4PPH A;  1DMP A;  1KZK A;  4OBF A;  1C70 A;  5KR2 A;  1UH8 A;  4YCT A;  1ODW A;  3SA7 A;  3G70 A;  3O9L B;  4XKX A;  2NTR A;  2HB3 A;  4Y54 A;  4OBH A;  4Y3J A;  5F00 A;  3DJK A;  4HDP A;  5P7D A;  5P0F A;  5P3V A;  1APV E;  4N00 A;  5P1Y A;  3UDH A;  5P2Z A;  4WTU A;  4DJP A;  5P4Q A;  4MC9 A;  2FNS A;  1MSM A;  3EKQ A;  2AOI A;  5OZJ A;  1IDA A;  1VIK A;  4OC6 A;  4LP9 A;  5P24 A;  3NDT A;  1PSA A;  5P71 A;  2NNK A;  2PYM A;  5P47 A;  4OBD A;  3MSL A;  5C9B A;  1F34 A;  4BFB A;  5P0Z A;  4FRK A;  2B60 A;  2WJO A;  4FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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