5P13A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 86
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p13A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p13A01
1LF4A 4JP9A 1D4JA 2J9JB 3SAAA 3VF7A 5P3NA 5KOQA 5KAOA 1B11A 5P2WA 5P01A 2AODA 5P52A 3IAWA 3CYWA 5SY3A 2WECA 5P3EA 2F3FA 4JECA 5OZTA 3QPJA 2R5PA 1OEWA 2BPXA 3PCZA 1HTRB 1B6PA 2AOGA 2WF3A 2B7ZA 2OHRA 1HXWA 5P7OA 4ZE6A 1LEEA 1D4YA 3PI5A 1IVPA 5P8HA 1T7KA 1XN3A 1ODXA 5P7MA 1C70A 4YBFA 5OZ4A 4YD3A 1ER8E 3ECGA 5P2SA 2HS2A 1HIVA 5P6BA 5P4QA 4Y5AA 2AVOA 3DV5A 5P24A 3D3TA 4Y50A 2G1YA 4RVJA 5OYTA 5SZ9A 5P6WA 1A94A 3QROA 5P80A 3BHEA 4D88A 5P7HA 3VV7A 2P8HA 4Y5PA 5DQ1A 3LZYA 3I7EA 5P1AA 4LL3A 2HIZA 2XFJA 1YM2A 5P6HA 2HC0A 3PJ6A 4DJUA 4DPIA 5P8TA 2Q5KA 4XX4A 3H5BA 1XL5A 2OHNA 5P7UA 1DW6C 2WEAA 5DR4A 3ST5A 4CPWA 4TVHA 1W50A 4WY1A 1BV9A 5OYVA 5P1RA 2Q11A 3L59A 1EBWA 2QI5A 5P25A 3KN0A 3R1GB 1FQ5A 2ER7E 5P57A 5IVTA 5P0NA 5P2RA 5P1SA 4GJBA 3U6AA 1XL2A 4Y3QA 5OZ3A 5P22A 3KF0A 3RVIA 4A6CA 1A8KA 1YTIA 5P4PA 4FM6A 2VA7A 1HEGE 1B6MA 3OQKA 2IGXA 5DQ5A 2QMGA 1LV1A 1SDVA 2QI7A 4LXMA 5P6TA 3NU5A 5P1BA 2WEZA 5P09A 2NXLA 4QJ8A 4AUCA 1EBYA 5P0PA 5P4VA 5P7LA 1EPQE 1MT7A 1FF0C 3GI6A 4TRZA 3PEPA 3NWQA 2Q63A 3QN8A 5P87A 5P5VA 2P3DA 3T3CA 4J0PA 1A8GA 4NJTA 4L1AA 4DPFA 2Q54A 4Z2ZA 5P2LA 2AQUA 2ANLA 3IA9A 4EJKA 4Y5KA 3D20A 3O9LB 1K1TA 3I8WA 2UXZA 1RQ9A 1F7AA 3AUPA 3LIYA 2AVSA 4Q1YA 3OXWA 2Q15A 1D4HA 3UHLA 3TPPA 4Y4WA 5DR1A 2RENA 3OTYA 1EBZA 5E5JA 4LHHA 1FG8C 3KDDA 5P3ZA 4J55A 3URIA 4ER2E 1T7JA 2UPJA 2P3CA 5OZ8A 3F9QA 4I0ZA 5OZCA 2V0ZC 2O4NA 4NJUA 2FGVA 4H3JA 3O9LA 3OUAA 5ISKA 2QD7A 4GYEA 4CPXA 5P7FA 1MESA 2I4QA 1G6LA 1FEJC 5P0QA 4J1EA 5P69A 1YT9A 2H6SA 5UPJA 3VG1A 2ZJNA 4TRYA 5IE1A 1HPVA 3LZSA 5P08A 2RSPA 3MXDA 4Y44A 5P13A 3QRSA 1BDQA 5OZSA 5P02A 1F34A 5P5OA 2UY0A 2I4WA 5P27A 5P15A 4OBKA 4CKUA 4R93A 2QHYA 5P6EA 4OBFA 5P0WA 5P8UA 3IXOA 4Y56A 5P3JA 5P6OA 5KQZA 1HPOA 2WL0A 4H3FA 3I6OA 4B72A 3CICA 1XS7D 3TNEA 2VJ9A 3UQXA 1MEUA 3FSMA 3UDJA 3APPA 5P4IA 4ZSQA 1YTHA 1HVJA 3L5EA 5P2QA 3ZKXA 1SMEA 5DR0A 5P41A 3VF5A 1T7IA 1W5XA 1META 4Y4DA 3VCMA 3LPIA 1IIQA 5P36A 1DP5A 4Y3ZA 5OZQA 3VYEA 5P5GA 2JXRA 4LXAA 3LITA 2ZYEA 3K4VC 3O9BA 5P0KA 4Y3XA 2NNKA 4AZYA 5P7JA 5P4BA 4I8WA 2JJIA 1MIQA 5HDZA 3PGIA 3HZCA 2PK6A 5DR8A 5HU0A 1HVLA 5C9DA 5P58A 5P7VA 4Y3FA 5P4JA 3S56A 5P4NA 3UDRA 4Y3AA 1GNNA 3NDTA 5P1CA 2BKTA 5P3SA 4FAFA 4K8SA 2I1AA 3HAWA 3UDQA 3EKQA 4PZXA 5P65A 2NPHA 3SA5A 3PRSA 4S1GA 4Y3SA 3BVAA 5P68A 4Z22A 4FL8A 4PYVA 1B6KA 4LP9A 5TOLA 3DM6A 2Q55A 5P7QA 2IQGA 5P7TA 3OWNA 4HA5A 5P5EA 3Q5HA 1AXAA 3S45A 1TSUA 3APRE 5P67A 4EXHA 1SMRA 4J0TA 5P5XA 3T11A 5P5TA 1BBSA 3ZOVA 4ZSMA 4HDPA 2R8NA 2G26A 4GZFA 5P20A 5P4DA 4OC6B 4DFGA 1QDMA 3UQPA 4OBGA 5DPZA 4J54A 5JG1A 4FM7A 5CLMA 1E80E 3PMUA 4KE0A 4DVFA 4I0HA 4F75A 4YHQA 1BDLA 2R5QA 2MIPA 3DUYA 3KT5A 5AH8A 2QU3A 1AJXA 3QI1A 5P5QA 5P44A 5CONA 1QS8A 3PVKA 5P4MA 5P7KA 2EWYA 4Z4XA 1APWE 5P1MA 2O4KA 3QVIA 4Y5BA 1QBTA 2AOFA 4Y43A 1ZLFA 5P05A 1A9MA 5IVSA 4HDFA 4YD6A 4D8CA 2WF4A 4Y58A 5P56A 2QMPA 4OC6A 5OZZA 5P4WA 1MSNA 5P78A 4Y4UA 7HVPA 5P7RA 2VIEA 3HAUA 4DV9A 4DUSA 5P3IA 1PSOE 1Z1RA 5SY2A 3DV1A 5P6CA 4AA8A 5P6PA 1CPIA 4Y48A 1HTEA 4Y3HA 2WF1A 2FGUA 2VA5A 5P7YA 1HIHA 2OHLA 5P5YA 1FFIC 2OHSA 5P7WA 5P06A 3ZPUA 1BVGA 1HTFA 1FGCC 5P16A 2PWRA 5P48A 1BAIA 5P40A 3PHVA 5DQ2A 2ZHSA 4OD9B 3NXEA 4J1KA 3LIXA 5P77A 1HSHA 5AH9A 1DPJA 5P55A 2Q64A 4KE1A 4DQEA 5I3YA 4FLGA 3UTLA 3EKYA 5P3AA 3KFPA 5OZ6A 4CPQA 5EZZA 1FQ6A 5P0FA 3TOFA 4RGHA 3U7SA 1SIPA 5P72A 4EHCA 5P32A 2AVMA 2PSGA 4DJPA 3GI4A 2ZDZA 2V12C 4DJXA 4Y4AA 5HDXA 5OYWA 3H0BA 1IDAA 3LPJA 1AJVA 3QIHA 5OZEA 4OD9A 4OBZB 5OZ5A 4EJ8A 2APRA 2H6TA 4B05A 3ER5E 5P6GA 3OAGB 3KMXA 4A4QA 2QMDA 1SGUA 4EXGA 1FFFC 2G94A 3K5FA 2HAHA 3OK9A 4FRIA 2QNQA 4X7IA 3SO9A 3SFCA 5HDVA 3KT2A 2ASIA 4J17A 4DJRA 1LYAB 2VIZA 1HBVA 4ER1E 2AIDA 2AOEA 1HVRA 5P1ZA 4Y57A 1EPOE 5P43A 4OBZA 3OU1B 3DCRA 4Y38A 2VA6A 3TPRA 5JFUA 2ER6E 3QS1A 4EJDA 5P76A 1Z1HA 4DJYA 2V10C 1E81E 3TPJA 3EL5A 2B7FA 5P2NA 2O4SA 1BIMA 3NWXA 5P3CA 4QGIA 4I12A 1LYAA 1HPXA 2VKMA 5OZPA 5P5KA 4LBTA 4Y3WA 3INHA 5P6VA 2G1RA 3OU1A 5OZUA 4Y3RA 2OHKA 2QZWA 2XFKA 5P6IA 1WKRA 1UH8A 1K6VA 3URJA 1EPLE 4DJOA 5P64A 3KDCA 2I4VA 1NH0A 2J9JA 4J5JA 4B1CA 3NUOA 4Y3TA 5P5HA 1SDTA 5HE7A 4H3GA 1ODYA 4MC6A 2ZHUA 4PHVA 1APTE 3ZKGA 1PPKE 2HB4A 5DR7A 1ODWA 4B00A 5P1OA 3NDXA 5ENKA 2QMFA 1GNMA 2A1EA 5P5IA 3VSXA 3VYFA 3JW2A 3OXXA 2BPZA 2VJ6A 5KR1A 4L7JA 4FSLA 3OUCA 3I25A 5OZ9A 5P3HA 1MTBA 3OXVA 3GGVA 1ZAPA 5P83A 4I0IA 1IZDA 1LYBB 2PYNA 1XDHA 5P0GA 3O9EA 1UH9A 3ZPSA 4Y9WA 3MSLA 5P45A 1K1UA 4ZSPA 3PLLA 1QBSA 1C6YA 1HWRA 4COEA 3EL4A 3UF3A 2R3WA 5AHAA 1D4SA 1LYWB 3S43B 3Q4BA 3GGXA 5P8EA 1TCXA 4I0FA 2G21A 2QP8A 1AM5A 1SP5A 4QJAA 4JPEA 3G70A 5P51A 3BRAA 2QZKA 3KDBA 4A6BA 2AOIA 1MRXA 2FXEA 2FMBA 1RL8A 5P04A 1APVE 3OXCA 3KYRA 2IEOA 5KR8A 2B60A 1EAGA 3FNTA 3NDWA 4I1CA 5OYUA 5P8VA 5KR0A 5P0JA 3G72A 5P6UA 4FRSA 5P0LA 1J71A 3B80A 4I0GA 3TTPA 1LYWA 2QHZA 2QNPA 3EKWA 4QLHA 5HCTA 1HXBA 5ER2E 3S43A 5BS4A 4YD5A 3A2OA 4RLDA 3BUFA 1OHRA 5P2ZA 3DOXA 3VLBA 4J0YA 2ER0E 4ZPGA 2ZHRA 4Y5CA 3SABA 4OBJA 3VUCA 2CENA 2FDPA 5COOA 3QAAA 4Q5MA 2BJUA 3EKVA 4Y4GA 3PLDA 1W5VA 1HVSA 5B18A 1NPWA 4DJQA 6APRE 1GVWA 1CZIE 3OQDA 1ZP8A 5P49A 2QI6A 5P4SA 2QCIA 2O4PA 3L5CA 5P7NA 2BPWA 2CEMA 4WY6A 5P14A 1PPME 4RRSA 4ZLSA 4Y5GA 3GGAA 4J0VA 1ME6A 4Y3DA 4B1DA 5P7ZA 1AIDA 1CMSA 5P1PA 2WEDA 5P8LA 5P47A 5OZ7A 1VIJA 4YOAA 5P2FA 1MUIA 5P6FA 5OZ2A 4YDGA 5P3MA 1BXOA 3HDKA 4BELA 5P5WA 5P6SA 2F3KA 4I10A 2ZHTA 2ZJMA 4JOOA 4DQBA 5P2GA 8HVPA 1G35A 2QI4A 5P62A 5OZRA 3PSYA 3BGBA 3NU9A 1GKTA 5P1DA 3NU3A 2OF0A 4AA9A 1HVKA 1RV7A 2PK5A 3VYDA 5P3PA 2PWCA 3OADB 2OHUA 3TPLA 2RMPA 4HZTA 2V16C 2WKZA 4J1CA 4PEPA 2ZHVA 3S85A 2JE4A 4Y6MA 5P50A 2HB2A 5P1UA 3HVGA 4F76A 2G1OA 4R8YA 3U71A 1K6PA 4I0JA 3Q70A 4FIVA 1FMBA 5OYXA 4GJAA 1HEFE 5P0TA 1PFZA 2AOHA 5P0YA 3SA7A 5DQCA 5P8MA 5P82A 5P1KA 3NYGA 4KB9A 5P6NA 3JVYA 4DJWA 5P2XA 4J1IA 9HVPA 2HPFA 5P5LA 2PMAA 1FMUA 1ZTZA 4RCEA 1KZKA 1QBUA 2O4LA 5OZFA 5DQ4A 3CIBA 5P4UA 3M9FA 3WZ7A 1HVHA 3TKWA 4Y53A 5P10A 1EPNE 1MPPA 5OZHA 2Z4OA 4Y5LA 2A4FA 1BDRA 3ZKNA 2P83A 1BXQA 2AOCA 4N00A 5P8JA 5P0SA 5P0ZA 4Y3MA 3S7LA 2IKUA 4J1HA 4R95A 2F8GA 1EC2A 5P6RA 4EQ0A 1OD1A 3QVCA 5BWYA 4D83A 5I3WA 1QBRA 5FIVA 3QRMA 5P6AA 5P03A 3TL9A 2G1NA 3BUGA 1HIIA 2QD6A 5P0HA 5P3KA 5P2VA 2QHCA 4Y3YA 5P2JA 2OHQA 5P0XA 4GJ7A 1HOSA 1HHPA 5IVRA 5P1IA 2R38A 3S7MA 4FS4A 5P5ZA 2XYEA 2VIYA 5P4CA 3ZKQA 5P5MA 5OZDA 2R3TA 5APRE 2QZXA 4ZIPA 4M8YA 3PSGA 5P79A 5P4ZA 4EPJA 1D4LA 3OUDB 1FMXA 2ZGAA 1Z8CA 5IS4A 5PEPA 1VIKA 2HPEA 2AZBA 4CMSA 4FE6A 1DIFA 3T7XA 3OGQA 5P34A 5F00A 1U8GA 4I11A 5OZXA 5P4XA 2I0DA 3O9CA 3PBDA 3ZL7A 1KJFA 1YM4A 1FLHA 5HE4A 3KA2A 2F81A 5P2BA 1SIVA 4GJ8A 4F74A 3KMYA 4YCYA 5P0OA 3VEUA 5AH7A 1GVXA 2AOJA 5P0UA 3CYXA 4K4PA 3LZVA 5P6KA 1FB7A 5P2IA 5P0DA 3K5DA 3FV3A 3PWMA 3JVWA 5P73A 1MRWA 5EZXA 3EC0A 1LF3A 1NPAA 4B77A 5OYQA 4H3IA 5COKA 5P1TA 5P5BA 3NSHA 5P0EA 3UQWA 5JFPA 5P74A 1BVEA 3RU1A 1ZPKA 4DI2A 5IVQA 3QP0A 1W5WA 2ZJLA 1YX9A 1XE6A 2BQVA 3RSXA 1EC0A 3BGCA 4PZWA 5P3LA 2VNNA 3SM1A 1E82E 5HE5A 5P70A 2PH6A 1SH9A 2PC0A 5P11A 3FNUA 4Y3NA 2CEJA 5OYYA 5AGZA 4QJ7A 4ZSRA 1Q9PA 5DGUA 4XKXA 3T6IA 4Z50A 1BWBA 1KJHA 2IENA 2G22A 5DGWA 5P33A 4EQJA 5KOSA 4Y3EA 4Y4ZA 5P00A 5P1XA 3EKPA 1LZQA 4L6BA 5AHBA 1RNEA 2QNNA 3N4LA 3NXNA 2BB9A 1EEDP 2BPVA 5P1WA 3DCKA 1XE5A 3PBZA 4Y36A 3SM2A 2IDWA 1MT8A 1PSNA 5P6ZA 2WF0A 3FX5A 5P0IA 5P7EA 1RPIA 5P7BA 4I0DA 2G24A 1IDBA 4YD4A 3S8IA 5P23A 3PWWA 4PPHA 2I4DA 2NTRA 2OAHA 5OZBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LF4 A;  4JP9 A;  1D4J A;  2J9J B;  3SAA A;  3VF7 A;  5P3N A;  5KOQ A;  5KAO A;  1B11 A;  5P2W A;  5P01 A;  2AOD A;  5P52 A;  3IAW A;  3CYW A;  5SY3 A;  2WEC A;  5P3E A;  2F3F A;  4JEC A;  5OZT A;  3QPJ A;  2R5P A;  1OEW A;  2BPX A;  3PCZ A;  1HTR B;  1B6P A;  2AOG A;  2WF3 A;  2B7Z A;  2OHR A;  1HXW A;  5P7O A;  4ZE6 A;  1LEE A;  1D4Y A;  3PI5 A;  1IVP A;  5P8H A;  1T7K A;  1XN3 A;  1ODX A;  5P7M A;  1C70 A;  4YBF A;  5OZ4 A;  4YD3 A;  1ER8 E;  3ECG A;  5P2S A;  2HS2 A;  1HIV A;  5P6B A;  5P4Q A;  4Y5A A;  2AVO A;  3DV5 A;  5P24 A;  3D3T A;  4Y50 A;  2G1Y A;  4RVJ A;  5OYT A;  5SZ9 A;  5P6W A;  1A94 A;  3QRO A;  5P80 A;  3BHE A;  4D88 A;  5P7H A;  3VV7 A;  2P8H A;  4Y5P A;  5DQ1 A;  3LZY A;  3I7E A;  5P1A A;  4LL3 A;  2HIZ A;  2XFJ A;  1YM2 A;  5P6H A;  2HC0 A;  3PJ6 A;  4DJU A;  4DPI A;  5P8T A;  2Q5K A;  4XX4 A;  3H5B A;  1XL5 A;  2OHN A;  5P7U A;  1DW6 C;  2WEA A;  5DR4 A;  3ST5 A;  4CPW A;  4TVH A;  1W50 A;  4WY1 A;  1BV9 A;  5OYV A;  5P1R A;  2Q11 A;  3L59 A;  1EBW A;  2QI5 A;  5P25 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HCO A;  5C9F A;  2IRZ A;  4ZPF A;  2JJJ A;  1IZI A;  3DJK A;  5P26 A;  5P3W A;  5P3Q A;  3IGB A;  3R0Y A;  1C6X A;  2PH8 A;  4Y4J A;  4GJ6 A;  1D4I A;  4GB2 A;  2NR6 A;  3UCB A;  7UPJ A;  3SA9 A;  3K4V A;  2F80 A;  2O40 A;  4GJD A;  4CPT A;  5ISJ A;  2WF2 A;  5ER1 E;  1A30 A;  2P3B A;  4MC2 A;  4U8W A;  3R2F A;  2OHT A;  5P4T A;  2WEB A;  2BKS A;  2SAM A;  3D91 A;  5I70 A;  5OZI A;  1W51 A;  5OZG A;  3UDK A;  3SKF A;  3EM4 A;  5P59 A;  2AZC A;  1K2C A;  3T7P A;  4YBI A;  1LF2 A;  2QK5 A;  2G1S A;  2QU2 A;  1N49 A;  5SXN A;  1W5Y A;  5F01 A;  4Y47 A;  5P7D A;  4RCD A;  3VF3 A;  3BC4 A;  2ZE1 A;  5P86 A;  5P7G A;  5P5J A;  1K6C A;  4APE A;  5P8F A;  5P6M A;  4H1E A;  5P4L A;  1FQ4 A;  3OQA A;  4EWO A;  4U7Q A;  4QJ9 A;  3NDU A;  5HDU A;  2ER9 E;  5P89 A;  2ZJH A;  1BIL A;  4ACU A;  3RTH A;  5KR2 A;  4CPR A;  2I0A A;  2NXM A;  3O99 A;  3EMY A;  5OYR A;  3EL9 A;  1ZPA A;  4RRO A;  2AVQ A;  2P4J A;  3NU6 A;  3ER3 E;  4DJV A;  4GJ9 A;  4LC7 A;  5P2M A;  3ZMG A;  4Y5M A;  1SBG A;  4R92 A;  3GW5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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