5P18A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 91
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p18A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p18A01
5P5DA 1A94A 3TKWA 5P0NA 3G6ZA 2I0AA 3IA9A 5E5KA 4D88A 3D1YA 1GNNA 5P87A 4S1GA 2G94A 5P15A 2OHLA 2ZHSA 3BVBA 5P4SA 2WEZA 2V10C 4FM7A 5P14A 5P3IA 4Y4XA 3UDQA 3OAGA 4NJSA 5AH7A 3SPKA 2AZ8A 5P6VA 2G69A 5P8SA 5P7OA 2AOFA 5JFPA 3I2LA 5DQCA 5KQYA 4GJ9A 5P1DA 5HDZA 4I8ZA 5OYQA 5P3XA 5P1SA 5P8RA 3EL1A 5P3HA 2OF0A 5P2IA 4RVIA 3K5GA 4Y36A 5OZHA 4JPEA 4YD5A 4R92A 3S43A 3KDDA 1YG9A 2G20A 5P1AA 5P3NA 3BXRA 2BJUA 3EKQA 3O9LB 1HPOA 4Y39A 2J9JA 1RV7A 4IVTA 4U8WA 3UPJA 4WY6A 5P77A 2QNNA 3CIBA 3OK9A 3T7QA 5OZEA 3HAUA 3LITA 5P8AA 5IVSA 1D4YA 5P1TA 5T4SA 5P63A 4Y3TA 5OYVA 1EPRE 2HIZA 3OQFA 2O40A 1ZLFA 5P1NA 1EPME 1IVQA 4L6BA 5DQ1A 3QROA 5P8DA 3UQRA 2ZHUA 4L7JA 4PYVA 1JLDA 5P6DA 3URIA 1LF2A 1TSUA 4RCDA 4RRNA 3NDTA 5OZ0A 5OZJA 5P5IA 3LPKA 4PHVA 2HS2A 3T6IA 5P4GA 1NH0A 3NDXA 5I3XA 4I0EA 4UPJA 2NXMA 3H0BA 5P81A 2QZKA 5P6YA 5P6WA 2WEBA 3Q3TA 1CZIE 4DJQA 3HZCA 5P03A 3UDYA 5P0SA 1YTHA 2PH8A 3RSVA 3ZKGA 1AXAA 5OZ4A 4R8YA 3DCKA 3L5DA 5P06A 1KJHA 3PI0A 4R95A 1FQ7A 1WKRA 5P5EA 3AIDA 5P49A 3OADB 4PPHA 2G21A 4Y53A 1Q9PA 5P7IA 2NXLA 4Y3AA 5I3VA 5DQ4A 3PCWA 5P55A 3NWQA 3A2OA 4DJPA 2V12C 2QU3A 4Y43A 4CPSA 2ZJIA 2VIZA 4HDPA 3SM1A 4U7QA 3CKPA 1K2BA 1YT9A 3VUCA 3LIQA 4EP3A 5P88A 5HDUA 4QLHA 1B6PA 4RYGA 1HVRA 3O9EA 5AHAA 5ISJA 3NU9A 5P1LA 3RVIA 4J1EA 4LXKA 2I4DA 5I3YA 3TPLA 5P6CA 4JPCA 1BDQA 2ER6E 3SKGA 1LS5A 3QI1A 4FM6A 3BXSA 5P3TA 5P47A 2I4QA 4Q1XA 2NTRA 5P6EA 3SA8A 2AOGA 1HSIA 4HDBA 2O4NA 5SXNA 3LPIA 3FNUA 2R38A 5P1UA 4Y5KA 4Z2ZA 1MUIA 3PB5A 2IQGA 1W5XA 4MC1A 3L38A 4QJ9A 3OXCA 3EKTA 5P38A 1MSNA 5KQXA 1EC3A 2PH6A 5P70A 3JVWA 4Y37A 2H6TA 3NU5A 1HVIA 5DGWA 2VS2A 2RSPA 3IXJA 5P0ZA 2VKMA 3S85A 2BKTA 3L5FA 2B7FA 3TOGA 4EJKA 5P54A 4J17A 3ZPSA 5P89A 4Y4GA 4Y5AA 1W51A 2QNPA 3OGQA 3TH9A 1T7JA 5OYSA 1MPPA 2Z54A 3K4VA 4EJLA 5PEPA 3DV5A 5P8HA 5P2EA 2H6SA 4Y5MA 4BELA 2R3TA 4PEPA 1EPLE 4Y38A 3SACA 3SA6A 1UH7A 1A9MA 4Y3WA 1A8KA 4A4QA 3O9CA 4I10A 3UDJA 4YOBA 2ZJMA 3B80A 5OYUA 1EBWA 5P27A 4K8SA 4DJOA 4XX3A 1D4KA 2ZE1A 2NNPA 4DPIA 3DUYA 3ZLQA 2OHUA 5I70A 2QI4A 5P3JA 3PGIA 5B18A 5P2CA 3QVCA 3PWMA 1D4HA 2O4SA 5P0RA 4GJ8A 3HW1A 5P3PA 5P72A 2HB3A 5OZ6A 2UPJA 5OZNA 4D89A 4Q5MA 2VJ9A 5P51A 5P40A 5HE4A 4EYRA 5P7HA 3MSJA 5SY3A 5P4HA 5P6XA 5OZ1A 3SAAA 5P50A 3VV7A 5OZ7A 5OZWA 4Y57A 3RTMA 4FL8A 4EP2A 4I1CA 4NJVA 5P7JA 1HBVA 2F3EA 5KR1A 3CICA 5EZZA 3TOFA 3SKFA 1LYBB 2F3FA 4OBJA 2Q63A 2G27A 5OZCA 3NU6A 3VF5A 3ZKQA 4K9HA 3S45A 3MWSA 3DK1A 1HPVA 2BB9A 2F80A 1D4IA 4RVXA 2ASIA 8HVPA 5P6OA 1LV1A 5P5RA 3INHA 1CMSA 4K4QA 3FNTA 5P1EA 5P5PA 1QBTA 1OD1A 4Y5EA 3D20A 5P17A 3VF7A 5DR0A 2OAHA 1FMBA 5P6LA 1XS7D 2ER0E 3B7VA 5P7UA 2Q64A 2ZHVA 3BGCA 3EL4A 5P8MA 4L1AA 5P8CA 4FSEA 4Y5CA 3ER3E 1FB7A 3UDNA 2NNKA 4GB2A 4ZSMA 5OZKA 3TTPA 1SMRA 4H1EA 5P43A 1GVVA 5P5BA 1AAQA 5OYYA 5P4CA 5KAOA 3U7SA 3L58A 3L3AA 1LYAA 3LNKA 1DPJA 1HSGA 5P3RA 4J0PA 4BFDA 2F8GA 3MSLA 5P8EA 1TQFA 5P4MA 2VA7A 4L7GA 3O9AA 5IS4A 5P2ZA 5P6KA 5P16A 5P22A 3EL9A 4CPRA 2PSGA 1PSOE 1C6YA 3Q6YA 2XFJA 3D91A 3WZ7A 5OZBA 4F75A 5P2LA 4EXGA 4F74A 3KMYA 1QBSA 1XE6A 5P2SA 4OD9A 2IS0A 5OZRA 5C9BA 2I4UA 4EWOA 1NPVA 5P36A 1BILA 3QBHA 1W6IA 2FXEA 2UY0A 3OTSA 1HXWA 4ZSPA 3GW5A 5P5GA 3PWWA 4J1FA 4CPQA 5P1KA 1Z8CA 4RCFA 3QAAA 2XYEA 3G72A 4JP9A 3OU4B 3JW2A 5P0OA 3F9QA 1UH9A 1B5FB 1K2CA 2Q5KA 4FRSA 2QI5A 3QP0A 2ZJJA 5OZOA 1M43A 2QHZA 5P3ZA 1MTRA 2PSVA 4D85A 1AJXA 2VNMA 3IXKA 5P44A 4AA8A 5DR1A 5HDVA 1FQ6A 3NYGA 5P6FA 4YDFA 2F81A 5DPZA 1VIKA 2CEJA 1KZKA 2BBBA 2AVOA 2QD6A 2HS1A 5P2MA 5P79A 4D83A 1KJGA 3VCMA 3NUOA 4GIDA 3ZOVA 2AQUA 1SIPA 1APUE 1XN2A 5P2DA 1PFZA 5P6SA 5P2UA 4Y3ZA 1W6HA 3KF0A 1W5WA 3BUFA 3MXDA 3INEA 1QS8A 1SDUA 4GJ7A 3ZPTA 1SIVA 5P3WA 2R9BA 5P5HA 4I0FA 3O9BA 1GKTA 3OUAA 5P7QA 1TW7A 5BRYA 1IVPA 1FFFC 1EC0A 3FSMA 5P5LA 3NDWA 3OU1A 2QK5A 5HE7A 5OYXA 1GNMA 5P5WA 5P24A 4B1CA 3O9HA 4FLGA 4LHHA 2B42A 3WSJA 5DR3A 1SP5A 4HLAA 3OXWA 2P3BB 2Q3KA 5P3UA 5P5MA 4R93A 2Q11A 5P3LA 5E5JA 1K6VA 4Y3FA 2XFKA 5P84A 5P8BA 4Y4BA 5P09A 5P5VA 5P0CA 2QZWA 3NU3A 3KA2A 1HVHA 5P6JA 3ZKIA 4DQEA 3EM3A 5P80A 2FXDA 4QJ8A 5JODA 4YD7A 3RTNA 5KR8A 2NMYA 2F3KA 3QRSA 3SA9A 5P67A 3HLOA 5P23A 7UPJA 5F01A 5P05A 1QRPE 4Y41A 4R5NA 5OZMA 5P4UA 1IZHA 5OZ3A 5SY2A 3APRE 2JE4A 5P73A 3ZL7A 5P3CA 4OBZA 1ZPKA 4Y45A 1K6CA 1MTBA 3OUDA 2QD7A 5OZAA 4Y9WA 2VA6A 5P76A 3DJKA 1EPQE 5P5XA 2P8HA 3QRVA 1RPIA 7HVPA 3AUPA 1SGZA 4LP9A 3GI4A 1ODXA 5P5OA 2A4FA 1AM5A 5P6TA 1IZEA 3S2OA 2ZYEA 5DGUA 1W50A 3NU4A 5EZXA 5P4TA 4CMSA 5P4XA 1M4HA 5P46A 4Y3MA 5P7CA 4NPTA 4E43A 2WEAA 2OHQA 3OXXA 4LL3A 1PPME 1VIJA 3LIYA 2VIEA 1IZDA 2FGVA 2FGUA 2QNQA 3PBZA 1HEGE 3K1WA 2EWYA 2QZLA 4DH6A 1IIQA 4U7VA 1MRXA 5P4AA 3LIXA 3LPJA 5P34A 2IRZA 3PSUA 5P7DA 1C6XA 4J1KA 2QCIA 2FIVA 3MXEA 3RSXA 5P6PA 1B6JA 4K4PA 1K6PA 5P0PA 4TRYA 4KB9A 2QI6A 3K4VC 5P28A 2AOEA 5P3KA 3SQFA 5KR0A 1MT8A 3KMXA 4XXSA 2ANLA 5P7LA 4RLDA 5P1HA 4L7HA 3SLZA 4J0TA 2ZJHA 4Y4JA 2QMFA 1FG6C 3R0WA 2P83A 5P4PA 4ZSQA 4HDFA 5P7NA 2ER7E 5P0GA 4WTUA 3IN3A 1DW6C 1LYWB 3VEUA 5P7KA 1T6GA 3DOXA 5HD0A 3HD8A 5P45A 3QN8A 2OHPA 3SABA 3LZVA 5P42A 4KE1A 4APRE 4YCKA 3EL5A 3I6OA 5P5SA 3LIZA 4X2LA 3UTLA 3WB4A 4DVFA 3KFSA 2IENA 4M8YA 2JJJA 4Z22A 4NKKA 5P7MA 5P3GA 4Y4UA 4LAPA 5AH6A 3URJA 1FF0C 5AH8A 4I8WA 2V0ZC 4TVGA 2B60A 1ER8E 2FS4A 1F34A 5P2YA 5FIVA 4DJWA 2HM1A 4YCYA 3ZKMA 5ER1E 1APWE 1A30A 1META 3SA4A 5P18A 4LXMA 3N4LA 1Z1RA 3NUJA 3UQUA 5P59A 4COEA 4H3JA 2Q55A 1T3RA 1FQ5A 4QJ7A 3CYXA 3Q70A 4HE9A 6APRE 1HXBA 5P62A 5P7PA 2QHYA 4ZSRA 2SAMA 4Q1WA 1GNOA 1HPSA 5P4KA 3PLLA 2O4KA 2MIPA 2V11C 5P6QA 1E82E 3PJ6A 2I4VA 5P2OA 5P32A 4GJCA 2VJ6A 3EM4A 1T7IA 1MT9A 5OZVA 3ZKNA 3KFPA 5P86A 1MRWA 5P4JA 2HPFA 5P66A 4Y4WA 3I8WA 5P2AA 4OBHA 5P30A 3O9LA 5P8KA 2P3AA 4EJ8A 5P0EA 3NLSA 1FLHA 5OYZA 3BHEA 1W5VA 5DR7A 5AH9A 4OC6B 5OZTA 3PHVA 5P3BA 3S7LA 3BGBA 1HOSA 5P4VA 4ZEAA 3EM6A 1AJVA 5P33A 1EBZA 1J71A 3UF3A 3C9XA 1BDRA 3LZUA 1FQ8A 3TPPA 5IVTA 1TCWA 4I0IA 1UPJA 5ENKA 1W5YA 5P19A 1HVSA 2NR6A 5P8UA 2AOCA 3KT2A 3VV6A 1SDVA 4QJ6A 5KQZA 5P39A 1M0BA 4BEKA 5OZGA 1EPNE 2P3CA 5P0BA 2APRA 3VG1A 3OOZA 4Y51A 3LINA 1G0VA 4Y3RA 3PCZA 5HCOA 5OZFA 1FMUA 4K4RA 5P6NA 2OHRA 4MC2A 5OZIA 5P57A 5P0XA 1HVCA 1BVEA 5P5UA 3NWXA 4YD4A 5P2BA 4TRWA 1TCXA 2ZHTA 4AA9A 4Y3XA 1D4LA 5OYTA 5P6HA 5P3DA 1T6EX 4IVSA 4J1CA 4CKUA 3VLAA 3BC4A 4RRSA 5P10A 1FEJC 4RCEA 5P5NA 5BWYA 2G1YA 5P7SA 3OADA 3O9IA 4Y5BA 4GYEA 5DR4A 3BUGA 2QI7A 3S56A 5P4FA 3UFNA 1HTEA 2WECA 5HCTA 4DQBA 3UQXA 3RTHA 5P8IA 4AZYA 5P01A 4Q1YA 4ACUA 3PLDA 4BFBA 2QI3A 1DIFA 1XL5A 4DQFA 2RENA 5P0VA 5OZ9A 1SBGA 5P6RA 3ST5A 4RZ1A 1IDBA 5P1JA 1KJ7A 5C9DA 2RMPA 3IN4A 2G1SA 4OBDA 1HTGA 5P52A 4GJBA 2QHCA 5P13A 5P2FA 5P8OA 2JJIA 1HVKA 1DP5A 2IEOA 4FM8A 3R0YA 5ER2E 1HHPA 5OYWA 1LF4A 3O9DA 1D4SA 1AIDA 1FQXA 2XFIA 5APRE 2JYSA 5P7YA 5OYRA 2OHMA 2BPWA 3OAGB 1SMEA 2QMPA 1AZ5A 2R5PA 4Y3SA 5P8LA 1EBYA 1AVFA 3NSHA 1ZSRA 2I1AA 1E5OE 3HDKA 4Y3QA 5HDXA 1TZSA 4OBFA 4FIVA 4FSLA 5JG1A 5P4ZA 5P0DA 3Q5HA 4OBGA 1EPPE 1YTGA 3OUCA 3S43B 1ZAPA 5P1BA 3UQPA 4DQHA 2HB2A 2G22A 1HTFA 2QI0A 4APEA 1FFIC 2J9JB 4FGXA 4Y3JA 2PWCA 4HEGA 4ZIPA 3T7XA 3UDHA 5P0MA 5P2VA 3PRSA 5P6AA 1B6MA 4Q1NA 5P0LA 1YTIA 2IL2A 3UDMA 4Y44A 5P1FA 1E81E 2ZJLA 1YX9A 3D1XA 1HPXA 5P56A 5HTZA 3EXOA 4YOAA 1F7AA 4DJYA 4PZWA 1HIIA 4EHCA 3OGPA 4AMTA 3PBDA 3BVAA 3MSKA 1B11A 1C70A 3PEPA 4RVJA 3IXOA 2R8NA 4CP7A 1EBKC 2FDDA 1BV7A 4KUPA 5P2TA 3PMYA 3FIVA 2PQZA 2IKOA 4EPJA 2AZBA 5P5ZA 3DCRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5D A;  1A94 A;  3TKW A;  5P0N A;  3G6Z A;  2I0A A;  3IA9 A;  5E5K A;  4D88 A;  3D1Y A;  1GNN A;  5P87 A;  4S1G A;  2G94 A;  5P15 A;  2OHL A;  2ZHS A;  3BVB A;  5P4S A;  2WEZ A;  2V10 C;  4FM7 A;  5P14 A;  5P3I A;  4Y4X A;  3UDQ A;  3OAG A;  4NJS A;  5AH7 A;  3SPK A;  2AZ8 A;  5P6V A;  2G69 A;  5P8S A;  5P7O A;  2AOF A;  5JFP A;  3I2L A;  5DQC A;  5KQY A;  4GJ9 A;  5P1D A;  5HDZ A;  4I8Z A;  5OYQ A;  5P3X A;  5P1S A;  5P8R A;  3EL1 A;  5P3H A;  2OF0 A;  5P2I A;  4RVI A;  3K5G A;  4Y36 A;  5OZH A;  4JPE A;  4YD5 A;  4R92 A;  3S43 A;  3KDD A;  1YG9 A;  2G20 A;  5P1A A;  5P3N A;  3BXR A;  2BJU A;  3EKQ A;  3O9L B;  1HPO A;  4Y39 A;  2J9J A;  1RV7 A;  4IVT A;  4U8W A;  3UPJ A;  4WY6 A;  5P77 A;  2QNN A;  3CIB A;  3OK9 A;  3T7Q A;  5OZE A;  3HAU A;  3LIT A;  5P8A A;  5IVS A;  1D4Y A;  5P1T A;  5T4S A;  5P63 A;  4Y3T A;  5OYV A;  1EPR E;  2HIZ A;  3OQF A;  2O40 A;  1ZLF A;  5P1N A;  1EPM E;  1IVQ A;  4L6B A;  5DQ1 A;  3QRO A;  5P8D A;  3UQR A;  2ZHU A;  4L7J A;  4PYV A;  1JLD A;  5P6D A;  3URI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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