5P1FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 98
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1fA01
3CMSA 4QJ8A 1BDRA 4L6BA 3OOZA 1D4YA 5DR8A 2XYFA 5P1FA 5P0AA 2QNNA 5P2OA 4DJQA 4K9HA 4PZXA 3L38A 4Y5CA 3TL9A 5OZ7A 2G94A 1FKNA 2CENA 2JXRA 4ZSPA 5P7MA 2VNMA 1A8KA 2O4NA 3TPRA 5SY2A 3LZSA 4EQJA 2P3DA 1FF0C 4D83A 2QU3A 4LXMA 5C9FA 1SIVA 5ER2E 1EPLE 4ZPEA 5P8OA 4Y4EA 2F3FA 2ER7E 3CKPA 4NJUA 5HVPA 5P05A 3WB4A 5P0EA 2FLEA 4HEGA 5P0JA 5P4UA 5P2LA 3GI5A 4Y3RA 2NXMA 1EAGA 4DPIA 2Q15A 5P3XA 3EKYA 4Y57A 5P07A 1LV1A 4Y43A 3HDKA 3R0WA 1W6HA 4AZYA 2WF0A 5P1TA 3ZL7A 5P5JA 1HVRA 1YTIA 3ZKXA 4CPWA 1OD1A 4EPJA 5SXNA 2XFJA 4HDFA 3GI4A 3D91A 5KQFA 5P4HA 3T7XA 4I8WA 1HOSA 4A4QA 5P6EA 1W5XA 5UPJA 4KE0A 3PSUA 3ZLQA 5P5FA 4DJVA 1FLHA 3LIQA 1Q9PA 5P02A 5DQ4A 2ZGAA 5P19A 2QZXA 4J5JA 2WECA 3SKGA 4Y36A 4Y4BA 5ISKA 4ZEAA 5P5IA 3PI0A 4ZPFA 3HD8A 4RCDA 5OZPA 3D1ZA 3PEPA 5DR4A 2IENA 2BBBA 4DI2A 4D88A 1T7JA 4XX3A 1AAQA 3S54A 3PSYA 2UPJA 4DQEA 4ZE6A 5P3QA 1LYAB 4I0HA 4DJPA 4QJAA 3K5CA 1FMUA 5P4PA 3CICA 1HXWA 1HEFE 3DOXA 1HIHA 3KFNA 5P06A 1ZBGA 2P8HA 2FDPA 4S1GA 4ZIPA 2QI5A 5DGWA 2ER0E 3SM2A 1BDLA 4XXSA 2G22A 4K8SA 1EC0A 1QS8A 2G24A 4Y3SA 2JYSA 5P2JA 8HVPA 5OZYA 5P6CA 5P3CA 3S7LA 2OAHA 1TSUA 2ER6E 3KT5A 5AH6A 1PSOE 4FCOA 3EM3A 1MRXA 3LPJA 1FIVA 3ST5A 2NNPA 4EJ8A 2QD7A 5OZBA 1YG9A 4PPHA 1Z1RA 4Y5KA 3HBOA 3MXDA 4TRZA 3HVPA 1UH7A 3WB5A 5J25A 1B6MA 5AHCA 5P7SA 2FXEA 3FV3A 2QI6A 4BELA 4OBDA 3IVIA 4L7JA 4JPEA 3ZKGA 5P5DA 1LYWB 2IL2A 4OC6B 1E81E 3I8WA 3BGCA 1A94A 3QRVA 5HU1A 5OZDA 1FQ7A 3VF5A 2WEZA 3OXCA 3K5FA 4I0GA 4EXGA 1DIFA 4GJ7A 1LYWA 4Y41A 1HTRB 4YE3A 4OC6A 2QI0A 1EBWA 1DP5A 1UPJA 5P4CA 5HE5A 3UPJA 5P7KA 1HSIA 1C6ZA 3NU6A 3SPKA 3OADB 2FDDA 3L5EA 4DUSA 4YCYA 2Z54A 3EBZA 3INEA 2AIDA 1HVKA 5P4SA 1K6CA 5AGZA 4J1EA 4LXKA 4AUCA 2QK5A 2QHYA 3S43B 1C70A 5P0SA 3OADA 5P20A 3EL1A 3R1GB 2ER9E 5TOLA 2OHRA 2VA7A 3F9QA 3CIDA 2V12C 2Z4OA 3DCRA 5C9BA 5P44A 5P30A 2I0AA 4LAPA 2VNNA 5P8LA 3S43A 3DUYA 2BKTA 3ER3E 5P1PA 2ANLA 1W5VA 2Q55A 5P4MA 5HU0A 4FE6A 5P47A 4WTUA 1HSHA 1IZDA 5P6VA 4B00A 4QJ2A 5P13A 4B05A 1B5FB 5P5RA 3HW1A 3VYDA 5B18A 5P5KA 5DQ5A 5HD0A 3NDUA 2QU2A 5DQCA 5KR2A 5P1XA 2AVQA 1RV7A 5P7WA 2BPYA 4KE1A 4I1CA 4J0PA 4LC7A 4R93A 4Y6MA 3BVAA 1FQXA 4J1FA 1W6IA 3BGBA 2NMYA 1B5FA 1HVIA 1FQ6A 1GKTA 4DJUA 5P39A 5FIVA 4Y3QA 4YD4A 5P7VA 4EYRA 1EBKC 1ZPAA 5P8CA 4ZSQA 5P14A 5P5BA 2R3WA 1VIKA 4Y3MA 3WZ8A 5P4DA 3K5DA 1F34A 5OZ6A 1EC1A 2RMPA 5E5JA 5P8MA 1D4IA 3IN4A 5OZAA 5I3WA 5IVSA 2CEJA 2P4JA 4DQFA 3BXSA 4RCFA 3TOGA 4AA8A 4DFGA 5EZZA 5I3YA 3WZ6A 2O4KA 3PLDA 4QJ6A 2R9BA 4Y4WA 5P1EA 3KFSA 3EKTA 4HA5A 3QBFA 2R38A 3MSLA 5P2QA 4YBFA 3OUCA 3DV1A 2G1NA 3O9HA 1ODYA 5OZSA 4JPCA 4AMTA 2P83A 3LIYA 3SAAA 1T6EX 5OYVA 1E82E 1EPNE 1GNNA 3A2OA 1UH9A 2G1SA 5P6HA 1D4KA 1K2CA 4F75A 1B6JA 5P7LA 4JOOA 1GVWA 4HVPA 4RYGA 3K1WA 3NWQA 5P3ZA 4PEPA 4MC1A 1T7KA 1SGZA 3OGQA 1DPJA 4YD5A 1B11A 3AUPA 3GW5A 5P4TA 4Y9WA 2ZJMA 3FNSA 2WEDA 1N49A 5P4YA 3URJA 5P7EA 2HC0A 4FIVA 4B1CA 4Q1YA 5P12A 5P0WA 5P7RA 2OHLA 3OU3A 4R5NA 4OBJA 3NU4A 2OHQA 2HS2A 5P2GA 2ZHTA 1FGCC 5P42A 2AVSA 3VV7A 4I10A 5P4KA 4ZSMA 5P2BA 3PHVA 4F73A 5I70A 4Y3PA 1ODWA 5P0NA 4DJXA 5P55A 1BV9A 2ZHVA 3D1YA 5OZUA 3OU1B 3LPKA 1HPXA 3FSMA 3O9EA 2ZHSA 2H6SA 4CP7A 4PHVA 3M9FA 4FL8A 2OF0A 3HAUA 3MSJA 2AODA 3OU1A 4WY6A 5OYWA 3B80A 4Y3TA 5P7NA 2VA5A 1CPIA 4GJAA 5P0ZA 3BC4A 1UH8A 4CMSA 4DH6A 2NXDA 3OQDA 3MSKA 2V0ZC 5P6XA 5P6SA 2QCIA 3PWRA 5P76A 1AJXA 3CYWA 5P88A 5P5VA 1FMXA 3OXWA 5P23A 5P0BA 3D20A 2F3KA 3VV6A 5JG1A 3OQ7A 5P4AA 3CYXA 5P33A 1IVPA 4B78A 3KFPA 2QHZA 2BPZA 5OZVA 5P3AA 4Y3FA 5P6FA 3OWNA 4I0FA 5P43A 4LL3A 3OAGA 3ZOVA 3NXEA 5P5GA 1GVVA 5P1UA 4GJ9A 5P60A 3CKTA 4PYVA 1B6LA 5P0IA 4GZFA 4H3FA 3BXRA 1MERA 4TVGA 4GJ8A 5P4NA 3HVGA 5P58A 3S7MA 5P0DA 1AIDA 1IVQA 1YTHA 2HB3A 3VF3A 5P0YA 4DQHA 1PROA 1M0BA 5P4JA 2VKMA 2I4QA 1ZLFA 1GVXA 3NU3A 1PPKE 5P8DA 5P24A 3RU1A 3OTYA 4FM6A 4BFBA 5IE1A 3UQWA 1ZSFA 4Y3HA 4QGIA 1CZIE 4LXAA 2RKGA 5P37A 4J1KA 3VUCA 2ZJLA 1EPRE 2FIVA 5P2CA 5P4GA 5P82A 2VJ9A 1RQ9A 2PWRA 2FGUA 4Y37A 4HDBA 3FNUA 4CPRA 1NH0A 5P2KA 4EWOA 5OYSA 4FRJA 3I2LA 1KJ7A 4R95A 2QZLA 5P53A 2I1AA 4ZPGA 3VYFA 4NJTA 5P6KA 3SACA 2IGYA 4YCKA 1XS7D 1TW7A 1AM5A 2G21A 4FSEA 2V16C 3FIVA 3UDRA 4L7HA 4RVXA 4Y3XA 4Y3ZA 5P0LA 2QZKA 3VEUA 2WF1A 5P5NA 5COOA 5COKA 1ZJ7A 4Y3GA 5P0RA 5P15A 4ACUA 3L3AA 5P4IA 5HDVA 3HZCA 3G72A 5OZRA 2HPFA 3UDMA 1PFZA 3INDA 4IVSA 5T4SA 5OZIA 3PWWA 3LZYA 1HTEA 3UDJA 5P1NA 1K2BA 5P78A 5P7GA 2BPVA 2FDEA 4YD6A 1LYBB 2ZHUA 3KM4A 4UPJA 4Y44A 4RVIA 5BRYA 4OBKA 1BIMA 1RL8A 1EPQE 4Y3EA 2IDWA 1CMSA 1QRPE 5P0PA 3O9AA 2OHNA 3LIZA 5F01A 1D4SA 4YCTA 4DV9A 5F00A 1XL2A 5ENMA 4YHQA 1LYBA 5EZXA 3EL0A 5P5PA 3OQFA 3QRMA 4QJ9A 3IA9A 3O9BA 4R91A 3TNEA 4M8YA 1MT7A 4WY1A 2WJOA 5P6WA 2QMFA 4D8CA 2I4WA 3OOTA 2PH6A 2VJ7A 4TRWA 4Y39A 2RENA 2WL0A 5P1QA 3NU5A 3S2OA 2QNQA 5P1GA 4Y56A 3OXVA 4COEA 1QBSA 4GYEA 1FQ5A 2XFIA 1LYAA 4Q1WA 5P5SA 2PK5A 1HBVA 3INHA 3BHEA 2V00A 1MPPA 2IGXA 3TOHA 2HS1A 1MT8A 1W50A 5DR7A 2UY0A 1AXAA 1K6VA 4I8ZA 5P3HA 2IRZA 2FNTA 4GIDA 5P7HA 4LBTA 2WF3A 3IXJA 4E43A 5P35A 5P74A 5P79A 4OBGA 2OHSA 5KQYA 5P0KA 3LZUA 5P16A 3RVIA 3OU4B 4X2LA 5BS4A 3OY4A 3QN8A 4GB2A 5P1JA 1BVEA 4GJ5A 5P83A 5OZ1A 5P70A 5I3VA 5P81A 4QLHA 3EL5A 4EXHA 2OHKA 4Y5LA 3TOFA 2V13A 3OHHA 3H0BA 4J55A 3OU4A 3PGIA 1HEGE 2BPWA 2FNSA 5P7XA 4J0VA 3QVCA 4J1CA 4CPTA 2WEAA 1D4JA 5P4ZA 1IDAA 5P5UA 5P8AA 3L5DA 5P6ZA 1EPME 1W5WA 4H3GA 4DJOA 2AOEA 2R8NA 4KB9A 1QDMA 4APRE 5IVQA 1APTE 5P4LA 2Q5KA 4ER4E 5P2RA 2G1YA 1ME6A 4PZWA 3LIXA 5P8IA 1NSOA 1KJFA 5P7YA 4K4PA 5OZTA 3LPIA 4OBFA 3PWMA 3N4LA 1DAZC 4Y3LA 4YOAA 5P7UA 2OHPA 3SKFA 1TCWA 5HCTA 2G1RA 3D3TA 1FG8C 5P8GA 3KMXA 5P77A 5P1CA 4Y35A 5KOSA 3JVWA 5P1DA 5OZ0A 1XL5A 4Y58A 1GNOA 5P8VA 4N00A 2Q3KA 3QS1A 2QI1A 3S45A 3L58A 3SA5A 3VLAA 3KT2A 3TKWA 2AOHA 2V10C 1MIQA 4FAEA 1SDUA 5OZOA 5P2FA 4LP9A 3EXOA 3ZMGA 5P1RA 3ECGA 1BWAA 3O9LB 5P7JA 3JVYA 3O9IA 3B7VA 3EL9A 1HVLA 2VIEA 3QVIA 4R8YA 4Y3NA 4DVFA 1LZQA 4Z50A 3PSGA 1ZSRA 5OZ8A 3C9XA 1ZPKA 1HTGA 5P86A 3FNTA 1MT9A 1MEUA 1FG6C 3ZKSA 5OZMA 2VIYA 2B60A 5P1WA 5P89A 4B0QA 2BPXA 4H3IA 3URIA 4Y4UA 5P3KA 3MXEA 3NYGA 3OTSA 5P8UA 5P5XA 4ZLSA 4NPUA 4FAFA 3EMYA 4Y3WA 1BDQA 5P4OA 4NPTA 2QMDA 5P4RA 3GGVA 4EJDA 3NR6A 3G70A 4Y54A 5P3YA 3K5GA 5P3DA 1D4LA 4NJVA 5P25A 5P5YA 5P6DA 3OQKA 5P7FA 4M8XA 2HIZA 1NPWA 2QZWA 5KQZA 1XDHA 5P1OA 4I0IA 5P68A 4Y5PA 5OZ2A 5P6MA 5P71A 5P4FA 4H3JA 3URLA 5C9DA 3QIHA 5P8PA 1RNEA 5P7DA 5P5LA 5P2VA 5P22A 3UQXA 3VFBA 2JJIA 5OZFA 2A1EA 4RVJA 4U8WA 3DM6A 1KJHA 2V11C 1A30A 5DR3A 4Z2ZA 5OZZA 4BFDA 3OQAA 4GJ6A 5HDZA 5P5OA 1C6XA 3PCWA 5OZEA 5P8RA 5HTZA 3EL4A 1YTJA 4HZTA 5P50A 5P6RA 3NWXA 2FMBA 5P6YA 3PBDA 3NUOA 2F81A 3NDTA 3RTHA 2ZJNA 2MIPA 5HCOA 1XN2A 2FS4A 1SBGA 2VIZA 4Y45A 5P01A 4B70A 2P3BB 4I0ZA 3OK9A 4FS4A 5OYZA 5OYYA 5P28A 3VF7A 1E5OE 4GMIA 2PSVA 4TRYA 2F80A 3KN0A 2O4LA 4ZSRA 2WF4A 3S53A 4DPFA 3PLLA 4R92A 1K6PA 3PB5A 2P3BA 2QMPA 5OZGA 3SA4A 4MC9A 1BXQA 1VIJA 2NTRA 4B1DA 3U6AA 5SZ9A 3LITA 3NDWA 3OUDB 1G0VA 5P67A 3O9GA 3APPA 5DGUA 3PM4A 5P3VA 4Y5MA 5P4EA 3QP0A 2PK6A 3ZKIA 5P2XA 1MUIA 3OUDA 5P59A 5P8HA 5P57A 3OXXA 7HVPA 4TVHA 5P3EA 5P56A 3GGAA 5P27A 2I4UA 4Y5GA 2IS0A 3TTPA 2IEOA 2P3AA 3OGPA 4OD9B 5OYXA 5P87A 5P84A 5P6OA 2B42A 4JP9A 4I0JA 1QBRA 5P7QA 4IVTA 1HVSA 3KYRA 4AA9A 1MTBA 1NPAA 2ZDZA 5CONA 1SMEA 3NDXA 4Y3DA 4OD9A 3UDNA 2ZJHA 1PSAA 5IS4A 4GJDA 5IVTA 4ACXA 1DW6C 4BEKA 5P61A 3ZPSA 5P7CA 2R5QA 5P3IA 3OUAA 4DJWA 1EC3A 4J1IA 1M43A 3NU9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMS A;  4QJ8 A;  1BDR A;  4L6B A;  3OOZ A;  1D4Y A;  5DR8 A;  2XYF A;  5P1F A;  5P0A A;  2QNN A;  5P2O A;  4DJQ A;  4K9H A;  4PZX A;  3L38 A;  4Y5C A;  3TL9 A;  5OZ7 A;  2G94 A;  1FKN A;  2CEN A;  2JXR A;  4ZSP A;  5P7M A;  2VNM A;  1A8K A;  2O4N A;  3TPR A;  5SY2 A;  3LZS A;  4EQJ A;  2P3D A;  1FF0 C;  4D83 A;  2QU3 A;  4LXM A;  5C9F A;  1SIV A;  5ER2 E;  1EPL E;  4ZPE A;  5P8O A;  4Y4E A;  2F3F A;  2ER7 E;  3CKP A;  4NJU A;  5HVP A;  5P05 A;  3WB4 A;  5P0E A;  2FLE A;  4HEG A;  5P0J A;  5P4U A;  5P2L A;  3GI5 A;  4Y3R A;  2NXM A;  1EAG A;  4DPI A;  2Q15 A;  5P3X A;  3EKY A;  4Y57 A;  5P07 A;  1LV1 A;  4Y43 A;  3HDK A;  3R0W A;  1W6H A;  4AZY A;  2WF0 A;  5P1T A;  3ZL7 A;  5P5J A;  1HVR A;  1YTI A;  3ZKX A;  4CPW A;  1OD1 A;  4EPJ A;  5SXN A;  2XFJ A;  4HDF A;  3GI4 A;  3D91 A;  5KQF A;  5P4H A;  3T7X A;  4I8W A;  1HOS A;  4A4Q A;  5P6E A;  1W5X A;  5UPJ A;  4KE0 A;  3PSU A;  3ZLQ A;  5P5F A;  4DJV A;  1FLH A;  3LIQ A;  1Q9P A;  5P02 A;  5DQ4 A;  2ZGA A;  5P19 A;  2QZX A;  4J5J A;  2WEC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1FQ8 A;  2I0D A;  2R43 A;  4CPQ A;  3H5B A;  3LNK A;  3EKV A;  5P1M A;  5P0Q A;  3LHG A;  2QI7 A;  4Y5B A;  1BAI A;  3D1X A;  1MRW A;  5P10 A;  3L5B A;  3NLS A;  5P7Z A;  3SLZ A;  7UPJ A;  1G2K A;  5P52 A;  4RLD A;  5P2Y A;  5OZC A;  2O4P A;  5P3P A;  3IVH A;  2AOG A;  5P6I A;  5KR0 A;  4Y4T A;  3T7Q A;  3RSX A;  5ISJ A;  3R0Y A;  4Y4D A;  5OZK A;  2ZHR A;  3T7P A;  1T7I A;  3SFC A;  1HVH A;  2HPE A;  1TZS A;  2ZE1 A;  2WHH A;  2CEM A;  4RRO A;  5HE7 A;  5P6N A;  1SDV A;  3QI1 A;  1EPO E;  1IIQ A;  5P75 A;  3I6O A;  5P3G A;  5P2W A;  3ZPT A;  3LZV A;  1AZ5 A;  4I0E A;  5P3R A;  3CKR A;  4Y3A A;  5OZJ A;  3U7S A;  3PBZ A;  1XN3 A;  6UPJ A;  2PC0 A;  5HE4 A;  3S56 A;  3UFL A;  5P04 A;  1FFI C;  1SMR A;  1OEW A;  1HWR A;  3BRA A;  3TPJ A;  5P65 A;  5P8S A;  5P2H A;  3R4B A;  5PEP A;  4B1E A;  5P00 A;  5P51 A;  3K4V C;  2OHU A;  5P1K A;  1SIP A;  3TKG A;  3OAG B;  1PPM E;  2J9K A;  5DQ2 A;  2SAM A;  3L59 A;  5P46 A;  5P73 A;  1YTG A;  5P64 A;  5IVR A;  3PCZ A;  4Y5A A;  3UHL A;  4RYC A;  1GVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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