5P1GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 99
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1gA01
4RCEA 3OXWA 1YTGA 5P8JA 2VS2A 1SGUA 3NYGA 3HDKA 3BVBA 1BAIA 4J17A 3SKFA 5P6MA 5P3HA 5DR4A 1FG6C 1NPWA 4GIDA 2ANLA 1FMBA 5P3BA 2Q3KA 1FMUA 1LF2A 3KFPA 2NXMA 2O4SA 1YTIA 5P8SA 5OZPA 3O9BA 3HBOA 5P4MA 2QZWA 1D4YA 2BJUA 3OHHA 2AOEA 3G70A 1C6YA 4I8ZA 1BV9A 5P0IA 4Y4DA 3L5EA 3SQFA 5P65A 4Y4BA 5P4RA 1C6XA 3CKPA 5CONA 4ZSPA 5OYVA 1HBVA 2WEBA 3I2LA 5P7OA 3K4VA 3OADB 5HVPA 4H1EA 2ZHSA 1G35A 1B6LA 5P2XA 5HCTA 5OZOA 2QI3A 3OQ7A 5P4KA 3UDQA 1RV7A 1FEJC 4AUCA 3ECGA 3L5FA 2QHZA 3O9GA 1T6GA 3D1XA 4Y53A 5P4ZA 1UH7A 4N00A 3G6ZA 5P32A 1BXQA 5P77A 4DI2A 1HSIA 9HVPA 2NPHA 3OQDA 4Y6MA 4RVJA 3OUBA 5HE4A 1K6VA 3VSWA 1BDLA 2FXDA 3PCWA 3T11A 4LXMA 4HEGA 3L3AA 5DGUA 5KQYA 3D3TA 3FV3A 1D4SA 3OQAA 5P7BA 1TSUA 5P57A 2IKUA 5P87A 5P05A 5P1GA 3IXJA 1KJGA 2BKSA 1META 1DW6C 2ZJLA 5P62A 5P89A 1AXAA 1HVHA 5P0CA 4Y5PA 1BVEA 4JOOA 2XFIA 3LPJA 3KFNA 2J9KA 1BIMA 4R5NA 5PEPA 5COKA 4Q1NA 2BB9A 3EKYA 5P02A 3R4BA 1EC3A 5P4IA 5T4SA 2QMGA 4OC6B 5P1CA 3OQKA 3ZOVA 4GJ7A 2G26A 2AZ9A 3SA8A 1W5XA 1OEWA 3KYRA 1GNOA 1FG8C 2PSGA 4JPCA 4Y47A 4ER1E 4Y3AA 3OXXA 5P54A 5P5VA 5P8GA 1ZAPA 3K5CA 5IE1A 3MXEA 5P3AA 3CYXA 3LNKA 5OZVA 3GI6A 5HDXA 2Q15A 3MSKA 5DR0A 1FIVA 2B7FA 5P0BA 5P3LA 1SGZA 1GVXA 2VKMA 2OF0A 4H3IA 1FQ8A 3GGXA 4CPUA 2AZBA 3QVCA 2R43A 3EL1A 1BXOA 1UH9A 5P79A 1LYWA 2IL2A 3IVIA 3VUCA 2AQUA 3EL0A 5P3MA 2IKOA 5P14A 3D20A 4FRSA 3DOXA 4YA8A 1XL2A 5EZZA 5P5XA 2PMAA 2HAHA 5P0FA 5P48A 3L38A 2O4NA 1SP5A 2Q64A 5OYSA 5I3YA 3ZL7A 3PSUA 5P7LA 4B78A 1ZPKA 5P0PA 4B05A 1EBWA 3UDRA 4J0TA 3NU5A 1MT8A 4WY6A 1B6MA 3SO9A 4L1AA 4Y45A 1T7JA 4YBFA 4IVSA 2F80A 3NLSA 2QD8A 5P0QA 3SPKA 5P75A 3KFSA 2APRA 2G1OA 3BUHA 3OWNA 2FXEA 2OHNA 3UDYA 3UFNA 2OHPA 3S43A 2IQGA 3PSGA 5P8EA 2P8HA 3NR6A 4YD3A 5P1FA 5KR2A 1CPIA 1ZSFA 5P2IA 4ZPGA 5P33A 4Y3ZA 1M0BA 1FMXA 2FLEA 2Q5KA 4J55A 1UPJA 4J1EA 4B72A 2G21A 3IVHA 4ZIPA 3K5FA 2WKZA 1FFFC 3VG1A 5P31A 5OZIA 3PSYA 4XX4A 4A6BA 1PROA 2OHTA 3OOTA 2JJIA 5P84A 5P8VA 5HE5A 3O99A 3U6AA 4OBZB 1FLHA 5P55A 5P63A 4R93A 3NSHA 5P6WA 1HIVA 1LYAA 5C9DA 1IZEA 2RKFA 5OZYA 5P69A 3PI5A 3I25A 4DQCA 5SY3A 4Y3WA 3VFAA 3O9DA 3EL4A 4FCOA 5HDVA 2V00A 5P15A 2V10C 5P10A 4K8SA 4M8XA 2VIZA 4Y4JA 4COEA 5P6IA 1IVPA 3UQPA 1A9MA 4D83A 2AOJA 2XFKA 3LZVA 2V12C 4R8YA 5P2AA 3KMYA 1ZP8A 4CPRA 5HCOA 2O4KA 2QZKA 2O4LA 4D8CA 4I0GA 2CEJA 2HM1A 1SH9A 5P8BA 5AH7A 4CP7A 4YD5A 3OUCA 1XDHA 2RENA 3RTMA 2B42A 4YCTA 2JYSA 3CIDA 3QBFA 3MXDA 2FMBA 3TKWA 5P28A 4CPTA 3C9XA 1XN2A 1YX9A 3UDPA 3Q5HA 2BPYA 5P4UA 5P24A 5P6TA 4GJAA 1YTHA 3WZ7A 3PBDA 4QJAA 5P2GA 3U71A 5P6SA 2VIEA 4OD9B 4Y58A 2OHMA 3HW1A 3SA7A 5P8QA 5P2BA 4Y3LA 4NPUA 5P8UA 2G94A 4RZ1A 2OHUA 5P4SA 1FQ6A 5P58A 3Q3TA 3BVAA 1HVIA 3UQXA 4OBZA 1B6KA 1FQXA 5P81A 5KOQA 2BPVA 2VJ9A 4L6BA 1HWRA 1XL5A 4U7VA 4DUSA 3OU1B 2VIJA 5P4AA 2QAKA 4BELA 3EMYA 4Y3TA 5P1TA 2AOFA 5P49A 5P5FA 3CKRA 2QI1A 5P8IA 5FIVA 4GJ5A 2IGYA 2G69A 2QMDA 3INDA 3LZSA 2NNPA 2I4UA 4I0IA 5OZLA 3GGUA 5P4OA 5COPA 3APPA 5P8PA 2WF1A 5OZCA 4ZSQA 4DJPA 5P0OA 5P0DA 2IDWA 2PH6A 5P56A 5P6LA 5COOA 3KMXA 4BFDA 2FNTA 3ZKXA 2ZDZA 4L7HA 5P16A 3WZ6A 1M43A 3HAUA 4Y3JA 5OYRA 4OD9A 5P1SA 2UPJA 3BRAA 5P45A 3CMSA 3T7QA 4EJ8A 5P4PA 5HTZA 4U8WA 5P6UA 5P5AA 3O9FA 5P6EA 3T7PA 3EC0A 3I7EA 4DFGA 4Q1YA 3TPLA 5C9FA 2Q54A 4FRKA 3KT5A 1CMSA 4QJ2A 3UQWA 2R9BA 4DPFA 3O9LA 5P3GA 2G1YA 4ZSMA 2OHRA 1D4JA 4RCFA 3VV8A 2R5QA 3BHEA 4DJRA 2AVMA 2CENA 2HB4A 4HA5A 5P3DA 1HIIA 5P7WA 2R38A 3R2FA 4MC9A 4Y5KA 4RGHA 4YCYA 5P53A 2HC0A 3M9FA 5OYQA 2ZJMA 5DQ4A 1HXBA 4YOBA 3L5DA 5OZSA 5OZ3A 5P04A 5OZEA 4J1FA 5P03A 3D91A 4Y5EA 1EPOE 3SM1A 4Y3GA 5P7FA 5P8HA 4NJVA 2AIDA 5P2CA 2XFJA 5AHBA 1K6CA 5P0HA 5P1ZA 4Y38A 2AVOA 4Z22A 5P7EA 1G0VA 4LHHA 5P6CA 1TQFA 1G6LA 3OHFA 4DJOA 5P4HA 2P83A 2FIVA 3IA9A 4I0ZA 5ISKA 1K1TA 2IS0A 4BFBA 1HEGE 3OU3A 4GJ9A 2QNQA 4FSLA 4APEA 2PSUA 1YT9A 3OU4B 5P4EA 2XYFA 3TKGA 5OZNA 3PCZA 5OZRA 2G27A 4Y3HA 2NXLA 3UPJA 2VA5A 4RCDA 4CKUA 5P8OA 5P4TA 4YDGA 2AOCA 2I0AA 3ZKGA 4Y3FA 5P5IA 1TW7A 3DCRA 1DPJA 5P71A 5P7RA 3VF7A 4K4RA 4ER2E 2NXDA 4I1CA 3ZKQA 5SZ9A 2WEDA 3SA5A 2V16C 2F3FA 5P4FA 5JODA 1PSNA 5P7CA 3NDWA 1C70A 5OZKA 5P4WA 2HPFA 5P7NA 5OYYA 5P19A 1QDMA 4Y5CA 5P74A 3UQRA 4L7GA 3ZKIA 3DUYA 5P1KA 5P5HA 4YD7A 5P2ZA 4GB2A 5P1OA 5P83A 4DQBA 2HB3A 4JPEA 1T7IA 5ENMA 2EWYA 1HIHA 3EKXA 1HEFE 4BEKA 3URJA 2VJ6A 5F01A 1D4KA 1PSAA 4NJSA 4RYCA 3OTSA 4FAFA 3TL9A 3GI4A 3OU4A 5P1IA 1K6PA 5P1QA 1K2CA 2QHCA 5P0KA 2BKTA 4U7QA 3CKTA 3HZCA 3NXNA 5P8TA 1W50A 4FM8A 5P3TA 5OZ8A 4JP9A 4Y5AA 2ZYEA 1W5YA 2QD6A 4CMSA 5P5YA 4Y54A 3S85A 3RTNA 5P5DA 3L58A 2A4FA 5OZ0A 3T7XA 1RPIA 4ZSRA 5OYTA 1ODWA 5P80A 1FB7A 1OHRA 1W5VA 5P0MA 3EKPA 1SDVA 5P47A 3SM2A 3DJKA 3MWSA 3FKTA 5AHCA 3QVIA 5P5JA 5P01A 5P88A 1LYWB 2AZCA 5P6JA 2AVSA 3D1ZA 1A30A 5P4YA 5OZHA 4TRYA 4QJ6A 1KJ4A 3OGPA 3TOFA 3PLLA 5P2MA 5OZJA 2AVVA 4Y56A 5P2QA 5DR3A 3PWMA 4LP9A 4J5JA 4K4PA 4XKXA 4EHCA 5P6HA 5P5MA 3TH9A 4GYEA 1MT7A 5P0NA 4GJ8A 4F76A 3HAWA 5AH8A 1PPLE 1YM4A 2PH8A 4Y4AA 5P50A 3U7SA 4OBJA 4OBDA 5P6FA 4L1AB 5HD0A 4Y3SA 4EQJA 2UY0A 3FX5A 5P3UA 3OUDA 5OYZA 3APRE 5P5EA 5P6OA 3T3CA 4Z50A 5KR8A 1FQ5A 2BPXA 3URLA 4LXKA 4HZTA 4EJDA 3NDUA 5OZ9A 4I0JA 1BWAA 5P1PA 3PHVA 3HVGA 3S43B 3VYEA 5OZTA 4IVTA 4QJ8A 4QLHA 1KJHA 1HVKA 2G24A 6FIVA 5OZ4A 2WEAA 5P0YA 4J1KA 5SY2A 4I10A 3H5BA 5P3JA 3ST5A 3VV7A 3EKQA 4F75A 5AH6A 5OZ2A 3N4LA 4Y3MA 4Y57A 1MRWA 2NTRA 3O9CA 5P4CA 3WZ8A 1QRPE 3TLHA 1DMPA 4Y5GA 5P1RA 1IIQA 5CLMA 2P3DA 3QPJA 2VA6A 1YTJA 4WTUA 3QN8A 5P2LA 5P27A 1LYAB 4ZEAA 3LZYA 3IN4A 3OUAA 4J0YA 5P6GA 4MC6A 2FGVA 3ZPSA 1E80E 5P2DA 4B1EA 3LIVA 1PSOE 2BQVA 5P3IA 2JXRA 3NU4A 1BBSA 4LAPA 2G20A 4CPXA 2R8NA 1A8KA 2IGXA 4NKKA 2VIYA 4OBFA 1KJFA 1T3RA 5OZDA 3KM4A 5P6ZA 2FDPA 1APUE 4HDPA 5I3XA 2ZE1A 1HRNA 4YDFA 3NDXA 5OZUA 2WF2A 3H0BA 4Y36A 4A4QA 2G1SA 3QAAA 5P6NA 1PPME 2O4PA 5HDUA 3RSVA 5DGWA 5P5GA 3NWXA 1FFIC 3QRMA 5OZWA 5P1NA 1DIFA 5P7XA 4Y3EA 4Z2ZA 1BV7A 1UH8A 1KJ7A 4Y9WA 2P3BA 4J0PA 5P4GA 3D1YA 2G22A 5P3WA 3BGBA 3UDJA 4DQHA 3GGAA 1ODXA 1ZBGA 5P7DA 5P34A 3LIZA 5P06A 1A94A 3ZMGA 3I8WA 5HDZA 5ER1E 5P7TA 4FRJA 3T6IA 4DV9A 5P36A 3LINA 1HVJA 5P2KA 4I11A 3OQFA 5P7QA 4Y4WA 5P1AA 5P70A 5AH9A 5P66A 3EKWA 4APRE 5P68A 1IBQA 5P8NA 3S7LA 4FAEA 5P3SA 2AVQA 1AJVA 2NNKA 4YD4A 5P4JA 5BWYA 2QK5A 4PHVA 3TPRA 4AZYA 3SA6A 2R3WA 2QD7A 1YM2A 4Y3QA 3QP0A 1WKRA 3URIA 4X2LA 3ZLQA 1EEDP 3UQUA 4EXGA 2QI4A 5P7GA 5P5BA 3LIYA 3OGQA 3ZKMA 1B5FA 4KE1A 3G72A 2PWRA 5P3YA 3JVWA 1G2KA 5SXNA 2V0ZC 1HVRA 3I6OA 3TNEA 3LPIA 3HD8A 1AAQA 5P29A 2QU2A 4B1DA 3S8IA 5P78A 1FGCC 4PZXA 2NMYA 3TPPA 4FIVA 4HVPA 1Z1HA 2SAMA 5DR8A 3VLAA 1W6HA 5P7AA 1GVVA 5P2RA 4QJ9A 5P8RA 2H6SA 1RQ9A 2QP8A 1D4HA 5P82A 5DR1A 3DCKA 1EPQE 5P5SA 3S54A 5JG1A 3RSXA 4CPWA 4Y3PA 3O9LB 4EWOA 4RRSA 2FDDA 5P7ZA 3INHA 4Q5MA 5P8LA 3OAGA 5ENKA 1EPLE 4D88A 1EPME 5OZAA 1QS8A 2JE4A 3KDDA 4DJYA 1PFZA 1E5OE 3QRSA 3VYFA 5P3RA 4R91A 5IVSA 5P0XA 5IVTA 3S45A 2HIZA 1EPRE 2ZJNA 3CICA 5DR7A 2O40A 4RROA 5P1HA 2QI6A 3R0WA 2OHKA 5DQ1A 3INFA 1GNNA 3SA4A 3FNSA 4Y3NA 4TRZA 1AIDA 1WBMA 4L7JA 5HU1A 5OYXA 4J0VA 2A1EA 2QMFA 4B1CA 4FM6A 1HPVA 4TVGA 1BVGA 2OHQA 3AUPA 4M8YA 1E81E 3VYDA 3BGCA 3L59A 4Q1XA 1EBYA 5BRYA 3EKVA 3K4VC 2ZHTA 3AIDA 1GKTA 1MTRA 2ER7E 5E5KA 4DJQA 3HLOA 3IGBA 4B70A 1NPVA 5P4DA 3O9IA 5P11A 4GJBA 2WF4A 4ZPFA 2BBBA 1AM5A 5P1XA 1FKNA 3ZPUA 3NUOA 4Y4GA 3RTHA 4FS4A 4EPJA 3GI5A 5P1WA 3LPKA 4MC2A 5P67A 2AODA 1F34A 2IEOA 3UTLA 4DQFA 5P6QA 2QNPA 2QNNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCE A;  3OXW A;  1YTG A;  5P8J A;  2VS2 A;  1SGU A;  3NYG A;  3HDK A;  3BVB A;  1BAI A;  4J17 A;  3SKF A;  5P6M A;  5P3H A;  5DR4 A;  1FG6 C;  1NPW A;  4GID A;  2ANL A;  1FMB A;  5P3B A;  2Q3K A;  1FMU A;  1LF2 A;  3KFP A;  2NXM A;  2O4S A;  1YTI A;  5P8S A;  5OZP A;  3O9B A;  3HBO A;  5P4M A;  2QZW A;  1D4Y A;  2BJU A;  3OHH A;  2AOE A;  3G70 A;  1C6Y A;  4I8Z A;  1BV9 A;  5P0I A;  4Y4D A;  3L5E A;  3SQF A;  5P65 A;  4Y4B A;  5P4R A;  1C6X A;  3CKP A;  5CON A;  4ZSP A;  5OYV A;  1HBV A;  2WEB A;  3I2L A;  5P7O A;  3K4V A;  3OAD B;  5HVP A;  4H1E A;  2ZHS A;  1G35 A;  1B6L A;  5P2X A;  5HCT A;  5OZO A;  2QI3 A;  3OQ7 A;  5P4K A;  3UDQ A;  1RV7 A;  1FEJ C;  4AUC A;  3ECG A;  3L5F A;  2QHZ A;  3O9G A;  1T6G A;  3D1X A;  4Y53 A;  5P4Z A;  1UH7 A;  4N00 A;  3G6Z A;  5P32 A;  1BXQ A;  5P77 A;  4DI2 A;  1HSI A;  9HVP A;  2NPH A;  3OQD A;  4Y6M A;  4RVJ A;  3OUB A;  5HE4 A;  1K6V A;  3VSW A;  1BDL A;  2FXD A;  3PCW A;  3T11 A;  4LXM A;  4HEG A;  3L3A A;  5DGU A;  5KQY A;  3D3T A;  3FV3 A;  1D4S A;  3OQA A;  5P7B A;  1TSU A;  5P57 A;  2IKU A;  5P87 A;  5P05 A;  5P1G A;  3IXJ A;  1KJG A;  2BKS A;  1MET A;  1DW6 C;  2ZJL A;  5P62 A;  5P89 A;  1AXA A;  1HVH A;  5P0C A;  4Y5P A;  1BVE A;  4JOO A;  2XFI A;  3LPJ A;  3KFN A;  2J9K A;  1BIM A;  4R5N A;  5PEP A;  5COK A;  4Q1N A;  2BB9 A;  3EKY A;  5P02 A;  3R4B A;  1EC3 A;  5P4I A;  5T4S A;  2QMG A;  4OC6 B;  5P1C A;  3OQK A;  3ZOV A;  4GJ7 A;  2G26 A;  2AZ9 A;  3SA8 A;  1W5X A;  1OEW A;  3KYR A;  1GNO A;  1FG8 C;  2PSG A;  4JPC A;  4Y47 A;  4ER1 E;  4Y3A A;  3OXX A;  5P54 A;  5P5V A;  5P8G A;  1ZAP A;  3K5C A;  5IE1 A;  3MXE A;  5P3A A;  3CYX A;  3LNK A;  5OZV A;  3GI6 A;  5HDX A;  2Q15 A;  3MSK A;  5DR0 A;  1FIV A;  2B7F A;  5P0B A;  5P3L A;  1SGZ A;  1GVX A;  2VKM A;  2OF0 A;  4H3I A;  1FQ8 A;  3GGX A;  4CPU A;  2AZB A;  3QVC A;  2R43 A;  3EL1 A;  1BXO A;  1UH9 A;  5P79 A;  1LYW A;  2IL2 A;  3IVI A;  3VUC A;  2AQU A;  3EL0 A;  5P3M A;  2IKO A;  5P14 A;  3D20 A;  4FRS A;  3DOX A;  4YA8 A;  1XL2 A;  5EZZ A;  5P5X A;  2PMA A;  2HAH A;  5P0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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