5P1JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 102
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1jA01
1FQ6A 1W51A 3PWRA 3VV6A 3LITA 1GVWA 1ZTZA 3PI5A 5OZ4A 5P2SA 1XE5A 2Z4OA 2ZJIA 3VYFA 1SH9A 5P7IA 3QRSA 2OHKA 3UFNA 5P53A 2WEZA 3CKTA 1MT9A 5AGZA 5P5PA 3QS1A 4RYGA 3NWQA 1A8KA 1EBKC 1QS8A 5P26A 2SAMA 2R8NA 1GVXA 1B6MA 2Q63A 2NXMA 4Q1WA 3NUOA 4L7HA 2AOEA 1SGZA 4Y4GA 5OZCA 2G94A 1HSHA 4FM8A 5DPZA 1WBKA 2JE4A 1YTJA 3LZSA 4RVXA 4OC6A 1B6KA 1K1TA 4QJ9A 5DR4A 3WZ8A 4CPRA 3TOFA 5P7TA 4ZPGA 5HD0A 2O4KA 2QI3A 2FMBA 1W5XA 5P2JA 5P65A 4CPTA 1FQ4A 5P33A 5P1IA 5P1VA 4Y3DA 5OZLA 3OHHA 3PBDA 5OYYA 2NNPA 2AVMA 4Y3RA 5P1WA 5P43A 5P2TA 2ER9E 1HPVA 1EC0A 3ZKQA 1RL8A 2JYSA 2V13A 5HDZA 1MTRA 5P07A 3WB4A 2IEOA 2BPXA 1GVUA 5P6MA 3T6IA 2P4JA 4K4RA 1B5FA 2NPHA 5P04A 5P8MA 2O4SA 1KJ4A 3ZOVA 3VF7A 5P76A 2BPYA 5FIVA 5P2LA 1K2CA 3UDQA 2B42A 3OAGA 3ER3E 1A94A 2R3WA 3O9AA 5P81A 4L1AB 5P3AA 4S1GA 3PBZA 2AODA 1QBUA 5P7MA 5P4VA 3QBFA 1SMRA 5P8OA 1W50A 4EXGA 3EKYA 3R0WA 3SO9A 4OD9B 4CKUA 3EMYA 2AOHA 1KJHA 5P1BA 5P5MA 5P6YA 3URLA 1SGUA 2BQVA 2ZHSA 5P85A 5P55A 4BELA 4GJAA 1LF2A 3EKQA 5P5TA 5P0SA 4R92A 4EJ8A 3I6OA 3PCWA 2P3DA 1GVVA 2V16C 5OZNA 2CEJA 3T11A 3Q6YA 1KJFA 2V0ZC 5P0NA 5JFPA 5P5XA 5C9DA 3IN4A 3FX5A 5P06A 3G70A 1HPOA 2WJOA 4I1CA 2R9BA 5OZPA 2ZHVA 4YD6A 5OYWA 3S7MA 5P2UA 5SXNA 4Y36A 5P05A 5P28A 2WL0A 5P29A 4EHCA 3KT5A 4J0YA 5P2CA 4HZTA 2OHLA 5AHBA 5P7JA 5P7HA 2AOFA 5BS4A 2I0DA 2QHYA 3HAWA 2F3EA 3OXVA 5AH6A 3TOHA 1M43A 3PB5A 3L3AA 2BB9A 3O9EA 4EPJA 3L5EA 7UPJA 2OHPA 2OHQA 4HLAA 2A4FA 5OZ7A 3IXOA 3NXEA 4LAPA 3I8WA 3PJ6A 2ANLA 4D88A 3UPJA 3SLZA 5J25A 4GJDA 2Q5KA 4GYEA 3CIDA 1FQ7A 3PI0A 3BVBA 1M4HA 4DPIA 1HEFE 5KQZA 1D4IA 2FDDA 5P0UA 4OBKA 5I3WA 5CLMA 4CPUA 3R0YA 1PFZA 3ZLQA 4Y4XA 3NYGA 5P80A 4Y3XA 1GNNA 2F3FA 4ZE6A 5P2KA 2FDPA 1EPNE 3SA5A 3OQ7A 1SP5A 4BFDA 1TSUA 4NJUA 4PZXA 4XX4A 4Y56A 1FKNA 5B18A 2PH6A 3OXXA 4RCEA 4DVFA 1BWBA 3LNKA 4J1IA 3M9FA 5P6SA 1HWRA 4QJAA 1LS5A 4Y4BA 3ZKNA 5P49A 1D4JA 4PZWA 4EP3A 3O9CA 4J1FA 5P8SA 2HM1A 5P1UA 3BXSA 3LZVA 5DR7A 2P83A 4JPEA 3T7QA 2NXDA 3PSUA 1B6LA 3O9BA 3RU1A 3IVHA 3VUCA 5P2YA 5P5VA 3OHFA 4ZEAA 5P27A 2IDWA 3OTSA 5P17A 1OHRA 1UPJA 5P6VA 5P79A 4PHVA 4ER2E 4J0PA 5P18A 4OBZB 4QJ6A 3U7SA 4PYVA 4Y4EA 3ZKSA 1M0BA 5P15A 3VV7A 1DIFA 1W6HA 3EKTA 5AHCA 1EPME 3UHLA 4FRSA 3CKPA 2ZJLA 5P3PA 2PK5A 3HD8A 3LPJA 5P6JA 4Y4JA 2APRA 5OZUA 4FSEA 2WF3A 1A8GA 1C6YA 1F34A 4WY1A 2O40A 3SKGA 2Q55A 3MXDA 2IS0A 1B6JA 5P8DA 5P87A 3PLLA 5P7SA 5P6AA 2WHHA 5OZFA 2AZBA 5P2RA 4B00A 2IGYA 1BV7A 5P6IA 5P69A 3L5FA 5HE7A 3BVAA 2VA7A 3F9QA 4EJDA 4EP2A 4U8WA 5P5EA 3NUJA 5P84A 2QU3A 2BPVA 4Y38A 4AA9A 1K2BA 1NH0A 4FRJA 5P78A 5PEPA 1IZEA 5P4TA 5P1AA 1IZDA 4B1EA 4CPWA 2HB3A 1F7AA 3ER5E 5P4SA 4TRZA 5JODA 4CPQA 1ODXA 1XL5A 4Y44A 4GZFA 1C6ZA 5P5BA 5P5KA 5P1FA 1HPXA 4HE9A 3DJKA 2NTRA 2XFJA 3TKWA 5P0EA 5P36A 3NU5A 1ZSRA 5P3MA 5P7DA 5P8JA 3QVIA 2B60A 1AAQA 1FQ8A 5P8RA 5IVSA 4Y39A 2R38A 1E81E 3EL0A 5P64A 2QHCA 1B5FB 1K6PA 3VLBA 5KR1A 3EM6A 5P3HA 1IIQA 2Q64A 5P20A 3HW1A 4Y3QA 4D85A 3VFBA 3CYXA 3UQXA 5P12A 5P3FA 3NU9A 5P0AA 5P6TA 4L7GA 3VF5A 2V12C 5OZKA 3OAGB 5IS4A 1D4SA 1BV9A 1FLHA 3BUGA 3O9LA 2WECA 2G1NA 3EKPA 2FNTA 3S7LA 4FLGA 4GJ8A 5P2NA 2FIVA 3FKTA 2PWRA 4HA5A 1CMSA 2HPFA 4I0ZA 4R95A 1DMPA 3GGUA 3OU4A 1FQXA 3UDMA 3L38A 1LYAA 1T6GA 4E43A 1HRNA 3NR6A 1FMXA 3D20A 5P74A 4TRWA 3KT2A 4AZYA 5OZ2A 4JPCA 5P4ZA 5P82A 5P3RA 3TLHA 1KJ7A 4U7QA 5KAOA 2OAHA 5C9BA 2VS2A 5OYRA 5P7WA 2Q11A 5P0VA 5P2WA 4DJVA 4J1HA 5P4XA 3LIYA 1C70A 2AIDA 3Q4BA 4ZPFA 4EJLA 5P7ZA 5OZSA 3K1WA 5P4MA 3OGPA 4HDFA 3OUCA 5P3OA 5P1RA 1D4KA 1GVTA 1W5VA 5P19A 5AH8A 1Z1HA 4LXKA 2HB4A 1TSQA 2G1YA 3IVIA 3O9IA 5OYZA 5HDUA 3IN3A 5P8GA 3VF3A 3JVWA 5P4UA 4FE6A 2UXZA 3QAAA 3KDBA 1SIPA 5P16A 5P8KA 1HIIA 2J9KA 4Y4AA 3AUPA 3NU6A 4L6BA 5KR0A 4LXAA 3ZKIA 1EPPE 2VIJA 1FB7A 4H3JA 1BXOA 3EL1A 1EC3A 4Y54A 4GJ5A 4Y41A 1WKRA 5P3JA 3I25A 4AUCA 3KMXA 4Y37A 5DQCA 3L59A 3SQFA 4DQBA 5OZHA 2QU2A 5P3CA 4GMIA 2AOGA 4PPHA 1BBSA 1Z1RA 5P6NA 1D4YA 2PWCA 2QZKA 3L5BA 4Y53A 4Y3LA 5HCOA 1AIDA 5P34A 3LZYA 3BUHA 4JOOA 5P3BA 4Y3MA 1HTFA 2VNNA 5HDVA 4ZLSA 2CENA 3H5BA 1ZP8A 4B1DA 5P3ZA 5P1GA 1LYBB 4OBZA 5P31A 5P72A 5P3NA 3PRSA 3GGAA 5P8QA 4J0ZA 5P6ZA 1FFIC 4Y9WA 5P23A 3UFLA 4DJXA 3SA6A 3EL9A 4J1KA 5COOA 2AQUA 5P8FA 2QNPA 3OXWA 2HB2A 2VKMA 2XYEA 2VA6A 1QBRA 5AH7A 1SMEA 3PMUA 1OEXA 1SDUA 5P0RA 1BDRA 5KR8A 5P45A 4GJCA 4I10A 1IDAA 2VIYA 5OZ0A 3NDWA 3QBHA 4CPSA 3QI1A 3D1ZA 4FL8A 5P39A 1ZSFA 1ER8E 3B7VA 3SAAA 3LZUA 5P6LA 1BDQA 1IDBA 3SA3A 5P60A 5P67A 3BHEA 5P70A 2R43A 2HC0A 4Z50A 4Y3TA 3KA2A 3BUFA 1NSOA 4DJUA 5P7OA 1HVJA 3SABA 3LIQA 4FRKA 4ZIPA 1YTHA 5P7LA 5P57A 3TKGA 4XXSA 4BFBA 5P6KA 1MEUA 5P7VA 5T4SA 4B72A 5P0GA 4A4QA 2QZLA 4OBFA 3ZL7A 2QI4A 2QZWA 4J0VA 1DAZC 3OADA 1BVEA 2QD8A 4OBDA 3O9FA 5P42A 3VFAA 2WEDA 5OYTA 3DK1A 2ZJHA 3RSVA 3QRMA 4WTUA 2G26A 5P25A 3KFPA 3IA9A 5P61A 3MWSA 5IVTA 5F01A 4GB2A 3VEUA 4Y5MA 3HLOA 5HE4A 2OF0A 3CICA 3CYWA 4YD5A 1A30A 3K4VC 3PMYA 4YE3A 4OBHA 4ER1E 5BRYA 3O9LB 5SY2A 3OTYA 2QMPA 5P5NA 5P5DA 3QIHA 4D89A 5P0DA 5P52A 5P2FA 3KDCA 1AJVA 4Y3HA 1N49A 1MESA 4DQEA 3UQRA 3TH9A 2I4UA 2V11C 4Y3JA 3OU4B 3GW5A 2QMDA 4I0HA 1LYAB 3R2FA 1FFFC 3INHA 3HDKA 1T7JA 4Y3FA 1PPLE 1GNOA 2PMAA 5CONA 5P5FA 4DPFA 3VLAA 3G72A 1W5WA 3EKVA 4QJ8A 4YCYA 4EJKA 1K6TA 4KE1A 2F3KA 4FAEA 5P6BA 1AZ5A 4DH6A 3FSMA 2HPEA 2NXLA 1ZJ7A 4FAFA 4Y3ZA 2I0AA 5OYQA 5P5GA 3O9GA 3NDTA 5OZQA 5P3LA 5OYSA 5P14A 4Y5NA 4CP7A 2B8LA 4Q1XA 4RVJA 5DQ4A 5ISKA 1DW6C 1MSMA 4X7IA 4Y5AA 4R93A 2QI1A 1RQ9A 9HVPA 4LC7A 2JXRA 1BIMA 5COKA 1B6PA 3OGQA 3KN0A 5P58A 4I0EA 3PHVA 5P66A 2AOIA 4Q5MA 3K5CA 1NPAA 2QZXA 5HU0A 2RKGA 4NJSA 4YOBA 3SPKA 4QLHA 2OHSA 5OZEA 5DR0A 5P6PA 3OQDA 3RVIA 3D3TA 5P1PA 5P51A 5OZ8A 2PH8A 2VA5A 3OQFA 3JVYA 4R8YA 5P01A 1HVHA 2BKSA 4DJOA 1KJGA 3PWWA 5P3UA 4KUPA 3GGVA 1FMBA 5DGUA 4Y43A 1EBZA 5OZAA 2FDEA 3SA4A 1ZAPA 4DV9A 3N4LA 3EC0A 4LBTA 3S85A 3BGBA 1LYBA 2QI7A 5P6EA 2EWYA 2BPWA 5P0QA 5P1CA 4CPXA 2QNNA 5P5CA 5P7BA 3I2LA 2JJIA 1ZBGA 1TZSA 5KQFA 2BPZA 3Q70A 1QDMA 4IVSA 5P6GA 4GJBA 1MT7A 5P0CA 1IVQA 5P4LA 5EZZA 1RPIA 1K6VA 3I7EA 3GGXA 1XE6A 2G1RA 1ODYA 5P0BA 2P8HA 1RV7A 3LHGA 3PSGA 3KM4A 5P4QA 5DQ2A 5P2IA 1QRPE 1ZPAA 5P2XA 5P4HA 3D1YA 4J5JA 6FIVA 4Y5EA 4NJTA 5P8EA 2ZJMA 1OEWA 2B7FA 5P48A 3K5FA 1APUE 5P30A 4XKXA 1LF3A 3VYDA 4F74A 3DV1A 3S45A 1QBTA 4RLDA 5IVQA 1HVCA 5P1ZA 5P54A 4OBGA 3S8IA 3MSJA 4DJQA 3PSYA 5P32A 4Z4XA 3VG1A 2AVOA 4H3FA 1CPIA 1BWAA 3OY4A 5P1OA 3K4VA 3EBZA 5P4AA 2I4XA 1GNMA 2V10C 4HEGA 4Y3EA 2Q54A 1MSNA 5P68A 5OZ5A 3VSXA 5HTZA 1HXBA 3WZ7A 5AHAA 3D1XA 1TCWA 2AOCA 5I3XA 2AVVA 3EM4A 3QN8A 5P3GA 4WY6A 2ZJNA 7HVPA 3T7XA 4Y48A 2WF2A 5P7QA 2QCIA 1FIVA 4Y3PA 1G0VA 4HVPA 1PSAA 3DOXA 3IGBA 4TVGA 4EWOA 3OWNA 4Y4UA 1SIVA 5P50A 5P1QA 1ME6A 5OZOA 5P5SA 5P7UA 3Q5HA 2AZ9A 3TPPA 6APRE 1MPPA 1EC1A 1HSIA 4K4QA 2AZ8A 3SACA 3OADB 1QBSA 3OK9A 5P8PA 2PSVA 3H0BA 2AVSA 5P6QA 3UQPA 3OU1A 3TPLA 5P4JA 3GI5A 4LXMA 2QK5A 2PYNA 5P7FA 2RKFA 5P59A 2J9JA 1J71A 5ER2E 3KF0A 1XN3A 5OZTA 4NPUA 2F81A 2XFKA 4RROA 1UH9A 5P8CA 3O9DA 2Q3KA 1EEDP 1HIHA 1VIKA 4EYRA 5P2QA 1SDTA 4B0QA 4HDBA 1APVE 2QAKA 5P6XA 1FGCC 5P46A 5P1NA 5P2GA 5OZZA 5P89A 5P3VA 4QJ2A 4LP9A 2AOJA 2MIPA 5P8VA 3VYEA 5P0MA 5P6OA 1D4LA 1HTEA 1EC2A 2IL2A 5JFUA 1EPLE 4RRNA 4Y45A 4Z22A 4QGIA 3WSJA 4DQGA 2G20A 3INEA 3KMYA 4LL3A 1XDHA 1IBQA 2P3BB 1E82E 3S56A 3DM6A 3QPJA 4NPTA 5P73A 3L5DA 3WZ6A 1HXWA 2ZHRA 3HZCA 3UCBA 5P44A 4FM7A 4OBJA 1BILA 1HVRA 2WF1A 3G6ZA 4I11A 3O99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ6 A;  1W51 A;  3PWR A;  3VV6 A;  3LIT A;  1GVW A;  1ZTZ A;  3PI5 A;  5OZ4 A;  5P2S A;  1XE5 A;  2Z4O A;  2ZJI A;  3VYF A;  1SH9 A;  5P7I A;  3QRS A;  2OHK A;  3UFN A;  5P53 A;  2WEZ A;  3CKT A;  1MT9 A;  5AGZ A;  5P5P A;  3QS1 A;  4RYG A;  3NWQ A;  1A8K A;  1EBK C;  1QS8 A;  5P26 A;  2SAM A;  2R8N A;  1GVX A;  1B6M A;  2Q63 A;  2NXM A;  4Q1W A;  3NUO A;  4L7H A;  2AOE A;  1SGZ A;  4Y4G A;  5OZC A;  2G94 A;  1HSH A;  4FM8 A;  5DPZ A;  1WBK A;  2JE4 A;  1YTJ A;  3LZS A;  4RVX A;  4OC6 A;  1B6K A;  1K1T A;  4QJ9 A;  5DR4 A;  3WZ8 A;  4CPR A;  3TOF A;  5P7T A;  4ZPG A;  5HD0 A;  2O4K A;  2QI3 A;  2FMB A;  1W5X A;  5P2J A;  5P65 A;  4CPT A;  1FQ4 A;  5P33 A;  5P1I A;  5P1V A;  4Y3D A;  5OZL A;  3OHH A;  3PBD A;  5OYY A;  2NNP A;  2AVM A;  4Y3R A;  5P1W A;  5P43 A;  5P2T A;  2ER9 E;  1HPV A;  1EC0 A;  3ZKQ A;  1RL8 A;  2JYS A;  2V13 A;  5HDZ A;  1MTR A;  5P07 A;  3WB4 A;  2IEO A;  2BPX A;  1GVU A;  5P6M A;  3T6I A;  2P4J A;  4K4R A;  1B5F A;  2NPH A;  5P04 A;  5P8M A;  2O4S A;  1KJ4 A;  3ZOV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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