5P1LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 104
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1lA01
2HS1A 3UPJA 2BPYA 5P6XA 1EPQE 5OZWA 4RYCA 2OHUA 5OZDA 5TOLA 3NU4A 1OEWA 1SDTA 3IXOA 5P2JA 3INDA 5P6TA 4J0PA 2EWYA 3BGBA 4KE0A 5P01A 4DJOA 5P2RA 5P5YA 1HVRA 3OU1A 2F3EA 3L38A 5I3XA 5P3XA 5P44A 4J1FA 3U71A 4DJXA 1LZQA 5P8HA 3C9XA 5DR3A 4FRJA 3LZVA 5P0QA 1DP5A 5ENKA 2ZHTA 1EC1A 3PWMA 1QBRA 2I0DA 2FDDA 2VA7A 5KR8A 2CEMA 3MXDA 3DM6A 4B05A 1EBZA 4B1CA 1TCWA 1XL2A 2VIYA 2BB9A 1M4HA 1MEUA 5P31A 5P55A 1BV7A 2B8VA 3O9GA 4Y44A 3VFAA 4B00A 5P5XA 4L7JA 5P61A 5P3FA 5P3RA 2QI4A 1RNEA 3T7PA 3KA2A 2NNKA 4AMTA 1FFIC 2OHKA 5P0IA 1HXWA 1ZBGA 5HE5A 5OZ0A 1W51A 2J9JA 2PYNA 5C9DA 4ZPEA 4OBDA 4Y37A 3LIZA 1J71A 4J0YA 5T4SA 1M43A 3K4VC 1E80E 4LC7A 1SDUA 5P4SA 2AVMA 4DJPA 4FE6A 1PSOE 4B77A 5KQXA 1NPVA 3AIDA 2HB4A 1UH8A 5OZ8A 3SA9A 4CPRA 1SIPA 3PSUA 3INFA 5P5TA 3NSHA 4Y36A 1CMSA 2R5QA 4DQCA 5HU0A 2G22A 1EPNE 5P0GA 4FCOA 5P23A 3KFNA 3KDDA 3QS1A 4EJLA 4Y3JA 3OXXA 4Y4EA 2BBBA 5P3BA 5P6SA 1BXOA 5P00A 1ZJ7A 1HPOA 2AOJA 3O9AA 2AIDA 4FS4A 4Y39A 5I3VA 3OU3A 4COEA 1FMXA 5JODA 5DQCA 1FMUA 5KQZA 2FMBA 1VIJA 5DGWA 2BKTA 2G94A 3SA3A 2QI6A 4PZWA 4CPTA 5ER2E 1EPLE 4RCFA 5P56A 3QRVA 4LXKA 5P5DA 5P52A 2NPHA 1ZTZA 5P5IA 3HW1A 5P04A 5P1TA 1C6YA 5P8PA 3KFSA 3CYWA 5P1XA 2B42A 4HDFA 1ZPKA 1T7JA 3OXCA 2G26A 3TH9A 5P0NA 5P10A 3DCRA 5OZAA 1MRXA 5P8UA 1IDBA 3NWXA 2P3BB 5HVPA 2HM1A 2IGXA 4Y4XA 3UF3A 2P4JA 3QRMA 2P3BA 1MTRA 2OHNA 1EC2A 1G0VA 2OF0A 4Y5PA 2AOHA 3BGCA 3PJ6A 4QJAA 5P8FA 4GJBA 5P2SA 3OUCA 5P40A 3SM2A 2QI7A 5P5GA 5EZXA 5KR2A 3APRE 3L3AA 4DI2A 1MSNA 4BELA 3Q3TA 5P25A 3G72A 4OC6A 1GNOA 2IRZA 3FNUA 4LXMA 3PSYA 5P1CA 5P8SA 5P5PA 5P6OA 4Y5LA 3M9FA 1BDLA 1E5OE 3SKGA 1SH9A 2WEBA 3OXVA 3UHLA 3EKPA 4PHVA 1K1UA 2BPWA 3BVBA 4FLGA 4GJ5A 4KUPA 5P78A 3TPRA 5I3YA 1B5FA 4LL3A 5DPZA 5P02A 3T7QA 2H6TA 5P6FA 3ER3E 1ZSFA 4H3FA 4X2LA 2I4VA 5P6IA 3LINA 3O99A 1DPJA 4NKKA 1PROA 2RKGA 1ZPAA 1A9MA 2BPVA 1APVE 3TOGA 1BDQA 1YX9A 3VLAA 2QZWA 5P3UA 1GVXA 5OYQA 4Y4GA 1BBSA 1PPKE 1K6CA 1APWE 1BV9A 4H1EA 4Z2ZA 5P7PA 4I0IA 2B60A 5P26A 5P28A 5OZTA 4KE1A 1CPIA 4R95A 1SDVA 1LF3A 5P3IA 5P1BA 2V11C 5P2IA 3I2LA 2PH6A 4CPWA 5P2DA 3I25A 1FMBA 4LAPA 5P2XA 3RSVA 4ACXA 4OBZA 2PK6A 1LYAB 3NUJA 5P4CA 4PZXA 5OZBA 2AQUA 2QNPA 3L5BA 3GGVA 3BUGA 4DFGA 3DV5A 1TZSA 2R5PA 4GJAA 1ODWA 4FM6A 3IN4A 3NU3A 4EHCA 5HDXA 2HPFA 2V13A 3K5FA 4QGIA 3KFPA 5P8KA 5P1GA 1HTGA 2Q15A 3APPA 2XYEA 4Y4ZA 4OBJA 5P4WA 4F74A 3SFCA 3UDKA 3SO9A 5P62A 4BFBA 1NPAA 3VFBA 1MPPA 1YT9A 9HVPA 1IBQA 5P05A 3EL0A 1QS8A 1YTHA 2WHHA 1D4YA 5I3WA 5P3HA 4RVIA 3WZ6A 3EKXA 4LP9A 4MC6A 3BRAA 1YG9A 3OY4A 1E81E 3URJA 2AVQA 3HZCA 5OZIA 1K6PA 3HVPA 2V10C 4NJTA 2O4NA 5P4GA 5P41A 1SBGA 1EPRE 4J1IA 3L5CA 5P5BA 2Q55A 5P09A 7HVPA 3Q6YA 1IDAA 4GJ9A 4H3GA 2CENA 2OHSA 3OOZA 4Y4WA 3UDHA 5F01A 3R0YA 1GKTA 1VIKA 2PC0A 5P39A 5P5KA 5P49A 1ME6A 1BILA 5P0BA 2FXDA 4HA5A 4TRZA 1PFZA 2QI5A 1KJFA 4MC1A 5P4AA 3TLHA 5OZ9A 5P1EA 3L59A 5P35A 5P63A 3EXOA 4J5JA 2P3DA 4ZPGA 3S43A 5HTZA 3NUOA 5AHCA 5P0JA 5P5RA 5P3CA 5P59A 1W5WA 3SA7A 2R43A 4FRSA 2BPZA 5P1WA 4DH6A 1KJGA 4LXAA 1BVGA 5J25A 5DR1A 3NR6A 4H3JA 3OQFA 3HAUA 1HIHA 1LYWB 1QDMA 3HD8A 3CMSA 2PSUA 3SPKA 2QAKA 3OQKA 3LZSA 3KN0A 4Y47A 5P3MA 1UH9A 5P27A 1CZIE 1A8GA 3EL1A 3SA8A 2QMGA 4B1DA 2OHRA 5P12A 4DJUA 5P4RA 3UQPA 1HXBA 3BHEA 4Y6MA 3URIA 3VSWA 4Y4DA 1TW7A 5P2BA 4J1EA 3INEA 5P2GA 3TKWA 3OQAA 3OADB 3OK9A 5P7SA 4K4QA 4EJDA 4Y3TA 2AOFA 5P5LA 4OBKA 1N49A 5P6JA 5P4UA 5P4JA 4AA8A 5OYUA 4E43A 4K8SA 5P5UA 1PSAA 1HSGA 4PPHA 4HZTA 5P8JA 4I11A 3QBFA 4B72A 5P5EA 5P5AA 2IKUA 4J0VA 2FLEA 3T11A 5JG1A 4QJ2A 4Y4TA 3PBZA 4FGXA 3R2FA 5P22A 1HRNA 3PCWA 2NNPA 4J55A 3OUAA 3UQWA 3BUHA 5P46A 3KYRA 3ECGA 5AH7A 3OQ7A 1DIFA 4L1AA 2FIVA 2VA6A 3TOFA 1FGCC 1XN3A 2VJ6A 1ZSRA 2QI0A 3QRSA 1FG6C 4DPIA 3PI0A 4GZFA 2VA5A 5P6WA 1FQXA 4EWOA 5P86A 5P11A 4R5NA 5OZUA 3SLZA 5P2VA 4A6CA 3DUYA 5E5JA 2JJJA 3ZKXA 5P8MA 2O4KA 3TOHA 3RU1A 5P7BA 1D4SA 3KMXA 5P42A 2QK5A 3PLLA 2I4XA 4I8ZA 5P1NA 3OU1B 5OZRA 5P4BA 5P58A 5P2AA 2ZJLA 5P6VA 2XFIA 3SQFA 5P75A 3QP0A 2OHPA 5P7XA 3NWQA 5P4NA 3O9HA 1QRPE 4OD9A 5AH8A 3OHHA 5P6RA 1ZP8A 5P17A 2QZKA 3OU4A 5P4DA 3HBOA 4NJSA 3EM4A 5P8GA 1MT7A 3GGAA 3K1WA 3OWNA 2G1SA 1T7KA 4TRYA 2IGYA 2ZDZA 5P6LA 1C6ZA 4H3IA 2P3AA 3DK1A 5P3ZA 5P4MA 3O9CA 5OZ1A 4Y4JA 5P0VA 3KMYA 1W50A 1ODXA 4RROA 3SABA 2QD8A 5P8OA 1GVUA 3VYFA 3I7EA 1W6IA 3PGIA 4A4QA 1TCXA 3CIBA 3O9FA 2J9JB 2ER9E 3NXEA 2F3KA 4DUSA 1WBMA 5P32A 2QHCA 2I0AA 4ER4E 5OZPA 2PH8A 4TVHA 4RRNA 2A4FA 3D1YA 2RSPA 5P6QA 5P7FA 1GVTA 3SACA 3OHFA 5P3PA 1T7IA 2NXMA 1T6GA 1HWRA 2NXDA 5P8IA 5P1JA 2QD7A 3MWSA 5P3VA 3RTMA 3T3CA 4DQGA 3UFNA 2FDPA 1W6HA 5P4TA 5OYSA 3NXNA 4Y3SA 3D1ZA 1MESA 5P6NA 5P0XA 4I0FA 3K4VA 4DQBA 5OYRA 4K9HA 5P33A 4CPUA 1RL8A 2AOIA 3VF3A 3B80A 2F81A 1SGUA 2OHMA 2O40A 3LPJA 4HVPA 4RZ1A 5OZHA 4I10A 3PBDA 3ZMGA 2G20A 5OZQA 3SM1A 3VEUA 5P4YA 3VF7A 3S45A 5P3WA 2XYFA 4I0DA 1LF4A 4Y4AA 3QROA 5P4KA 3CKPA 5HDVA 2CEJA 3Q4BA 5P1MA 3KT5A 2BQVA 5P6DA 4Y3HA 5KOSA 3H5BA 3UQUA 6UPJA 3L5FA 5HD0A 4J1KA 1W5XA 5B18A 3PRSA 5P87A 5P7CA 1AIDA 5P6UA 4YCYA 4APEA 2V00A 4GMIA 1EC3A 4TRWA 4YD6A 3PSGA 4I0ZA 4NPTA 1HIIA 5OYWA 3URLA 3EKWA 3VF5A 3TPJA 1ENTE 2AZ9A 4J54A 4QJ9A 5P0TA 2ZJJA 4JPEA 2Z54A 5P57A 2HB2A 2WF2A 4FM7A 5P2HA 1B6KA 3IXKA 2I4QA 5KR0A 1YTJA 1EBKC 2ZJMA 1BVEA 2R38A 5P89A 5P47A 1TQFA 4CPSA 1K2CA 3Q5HA 4Y38A 1BWBA 5OZZA 4OC6B 5P69A 3WSJA 5P3KA 4Q1XA 5FIVA 3TKGA 4J1CA 4I0GA 4XXSA 4M8YA 3S56A 1B11A 1HTEA 4YBIA 4DV9A 2JJIA 3IVHA 5P79A 1Z1HA 2FGUA 2ZYEA 2UY0A 4FM8A 5OYYA 5BRYA 3K5DA 3EKVA 5CONA 1B5FB 3R1GB 3VV6A 3OGPA 2PK5A 5P38A 5DR4A 3EL5A 1FFFC 3EKQA 3ER5E 5P0SA 3GW5A 5AHAA 2G1YA 1HBVA 4Y3ZA 5P4IA 1IIQA 5P2WA 5P5OA 1G6LA 5P64A 1FQ6A 2R3WA 2QNNA 4HDBA 4J0TA 1D4IA 3S54A 4RVXA 2VIZA 5OZYA 5P7UA 4I0EA 3JW2A 2ZHRA 5BS4A 5JFUA 5SZ9A 2IKOA 3OTSA 4MC9A 3LZYA 4FSLA 5P67A 3LZUA 5P18A 5P7QA 5P6BA 5P3LA 4FRKA 3ZKMA 1W5YA 5P6GA 4YA8A 3EL4A 2PWCA 5P8LA 5P14A 5P3YA 5AH9A 1GNMA 3EKTA 5IVSA 1PPME 4FAFA 5OYTA 1OD1A 4OBZB 4F76A 4YD4A 1HVJA 4ZE6A 2H6SA 5P0LA 2NTRA 4R93A 4HDPA 3LHGA 3VG1A 4Y3NA 4GJ6A 3HAWA 4YHQA 3ZKGA 5P4QA 5P5QA 4BEKA 5OZOA 4Y58A 5P3SA 1A8KA 1IVQA 5P1RA 3WB5A 3T7XA 3U6AA 2AVSA 1NPWA 3NU6A 5P6AA 4LHHA 1XN2A 1DMPA 4YOBA 2Z4OA 4WY1A 2AVVA 5P88A 3PCZA 4U7QA 3G70A 4L6BA 5HDUA 5HDZA 2I4WA 1D4LA 2QU3A 3QPJA 1LYBB 4L7HA 2G21A 5P4HA 3SKFA 2G1OA 1HTRB 5P6CA 3RVIA 4GIDA 3O9LA 1T3RA 1LYBA 1TSUA 3WB4A 2IS0A 3PB5A 4K4RA 3BUFA 5P15A 3OUBA 1IZEA 1HVSA 4L7GA 3PLDA 5OZLA 4PEPA 5AGZA 4UPJA 1HVKA 3UDMA 2VNMA 3S8IA 1AAQA 4GJCA 3S2OA 3PI5A 5P4EA 4RCEA 5OZ5A 1EBWA 5P70A 3ZOVA 3IA9A 5P4OA 2BJUA 5P5VA 1SMEA 2NR6A 3N3IA 3VYDA 5P0HA 2XFJA 2ANLA 4S1GA 5P1ZA 5P7ZA 4DJWA 3GI5A 5P6YA 1MT9A 4J1HA 3MSKA 1EAGA 1FB7A 1K6VA 1W5VA 5P65A 5P0ZA 1MT8A 4HE9A 5HE7A 4YD5A 3MXEA 4DQHA 5P0UA 2ASIA 3S43B 3UDNA 3NLSA 3D91A 4ZIPA 1T6EX 2PSGA 1HPVA 3GGUA 5P13A 3ZL7A 4Y3AA 4EP2A 1AM5A 4Y3DA 1XE6A 2FS4A 2ZHUA 4B0QA 4FAEA 3PEPA 4Y5KA 3UDJA 3KM4A 5OYVA 2B8LA 2F8GA 3EM6A 2WF3A 2PYMA 1AXAA 5P0WA 5P74A 1HVHA 1MSMA 1ODYA 5P6MA 4B1EA 2QNQA 5P3NA 2VJ9A 5P36A 5OZ4A 2ER6E 4D85A 4EP3A 5P85A 2AZBA 1A30A 4Y3LA 5ER1E 1AJXA 5P1VA 3UDQA 2AOGA 5P0AA 4NJUA 3L58A 5P3GA 3TTPA 3PVKA 3OOTA 4Y5GA 5P0RA 3CYXA 3EM3A 4Y3RA 3U7SA 2WECA 4Z22A 5APRE 4APRE 1AJVA 5P5FA 7UPJA 3GGXA 3TNEA 4Y41A 5OZKA 1IZIA 5COPA 2QD6A 5P1QA 3UQRA 1KJ7A 3OGQA 4EJ8A 1LF2A 5P8RA 3OAGA 4RVJA 5P30A 3O9DA 2ZJNA 1C6XA 4RRSA 5P03A 3LIXA 3IGBA 3HVGA 3TPLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HS1 A;  3UPJ A;  2BPY A;  5P6X A;  1EPQ E;  5OZW A;  4RYC A;  2OHU A;  5OZD A;  5TOL A;  3NU4 A;  1OEW A;  1SDT A;  3IXO A;  5P2J A;  3IND A;  5P6T A;  4J0P A;  2EWY A;  3BGB A;  4KE0 A;  5P01 A;  4DJO A;  5P2R A;  5P5Y A;  1HVR A;  3OU1 A;  2F3E A;  3L38 A;  5I3X A;  5P3X A;  5P44 A;  4J1F A;  3U71 A;  4DJX A;  1LZQ A;  5P8H A;  3C9X A;  5DR3 A;  4FRJ A;  3LZV A;  5P0Q A;  1DP5 A;  5ENK A;  2ZHT A;  1EC1 A;  3PWM A;  1QBR A;  2I0D A;  2FDD A;  2VA7 A;  5KR8 A;  2CEM A;  3MXD A;  3DM6 A;  4B05 A;  1EBZ A;  4B1C A;  1TCW A;  1XL2 A;  2VIY A;  2BB9 A;  1M4H A;  1MEU A;  5P31 A;  5P55 A;  1BV7 A;  2B8V A;  3O9G A;  4Y44 A;  3VFA A;  4B00 A;  5P5X A;  4L7J A;  5P61 A;  5P3F A;  5P3R A;  2QI4 A;  1RNE A;  3T7P A;  3KA2 A;  2NNK A;  4AMT A;  1FFI C;  2OHK A;  5P0I A;  1HXW A;  1ZBG A;  5HE5 A;  5OZ0 A;  1W51 A;  2J9J A;  2PYN A;  5C9D A;  4ZPE A;  4OBD A;  4Y37 A;  3LIZ A;  1J71 A;  4J0Y A;  5T4S A;  1M43 A;  3K4V C;  1E80 E;  4LC7 A;  1SDU A;  5P4S A;  2AVM A;  4DJP A;  4FE6 A;  1PSO E;  4B77 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LS5 A;  4GJ8 A;  4WY6 A;  3JVY A;  6APR E;  1LYA A;  1IZH A;  2O4L A;  5P2L A;  5I70 A;  4B78 A;  4Y5B A;  2FNS A;  4YE3 A;  5P7I A;  3O9L B;  4AUC A;  5OZX A;  3FNT A;  5P66 A;  2NMZ A;  3CID A;  2QHZ A;  4DJY A;  1APT E;  3WZ7 A;  5P3Q A;  5P6Z A;  1B6P A;  3ST5 A;  4JP9 A;  5P51 A;  5DR0 A;  2IQG A;  4ER1 E;  4I8W A;  5DGU A;  5COO A;  4GJD A;  5OZV A;  4ZEA A;  5P08 A;  5P19 A;  5P1F A;  1EBY A;  4RLD A;  2V0Z C;  2ZHS A;  4I0H A;  1MET A;  2IEN A;  4YDF A;  4Y3G A;  5HCO A;  1YM4 A;  2IL2 A;  1HEG E;  4CKU A;  1BXQ A;  3UFL A;  2P83 A;  5OZ7 A;  4QLH A;  5P20 A;  1Z1R A;  2REN A;  5P77 A;  5P7R A;  1MER A;  3IVI A;  1HPS A;  5P0Y A;  1IVP A;  2AOD A;  4FRI A;  1D4H A;  2NXL A;  2QZX A;  1PSN A;  1SGZ A;  4R92 A;  2VJ7 A;  3UDY A;  1GVV A;  4CPX A;  2IDW A;  1HSH A;  5P3O A;  2RKF A;  4EXG A;  5P7T A;  4Y9W A;  3QIH A;  3L5D A;  5P0O A;  1HVL A;  5P7M A;  2P8H A;  3LPI A;  1HTF A;  5HU1 A;  5P1I A;  2OHT A;  4DJQ A;  1GVW A;  3NDX A;  4Y3E A;  2OAH A;  4EJK A;  2PQZ A;  5OZ2 A;  3VUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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