5P1NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 106
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1nA01
4B05A 2Q5KA 5P5JA 1HWRA 1FQ5A 3TTPA 4FE6A 3IN3A 5OYVA 2G1SA 1TW7A 5OYZA 4DQCA 2PWCA 1YM4A 2HS1A 4FCOA 2UXZA 2ER7E 5HCTA 4DPFA 5OZ0A 1APVE 5P5UA 2Z54A 3RTNA 5P36A 1AZ5A 3UFNA 3EXOA 3LPKA 2PK5A 5E5KA 3QRSA 2BPXA 2FGVA 3IXOA 4PEPA 4KUPA 3EL5A 5P2NA 2FNTA 5P22A 1MT9A 5HE5A 3L58A 1K6TA 5P8DA 4Y6MA 1LF4A 3JVYA 2QI1A 1QS8A 4FIVA 1MRXA 2BB9A 5KOSA 4FM7A 3IA9A 3VFBA 5P4NA 1BXOA 4KE1A 5P3RA 1PSNA 5P5RA 3QBHA 1W5XA 5P4YA 5OZNA 4YCKA 4Y44A 4GYEA 5P5SA 5HU0A 5I70A 1K1TA 3EM4A 5OZBA 4ER4E 4Y4XA 1B5FB 5P6LA 2AVVA 2OHTA 4L7HA 5IVRA 4H1EA 5P2FA 3T7PA 3O9DA 2PYNA 2R5PA 5P4CA 2B60A 3B7VA 5OZ8A 3MXEA 3ER5E 2V0ZC 5DQ4A 4Y4EA 1HTRB 5P53A 4QJ2A 4WY1A 4GZFA 1M4HA 5HDVA 5PEPA 4A6BA 3UDYA 4FM6A 4HDFA 5P0RA 4I0DA 1FMUA 5P1DA 1VIJA 3VV8A 1U8GA 1UH9A 4RVIA 4FL8A 5P4TA 2H6SA 5P3UA 2AODA 3B80A 1CMSA 5P0TA 5TOLA 1OHRA 4I10A 2R38A 1ZAPA 5P5FA 5APRE 3PLLA 2PSGA 5P86A 5P8NA 2VA7A 1MPPA 2P4JA 3SKGA 4DH6A 5P6ZA 1Z8CA 2JXRA 4H3FA 5P29A 4DQHA 1HIHA 4JP9A 2FXEA 3KF0A 5P1OA 2R9BA 5P1CA 2NNPA 3SA6A 3S85A 2RENA 5P5TA 1HVRA 4EQ0A 4ZEAA 5AHCA 5OZUA 3HDKA 5OZDA 5P5WA 4D89A 5SY2A 3HBOA 4Y4GA 2BQVA 4OD9B 1J71A 5EZZA 2OAHA 3R2FA 5P24A 5KR2A 1HTFA 4JPEA 2HS2A 3L5CA 3TKWA 1HPSA 3EMYA 1MTBA 5P66A 5P6RA 5P1IA 3GI4A 1FFFC 5AH6A 2PSUA 5P63A 5P8RA 3SFCA 1W5YA 4PYVA 4YDFA 4N00A 4Z22A 5P3EA 5P1QA 2VIEA 1BIMA 5P8IA 3LPIA 5P70A 1YG9A 2BKTA 4FRIA 4H3JA 5P15A 5OZCA 3OK9A 4YBIA 2G94A 1RL8A 3VV6A 5OZEA 1SMRA 5JFPA 4D85A 5P76A 1BWBA 4Y3TA 4QJ9A 1K6CA 4Y5CA 4A4QA 3DV5A 2AVSA 1MRWA 2QD8A 5P80A 5P8BA 3NXNA 1BVGA 3RVIA 3NU4A 3KMXA 3SA9A 1FLHA 2B42A 4DUSA 4YA8A 5P12A 2QD6A 3FX5A 2A1EA 3EL9A 3UQUA 2AOCA 5P0QA 2AVMA 2WF0A 4LXMA 4CPXA 5P37A 2CEMA 4OBZA 5P2RA 4B1CA 4Y57A 5P0BA 4WY6A 5P4MA 3ZKIA 3NU5A 1APTE 4Q5MA 1OD1A 1SP5A 3UDHA 3K5CA 3KFPA 5P4JA 1BVEA 5OZ3A 3RU1A 1M43A 4DI2A 5P0NA 1RNEA 1D4JA 3QPJA 1KJHA 2CENA 2I4XA 3N3IA 3LIVA 2PK6A 5P0CA 1KJGA 1Q9PA 2IS0A 1A8GA 3EL1A 4J55A 4DFGA 5P4AA 2AVQA 3QP0A 4B00A 3CIBA 3LHGA 4DJQA 5P6QA 4KE0A 2VIZA 5KR0A 5HU1A 7HVPA 4CKUA 1LYBB 3K5FA 4I12A 3BUFA 5P5XA 1APUE 2IDWA 4OBFA 4J1EA 1ZJ7A 4AUCA 5P20A 4FM8A 2QP8A 5P8SA 5I3YA 4GJ6A 5E5JA 2ZJHA 5P3XA 1XN3A 2AZCA 3KFNA 4CMSA 3OXWA 3BXSA 5IS4A 5P5DA 2ZJIA 5P5HA 1AAQA 4KB9A 1EAGA 1ZPAA 5P0MA 5P7QA 4GJ8A 5OZ5A 4QLHA 4Y3WA 3D1YA 3NWQA 4Y4TA 1LF2A 1MVPA 3EKWA 5AH9A 1K1UA 5P0XA 5P5QA 5DPZA 4J1IA 1EC3A 2G27A 5P3KA 3R4BA 2ASIA 5P5EA 3LNKA 5OZQA 5HDUA 5OZ1A 5P54A 1IIQA 1HEFE 1T7KA 5P7ZA 3LZVA 1ZPKA 5P6WA 2O4LA 5DQ2A 5P81A 2FNSA 5P77A 3L5DA 3OXCA 5P5CA 1MESA 3PEPA 5IVSA 4Y4AA 4ZPEA 3MSLA 1ME6A 5P4VA 1EPNE 2NR6A 4EP3A 5P42A 4HDPA 5BS4A 5DGUA 1MERA 4Y3GA 4B0QA 1ENTE 5I3XA 1LS5A 3T6IA 2NNKA 2VA5A 4DJUA 1FMBA 3O9LA 4S1GA 3UDJA 3TOFA 4Y4JA 3JVWA 2ZJNA 3INHA 1GVTA 2F8GA 3PSYA 5DR1A 5C9DA 3VF3A 3DM6A 3ER3E 3G70A 5OZFA 3HLOA 3OU3A 5IVQA 1PPME 1DMPA 4OBHA 3PSUA 5DQ1A 4CPUA 4R92A 2QK5A 3M9FA 2QMDA 2I4WA 3DJKA 5P52A 5OZZA 5P6PA 2PH8A 2ZHTA 3I6OA 5F00A 3SLZA 5ENKA 1ODWA 2ER6E 3CIDA 5P8EA 3S54A 2HAHA 3Q70A 4HA5A 1FEJC 4BFBA 2ZHRA 5P4ZA 4L1AA 3HVGA 9HVPA 4Y5NA 3EL0A 3PVKA 1YT9A 2AVOA 2WJOA 3NWXA 5P7PA 4RYGA 5ER2E 3TOHA 5P87A 5P7LA 3L3AA 5P10A 5P13A 1D4YA 4GJCA 5P2AA 3LIYA 3QRMA 2FDDA 2WECA 5P11A 3HAUA 2QCIA 2AZ9A 4Y39A 4LC7A 5OZLA 5ISJA 2O40A 4RGHA 5P6TA 2V11C 4I0EA 2BPVA 4NPTA 3OUCA 1HPOA 5DR7A 3UTLA 3GI6A 5P83A 1IZDA 2WEDA 4R5NA 5P4QA 2ZJLA 1BXQA 5P5VA 5P4PA 3NU9A 2FIVA 4GIDA 5HDXA 4DVFA 4YCYA 3OQ7A 2IGXA 3O9LB 5DR8A 5P2ZA 4ZPGA 4CPSA 4NJVA 5P3JA 4Y3QA 5P3WA 4Y5LA 5P18A 2OHSA 5P7UA 3DK1A 1QBRA 4MC1A 1BWAA 3S7MA 4QGIA 2QHYA 5P0GA 4EJDA 4X7IA 4DJXA 5P2YA 3D3TA 1EBYA 5EZXA 5P6XA 5P34A 4M8XA 5P3NA 4J5JA 5P4SA 3KA2A 1IZEA 1IVQA 3PI5A 1TCWA 2AOIA 6UPJA 3BVAA 1FF0C 5P5NA 1W50A 1MIQA 2B8LA 4XXSA 5P8LA 3QAAA 4L1AB 4Y54A 1QBSA 3U7SA 4OC6A 3HW1A 3RSVA 4YDGA 2XYEA 1E81E 3APPA 1UH7A 3EM3A 4YCTA 3I25A 4Y58A 1HXWA 4Y5PA 2VJ9A 1GNOA 3PSGA 2FMBA 5P4OA 5ENMA 4DV9A 3HVPA 4U8WA 3KDDA 4L7GA 1G6LA 1ODYA 4CP7A 3K4VC 5P2SA 3OAGA 4Y3PA 4Y3LA 4H3IA 4XKXA 3PB5A 1HRNA 1TCXA 1E80E 5P0HA 4I0HA 4LL3A 3PWWA 2NXDA 4DQBA 3BUHA 3TOGA 4Y5GA 5P5MA 5P1EA 5P1BA 3CMSA 2FDPA 5OZMA 1XDHA 2IRZA 4B1DA 1UPJA 5P4WA 4K4PA 4ZIPA 5P2BA 3IXKA 5P7AA 5B18A 1CZIE 4HLAA 5CONA 2OHRA 3ZKGA 2AOFA 4E43A 5P1PA 4DJWA 4GJ9A 4Y3HA 3ECGA 4R93A 4J54A 4OBDA 1EPOE 1MTRA 5OZGA 2G22A 4QJ8A 3Q5HA 1T7IA 5P2QA 3HZCA 4Y4BA 2R43A 3EKXA 1K6VA 1D4HA 5P4GA 5DR3A 1MEUA 3L38A 4LBTA 3QN8A 5OYXA 4PPHA 3VF7A 1GVVA 4YBFA 4K4RA 3NDUA 1BBSA 3PWRA 2ZE1A 5P75A 3KFRA 5P6OA 5P3QA 5P1LA 1F34A 3PCZA 5P7DA 2QZWA 1HTGA 1GVXA 4ZPFA 3R1GB 4Y3AA 5P59A 3PJ6A 3OXXA 5SZ9A 4Y3ZA 3EL4A 1G2KA 2QAKA 3OQAA 1B6MA 3TPLA 3VUCA 4EP2A 5P1HA 1FKNA 1FQ7A 4J1HA 2HPEA 1FQXA 4F73A 5P30A 4QJ7A 3OAGB 2IQGA 3APRE 4J1CA 5HD0A 1EEDP 2F3EA 2VS2A 4K8SA 4Y43A 1ODXA 5P6EA 2QMPA 3BXRA 3OOTA 3VSWA 5DQCA 5P6JA 2FS4A 4FS4A 5P39A 5P58A 3DUYA 4J0PA 1A30A 4I8ZA 5KQYA 3OQFA 4FGXA 3URJA 3O9AA 5P6FA 1BDQA 5P40A 5P1FA 2O4SA 4Z50A 5JG1A 5P1GA 4ACXA 5UPJA 4TRWA 5I3VA 4HEGA 2G1NA 1HVSA 2V16C 5P7MA 1AJVA 2WF4A 2AOJA 5P7CA 4D8CA 5P5BA 5P4FA 3TPPA 5P3YA 1A9MA 3TH9A 1EBKC 4J0TA 5OYTA 5P85A 5P23A 4Y3MA 2V12C 2QI5A 2G20A 4IVSA 1HPXA 5P6BA 3JW2A 3ST5A 1D4IA 3NUJA 5P6GA 4Y45A 5P82A 5J25A 2RKGA 1W51A 3AIDA 3KDBA 1EBZA 4ACUA 3I8WA 3UQWA 3QVIA 3OY4A 1XL5A 3T7QA 3BUGA 1C6XA 2J9KA 1DAZC 2G24A 5JFUA 5BWYA 1TSUA 1RPIA 2Z4OA 5P7XA 5P0IA 1A8KA 1D4LA 1EC2A 4AZYA 1DIFA 3DOXA 5P84A 4EPJA 1SIVA 3WZ8A 3ZPUA 4EYRA 5P43A 5P3LA 3K5GA 3EKQA 3BVBA 5OYWA 5P31A 4I0GA 2Q15A 3KDCA 5P88A 3BC4A 2HC0A 1AM5A 1LYWA 3PRSA 5HVPA 6FIVA 4DPIA 4CPRA 5P6NA 1GVUA 2PQZA 2NMYA 5P09A 2V00A 5P6UA 5P5GA 4B78A 2V13A 3RTMA 2RKFA 2OHPA 5P72A 3MSJA 5P1MA 5P1NA 2B8VA 4AA9A 5P6CA 4MC6A 3GGAA 2XFKA 4RRSA 4RYCA 4GJ7A 1K2CA 4AA8A 3WZ6A 1AJXA 5P1JA 4FLGA 5P5PA 4EXHA 2BPZA 3U6AA 3OADA 4B1EA 2APRA 2F3KA 2G1YA 3R0WA 5P68A 1DP5A 5P4RA 3KM4A 4XX3A 3BGCA 2WKZA 3G6ZA 4TVHA 4DJVA 4I8WA 5P71A 3S45A 5P46A 3VEUA 3LIZA 5KAOA 3TNEA 1WKRA 3EKPA 3SA7A 4BEKA 3INFA 1LYAA 5P7IA 5KQXA 2F81A 3VFAA 4GJBA 3KMYA 2HIZA 1TZSA 1LYWB 3H5BA 3VSXA 4BELA 2ANLA 5DGWA 4ZE6A 1YTHA 4DQEA 2JJIA 3TLHA 1MUIA 4Y38A 1XL2A 4OBZB 2I4UA 3ZOVA 5P3IA 4ZSQA 1C6ZA 5ISKA 3DV1A 5P1ZA 3DCKA 5OZ4A 1VIKA 3BRAA 4FRSA 1FG8C 1M0BA 3OOZA 2ZJMA 4J0YA 3A2OA 3VYDA 1K2BA 1MT7A 4GJ5A 5P6KA 5P2CA 5F01A 1HVHA 4ZLSA 5P5IA 4J0VA 5P0UA 2QI6A 1GNNA 3RSXA 5OYYA 1BAIA 5P8PA 2ER9E 5OYRA 3PLDA 1HVCA 2ZHVA 4Y5AA 3OTYA 2BBBA 2VNMA 5BRYA 3QIHA 4COEA 2QNNA 5P0ZA 2RSPA 5HE7A 1DPJA 5P8FA 4RVXA 3EM6A 1META 3MSKA 5P00A 1EPPE 1PSAA 2VA6A 3GW5A 2XFIA 3INDA 5AHAA 3ZKNA 5P7TA 1LEEA 5OYUA 5P33A 1EC0A 5KR8A 1T3RA 3OXVA 2AIDA 5P44A 3VG1A 1LYAB 4J0ZA 3TL9A 1FQ6A 4RCFA 2QHZA 2BKSA 3SAAA 4Y3DA 4LP9A 2I1AA 5P7KA 3ZKMA 3WSJA 1EPRE 3LINA 2OHUA 4Y5EA 3UF3A 5P3FA 1QBTA 3D1XA 3WZ7A 3UFLA 4F75A 5P3ZA 4U7VA 1PPLE 5P67A 1SGZA 3K5DA 3CKPA 5P3BA 5P7BA 5P5OA 4RVJA 4FRKA 3UDNA 1WBKA 4Y9WA 5P0AA 5P65A 4ZSRA 2WF2A 2NXLA 4FSLA 5P05A 4K4QA 3OUBA 1GVWA 4RCDA 5P4LA 2WF3A 3VLBA 4Y4WA 5P8MA 4Y5BA 5P2GA 3NYGA 4LXAA 4Y3NA 3MWSA 4ER2E 3OGQA 3CICA 3SM1A 4XX4A 2P3BA 1FB7A 3OHHA 3ZLQA 2IL2A 3K1WA 3URIA 2F3FA 5P02A 1ZSRA 4Y4UA 3T11A 3BHEA 5P1XA 1N49A 2O4KA 6APRE 3DCRA 3N4LA 3T7XA 1HHPA 2ZHSA 1E82E 3HD8A 2PWRA 1W5WA 5KR1A 3OWNA 5P2VA 1TQFA 5P1TA 2Q64A 5OZSA 3UQXA 4GJAA 4NPUA 1T6GA 2JE4A 3OGPA 3UDRA 5P49A 2VIJA 4Y3XA 2O4NA 5P16A 4R8YA 4Y4ZA 4HVPA 5P5YA 2SAMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B05 A;  2Q5K A;  5P5J A;  1HWR A;  1FQ5 A;  3TTP A;  4FE6 A;  3IN3 A;  5OYV A;  2G1S A;  1TW7 A;  5OYZ A;  4DQC A;  2PWC A;  1YM4 A;  2HS1 A;  4FCO A;  2UXZ A;  2ER7 E;  5HCT A;  4DPF A;  5OZ0 A;  1APV E;  5P5U A;  2Z54 A;  3RTN A;  5P36 A;  1AZ5 A;  3UFN A;  3EXO A;  3LPK A;  2PK5 A;  5E5K A;  3QRS A;  2BPX A;  2FGV A;  3IXO A;  4PEP A;  4KUP A;  3EL5 A;  5P2N A;  2FNT A;  5P22 A;  1MT9 A;  5HE5 A;  3L58 A;  1K6T A;  5P8D A;  4Y6M A;  1LF4 A;  3JVY A;  2QI1 A;  1QS8 A;  4FIV A;  1MRX A;  2BB9 A;  5KOS A;  4FM7 A;  3IA9 A;  3VFB A;  5P4N A;  1BXO A;  4KE1 A;  5P3R A;  1PSN A;  5P5R A;  3QBH A;  1W5X A;  5P4Y A;  5OZN A;  4YCK A;  4Y44 A;  4GYE A;  5P5S A;  5HU0 A;  5I70 A;  1K1T A;  3EM4 A;  5OZB A;  4ER4 E;  4Y4X A;  1B5F B;  5P6L A;  2AVV A;  2OHT A;  4L7H A;  5IVR A;  4H1E A;  5P2F A;  3T7P A;  3O9D A;  2PYN A;  2R5P A;  5P4C A;  2B60 A;  3B7V A;  5OZ8 A;  3MXE A;  3ER5 E;  2V0Z C;  5DQ4 A;  4Y4E A;  1HTR B;  5P53 A;  4QJ2 A;  4WY1 A;  4GZF A;  1M4H A;  5HDV A;  5PEP A;  4A6B A;  3UDY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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