5P1VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 114
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1vA01
2B8LA 5P30A 1NPAA 1LYWB 5P81A 1T7IA 2J9KA 4J0TA 5P4EA 5OZDA 5P5CA 3EKTA 3TNEA 4D89A 3APRE 2G94A 5ENMA 5P5HA 4I10A 3IA9A 3SM2A 3FNSA 1ZSRA 5IVQA 1AZ5A 3EMYA 4FRIA 5P45A 5OZCA 3TLHA 1W6HA 1FQ6A 3QVIA 3S7MA 1HVCA 3GGVA 5ISJA 3PWWA 5P72A 1U8GA 4GJ5A 4J1CA 4NJVA 5P65A 4K9HA 3VLAA 1XS7D 3SKFA 2VKMA 2QI3A 1W50A 1OEWA 1EC2A 4RROA 2ZJKA 1GNOA 3BGBA 4I0GA 3JW2A 4Y5LA 3O9DA 5P6KA 2G22A 1HOSA 4FM7A 3UPJA 2WKZA 1QRPE 3QRVA 3HVGA 4HZTA 5P2HA 3FNTA 3IXKA 5P8JA 5P2ZA 5P0VA 1ME6A 4I0IA 1DIFA 4FRKA 3FX5A 3PI5A 1C6YA 4IVSA 5OZ7A 5P3GA 4FM8A 2ER0E 3ZPTA 4B77A 1D4YA 3DK1A 4Y4JA 3HAWA 5P63A 4DQFA 3UQXA 4Y5BA 5P2TA 5OZSA 5P5IA 5ER1E 4H3FA 3LZUA 1MIQA 4EHCA 1KJ7A 4B1CA 5P3NA 3NR6A 1NH0A 3OTYA 2F3KA 2R43A 4FSEA 3H0BA 3A2OA 5P0BA 5P8MA 5P17A 2WF3A 4PYVA 5P7IA 3OGPA 4NKKA 3D1XA 3LIVA 5IVSA 2O4PA 3TOHA 4I0DA 1BWAA 2JXRA 1HTGA 2PH8A 5HU1A 3K5DA 5P44A 4ACUA 5OZFA 4YD7A 1HTFA 2VS2A 2HPEA 4DJPA 3OHFA 5OYYA 4A6BA 1HIIA 1BIMA 3WZ8A 5FIVA 2FDEA 1ZSFA 2OHUA 3K5GA 1MUIA 3CMSA 1WBKA 2P3BA 3PHVA 3ZKIA 1UH8A 4GJ6A 5ER2E 3L5FA 2ZHTA 3GGAA 5P2UA 5P4ZA 4FSLA 1HHPA 5P0JA 4R95A 4Y4WA 5P61A 1YTGA 4YCYA 3RTNA 1OEXA 1OD1A 5OZUA 5P54A 3OOZA 3APPA 5OZ3A 2FGUA 5P6BA 1K6VA 3UHLA 4ER4E 2G21A 1HRNA 1BV7A 4CMSA 1VIJA 5P2KA 2O4LA 3O9GA 2QMFA 4I8WA 5P69A 2FXDA 4I1CA 2UXZA 4Y5CA 3LZVA 3LINA 4U7VA 3CKRA 5OZ1A 3K5CA 5P2EA 1OHRA 5OZJA 3S43A 1N49A 4QJ2A 2PSVA 3EKQA 4OD9B 4CPTA 1XE6A 2Z54A 4Y5NA 1KJHA 5P7JA 1GNNA 2VJ9A 4GJAA 2VIYA 2OHKA 5OZYA 4QJ7A 2B60A 3ER3E 1MRWA 1AIDA 1EBWA 1EPQE 1FFIC 2ZE1A 1ODWA 5HDXA 4DQHA 1FIVA 3SO9A 4D88A 4Y4TA 1HVIA 4X2LA 4N00A 4KE1A 4EXGA 2B7FA 5P4CA 5P7BA 3BGCA 1EC1A 2G24A 1E81E 4DPIA 5P74A 2VA5A 4EP3A 1TSUA 4Z50A 4EJKA 5P79A 5COKA 4J1FA 3VG1A 5P05A 3UDJA 4LXKA 2IGYA 3AIDA 4EQ0A 3LHGA 1DMPA 4PHVA 5P1IA 4NJSA 5P2MA 4DVFA 3EBZA 4NPUA 5P35A 5P3VA 3KDBA 2RMPA 5P7RA 3EL9A 1PSOE 3VLBA 5OZBA 5P5BA 2I4WA 4I12A 3NYGA 1TQFA 5P14A 1EPNE 3QN8A 5P8BA 1W5XA 5DR7A 5CONA 1EBYA 9HVPA 2F80A 4L7JA 3KFPA 5HCTA 5P1CA 5P7EA 5P5VA 2IRZA 4Y43A 5J25A 2FLEA 3N4LA 4XX3A 5HDUA 5P7GA 1APTE 1DP5A 2AODA 4B70A 2PWRA 3MWSA 5P3LA 4WY6A 4Y4ZA 5KR1A 1AAQA 5OZAA 3RSXA 3S85A 2WHHA 4Y3NA 1K2BA 5P2GA 3LIXA 4DJXA 5P68A 3LIYA 5P7CA 3KA2A 3U7SA 2I4QA 5P6CA 3S8IA 2I0AA 1SGUA 2G20A 2OHLA 3SA7A 1BXOA 3GGUA 5P3HA 1YX9A 5HE4A 5P3ZA 3UFNA 5P4DA 3NDWA 4ZPFA 2FIVA 3I6OA 1FLHA 7HVPA 5P4AA 4I8ZA 5HVPA 4PZWA 2P3BB 5P1SA 5HDZA 1T7JA 2XYEA 3NXEA 3OU1A 3OQDA 4R91A 4YOBA 2MIPA 3UDRA 3TPPA 1XN2A 4MC6A 1BBSA 5P0EA 3BVBA 4OBJA 2AVVA 3UDYA 3GI5A 2V11C 3AUPA 2PSGA 3QBFA 2ZGAA 5P0OA 5P4RA 2F81A 4Y3RA 3VUCA 3ZKQA 4ZE6A 2F3EA 4RCFA 2QI5A 1UPJA 1FG6C 4ZSQA 4YDFA 4Y5MA 3LZYA 5SY2A 1SDVA 5P28A 5P06A 3UQRA 1HVRA 5P4UA 1PROA 1D4HA 3LNKA 4I0FA 3IVIA 3Q3TA 4J0PA 5OZVA 3S43B 1GVTA 2P83A 1HPXA 4D85A 5P2LA 3UQUA 5KR0A 1BV9A 5JG1A 2O4SA 5KR2A 1APUE 4RZ1A 5P8QA 2BB9A 4Y6MA 4FCOA 3KN0A 2XYFA 3LPKA 1LYBA 5P48A 4F76A 5IVTA 4PEPA 3TKGA 5DGWA 2WEZA 4L1AB 5P46A 4EJDA 1ZTZA 5I3XA 5HDVA 4YA8A 1MT9A 1UH7A 5OZRA 2PQZA 4IVTA 5JFPA 5P0XA 4FL8A 2I4XA 1A8KA 5OZ5A 3C9XA 3VF7A 1QS8A 1HBVA 5OZQA 1FF0C 5AHBA 4Y48A 4LP9A 5OZLA 4ACXA 5P1EA 3OY4A 4M8YA 3OAGA 3S54A 3UFLA 2PK6A 1M0BA 5P00A 2NNPA 3LITA 4Q5MA 5P1AA 3VYFA 3MXDA 5P3SA 5P24A 4Z2ZA 5P8VA 3OUDA 4EP2A 4HLAA 2QI1A 4LHHA 3NU4A 3QROA 3L5DA 1B5FA 3SLZA 3VV6A 3INHA 3U71A 5P6PA 4DFGA 5C9FA 2QNQA 5I3VA 2PH6A 1AVFA 5P6AA 4APRE 4YOAA 2BPWA 5P1MA 2RKFA 3QP0A 4AZYA 3GI6A 3NWQA 4EJ8A 5KQFA 1CMSA 4CPRA 4DJQA 4I0HA 3SFCA 1ZAPA 1K1TA 4DJRA 5P52A 2FNSA 5P5PA 1TCXA 3IXOA 5C9BA 3ZLQA 5OZEA 5SY3A 4A4QA 1W6IA 5P27A 2QMGA 2P3DA 4GMIA 5P3OA 5P6ZA 4ZEAA 3VV8A 3ZL7A 5P5LA 5AHAA 1HIVA 5OZZA 5P36A 4RCEA 5DQ5A 3ZKSA 3O9BA 4RGHA 2FGVA 3Q70A 4QGIA 3ZKXA 1K6PA 1D4KA 5P8FA 3ER5E 1B6MA 4H1EA 3QI1A 3NU6A 5P62A 5IVRA 1XE5A 4FRJA 4BFBA 2H6SA 3LIQA 2AQUA 2HC0A 5OZOA 4YCTA 4E43A 4ER1E 5OZ9A 4TRYA 3VSWA 2H6TA 5P2YA 1E82E 5KQZA 3MSJA 1BVGA 5P0RA 2VNMA 3HVPA 5COPA 4B0QA 1HEFE 2BPVA 1T6GA 1MSNA 2CEJA 5P26A 3F9QA 5OZ4A 2I1AA 4NJUA 2HB2A 3OU1B 3TPJA 3UDHA 1BAIA 3BXSA 3SA8A 2AOIA 2AZCA 4L6BA 4L7HA 2QD8A 2IS0A 3TOFA 1QBRA 2HM1A 1MRXA 2QI0A 5P08A 4ZIPA 3UQPA 2AOJA 2B42A 4CPXA 4TRWA 4JPEA 2ASIA 1IZEA 2EWYA 2QHZA 4Q1YA 4DQCA 1SMRA 4Y3DA 5P1HA 4XX4A 4QJAA 2O4NA 4ZPGA 3S7LA 5P4PA 2G27A 1EBZA 3QIHA 1MTRA 5AHCA 3S53A 5P1BA 5P5QA 3OXCA 5P5DA 4COEA 2BJUA 3SQFA 1Z1RA 5UPJA 4YD6A 5KQXA 1A8GA 2Q54A 2RSPA 5P2IA 5P4SA 5P6MA 3T3CA 3HD8A 4I11A 3UDKA 5DGUA 4H3JA 1ZLFA 2G1OA 4S1GA 5ENKA 3B7VA 5P7WA 3D1YA 3VFBA 3K1WA 1LF3A 5P0SA 5P6HA 5P8EA 1PPLE 2QAKA 4J1EA 4Y41A 3OK9A 2ZHUA 1BDLA 2I4DA 1LYBB 3OXXA 1HVHA 5P5XA 5P7TA 3OADA 4J1KA 5P82A 2RENA 4FLGA 1IZHA 1ZJ7A 2Q3KA 2ZJMA 5P13A 3RSVA 3G70A 5P0CA 5P6JA 5OYXA 4AMTA 3INDA 2QNNA 4J54A 5P09A 2O40A 3KMXA 1DW6C 5P19A 3OAGB 2P4JA 2FMBA 5P39A 2NMYA 3L5BA 4Y3JA 3O99A 5P1FA 5HU0A 1FG8C 5P6WA 5P1KA 5I3WA 3EL0A 5DQ4A 5P87A 3PMYA 3TH9A 1LV1A 4Y35A 5P4FA 2R5QA 1ZPAA 3PBDA 3GI4A 5P11A 3O9LA 5DPZA 5OZWA 1LF4A 2Q11A 2AZ9A 5P6VA 3OU4A 5P1TA 2F8GA 5P03A 3KDDA 5P3WA 5P71A 2BKSA 5PEPA 5P7PA 1XDHA 5P0MA 5P7OA 4U7QA 2VJ7A 3ST5A 2AIDA 5P1RA 3HAUA 4Y47A 3LZSA 4K4QA 5P10A 4MC1A 5P77A 4CPSA 4OBFA 3UDMA 5E5KA 4CPQA 2XFIA 4I0EA 3EKWA 1E80E 3DV1A 5IS4A 3ECGA 4TVHA 3OWNA 3OQAA 4Y5PA 5P1QA 4BEKA 3EC0A 1FMUA 4FGXA 3Q5HA 1HEGE 1ER8E 4ER2E 5P5ZA 3ZPSA 5I70A 2SAMA 4ZSMA 4FE6A 5OZHA 3JVWA 1T7KA 5P5FA 3WZ6A 1HTEA 3QRMA 5EZZA 1RV7A 5P3UA 5P6IA 3TPLA 2WEAA 3NDXA 4RYGA 5P5JA 4JOOA 3U6AA 3PBZA 3VYDA 4OC6A 1RPIA 2PMAA 5P7SA 1VIKA 4HDFA 1SDUA 4RVIA 4KE0A 5P42A 5P04A 1SBGA 2FNTA 1LS5A 1EPOE 1CZIE 1GVWA 1HXBA 3IVHA 4Y3WA 4J1IA 3PLLA 5OZ8A 1RL8A 4K4PA 3UCBA 3EKPA 4H3GA 2QK5A 4Y38A 1EPPE 3RU1A 4TVGA 3O9EA 4Y3ZA 4NJTA 5P55A 5OZ0A 4D8CA 3QVCA 3ZKMA 5P6QA 5P6EA 4B1EA 2QZLA 2R8NA 2FXEA 1LZQA 3IN4A 5COOA 5P07A 3TL9A 2AVMA 2JJJA 5P2DA 4J17A 3VSXA 1E5OE 2Q63A 4OBDA 4DJUA 2WF1A 4XKXA 5JODA 4Y51A 3OUBA 4H3IA 4CP7A 5KR8A 3WB4A 1LYAA 2FS4A 1BDRA 5P2WA 4YD3A 3PI0A 4RRSA 5F00A 2WF0A 2V13A 3OQKA 1G6LA 4MC9A 1HTRB 1NPVA 5P8NA 3GW5A 1MESA 5OYRA 4HDBA 1KJGA 2WECA 2QHYA 5P5RA 2VJ6A 5P4NA 5OYQA 4B72A 2QI6A 3OUCA 5P0TA 5OZNA 5P8KA 2FDPA 4JPCA 3NWXA 2R9BA 3OADB 2ZHSA 5P3IA 3T6IA 1IDBA 5HE5A 3HLOA 2F3FA 1C70A 5P4LA 5P22A 3L58A 5P7UA 5HE7A 5B18A 5P1YA 5I3YA 4Y5KA 3KYRA 2HS2A 2HAHA 5P0FA 5P1VA 4KUPA 4Y3FA 4YHQA 3SA6A 1NPWA 2ZJIA 3D3TA 3ZKGA 4Y39A 4RYCA 4PPHA 3BUGA 1SH9A 1B6KA 4Q1WA 5DQ2A 5P8OA 3N3IA 4LXMA 5P8RA 3BUFA 3O9FA 5P85A 1PSNA 3NXNA 1MERA 5P70A 3OU4B 3EKYA 2JJIA 3TPRA 5P1UA 1B6PA 5P1JA 4UPJA 3SPKA 2NR6A 3I2LA 4EJLA 4Q1NA 4RVXA 3NDUA 5P0IA 5AH6A 5P0LA 4F73A 2OHNA 3FIVA 1RQ9A 4LBTA 5P0YA 1FB7A 5P41A 1IDAA 5P4TA 3BC4A 2HIZA 5DR0A 1XN3A 1ODYA 5BS4A 1HWRA 2RKGA 7UPJA 1HVJA 3PM4A 5OYVA 1F7AA 1YTJA 5P38A 5P2OA 1K6TA 4K8SA 1MSMA 5P32A 4Y3SA 3MSLA 3KMYA 1ZBGA 1YG9A 5HTZA 2G1YA 5KAOA 2ER9E 3HZCA 2NTRA 2VIJA 5P8CA 1KJFA 5P64A 2VIEA 4OBZA 2IGXA 2OHSA 4BELA 2WF2A 4Y4XA 3SKGA 5P6SA 4BFDA 3KFNA 4GYEA 1ZP8A 4Q1XA 5P3PA 1HVSA 5P56A 4DJYA 2G26A 5BWYA 4WTUA 1SP5A 5P20A 4DQGA 3ZKNA 4Y3AA 5P7LA 2AVOA 5P8TA 4DJOA 1G35A 5OZ6A 1MTBA 5P59A 4APEA 4OBKA 5P50A 5C9DA 2Q55A 2JYSA 5P12A 3RTHA 4Y53A 5P4QA 5P2JA 3T7PA 1FKNA 2G1SA 1D4SA 3L3AA 6FIVA 5P6OA 4EPJA 1Z1HA 3EL5A 3L59A 3EM4A 4J0YA 5P0WA 5P2NA 2R38A 5P5YA 5P2AA 5P0KA 3SA5A 2XFJA 2BPZA 3PMUA 2ZYEA 1SGZA 2WL0A 3SABA 5EZXA 5P3YA 3BHEA 4GJDA 5P6RA 5P8HA 3GI0A 4Y3XA 1FQ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B8L A;  5P30 A;  1NPA A;  1LYW B;  5P81 A;  1T7I A;  2J9K A;  4J0T A;  5P4E A;  5OZD A;  5P5C A;  3EKT A;  3TNE A;  4D89 A;  3APR E;  2G94 A;  5ENM A;  5P5H A;  4I10 A;  3IA9 A;  3SM2 A;  3FNS A;  1ZSR A;  5IVQ A;  1AZ5 A;  3EMY A;  4FRI A;  5P45 A;  5OZC A;  3TLH A;  1W6H A;  1FQ6 A;  3QVI A;  3S7M A;  1HVC A;  3GGV A;  5ISJ A;  3PWW A;  5P72 A;  1U8G A;  4GJ5 A;  4J1C A;  4NJV A;  5P65 A;  4K9H A;  3VLA A;  1XS7 D;  3SKF A;  2VKM A;  2QI3 A;  1W50 A;  1OEW A;  1EC2 A;  4RRO A;  2ZJK A;  1GNO A;  3BGB A;  4I0G A;  3JW2 A;  4Y5L A;  3O9D A;  5P6K A;  2G22 A;  1HOS A;  4FM7 A;  3UPJ A;  2WKZ A;  1QRP E;  3QRV A;  3HVG A;  4HZT A;  5P2H A;  3FNT A;  3IXK A;  5P8J A;  5P2Z A;  5P0V A;  1ME6 A;  4I0I A;  1DIF A;  4FRK A;  3FX5 A;  3PI5 A;  1C6Y A;  4IVS A;  5OZ7 A;  5P3G A;  4FM8 A;  2ER0 E;  3ZPT A;  4B77 A;  1D4Y A;  3DK1 A;  4Y4J A;  3HAW A;  5P63 A;  4DQF A;  3UQX A;  4Y5B A;  5P2T A;  5OZS A;  5P5I A;  5ER1 E;  4H3F A;  3LZU A;  1MIQ A;  4EHC A;  1KJ7 A;  4B1C A;  5P3N A;  3NR6 A;  1NH0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NNK A;  8HVP A;  3ZMG A;  1HIH A;  5P25 A;  4YD4 A;  2NMZ A;  3L38 A;  1LEE A;  2IKU A;  2R3T A;  2FDD A;  3HBO A;  2R5P A;  1W5Y A;  1T6E X;  1IZI A;  4PZX A;  2ZJH A;  5P5N A;  3OQ7 A;  5P7D A;  2IEN A;  3OU3 A;  3EKV A;  4Y4A A;  4Y4E A;  3EXO A;  2V16 C;  3K4V C;  3G72 A;  4K4R A;  4J5J A;  1MET A;  1FEJ C;  1BDQ A;  5P1N A;  2G69 A;  1MT8 A;  5P43 A;  5SZ9 A;  3URI A;  4OC6 B;  5P0G A;  5OZT A;  1G2K A;  4F75 A;  3NLS A;  5DQC A;  2WEB A;  3QRS A;  1SME A;  3VV7 A;  5P8P A;  1EBK C;  2OHQ A;  2ZHV A;  5P2F A;  5P4B A;  4DV9 A;  2V10 C;  3Q6Y A;  1YM4 A;  2G1R A;  2OAH A;  1QDM A;  1XL2 A;  2JE4 A;  4GJ7 A;  4QJ6 A;  3KM4 A;  4GJ9 A;  3L5E A;  3PCW A;  3TOG A;  2G1N A;  5P3R A;  4HDP A;  2IL2 A;  1EC0 A;  2I4V A;  1QBS A;  4HVP A;  3UQW A;  4XXS A;  4Y36 A;  1PPM E;  5P0D A;  3R0W A;  5P4M A;  3CYW A;  4Y3M A;  5OYW A;  5P4H A;  4EXH A;  5AH9 A;  1BIL A;  5P6L A;  5P47 A;  2CEN A;  3PSU A;  4Y4D A;  5P5M A;  2R3W A;  5P67 A;  3EKX A;  1FQ5 A;  1C6Z A;  5OZK A;  2P8H A;  5P7Z A;  5HCO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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