5P1WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 115
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1wA01
3VF3A 5P2KA 3NU5A 5P5AA 5P8GA 3UQPA 2HS1A 1T7JA 5P1MA 1LF3A 4YCYA 2FXDA 5P2ZA 5P6UA 5P2DA 3NXEA 2I4XA 1BIMA 1BILA 1DAZC 2G22A 4COEA 5CONA 5OYZA 1FQ4A 4Y4BA 5P3UA 4CPSA 2PSUA 3NU9A 1HVRA 5HD0A 1C6XA 2IKOA 2HB2A 5P7UA 3IN3A 5ENMA 2QI5A 5P3XA 3PBDA 3FV3A 2I1AA 1T3RA 5P08A 3ZOVA 1FB7A 1OEXA 3L5BA 2UXZA 5P5SA 3EMYA 2O4KA 1HSGA 5OYUA 4OD9B 1U8GA 4RGHA 5P5HA 4FCOA 5P1BA 1MPPA 5OZFA 5P5IA 5P2JA 3EL4A 4AUCA 4Y5AA 3G6ZA 9HVPA 5P27A 3CIBA 3DJKA 3K5CA 1SDTA 4H1EA 1EC3A 2CENA 5P14A 4PZXA 3I6OA 5OZ5A 2P3BA 4EJ8A 4B72A 5P15A 1EPNE 5E5JA 5P1RA 2ANLA 5OYQA 5UPJA 3SA5A 1XS7D 3SKFA 3K4VA 4HE9A 5P34A 3GW5A 2OF0A 4JECA 5P0DA 3O9FA 3PVKA 3LITA 1ZSFA 3U7SA 5OYTA 2VJ6A 5P4DA 1SBGA 4RZ1A 3O9AA 3S7LA 4Y5LA 5P3WA 3EKYA 1KJ4A 3FNTA 3TPPA 3RSXA 4HLAA 1LYWA 3TLHA 4Y5BA 4Y3DA 2G21A 2V12C 3H0BA 4A6CA 3NXNA 5P7ZA 5P4NA 4EQJA 3EBZA 4B1DA 3LPIA 2V16C 3APRE 5P56A 4Y3RA 5P0JA 5P8KA 4NKKA 2QNPA 2R5QA 3D91A 4OBHA 3WB5A 1LYAA 2PH6A 3L59A 1NSOA 4F73A 3L5EA 4ZPFA 4AA8A 1E81E 3UDQA 2BJUA 4Z22A 1QDMA 1FFFC 3EKXA 3S45A 5HDUA 2IKUA 5P8OA 5P01A 5COKA 4RYGA 1XE6A 3LNKA 4EXGA 3HBOA 1TW7A 3UQXA 4J54A 4L1AA 5P49A 3APPA 2F80A 1MVPA 4ZIPA 1BV7A 4TRYA 1A9MA 2I4QA 5DR7A 2FDPA 2NMZA 3CKTA 5COPA 3PI5A 5P09A 5P83A 2BB9A 4FM6A 2ZJJA 5P4BA 1TCXA 5C9DA 4Y6MA 1EBZA 2ZJMA 2VIYA 4LAPA 5P3ZA 4B1EA 2Q5KA 4HVPA 1ZLFA 1SGUA 5KR1A 2HB4A 3QP0A 4Y35A 3ER3E 5SXNA 1MERA 1A8KA 2G1NA 3OGPA 3VFBA 2ZHUA 2AVSA 2G94A 1ZJ7A 2MIPA 4PYVA 2BBBA 3INEA 4FM8A 5OZ9A 5P5FA 3FNSA 4CPRA 5P8LA 4ZSRA 4K9HA 4QJAA 2HPEA 3GGUA 4FS4A 4B05A 5P2FA 4DQGA 3HW1A 4Y57A 4FLGA 2ZJKA 4J1FA 3KDBA 3OHHA 2AVQA 2VNNA 1FIVA 2XYEA 4DPFA 4RRNA 3KDDA 5P6NA 2OHRA 3Q5HA 5P8QA 3ZKSA 5P0CA 3HDKA 5P3YA 4GJ9A 3TL9A 5P4RA 5P6XA 1G2KA 3PHVA 4LXMA 5P3HA 1EBKC 5P28A 4YA8A 5ER2E 3EL1A 4Y56A 5HE7A 4HDBA 5P0RA 3ZKIA 4CPXA 2WF3A 3UF3A 3R4BA 4YCTA 2PMAA 4GIDA 2H6TA 5P06A 3UDNA 1JLDA 5P70A 2H6SA 1FMUA 5OZXA 5P2GA 2UY0A 1LYWB 2ZJLA 5DR0A 1ZTZA 1BDQA 3PJ6A 4E43A 4KB9A 1NPWA 3IN4A 5OZMA 2QZKA 1ZSRA 5P0EA 3BGBA 3JVYA 5P7MA 5P32A 1B6JA 5BS4A 2Q15A 1MT7A 4HDFA 4MC1A 5P4ZA 5OZ0A 1HRNA 2R43A 5P8RA 2O40A 5OYVA 1ODXA 2HM1A 2Q54A 5I70A 1AM5A 5P05A 4GYEA 4Y3AA 1W50A 1LYAB 3TKWA 5P63A 5P8NA 3Q3TA 3WB4A 1FF0C 5P4FA 4D83A 3HAWA 1UPJA 5AH7A 1EAGA 2V13A 2Q55A 1FMXA 3N3IA 5P2YA 2WF0A 2AOFA 3KFPA 4B1CA 2AZBA 3SA3A 4FAFA 5P0VA 3K5GA 4QJ7A 2P4JA 1EPRE 2PYNA 4J0PA 2FXEA 5P1UA 2ZYEA 2G1SA 2OHNA 4L1AB 5P2LA 5P5WA 5KOQA 1XDHA 4I12A 5P5GA 1FFIC 5P7HA 4CPWA 5P1CA 3BC4A 3FNUA 5P5CA 5J25A 2QMGA 5DPZA 4LP9A 5P3SA 3L58A 1IVPA 4NJTA 4EHCA 3KT5A 1ZPKA 5P8FA 3GI6A 4RRSA 2IQGA 5P6MA 2XFJA 4FAEA 3Q4BA 3CYXA 5I3YA 4J1IA 3EL0A 1SDVA 2APRA 1ZBGA 5P3BA 5P6PA 4Y3FA 5P10A 5OZ3A 5P6KA 5KQYA 1DW6C 4Y3EA 3PSYA 4JPEA 3TPLA 3UHLA 4ZPGA 1FQ6A 5JODA 3S8IA 3L5FA 2NPHA 2A4FA 1GNMA 5AHAA 5KR8A 5P7VA 1CMSA 1HOSA 1BBSA 1HHPA 1IZHA 5P6TA 5P6RA 3T11A 3QVIA 3BUGA 3DCKA 4Y4JA 1LYBA 1M4HA 2RENA 2AVOA 5P7CA 2AZ8A 4J1CA 5HDXA 4PHVA 5P5NA 5P6LA 1AXAA 4DJVA 5P74A 3NU4A 5P5VA 4NJVA 2QU3A 3UTLA 4FRKA 1GVVA 5P7QA 5E5KA 4GJAA 2R5PA 1D4SA 5P7LA 2G1YA 5KAOA 4DQFA 3CICA 1FLHA 3OQ7A 2P3CA 4Q1YA 1CPIA 4Y39A 5P82A 3FKTA 5P4MA 3TOHA 5HDVA 3ST5A 1B5FA 2FS4A 3O9EA 5P2XA 4J1EA 4NPUA 4DJUA 3G72A 3RU1A 5I3WA 4NJUA 2PSVA 3VLBA 1FQ5A 5OZEA 4HEGA 1BWAA 4ACUA 5OYXA 1AJVA 1XN3A 5P76A 3S7MA 4Y47A 5P6VA 5P64A 5P5ZA 2V10C 3L5CA 5P79A 3EKPA 1E5OE 5P3NA 3IAWA 4FRSA 4TVGA 5P2AA 2QHCA 3KFRA 1YTIA 2AOIA 4YD4A 3TOFA 3PGIA 5IS4A 1EPLE 4EPJA 5P2QA 2FIVA 4Y4AA 3OAGA 2AVMA 3LIQA 3VFAA 4MC6A 3BXRA 1K6CA 4OBFA 5OZVA 1TSQA 1B11A 3EM6A 4Y58A 3PSGA 5P7WA 3EM4A 2B60A 2V00A 2ZHVA 3QPJA 4Y3QA 4FSLA 2BPXA 1KZKA 5DQ5A 3KMXA 5P8UA 3QRVA 5P2EA 3A2OA 5P80A 4IVTA 3ZPSA 3I8WA 5P1ZA 5P17A 1TZSA 5P1YA 5P11A 5P1SA 1VIJA 2F8GA 1SIPA 5P1JA 4I0FA 5P1AA 2I4UA 1MRXA 5P22A 4BFBA 5BRYA 4I0HA 5P8AA 4Y5KA 4L6BA 5P8IA 1HPSA 2Q11A 5P0AA 5P5PA 4LBTA 1HIHA 4AZYA 5P5XA 3ZLQA 4B78A 3HAUA 1B6MA 5P4CA 5P48A 3PMYA 1LV1A 4K4PA 2NXMA 2I4DA 3VG1A 4Z4XA 5P3EA 1E80E 2RMPA 1EPOE 1D4HA 3EC0A 5OZUA 1NH0A 3LIXA 1HXBA 4Y37A 1LYBB 3IGBA 4EJKA 3DK1A 4HA5A 1FQXA 3NWXA 5P13A 3GI0A 5OZOA 4DJPA 5DQ2A 4Y3HA 1ODWA 2RKFA 3OOTA 5AH9A 5OZAA 4PEPA 1GNOA 5P3CA 1Q9PA 5P0TA 4AMTA 3KFSA 4KUPA 1HVSA 3OGQA 4Z50A 3KM4A 5P6JA 1APTE 1IDAA 5SZ9A 5P2BA 5SY2A 4DV9A 1C6YA 2VA7A 1B6PA 4OC6B 5P42A 3OQKA 4Y4WA 1B5FB 1HVLA 5P1EA 1QRPE 4QJ8A 5P0NA 5OZBA 2AQUA 2ZHRA 1QS8A 5P7SA 3GGVA 5P6AA 1BVGA 4XX4A 1GVXA 5P0IA 5P37A 2AOHA 2QMFA 3QN8A 4KE0A 3S85A 1MEUA 4FM7A 3ZKXA 3IA9A 5P89A 3I7EA 5P7YA 1A30A 3GI4A 2PYMA 5P67A 5OZLA 1HTFA 4J0VA 2P3DA 5P0XA 2ZE1A 4IVSA 4LC7A 1TCWA 1MSNA 4WTUA 4XKXA 3OAGB 4DQCA 3OUAA 3R0YA 1FG6C 3QRSA 2NNPA 2OHPA 3ECGA 2NNKA 2R9BA 3PLDA 4X2LA 2I4WA 3EKVA 2NTRA 3EKWA 5P5UA 1EBWA 5P69A 3K4VC 3TNEA 3QI1A 3ZKGA 2AZCA 3SFCA 5P72A 5P4QA 2IGXA 3UQRA 1T7KA 5P0MA 4I1CA 5HVPA 1PPKE 3FSMA 2FDEA 4KE1A 1BV9A 1IZEA 1D4LA 1QBTA 2NXLA 5P47A 4Y3TA 4OBGA 3DOXA 3RTMA 4R8YA 3EL9A 4Y4GA 4DPIA 3WZ6A 3B80A 5P44A 3S53A 4I0DA 3SA6A 1HPXA 3LZVA 2OHSA 5IVRA 2QI4A 2AOCA 5P1HA 2OHMA 3QROA 3LIZA 4JP9A 4K4QA 1EPPE 3U6AA 1UH7A 5P4AA 1N49A 4D89A 1UH8A 3BUFA 2I0AA 2G27A 4I0EA 3T7PA 4APRE 5P0UA 1FKNA 3HVGA 5P8BA 3JVWA 4Q5MA 5P1QA 4Y3SA 4EJDA 2QI7A 2O4NA 3OUCA 1W6HA 1OHRA 5OZRA 5P7PA 3SA9A 1F34A 1SGZA 5P62A 4H3IA 5P0YA 1LZQA 5P33A 1UH9A 2RKGA 5P3DA 5BWYA 1EC0A 1GKTA 2FNSA 3QAAA 2CEJA 2RSPA 5OZDA 1B6LA 3DV5A 2I0DA 4Y5EA 4GJ8A 1K2BA 4Y50A 5AH6A 1HIIA 4CPUA 1AIDA 5P29A 3TPJA 5P1OA 5P4UA 4YD3A 2QD7A 1DMPA 5P3MA 3VYEA 2PC0A 2F81A 5P6WA 5P5RA 4EXHA 1ZPAA 5P35A 5P60A 3VUCA 4ER1E 4GB2A 6UPJA 5DR8A 4ZPEA 3OADA 3OU4A 3MSJA 4M8XA 3OU1A 2Z4OA 5OZWA 4ZLSA 8HVPA 5P77A 4OBZA 4RLDA 5FIVA 4GZFA 3MWSA 3SA4A 4DJWA 5P7DA 2P3BB 4YBIA 4ZSQA 3T6IA 2F3KA 5OZ1A 3F9QA 4MC2A 4DQEA 5OZCA 3OXVA 4Y3XA 7UPJA 4X7IA 4Y44A 3ZMGA 4QJ9A 5P6ZA 2B8VA 3SACA 1LEEA 2O4SA 2PK5A 5ER1E 3BVBA 5F00A 4K8SA 4CPTA 2PH8A 1HEFE 2J9JA 4F75A 4Y5NA 2G20A 1HPVA 3K5DA 4B00A 1PFZA 5P6OA 5P1NA 5OZZA 3BRAA 3PBZA 1MSMA 5OZGA 5P84A 4WY1A 3LZYA 4WY6A 4FRJA 3LPKA 4DVFA 1XL2A 2G1RA 1SH9A 1XN2A 3K5FA 5P88A 3D1XA 3ZPUA 3RSVA 2ZHSA 5ENKA 2QMPA 5P61A 1WBMA 2BPWA 5CLMA 2QP8A 3O9GA 3BGCA 4GJ7A 2NXDA 3SA8A 5P8CA 4JPCA 2Q63A 1KJFA 4Y3NA 3OTSA 4EP3A 5P5KA 4H3JA 5DR4A 4ACXA 5P86A 2IRZA 5DQ4A 5DQCA 1W51A 3QIHA 1A94A 1LF4A 1RV7A 3OU3A 3UDHA 4FE6A 4XX3A 1MIQA 5P0LA 3RVIA 5OZQA 2AVVA 4Y5MA 5P65A 1AAQA 5B18A 5P1FA 3OUBA 2IENA 3URLA 5P5DA 1HXWA 5P4GA 3TTPA 4B70A 4U7QA 1E82E 2VIEA 3CKRA 5P3RA 2HIZA 3LINA 3FIVA 2QNQA 4NPTA 4RCFA 5I3XA 5IE1A 4DI2A 1C70A 1W5VA 5KQXA 4RVJA 4CPQA 3OADB 3OU4B 4Y5CA 3D1ZA 4I8ZA 5P18A 1K6VA 2VA6A 3OU1B 4TRWA 5P25A 4Y5GA 4OBZB 4YHQA 2G69A 3VCMA 4Y43A 3INHA 4I8WA 3BVAA 5JFUA 5P2TA 5P53A 2BPZA 5ISJA 1WKRA 1HVCA 1SP5A 1MUIA 4Y4TA 2VNMA 4CMSA 3Q70A 1PSAA 5P19A 3O9CA 1KJHA 5P46A 4L7JA 4ZEAA 2IGYA 1META 2AOJA 3VV6A 4YDGA 5OZHA 5P6QA 2VIJA 5IVTA 1IIQA 2CEMA 2P3AA 3NU6A 5OZSA 2OHQA 2JJJA 5OZIA 1BDRA 3FX5A 2J9JB 5P73A 4J55A 1APWE 5P2OA 2IDWA 5P1PA 5P4OA 1BVEA 4LXKA 1QBRA 5OZJA 4Y4ZA 2HC0A 4ZE6A 4F76A 1GVUA 1BWBA 4DJQA 1W5WA 1SMRA 1BDLA 4J0ZA 2AOGA 2HS2A 4M8YA 1K1UA 4OBJA 1DIFA 1HVJA 3HZCA 1HPOA 3QRMA 4YBFA 5HU1A 1ODYA 5P23A 3ER5E 5P4IA 3ZKQA 1D4JA 1ZAPA 3AUPA 4YD6A 1HIVA 4OD9A 2WEZA 5P68A 2BPVA 4YD7A 1HVHA 5SY3A 5P5OA 1IZIA 4Y4EA 4Y51A 5P3GA 3KF0A 3O9HA 3O9IA 5P4YA 1KJ7A 5P0QA 3C9XA 5OZ7A 2JYSA 4Y3LA 3OQAA 5P7NA 4R95A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF3 A;  5P2K A;  3NU5 A;  5P5A A;  5P8G A;  3UQP A;  2HS1 A;  1T7J A;  5P1M A;  1LF3 A;  4YCY A;  2FXD A;  5P2Z A;  5P6U A;  5P2D A;  3NXE A;  2I4X A;  1BIM A;  1BIL A;  1DAZ C;  2G22 A;  4COE A;  5CON A;  5OYZ A;  1FQ4 A;  4Y4B A;  5P3U A;  4CPS A;  2PSU A;  3NU9 A;  1HVR A;  5HD0 A;  1C6X A;  2IKO A;  2HB2 A;  5P7U A;  3IN3 A;  5ENM A;  2QI5 A;  5P3X A;  3PBD A;  3FV3 A;  2I1A A;  1T3R A;  5P08 A;  3ZOV A;  1FB7 A;  1OEX A;  3L5B A;  2UXZ A;  5P5S A;  3EMY A;  2O4K A;  1HSG A;  5OYU A;  4OD9 B;  1U8G A;  4RGH A;  5P5H A;  4FCO A;  5P1B A;  1MPP A;  5OZF A;  5P5I A;  5P2J A;  3EL4 A;  4AUC A;  4Y5A A;  3G6Z A;  9HVP A;  5P27 A;  3CIB A;  3DJK A;  3K5C A;  1SDT A;  4H1E A;  1EC3 A;  2CEN A;  5P14 A;  4PZX A;  3I6O A;  5OZ5 A;  2P3B A;  4EJ8 A;  4B72 A;  5P15 A;  1EPN E;  5E5J A;  5P1R A;  2ANL A;  5OYQ A;  5UPJ A;  3SA5 A;  1XS7 D;  3SKF A;  3K4V A;  4HE9 A;  5P34 A;  3GW5 A;  2OF0 A;  4JEC A;  5P0D A;  3O9F A;  3PVK A;  3LIT A;  1ZSF A;  3U7S A;  5OYT A;  2VJ6 A;  5P4D A;  1SBG A;  4RZ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SME A;  5JFP A;  3CKP A;  1Z8C A;  4Q1N A;  1B6K A;  1GNN A;  5P71 A;  2NMY A;  2PQZ A;  2V0Z C;  2PWR A;  2Z54 A;  4R91 A;  5P4E A;  3UDJ A;  3OHF A;  2QK5 A;  3LPJ A;  5OZ6 A;  3K1W A;  1HSI A;  4D85 A;  3O9L B;  5P4W A;  3TH9 A;  3SO9 A;  4QJ6 A;  4D88 A;  3NWQ A;  3UDP A;  3RTN A;  2WEB A;  3ZKM A;  2ZJH A;  3O99 A;  3DUY A;  3URI A;  5HE4 A;  1MES A;  1A8G A;  1YTH A;  3SAA A;  3GGA A;  2WKZ A;  4OC6 A;  5P41 A;  4YD5 A;  5EZZ A;  3RTH A;  4R93 A;  4PPH A;  4GJ5 A;  4F74 A;  5P2N A;  1T6G A;  5DQ1 A;  1PPM E;  3HVP A;  3L5D A;  3PRS A;  1YTJ A;  1C6Z A;  5OZP A;  5P4X A;  5P6D A;  2QAK A;  3GGX A;  5P4T A;  4Y38 A;  3SPK A;  5C9B A;  1NPV A;  3NDW A;  5P0G A;  4Y3Z A;  5P4V A;  1FG8 C;  1SDU A;  5P1L A;  5P5B A;  1K1T A;  2WF4 A;  2OHL A;  4DJO A;  5OZ2 A;  1HVI A;  1QBS A;  3PEP A;  5C9F A;  4OBK A;  3WZ7 A;  4DH6 A;  5P7R A;  3NDU A;  1KJG A;  5P8E A;  2QU2 A;  1PSO E;  1PSN A;  3UQU A;  2JXR A;  1EPQ E;  4ER2 E;  3SAB A;  5P3A A;  5P6B A;  5P0H A;  2G24 A;  5P59 A;  3OWN A;  5P55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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